CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 74 126 37.00 200 2 66 149 30.70 215 3 60 129 31.75 189 4 81 107 43.09 188 5 82 96 46.07 178 6 61 77 44.20 138 7 76 82 48.10 158 8 33 100 24.81 133 9 35 79 30.70 114 10 37 85 30.33 122 11 32 102 23.88 134 12 43 107 28.67 150 13 20 98 16.95 118 14 26 124 17.33 150 15 35 94 27.13 129 16 34 89 27.64 123 17 27 85 24.11 112 18 37 91 28.91 128 19 26 107 19.55 133 20 30 96 23.81 126 21 37 97 27.61 134 22 28 86 24.56 114 23 32 89 26.45 121 24 26 83 23.85 109 25 28 94 22.95 122 26 26 86 23.21 112 27 17 92 15.60 109 28 30 118 20.27 148 29 20 115 14.81 135 30 31 97 24.22 128 31 28 93 23.14 121 32 31 91 25.41 122 33 29 97 23.02 126 34 42 108 28.00 150 35 24 112 17.65 136 36 20 87 18.69 107 37 30 104 22.39 134 38 25 90 21.74 115 39 23 95 19.49 118 40 36 91 28.35 127 41 35 92 27.56 127 42 24 83 22.43 107 43 34 97 25.95 131 44 32 95 25.20 127 45 22 108 16.92 130 46 26 110 19.12 136 47 23 98 19.01 121 48 31 81 27.68 112 49 25 101 19.84 126 50 34 105 24.46 139 51 36 98 26.87 134 52 21 90 18.92 111 53 27 100 21.26 127 54 14 93 13.08 107 55 28 86 24.56 114 56 23 89 20.54 112 57 24 97 19.83 121 58 28 96 22.58 124 59 23 99 18.85 122 60 27 61 30.68 88 61 29 106 21.48 135 62 29 95 23.39 124 63 31 93 25.00 124 64 33 103 24.26 136 65 39 79 33.05 118 66 26 86 23.21 112 67 26 83 23.85 109 68 29 86 25.22 115 69 24 104 18.75 128 70 26 73 26.26 99 71 20 78 20.41 98 72 20 71 21.98 91 73 31 83 27.19 114 74 26 88 22.81 114 75 28 96 22.58 124 76 23 89 20.54 112 77 21 83 20.19 104 78 23 82 21.90 105 79 27 77 25.96 104 80 30 85 26.09 115 81 18 70 20.45 88 82 19 85 18.27 104 83 28 95 22.76 123 84 18 78 18.75 96 85 26 85 23.42 111 86 26 75 25.74 101 87 24 65 26.97 89 88 18 84 17.65 102 89 21 80 20.79 101 90 13 76 14.61 89 91 20 83 19.42 103 92 21 77 21.43 98 93 10 71 12.35 81 94 21 69 23.33 90 95 23 73 23.96 96 96 27 74 26.73 101 97 17 78 17.89 95 98 24 63 27.59 87 99 10 47 17.54 57 100 13 64 16.88 77 101 17 54 23.94 71 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 87 213 29.00 300 2 59 162 26.70 221 3 38 156 19.59 194 4 13 168 7.18 181 5 13 132 8.97 145 6 10 129 7.19 139 7 4 174 2.25 178 8 1 222 0.45 223 9 1 186 0.53 187 10 4 162 2.41 166 11 4 196 2.00 200 12 6 166 3.49 172 13 4 189 2.07 193 14 0 185 0.00 185 15 0 183 0.00 183 16 0 162 0.00 162 17 6 174 3.33 180 18 2 203 0.98 205 19 4 172 2.27 176 20 1 168 0.59 169 21 5 195 2.50 200 22 7 196 3.45 203 23 5 180 2.70 185 24 0 168 0.00 168 25 1 184 0.54 185 26 4 182 2.15 186 27 1 193 0.52 194 28 6 188 3.09 194 29 4 198 1.98 202 30 6 190 3.06 196 31 0 170 0.00 170 32 1 205 0.49 206 33 2 211 0.94 213 34 1 172 0.58 173 35 3 191 1.55 194 36 3 194 1.52 197 37 3 168 1.75 171 38 5 170 2.86 175 39 2 178 1.11 180 40 3 206 1.44 209 41 5 192 2.54 197 42 2 192 1.03 194 43 3 194 1.52 197 44 1 174 0.57 175 45 6 177 3.28 183 46 1 204 0.49 205 47 1 158 0.63 159 48 2 195 1.02 197 49 4 184 2.13 188 50 3 175 1.69 178 51 2 188 1.05 190 52 6 214 2.73 220 53 0 189 0.00 189 54 1 193 0.52 194 55 4 165 2.37 169 56 3 188 1.57 191 57 2 171 1.16 173 58 3 189 1.56 192 59 2 184 1.08 186 60 2 202 0.98 204 61 4 197 1.99 201 62 5 190 2.56 195 63 3 192 1.54 195 64 2 185 1.07 187 65 4 198 1.98 202 66 5 160 3.03 165 67 2 166 1.19 168 68 1 196 0.51 197 69 2 147 1.34 149 70 5 176 2.76 181 71 6 180 3.23 186 72 0 171 0.00 171 73 4 164 2.38 168 74 4 196 2.00 200 75 4 172 2.27 176 76 2 153 1.29 155 77 2 162 1.22 164 78 1 161 0.62 162 79 1 145 0.68 146 80 1 174 0.57 175 81 1 161 0.62 162 82 1 147 0.68 148 83 3 154 1.91 157 84 5 164 2.96 169 85 4 185 2.12 189 86 2 160 1.23 162 87 2 148 1.33 150 88 5 155 3.12 160 89 0 141 0.00 141 90 3 147 2.00 150 91 2 177 1.12 179 92 5 161 3.01 166 93 3 122 2.40 125 94 3 140 2.10 143 95 3 136 2.16 139 96 4 159 2.45 163 97 2 134 1.47 136 98 1 121 0.82 122 99 2 92 2.13 94 100 3 80 3.61 83 101 1 128 0.78 129 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 168 290 36.68 458 2 114 331 25.62 445 3 96 290 24.87 386 4 67 347 16.18 414 5 82 383 17.63 465 6 64 423 13.14 487 7 52 501 9.40 553 8 53 549 8.80 602 9 43 536 7.43 579 10 64 488 11.59 552 11 60 502 10.68 562 12 39 477 7.56 516 13 53 518 9.28 571 14 69 505 12.02 574 15 47 544 7.95 591 16 45 528 7.85 573 17 61 599 9.24 660 18 45 591 7.08 636 19 58 573 9.19 631 20 61 564 9.76 625 21 40 602 6.23 642 22 56 554 9.18 610 23 58 646 8.24 704 24 44 601 6.82 645 25 54 594 8.33 648 26 75 627 10.68 702 27 50 586 7.86 636 28 47 605 7.21 652 29 55 611 8.26 666 30 45 619 6.78 664 31 60 596 9.15 656 32 54 621 8.00 675 33 43 627 6.42 670 34 61 645 8.64 706 35 53 620 7.88 673 36 42 614 6.40 656 37 42 610 6.44 652 38 56 612 8.38 668 39 42 614 6.40 656 40 47 566 7.67 613 41 43 600 6.69 643 42 53 634 7.71 687 43 48 617 7.22 665 44 44 617 6.66 661 45 39 607 6.04 646 46 49 627 7.25 676 47 45 638 6.59 683 48 43 632 6.37 675 49 48 616 7.23 664 50 55 588 8.55 643 51 38 581 6.14 619 52 45 607 6.90 652 53 35 608 5.44 643 54 35 562 5.86 597 55 43 612 6.56 655 56 40 637 5.91 677 57 36 628 5.42 664 58 43 607 6.62 650 59 58 630 8.43 688 60 35 619 5.35 654 61 44 587 6.97 631 62 36 530 6.36 566 63 41 574 6.67 615 64 39 554 6.58 593 65 44 532 7.64 576 66 37 536 6.46 573 67 34 565 5.68 599 68 36 535 6.30 571 69 36 589 5.76 625 70 31 538 5.45 569 71 42 556 7.02 598 72 37 559 6.21 596 73 34 547 5.85 581 74 43 531 7.49 574 75 28 518 5.13 546 76 34 513 6.22 547 77 36 498 6.74 534 78 31 536 5.47 567 79 22 500 4.21 522 80 34 498 6.39 532 81 29 482 5.68 511 82 31 515 5.68 546 83 32 499 6.03 531 84 25 457 5.19 482 85 25 458 5.18 483 86 30 487 5.80 517 87 25 469 5.06 494 88 24 459 4.97 483 89 24 461 4.95 485 90 29 435 6.25 464 91 26 437 5.62 463 92 27 434 5.86 461 93 23 447 4.89 470 94 38 423 8.24 461 95 28 403 6.50 431 96 21 437 4.59 458 97 29 431 6.30 460 98 20 408 4.67 428 99 13 262 4.73 275 100 22 258 7.86 280 101 20 375 5.06 395 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 80 92 46.51 172 2 62 82 43.06 144 3 85 74 53.46 159 4 57 92 38.26 149 5 25 110 18.52 135 6 11 71 13.41 82 7 16 71 18.39 87 8 10 71 12.35 81 9 11 74 12.94 85 10 12 56 17.65 68 11 19 73 20.65 92 12 14 66 17.50 80 13 9 68 11.69 77 14 9 59 13.24 68 15 13 58 18.31 71 16 14 56 20.00 70 17 15 51 22.73 66 18 17 44 27.87 61 19 9 51 15.00 60 20 5 53 8.62 58 21 13 51 20.31 64 22 11 49 18.33 60 23 21 40 34.43 61 24 15 45 25.00 60 25 19 55 25.68 74 26 11 49 18.33 60 27 11 47 18.97 58 28 11 46 19.30 57 29 12 48 20.00 60 30 10 43 18.87 53 31 14 39 26.42 53 32 14 41 25.45 55 33 12 25 32.43 37 34 15 48 23.81 63 35 20 54 27.03 74 36 11 44 20.00 55 37 9 49 15.52 58 38 9 45 16.67 54 39 11 33 25.00 44 40 11 31 26.19 42 41 8 44 15.38 52 42 8 50 13.79 58 43 10 37 21.28 47 44 6 32 15.79 38 45 12 55 17.91 67 46 10 42 19.23 52 47 6 38 13.64 44 48 12 30 28.57 42 49 9 44 16.98 53 50 10 42 19.23 52 51 6 35 14.63 41 52 11 35 23.91 46 53 9 49 15.52 58 54 9 26 25.71 35 55 10 35 22.22 45 56 6 34 15.00 40 57 7 33 17.50 40 58 9 30 23.08 39 59 6 36 14.29 42 60 6 33 15.38 39 61 11 31 26.19 42 62 13 24 35.14 37 63 9 29 23.68 38 64 9 25 26.47 34 65 8 25 24.24 33 66 12 23 34.29 35 67 9 36 20.00 45 68 7 44 13.73 51 69 9 26 25.71 35 70 5 26 16.13 31 71 8 33 19.51 41 72 8 18 30.77 26 73 3 18 14.29 21 74 9 18 33.33 27 75 7 27 20.59 34 76 8 13 38.10 21 77 4 30 11.76 34 78 8 27 22.86 35 79 5 16 23.81 21 80 7 16 30.43 23 81 6 23 20.69 29 82 6 21 22.22 27 83 6 17 26.09 23 84 6 9 40.00 15 85 8 10 44.44 18 86 10 23 30.30 33 87 4 23 14.81 27 88 5 15 25.00 20 89 5 11 31.25 16 90 5 19 20.83 24 91 4 21 16.00 25 92 4 23 14.81 27 93 5 14 26.32 19 94 6 19 24.00 25 95 2 12 14.29 14 96 5 21 19.23 26 97 4 19 17.39 23 98 4 10 28.57 14 99 4 0 100.00 4 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 23 92 20.00 115 2 20 114 14.93 134 3 23 99 18.85 122 4 17 108 13.60 125 5 3 219 1.35 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