CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 71 135 34.47 206 2 50 151 24.88 201 3 61 139 30.50 200 4 82 113 42.05 195 5 58 97 37.42 155 6 54 109 33.13 163 7 64 100 39.02 164 8 30 114 20.83 144 9 22 90 19.64 112 10 27 99 21.43 126 11 33 105 23.91 138 12 28 95 22.76 123 13 30 109 21.58 139 14 32 115 21.77 147 15 33 94 25.98 127 16 29 94 23.58 123 17 20 89 18.35 109 18 22 110 16.67 132 19 14 97 12.61 111 20 21 94 18.26 115 21 22 112 16.42 134 22 22 100 18.03 122 23 24 107 18.32 131 24 23 92 20.00 115 25 21 94 18.26 115 26 30 110 21.43 140 27 26 99 20.80 125 28 21 109 16.15 130 29 30 105 22.22 135 30 22 114 16.18 136 31 25 109 18.66 134 32 22 118 15.71 140 33 26 101 20.47 127 34 23 107 17.69 130 35 23 102 18.40 125 36 22 111 16.54 133 37 30 109 21.58 139 38 15 105 12.50 120 39 14 98 12.50 112 40 23 88 20.72 111 41 20 113 15.04 133 42 21 108 16.28 129 43 17 116 12.78 133 44 22 100 18.03 122 45 13 109 10.66 122 46 24 96 20.00 120 47 24 102 19.05 126 48 16 84 16.00 100 49 17 116 12.78 133 50 17 89 16.04 106 51 35 103 25.36 138 52 19 105 15.32 124 53 30 99 23.26 129 54 22 103 17.60 125 55 15 102 12.82 117 56 18 91 16.51 109 57 24 102 19.05 126 58 28 98 22.22 126 59 25 93 21.19 118 60 20 90 18.18 110 61 23 99 18.85 122 62 23 98 19.01 121 63 20 100 16.67 120 64 21 73 22.34 94 65 20 96 17.24 116 66 12 72 14.29 84 67 20 91 18.02 111 68 20 72 21.74 92 69 21 79 21.00 100 70 31 73 29.81 104 71 22 77 22.22 99 72 23 72 24.21 95 73 13 91 12.50 104 74 16 73 17.98 89 75 16 77 17.20 93 76 22 74 22.92 96 77 20 77 20.62 97 78 26 83 23.85 109 79 23 91 20.18 114 80 15 86 14.85 101 81 12 88 12.00 100 82 22 70 23.91 92 83 23 78 22.77 101 84 12 82 12.77 94 85 14 77 15.38 91 86 13 75 14.77 88 87 13 81 13.83 94 88 11 69 13.75 80 89 14 69 16.87 83 90 16 85 15.84 101 91 14 72 16.28 86 92 16 56 22.22 72 93 19 76 20.00 95 94 12 65 15.58 77 95 12 75 13.79 87 96 16 60 21.05 76 97 16 66 19.51 82 98 13 62 17.33 75 99 10 44 18.52 54 100 9 49 15.52 58 101 10 57 14.93 67 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 109 184 37.20 293 2 71 161 30.60 232 3 30 176 14.56 206 4 21 182 10.34 203 5 19 145 11.59 164 6 7 143 4.67 150 7 12 204 5.56 216 8 5 189 2.58 194 9 3 206 1.44 209 10 5 207 2.36 212 11 1 169 0.59 170 12 3 184 1.60 187 13 5 173 2.81 178 14 3 198 1.49 201 15 3 174 1.69 177 16 3 167 1.76 170 17 4 164 2.38 168 18 4 160 2.44 164 19 5 167 2.91 172 20 7 168 4.00 175 21 1 179 0.56 180 22 4 204 1.92 208 23 2 183 1.08 185 24 4 199 1.97 203 25 0 188 0.00 188 26 2 165 1.20 167 27 1 177 0.56 178 28 3 193 1.53 196 29 3 192 1.54 195 30 3 199 1.49 202 31 3 166 1.78 169 32 4 175 2.23 179 33 4 190 2.06 194 34 2 175 1.13 177 35 7 170 3.95 177 36 3 192 1.54 195 37 1 179 0.56 180 38 6 185 3.14 191 39 5 170 2.86 175 40 3 172 1.71 175 41 2 202 0.98 204 42 3 188 1.57 191 43 0 158 0.00 158 44 5 184 2.65 189 45 3 167 1.76 170 46 2 143 1.38 145 47 0 179 0.00 179 48 1 182 0.55 183 49 0 164 0.00 164 50 2 165 1.20 167 51 2 185 1.07 187 52 2 166 1.19 168 53 3 173 1.70 176 54 3 175 1.69 178 55 8 173 4.42 181 56 2 162 1.22 164 57 3 184 1.60 187 58 4 177 2.21 181 59 6 172 3.37 178 60 3 184 1.60 187 61 8 166 4.60 174 62 4 191 2.05 195 63 2 171 1.16 173 64 4 164 2.38 168 65 0 158 0.00 158 66 4 166 2.35 170 67 5 180 2.70 185 68 3 161 1.83 164 69 2 160 1.23 162 70 3 167 1.76 170 71 1 158 0.63 159 72 3 158 1.86 161 73 5 160 3.03 165 74 1 146 0.68 147 75 2 138 1.43 140 76 3 143 2.05 146 77 2 132 1.49 134 78 2 166 1.19 168 79 2 149 1.32 151 80 1 132 0.75 133 81 1 142 0.70 143 82 2 142 1.39 144 83 3 129 2.27 132 84 1 126 0.79 127 85 3 138 2.13 141 86 2 115 1.71 117 87 0 126 0.00 126 88 4 128 3.03 132 89 1 122 0.81 123 90 4 120 3.23 124 91 3 117 2.50 120 92 0 134 0.00 134 93 3 123 2.38 126 94 2 124 1.59 126 95 2 115 1.71 117 96 3 107 2.73 110 97 0 110 0.00 110 98 2 80 2.44 82 99 0 62 0.00 62 100 0 57 0.00 57 101 4 82 4.65 86 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 182 275 39.82 457 2 153 269 36.26 422 3 124 296 29.52 420 4 109 312 25.89 421 5 113 355 24.15 468 6 93 436 17.58 529 7 94 469 16.70 563 8 61 517 10.55 578 9 90 493 15.44 583 10 79 505 13.53 584 11 74 448 14.18 522 12 74 501 12.87 575 13 76 452 14.39 528 14 81 493 14.11 574 15 69 497 12.19 566 16 75 567 11.68 642 17 75 540 12.20 615 18 77 594 11.48 671 19 72 564 11.32 636 20 76 592 11.38 668 21 86 597 12.59 683 22 83 565 12.81 648 23 71 589 10.76 660 24 79 587 11.86 666 25 80 624 11.36 704 26 63 643 8.92 706 27 76 553 12.08 629 28 76 605 11.16 681 29 75 598 11.14 673 30 74 550 11.86 624 31 65 607 9.67 672 32 70 529 11.69 599 33 68 553 10.95 621 34 73 553 11.66 626 35 58 569 9.25 627 36 57 555 9.31 612 37 55 580 8.66 635 38 69 586 10.53 655 39 59 608 8.85 667 40 51 592 7.93 643 41 55 543 9.20 598 42 62 544 10.23 606 43 61 566 9.73 627 44 47 559 7.76 606 45 57 551 9.38 608 46 48 571 7.75 619 47 46 563 7.55 609 48 61 539 10.17 600 49 50 592 7.79 642 50 49 552 8.15 601 51 42 546 7.14 588 52 49 540 8.32 589 53 44 565 7.22 609 54 40 524 7.09 564 55 44 544 7.48 588 56 34 546 5.86 580 57 39 578 6.32 617 58 36 523 6.44 559 59 42 553 7.06 595 60 31 492 5.93 523 61 37 529 6.54 566 62 38 452 7.76 490 63 28 475 5.57 503 64 35 519 6.32 554 65 36 478 7.00 514 66 34 471 6.73 505 67 25 526 4.54 551 68 26 494 5.00 520 69 33 454 6.78 487 70 26 433 5.66 459 71 36 441 7.55 477 72 19 428 4.25 447 73 33 450 6.83 483 74 22 419 4.99 441 75 18 461 3.76 479 76 19 428 4.25 447 77 28 429 6.13 457 78 17 422 3.87 439 79 29 448 6.08 477 80 22 403 5.18 425 81 16 397 3.87 413 82 27 369 6.82 396 83 19 371 4.87 390 84 11 384 2.78 395 85 22 390 5.34 412 86 21 390 5.11 411 87 17 395 4.13 412 88 19 380 4.76 399 89 21 358 5.54 379 90 18 393 4.38 411 91 23 384 5.65 407 92 17 343 4.72 360 93 20 332 5.68 352 94 19 371 4.87 390 95 15 367 3.93 382 96 23 323 6.65 346 97 20 330 5.71 350 98 13 299 4.17 312 99 7 186 3.63 193 100 13 179 6.77 192 101 10 305 3.17 315 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 41 83 33.06 124 2 50 92 35.21 142 3 46 77 37.40 123 4 42 86 32.81 128 5 19 143 11.73 162 6 12 55 17.91 67 7 12 71 14.46 83 8 11 76 12.64 87 9 8 78 9.30 86 10 15 61 19.74 76 11 13 55 19.12 68 12 9 69 11.54 78 13 13 59 18.06 72 14 11 67 14.10 78 15 15 52 22.39 67 16 8 42 16.00 50 17 18 60 23.08 78 18 8 39 17.02 47 19 10 61 14.08 71 20 7 50 12.28 57 21 14 54 20.59 68 22 12 58 17.14 70 23 15 45 25.00 60 24 9 54 14.29 63 25 11 48 18.64 59 26 6 49 10.91 55 27 10 53 15.87 63 28 19 44 30.16 63 29 7 35 16.67 42 30 9 43 17.31 52 31 11 55 16.67 66 32 8 44 15.38 52 33 9 46 16.36 55 34 8 49 14.04 57 35 13 61 17.57 74 36 10 43 18.87 53 37 11 48 18.64 59 38 7 45 13.46 52 39 8 37 17.78 45 40 11 40 21.57 51 41 8 31 20.51 39 42 12 52 18.75 64 43 11 40 21.57 51 44 5 42 10.64 47 45 16 42 27.59 58 46 4 25 13.79 29 47 5 39 11.36 44 48 7 38 15.56 45 49 9 46 16.36 55 50 5 40 11.11 45 51 10 44 18.52 54 52 10 37 21.28 47 53 13 33 28.26 46 54 5 35 12.50 40 55 5 18 21.74 23 56 8 27 22.86 35 57 6 30 16.67 36 58 8 31 20.51 39 59 1 18 5.26 19 60 8 32 20.00 40 61 9 19 32.14 28 62 4 33 10.81 37 63 7 24 22.58 31 64 7 31 18.42 38 65 7 21 25.00 28 66 7 24 22.58 31 67 2 23 8.00 25 68 1 25 3.85 26 69 8 33 19.51 41 70 8 26 23.53 34 71 7 14 33.33 21 72 2 18 10.00 20 73 10 18 35.71 28 74 7 18 28.00 25 75 3 21 12.50 24 76 4 21 16.00 25 77 5 28 15.15 33 78 4 26 13.33 30 79 2 9 18.18 11 80 2 18 10.00 20 81 1 14 6.67 15 82 3 24 11.11 27 83 3 9 25.00 12 84 7 19 26.92 26 85 2 18 10.00 20 86 3 14 17.65 17 87 3 21 12.50 24 88 4 16 20.00 20 89 5 27 15.62 32 90 3 22 12.00 25 91 4 25 13.79 29 92 5 15 25.00 20 93 4 14 22.22 18 94 5 13 27.78 18 95 7 13 35.00 20 96 4 23 14.81 27 97 4 19 17.39 23 98 3 23 11.54 26 99 5 1 83.33 6 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 23 76 23.23 99 2 22 93 19.13 115 3 15 85 15.00 100 4 17 98 14.78 115 5 4 173 2.26 177 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59 374 13.63 433 21 61 332 15.52 393 22 57 311 15.49 368 23 41 342 10.70 383 24 55 317 14.78 372 25 43 274 13.56 317 26 45 298 13.12 343 27 60 299 16.71 359 28 46 322 12.50 368 29 43 306 12.32 349 30 49 286 14.63 335 31 35 271 11.44 306 32 49 282 14.80 331 33 50 240 17.24 290 34 35 248 12.37 283 35 40 273 12.78 313 36 44 289 13.21 333 37 27 281 8.77 308 38 36 266 11.92 302 39 47 230 16.97 277 40 35 254 12.11 289 41 43 223 16.17 266 42 33 262 11.19 295 43 22 233 8.63 255 44 27 214 11.20 241 45 31 212 12.76 243 46 18 235 7.11 253 47 19 199 8.72 218 48 25 211 10.59 236 49 17 222 7.11 239 50 13 207 5.91 220 51 20 212 8.62 232 52 7 180 3.74 187 53 14 203 6.45 217 54 19 175 9.79 194 55 13 157 7.65 170 56 9 174 4.92 183 57 12 181 6.22 193 58 8 176 4.35 184 59 12 162 6.90 174 60 13 170 7.10 183 61 8 150 5.06 158 62 8 141 5.37 149 63 11 134 7.59 145 64 5 163 2.98 168 65 8 155 4.91 163 66 10 152 6.17 162 67 4 161 2.42 165 68 9 147 5.77 156 69 13 134 8.84 147 70 5 138 3.50 143 71 4 127 3.05 131 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