CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 122 222 35.47 344 2 86 216 28.48 302 3 91 178 33.83 269 4 100 139 41.84 239 5 87 133 39.55 220 6 76 100 43.18 176 7 84 106 44.21 190 8 44 127 25.73 171 9 33 117 22.00 150 10 38 117 24.52 155 11 34 109 23.78 143 12 38 131 22.49 169 13 33 107 23.57 140 14 32 128 20.00 160 15 34 116 22.67 150 16 21 128 14.09 149 17 22 100 18.03 122 18 31 111 21.83 142 19 34 115 22.82 149 20 31 103 23.13 134 21 29 109 21.01 138 22 29 118 19.73 147 23 30 90 25.00 120 24 35 88 28.46 123 25 26 103 20.16 129 26 24 112 17.65 136 27 30 103 22.56 133 28 23 121 15.97 144 29 22 138 13.75 160 30 24 118 16.90 142 31 31 105 22.79 136 32 20 112 15.15 132 33 23 112 17.04 135 34 30 120 20.00 150 35 32 99 24.43 131 36 31 120 20.53 151 37 31 101 23.48 132 38 25 92 21.37 117 39 28 116 19.44 144 40 26 104 20.00 130 41 27 106 20.30 133 42 30 107 21.90 137 43 28 124 18.42 152 44 28 107 20.74 135 45 36 96 27.27 132 46 32 102 23.88 134 47 27 91 22.88 118 48 25 109 18.66 134 49 33 94 25.98 127 50 22 103 17.60 125 51 31 103 23.13 134 52 37 101 26.81 138 53 35 104 25.18 139 54 29 90 24.37 119 55 27 108 20.00 135 56 21 107 16.41 128 57 33 104 24.09 137 58 32 112 22.22 144 59 32 96 25.00 128 60 25 107 18.94 132 61 27 102 20.93 129 62 15 118 11.28 133 63 24 104 18.75 128 64 27 103 20.77 130 65 30 99 23.26 129 66 26 112 18.84 138 67 31 82 27.43 113 68 28 110 20.29 138 69 27 92 22.69 119 70 21 90 18.92 111 71 24 100 19.35 124 72 19 120 13.67 139 73 20 104 16.13 124 74 34 89 27.64 123 75 19 91 17.27 110 76 30 88 25.42 118 77 18 103 14.88 121 78 30 100 23.08 130 79 24 87 21.62 111 80 24 78 23.53 102 81 22 103 17.60 125 82 29 101 22.31 130 83 28 82 25.45 110 84 23 100 18.70 123 85 27 88 23.48 115 86 25 78 24.27 103 87 27 83 24.55 110 88 13 89 12.75 102 89 20 102 16.39 122 90 23 74 23.71 97 91 16 107 13.01 123 92 16 65 19.75 81 93 30 101 22.90 131 94 28 82 25.45 110 95 22 82 21.15 104 96 23 77 23.00 100 97 26 88 22.81 114 98 19 91 17.27 110 99 20 63 24.10 83 100 21 79 21.00 100 101 15 71 17.44 86 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 181 222 44.91 403 2 104 184 36.11 288 3 49 158 23.67 207 4 16 195 7.58 211 5 10 172 5.49 182 6 13 160 7.51 173 7 6 213 2.74 219 8 1 226 0.44 227 9 4 222 1.77 226 10 1 177 0.56 178 11 3 204 1.45 207 12 0 220 0.00 220 13 4 202 1.94 206 14 2 191 1.04 193 15 1 200 0.50 201 16 3 204 1.45 207 17 2 192 1.03 194 18 0 186 0.00 186 19 2 192 1.03 194 20 2 205 0.97 207 21 1 191 0.52 192 22 3 204 1.45 207 23 2 226 0.88 228 24 1 201 0.50 202 25 1 221 0.45 222 26 3 195 1.52 198 27 0 203 0.00 203 28 1 212 0.47 213 29 1 222 0.45 223 30 2 221 0.90 223 31 7 200 3.38 207 32 1 248 0.40 249 33 2 205 0.97 207 34 1 201 0.50 202 35 1 224 0.44 225 36 1 223 0.45 224 37 3 166 1.78 169 38 3 214 1.38 217 39 3 197 1.50 200 40 2 211 0.94 213 41 5 233 2.10 238 42 2 192 1.03 194 43 4 204 1.92 208 44 3 221 1.34 224 45 3 194 1.52 197 46 1 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CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 160 212 43.01 372 2 102 230 30.72 332 3 58 316 15.51 374 4 81 320 20.20 401 5 77 393 16.38 470 6 65 457 12.45 522 7 69 565 10.88 634 8 55 631 8.02 686 9 41 589 6.51 630 10 50 552 8.31 602 11 54 551 8.93 605 12 46 589 7.24 635 13 48 526 8.36 574 14 49 597 7.59 646 15 35 621 5.34 656 16 42 594 6.60 636 17 54 632 7.87 686 18 42 609 6.45 651 19 42 638 6.18 680 20 50 693 6.73 743 21 32 663 4.60 695 22 53 618 7.90 671 23 46 700 6.17 746 24 35 670 4.96 705 25 44 666 6.20 710 26 59 695 7.82 754 27 46 700 6.17 746 28 43 694 5.83 737 29 55 700 7.28 755 30 40 699 5.41 739 31 42 711 5.58 753 32 50 686 6.79 736 33 43 712 5.70 755 34 33 676 4.65 709 35 46 691 6.24 737 36 35 680 4.90 715 37 34 687 4.72 721 38 51 681 6.97 732 39 38 735 4.92 773 40 37 680 5.16 717 41 48 685 6.55 733 42 32 673 4.54 705 43 42 681 5.81 723 44 48 754 5.99 802 45 31 724 4.11 755 46 36 719 4.77 755 47 46 698 6.18 744 48 27 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326 101 16 451 3.43 467 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 71 113 38.59 184 2 70 96 42.17 166 3 50 93 34.97 143 4 57 113 33.53 170 5 29 158 15.51 187 6 20 73 21.51 93 7 11 79 12.22 90 8 16 75 17.58 91 9 18 92 16.36 110 10 16 76 17.39 92 11 18 78 18.75 96 12 16 78 17.02 94 13 15 60 20.00 75 14 16 84 16.00 100 15 20 58 25.64 78 16 22 58 27.50 80 17 18 76 19.15 94 18 21 63 25.00 84 19 13 76 14.61 89 20 20 78 20.41 98 21 22 64 25.58 86 22 16 58 21.62 74 23 4 53 7.02 57 24 13 81 13.83 94 25 19 66 22.35 85 26 16 72 18.18 88 27 22 62 26.19 84 28 14 53 20.90 67 29 15 64 18.99 79 30 18 58 23.68 76 31 16 54 22.86 70 32 13 69 15.85 82 33 19 45 29.69 64 34 17 63 21.25 80 35 21 58 26.58 79 36 16 45 26.23 61 37 15 57 20.83 72 38 12 45 21.05 57 39 18 49 26.87 67 40 11 47 18.97 58 41 14 53 20.90 67 42 12 71 14.46 83 43 14 48 22.58 62 44 15 55 21.43 70 45 19 63 23.17 82 46 18 36 33.33 54 47 18 64 21.95 82 48 9 43 17.31 52 49 15 58 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14.58 144 2 24 128 15.79 152 3 19 126 13.10 145 4 32 164 16.33 196 5 3 215 1.38 218 6 3 341 0.87 344 7 0 178 0.00 178 8 2 194 1.02 196 9 0 162 0.00 162 10 3 155 1.90 158 11 0 188 0.00 188 12 1 142 0.70 143 13 1 145 0.68 146 14 0 187 0.00 187 15 2 157 1.26 159 16 0 134 0.00 134 17 4 141 2.76 145 18 2 118 1.67 120 19 0 129 0.00 129 20 3 127 2.31 130 21 2 117 1.68 119 22 2 155 1.27 157 23 2 124 1.59 126 24 2 119 1.65 121 25 1 114 0.87 115 26 0 133 0.00 133 27 2 117 1.68 119 28 2 123 1.60 125 29 0 140 0.00 140 30 3 118 2.48 121 31 4 115 3.36 119 32 4 113 3.42 117 33 4 119 3.25 123 34 1 136 0.73 137 35 3 98 2.97 101 36 1 137 0.72 138 37 2 103 1.90 105 38 1 101 0.98 102 39 3 114 2.56 117 40 1 117 0.85 118 41 2 102 1.92 104 42 0 89 0.00 89 43 0 115 0.00 115 44 0 103 0.00 103 45 2 88 2.22 90 46 3 81 3.57 84 47 1 109 0.91 110 48 1 114 0.87 115 49 2 95 2.06 97 50 0 85 0.00 85 51 3 79 3.66 82 52 3 80 3.61 83 53 2 92 2.13 94 54 3 87 3.33 90 55 1 93 1.06 94 56 0 97 0.00 97 57 0 79 0.00 79 58 1 84 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