CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 67 178 27.35 245 2 72 194 27.07 266 3 77 173 30.80 250 4 79 123 39.11 202 5 74 125 37.19 199 6 71 94 43.03 165 7 73 95 43.45 168 8 47 110 29.94 157 9 35 98 26.32 133 10 39 112 25.83 151 11 20 125 13.79 145 12 41 113 26.62 154 13 34 95 26.36 129 14 25 112 18.25 137 15 42 103 28.97 145 16 34 111 23.45 145 17 22 95 18.80 117 18 36 112 24.32 148 19 21 103 16.94 124 20 22 103 17.60 125 21 32 112 22.22 144 22 25 127 16.45 152 23 28 98 22.22 126 24 26 109 19.26 135 25 21 104 16.80 125 26 32 104 23.53 136 27 32 112 22.22 144 28 27 112 19.42 139 29 25 121 17.12 146 30 24 118 16.90 142 31 29 98 22.83 127 32 35 133 20.83 168 33 21 106 16.54 127 34 29 120 19.46 149 35 30 116 20.55 146 36 34 130 20.73 164 37 22 105 17.32 127 38 24 118 16.90 142 39 36 102 26.09 138 40 25 104 19.38 129 41 34 91 27.20 125 42 29 101 22.31 130 43 26 118 18.06 144 44 38 97 28.15 135 45 23 115 16.67 138 46 23 114 16.79 137 47 30 114 20.83 144 48 26 119 17.93 145 49 33 91 26.61 124 50 30 110 21.43 140 51 37 115 24.34 152 52 32 106 23.19 138 53 23 101 18.55 124 54 26 117 18.18 143 55 26 117 18.18 143 56 23 117 16.43 140 57 28 99 22.05 127 58 23 114 16.79 137 59 24 99 19.51 123 60 26 105 19.85 131 61 32 114 21.92 146 62 33 97 25.38 130 63 24 105 18.60 129 64 24 108 18.18 132 65 22 105 17.32 127 66 22 98 18.33 120 67 25 113 18.12 138 68 19 82 18.81 101 69 25 118 17.48 143 70 22 91 19.47 113 71 31 93 25.00 124 72 21 105 16.67 126 73 20 99 16.81 119 74 35 86 28.93 121 75 19 85 18.27 104 76 26 111 18.98 137 77 21 102 17.07 123 78 20 129 13.42 149 79 22 91 19.47 113 80 30 89 25.21 119 81 22 87 20.18 109 82 23 104 18.11 127 83 22 90 19.64 112 84 30 103 22.56 133 85 19 79 19.39 98 86 31 93 25.00 124 87 22 83 20.95 105 88 30 85 26.09 115 89 18 90 16.67 108 90 28 95 22.76 123 91 21 77 21.43 98 92 29 92 23.97 121 93 21 90 18.92 111 94 15 84 15.15 99 95 21 100 17.36 121 96 19 76 20.00 95 97 15 84 15.15 99 98 16 70 18.60 86 99 16 81 16.49 97 100 17 80 17.53 97 101 15 62 19.48 77 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 114 197 36.66 311 2 74 194 27.61 268 3 33 180 15.49 213 4 17 182 8.54 199 5 14 170 7.61 184 6 13 173 6.99 186 7 11 207 5.05 218 8 3 224 1.32 227 9 6 211 2.76 217 10 6 195 2.99 201 11 1 222 0.45 223 12 4 192 2.04 196 13 2 202 0.98 204 14 4 226 1.74 230 15 6 205 2.84 211 16 1 204 0.49 205 17 2 194 1.02 196 18 5 212 2.30 217 19 5 197 2.48 202 20 5 193 2.53 198 21 3 221 1.34 224 22 1 228 0.44 229 23 1 202 0.49 203 24 4 212 1.85 216 25 3 195 1.52 198 26 0 209 0.00 209 27 4 204 1.92 208 28 1 237 0.42 238 29 1 207 0.48 208 30 3 191 1.55 194 31 0 213 0.00 213 32 1 207 0.48 208 33 3 211 1.40 214 34 5 200 2.44 205 35 3 207 1.43 210 36 0 224 0.00 224 37 2 189 1.05 191 38 3 201 1.47 204 39 4 201 1.95 205 40 1 203 0.49 204 41 3 219 1.35 222 42 3 174 1.69 177 43 6 220 2.65 226 44 3 208 1.42 211 45 2 195 1.02 197 46 3 209 1.42 212 47 1 200 0.50 201 48 2 195 1.02 197 49 7 178 3.78 185 50 4 237 1.66 241 51 1 223 0.45 224 52 5 177 2.75 182 53 1 208 0.48 209 54 2 228 0.87 230 55 3 239 1.24 242 56 4 218 1.80 222 57 2 225 0.88 227 58 6 204 2.86 210 59 1 200 0.50 201 60 2 212 0.93 214 61 1 200 0.50 201 62 3 191 1.55 194 63 3 209 1.42 212 64 4 198 1.98 202 65 0 223 0.00 223 66 3 217 1.36 220 67 3 197 1.50 200 68 4 222 1.77 226 69 2 205 0.97 207 70 5 176 2.76 181 71 2 192 1.03 194 72 1 208 0.48 209 73 2 204 0.97 206 74 3 196 1.51 199 75 5 190 2.56 195 76 5 184 2.65 189 77 0 194 0.00 194 78 0 197 0.00 197 79 5 162 2.99 167 80 5 173 2.81 178 81 3 194 1.52 197 82 3 178 1.66 181 83 4 173 2.26 177 84 6 189 3.08 195 85 4 202 1.94 206 86 3 165 1.79 168 87 2 180 1.10 182 88 4 159 2.45 163 89 1 172 0.58 173 90 4 169 2.31 173 91 2 158 1.25 160 92 4 194 2.02 198 93 3 166 1.78 169 94 2 169 1.17 171 95 1 157 0.63 158 96 3 154 1.91 157 97 3 145 2.03 148 98 2 124 1.59 126 99 0 93 0.00 93 100 4 88 4.35 92 101 3 150 1.96 153 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 194 276 41.28 470 2 123 304 28.81 427 3 105 297 26.12 402 4 97 327 22.88 424 5 86 435 16.51 521 6 80 440 15.38 520 7 69 564 10.90 633 8 61 617 9.00 678 9 40 553 6.75 593 10 58 531 9.85 589 11 63 509 11.01 572 12 53 547 8.83 600 13 60 524 10.27 584 14 60 549 9.85 609 15 49 571 7.90 620 16 51 554 8.43 605 17 57 576 9.00 633 18 61 612 9.06 673 19 55 657 7.72 712 20 59 608 8.85 667 21 53 664 7.39 717 22 58 635 8.37 693 23 63 671 8.58 734 24 53 607 8.03 660 25 50 695 6.71 745 26 65 667 8.88 732 27 44 661 6.24 705 28 49 687 6.66 736 29 60 671 8.21 731 30 56 659 7.83 715 31 45 697 6.06 742 32 61 687 8.16 748 33 48 653 6.85 701 34 39 616 5.95 655 35 62 664 8.54 726 36 60 664 8.29 724 37 48 708 6.35 756 38 52 694 6.97 746 39 49 631 7.21 680 40 48 640 6.98 688 41 58 644 8.26 702 42 51 677 7.01 728 43 42 667 5.92 709 44 41 725 5.35 766 45 52 653 7.38 705 46 39 657 5.60 696 47 50 673 6.92 723 48 54 694 7.22 748 49 47 692 6.36 739 50 48 648 6.90 696 51 47 654 6.70 701 52 38 669 5.37 707 53 38 674 5.34 712 54 63 697 8.29 760 55 38 667 5.39 705 56 55 654 7.76 709 57 48 679 6.60 727 58 42 671 5.89 713 59 55 695 7.33 750 60 43 604 6.65 647 61 30 658 4.36 688 62 54 660 7.56 714 63 34 638 5.06 672 64 35 639 5.19 674 65 40 620 6.06 660 66 23 656 3.39 679 67 31 554 5.30 585 68 37 597 5.84 634 69 37 569 6.11 606 70 42 666 5.93 708 71 32 606 5.02 638 72 49 580 7.79 629 73 34 598 5.38 632 74 40 535 6.96 575 75 27 581 4.44 608 76 39 572 6.38 611 77 40 520 7.14 560 78 34 573 5.60 607 79 31 570 5.16 601 80 41 593 6.47 634 81 27 535 4.80 562 82 25 571 4.19 596 83 38 529 6.70 567 84 38 540 6.57 578 85 21 518 3.90 539 86 38 494 7.14 532 87 27 504 5.08 531 88 19 518 3.54 537 89 28 520 5.11 548 90 31 488 5.97 519 91 25 518 4.60 543 92 27 489 5.23 516 93 30 473 5.96 503 94 24 483 4.73 507 95 35 477 6.84 512 96 33 459 6.71 492 97 25 459 5.17 484 98 24 437 5.21 461 99 18 301 5.64 319 100 16 266 5.67 282 101 20 436 4.39 456 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 83 96 46.37 179 2 65 90 41.94 155 3 61 99 38.12 160 4 66 121 35.29 187 5 20 135 12.90 155 6 20 58 25.64 78 7 11 91 10.78 102 8 12 101 10.62 113 9 11 92 10.68 103 10 12 65 15.58 77 11 20 78 20.41 98 12 12 81 12.90 93 13 16 75 17.58 91 14 22 92 19.30 114 15 18 65 21.69 83 16 21 53 28.38 74 17 14 64 17.95 78 18 17 63 21.25 80 19 17 70 19.54 87 20 22 74 22.92 96 21 12 52 18.75 64 22 18 71 20.22 89 23 14 47 22.95 61 24 15 63 19.23 78 25 15 66 18.52 81 26 11 46 19.30 57 27 13 76 14.61 89 28 14 40 25.93 54 29 13 66 16.46 79 30 15 49 23.44 64 31 16 48 25.00 64 32 11 50 18.03 61 33 16 50 24.24 66 34 15 46 24.59 61 35 23 66 25.84 89 36 8 42 16.00 50 37 23 48 32.39 71 38 14 58 19.44 72 39 8 51 13.56 59 40 14 48 22.58 62 41 16 61 20.78 77 42 10 47 17.54 57 43 10 39 20.41 49 44 13 48 21.31 61 45 16 81 16.49 97 46 16 37 30.19 53 47 7 45 13.46 52 48 12 33 26.67 45 49 10 65 13.33 75 50 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