CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 105 230 31.34 335 2 114 221 34.03 335 3 100 173 36.63 273 4 94 133 41.41 227 5 92 125 42.40 217 6 84 109 43.52 193 7 89 93 48.90 182 8 27 124 17.88 151 9 37 97 27.61 134 10 46 116 28.40 162 11 24 127 15.89 151 12 37 98 27.41 135 13 36 133 21.30 169 14 33 131 20.12 164 15 39 103 27.46 142 16 23 96 19.33 119 17 30 113 20.98 143 18 28 130 17.72 158 19 19 102 15.70 121 20 33 104 24.09 137 21 30 119 20.13 149 22 32 101 24.06 133 23 34 107 24.11 141 24 26 108 19.40 134 25 18 108 14.29 126 26 28 101 21.71 129 27 34 111 23.45 145 28 19 116 14.07 135 29 33 111 22.92 144 30 25 94 21.01 119 31 30 139 17.75 169 32 28 114 19.72 142 33 29 124 18.95 153 34 26 109 19.26 135 35 21 113 15.67 134 36 30 121 19.87 151 37 22 116 15.94 138 38 37 113 24.67 150 39 25 113 18.12 138 40 25 109 18.66 134 41 34 118 22.37 152 42 33 127 20.62 160 43 26 113 18.71 139 44 24 105 18.60 129 45 29 99 22.66 128 46 27 98 21.60 125 47 23 107 17.69 130 48 25 112 18.25 137 49 31 111 21.83 142 50 21 107 16.41 128 51 18 103 14.88 121 52 27 109 19.85 136 53 31 101 23.48 132 54 21 106 16.54 127 55 27 96 21.95 123 56 20 96 17.24 116 57 35 110 24.14 145 58 19 101 15.83 120 59 25 101 19.84 126 60 21 107 16.41 128 61 21 113 15.67 134 62 28 106 20.90 134 63 26 114 18.57 140 64 29 96 23.20 125 65 20 105 16.00 125 66 27 101 21.09 128 67 28 124 18.42 152 68 20 95 17.39 115 69 33 93 26.19 126 70 32 89 26.45 121 71 18 109 14.17 127 72 28 106 20.90 134 73 21 100 17.36 121 74 27 97 21.77 124 75 14 94 12.96 108 76 22 100 18.03 122 77 18 94 16.07 112 78 23 93 19.83 116 79 14 99 12.39 113 80 29 81 26.36 110 81 23 84 21.50 107 82 24 79 23.30 103 83 18 100 15.25 118 84 16 95 14.41 111 85 17 103 14.17 120 86 21 92 18.58 113 87 24 97 19.83 121 88 18 87 17.14 105 89 13 76 14.61 89 90 23 79 22.55 102 91 21 82 20.39 103 92 20 99 16.81 119 93 12 74 13.95 86 94 23 80 22.33 103 95 12 83 12.63 95 96 16 95 14.41 111 97 25 85 22.73 110 98 16 61 20.78 77 99 17 54 23.94 71 100 15 58 20.55 73 101 16 75 17.58 91 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 203 167 54.86 370 2 111 178 38.41 289 3 49 175 21.88 224 4 28 160 14.89 188 5 14 171 7.57 185 6 10 159 5.92 169 7 8 227 3.40 235 8 6 226 2.59 232 9 1 205 0.49 206 10 4 179 2.19 183 11 2 194 1.02 196 12 1 244 0.41 245 13 3 180 1.64 183 14 1 184 0.54 185 15 4 189 2.07 193 16 1 178 0.56 179 17 3 171 1.72 174 18 2 190 1.04 192 19 4 220 1.79 224 20 2 193 1.03 195 21 4 202 1.94 206 22 1 201 0.50 202 23 0 208 0.00 208 24 3 190 1.55 193 25 2 191 1.04 193 26 4 208 1.89 212 27 3 189 1.56 192 28 3 223 1.33 226 29 2 202 0.98 204 30 1 194 0.51 195 31 2 196 1.01 198 32 0 201 0.00 201 33 4 193 2.03 197 34 1 201 0.50 202 35 2 201 0.99 203 36 4 200 1.96 204 37 4 213 1.84 217 38 1 209 0.48 210 39 2 214 0.93 216 40 4 173 2.26 177 41 0 178 0.00 178 42 1 188 0.53 189 43 2 221 0.90 223 44 4 199 1.97 203 45 1 193 0.52 194 46 2 202 0.98 204 47 3 209 1.42 212 48 2 180 1.10 182 49 1 197 0.51 198 50 6 209 2.79 215 51 1 193 0.52 194 52 0 205 0.00 205 53 3 208 1.42 211 54 2 227 0.87 229 55 3 209 1.42 212 56 2 205 0.97 207 57 2 174 1.14 176 58 1 230 0.43 231 59 2 194 1.02 196 60 6 214 2.73 220 61 1 188 0.53 189 62 2 187 1.06 189 63 0 207 0.00 207 64 0 179 0.00 179 65 3 189 1.56 192 66 5 164 2.96 169 67 0 171 0.00 171 68 2 197 1.01 199 69 3 188 1.57 191 70 2 188 1.05 190 71 1 180 0.55 181 72 0 204 0.00 204 73 1 191 0.52 192 74 0 190 0.00 190 75 1 196 0.51 197 76 4 162 2.41 166 77 3 180 1.64 183 78 1 177 0.56 178 79 0 180 0.00 180 80 3 171 1.72 174 81 5 164 2.96 169 82 2 173 1.14 175 83 0 164 0.00 164 84 1 154 0.65 155 85 2 165 1.20 167 86 3 157 1.88 160 87 0 167 0.00 167 88 2 157 1.26 159 89 1 161 0.62 162 90 0 175 0.00 175 91 1 172 0.58 173 92 1 147 0.68 148 93 3 164 1.80 167 94 4 164 2.38 168 95 2 142 1.39 144 96 2 153 1.29 155 97 1 149 0.67 150 98 0 95 0.00 95 99 0 82 0.00 82 100 1 81 1.22 82 101 3 128 2.29 131 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 190 234 44.81 424 2 130 234 35.71 364 3 85 311 21.46 396 4 76 329 18.77 405 5 77 385 16.67 462 6 65 462 12.33 527 7 52 576 8.28 628 8 52 592 8.07 644 9 60 551 9.82 611 10 66 539 10.91 605 11 76 542 12.30 618 12 49 563 8.01 612 13 58 542 9.67 600 14 61 598 9.26 659 15 38 593 6.02 631 16 54 606 8.18 660 17 54 629 7.91 683 18 48 611 7.28 659 19 62 656 8.64 718 20 68 690 8.97 758 21 46 614 6.97 660 22 54 633 7.86 687 23 60 671 8.21 731 24 48 753 5.99 801 25 62 689 8.26 751 26 43 716 5.67 759 27 45 716 5.91 761 28 48 677 6.62 725 29 49 711 6.45 760 30 42 656 6.02 698 31 47 715 6.17 762 32 42 658 6.00 700 33 44 660 6.25 704 34 52 682 7.08 734 35 52 667 7.23 719 36 47 700 6.29 747 37 44 677 6.10 721 38 48 647 6.91 695 39 50 686 6.79 736 40 50 651 7.13 701 41 42 700 5.66 742 42 35 702 4.75 737 43 36 659 5.18 695 44 38 671 5.36 709 45 38 691 5.21 729 46 33 684 4.60 717 47 39 689 5.36 728 48 32 634 4.80 666 49 43 662 6.10 705 50 29 708 3.93 737 51 33 684 4.60 717 52 32 679 4.50 711 53 44 676 6.11 720 54 30 669 4.29 699 55 31 670 4.42 701 56 31 663 4.47 694 57 28 683 3.94 711 58 32 679 4.50 711 59 36 655 5.21 691 60 31 635 4.65 666 61 27 649 3.99 676 62 37 633 5.52 670 63 30 617 4.64 647 64 28 629 4.26 657 65 36 591 5.74 627 66 31 614 4.81 645 67 28 649 4.14 677 68 34 566 5.67 600 69 29 577 4.79 606 70 22 607 3.50 629 71 42 564 6.93 606 72 21 582 3.48 603 73 15 562 2.60 577 74 27 549 4.69 576 75 26 602 4.14 628 76 28 558 4.78 586 77 26 550 4.51 576 78 26 536 4.63 562 79 25 600 4.00 625 80 31 546 5.37 577 81 21 571 3.55 592 82 21 514 3.93 535 83 24 561 4.10 585 84 28 539 4.94 567 85 18 512 3.40 530 86 38 534 6.64 572 87 22 493 4.27 515 88 27 557 4.62 584 89 34 442 7.14 476 90 18 517 3.36 535 91 25 446 5.31 471 92 25 486 4.89 511 93 19 470 3.89 489 94 19 468 3.90 487 95 29 459 5.94 488 96 22 429 4.88 451 97 15 464 3.13 479 98 19 424 4.29 443 99 13 319 3.92 332 100 13 265 4.68 278 101 19 407 4.46 426 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 68 104 39.53 172 2 57 110 34.13 167 3 53 99 34.87 152 4 53 111 32.32 164 5 30 149 16.76 179 6 7 86 7.53 93 7 8 91 8.08 99 8 15 84 15.15 99 9 5 73 6.41 78 10 11 85 11.46 96 11 17 85 16.67 102 12 14 85 14.14 99 13 7 65 9.72 72 14 16 81 16.49 97 15 14 76 15.56 90 16 16 55 22.54 71 17 14 85 14.14 99 18 14 65 17.72 79 19 13 45 22.41 58 20 11 56 16.42 67 21 17 57 22.97 74 22 23 57 28.75 80 23 6 52 10.34 58 24 6 67 8.22 73 25 14 69 16.87 83 26 7 58 10.77 65 27 19 58 24.68 77 28 10 46 17.86 56 29 14 60 18.92 74 30 11 68 13.92 79 31 15 69 17.86 84 32 12 52 18.75 64 33 24 48 33.33 72 34 19 59 24.36 78 35 14 44 24.14 58 36 11 41 21.15 52 37 13 60 17.81 73 38 19 76 20.00 95 39 14 48 22.58 62 40 17 50 25.37 67 41 10 55 15.38 65 42 14 58 19.44 72 43 9 60 13.04 69 44 17 50 25.37 67 45 10 57 14.93 67 46 10 50 16.67 60 47 15 55 21.43 70 48 7 46 13.21 53 49 12 52 18.75 64 50 6 39 13.33 45 51 16 46 25.81 62 52 16 54 22.86 70 53 11 45 19.64 56 54 10 64 13.51 74 55 9 35 20.45 44 56 5 46 9.80 51 57 14 29 32.56 43 58 10 33 23.26 43 59 7 43 14.00 50 60 14 43 24.56 57 61 10 46 17.86 56 62 5 31 13.89 36 63 10 47 17.54 57 64 8 37 17.78 45 65 5 35 12.50 40 66 10 31 24.39 41 67 9 29 23.68 38 68 10 37 21.28 47 69 9 43 17.31 52 70 8 32 20.00 40 71 6 34 15.00 40 72 11 34 24.44 45 73 7 26 21.21 33 74 9 21 30.00 30 75 8 28 22.22 36 76 7 30 18.92 37 77 5 20 20.00 25 78 6 23 20.69 29 79 8 33 19.51 41 80 5 22 18.52 27 81 8 32 20.00 40 82 6 27 18.18 33 83 7 22 24.14 29 84 7 20 25.93 27 85 4 27 12.90 31 86 6 22 21.43 28 87 10 22 31.25 32 88 4 28 12.50 32 89 2 18 10.00 20 90 9 16 36.00 25 91 4 25 13.79 29 92 8 24 25.00 32 93 9 20 31.03 29 94 4 24 14.29 28 95 8 28 22.22 36 96 7 25 21.88 32 97 8 24 25.00 32 98 10 20 33.33 30 99 5 0 100.00 5 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 40 132 23.26 172 2 23 126 15.44 149 3 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