CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 82 128 39.05 210 2 66 154 30.00 220 3 64 143 30.92 207 4 89 122 42.18 211 5 74 98 43.02 172 6 84 102 45.16 186 7 94 88 51.65 182 8 47 111 29.75 158 9 41 109 27.33 150 10 35 107 24.65 142 11 45 119 27.44 164 12 30 106 22.06 136 13 35 123 22.15 158 14 44 127 25.73 171 15 40 96 29.41 136 16 34 116 22.67 150 17 26 123 17.45 149 18 36 112 24.32 148 19 42 99 29.79 141 20 32 117 21.48 149 21 27 98 21.60 125 22 32 96 25.00 128 23 29 99 22.66 128 24 51 110 31.68 161 25 31 119 20.67 150 26 37 112 24.83 149 27 24 127 15.89 151 28 30 124 19.48 154 29 29 108 21.17 137 30 25 110 18.52 135 31 43 108 28.48 151 32 35 110 24.14 145 33 28 125 18.30 153 34 33 126 20.75 159 35 45 121 27.11 166 36 26 113 18.71 139 37 26 92 22.03 118 38 30 110 21.43 140 39 28 105 21.05 133 40 46 123 27.22 169 41 31 90 25.62 121 42 29 112 20.57 141 43 23 126 15.44 149 44 35 110 24.14 145 45 31 119 20.67 150 46 37 117 24.03 154 47 21 116 15.33 137 48 28 99 22.05 127 49 20 103 16.26 123 50 29 124 18.95 153 51 24 114 17.39 138 52 28 93 23.14 121 53 33 101 24.63 134 54 30 113 20.98 143 55 26 103 20.16 129 56 33 103 24.26 136 57 39 127 23.49 166 58 27 116 18.88 143 59 37 110 25.17 147 60 21 112 15.79 133 61 32 117 21.48 149 62 30 111 21.28 141 63 32 103 23.70 135 64 29 108 21.17 137 65 30 110 21.43 140 66 30 103 22.56 133 67 32 100 24.24 132 68 35 98 26.32 133 69 22 98 18.33 120 70 26 98 20.97 124 71 36 106 25.35 142 72 28 98 22.22 126 73 30 97 23.62 127 74 25 106 19.08 131 75 34 85 28.57 119 76 28 104 21.21 132 77 15 91 14.15 106 78 23 101 18.55 124 79 33 91 26.61 124 80 32 91 26.02 123 81 27 124 17.88 151 82 17 105 13.93 122 83 26 94 21.67 120 84 24 91 20.87 115 85 22 91 19.47 113 86 28 91 23.53 119 87 20 110 15.38 130 88 28 106 20.90 134 89 25 111 18.38 136 90 30 100 23.08 130 91 21 88 19.27 109 92 22 85 20.56 107 93 19 99 16.10 118 94 20 106 15.87 126 95 24 89 21.24 113 96 21 69 23.33 90 97 22 76 22.45 98 98 17 79 17.71 96 99 11 64 14.67 75 100 18 74 19.57 92 101 19 77 19.79 96 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 102 221 31.58 323 2 54 218 19.85 272 3 43 194 18.14 237 4 19 198 8.76 217 5 24 195 10.96 219 6 18 173 9.42 191 7 16 225 6.64 241 8 3 213 1.39 216 9 10 228 4.20 238 10 6 205 2.84 211 11 3 216 1.37 219 12 9 241 3.60 250 13 10 226 4.24 236 14 4 193 2.03 197 15 4 199 1.97 203 16 3 215 1.38 218 17 3 193 1.53 196 18 7 178 3.78 185 19 5 226 2.16 231 20 3 244 1.21 247 21 5 213 2.29 218 22 2 236 0.84 238 23 4 230 1.71 234 24 5 208 2.35 213 25 4 219 1.79 223 26 7 208 3.26 215 27 5 231 2.12 236 28 7 215 3.15 222 29 7 241 2.82 248 30 2 246 0.81 248 31 7 203 3.33 210 32 2 225 0.88 227 33 3 207 1.43 210 34 6 240 2.44 246 35 7 228 2.98 235 36 10 223 4.29 233 37 5 207 2.36 212 38 7 257 2.65 264 39 5 225 2.17 230 40 5 233 2.10 238 41 3 191 1.55 194 42 4 233 1.69 237 43 5 216 2.26 221 44 6 204 2.86 210 45 3 217 1.36 220 46 4 200 1.96 204 47 6 239 2.45 245 48 4 232 1.69 236 49 5 228 2.15 233 50 2 202 0.98 204 51 5 226 2.16 231 52 3 242 1.22 245 53 8 204 3.77 212 54 4 224 1.75 228 55 7 216 3.14 223 56 8 223 3.46 231 57 6 230 2.54 236 58 2 209 0.95 211 59 8 204 3.77 212 60 4 241 1.63 245 61 2 207 0.96 209 62 7 247 2.76 254 63 1 209 0.48 210 64 5 210 2.33 215 65 8 225 3.43 233 66 10 212 4.50 222 67 6 205 2.84 211 68 8 185 4.15 193 69 9 218 3.96 227 70 5 207 2.36 212 71 8 184 4.17 192 72 3 199 1.49 202 73 2 200 0.99 202 74 6 176 3.30 182 75 4 197 1.99 201 76 3 222 1.33 225 77 7 190 3.55 197 78 4 183 2.14 187 79 6 189 3.08 195 80 4 187 2.09 191 81 5 185 2.63 190 82 4 176 2.22 180 83 5 186 2.62 191 84 3 188 1.57 191 85 3 197 1.50 200 86 1 182 0.55 183 87 4 215 1.83 219 88 2 172 1.15 174 89 3 187 1.58 190 90 7 167 4.02 174 91 6 159 3.64 165 92 6 200 2.91 206 93 5 173 2.81 178 94 3 168 1.75 171 95 2 140 1.41 142 96 3 184 1.60 187 97 3 170 1.73 173 98 5 124 3.88 129 99 2 102 1.92 104 100 1 87 1.14 88 101 4 130 2.99 134 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 163 370 30.58 533 2 129 354 26.71 483 3 100 384 20.66 484 4 98 348 21.97 446 5 82 442 15.65 524 6 83 476 14.85 559 7 64 566 10.16 630 8 45 650 6.47 695 9 68 564 10.76 632 10 55 572 8.77 627 11 53 608 8.02 661 12 58 557 9.43 615 13 57 545 9.47 602 14 51 564 8.29 615 15 62 613 9.19 675 16 58 598 8.84 656 17 79 625 11.22 704 18 58 636 8.36 694 19 59 627 8.60 686 20 47 631 6.93 678 21 63 675 8.54 738 22 61 660 8.46 721 23 64 668 8.74 732 24 41 682 5.67 723 25 59 697 7.80 756 26 49 693 6.60 742 27 54 650 7.67 704 28 50 675 6.90 725 29 51 690 6.88 741 30 46 742 5.84 788 31 45 681 6.20 726 32 48 672 6.67 720 33 61 712 7.89 773 34 47 692 6.36 739 35 45 685 6.16 730 36 55 718 7.12 773 37 44 729 5.69 773 38 53 708 6.96 761 39 63 677 8.51 740 40 49 681 6.71 730 41 53 686 7.17 739 42 51 694 6.85 745 43 49 708 6.47 757 44 36 704 4.86 740 45 61 713 7.88 774 46 43 695 5.83 738 47 38 714 5.05 752 48 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313 101 15 417 3.47 432 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 74 92 44.58 166 2 72 87 45.28 159 3 63 111 36.21 174 4 53 105 33.54 158 5 20 163 10.93 183 6 20 70 22.22 90 7 14 95 12.84 109 8 15 95 13.64 110 9 12 96 11.11 108 10 11 69 13.75 80 11 17 101 14.41 118 12 16 88 15.38 104 13 14 82 14.58 96 14 11 101 9.82 112 15 18 62 22.50 80 16 15 56 21.13 71 17 10 65 13.33 75 18 24 57 29.63 81 19 15 60 20.00 75 20 14 68 17.07 82 21 13 50 20.63 63 22 23 70 24.73 93 23 14 57 19.72 71 24 21 67 23.86 88 25 19 58 24.68 77 26 11 57 16.18 68 27 19 69 21.59 88 28 16 62 20.51 78 29 12 66 15.38 78 30 12 61 16.44 73 31 11 60 15.49 71 32 15 50 23.08 65 33 14 46 23.33 60 34 16 52 23.53 68 35 15 80 15.79 95 36 9 38 19.15 47 37 10 54 15.62 64 38 17 68 20.00 85 39 12 33 26.67 45 40 12 47 20.34 59 41 8 61 11.59 69 42 19 68 21.84 87 43 15 51 22.73 66 44 21 45 31.82 66 45 12 44 21.43 56 46 10 51 16.39 61 47 9 42 17.65 51 48 12 51 19.05 63 49 21 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2 34 137 19.88 171 3 30 133 18.40 163 4 28 135 17.18 163 5 4 237 1.66 241 6 7 329 2.08 336 7 2 161 1.23 163 8 4 188 2.08 192 9 0 164 0.00 164 10 1 164 0.61 165 11 2 153 1.29 155 12 2 179 1.10 181 13 3 161 1.83 164 14 4 135 2.88 139 15 3 149 1.97 152 16 4 116 3.33 120 17 1 112 0.88 113 18 3 125 2.34 128 19 3 115 2.54 118 20 2 107 1.83 109 21 0 111 0.00 111 22 1 148 0.67 149 23 2 114 1.72 116 24 1 115 0.86 116 25 2 124 1.59 126 26 1 128 0.78 129 27 3 100 2.91 103 28 1 118 0.84 119 29 3 134 2.19 137 30 2 117 1.68 119 31 0 96 0.00 96 32 3 108 2.70 111 33 2 122 1.61 124 34 7 117 5.65 124 35 2 86 2.27 88 36 4 110 3.51 114 37 1 98 1.01 99 38 4 111 3.48 115 39 4 159 2.45 163 40 0 98 0.00 98 41 2 92 2.13 94 42 2 88 2.22 90 43 2 100 1.96 102 44 4 107 3.60 111 45 1 91 1.09 92 46 1 78 1.27 79 47 3 81 3.57 84 48 1 71 1.39 72 49 2 72 2.70 74 50 3 95 3.06 98 51 0 70 0.00 70 52 2 90 2.17 92 53 0 82 0.00 82 54 2 80 2.44 82 55 2 97 2.02 99 56 1 81 1.22 82 57 1 76 1.30 77 58 5 93 5.10 98 59 2 74 2.63 76 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508 15 38 474 7.42 512 16 18 450 3.85 468 17 34 419 7.51 453 18 36 490 6.84 526 19 22 480 4.38 502 20 38 459 7.65 497 21 33 413 7.40 446 22 26 414 5.91 440 23 23 383 5.67 406 24 30 373 7.44 403 25 21 362 5.48 383 26 33 400 7.62 433 27 38 404 8.60 442 28 22 379 5.49 401 29 28 381 6.85 409 30 32 390 7.58 422 31 18 350 4.89 368 32 28 357 7.27 385 33 25 361 6.48 386 34 20 330 5.71 350 35 22 365 5.68 387 36 24 356 6.32 380 37 28 349 7.43 377 38 22 339 6.09 361 39 30 332 8.29 362 40 18 321 5.31 339 41 16 302 5.03 318 42 24 289 7.67 313 43 16 283 5.35 299 44 24 339 6.61 363 45 22 295 6.94 317 46 14 336 4.00 350 47 17 322 5.01 339 48 19 311 5.76 330 49 17 289 5.56 306 50 21 298 6.58 319 51 20 301 6.23 321 52 15 254 5.58 269 53 12 283 4.07 295 54 20 254 7.30 274 55 17 219 7.20 236 56 23 285 7.47 308 57 14 269 4.95 283 58 14 227 5.81 241 59 14 237 5.58 251 60 20 242 7.63 262 61 9 257 3.38 266 62 20 217 8.44 237 63 12 257 4.46 269 64 11 258 4.09 269 65 15 242 5.84 257 66 13 264 4.69 277 67 5 222 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