CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 85 173 32.95 258 2 62 174 26.27 236 3 70 153 31.39 223 4 71 117 37.77 188 5 80 87 47.90 167 6 70 91 43.48 161 7 69 104 39.88 173 8 39 101 27.86 140 9 52 94 35.62 146 10 42 95 30.66 137 11 41 89 31.54 130 12 38 112 25.33 150 13 39 98 28.47 137 14 37 120 23.57 157 15 37 93 28.46 130 16 35 99 26.12 134 17 31 95 24.60 126 18 33 107 23.57 140 19 34 110 23.61 144 20 30 97 23.62 127 21 31 108 22.30 139 22 36 96 27.27 132 23 32 96 25.00 128 24 40 101 28.37 141 25 24 123 16.33 147 26 28 108 20.59 136 27 23 100 18.70 123 28 28 91 23.53 119 29 28 98 22.22 126 30 25 108 18.80 133 31 31 101 23.48 132 32 29 106 21.48 135 33 25 126 16.56 151 34 30 85 26.09 115 35 32 90 26.23 122 36 29 123 19.08 152 37 32 107 23.02 139 38 28 106 20.90 134 39 33 95 25.78 128 40 27 106 20.30 133 41 30 103 22.56 133 42 21 92 18.58 113 43 23 95 19.49 118 44 28 100 21.88 128 45 23 108 17.56 131 46 23 109 17.42 132 47 18 99 15.38 117 48 28 82 25.45 110 49 29 96 23.20 125 50 32 99 24.43 131 51 25 78 24.27 103 52 23 110 17.29 133 53 32 89 26.45 121 54 29 103 21.97 132 55 36 101 26.28 137 56 22 106 17.19 128 57 28 114 19.72 142 58 22 90 19.64 112 59 22 87 20.18 109 60 28 102 21.54 130 61 31 93 25.00 124 62 22 88 20.00 110 63 21 98 17.65 119 64 27 97 21.77 124 65 25 89 21.93 114 66 17 96 15.04 113 67 28 88 24.14 116 68 24 94 20.34 118 69 26 82 24.07 108 70 32 80 28.57 112 71 28 85 24.78 113 72 26 90 22.41 116 73 20 75 21.05 95 74 28 75 27.18 103 75 25 88 22.12 113 76 24 97 19.83 121 77 30 82 26.79 112 78 17 81 17.35 98 79 17 95 15.18 112 80 28 88 24.14 116 81 24 93 20.51 117 82 23 88 20.72 111 83 28 84 25.00 112 84 25 95 20.83 120 85 16 93 14.68 109 86 26 92 22.03 118 87 21 91 18.75 112 88 22 98 18.33 120 89 23 77 23.00 100 90 22 109 16.79 131 91 20 87 18.69 107 92 26 75 25.74 101 93 19 78 19.59 97 94 25 74 25.25 99 95 17 82 17.17 99 96 18 85 17.48 103 97 18 84 17.65 102 98 18 67 21.18 85 99 17 61 21.79 78 100 19 71 21.11 90 101 19 75 20.21 94 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 118 174 40.41 292 2 75 156 32.47 231 3 41 150 21.47 191 4 16 166 8.79 182 5 15 161 8.52 176 6 11 145 7.05 156 7 11 176 5.88 187 8 3 189 1.56 192 9 2 182 1.09 184 10 1 167 0.60 168 11 7 170 3.95 177 12 2 182 1.09 184 13 3 189 1.56 192 14 3 194 1.52 197 15 3 170 1.73 173 16 2 195 1.02 197 17 2 205 0.97 207 18 3 183 1.61 186 19 1 173 0.57 174 20 3 219 1.35 222 21 2 212 0.93 214 22 3 168 1.75 171 23 3 165 1.79 168 24 3 211 1.40 214 25 2 210 0.94 212 26 1 186 0.53 187 27 0 184 0.00 184 28 4 207 1.90 211 29 4 197 1.99 201 30 1 184 0.54 185 31 0 192 0.00 192 32 7 173 3.89 180 33 3 190 1.55 193 34 3 172 1.71 175 35 2 212 0.93 214 36 4 185 2.12 189 37 3 183 1.61 186 38 6 177 3.28 183 39 7 166 4.05 173 40 2 210 0.94 212 41 0 167 0.00 167 42 1 182 0.55 183 43 2 175 1.13 177 44 1 183 0.54 184 45 3 186 1.59 189 46 3 202 1.46 205 47 0 175 0.00 175 48 2 199 1.00 201 49 3 162 1.82 165 50 2 197 1.01 199 51 2 186 1.06 188 52 2 180 1.10 182 53 3 219 1.35 222 54 1 197 0.51 198 55 2 177 1.12 179 56 2 192 1.03 194 57 2 193 1.03 195 58 1 198 0.50 199 59 6 198 2.94 204 60 3 186 1.59 189 61 3 189 1.56 192 62 1 179 0.56 180 63 0 173 0.00 173 64 1 185 0.54 186 65 7 171 3.93 178 66 4 173 2.26 177 67 7 186 3.63 193 68 4 195 2.01 199 69 2 189 1.05 191 70 2 186 1.06 188 71 3 182 1.62 185 72 5 180 2.70 185 73 2 177 1.12 179 74 2 174 1.14 176 75 4 163 2.40 167 76 7 163 4.12 170 77 5 164 2.96 169 78 1 170 0.58 171 79 3 158 1.86 161 80 4 174 2.25 178 81 2 187 1.06 189 82 1 151 0.66 152 83 4 190 2.06 194 84 2 168 1.18 170 85 3 167 1.76 170 86 4 175 2.23 179 87 3 172 1.71 175 88 2 161 1.23 163 89 0 151 0.00 151 90 1 139 0.71 140 91 0 140 0.00 140 92 1 177 0.56 178 93 1 142 0.70 143 94 1 156 0.64 157 95 6 141 4.08 147 96 1 154 0.65 155 97 4 140 2.78 144 98 3 106 2.75 109 99 2 69 2.82 71 100 0 87 0.00 87 101 4 132 2.94 136 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 173 260 39.95 433 2 133 253 34.46 386 3 89 297 23.06 386 4 85 323 20.83 408 5 81 390 17.20 471 6 86 429 16.70 515 7 74 492 13.07 566 8 69 573 10.75 642 9 48 512 8.57 560 10 69 494 12.26 563 11 54 486 10.00 540 12 50 513 8.88 563 13 60 515 10.43 575 14 68 498 12.01 566 15 50 497 9.14 547 16 57 536 9.61 593 17 64 566 10.16 630 18 60 594 9.17 654 19 52 602 7.95 654 20 59 589 9.10 648 21 57 601 8.66 658 22 62 592 9.48 654 23 51 604 7.79 655 24 42 663 5.96 705 25 45 568 7.34 613 26 52 613 7.82 665 27 52 588 8.12 640 28 49 646 7.05 695 29 59 674 8.05 733 30 45 602 6.96 647 31 52 625 7.68 677 32 49 614 7.39 663 33 56 645 7.99 701 34 46 613 6.98 659 35 46 641 6.70 687 36 50 616 7.51 666 37 56 649 7.94 705 38 63 624 9.17 687 39 42 606 6.48 648 40 44 572 7.14 616 41 55 607 8.31 662 42 52 615 7.80 667 43 50 617 7.50 667 44 48 665 6.73 713 45 35 651 5.10 686 46 54 621 8.00 675 47 53 610 7.99 663 48 35 644 5.15 679 49 55 602 8.37 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context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 64 87 42.38 151 2 65 102 38.92 167 3 67 80 45.58 147 4 64 98 39.51 162 5 32 130 19.75 162 6 14 50 21.88 64 7 16 63 20.25 79 8 12 71 14.46 83 9 6 67 8.22 73 10 16 61 20.78 77 11 16 72 18.18 88 12 13 69 15.85 82 13 16 67 19.28 83 14 21 78 21.21 99 15 11 55 16.67 66 16 7 57 10.94 64 17 17 65 20.73 82 18 19 50 27.54 69 19 16 56 22.22 72 20 12 49 19.67 61 21 16 43 27.12 59 22 12 49 19.67 61 23 10 57 14.93 67 24 10 49 16.95 59 25 20 59 25.32 79 26 14 50 21.88 64 27 23 46 33.33 69 28 16 51 23.88 67 29 13 42 23.64 55 30 20 49 28.99 69 31 10 51 16.39 61 32 12 46 20.69 58 33 11 42 20.75 53 34 13 46 22.03 59 35 13 47 21.67 60 36 23 53 30.26 76 37 12 45 21.05 57 38 9 38 19.15 47 39 11 40 21.57 51 40 15 43 25.86 58 41 17 47 26.56 64 42 15 62 19.48 77 43 9 28 24.32 37 44 8 42 16.00 50 45 10 54 15.62 64 46 11 31 26.19 42 47 11 36 23.40 47 48 11 40 21.57 51 49 10 57 14.93 67 50 14 38 26.92 52 51 8 36 18.18 44 52 13 36 26.53 49 53 8 40 16.67 48 54 10 45 18.18 55 55 8 39 17.02 47 56 9 33 21.43 42 57 11 35 23.91 46 58 11 41 21.15 52 59 8 31 20.51 39 60 8 28 22.22 36 61 12 32 27.27 44 62 6 31 16.22 37 63 8 30 21.05 38 64 8 38 17.39 46 65 6 31 16.22 37 66 9 29 23.68 38 67 6 35 14.63 41 68 10 22 31.25 32 69 13 38 25.49 51 70 13 22 37.14 35 71 9 13 40.91 22 72 9 16 36.00 25 73 9 23 28.12 32 74 9 26 25.71 35 75 4 30 11.76 34 76 6 26 18.75 32 77 3 11 21.43 14 78 9 17 34.62 26 79 4 21 16.00 25 80 9 23 28.12 32 81 5 18 21.74 23 82 4 19 17.39 23 83 5 18 21.74 23 84 11 17 39.29 28 85 3 21 12.50 24 86 4 21 16.00 25 87 9 18 33.33 27 88 7 17 29.17 24 89 5 20 20.00 25 90 7 15 31.82 22 91 9 23 28.12 32 92 8 23 25.81 31 93 6 19 24.00 25 94 8 19 29.63 27 95 7 16 30.43 23 96 6 15 28.57 21 97 6 18 25.00 24 98 5 20 20.00 25 99 4 0 100.00 4 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 18 89 16.82 107 2 23 113 16.91 136 3 21 126 14.29 147 4 23 136 14.47 159 5 3 215 1.38 218 6 8 271 2.87 279 7 0 144 0.00 144 8 0 142 0.00 142 9 1 145 0.68 146 10 2 112 1.75 114 11 1 165 0.60 166 12 2 135 1.46 137 13 2 137 1.44 139 14 1 129 0.77 130 15 3 147 2.00 150 16 1 111 0.89 112 17 3 139 2.11 142 18 2 97 2.02 99 19 2 118 1.67 120 20 5 95 5.00 100 21 7 89 7.29 96 22 1 121 0.82 122 23 0 89 0.00 89 24 2 98 2.00 100 25 2 93 2.11 95 26 3 111 2.63 114 27 0 95 0.00 95 28 3 106 2.75 109 29 0 99 0.00 99 30 2 92 2.13 94 31 3 83 3.49 86 32 5 100 4.76 105 33 2 104 1.89 106 34 1 85 1.16 86 35 3 86 3.37 89 36 2 98 2.00 100 37 0 86 0.00 86 38 0 93 0.00 93 39 1 107 0.93 108 40 1 89 1.11 90 41 1 75 1.32 76 42 1 78 1.27 79 43 1 90 1.10 91 44 4 69 5.48 73 45 0 67 0.00 67 46 2 61 3.17 63 47 0 75 0.00 75 48 1 74 1.33 75 49 2 71 2.74 73 50 0 83 0.00 83 51 1 64 1.54 65 52 1 60 1.64 61 53 0 64 0.00 64 54 2 72 2.70 74 55 1 75 1.32 76 56 2 80 2.44 82 57 0 56 0.00 56 58 3 71 4.05 74 59 2 66 2.94 68 60 0 69 0.00 69 61 0 57 0.00 57 62 0 70 0.00 70 63 0 67 0.00 67 64 2 66 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395 19 36 374 8.78 410 20 34 441 7.16 475 21 40 364 9.90 404 22 24 366 6.15 390 23 22 371 5.60 393 24 40 329 10.84 369 25 22 313 6.57 335 26 23 335 6.42 358 27 38 361 9.52 399 28 21 362 5.48 383 29 27 313 7.94 340 30 29 342 7.82 371 31 20 295 6.35 315 32 16 293 5.18 309 33 26 304 7.88 330 34 12 292 3.95 304 35 27 314 7.92 341 36 31 320 8.83 351 37 19 295 6.05 314 38 19 330 5.44 349 39 26 269 8.81 295 40 11 283 3.74 294 41 16 261 5.78 277 42 20 271 6.87 291 43 15 248 5.70 263 44 17 297 5.41 314 45 22 273 7.46 295 46 4 245 1.61 249 47 16 282 5.37 298 48 21 245 7.89 266 49 13 236 5.22 249 50 10 250 3.85 260 51 19 245 7.20 264 52 9 222 3.90 231 53 11 242 4.35 253 54 16 219 6.81 235 55 7 228 2.98 235 56 6 233 2.51 239 57 13 225 5.46 238 58 8 229 3.38 237 59 14 207 6.33 221 60 18 212 7.83 230 61 3 206 1.44 209 62 9 210 4.11 219 63 17 194 8.06 211 64 8 200 3.85 208 65 10 209 4.57 219 66 14 216 6.09 230 67 5 197 2.48 202 68 7 206 3.29 213 69 11 193 5.39 204 70 5 184 2.65 189 71 9 202 4.27 211 72 9 187 4.59 196 73 9 177 4.84 186 74 10 167 5.65 177 75 12 180 6.25 192 76 7 148 4.52 155 77 10 160 5.88 170 78 12 164 6.82 176 79 7 157 4.27 164 80 5 171 2.84 176 81 12 156 7.14 168 82 6 163 3.55 169 83 12 167 6.70 179 84 12 172 6.52 184 85 7 179 3.76 186 86 9 159 5.36 168 87 15 151 9.04 166 88 7 144 4.64 151 89 8 139 5.44 147 90 12 158 7.06 170 91 5 159 3.05 164 92 9 153 5.56 162 93 11 156 6.59 167 94 7 138 4.83 145 95 10 141 6.62 151 96 14 128 9.86 142 97 5 144 3.36 149 98 8 157 4.85 165 99 10 2 83.33 12