CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 71 136 34.30 207 2 70 169 29.29 239 3 72 137 34.45 209 4 61 122 33.33 183 5 56 117 32.37 173 6 65 90 41.94 155 7 87 105 45.31 192 8 30 114 20.83 144 9 30 94 24.19 124 10 35 114 23.49 149 11 31 103 23.13 134 12 24 96 20.00 120 13 29 118 19.73 147 14 31 91 25.41 122 15 24 104 18.75 128 16 27 111 19.57 138 17 26 102 20.31 128 18 29 119 19.59 148 19 25 122 17.01 147 20 27 97 21.77 124 21 41 89 31.54 130 22 29 111 20.71 140 23 29 101 22.31 130 24 31 82 27.43 113 25 17 113 13.08 130 26 30 123 19.61 153 27 31 95 24.60 126 28 33 108 23.40 141 29 23 117 16.43 140 30 30 121 19.87 151 31 29 108 21.17 137 32 23 118 16.31 141 33 32 95 25.20 127 34 29 119 19.59 148 35 31 120 20.53 151 36 26 101 20.47 127 37 32 101 24.06 133 38 21 120 14.89 141 39 24 88 21.43 112 40 28 112 20.00 140 41 31 107 22.46 138 42 26 100 20.63 126 43 31 128 19.50 159 44 25 108 18.80 133 45 30 110 21.43 140 46 27 99 21.43 126 47 22 111 16.54 133 48 31 112 21.68 143 49 21 107 16.41 128 50 23 101 18.55 124 51 22 101 17.89 123 52 21 99 17.50 120 53 22 96 18.64 118 54 26 83 23.85 109 55 22 107 17.05 129 56 23 96 19.33 119 57 20 98 16.95 118 58 22 107 17.05 129 59 27 108 20.00 135 60 24 101 19.20 125 61 33 104 24.09 137 62 25 91 21.55 116 63 19 99 16.10 118 64 24 91 20.87 115 65 18 106 14.52 124 66 29 93 23.77 122 67 20 76 20.83 96 68 23 91 20.18 114 69 31 100 23.66 131 70 25 78 24.27 103 71 39 86 31.20 125 72 20 110 15.38 130 73 25 102 19.69 127 74 17 83 17.00 100 75 18 100 15.25 118 76 26 96 21.31 122 77 20 81 19.80 101 78 28 75 27.18 103 79 23 110 17.29 133 80 21 67 23.86 88 81 21 78 21.21 99 82 19 75 20.21 94 83 15 85 15.00 100 84 25 82 23.36 107 85 13 67 16.25 80 86 21 83 20.19 104 87 9 98 8.41 107 88 20 79 20.20 99 89 17 71 19.32 88 90 16 83 16.16 99 91 15 75 16.67 90 92 13 87 13.00 100 93 18 77 18.95 95 94 21 64 24.71 85 95 23 78 22.77 101 96 16 83 16.16 99 97 14 72 16.28 86 98 12 71 14.46 83 99 6 63 8.70 69 100 18 63 22.22 81 101 12 75 13.79 87 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 100 182 35.46 282 2 75 164 31.38 239 3 32 161 16.58 193 4 21 159 11.67 180 5 16 158 9.20 174 6 10 173 5.46 183 7 10 184 5.15 194 8 3 196 1.51 199 9 9 193 4.46 202 10 4 203 1.93 207 11 3 180 1.64 183 12 6 202 2.88 208 13 6 208 2.80 214 14 3 181 1.63 184 15 2 189 1.05 191 16 2 173 1.14 175 17 7 187 3.61 194 18 5 201 2.43 206 19 6 187 3.11 193 20 2 233 0.85 235 21 2 209 0.95 211 22 2 217 0.91 219 23 2 198 1.00 200 24 5 192 2.54 197 25 6 226 2.59 232 26 3 194 1.52 197 27 5 186 2.62 191 28 1 222 0.45 223 29 3 221 1.34 224 30 5 195 2.50 200 31 2 200 0.99 202 32 3 237 1.25 240 33 4 187 2.09 191 34 0 206 0.00 206 35 3 194 1.52 197 36 3 211 1.40 214 37 1 210 0.47 211 38 4 179 2.19 183 39 3 215 1.38 218 40 2 206 0.96 208 41 5 188 2.59 193 42 6 205 2.84 211 43 2 206 0.96 208 44 3 180 1.64 183 45 1 210 0.47 211 46 2 192 1.03 194 47 3 203 1.46 206 48 1 210 0.47 211 49 3 221 1.34 224 50 4 176 2.22 180 51 1 170 0.58 171 52 3 183 1.61 186 53 2 202 0.98 204 54 2 203 0.98 205 55 2 215 0.92 217 56 1 203 0.49 204 57 4 219 1.79 223 58 4 214 1.83 218 59 2 180 1.10 182 60 1 214 0.47 215 61 4 196 2.00 200 62 4 164 2.38 168 63 4 184 2.13 188 64 2 198 1.00 200 65 11 198 5.26 209 66 6 181 3.21 187 67 2 188 1.05 190 68 2 197 1.01 199 69 2 187 1.06 189 70 2 183 1.08 185 71 3 169 1.74 172 72 1 177 0.56 178 73 6 184 3.16 190 74 0 173 0.00 173 75 2 144 1.37 146 76 7 173 3.89 180 77 5 175 2.78 180 78 5 170 2.86 175 79 2 179 1.10 181 80 3 166 1.78 169 81 4 171 2.29 175 82 1 125 0.79 126 83 4 166 2.35 170 84 2 141 1.40 143 85 1 169 0.59 170 86 4 169 2.31 173 87 3 141 2.08 144 88 2 163 1.21 165 89 1 143 0.69 144 90 1 156 0.64 157 91 3 124 2.36 127 92 3 146 2.01 149 93 4 126 3.08 130 94 1 128 0.78 129 95 4 132 2.94 136 96 5 161 3.01 166 97 2 103 1.90 105 98 3 98 2.97 101 99 2 62 3.12 64 100 1 66 1.49 67 101 2 118 1.67 120 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 177 296 37.42 473 2 159 311 33.83 470 3 115 303 27.51 418 4 112 360 23.73 472 5 108 384 21.95 492 6 105 417 20.11 522 7 95 534 15.10 629 8 81 612 11.69 693 9 71 524 11.93 595 10 84 539 13.48 623 11 78 556 12.30 634 12 82 516 13.71 598 13 83 570 12.71 653 14 81 527 13.32 608 15 81 589 12.09 670 16 84 558 13.08 642 17 81 607 11.77 688 18 70 554 11.22 624 19 78 620 11.17 698 20 101 634 13.74 735 21 68 610 10.03 678 22 88 576 13.25 664 23 69 595 10.39 664 24 78 588 11.71 666 25 77 629 10.91 706 26 80 617 11.48 697 27 71 635 10.06 706 28 73 632 10.35 705 29 78 640 10.86 718 30 71 625 10.20 696 31 68 643 9.56 711 32 82 624 11.61 706 33 67 594 10.14 661 34 77 598 11.41 675 35 70 613 10.25 683 36 61 640 8.70 701 37 72 661 9.82 733 38 59 691 7.87 750 39 63 649 8.85 712 40 69 611 10.15 680 41 59 614 8.77 673 42 53 624 7.83 677 43 53 607 8.03 660 44 57 635 8.24 692 45 43 595 6.74 638 46 56 612 8.38 668 47 61 663 8.43 724 48 39 607 6.04 646 49 54 606 8.18 660 50 64 617 9.40 681 51 45 606 6.91 651 52 60 628 8.72 688 53 49 592 7.64 641 54 54 574 8.60 628 55 49 607 7.47 656 56 47 618 7.07 665 57 49 636 7.15 685 58 48 577 7.68 625 59 48 577 7.68 625 60 36 575 5.89 611 61 40 561 6.66 601 62 39 512 7.08 551 63 43 500 7.92 543 64 41 536 7.11 577 65 53 544 8.88 597 66 33 516 6.01 549 67 45 503 8.21 548 68 34 483 6.58 517 69 37 479 7.17 516 70 38 504 7.01 542 71 45 493 8.36 538 72 42 511 7.59 553 73 37 499 6.90 536 74 43 484 8.16 527 75 30 484 5.84 514 76 40 480 7.69 520 77 42 454 8.47 496 78 32 433 6.88 465 79 40 456 8.06 496 80 39 475 7.59 514 81 35 465 7.00 500 82 33 452 6.80 485 83 39 439 8.16 478 84 37 453 7.55 490 85 33 402 7.59 435 86 32 467 6.41 499 87 32 419 7.10 451 88 31 456 6.37 487 89 25 453 5.23 478 90 25 428 5.52 453 91 38 391 8.86 429 92 27 380 6.63 407 93 20 389 4.89 409 94 39 396 8.97 435 95 28 371 7.02 399 96 24 351 6.40 375 97 29 398 6.79 427 98 13 328 3.81 341 99 17 258 6.18 275 100 24 216 10.00 240 101 24 341 6.58 365 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 40 79 33.61 119 2 56 101 35.67 157 3 68 97 41.21 165 4 43 105 29.05 148 5 29 135 17.68 164 6 16 70 18.60 86 7 10 69 12.66 79 8 11 87 11.22 98 9 18 80 18.37 98 10 17 61 21.79 78 11 8 70 10.26 78 12 13 84 13.40 97 13 13 56 18.84 69 14 17 73 18.89 90 15 11 46 19.30 57 16 18 56 24.32 74 17 17 62 21.52 79 18 13 60 17.81 73 19 9 38 19.15 47 20 6 64 8.57 70 21 15 34 30.61 49 22 17 58 22.67 75 23 10 50 16.67 60 24 15 54 21.74 69 25 16 40 28.57 56 26 11 63 14.86 74 27 19 51 27.14 70 28 10 42 19.23 52 29 18 37 32.73 55 30 12 47 20.34 59 31 14 54 20.59 68 32 7 46 13.21 53 33 16 42 27.59 58 34 12 60 16.67 72 35 11 56 16.42 67 36 15 45 25.00 60 37 15 57 20.83 72 38 10 44 18.52 54 39 11 46 19.30 57 40 14 35 28.57 49 41 10 51 16.39 61 42 9 58 13.43 67 43 12 44 21.43 56 44 12 51 19.05 63 45 16 56 22.22 72 46 8 40 16.67 48 47 11 48 18.64 59 48 6 35 14.63 41 49 9 60 13.04 69 50 9 30 23.08 39 51 9 39 18.75 48 52 13 46 22.03 59 53 7 47 12.96 54 54 5 55 8.33 60 55 7 31 18.42 38 56 9 33 21.43 42 57 12 23 34.29 35 58 10 28 26.32 38 59 14 36 28.00 50 60 4 32 11.11 36 61 11 34 24.44 45 62 4 30 11.76 34 63 5 35 12.50 40 64 10 38 20.83 48 65 7 31 18.42 38 66 11 30 26.83 41 67 2 27 6.90 29 68 6 32 15.79 38 69 10 39 20.41 49 70 7 22 24.14 29 71 2 23 8.00 25 72 13 26 33.33 39 73 9 31 22.50 40 74 7 25 21.88 32 75 3 31 8.82 34 76 2 24 7.69 26 77 4 28 12.50 32 78 9 28 24.32 37 79 6 24 20.00 30 80 3 18 14.29 21 81 4 28 12.50 32 82 5 24 17.24 29 83 4 19 17.39 23 84 4 24 14.29 28 85 5 19 20.83 24 86 9 23 28.12 32 87 8 17 32.00 25 88 5 24 17.24 29 89 2 22 8.33 24 90 3 21 12.50 24 91 4 21 16.00 25 92 4 19 17.39 23 93 1 21 4.55 22 94 6 17 26.09 23 95 4 28 12.50 32 96 5 18 21.74 23 97 2 22 8.33 24 98 4 21 16.00 25 99 4 0 100.00 4 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 30 119 20.13 149 2 26 105 19.85 131 3 17 107 13.71 124 4 20 146 12.05 166 5 5 165 2.94 170 6 3 264 1.12 267 7 1 123 0.81 124 8 1 138 0.72 139 9 3 130 2.26 133 10 1 137 0.72 138 11 0 148 0.00 148 12 1 100 0.99 101 13 1 143 0.69 144 14 2 134 1.47 136 15 2 129 1.53 131 16 2 141 1.40 143 17 2 125 1.57 127 18 1 104 0.95 105 19 2 129 1.53 131 20 3 90 3.23 93 21 5 108 4.42 113 22 1 105 0.94 106 23 2 88 2.22 90 24 3 102 2.86 105 25 2 90 2.17 92 26 2 112 1.75 114 27 7 88 7.37 95 28 4 95 4.04 99 29 3 116 2.52 119 30 0 90 0.00 90 31 3 87 3.33 90 32 2 91 2.15 93 33 2 114 1.72 116 34 3 90 3.23 93 35 1 88 1.12 89 36 3 89 3.26 92 37 2 104 1.89 106 38 5 93 5.10 98 39 3 113 2.59 116 40 5 85 5.56 90 41 2 79 2.47 81 42 1 83 1.19 84 43 4 88 4.35 92 44 1 86 1.15 87 45 3 71 4.05 74 46 1 65 1.52 66 47 1 64 1.54 65 48 2 83 2.35 85 49 2 77 2.53 79 50 2 64 3.03 66 51 2 67 2.90 69 52 0 57 0.00 57 53 3 56 5.08 59 54 1 71 1.39 72 55 3 60 4.76 63 56 2 73 2.67 75 57 1 60 1.64 61 58 4 75 5.06 79 59 1 56 1.75 57 60 2 62 3.12 64 61 0 52 0.00 52 62 0 66 0.00 66 63 2 70 2.78 72 64 0 49 0.00 49 65 2 61 3.17 63 66 2 57 3.39 59 67 0 59 0.00 59 68 0 56 0.00 56 69 1 57 1.72 58 70 2 60 3.23 62 71 0 49 0.00 49 72 0 59 0.00 59 73 2 61 3.17 63 74 0 55 0.00 55 75 1 43 2.27 44 76 0 45 0.00 45 77 0 42 0.00 42 78 0 70 0.00 70 79 1 55 1.79 56 80 1 35 2.78 36 81 1 44 2.22 45 82 0 38 0.00 38 83 0 37 0.00 37 84 0 42 0.00 42 85 0 62 0.00 62 86 1 40 2.44 41 87 0 37 0.00 37 88 0 37 0.00 37 89 0 56 0.00 56 90 0 53 0.00 53 91 1 41 2.38 42 92 0 41 0.00 41 93 1 43 2.27 44 94 0 41 0.00 41 95 0 41 0.00 41 96 0 38 0.00 38 97 2 30 6.25 32 98 1 40 2.44 41 99 2 2 50.00 4 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 110 166 39.86 276 2 80 144 35.71 224 3 107 131 44.96 238 4 85 119 41.67 204 5 39 253 13.36 292 6 56 313 15.18 369 7 53 402 11.65 455 8 40 414 8.81 454 9 59 435 11.94 494 10 58 420 12.13 478 11 50 394 11.26 444 12 45 381 10.56 426 13 47 391 10.73 438 14 43 380 10.17 423 15 65 385 14.44 450 16 47 394 10.66 441 17 43 398 9.75 441 18 63 393 13.82 456 19 45 396 10.20 441 20 57 454 11.15 511 21 54 380 12.44 434 22 46 378 10.85 424 23 49 332 12.86 381 24 59 320 15.57 379 25 40 295 11.94 335 26 37 342 9.76 379 27 55 367 13.03 422 28 47 314 13.02 361 29 35 368 8.68 403 30 44 287 13.29 331 31 37 289 11.35 326 32 46 299 13.33 345 33 36 324 10.00 360 34 28 289 8.83 317 35 34 282 10.76 316 36 36 309 10.43 345 37 26 267 8.87 293 38 32 288 10.00 320 39 37 274 11.90 311 40 24 286 7.74 310 41 26 283 8.41 309 42 35 292 10.70 327 43 24 237 9.20 261 44 24 242 9.02 266 45 24 225 9.64 249 46 27 255 9.57 282 47 20 214 8.55 234 48 24 204 10.53 228 49 16 220 6.78 236 50 21 234 8.24 255 51 20 233 7.91 253 52 14 194 6.73 208 53 15 204 6.85 219 54 18 204 8.11 222 55 13 191 6.37 204 56 12 188 6.00 200 57 19 211 8.26 230 58 8 195 3.94 203 59 11 191 5.45 202 60 14 191 6.83 205 61 9 175 4.89 184 62 8 182 4.21 190 63 9 197 4.37 206 64 9 177 4.84 186 65 6 174 3.33 180 66 9 173 4.95 182 67 11 162 6.36 173 68 10 171 5.52 181 69 13 168 7.18 181 70 10 178 5.32 188 71 8 154 4.94 162 72 11 148 6.92 159 73 10 141 6.62 151 74 11 156 6.59 167 75 11 158 6.51 169 76 11 143 7.14 154 77 8 166 4.60 174 78 10 140 6.67 150 79 4 159 2.45 163 80 9 165 5.17 174 81 8 156 4.88 164 82 9 151 5.62 160 83 5 143 3.38 148 84 4 156 2.50 160 85 11 133 7.64 144 86 7 135 4.93 142 87 6 136 4.23 142 88 11 149 6.88 160 89 8 116 6.45 124 90 9 139 6.08 148 91 5 139 3.47 144 92 5 139 3.47 144 93 8 129 5.84 137 94 5 137 3.52 142 95 7 120 5.51 127 96 5 119 4.03 124 97 11 136 7.48 147 98 2 111 1.77 113 99 2 5 28.57 7