CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 92 171 34.98 263 2 85 217 28.15 302 3 93 151 38.11 244 4 72 132 35.29 204 5 90 113 44.33 203 6 83 86 49.11 169 7 85 97 46.70 182 8 43 132 24.57 175 9 30 112 21.13 142 10 36 130 21.69 166 11 40 110 26.67 150 12 40 118 25.32 158 13 33 107 23.57 140 14 36 123 22.64 159 15 37 131 22.02 168 16 35 97 26.52 132 17 31 102 23.31 133 18 29 115 20.14 144 19 44 114 27.85 158 20 36 114 24.00 150 21 28 113 19.86 141 22 32 132 19.51 164 23 33 113 22.60 146 24 27 129 17.31 156 25 32 108 22.86 140 26 31 132 19.02 163 27 22 129 14.57 151 28 37 105 26.06 142 29 25 124 16.78 149 30 31 121 20.39 152 31 31 111 21.83 142 32 27 112 19.42 139 33 23 139 14.20 162 34 33 118 21.85 151 35 29 114 20.28 143 36 36 128 21.95 164 37 26 134 16.25 160 38 33 154 17.65 187 39 40 123 24.54 163 40 29 114 20.28 143 41 21 83 20.19 104 42 31 139 18.24 170 43 23 132 14.84 155 44 26 102 20.31 128 45 38 125 23.31 163 46 26 128 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2.53 158 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 159 269 37.15 428 2 144 267 35.04 411 3 83 328 20.19 411 4 83 346 19.35 429 5 82 404 16.87 486 6 85 434 16.38 519 7 65 540 10.74 605 8 60 616 8.88 676 9 46 535 7.92 581 10 57 556 9.30 613 11 60 529 10.19 589 12 47 522 8.26 569 13 63 492 11.35 555 14 52 569 8.37 621 15 58 578 9.12 636 16 57 576 9.00 633 17 77 600 11.37 677 18 48 586 7.57 634 19 51 645 7.33 696 20 61 610 9.09 671 21 56 619 8.30 675 22 63 639 8.97 702 23 56 636 8.09 692 24 44 660 6.25 704 25 48 684 6.56 732 26 58 664 8.03 722 27 62 650 8.71 712 28 59 659 8.22 718 29 53 656 7.48 709 30 46 635 6.75 681 31 46 652 6.59 698 32 58 631 8.42 689 33 29 660 4.21 689 34 41 656 5.88 697 35 55 654 7.76 709 36 42 670 5.90 712 37 47 637 6.87 684 38 54 695 7.21 749 39 40 686 5.51 726 40 61 680 8.23 741 41 56 676 7.65 732 42 46 662 6.50 708 43 52 636 7.56 688 44 54 618 8.04 672 45 47 661 6.64 708 46 49 674 6.78 723 47 44 698 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17 292 5.50 309 101 27 439 5.79 466 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 85 118 41.87 203 2 65 118 35.52 183 3 71 102 41.04 173 4 71 117 37.77 188 5 29 169 14.65 198 6 21 74 22.11 95 7 21 98 17.65 119 8 15 116 11.45 131 9 15 89 14.42 104 10 12 78 13.33 90 11 12 97 11.01 109 12 15 76 16.48 91 13 19 72 20.88 91 14 19 81 19.00 100 15 17 60 22.08 77 16 14 86 14.00 100 17 26 85 23.42 111 18 16 69 18.82 85 19 20 71 21.98 91 20 14 70 16.67 84 21 15 55 21.43 70 22 19 75 20.21 94 23 16 52 23.53 68 24 19 68 21.84 87 25 14 68 17.07 82 26 12 59 16.90 71 27 12 76 13.64 88 28 13 47 21.67 60 29 17 54 23.94 71 30 11 64 14.67 75 31 12 64 15.79 76 32 18 60 23.08 78 33 11 58 15.94 69 34 21 64 24.71 85 35 22 64 25.58 86 36 14 68 17.07 82 37 10 59 14.49 69 38 10 70 12.50 80 39 10 61 14.08 71 40 12 60 16.67 72 41 13 56 18.84 69 42 15 69 17.86 84 43 8 46 14.81 54 44 13 62 17.33 75 45 22 46 32.35 68 46 17 42 28.81 59 47 14 56 20.00 70 48 11 55 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24 98 19.67 122 2 28 99 22.05 127 3 27 121 18.24 148 4 34 129 20.86 163 5 3 232 1.28 235 6 4 300 1.32 304 7 1 172 0.58 173 8 3 156 1.89 159 9 1 159 0.62 160 10 2 143 1.38 145 11 1 189 0.53 190 12 0 138 0.00 138 13 1 152 0.65 153 14 1 145 0.68 146 15 4 148 2.63 152 16 4 141 2.76 145 17 3 122 2.40 125 18 2 125 1.57 127 19 1 140 0.71 141 20 2 123 1.60 125 21 2 104 1.89 106 22 1 153 0.65 154 23 2 116 1.69 118 24 4 123 3.15 127 25 2 126 1.56 128 26 2 142 1.39 144 27 2 129 1.53 131 28 3 102 2.86 105 29 2 125 1.57 127 30 3 114 2.56 117 31 2 114 1.72 116 32 2 104 1.89 106 33 1 135 0.74 136 34 0 115 0.00 115 35 0 118 0.00 118 36 1 138 0.72 139 37 1 93 1.06 94 38 0 86 0.00 86 39 2 140 1.41 142 40 1 99 1.00 100 41 4 89 4.30 93 42 0 78 0.00 78 43 0 119 0.00 119 44 1 88 1.12 89 45 0 103 0.00 103 46 0 68 0.00 68 47 2 84 2.33 86 48 0 88 0.00 88 49 0 81 0.00 81 50 1 89 1.11 90 51 2 71 2.74 73 52 0 70 0.00 70 53 1 90 1.10 91 54 1 70 1.41 71 55 1 77 1.28 78 56 2 98 2.00 100 57 0 89 0.00 89 58 2 95 2.06 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4.52 465 14 37 456 7.51 493 15 33 497 6.23 530 16 36 416 7.96 452 17 33 424 7.22 457 18 37 431 7.91 468 19 28 450 5.86 478 20 29 469 5.82 498 21 35 440 7.37 475 22 30 408 6.85 438 23 29 410 6.61 439 24 34 328 9.39 362 25 24 390 5.80 414 26 37 365 9.20 402 27 27 392 6.44 419 28 20 382 4.98 402 29 22 405 5.15 427 30 25 406 5.80 431 31 26 362 6.70 388 32 26 338 7.14 364 33 23 313 6.85 336 34 21 328 6.02 349 35 24 311 7.16 335 36 29 375 7.18 404 37 20 355 5.33 375 38 28 350 7.41 378 39 28 323 7.98 351 40 20 372 5.10 392 41 23 318 6.74 341 42 21 328 6.02 349 43 19 312 5.74 331 44 23 305 7.01 328 45 24 328 6.82 352 46 14 309 4.33 323 47 18 289 5.86 307 48 21 261 7.45 282 49 13 279 4.45 292 50 23 280 7.59 303 51 18 299 5.68 317 52 12 240 4.76 252 53 24 251 8.73 275 54 20 292 6.41 312 55 15 275 5.17 290 56 17 273 5.86 290 57 18 310 5.49 328 58 8 244 3.17 252 59 10 257 3.75 267 60 17 244 6.51 261 61 8 226 3.42 234 62 13 216 5.68 229 63 11 215 4.87 226 64 11 213 4.91 224 65 9 231 3.75 240 66 10 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