CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 67 160 29.52 227 2 59 139 29.80 198 3 70 125 35.90 195 4 68 148 31.48 216 5 68 95 41.72 163 6 74 77 49.01 151 7 66 96 40.74 162 8 33 109 23.24 142 9 29 112 20.57 141 10 32 112 22.22 144 11 45 99 31.25 144 12 39 101 27.86 140 13 32 105 23.36 137 14 23 83 21.70 106 15 22 122 15.28 144 16 18 85 17.48 103 17 23 87 20.91 110 18 31 112 21.68 143 19 34 88 27.87 122 20 24 96 20.00 120 21 31 103 23.13 134 22 24 98 19.67 122 23 27 101 21.09 128 24 28 104 21.21 132 25 27 97 21.77 124 26 28 105 21.05 133 27 20 99 16.81 119 28 18 112 13.85 130 29 37 121 23.42 158 30 17 97 14.91 114 31 34 114 22.97 148 32 25 106 19.08 131 33 27 101 21.09 128 34 24 112 17.65 136 35 29 98 22.83 127 36 21 121 14.79 142 37 25 118 17.48 143 38 24 109 18.05 133 39 20 108 15.62 128 40 18 95 15.93 113 41 20 98 16.95 118 42 28 98 22.22 126 43 27 109 19.85 136 44 18 80 18.37 98 45 27 124 17.88 151 46 30 105 22.22 135 47 30 82 26.79 112 48 22 100 18.03 122 49 25 87 22.32 112 50 28 93 23.14 121 51 22 105 17.32 127 52 24 122 16.44 146 53 13 100 11.50 113 54 24 109 18.05 133 55 29 92 23.97 121 56 24 120 16.67 144 57 23 108 17.56 131 58 16 111 12.60 127 59 26 94 21.67 120 60 25 95 20.83 120 61 21 84 20.00 105 62 23 81 22.12 104 63 20 96 17.24 116 64 34 89 27.64 123 65 24 98 19.67 122 66 20 92 17.86 112 67 31 82 27.43 113 68 20 88 18.52 108 69 22 84 20.75 106 70 30 80 27.27 110 71 31 97 24.22 128 72 24 78 23.53 102 73 21 83 20.19 104 74 23 80 22.33 103 75 24 79 23.30 103 76 17 86 16.50 103 77 24 97 19.83 121 78 26 89 22.61 115 79 15 64 18.99 79 80 17 76 18.28 93 81 14 90 13.46 104 82 16 100 13.79 116 83 19 70 21.35 89 84 23 89 20.54 112 85 22 64 25.58 86 86 19 85 18.27 104 87 20 92 17.86 112 88 12 79 13.19 91 89 15 81 15.62 96 90 11 77 12.50 88 91 10 67 12.99 77 92 13 81 13.83 94 93 22 66 25.00 88 94 17 74 18.68 91 95 19 76 20.00 95 96 11 72 13.25 83 97 15 65 18.75 80 98 13 74 14.94 87 99 10 58 14.71 68 100 15 63 19.23 78 101 11 63 14.86 74 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 102 192 34.69 294 2 70 162 30.17 232 3 44 153 22.34 197 4 17 168 9.19 185 5 12 163 6.86 175 6 12 171 6.56 183 7 4 186 2.11 190 8 3 167 1.76 170 9 3 195 1.52 198 10 5 183 2.66 188 11 1 175 0.57 176 12 3 186 1.59 189 13 4 196 2.00 200 14 5 175 2.78 180 15 2 188 1.05 190 16 3 154 1.91 157 17 5 180 2.70 185 18 4 165 2.37 169 19 2 169 1.17 171 20 1 162 0.61 163 21 3 179 1.65 182 22 1 163 0.61 164 23 2 186 1.06 188 24 6 194 3.00 200 25 0 205 0.00 205 26 3 186 1.59 189 27 3 190 1.55 193 28 2 212 0.93 214 29 2 165 1.20 167 30 2 170 1.16 172 31 4 182 2.15 186 32 5 172 2.82 177 33 5 174 2.79 179 34 2 179 1.10 181 35 1 202 0.49 203 36 4 194 2.02 198 37 3 164 1.80 167 38 3 172 1.71 175 39 6 170 3.41 176 40 4 210 1.87 214 41 4 186 2.11 190 42 2 189 1.05 191 43 3 142 2.07 145 44 5 212 2.30 217 45 0 173 0.00 173 46 4 187 2.09 191 47 4 156 2.50 160 48 1 185 0.54 186 49 0 186 0.00 186 50 1 185 0.54 186 51 0 210 0.00 210 52 4 171 2.29 175 53 0 195 0.00 195 54 4 190 2.06 194 55 5 189 2.58 194 56 3 162 1.82 165 57 2 174 1.14 176 58 2 205 0.97 207 59 4 192 2.04 196 60 0 185 0.00 185 61 4 164 2.38 168 62 3 195 1.52 198 63 4 182 2.15 186 64 3 196 1.51 199 65 3 170 1.73 173 66 1 178 0.56 179 67 3 177 1.67 180 68 1 155 0.64 156 69 1 190 0.52 191 70 2 165 1.20 167 71 2 169 1.17 171 72 2 142 1.39 144 73 1 165 0.60 166 74 3 172 1.71 175 75 0 136 0.00 136 76 2 150 1.32 152 77 2 156 1.27 158 78 0 134 0.00 134 79 2 143 1.38 145 80 4 144 2.70 148 81 3 158 1.86 161 82 2 136 1.45 138 83 4 145 2.68 149 84 2 158 1.25 160 85 7 147 4.55 154 86 2 143 1.38 145 87 2 110 1.79 112 88 0 137 0.00 137 89 3 140 2.10 143 90 3 118 2.48 121 91 6 120 4.76 126 92 3 111 2.63 114 93 2 131 1.50 133 94 3 109 2.68 112 95 2 121 1.63 123 96 3 127 2.31 130 97 1 123 0.81 124 98 1 115 0.86 116 99 3 74 3.90 77 100 3 65 4.41 68 101 3 127 2.31 130 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 202 320 38.70 522 2 142 301 32.05 443 3 109 339 24.33 448 4 99 372 21.02 471 5 92 407 18.44 499 6 82 386 17.52 468 7 78 530 12.83 608 8 78 563 12.17 641 9 67 498 11.86 565 10 75 509 12.84 584 11 79 551 12.54 630 12 79 509 13.44 588 13 69 517 11.77 586 14 88 506 14.81 594 15 74 582 11.28 656 16 75 573 11.57 648 17 77 552 12.24 629 18 70 534 11.59 604 19 80 566 12.38 646 20 80 627 11.32 707 21 68 586 10.40 654 22 78 578 11.89 656 23 68 604 10.12 672 24 71 587 10.79 658 25 60 601 9.08 661 26 81 574 12.37 655 27 70 628 10.03 698 28 80 605 11.68 685 29 67 642 9.45 709 30 67 584 10.29 651 31 53 655 7.49 708 32 79 577 12.04 656 33 63 595 9.57 658 34 71 582 10.87 653 35 57 615 8.48 672 36 62 577 9.70 639 37 58 639 8.32 697 38 58 594 8.90 652 39 57 583 8.91 640 40 63 617 9.26 680 41 69 608 10.19 677 42 52 581 8.21 633 43 61 595 9.30 656 44 50 640 7.25 690 45 60 589 9.24 649 46 48 571 7.75 619 47 54 583 8.48 637 48 46 612 6.99 658 49 49 587 7.70 636 50 55 631 8.02 686 51 35 614 5.39 649 52 52 595 8.04 647 53 51 523 8.89 574 54 37 526 6.57 563 55 58 553 9.49 611 56 46 539 7.86 585 57 41 574 6.67 615 58 43 545 7.31 588 59 45 557 7.48 602 60 40 506 7.33 546 61 40 543 6.86 583 62 39 549 6.63 588 63 25 477 4.98 502 64 45 541 7.68 586 65 38 546 6.51 584 66 34 493 6.45 527 67 37 517 6.68 554 68 39 508 7.13 547 69 19 464 3.93 483 70 44 481 8.38 525 71 44 456 8.80 500 72 23 502 4.38 525 73 39 462 7.78 501 74 31 465 6.25 496 75 31 445 6.51 476 76 26 492 5.02 518 77 34 430 7.33 464 78 30 429 6.54 459 79 37 448 7.63 485 80 30 439 6.40 469 81 17 420 3.89 437 82 32 437 6.82 469 83 29 427 6.36 456 84 26 445 5.52 471 85 35 413 7.81 448 86 29 416 6.52 445 87 29 400 6.76 429 88 27 398 6.35 425 89 25 383 6.13 408 90 20 398 4.78 418 91 27 380 6.63 407 92 21 367 5.41 388 93 17 357 4.55 374 94 37 368 9.14 405 95 27 352 7.12 379 96 23 375 5.78 398 97 27 357 7.03 384 98 13 333 3.76 346 99 15 229 6.15 244 100 22 206 9.65 228 101 21 342 5.79 363 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 68 76 47.22 144 2 63 76 45.32 139 3 46 86 34.85 132 4 52 104 33.33 156 5 17 137 11.04 154 6 17 57 22.97 74 7 27 61 30.68 88 8 20 70 22.22 90 9 7 67 9.46 74 10 14 70 16.67 84 11 22 59 27.16 81 12 15 70 17.65 85 13 6 57 9.52 63 14 7 66 9.59 73 15 12 48 20.00 60 16 12 59 16.90 71 17 10 54 15.62 64 18 11 51 17.74 62 19 9 73 10.98 82 20 5 53 8.62 58 21 10 48 17.24 58 22 11 47 18.97 58 23 7 41 14.58 48 24 9 74 10.84 83 25 12 50 19.35 62 26 15 48 23.81 63 27 15 61 19.74 76 28 7 43 14.00 50 29 11 55 16.67 66 30 14 44 24.14 58 31 7 48 12.73 55 32 12 47 20.34 59 33 6 34 15.00 40 34 6 51 10.53 57 35 12 58 17.14 70 36 12 37 24.49 49 37 18 47 27.69 65 38 11 44 20.00 55 39 8 33 19.51 41 40 11 42 20.75 53 41 10 54 15.62 64 42 14 60 18.92 74 43 10 29 25.64 39 44 9 32 21.95 41 45 17 41 29.31 58 46 10 34 22.73 44 47 10 42 19.23 52 48 14 34 29.17 48 49 7 48 12.73 55 50 12 35 25.53 47 51 12 37 24.49 49 52 6 35 14.63 41 53 11 36 23.40 47 54 4 39 9.30 43 55 14 30 31.82 44 56 9 29 23.68 38 57 5 24 17.24 29 58 6 36 14.29 42 59 6 29 17.14 35 60 5 22 18.52 27 61 8 31 20.51 39 62 3 21 12.50 24 63 7 21 25.00 28 64 8 26 23.53 34 65 6 20 23.08 26 66 6 27 18.18 33 67 12 30 28.57 42 68 2 25 7.41 27 69 5 33 13.16 38 70 9 23 28.12 32 71 8 23 25.81 31 72 4 21 16.00 25 73 4 17 19.05 21 74 11 23 32.35 34 75 8 21 27.59 29 76 3 23 11.54 26 77 6 28 17.65 34 78 3 22 12.00 25 79 2 23 8.00 25 80 4 14 22.22 18 81 4 12 25.00 16 82 2 22 8.33 24 83 5 18 21.74 23 84 4 10 28.57 14 85 3 19 13.64 22 86 4 18 18.18 22 87 3 21 12.50 24 88 6 11 35.29 17 89 5 17 22.73 22 90 5 23 17.86 28 91 4 19 17.39 23 92 7 15 31.82 22 93 3 15 16.67 18 94 7 16 30.43 23 95 4 13 23.53 17 96 4 18 18.18 22 97 6 9 40.00 15 98 4 15 21.05 19 99 3 0 100.00 3 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 26 85 23.42 111 2 24 88 21.43 112 3 19 88 17.76 107 4 22 131 14.38 153 5 2 178 1.11 180 6 3 237 1.25 240 7 1 117 0.85 118 8 2 132 1.49 134 9 1 129 0.77 130 10 0 130 0.00 130 11 1 142 0.70 143 12 3 118 2.48 121 13 1 134 0.74 135 14 0 113 0.00 113 15 3 105 2.78 108 16 1 116 0.85 117 17 4 116 3.33 120 18 3 101 2.88 104 19 2 102 1.92 104 20 2 85 2.30 87 21 5 96 4.95 101 22 4 106 3.64 110 23 0 92 0.00 92 24 0 99 0.00 99 25 1 87 1.14 88 26 1 118 0.84 119 27 2 95 2.06 97 28 0 83 0.00 83 29 4 90 4.26 94 30 4 75 5.06 79 31 0 81 0.00 81 32 3 92 3.16 95 33 2 102 1.92 104 34 3 81 3.57 84 35 2 80 2.44 82 36 0 76 0.00 76 37 3 87 3.33 90 38 1 85 1.16 86 39 2 90 2.17 92 40 4 79 4.82 83 41 3 65 4.41 68 42 1 73 1.35 74 43 3 91 3.19 94 44 1 59 1.67 60 45 2 65 2.99 67 46 2 61 3.17 63 47 1 66 1.49 67 48 0 53 0.00 53 49 0 57 0.00 57 50 2 65 2.99 67 51 3 55 5.17 58 52 1 58 1.69 59 53 2 55 3.51 57 54 2 53 3.64 55 55 0 62 0.00 62 56 1 48 2.04 49 57 1 57 1.72 58 58 2 56 3.45 58 59 0 46 0.00 46 60 0 61 0.00 61 61 0 42 0.00 42 62 0 64 0.00 64 63 0 60 0.00 60 64 0 30 0.00 30 65 0 58 0.00 58 66 0 41 0.00 41 67 1 59 1.67 60 68 0 46 0.00 46 69 1 35 2.78 36 70 1 52 1.89 53 71 0 46 0.00 46 72 0 40 0.00 40 73 0 45 0.00 45 74 1 37 2.63 38 75 0 58 0.00 58 76 0 50 0.00 50 77 0 35 0.00 35 78 1 53 1.85 54 79 0 49 0.00 49 80 0 27 0.00 27 81 0 47 0.00 47 82 0 40 0.00 40 83 0 32 0.00 32 84 1 27 3.57 28 85 0 43 0.00 43 86 1 38 2.56 39 87 1 35 2.78 36 88 0 32 0.00 32 89 0 50 0.00 50 90 0 32 0.00 32 91 0 34 0.00 34 92 0 38 0.00 38 93 1 31 3.12 32 94 0 40 0.00 40 95 0 41 0.00 41 96 0 42 0.00 42 97 0 29 0.00 29 98 1 28 3.45 29 99 1 1 50.00 2 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 99 152 39.44 251 2 116 130 47.15 246 3 106 115 47.96 221 4 88 140 38.60 228 5 34 244 12.23 278 6 49 325 13.10 374 7 37 403 8.41 440 8 46 427 9.73 473 9 60 366 14.08 426 10 55 356 13.38 411 11 39 364 9.68 403 12 58 340 14.57 398 13 56 352 13.73 408 14 58 417 12.21 475 15 60 355 14.46 415 16 52 353 12.84 405 17 56 375 12.99 431 18 47 348 11.90 395 19 44 329 11.80 373 20 55 415 11.70 470 21 64 312 17.02 376 22 43 336 11.35 379 23 38 332 10.27 370 24 52 325 13.79 377 25 45 315 12.50 360 26 35 325 9.72 360 27 49 333 12.83 382 28 38 327 10.41 365 29 31 346 8.22 377 30 44 295 12.98 339 31 42 277 13.17 319 32 35 280 11.11 315 33 46 286 13.86 332 34 39 241 13.93 280 35 28 265 9.56 293 36 34 297 10.27 331 37 32 261 10.92 293 38 23 284 7.49 307 39 35 276 11.25 311 40 29 252 10.32 281 41 19 255 6.93 274 42 34 242 12.32 276 43 27 220 10.93 247 44 20 250 7.41 270 45 27 219 10.98 246 46 18 241 6.95 259 47 21 222 8.64 243 48 18 236 7.09 254 49 17 219 7.20 236 50 17 213 7.39 230 51 19 202 8.60 221 52 11 163 6.32 174 53 14 183 7.11 197 54 19 176 9.74 195 55 13 168 7.18 181 56 6 172 3.37 178 57 16 190 7.77 206 58 12 150 7.41 162 59 9 171 5.00 180 60 12 171 6.56 183 61 9 146 5.81 155 62 8 177 4.32 185 63 8 148 5.13 156 64 8 153 4.97 161 65 1 145 0.68 146 66 10 172 5.49 182 67 6 167 3.47 173 68 4 155 2.52 159 69 9 140 6.04 149 70 7 158 4.24 165 71 5 147 3.29 152 72 9 147 5.77 156 73 3 138 2.13 141 74 8 131 5.76 139 75 7 132 5.04 139 76 8 128 5.88 136 77 9 138 6.12 147 78 10 141 6.62 151 79 6 147 3.92 153 80 7 137 4.86 144 81 9 136 6.21 145 82 5 142 3.40 147 83 4 118 3.28 122 84 6 160 3.61 166 85 5 138 3.50 143 86 3 118 2.48 121 87 5 116 4.13 121 88 7 133 5.00 140 89 3 103 2.83 106 90 6 119 4.80 125 91 5 103 4.63 108 92 7 123 5.38 130 93 6 128 4.48 134 94 5 100 4.76 105 95 8 118 6.35 126 96 8 112 6.67 120 97 7 120 5.51 127 98 5 98 4.85 103 99 6 2 75.00 8