CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 70 137 33.82 207 2 71 121 36.98 192 3 58 129 31.02 187 4 60 117 33.90 177 5 52 92 36.11 144 6 79 86 47.88 165 7 54 86 38.57 140 8 40 93 30.08 133 9 30 87 25.64 117 10 45 105 30.00 150 11 26 120 17.81 146 12 35 82 29.91 117 13 35 82 29.91 117 14 32 83 27.83 115 15 30 92 24.59 122 16 24 93 20.51 117 17 22 88 20.00 110 18 25 97 20.49 122 19 23 90 20.35 113 20 26 97 21.14 123 21 25 107 18.94 132 22 34 94 26.56 128 23 22 101 17.89 123 24 23 106 17.83 129 25 35 106 24.82 141 26 23 97 19.17 120 27 22 110 16.67 132 28 28 117 19.31 145 29 30 87 25.64 117 30 22 105 17.32 127 31 21 97 17.80 118 32 19 79 19.39 98 33 18 113 13.74 131 34 28 99 22.05 127 35 27 97 21.77 124 36 25 105 19.23 130 37 33 85 27.97 118 38 25 103 19.53 128 39 24 93 20.51 117 40 16 107 13.01 123 41 21 90 18.92 111 42 28 97 22.40 125 43 22 105 17.32 127 44 26 92 22.03 118 45 24 101 19.20 125 46 22 103 17.60 125 47 22 87 20.18 109 48 23 100 18.70 123 49 27 90 23.08 117 50 25 109 18.66 134 51 26 79 24.76 105 52 22 86 20.37 108 53 33 96 25.58 129 54 29 92 23.97 121 55 26 102 20.31 128 56 21 91 18.75 112 57 21 102 17.07 123 58 17 100 14.53 117 59 16 102 13.56 118 60 24 103 18.90 127 61 29 113 20.42 142 62 27 85 24.11 112 63 23 73 23.96 96 64 19 96 16.52 115 65 21 69 23.33 90 66 20 86 18.87 106 67 26 74 26.00 100 68 25 81 23.58 106 69 39 82 32.23 121 70 19 91 17.27 110 71 21 77 21.43 98 72 19 70 21.35 89 73 28 92 23.33 120 74 24 67 26.37 91 75 17 82 17.17 99 76 18 68 20.93 86 77 13 78 14.29 91 78 19 76 20.00 95 79 24 81 22.86 105 80 24 71 25.26 95 81 21 73 22.34 94 82 14 62 18.42 76 83 22 79 21.78 101 84 22 77 22.22 99 85 21 74 22.11 95 86 20 75 21.05 95 87 25 64 28.09 89 88 23 85 21.30 108 89 16 60 21.05 76 90 14 64 17.95 78 91 15 58 20.55 73 92 15 82 15.46 97 93 11 68 13.92 79 94 7 66 9.59 73 95 17 75 18.48 92 96 12 68 15.00 80 97 7 60 10.45 67 98 16 61 20.78 77 99 13 35 27.08 48 100 18 62 22.50 80 101 15 63 19.23 78 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 105 212 33.12 317 2 62 189 24.70 251 3 26 167 13.47 193 4 37 173 17.62 210 5 13 161 7.47 174 6 11 127 7.97 138 7 10 200 4.76 210 8 5 164 2.96 169 9 2 183 1.08 185 10 5 204 2.39 209 11 2 154 1.28 156 12 1 185 0.54 186 13 3 152 1.94 155 14 3 182 1.62 185 15 4 176 2.22 180 16 3 174 1.69 177 17 4 161 2.42 165 18 2 162 1.22 164 19 2 184 1.08 186 20 2 201 0.99 203 21 5 201 2.43 206 22 2 167 1.18 169 23 1 202 0.49 203 24 1 197 0.51 198 25 1 177 0.56 178 26 6 171 3.39 177 27 5 177 2.75 182 28 4 186 2.11 190 29 3 200 1.48 203 30 1 199 0.50 200 31 4 196 2.00 200 32 5 172 2.82 177 33 1 175 0.57 176 34 4 204 1.92 208 35 6 204 2.86 210 36 1 183 0.54 184 37 5 170 2.86 175 38 1 179 0.56 180 39 3 215 1.38 218 40 2 191 1.04 193 41 4 180 2.17 184 42 2 190 1.04 192 43 5 177 2.75 182 44 3 168 1.75 171 45 3 184 1.60 187 46 3 187 1.58 190 47 3 161 1.83 164 48 5 197 2.48 202 49 0 201 0.00 201 50 2 167 1.18 169 51 3 175 1.69 178 52 1 186 0.53 187 53 3 201 1.47 204 54 1 186 0.53 187 55 3 182 1.62 185 56 3 156 1.89 159 57 3 177 1.67 180 58 3 207 1.43 210 59 3 186 1.59 189 60 0 183 0.00 183 61 3 158 1.86 161 62 6 182 3.19 188 63 2 183 1.08 185 64 3 168 1.75 171 65 4 163 2.40 167 66 3 148 1.99 151 67 0 155 0.00 155 68 2 158 1.25 160 69 3 174 1.69 177 70 3 178 1.66 181 71 1 176 0.56 177 72 3 157 1.88 160 73 3 153 1.92 156 74 0 179 0.00 179 75 6 156 3.70 162 76 2 135 1.46 137 77 3 138 2.13 141 78 2 153 1.29 155 79 2 162 1.22 164 80 3 152 1.94 155 81 1 131 0.76 132 82 0 145 0.00 145 83 3 152 1.94 155 84 1 139 0.71 140 85 3 151 1.95 154 86 2 112 1.75 114 87 2 169 1.17 171 88 1 126 0.79 127 89 2 122 1.61 124 90 2 140 1.41 142 91 1 142 0.70 143 92 1 128 0.78 129 93 3 143 2.05 146 94 6 113 5.04 119 95 3 145 2.03 148 96 4 108 3.57 112 97 3 98 2.97 101 98 0 91 0.00 91 99 1 67 1.47 68 100 2 77 2.53 79 101 2 100 1.96 102 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 183 332 35.53 515 2 140 331 29.72 471 3 129 344 27.27 473 4 107 343 23.78 450 5 109 389 21.89 498 6 84 458 15.50 542 7 76 539 12.36 615 8 71 561 11.23 632 9 62 585 9.58 647 10 93 540 14.69 633 11 80 489 14.06 569 12 78 509 13.29 587 13 77 522 12.85 599 14 83 553 13.05 636 15 86 552 13.48 638 16 81 558 12.68 639 17 73 566 11.42 639 18 58 579 9.11 637 19 88 580 13.17 668 20 73 576 11.25 649 21 72 613 10.51 685 22 79 601 11.62 680 23 65 561 10.38 626 24 58 570 9.24 628 25 81 610 11.72 691 26 82 649 11.22 731 27 68 643 9.56 711 28 73 662 9.93 735 29 72 608 10.59 680 30 71 596 10.64 667 31 73 633 10.34 706 32 60 616 8.88 676 33 68 614 9.97 682 34 77 611 11.19 688 35 64 581 9.92 645 36 53 568 8.53 621 37 78 596 11.57 674 38 66 594 10.00 660 39 52 610 7.85 662 40 49 618 7.35 667 41 58 593 8.91 651 42 34 590 5.45 624 43 54 574 8.60 628 44 50 617 7.50 667 45 49 538 8.35 587 46 54 613 8.10 667 47 53 588 8.27 641 48 49 575 7.85 624 49 56 538 9.43 594 50 51 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================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 59 90 39.60 149 2 52 74 41.27 126 3 49 90 35.25 139 4 48 95 33.57 143 5 20 108 15.62 128 6 12 58 17.14 70 7 11 66 14.29 77 8 14 57 19.72 71 9 9 61 12.86 70 10 9 49 15.52 58 11 16 78 17.02 94 12 6 64 8.57 70 13 7 55 11.29 62 14 12 61 16.44 73 15 9 51 15.00 60 16 21 50 29.58 71 17 13 59 18.06 72 18 12 39 23.53 51 19 6 50 10.71 56 20 5 50 9.09 55 21 11 43 20.37 54 22 11 50 18.03 61 23 10 52 16.13 62 24 11 54 16.92 65 25 7 52 11.86 59 26 9 33 21.43 42 27 8 55 12.70 63 28 6 38 13.64 44 29 9 48 15.79 57 30 10 55 15.38 65 31 13 50 20.63 63 32 10 33 23.26 43 33 19 28 40.43 47 34 7 43 14.00 50 35 10 59 14.49 69 36 9 42 17.65 51 37 7 37 15.91 44 38 15 46 24.59 61 39 14 39 26.42 53 40 8 33 19.51 41 41 10 56 15.15 66 42 6 46 11.54 52 43 11 35 23.91 46 44 8 41 16.33 49 45 11 39 22.00 50 46 7 36 16.28 43 47 7 42 14.29 49 48 8 44 15.38 52 49 14 53 20.90 67 50 14 34 29.17 48 51 8 31 20.51 39 52 10 34 22.73 44 53 14 39 26.42 53 54 11 36 23.40 47 55 10 44 18.52 54 56 8 26 23.53 34 57 7 23 23.33 30 58 13 23 36.11 36 59 12 24 33.33 36 60 4 34 10.53 38 61 5 24 17.24 29 62 10 26 27.78 36 63 9 23 28.12 32 64 6 27 18.18 33 65 10 22 31.25 32 66 6 30 16.67 36 67 8 25 24.24 33 68 8 31 20.51 39 69 8 29 21.62 37 70 6 19 24.00 25 71 2 21 8.70 23 72 6 20 23.08 26 73 5 19 20.83 24 74 3 24 11.11 27 75 4 26 13.33 30 76 5 20 20.00 25 77 7 28 20.00 35 78 4 19 17.39 23 79 7 21 25.00 28 80 7 25 21.88 32 81 4 19 17.39 23 82 10 21 32.26 31 83 7 18 28.00 25 84 3 20 13.04 23 85 2 17 10.53 19 86 4 21 16.00 25 87 10 18 35.71 28 88 4 21 16.00 25 89 3 17 15.00 20 90 5 16 23.81 21 91 5 13 27.78 18 92 3 21 12.50 24 93 2 19 9.52 21 94 6 17 26.09 23 95 2 16 11.11 18 96 7 22 24.14 29 97 4 16 20.00 20 98 4 24 14.29 28 99 3 0 100.00 3 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 25 104 19.38 129 2 28 117 19.31 145 3 14 90 13.46 104 4 24 126 16.00 150 5 8 212 3.64 220 6 2 244 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46 431 9.64 477 21 62 372 14.29 434 22 42 339 11.02 381 23 29 298 8.87 327 24 64 310 17.11 374 25 40 318 11.17 358 26 46 297 13.41 343 27 56 350 13.79 406 28 48 331 12.66 379 29 50 345 12.66 395 30 52 331 13.58 383 31 24 283 7.82 307 32 25 302 7.65 327 33 44 282 13.50 326 34 45 259 14.80 304 35 40 284 12.35 324 36 39 284 12.07 323 37 24 278 7.95 302 38 44 276 13.75 320 39 24 274 8.05 298 40 21 258 7.53 279 41 19 260 6.81 279 42 24 249 8.79 273 43 21 223 8.61 244 44 17 240 6.61 257 45 25 207 10.78 232 46 22 260 7.80 282 47 28 233 10.73 261 48 24 216 10.00 240 49 21 223 8.61 244 50 24 237 9.20 261 51 14 212 6.19 226 52 10 172 5.49 182 53 9 222 3.90 231 54 17 201 7.80 218 55 7 204 3.32 211 56 15 202 6.91 217 57 16 216 6.90 232 58 9 179 4.79 188 59 15 167 8.24 182 60 10 190 5.00 200 61 9 164 5.20 173 62 6 166 3.49 172 63 12 168 6.67 180 64 10 161 5.85 171 65 9 188 4.57 197 66 11 180 5.76 191 67 7 159 4.22 166 68 9 163 5.23 172 69 8 154 4.94 162 70 10 187 5.08 197 71 12 158 7.06 170 72 9 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