CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 104 159 39.54 263 2 58 201 22.39 259 3 74 144 33.94 218 4 81 152 34.76 233 5 92 86 51.69 178 6 82 107 43.39 189 7 90 110 45.00 200 8 45 109 29.22 154 9 35 112 23.81 147 10 34 103 24.82 137 11 46 103 30.87 149 12 30 110 21.43 140 13 46 108 29.87 154 14 31 121 20.39 152 15 38 125 23.31 163 16 35 128 21.47 163 17 34 105 24.46 139 18 34 126 21.25 160 19 32 101 24.06 133 20 37 138 21.14 175 21 35 115 23.33 150 22 30 118 20.27 148 23 20 131 13.25 151 24 35 135 20.59 170 25 32 154 17.20 186 26 33 114 22.45 147 27 28 115 19.58 143 28 23 131 14.94 154 29 37 137 21.26 174 30 34 119 22.22 153 31 33 108 23.40 141 32 29 126 18.71 155 33 15 120 11.11 135 34 24 106 18.46 130 35 23 116 16.55 139 36 23 125 15.54 148 37 29 117 19.86 146 38 31 118 20.81 149 39 31 113 21.53 144 40 27 122 18.12 149 41 24 105 18.60 129 42 32 114 21.92 146 43 35 133 20.83 168 44 39 127 23.49 166 45 26 112 18.84 138 46 28 125 18.30 153 47 34 117 22.52 151 48 24 144 14.29 168 49 28 105 21.05 133 50 23 115 16.67 138 51 22 121 15.38 143 52 28 136 17.07 164 53 17 98 14.78 115 54 31 109 22.14 140 55 23 124 15.65 147 56 22 105 17.32 127 57 27 106 20.30 133 58 33 111 22.92 144 59 31 105 22.79 136 60 22 111 16.54 133 61 24 127 15.89 151 62 28 108 20.59 136 63 26 109 19.26 135 64 18 123 12.77 141 65 27 104 20.61 131 66 27 104 20.61 131 67 26 106 19.70 132 68 36 95 27.48 131 69 21 101 17.21 122 70 28 107 20.74 135 71 25 95 20.83 120 72 20 104 16.13 124 73 23 102 18.40 125 74 26 109 19.26 135 75 22 99 18.18 121 76 27 121 18.24 148 77 25 103 19.53 128 78 23 115 16.67 138 79 20 99 16.81 119 80 27 98 21.60 125 81 31 95 24.60 126 82 26 101 20.47 127 83 27 91 22.88 118 84 39 94 29.32 133 85 30 91 24.79 121 86 18 95 15.93 113 87 26 84 23.64 110 88 24 101 19.20 125 89 16 73 17.98 89 90 26 73 26.26 99 91 19 86 18.10 105 92 15 74 16.85 89 93 26 76 25.49 102 94 23 92 20.00 115 95 24 84 22.22 108 96 16 86 15.69 102 97 15 90 14.29 105 98 13 74 14.94 87 99 7 56 11.11 63 100 20 71 21.98 91 101 19 71 21.11 90 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 116 207 35.91 323 2 77 186 29.28 263 3 31 165 15.82 196 4 22 170 11.46 192 5 14 179 7.25 193 6 12 163 6.86 175 7 8 179 4.28 187 8 2 209 0.95 211 9 4 205 1.91 209 10 3 198 1.49 201 11 4 190 2.06 194 12 4 221 1.78 225 13 4 221 1.78 225 14 3 195 1.52 198 15 2 216 0.92 218 16 4 202 1.94 206 17 3 205 1.44 208 18 2 223 0.89 225 19 3 201 1.47 204 20 3 218 1.36 221 21 2 193 1.03 195 22 1 214 0.47 215 23 1 173 0.57 174 24 2 213 0.93 215 25 3 193 1.53 196 26 1 221 0.45 222 27 1 219 0.45 220 28 1 207 0.48 208 29 4 213 1.84 217 30 2 222 0.89 224 31 5 203 2.40 208 32 3 196 1.51 199 33 0 218 0.00 218 34 2 199 1.00 201 35 5 221 2.21 226 36 5 210 2.33 215 37 0 234 0.00 234 38 2 194 1.02 196 39 2 189 1.05 191 40 5 206 2.37 211 41 2 213 0.93 215 42 2 216 0.92 218 43 4 212 1.85 216 44 4 200 1.96 204 45 2 208 0.95 210 46 3 212 1.40 215 47 1 191 0.52 192 48 2 211 0.94 213 49 2 231 0.86 233 50 4 174 2.25 178 51 3 214 1.38 217 52 2 218 0.91 220 53 2 189 1.05 191 54 1 218 0.46 219 55 7 225 3.02 232 56 4 214 1.83 218 57 4 226 1.74 230 58 4 219 1.79 223 59 3 224 1.32 227 60 2 194 1.02 196 61 3 220 1.35 223 62 2 224 0.88 226 63 2 223 0.89 225 64 3 196 1.51 199 65 5 206 2.37 211 66 2 187 1.06 189 67 1 186 0.53 187 68 5 221 2.21 226 69 3 198 1.49 201 70 2 167 1.18 169 71 4 200 1.96 204 72 2 198 1.00 200 73 2 193 1.03 195 74 6 187 3.11 193 75 7 188 3.59 195 76 4 167 2.34 171 77 3 164 1.80 167 78 7 175 3.85 182 79 4 186 2.11 190 80 3 163 1.81 166 81 1 170 0.58 171 82 1 186 0.53 187 83 3 170 1.73 173 84 4 178 2.20 182 85 2 155 1.27 157 86 4 175 2.23 179 87 2 162 1.22 164 88 9 140 6.04 149 89 3 148 1.99 151 90 2 154 1.28 156 91 1 174 0.57 175 92 1 166 0.60 167 93 1 156 0.64 157 94 2 152 1.30 154 95 3 127 2.31 130 96 2 161 1.23 163 97 2 139 1.42 141 98 4 123 3.15 127 99 1 98 1.01 99 100 3 67 4.29 70 101 2 159 1.24 161 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 181 309 36.94 490 2 138 320 30.13 458 3 117 309 27.46 426 4 92 360 20.35 452 5 118 424 21.77 542 6 93 465 16.67 558 7 67 565 10.60 632 8 105 607 14.75 712 9 74 547 11.92 621 10 59 534 9.95 593 11 84 545 13.35 629 12 65 517 11.17 582 13 71 543 11.56 614 14 86 530 13.96 616 15 67 581 10.34 648 16 57 576 9.00 633 17 78 587 11.73 665 18 83 585 12.43 668 19 75 624 10.73 699 20 88 622 12.39 710 21 67 612 9.87 679 22 63 594 9.59 657 23 76 625 10.84 701 24 70 593 10.56 663 25 65 628 9.38 693 26 88 623 12.38 711 27 55 626 8.08 681 28 62 687 8.28 749 29 84 640 11.60 724 30 76 629 10.78 705 31 44 632 6.51 676 32 84 622 11.90 706 33 61 665 8.40 726 34 68 641 9.59 709 35 79 622 11.27 701 36 54 623 7.98 677 37 65 671 8.83 736 38 72 643 10.07 715 39 56 676 7.65 732 40 52 668 7.22 720 41 58 644 8.26 702 42 63 673 8.56 736 43 66 630 9.48 696 44 74 636 10.42 710 45 52 671 7.19 723 46 56 646 7.98 702 47 66 634 9.43 700 48 52 673 7.17 725 49 54 578 8.54 632 50 67 633 9.57 700 51 44 567 7.20 611 52 40 647 5.82 687 53 76 609 11.09 685 54 46 653 6.58 699 55 53 592 8.22 645 56 53 631 7.75 684 57 41 598 6.42 639 58 48 643 6.95 691 59 56 602 8.51 658 60 33 599 5.22 632 61 53 634 7.71 687 62 64 605 9.57 669 63 42 617 6.37 659 64 54 605 8.19 659 65 53 575 8.44 628 66 47 588 7.40 635 67 38 552 6.44 590 68 49 593 7.63 642 69 41 573 6.68 614 70 42 531 7.33 573 71 57 548 9.42 605 72 35 561 5.87 596 73 41 586 6.54 627 74 54 561 8.78 615 75 30 537 5.29 567 76 36 531 6.35 567 77 59 534 9.95 593 78 41 505 7.51 546 79 24 537 4.28 561 80 57 541 9.53 598 81 39 502 7.21 541 82 37 507 6.80 544 83 65 441 12.85 506 84 31 498 5.86 529 85 31 480 6.07 511 86 50 477 9.49 527 87 31 473 6.15 504 88 41 427 8.76 468 89 44 455 8.82 499 90 23 451 4.85 474 91 22 457 4.59 479 92 44 462 8.70 506 93 30 429 6.54 459 94 25 392 6.00 417 95 35 460 7.07 495 96 31 388 7.40 419 97 29 410 6.61 439 98 29 384 7.02 413 99 11 275 3.85 286 100 23 259 8.16 282 101 19 403 4.50 422 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 89 91 49.44 180 2 56 94 37.33 150 3 65 77 45.77 142 4 48 108 30.77 156 5 28 155 15.30 183 6 6 66 8.33 72 7 5 88 5.38 93 8 11 74 12.94 85 9 10 69 12.66 79 10 16 61 20.78 77 11 13 70 15.66 83 12 12 58 17.14 70 13 14 56 20.00 70 14 12 69 14.81 81 15 17 62 21.52 79 16 12 62 16.22 74 17 11 77 12.50 88 18 14 63 18.18 77 19 15 66 18.52 81 20 17 60 22.08 77 21 10 41 19.61 51 22 6 56 9.68 62 23 10 48 17.24 58 24 12 54 18.18 66 25 15 66 18.52 81 26 14 51 21.54 65 27 17 41 29.31 58 28 15 47 24.19 62 29 8 44 15.38 52 30 11 54 16.92 65 31 9 43 17.31 52 32 12 53 18.46 65 33 17 52 24.64 69 34 14 37 27.45 51 35 15 46 24.59 61 36 13 47 21.67 60 37 10 39 20.41 49 38 8 44 15.38 52 39 18 43 29.51 61 40 13 43 23.21 56 41 18 48 27.27 66 42 8 49 14.04 57 43 9 38 19.15 47 44 8 39 17.02 47 45 13 46 22.03 59 46 10 27 27.03 37 47 10 36 21.74 46 48 11 45 19.64 56 49 12 55 17.91 67 50 3 40 6.98 43 51 7 34 17.07 41 52 12 45 21.05 57 53 15 30 33.33 45 54 12 39 23.53 51 55 5 30 14.29 35 56 12 45 21.05 57 57 7 28 20.00 35 58 8 28 22.22 36 59 10 35 22.22 45 60 6 32 15.79 38 61 9 28 24.32 37 62 6 33 15.38 39 63 7 31 18.42 38 64 6 31 16.22 37 65 9 21 30.00 30 66 6 29 17.14 35 67 5 39 11.36 44 68 9 22 29.03 31 69 8 40 16.67 48 70 7 26 21.21 33 71 4 18 18.18 22 72 12 24 33.33 36 73 11 19 36.67 30 74 5 12 29.41 17 75 10 22 31.25 32 76 10 21 32.26 31 77 7 16 30.43 23 78 6 17 26.09 23 79 4 24 14.29 28 80 5 28 15.15 33 81 8 15 34.78 23 82 7 19 26.92 26 83 5 15 25.00 20 84 9 22 29.03 31 85 5 24 17.24 29 86 8 17 32.00 25 87 7 24 22.58 31 88 5 12 29.41 17 89 3 21 12.50 24 90 4 20 16.67 24 91 3 20 13.04 23 92 3 25 10.71 28 93 5 13 27.78 18 94 1 15 6.25 16 95 8 10 44.44 18 96 7 26 21.21 33 97 6 17 26.09 23 98 2 21 8.70 23 99 2 0 100.00 2 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 21 84 20.00 105 2 31 116 21.09 147 3 22 114 16.18 136 4 28 134 17.28 162 5 3 217 1.36 220 6 0 317 0.00 317 7 2 145 1.36 147 8 1 171 0.58 172 9 2 150 1.32 152 10 3 143 2.05 146 11 4 159 2.45 163 12 0 141 0.00 141 13 2 155 1.27 157 14 0 124 0.00 124 15 2 120 1.64 122 16 3 133 2.21 136 17 0 132 0.00 132 18 1 105 0.94 106 19 1 126 0.79 127 20 3 96 3.03 99 21 5 94 5.05 99 22 0 115 0.00 115 23 2 107 1.83 109 24 1 120 0.83 121 25 2 87 2.25 89 26 2 129 1.53 131 27 1 79 1.25 80 28 4 75 5.06 79 29 3 118 2.48 121 30 2 93 2.11 95 31 1 81 1.22 82 32 1 94 1.05 95 33 1 110 0.90 111 34 2 115 1.71 117 35 1 66 1.49 67 36 2 92 2.13 94 37 4 93 4.12 97 38 4 106 3.64 110 39 0 106 0.00 106 40 0 83 0.00 83 41 3 72 4.00 75 42 1 73 1.35 74 43 1 81 1.22 82 44 2 81 2.41 83 45 2 59 3.28 61 46 0 83 0.00 83 47 4 70 5.41 74 48 2 76 2.56 78 49 2 83 2.35 85 50 0 80 0.00 80 51 2 57 3.39 59 52 2 74 2.63 76 53 3 62 4.62 65 54 1 63 1.56 64 55 0 73 0.00 73 56 1 61 1.61 62 57 2 70 2.78 72 58 0 70 0.00 70 59 0 45 0.00 45 60 2 66 2.94 68 61 0 54 0.00 54 62 1 59 1.67 60 63 1 79 1.25 80 64 1 46 2.13 47 65 1 65 1.52 66 66 0 47 0.00 47 67 0 80 0.00 80 68 1 42 2.33 43 69 1 40 2.44 41 70 1 59 1.67 60 71 0 61 0.00 61 72 0 44 0.00 44 73 0 40 0.00 40 74 0 45 0.00 45 75 1 45 2.17 46 76 1 49 2.00 50 77 0 42 0.00 42 78 1 37 2.63 38 79 1 33 2.94 34 80 0 53 0.00 53 81 2 46 4.17 48 82 0 35 0.00 35 83 0 37 0.00 37 84 2 39 4.88 41 85 1 57 1.72 58 86 0 45 0.00 45 87 0 36 0.00 36 88 0 37 0.00 37 89 0 53 0.00 53 90 0 53 0.00 53 91 0 42 0.00 42 92 0 43 0.00 43 93 0 29 0.00 29 94 1 39 2.50 40 95 1 24 4.00 25 96 0 46 0.00 46 97 2 41 4.65 43 98 0 30 0.00 30 99 0 2 0.00 2 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 105 147 41.67 252 2 83 126 39.71 209 3 95 134 41.48 229 4 81 127 38.94 208 5 35 267 11.59 302 6 41 339 10.79 380 7 36 484 6.92 520 8 41 449 8.37 490 9 63 452 12.23 515 10 40 379 9.55 419 11 36 419 7.91 455 12 61 353 14.73 414 13 50 398 11.16 448 14 38 396 8.76 434 15 56 441 11.27 497 16 44 399 9.93 443 17 38 404 8.60 442 18 54 394 12.05 448 19 35 364 8.77 399 20 43 424 9.21 467 21 63 373 14.45 436 22 49 376 11.53 425 23 32 367 8.02 399 24 63 291 17.80 354 25 41 346 10.59 387 26 47 334 12.34 381 27 46 356 11.44 402 28 42 337 11.08 379 29 43 335 11.38 378 30 44 299 12.83 343 31 31 284 9.84 315 32 42 305 12.10 347 33 38 298 11.31 336 34 27 285 8.65 312 35 29 288 9.15 317 36 49 331 12.89 380 37 33 262 11.19 295 38 25 300 7.69 325 39 34 300 10.18 334 40 24 297 7.48 321 41 26 258 9.15 284 42 36 282 11.32 318 43 23 252 8.36 275 44 29 276 9.51 305 45 27 238 10.19 265 46 21 234 8.24 255 47 28 229 10.89 257 48 23 242 8.68 265 49 21 231 8.33 252 50 14 237 5.58 251 51 30 212 12.40 242 52 17 215 7.33 232 53 18 220 7.56 238 54 29 202 12.55 231 55 24 199 10.76 223 56 19 217 8.05 236 57 18 231 7.23 249 58 10 227 4.22 237 59 15 182 7.61 197 60 26 173 13.07 199 61 10 158 5.95 168 62 12 157 7.10 169 63 19 185 9.31 204 64 15 185 7.50 200 65 22 170 11.46 192 66 22 174 11.22 196 67 11 150 6.83 161 68 9 172 4.97 181 69 23 179 11.39 202 70 10 158 5.95 168 71 12 156 7.14 168 72 16 145 9.94 161 73 9 152 5.59 161 74 17 151 10.12 168 75 18 142 11.25 160 76 10 144 6.49 154 77 18 145 11.04 163 78 15 165 8.33 180 79 8 153 4.97 161 80 11 150 6.83 161 81 11 165 6.25 176 82 11 146 7.01 157 83 14 141 9.03 155 84 8 153 4.97 161 85 9 131 6.43 140 86 12 135 8.16 147 87 9 142 5.96 151 88 9 118 7.09 127 89 11 135 7.53 146 90 17 125 11.97 142 91 11 129 7.86 140 92 11 130 7.80 141 93 12 136 8.11 148 94 8 131 5.76 139 95 15 110 12.00 125 96 16 122 11.59 138 97 9 125 6.72 134 98 15 121 11.03 136 99 8 2 80.00 10