CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 109 157 40.98 266 2 89 169 34.50 258 3 103 153 40.23 256 4 104 136 43.33 240 5 96 121 44.24 217 6 106 83 56.08 189 7 98 82 54.44 180 8 41 134 23.43 175 9 44 118 27.16 162 10 60 102 37.04 162 11 47 109 30.13 156 12 43 88 32.82 131 13 37 115 24.34 152 14 38 130 22.62 168 15 40 102 28.17 142 16 34 96 26.15 130 17 31 91 25.41 122 18 22 98 18.33 120 19 24 102 19.05 126 20 38 112 25.33 150 21 35 114 23.49 149 22 27 117 18.75 144 23 36 100 26.47 136 24 30 103 22.56 133 25 43 93 31.62 136 26 34 101 25.19 135 27 40 113 26.14 153 28 27 114 19.15 141 29 31 101 23.48 132 30 24 125 16.11 149 31 31 121 20.39 152 32 28 101 21.71 129 33 34 128 20.99 162 34 38 103 26.95 141 35 26 112 18.84 138 36 41 117 25.95 158 37 34 115 22.82 149 38 36 108 25.00 144 39 41 117 25.95 158 40 38 107 26.21 145 41 26 121 17.69 147 42 37 99 27.21 136 43 39 115 25.32 154 44 32 95 25.20 127 45 33 130 20.25 163 46 33 106 23.74 139 47 44 103 29.93 147 48 32 118 21.33 150 49 47 114 29.19 161 50 31 112 21.68 143 51 30 81 27.03 111 52 43 105 29.05 148 53 29 114 20.28 143 54 27 100 21.26 127 55 44 120 26.83 164 56 28 98 22.22 126 57 20 101 16.53 121 58 29 99 22.66 128 59 24 121 16.55 145 60 46 93 33.09 139 61 30 86 25.86 116 62 28 104 21.21 132 63 27 104 20.61 131 64 36 102 26.09 138 65 34 108 23.94 142 66 35 106 24.82 141 67 38 102 27.14 140 68 28 88 24.14 116 69 39 91 30.00 130 70 30 103 22.56 133 71 25 98 20.33 123 72 28 104 21.21 132 73 27 84 24.32 111 74 25 105 19.23 130 75 31 103 23.13 134 76 24 98 19.67 122 77 28 99 22.05 127 78 34 82 29.31 116 79 25 98 20.33 123 80 36 101 26.28 137 81 35 92 27.56 127 82 34 100 25.37 134 83 29 100 22.48 129 84 31 105 22.79 136 85 15 122 10.95 137 86 23 90 20.35 113 87 22 106 17.19 128 88 27 109 19.85 136 89 20 79 20.20 99 90 23 114 16.79 137 91 29 95 23.39 124 92 22 110 16.67 132 93 17 89 16.04 106 94 20 92 17.86 112 95 21 89 19.09 110 96 20 76 20.83 96 97 16 89 15.24 105 98 25 68 26.88 93 99 32 50 39.02 82 100 25 74 25.25 99 101 25 77 24.51 102 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 127 223 36.29 350 2 64 169 27.47 233 3 24 176 12.00 200 4 19 180 9.55 199 5 12 186 6.06 198 6 9 158 5.39 167 7 3 198 1.49 201 8 2 226 0.88 228 9 2 193 1.03 195 10 2 217 0.91 219 11 4 198 1.98 202 12 2 221 0.90 223 13 6 208 2.80 214 14 4 202 1.94 206 15 3 204 1.45 207 16 3 180 1.64 183 17 5 193 2.53 198 18 2 188 1.05 190 19 8 198 3.88 206 20 2 237 0.84 239 21 1 213 0.47 214 22 2 233 0.85 235 23 1 211 0.47 212 24 4 238 1.65 242 25 5 222 2.20 227 26 3 217 1.36 220 27 7 201 3.37 208 28 1 223 0.45 224 29 5 222 2.20 227 30 3 222 1.33 225 31 6 202 2.88 208 32 3 232 1.28 235 33 4 207 1.90 211 34 4 222 1.77 226 35 5 206 2.37 211 36 2 216 0.92 218 37 5 216 2.26 221 38 0 208 0.00 208 39 3 213 1.39 216 40 4 204 1.92 208 41 2 203 0.98 205 42 5 214 2.28 219 43 5 202 2.42 207 44 2 212 0.93 214 45 0 195 0.00 195 46 5 206 2.37 211 47 7 207 3.27 214 48 2 253 0.78 255 49 2 219 0.90 221 50 2 175 1.13 177 51 1 215 0.46 216 52 3 242 1.22 245 53 2 215 0.92 217 54 2 216 0.92 218 55 3 232 1.28 235 56 2 209 0.95 211 57 2 206 0.96 208 58 3 233 1.27 236 59 1 212 0.47 213 60 2 222 0.89 224 61 2 219 0.90 221 62 0 211 0.00 211 63 1 211 0.47 212 64 1 225 0.44 226 65 3 223 1.33 226 66 5 184 2.65 189 67 3 198 1.49 201 68 4 203 1.93 207 69 2 243 0.82 245 70 6 222 2.63 228 71 5 207 2.36 212 72 3 201 1.47 204 73 5 207 2.36 212 74 3 192 1.54 195 75 2 192 1.03 194 76 4 187 2.09 191 77 2 219 0.90 221 78 1 208 0.48 209 79 4 198 1.98 202 80 2 201 0.99 203 81 5 189 2.58 194 82 4 193 2.03 197 83 2 210 0.94 212 84 0 202 0.00 202 85 5 197 2.48 202 86 2 158 1.25 160 87 3 199 1.49 202 88 4 160 2.44 164 89 1 177 0.56 178 90 4 177 2.21 181 91 3 186 1.59 189 92 0 185 0.00 185 93 1 159 0.62 160 94 3 193 1.53 196 95 2 177 1.12 179 96 2 166 1.19 168 97 6 148 3.90 154 98 1 135 0.74 136 99 1 96 1.03 97 100 2 99 1.98 101 101 4 182 2.15 186 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 181 300 37.63 481 2 147 305 32.52 452 3 93 329 22.04 422 4 87 334 20.67 421 5 92 395 18.89 487 6 97 429 18.44 526 7 72 538 11.80 610 8 56 596 8.59 652 9 55 569 8.81 624 10 63 518 10.84 581 11 57 555 9.31 612 12 49 529 8.48 578 13 58 548 9.57 606 14 68 566 10.73 634 15 52 560 8.50 612 16 57 570 9.09 627 17 64 664 8.79 728 18 49 672 6.80 721 19 56 660 7.82 716 20 84 657 11.34 741 21 50 652 7.12 702 22 68 647 9.51 715 23 65 640 9.22 705 24 56 659 7.83 715 25 55 662 7.67 717 26 63 660 8.71 723 27 44 720 5.76 764 28 68 668 9.24 736 29 64 746 7.90 810 30 57 644 8.13 701 31 54 617 8.05 671 32 62 638 8.86 700 33 54 660 7.56 714 34 55 626 8.08 681 35 65 681 8.71 746 36 45 673 6.27 718 37 55 681 7.47 736 38 64 724 8.12 788 39 40 736 5.15 776 40 56 728 7.14 784 41 60 693 7.97 753 42 57 669 7.85 726 43 53 676 7.27 729 44 57 651 8.05 708 45 55 676 7.52 731 46 49 662 6.89 711 47 48 712 6.32 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283 6.91 304 101 19 434 4.19 453 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 79 123 39.11 202 2 97 92 51.32 189 3 66 78 45.83 144 4 83 119 41.09 202 5 19 177 9.69 196 6 22 77 22.22 99 7 17 84 16.83 101 8 22 81 21.36 103 9 15 75 16.67 90 10 21 87 19.44 108 11 18 73 19.78 91 12 22 94 18.97 116 13 17 81 17.35 98 14 24 81 22.86 105 15 17 70 19.54 87 16 17 56 23.29 73 17 11 73 13.10 84 18 17 63 21.25 80 19 16 76 17.39 92 20 17 67 20.24 84 21 13 67 16.25 80 22 22 68 24.44 90 23 20 52 27.78 72 24 26 72 26.53 98 25 26 63 29.21 89 26 14 72 16.28 86 27 26 53 32.91 79 28 20 50 28.57 70 29 14 57 19.72 71 30 22 67 24.72 89 31 12 74 13.95 86 32 18 62 22.50 80 33 9 57 13.64 66 34 13 60 17.81 73 35 25 65 27.78 90 36 18 68 20.93 86 37 26 55 32.10 81 38 16 67 19.28 83 39 14 54 20.59 68 40 18 47 27.69 65 41 15 58 20.55 73 42 16 64 20.00 80 43 26 54 32.50 80 44 7 56 11.11 63 45 22 65 25.29 87 46 10 41 19.61 51 47 13 59 18.06 72 48 12 64 15.79 76 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