CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 93 186 33.33 279 2 97 175 35.66 272 3 77 169 31.30 246 4 78 116 40.21 194 5 88 105 45.60 193 6 75 100 42.86 175 7 99 115 46.26 214 8 56 114 32.94 170 9 45 110 29.03 155 10 32 120 21.05 152 11 34 113 23.13 147 12 36 119 23.23 155 13 41 115 26.28 156 14 34 126 21.25 160 15 44 129 25.43 173 16 29 111 20.71 140 17 37 103 26.43 140 18 36 120 23.08 156 19 25 120 17.24 145 20 31 131 19.14 162 21 32 126 20.25 158 22 34 118 22.37 152 23 30 110 21.43 140 24 43 98 30.50 141 25 34 119 22.22 153 26 32 117 21.48 149 27 28 124 18.42 152 28 22 121 15.38 143 29 26 134 16.25 160 30 30 98 23.44 128 31 36 129 21.82 165 32 29 104 21.80 133 33 30 108 21.74 138 34 25 120 17.24 145 35 42 115 26.75 157 36 30 126 19.23 156 37 34 125 21.38 159 38 36 120 23.08 156 39 34 115 22.82 149 40 39 100 28.06 139 41 28 87 24.35 115 42 26 143 15.38 169 43 26 128 16.88 154 44 21 105 16.67 126 45 35 115 23.33 150 46 33 136 19.53 169 47 30 122 19.74 152 48 30 117 20.41 147 49 35 123 22.15 158 50 34 106 24.29 140 51 31 102 23.31 133 52 34 122 21.79 156 53 31 102 23.31 133 54 39 117 25.00 156 55 33 109 23.24 142 56 21 120 14.89 141 57 37 84 30.58 121 58 36 118 23.38 154 59 27 112 19.42 139 60 28 106 20.90 134 61 27 106 20.30 133 62 30 127 19.11 157 63 24 100 19.35 124 64 36 117 23.53 153 65 33 115 22.30 148 66 26 107 19.55 133 67 28 98 22.22 126 68 35 114 23.49 149 69 31 114 21.38 145 70 26 90 22.41 116 71 39 95 29.10 134 72 28 92 23.33 120 73 30 88 25.42 118 74 37 107 25.69 144 75 29 103 21.97 132 76 32 116 21.62 148 77 22 101 17.89 123 78 21 89 19.09 110 79 24 103 18.90 127 80 17 73 18.89 90 81 38 105 26.57 143 82 25 84 22.94 109 83 17 119 12.50 136 84 26 104 20.00 130 85 29 102 22.14 131 86 18 79 18.56 97 87 25 91 21.55 116 88 26 78 25.00 104 89 20 94 17.54 114 90 24 86 21.82 110 91 30 77 28.04 107 92 24 81 22.86 105 93 25 99 20.16 124 94 28 93 23.14 121 95 25 70 26.32 95 96 19 89 17.59 108 97 20 79 20.20 99 98 20 84 19.23 104 99 16 59 21.33 75 100 24 72 25.00 96 101 24 82 22.64 106 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 132 190 40.99 322 2 95 183 34.17 278 3 36 160 18.37 196 4 23 180 11.33 203 5 19 158 10.73 177 6 7 166 4.05 173 7 12 212 5.36 224 8 5 256 1.92 261 9 7 210 3.23 217 10 4 228 1.72 232 11 2 208 0.95 210 12 4 221 1.78 225 13 2 214 0.93 216 14 2 189 1.05 191 15 1 213 0.47 214 16 2 203 0.98 205 17 3 204 1.45 207 18 2 224 0.88 226 19 7 228 2.98 235 20 6 192 3.03 198 21 0 213 0.00 213 22 2 214 0.93 216 23 2 232 0.85 234 24 4 229 1.72 233 25 2 201 0.99 203 26 6 219 2.67 225 27 4 233 1.69 237 28 5 238 2.06 243 29 3 249 1.19 252 30 3 221 1.34 224 31 2 233 0.85 235 32 3 222 1.33 225 33 4 206 1.90 210 34 5 214 2.28 219 35 4 190 2.06 194 36 4 226 1.74 230 37 7 203 3.33 210 38 3 227 1.30 230 39 4 220 1.79 224 40 2 231 0.86 233 41 1 201 0.50 202 42 1 241 0.41 242 43 2 205 0.97 207 44 3 210 1.41 213 45 1 242 0.41 243 46 3 189 1.56 192 47 3 193 1.53 196 48 2 219 0.90 221 49 2 199 1.00 201 50 2 205 0.97 207 51 1 238 0.42 239 52 3 223 1.33 226 53 6 210 2.78 216 54 3 226 1.31 229 55 1 218 0.46 219 56 3 202 1.46 205 57 1 229 0.43 230 58 5 248 1.98 253 59 4 245 1.61 249 60 1 202 0.49 203 61 2 238 0.83 240 62 1 219 0.45 220 63 7 222 3.06 229 64 2 215 0.92 217 65 1 214 0.47 215 66 2 211 0.94 213 67 6 199 2.93 205 68 5 217 2.25 222 69 1 210 0.47 211 70 4 224 1.75 228 71 2 198 1.00 200 72 3 198 1.49 201 73 5 179 2.72 184 74 4 208 1.89 212 75 2 194 1.02 196 76 4 219 1.79 223 77 5 185 2.63 190 78 4 204 1.92 208 79 1 181 0.55 182 80 3 183 1.61 186 81 2 201 0.99 203 82 3 187 1.58 190 83 2 191 1.04 193 84 2 182 1.09 184 85 3 179 1.65 182 86 3 187 1.58 190 87 2 182 1.09 184 88 3 173 1.70 176 89 4 173 2.26 177 90 1 187 0.53 188 91 1 157 0.63 158 92 5 194 2.51 199 93 1 156 0.64 157 94 2 155 1.27 157 95 2 166 1.19 168 96 4 149 2.61 153 97 3 150 1.96 153 98 0 122 0.00 122 99 2 90 2.17 92 100 4 85 4.49 89 101 3 127 2.31 130 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 188 273 40.78 461 2 144 273 34.53 417 3 93 347 21.14 440 4 80 377 17.51 457 5 92 414 18.18 506 6 87 446 16.32 533 7 67 589 10.21 656 8 67 612 9.87 679 9 68 616 9.94 684 10 62 540 10.30 602 11 77 526 12.77 603 12 59 553 9.64 612 13 66 538 10.93 604 14 69 559 10.99 628 15 61 595 9.30 656 16 55 597 8.44 652 17 57 647 8.10 704 18 60 632 8.67 692 19 58 620 8.55 678 20 57 659 7.96 716 21 61 669 8.36 730 22 49 679 6.73 728 23 71 659 9.73 730 24 75 632 10.61 707 25 58 665 8.02 723 26 61 721 7.80 782 27 59 699 7.78 758 28 40 641 5.87 681 29 64 690 8.49 754 30 58 659 8.09 717 31 44 649 6.35 693 32 79 672 10.52 751 33 65 673 8.81 738 34 49 693 6.60 742 35 59 644 8.39 703 36 50 699 6.68 749 37 48 710 6.33 758 38 62 709 8.04 771 39 49 702 6.52 751 40 40 632 5.95 672 41 63 679 8.49 742 42 62 647 8.74 709 43 55 686 7.42 741 44 61 700 8.02 761 45 60 669 8.23 729 46 42 646 6.10 688 47 67 665 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26 234 10.00 260 101 30 414 6.76 444 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 83 93 47.16 176 2 95 97 49.48 192 3 77 100 43.50 177 4 71 109 39.44 180 5 27 150 15.25 177 6 7 72 8.86 79 7 16 104 13.33 120 8 14 80 14.89 94 9 18 80 18.37 98 10 15 78 16.13 93 11 15 87 14.71 102 12 20 79 20.20 99 13 18 74 19.57 92 14 14 81 14.74 95 15 16 57 21.92 73 16 19 65 22.62 84 17 17 67 20.24 84 18 19 58 24.68 77 19 17 65 20.73 82 20 13 75 14.77 88 21 16 65 19.75 81 22 18 57 24.00 75 23 14 54 20.59 68 24 15 70 17.65 85 25 16 79 16.84 95 26 16 61 20.78 77 27 18 53 25.35 71 28 21 31 40.38 52 29 12 52 18.75 64 30 20 60 25.00 80 31 23 50 31.51 73 32 20 57 25.97 77 33 10 48 17.24 58 34 16 43 27.12 59 35 15 66 18.52 81 36 18 53 25.35 71 37 18 65 21.69 83 38 12 61 16.44 73 39 22 42 34.38 64 40 18 45 28.57 63 41 14 61 18.67 75 42 15 59 20.27 74 43 9 55 14.06 64 44 17 58 22.67 75 45 13 72 15.29 85 46 11 43 20.37 54 47 16 67 19.28 83 48 16 55 22.54 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