CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 106 218 32.72 324 2 78 221 26.09 299 3 83 193 30.07 276 4 72 147 32.88 219 5 56 133 29.63 189 6 71 106 40.11 177 7 69 89 43.67 158 8 32 133 19.39 165 9 36 124 22.50 160 10 37 103 26.43 140 11 35 106 24.82 141 12 34 117 22.52 151 13 27 109 19.85 136 14 27 132 16.98 159 15 25 112 18.25 137 16 24 99 19.51 123 17 17 101 14.41 118 18 30 103 22.56 133 19 18 133 11.92 151 20 28 109 20.44 137 21 23 118 16.31 141 22 26 128 16.88 154 23 37 101 26.81 138 24 20 128 13.51 148 25 20 107 15.75 127 26 33 120 21.57 153 27 20 124 13.89 144 28 25 123 16.89 148 29 22 104 17.46 126 30 32 121 20.92 153 31 25 115 17.86 140 32 24 101 19.20 125 33 20 120 14.29 140 34 28 120 18.92 148 35 35 122 22.29 157 36 31 108 22.30 139 37 27 142 15.98 169 38 27 104 20.61 131 39 17 117 12.69 134 40 32 110 22.54 142 41 22 100 18.03 122 42 17 117 12.69 134 43 19 117 13.97 136 44 25 100 20.00 125 45 28 100 21.88 128 46 25 115 17.86 140 47 23 99 18.85 122 48 26 111 18.98 137 49 17 106 13.82 123 50 30 128 18.99 158 51 21 94 18.26 115 52 30 125 19.35 155 53 20 111 15.27 131 54 23 128 15.23 151 55 25 109 18.66 134 56 27 97 21.77 124 57 25 89 21.93 114 58 30 126 19.23 156 59 19 99 16.10 118 60 19 108 14.96 127 61 20 114 14.93 134 62 25 103 19.53 128 63 24 115 17.27 139 64 26 103 20.16 129 65 24 93 20.51 117 66 25 120 17.24 145 67 20 103 16.26 123 68 21 102 17.07 123 69 24 75 24.24 99 70 27 88 23.48 115 71 24 95 20.17 119 72 23 104 18.11 127 73 18 111 13.95 129 74 24 83 22.43 107 75 20 103 16.26 123 76 19 110 14.73 129 77 23 96 19.33 119 78 20 74 21.28 94 79 25 84 22.94 109 80 23 81 22.12 104 81 24 92 20.69 116 82 22 83 20.95 105 83 13 79 14.13 92 84 21 85 19.81 106 85 18 92 16.36 110 86 18 89 16.82 107 87 16 104 13.33 120 88 17 85 16.67 102 89 18 92 16.36 110 90 23 77 23.00 100 91 19 81 19.00 100 92 20 78 20.41 98 93 10 74 11.90 84 94 22 76 22.45 98 95 19 94 16.81 113 96 26 81 24.30 107 97 19 94 16.81 113 98 23 75 23.47 98 99 15 69 17.86 84 100 12 81 12.90 93 101 11 71 13.41 82 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 177 208 45.97 385 2 99 211 31.94 310 3 38 158 19.39 196 4 23 190 10.80 213 5 2 207 0.96 209 6 8 168 4.55 176 7 11 213 4.91 224 8 4 224 1.75 228 9 2 200 0.99 202 10 2 210 0.94 212 11 5 192 2.54 197 12 0 181 0.00 181 13 3 209 1.42 212 14 2 192 1.03 194 15 0 197 0.00 197 16 3 185 1.60 188 17 1 196 0.51 197 18 2 205 0.97 207 19 0 200 0.00 200 20 5 222 2.20 227 21 2 189 1.05 191 22 3 199 1.49 202 23 3 211 1.40 214 24 0 165 0.00 165 25 0 179 0.00 179 26 6 219 2.67 225 27 0 219 0.00 219 28 1 187 0.53 188 29 4 229 1.72 233 30 0 222 0.00 222 31 1 219 0.45 220 32 1 219 0.45 220 33 2 179 1.10 181 34 4 211 1.86 215 35 2 222 0.89 224 36 1 199 0.50 200 37 2 185 1.07 187 38 2 225 0.88 227 39 2 186 1.06 188 40 1 205 0.49 206 41 1 183 0.54 184 42 3 205 1.44 208 43 3 190 1.55 193 44 2 190 1.04 192 45 1 192 0.52 193 46 2 201 0.99 203 47 0 193 0.00 193 48 0 203 0.00 203 49 4 214 1.83 218 50 0 197 0.00 197 51 5 215 2.27 220 52 3 211 1.40 214 53 3 197 1.50 200 54 2 209 0.95 211 55 4 197 1.99 201 56 3 183 1.61 186 57 1 215 0.46 216 58 1 209 0.48 210 59 0 219 0.00 219 60 0 212 0.00 212 61 1 205 0.49 206 62 2 181 1.09 183 63 3 190 1.55 193 64 1 200 0.50 201 65 1 208 0.48 209 66 0 177 0.00 177 67 3 176 1.68 179 68 3 198 1.49 201 69 4 197 1.99 201 70 3 215 1.38 218 71 3 216 1.37 219 72 2 170 1.16 172 73 0 177 0.00 177 74 1 185 0.54 186 75 1 174 0.57 175 76 4 159 2.45 163 77 1 198 0.50 199 78 0 148 0.00 148 79 2 178 1.11 180 80 2 175 1.13 177 81 1 177 0.56 178 82 1 160 0.62 161 83 1 163 0.61 164 84 2 175 1.13 177 85 4 159 2.45 163 86 1 182 0.55 183 87 5 170 2.86 175 88 3 169 1.74 172 89 1 159 0.62 160 90 2 154 1.28 156 91 0 135 0.00 135 92 2 168 1.18 170 93 2 162 1.22 164 94 3 157 1.88 160 95 0 138 0.00 138 96 2 127 1.55 129 97 3 138 2.13 141 98 2 128 1.54 130 99 3 93 3.12 96 100 1 102 0.97 103 101 5 128 3.76 133 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 197 231 46.03 428 2 127 226 35.98 353 3 66 314 17.37 380 4 65 340 16.05 405 5 70 433 13.92 503 6 51 451 10.16 502 7 42 567 6.90 609 8 38 638 5.62 676 9 35 586 5.64 621 10 49 538 8.35 587 11 51 554 8.43 605 12 43 563 7.10 606 13 46 569 7.48 615 14 56 605 8.47 661 15 43 606 6.63 649 16 37 641 5.46 678 17 44 624 6.59 668 18 36 646 5.28 682 19 41 674 5.73 715 20 48 676 6.63 724 21 47 630 6.94 677 22 32 628 4.85 660 23 41 632 6.09 673 24 39 677 5.45 716 25 48 667 6.71 715 26 48 711 6.32 759 27 36 674 5.07 710 28 37 713 4.93 750 29 51 687 6.91 738 30 44 659 6.26 703 31 40 637 5.91 677 32 37 661 5.30 698 33 48 651 6.87 699 34 30 743 3.88 773 35 50 660 7.04 710 36 36 634 5.37 670 37 30 677 4.24 707 38 43 713 5.69 756 39 25 676 3.57 701 40 37 716 4.91 753 41 41 688 5.62 729 42 27 675 3.85 702 43 30 689 4.17 719 44 35 685 4.86 720 45 30 692 4.16 722 46 29 719 3.88 748 47 39 686 5.38 725 48 22 671 3.17 693 49 31 696 4.26 727 50 42 632 6.23 674 51 25 662 3.64 687 52 28 646 4.15 674 53 34 617 5.22 651 54 38 649 5.53 687 55 31 669 4.43 700 56 26 681 3.68 707 57 29 712 3.91 741 58 18 679 2.58 697 59 25 680 3.55 705 60 25 652 3.69 677 61 12 626 1.88 638 62 27 621 4.17 648 63 24 621 3.72 645 64 20 672 2.89 692 65 30 584 4.89 614 66 24 617 3.74 641 67 21 619 3.28 640 68 23 578 3.83 601 69 23 631 3.52 654 70 22 595 3.57 617 71 21 560 3.61 581 72 15 602 2.43 617 73 18 605 2.89 623 74 25 537 4.45 562 75 14 595 2.30 609 76 13 561 2.26 574 77 26 555 4.48 581 78 18 569 3.07 587 79 23 570 3.88 593 80 14 561 2.43 575 81 24 510 4.49 534 82 19 518 3.54 537 83 23 587 3.77 610 84 24 563 4.09 587 85 13 541 2.35 554 86 14 490 2.78 504 87 26 500 4.94 526 88 17 516 3.19 533 89 20 500 3.85 520 90 24 457 4.99 481 91 12 490 2.39 502 92 21 511 3.95 532 93 24 528 4.35 552 94 13 507 2.50 520 95 21 471 4.27 492 96 17 453 3.62 470 97 14 451 3.01 465 98 18 422 4.09 440 99 14 281 4.75 295 100 19 266 6.67 285 101 8 415 1.89 423 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 54 100 35.06 154 2 43 99 30.28 142 3 66 79 45.52 145 4 62 122 33.70 184 5 17 149 10.24 166 6 10 73 12.05 83 7 9 65 12.16 74 8 10 93 9.71 103 9 11 78 12.36 89 10 17 69 19.77 86 11 14 77 15.38 91 12 19 91 17.27 110 13 17 76 18.28 93 14 15 67 18.29 82 15 11 53 17.19 64 16 15 72 17.24 87 17 13 69 15.85 82 18 9 69 11.54 78 19 13 75 14.77 88 20 18 57 24.00 75 21 16 56 22.22 72 22 13 63 17.11 76 23 9 49 15.52 58 24 19 67 22.09 86 25 12 58 17.14 70 26 12 67 15.19 79 27 16 62 20.51 78 28 15 49 23.44 64 29 7 66 9.59 73 30 18 56 24.32 74 31 16 53 23.19 69 32 12 49 19.67 61 33 16 52 23.53 68 34 14 63 18.18 77 35 6 64 8.57 70 36 14 40 25.93 54 37 13 37 26.00 50 38 10 51 16.39 61 39 14 73 16.09 87 40 16 58 21.62 74 41 15 50 23.08 65 42 11 59 15.71 70 43 6 57 9.52 63 44 13 58 18.31 71 45 13 60 17.81 73 46 16 40 28.57 56 47 12 51 19.05 63 48 8 32 20.00 40 49 10 72 12.20 82 50 11 41 21.15 52 51 12 40 23.08 52 52 19 49 27.94 68 53 15 48 23.81 63 54 9 57 13.64 66 55 11 47 18.97 58 56 11 48 18.64 59 57 8 51 13.56 59 58 7 47 12.96 54 59 13 39 25.00 52 60 13 42 23.64 55 61 6 39 13.33 45 62 10 33 23.26 43 63 9 30 23.08 39 64 14 37 27.45 51 65 3 28 9.68 31 66 3 29 9.38 32 67 8 33 19.51 41 68 12 43 21.82 55 69 4 41 8.89 45 70 6 37 13.95 43 71 7 30 18.92 37 72 5 29 14.71 34 73 5 27 15.62 32 74 6 25 19.35 31 75 9 33 21.43 42 76 8 33 19.51 41 77 1 35 2.78 36 78 7 30 18.92 37 79 4 34 10.53 38 80 10 26 27.78 36 81 6 22 21.43 28 82 8 37 17.78 45 83 5 24 17.24 29 84 2 32 5.88 34 85 7 17 29.17 24 86 5 24 17.24 29 87 4 25 13.79 29 88 2 23 8.00 25 89 7 33 17.50 40 90 5 19 20.83 24 91 6 21 22.22 27 92 3 22 12.00 25 93 6 18 25.00 24 94 7 28 20.00 35 95 4 28 12.50 32 96 7 27 20.59 34 97 3 24 11.11 27 98 5 37 11.90 42 99 7 0 100.00 7 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 26 121 17.69 147 2 31 119 20.67 150 3 19 130 12.75 149 4 20 153 11.56 173 5 2 249 0.80 251 6 0 284 0.00 284 7 1 154 0.65 155 8 2 164 1.20 166 9 0 146 0.00 146 10 1 144 0.69 145 11 1 170 0.58 171 12 0 162 0.00 162 13 1 161 0.62 162 14 2 144 1.37 146 15 1 121 0.82 122 16 0 128 0.00 128 17 0 154 0.00 154 18 3 111 2.63 114 19 0 129 0.00 129 20 2 116 1.69 118 21 0 118 0.00 118 22 1 130 0.76 131 23 0 110 0.00 110 24 0 112 0.00 112 25 6 121 4.72 127 26 1 125 0.79 126 27 1 107 0.93 108 28 1 129 0.77 130 29 2 107 1.83 109 30 1 103 0.96 104 31 2 94 2.08 96 32 2 140 1.41 142 33 1 123 0.81 124 34 2 119 1.65 121 35 3 112 2.61 115 36 0 100 0.00 100 37 3 99 2.94 102 38 3 105 2.78 108 39 3 116 2.52 119 40 1 103 0.96 104 41 1 90 1.10 91 42 2 89 2.20 91 43 5 109 4.39 114 44 4 103 3.74 107 45 0 75 0.00 75 46 1 83 1.19 84 47 1 96 1.03 97 48 1 76 1.30 77 49 1 71 1.39 72 50 0 81 0.00 81 51 0 77 0.00 77 52 1 85 1.16 86 53 2 84 2.33 86 54 1 65 1.52 66 55 1 77 1.28 78 56 1 77 1.28 78 57 1 60 1.64 61 58 0 79 0.00 79 59 0 88 0.00 88 60 0 64 0.00 64 61 0 76 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35 462 7.04 497 17 25 446 5.31 471 18 28 465 5.68 493 19 35 439 7.38 474 20 36 486 6.90 522 21 38 400 8.68 438 22 25 416 5.67 441 23 34 391 8.00 425 24 28 382 6.83 410 25 25 406 5.80 431 26 21 401 4.98 422 27 38 420 8.30 458 28 28 417 6.29 445 29 25 433 5.46 458 30 39 391 9.07 430 31 20 358 5.29 378 32 37 333 10.00 370 33 31 330 8.59 361 34 23 350 6.17 373 35 20 366 5.18 386 36 26 349 6.93 375 37 21 323 6.10 344 38 18 354 4.84 372 39 28 332 7.78 360 40 11 335 3.18 346 41 19 317 5.65 336 42 26 354 6.84 380 43 13 301 4.14 314 44 21 295 6.65 316 45 15 323 4.44 338 46 14 321 4.18 335 47 14 322 4.17 336 48 19 302 5.92 321 49 14 312 4.29 326 50 10 318 3.05 328 51 15 304 4.70 319 52 10 258 3.73 268 53 12 258 4.44 270 54 15 255 5.56 270 55 8 260 2.99 268 56 8 290 2.68 298 57 14 255 5.20 269 58 6 261 2.25 267 59 13 239 5.16 252 60 17 251 6.34 268 61 12 237 4.82 249 62 5 222 2.20 227 63 9 218 3.96 227 64 10 219 4.37 229 65 12 206 5.50 218 66 5 269 1.82 274 67 7 242 2.81 249 68 3 222 1.33 225 69 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