CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 98 193 33.68 291 2 73 206 26.16 279 3 82 162 33.61 244 4 54 135 28.57 189 5 78 121 39.20 199 6 84 100 45.65 184 7 81 106 43.32 187 8 46 109 29.68 155 9 39 106 26.90 145 10 45 120 27.27 165 11 31 101 23.48 132 12 36 115 23.84 151 13 36 104 25.71 140 14 34 107 24.11 141 15 38 106 26.39 144 16 25 91 21.55 116 17 38 101 27.34 139 18 26 111 18.98 137 19 23 109 17.42 132 20 33 107 23.57 140 21 29 118 19.73 147 22 35 96 26.72 131 23 36 105 25.53 141 24 26 94 21.67 120 25 30 100 23.08 130 26 31 126 19.75 157 27 31 120 20.53 151 28 23 102 18.40 125 29 26 111 18.98 137 30 24 112 17.65 136 31 27 123 18.00 150 32 25 106 19.08 131 33 26 142 15.48 168 34 30 87 25.64 117 35 21 114 15.56 135 36 23 147 13.53 170 37 21 124 14.48 145 38 40 98 28.99 138 39 28 91 23.53 119 40 21 121 14.79 142 41 28 88 24.14 116 42 28 113 19.86 141 43 26 124 17.33 150 44 24 106 18.46 130 45 38 89 29.92 127 46 29 104 21.80 133 47 21 121 14.79 142 48 25 118 17.48 143 49 29 115 20.14 144 50 24 106 18.46 130 51 24 91 20.87 115 52 16 127 11.19 143 53 20 96 17.24 116 54 31 115 21.23 146 55 34 118 22.37 152 56 30 118 20.27 148 57 34 109 23.78 143 58 24 102 19.05 126 59 25 100 20.00 125 60 28 84 25.00 112 61 20 112 15.15 132 62 18 101 15.13 119 63 26 102 20.31 128 64 22 104 17.46 126 65 28 95 22.76 123 66 21 93 18.42 114 67 28 101 21.71 129 68 27 88 23.48 115 69 21 100 17.36 121 70 26 81 24.30 107 71 27 81 25.00 108 72 16 88 15.38 104 73 16 98 14.04 114 74 18 86 17.31 104 75 28 93 23.14 121 76 32 96 25.00 128 77 21 96 17.95 117 78 20 91 18.02 111 79 29 94 23.58 123 80 20 91 18.02 111 81 29 92 23.97 121 82 28 91 23.53 119 83 23 108 17.56 131 84 19 99 16.10 118 85 21 87 19.44 108 86 18 81 18.18 99 87 22 91 19.47 113 88 24 102 19.05 126 89 15 77 16.30 92 90 24 91 20.87 115 91 20 99 16.81 119 92 22 84 20.75 106 93 24 72 25.00 96 94 19 79 19.39 98 95 27 82 24.77 109 96 21 94 18.26 115 97 17 99 14.66 116 98 24 89 21.24 113 99 9 65 12.16 74 100 22 78 22.00 100 101 19 53 26.39 72 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 131 182 41.85 313 2 77 185 29.39 262 3 44 195 18.41 239 4 18 198 8.33 216 5 11 179 5.79 190 6 12 151 7.36 163 7 8 204 3.77 212 8 2 238 0.83 240 9 3 225 1.32 228 10 5 223 2.19 228 11 1 206 0.48 207 12 1 199 0.50 200 13 3 186 1.59 189 14 3 224 1.32 227 15 1 188 0.53 189 16 0 208 0.00 208 17 1 188 0.53 189 18 2 195 1.02 197 19 2 205 0.97 207 20 3 228 1.30 231 21 2 202 0.98 204 22 2 203 0.98 205 23 3 179 1.65 182 24 0 254 0.00 254 25 3 219 1.35 222 26 2 195 1.02 197 27 2 198 1.00 200 28 7 202 3.35 209 29 5 231 2.12 236 30 2 230 0.86 232 31 6 198 2.94 204 32 3 188 1.57 191 33 4 203 1.93 207 34 1 219 0.45 220 35 3 205 1.44 208 36 1 198 0.50 199 37 4 204 1.92 208 38 8 238 3.25 246 39 3 184 1.60 187 40 2 174 1.14 176 41 4 208 1.89 212 42 4 238 1.65 242 43 4 187 2.09 191 44 2 203 0.98 205 45 3 199 1.49 202 46 1 186 0.53 187 47 1 221 0.45 222 48 1 220 0.45 221 49 2 180 1.10 182 50 0 175 0.00 175 51 0 199 0.00 199 52 2 209 0.95 211 53 3 209 1.42 212 54 4 241 1.63 245 55 1 210 0.47 211 56 2 202 0.98 204 57 2 205 0.97 207 58 2 260 0.76 262 59 2 230 0.86 232 60 3 215 1.38 218 61 2 214 0.93 216 62 4 232 1.69 236 63 0 184 0.00 184 64 5 201 2.43 206 65 2 218 0.91 220 66 3 197 1.50 200 67 2 179 1.10 181 68 4 228 1.72 232 69 2 246 0.81 248 70 3 182 1.62 185 71 2 202 0.98 204 72 2 232 0.85 234 73 1 182 0.55 183 74 2 206 0.96 208 75 4 191 2.05 195 76 0 182 0.00 182 77 2 177 1.12 179 78 4 188 2.08 192 79 4 214 1.83 218 80 4 175 2.23 179 81 0 169 0.00 169 82 0 174 0.00 174 83 2 175 1.13 177 84 1 169 0.59 170 85 0 184 0.00 184 86 4 201 1.95 205 87 4 165 2.37 169 88 3 182 1.62 185 89 4 159 2.45 163 90 4 176 2.22 180 91 1 172 0.58 173 92 3 163 1.81 166 93 7 164 4.09 171 94 3 134 2.19 137 95 3 139 2.11 142 96 1 178 0.56 179 97 1 145 0.68 146 98 1 120 0.83 121 99 3 85 3.41 88 100 0 88 0.00 88 101 3 154 1.91 157 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 180 277 39.39 457 2 114 309 26.95 423 3 84 307 21.48 391 4 89 355 20.05 444 5 71 405 14.92 476 6 70 457 13.28 527 7 59 557 9.58 616 8 51 627 7.52 678 9 55 597 8.44 652 10 49 556 8.10 605 11 62 549 10.15 611 12 51 567 8.25 618 13 43 571 7.00 614 14 48 543 8.12 591 15 52 609 7.87 661 16 51 571 8.20 622 17 60 641 8.56 701 18 49 603 7.52 652 19 31 638 4.63 669 20 53 654 7.50 707 21 53 656 7.48 709 22 44 624 6.59 668 23 68 659 9.35 727 24 53 678 7.25 731 25 47 671 6.55 718 26 48 656 6.82 704 27 49 689 6.64 738 28 43 694 5.83 737 29 57 701 7.52 758 30 41 626 6.15 667 31 54 641 7.77 695 32 43 642 6.28 685 33 42 672 5.88 714 34 43 666 6.06 709 35 45 609 6.88 654 36 32 671 4.55 703 37 36 676 5.06 712 38 47 690 6.38 737 39 54 701 7.15 755 40 54 677 7.39 731 41 39 702 5.26 741 42 52 723 6.71 775 43 46 702 6.15 748 44 50 660 7.04 710 45 47 679 6.47 726 46 37 745 4.73 782 47 38 731 4.94 769 48 33 688 4.58 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473 2.27 484 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 68 73 48.23 141 2 53 73 42.06 126 3 74 85 46.54 159 4 55 90 37.93 145 5 20 146 12.05 166 6 14 81 14.74 95 7 16 71 18.39 87 8 19 69 21.59 88 9 10 74 11.90 84 10 7 67 9.46 74 11 17 77 18.09 94 12 13 91 12.50 104 13 11 86 11.34 97 14 13 70 15.66 83 15 14 50 21.88 64 16 12 55 17.91 67 17 9 61 12.86 70 18 18 55 24.66 73 19 14 61 18.67 75 20 20 67 22.99 87 21 16 58 21.62 74 22 21 60 25.93 81 23 14 74 15.91 88 24 25 68 26.88 93 25 14 48 22.58 62 26 8 53 13.11 61 27 16 62 20.51 78 28 19 48 28.36 67 29 13 64 16.88 77 30 15 57 20.83 72 31 12 69 14.81 81 32 11 52 17.46 63 33 12 40 23.08 52 34 9 57 13.64 66 35 15 61 19.74 76 36 19 51 27.14 70 37 15 44 25.42 59 38 12 56 17.65 68 39 13 39 25.00 52 40 17 34 33.33 51 41 6 51 10.53 57 42 12 59 16.90 71 43 7 52 11.86 59 44 19 42 31.15 61 45 16 66 19.51 82 46 9 46 16.36 55 47 14 52 21.21 66 48 9 48 15.79 57 49 9 64 12.33 73 50 11 37 22.92 48 51 5 41 10.87 46 52 8 52 13.33 60 53 14 42 25.00 56 54 14 53 20.90 67 55 10 59 14.49 69 56 10 33 23.26 43 57 16 40 28.57 56 58 11 44 20.00 55 59 8 40 16.67 48 60 10 39 20.41 49 61 7 27 20.59 34 62 4 27 12.90 31 63 5 34 12.82 39 64 9 36 20.00 45 65 3 26 10.34 29 66 7 24 22.58 31 67 5 43 10.42 48 68 17 50 25.37 67 69 10 35 22.22 45 70 10 30 25.00 40 71 6 27 18.18 33 72 13 21 38.24 34 73 9 28 24.32 37 74 6 26 18.75 32 75 9 33 21.43 42 76 12 30 28.57 42 77 9 28 24.32 37 78 7 15 31.82 22 79 7 30 18.92 37 80 7 21 25.00 28 81 6 28 17.65 34 82 6 26 18.75 32 83 10 17 37.04 27 84 6 20 23.08 26 85 7 24 22.58 31 86 7 25 21.88 32 87 7 25 21.88 32 88 7 17 29.17 24 89 9 17 34.62 26 90 6 19 24.00 25 91 6 21 22.22 27 92 3 24 11.11 27 93 2 29 6.45 31 94 6 20 23.08 26 95 6 22 21.43 28 96 2 16 11.11 18 97 6 16 27.27 22 98 8 16 33.33 24 99 3 0 100.00 3 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 27 135 16.67 162 2 37 123 23.12 160 3 23 120 16.08 143 4 33 164 16.75 197 5 5 224 2.18 229 6 1 322 0.31 323 7 1 160 0.62 161 8 0 168 0.00 168 9 0 177 0.00 177 10 2 142 1.39 144 11 1 178 0.56 179 12 2 152 1.30 154 13 2 169 1.17 171 14 1 154 0.65 155 15 4 173 2.26 177 16 1 126 0.79 127 17 1 138 0.72 139 18 1 107 0.93 108 19 3 129 2.27 132 20 2 105 1.87 107 21 3 110 2.65 113 22 1 141 0.70 142 23 1 95 1.04 96 24 0 122 0.00 122 25 0 115 0.00 115 26 1 130 0.76 131 27 1 114 0.87 115 28 0 109 0.00 109 29 2 122 1.61 124 30 1 100 0.99 101 31 5 108 4.42 113 32 0 105 0.00 105 33 1 134 0.74 135 34 1 114 0.87 115 35 3 115 2.54 118 36 0 129 0.00 129 37 4 130 2.99 134 38 0 98 0.00 98 39 1 124 0.80 125 40 1 93 1.06 94 41 1 78 1.27 79 42 0 89 0.00 89 43 1 112 0.88 113 44 2 105 1.87 107 45 1 61 1.61 62 46 2 79 2.47 81 47 5 88 5.38 93 48 4 86 4.44 90 49 1 73 1.35 74 50 0 85 0.00 85 51 1 65 1.52 66 52 1 72 1.37 73 53 3 68 4.23 71 54 1 69 1.43 70 55 1 61 1.61 62 56 1 69 1.43 70 57 0 69 0.00 69 58 4 93 4.12 97 59 2 85 2.30 87 60 1 71 1.39 72 61 1 68 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415 5.03 437 17 33 399 7.64 432 18 31 463 6.28 494 19 29 391 6.90 420 20 35 484 6.74 519 21 40 406 8.97 446 22 26 404 6.05 430 23 29 400 6.76 429 24 40 372 9.71 412 25 28 389 6.71 417 26 23 358 6.04 381 27 34 397 7.89 431 28 27 376 6.70 403 29 27 354 7.09 381 30 34 337 9.16 371 31 19 327 5.49 346 32 27 373 6.75 400 33 29 350 7.65 379 34 16 298 5.10 314 35 20 324 5.81 344 36 24 356 6.32 380 37 19 328 5.48 347 38 20 395 4.82 415 39 27 378 6.67 405 40 18 369 4.65 387 41 21 345 5.74 366 42 26 328 7.34 354 43 19 286 6.23 305 44 17 305 5.28 322 45 17 287 5.59 304 46 16 310 4.91 326 47 13 280 4.44 293 48 20 314 5.99 334 49 8 262 2.96 270 50 10 281 3.44 291 51 11 256 4.12 267 52 12 237 4.82 249 53 21 266 7.32 287 54 12 248 4.62 260 55 6 272 2.16 278 56 12 272 4.23 284 57 9 237 3.66 246 58 13 243 5.08 256 59 8 256 3.03 264 60 11 251 4.20 262 61 12 209 5.43 221 62 7 241 2.82 248 63 12 224 5.08 236 64 10 204 4.67 214 65 8 246 3.15 254 66 9 232 3.73 241 67 12 212 5.36 224 68 5 232 2.11 237 69 13 198 6.16 211 70 8 210 3.67 218 71 9 212 4.07 221 72 9 215 4.02 224 73 10 181 5.24 191 74 9 192 4.48 201 75 10 208 4.59 218 76 5 185 2.63 190 77 12 200 5.66 212 78 13 188 6.47 201 79 8 215 3.59 223 80 6 174 3.33 180 81 11 195 5.34 206 82 8 178 4.30 186 83 6 180 3.23 186 84 11 192 5.42 203 85 9 177 4.84 186 86 7 196 3.45 203 87 13 172 7.03 185 88 9 190 4.52 199 89 7 182 3.70 189 90 5 165 2.94 170 91 7 166 4.05 173 92 11 172 6.01 183 93 5 158 3.07 163 94 3 164 1.80 167 95 8 156 4.88 164 96 9 160 5.33 169 97 7 178 3.78 185 98 10 141 6.62 151 99 5 3 62.50 8