CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 116 286 28.86 402 2 108 245 30.59 353 3 97 209 31.70 306 4 86 119 41.95 205 5 79 129 37.98 208 6 92 124 42.59 216 7 102 110 48.11 212 8 43 128 25.15 171 9 35 130 21.21 165 10 54 127 29.83 181 11 47 125 27.33 172 12 32 137 18.93 169 13 37 119 23.72 156 14 28 122 18.67 150 15 32 130 19.75 162 16 30 101 22.90 131 17 27 108 20.00 135 18 31 117 20.95 148 19 36 143 20.11 179 20 36 131 21.56 167 21 39 115 25.32 154 22 36 139 20.57 175 23 32 107 23.02 139 24 26 101 20.47 127 25 26 121 17.69 147 26 28 119 19.05 147 27 33 128 20.50 161 28 22 130 14.47 152 29 27 134 16.77 161 30 32 134 19.28 166 31 27 116 18.88 143 32 30 132 18.52 162 33 35 119 22.73 154 34 26 111 18.98 137 35 36 117 23.53 153 36 41 136 23.16 177 37 21 133 13.64 154 38 26 129 16.77 155 39 25 133 15.82 158 40 28 119 19.05 147 41 22 114 16.18 136 42 21 138 13.21 159 43 26 106 19.70 132 44 34 107 24.11 141 45 28 114 19.72 142 46 33 127 20.62 160 47 32 129 19.88 161 48 38 107 26.21 145 49 26 102 20.31 128 50 30 111 21.28 141 51 31 121 20.39 152 52 28 128 17.95 156 53 33 123 21.15 156 54 24 137 14.91 161 55 34 122 21.79 156 56 29 112 20.57 141 57 22 103 17.60 125 58 44 127 25.73 171 59 22 117 15.83 139 60 31 114 21.38 145 61 31 112 21.68 143 62 37 121 23.42 158 63 34 119 22.22 153 64 34 124 21.52 158 65 42 101 29.37 143 66 34 108 23.94 142 67 22 118 15.71 140 68 27 113 19.29 140 69 27 106 20.30 133 70 31 97 24.22 128 71 29 113 20.42 142 72 32 100 24.24 132 73 27 100 21.26 127 74 33 106 23.74 139 75 23 97 19.17 120 76 22 117 15.83 139 77 29 106 21.48 135 78 15 105 12.50 120 79 19 111 14.62 130 80 19 109 14.84 128 81 21 107 16.41 128 82 28 96 22.58 124 83 22 100 18.03 122 84 30 134 18.29 164 85 30 101 22.90 131 86 30 109 21.58 139 87 27 111 19.57 138 88 30 92 24.59 122 89 31 102 23.31 133 90 20 94 17.54 114 91 17 93 15.45 110 92 20 98 16.95 118 93 18 101 15.13 119 94 15 94 13.76 109 95 21 85 19.81 106 96 36 87 29.27 123 97 23 119 16.20 142 98 21 78 21.21 99 99 17 61 21.79 78 100 23 78 22.77 101 101 18 78 18.75 96 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 171 217 44.07 388 2 117 178 39.66 295 3 48 183 20.78 231 4 19 202 8.60 221 5 12 204 5.56 216 6 10 163 5.78 173 7 3 219 1.35 222 8 3 226 1.31 229 9 1 224 0.44 225 10 2 205 0.97 207 11 4 228 1.72 232 12 2 198 1.00 200 13 0 184 0.00 184 14 2 213 0.93 215 15 2 226 0.88 228 16 3 203 1.46 206 17 1 200 0.50 201 18 3 198 1.49 201 19 1 215 0.46 216 20 1 210 0.47 211 21 1 236 0.42 237 22 1 210 0.47 211 23 1 207 0.48 208 24 3 228 1.30 231 25 1 171 0.58 172 26 1 235 0.42 236 27 3 217 1.36 220 28 6 250 2.34 256 29 5 256 1.92 261 30 2 216 0.92 218 31 2 249 0.80 251 32 3 218 1.36 221 33 1 221 0.45 222 34 2 240 0.83 242 35 2 228 0.87 230 36 2 233 0.85 235 37 0 192 0.00 192 38 3 194 1.52 197 39 4 175 2.23 179 40 0 218 0.00 218 41 3 239 1.24 242 42 0 214 0.00 214 43 5 170 2.86 175 44 1 202 0.49 203 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2.25 89 101 3 159 1.85 162 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 164 228 41.84 392 2 125 199 38.58 324 3 73 325 18.34 398 4 76 344 18.10 420 5 64 383 14.32 447 6 62 487 11.29 549 7 53 557 8.69 610 8 52 657 7.33 709 9 49 619 7.34 668 10 36 587 5.78 623 11 57 545 9.47 602 12 45 588 7.11 633 13 42 596 6.58 638 14 53 632 7.74 685 15 43 650 6.20 693 16 42 626 6.29 668 17 54 664 7.52 718 18 36 696 4.92 732 19 45 720 5.88 765 20 47 694 6.34 741 21 38 674 5.34 712 22 31 689 4.31 720 23 44 691 5.99 735 24 39 726 5.10 765 25 49 740 6.21 789 26 50 791 5.95 841 27 34 729 4.46 763 28 38 748 4.83 786 29 54 744 6.77 798 30 40 715 5.30 755 31 37 688 5.10 725 32 40 709 5.34 749 33 46 699 6.17 745 34 37 695 5.05 732 35 39 684 5.39 723 36 37 701 5.01 738 37 35 695 4.79 730 38 42 747 5.32 789 39 31 758 3.93 789 40 33 767 4.12 800 41 47 706 6.24 753 42 37 710 4.95 747 43 36 737 4.66 773 44 38 722 5.00 760 45 36 740 4.64 776 46 30 774 3.73 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376 4.33 393 100 17 325 4.97 342 101 21 524 3.85 545 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 72 122 37.11 194 2 60 117 33.90 177 3 57 120 32.20 177 4 64 134 32.32 198 5 27 181 12.98 208 6 16 87 15.53 103 7 14 83 14.43 97 8 17 108 13.60 125 9 12 86 12.24 98 10 14 71 16.47 85 11 15 124 10.79 139 12 16 101 13.68 117 13 11 94 10.48 105 14 17 94 15.32 111 15 17 57 22.97 74 16 13 71 15.48 84 17 16 83 16.16 99 18 20 88 18.52 108 19 17 63 21.25 80 20 18 73 19.78 91 21 27 68 28.42 95 22 14 77 15.38 91 23 14 76 15.56 90 24 9 74 10.84 83 25 23 83 21.70 106 26 15 88 14.56 103 27 18 67 21.18 85 28 16 55 22.54 71 29 13 62 17.33 75 30 11 75 12.79 86 31 14 67 17.28 81 32 14 58 19.44 72 33 14 59 19.18 73 34 13 70 15.66 83 35 20 61 24.69 81 36 17 51 25.00 68 37 17 55 23.61 72 38 14 70 16.67 84 39 16 61 20.78 77 40 17 58 22.67 75 41 14 66 17.50 80 42 13 66 16.46 79 43 17 66 20.48 83 44 19 57 25.00 76 45 13 62 17.33 75 46 9 56 13.85 65 47 16 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methylation coverage 1 28 136 17.07 164 2 34 160 17.53 194 3 21 126 14.29 147 4 22 155 12.43 177 5 4 254 1.55 258 6 1 344 0.29 345 7 2 190 1.04 192 8 1 185 0.54 186 9 1 150 0.66 151 10 0 174 0.00 174 11 5 188 2.59 193 12 0 154 0.00 154 13 0 179 0.00 179 14 3 179 1.65 182 15 0 161 0.00 161 16 1 156 0.64 157 17 1 181 0.55 182 18 3 127 2.31 130 19 5 135 3.57 140 20 3 136 2.16 139 21 2 158 1.25 160 22 2 175 1.13 177 23 3 145 2.03 148 24 0 134 0.00 134 25 1 112 0.88 113 26 2 134 1.47 136 27 3 146 2.01 149 28 3 127 2.31 130 29 4 134 2.90 138 30 2 109 1.80 111 31 1 118 0.84 119 32 4 130 2.99 134 33 2 132 1.49 134 34 3 149 1.97 152 35 1 124 0.80 125 36 1 123 0.81 124 37 0 122 0.00 122 38 2 126 1.56 128 39 2 144 1.37 146 40 1 112 0.88 113 41 0 115 0.00 115 42 1 105 0.94 106 43 0 134 0.00 134 44 1 126 0.79 127 45 3 108 2.70 111 46 1 93 1.06 94 47 0 98 0.00 98 48 4 98 3.92 102 49 2 92 2.13 94 50 0 111 0.00 111 51 3 81 3.57 84 52 1 89 1.11 90 53 2 94 2.08 96 54 2 100 1.96 102 55 1 87 1.14 88 56 1 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