CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 91 158 36.55 249 2 81 152 34.76 233 3 68 134 33.66 202 4 74 136 35.24 210 5 84 106 44.21 190 6 83 101 45.11 184 7 77 100 43.50 177 8 37 126 22.70 163 9 42 106 28.38 148 10 31 119 20.67 150 11 42 128 24.71 170 12 44 123 26.35 167 13 30 126 19.23 156 14 37 136 21.39 173 15 38 111 25.50 149 16 47 107 30.52 154 17 34 98 25.76 132 18 36 131 21.56 167 19 39 110 26.17 149 20 34 143 19.21 177 21 32 113 22.07 145 22 17 102 14.29 119 23 25 112 18.25 137 24 35 112 23.81 147 25 39 106 26.90 145 26 32 118 21.33 150 27 21 127 14.19 148 28 33 117 22.00 150 29 34 124 21.52 158 30 27 112 19.42 139 31 20 141 12.42 161 32 24 122 16.44 146 33 20 133 13.07 153 34 28 135 17.18 163 35 29 111 20.71 140 36 31 122 20.26 153 37 37 131 22.02 168 38 33 108 23.40 141 39 30 99 23.26 129 40 37 112 24.83 149 41 31 95 24.60 126 42 35 119 22.73 154 43 26 132 16.46 158 44 18 110 14.06 128 45 25 107 18.94 132 46 25 138 15.34 163 47 25 110 18.52 135 48 28 123 18.54 151 49 34 116 22.67 150 50 29 111 20.71 140 51 30 118 20.27 148 52 28 126 18.18 154 53 25 108 18.80 133 54 18 129 12.24 147 55 35 127 21.60 162 56 25 94 21.01 119 57 24 106 18.46 130 58 27 118 18.62 145 59 38 99 27.74 137 60 31 122 20.26 153 61 18 125 12.59 143 62 40 119 25.16 159 63 33 129 20.37 162 64 26 118 18.06 144 65 25 111 18.38 136 66 25 111 18.38 136 67 29 91 24.17 120 68 16 102 13.56 118 69 37 126 22.70 163 70 29 107 21.32 136 71 27 82 24.77 109 72 31 110 21.99 141 73 22 109 16.79 131 74 21 102 17.07 123 75 19 100 15.97 119 76 31 99 23.85 130 77 27 116 18.88 143 78 31 96 24.41 127 79 30 111 21.28 141 80 26 95 21.49 121 81 21 106 16.54 127 82 26 100 20.63 126 83 17 103 14.17 120 84 24 103 18.90 127 85 27 107 20.15 134 86 26 97 21.14 123 87 17 110 13.39 127 88 31 85 26.72 116 89 23 92 20.00 115 90 35 96 26.72 131 91 19 80 19.19 99 92 20 102 16.39 122 93 20 90 18.18 110 94 23 88 20.72 111 95 17 91 15.74 108 96 28 85 24.78 113 97 25 89 21.93 114 98 21 71 22.83 92 99 10 50 16.67 60 100 27 78 25.71 105 101 23 83 21.70 106 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 101 207 32.79 308 2 58 166 25.89 224 3 25 177 12.38 202 4 30 205 12.77 235 5 12 182 6.19 194 6 8 167 4.57 175 7 5 205 2.38 210 8 2 229 0.87 231 9 1 202 0.49 203 10 6 198 2.94 204 11 2 192 1.03 194 12 2 232 0.85 234 13 2 185 1.07 187 14 6 201 2.90 207 15 8 198 3.88 206 16 2 178 1.11 180 17 2 207 0.96 209 18 2 205 0.97 207 19 6 201 2.90 207 20 0 241 0.00 241 21 1 207 0.48 208 22 1 217 0.46 218 23 3 199 1.49 202 24 3 227 1.30 230 25 2 213 0.93 215 26 3 209 1.42 212 27 3 230 1.29 233 28 3 245 1.21 248 29 3 208 1.42 211 30 4 203 1.93 207 31 4 231 1.70 235 32 4 240 1.64 244 33 1 222 0.45 223 34 3 211 1.40 214 35 2 244 0.81 246 36 7 232 2.93 239 37 4 203 1.93 207 38 4 205 1.91 209 39 5 235 2.08 240 40 3 192 1.54 195 41 1 235 0.42 236 42 4 226 1.74 230 43 2 194 1.02 196 44 1 218 0.46 219 45 3 194 1.52 197 46 5 207 2.36 212 47 3 193 1.53 196 48 2 231 0.86 233 49 1 198 0.50 199 50 3 189 1.56 192 51 3 200 1.48 203 52 2 221 0.90 223 53 2 246 0.81 248 54 5 223 2.19 228 55 5 190 2.56 195 56 2 178 1.11 180 57 2 201 0.99 203 58 4 228 1.72 232 59 2 239 0.83 241 60 3 214 1.38 217 61 1 212 0.47 213 62 1 201 0.50 202 63 6 198 2.94 204 64 3 210 1.41 213 65 0 220 0.00 220 66 4 189 2.07 193 67 5 196 2.49 201 68 2 238 0.83 240 69 3 185 1.60 188 70 3 200 1.48 203 71 4 206 1.90 210 72 2 191 1.04 193 73 3 200 1.48 203 74 1 197 0.51 198 75 2 175 1.13 177 76 6 190 3.06 196 77 6 199 2.93 205 78 5 187 2.60 192 79 2 171 1.16 173 80 1 184 0.54 185 81 1 189 0.53 190 82 4 174 2.25 178 83 4 189 2.07 193 84 3 199 1.49 202 85 2 165 1.20 167 86 1 188 0.53 189 87 3 159 1.85 162 88 3 166 1.78 169 89 3 208 1.42 211 90 2 165 1.20 167 91 4 176 2.22 180 92 3 183 1.61 186 93 1 184 0.54 185 94 7 172 3.91 179 95 3 146 2.01 149 96 1 159 0.62 160 97 3 131 2.24 134 98 1 123 0.81 124 99 1 101 0.98 102 100 4 84 4.55 88 101 2 120 1.64 122 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 176 340 34.11 516 2 133 329 28.79 462 3 94 343 21.51 437 4 93 372 20.00 465 5 76 420 15.32 496 6 76 474 13.82 550 7 59 574 9.32 633 8 61 594 9.31 655 9 61 591 9.36 652 10 48 569 7.78 617 11 65 543 10.69 608 12 57 529 9.73 586 13 52 527 8.98 579 14 63 510 10.99 573 15 67 588 10.23 655 16 56 589 8.68 645 17 61 616 9.01 677 18 53 622 7.85 675 19 50 615 7.52 665 20 48 609 7.31 657 21 54 623 7.98 677 22 55 625 8.09 680 23 71 597 10.63 668 24 52 646 7.45 698 25 41 633 6.08 674 26 64 603 9.60 667 27 43 652 6.19 695 28 47 609 7.16 656 29 62 596 9.42 658 30 49 651 7.00 700 31 49 631 7.21 680 32 54 639 7.79 693 33 51 590 7.96 641 34 44 629 6.54 673 35 62 645 8.77 707 36 58 649 8.20 707 37 41 631 6.10 672 38 53 700 7.04 753 39 57 659 7.96 716 40 65 614 9.57 679 41 69 666 9.39 735 42 47 626 6.98 673 43 51 655 7.22 706 44 49 650 7.01 699 45 60 668 8.24 728 46 47 648 6.76 695 47 42 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100 25 256 8.90 281 101 20 406 4.69 426 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 78 111 41.27 189 2 64 94 40.51 158 3 67 98 40.61 165 4 67 112 37.43 179 5 27 138 16.36 165 6 14 72 16.28 86 7 22 105 17.32 127 8 12 91 11.65 103 9 15 91 14.15 106 10 19 77 19.79 96 11 22 90 19.64 112 12 15 89 14.42 104 13 14 74 15.91 88 14 12 62 16.22 74 15 15 55 21.43 70 16 27 67 28.72 94 17 17 72 19.10 89 18 13 56 18.84 69 19 13 67 16.25 80 20 7 78 8.24 85 21 21 52 28.77 73 22 18 69 20.69 87 23 20 64 23.81 84 24 12 69 14.81 81 25 13 63 17.11 76 26 16 71 18.39 87 27 14 62 18.42 76 28 10 46 17.86 56 29 15 55 21.43 70 30 15 55 21.43 70 31 9 54 14.29 63 32 7 57 10.94 64 33 13 58 18.31 71 34 12 48 20.00 60 35 22 56 28.21 78 36 14 58 19.44 72 37 14 46 23.33 60 38 10 62 13.89 72 39 16 59 21.33 75 40 11 46 19.30 57 41 14 61 18.67 75 42 13 66 16.46 79 43 15 34 30.61 49 44 12 60 16.67 72 45 12 57 17.39 69 46 14 42 25.00 56 47 14 57 19.72 71 48 10 46 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