CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 120 249 32.52 369 2 107 218 32.92 325 3 91 198 31.49 289 4 82 163 33.47 245 5 92 110 45.54 202 6 78 104 42.86 182 7 87 97 47.28 184 8 53 139 27.60 192 9 34 125 21.38 159 10 38 109 25.85 147 11 45 113 28.48 158 12 38 102 27.14 140 13 41 117 25.95 158 14 40 127 23.95 167 15 40 97 29.20 137 16 37 125 22.84 162 17 32 109 22.70 141 18 36 110 24.66 146 19 34 123 21.66 157 20 37 135 21.51 172 21 21 95 18.10 116 22 33 108 23.40 141 23 31 104 22.96 135 24 34 126 21.25 160 25 24 102 19.05 126 26 25 126 16.56 151 27 30 115 20.69 145 28 30 118 20.27 148 29 27 126 17.65 153 30 33 114 22.45 147 31 24 126 16.00 150 32 28 106 20.90 134 33 38 126 23.17 164 34 41 130 23.98 171 35 33 116 22.15 149 36 22 117 15.83 139 37 40 96 29.41 136 38 28 100 21.88 128 39 36 111 24.49 147 40 25 101 19.84 126 41 33 121 21.43 154 42 28 126 18.18 154 43 34 83 29.06 117 44 30 106 22.06 136 45 25 108 18.80 133 46 29 106 21.48 135 47 28 137 16.97 165 48 28 107 20.74 135 49 28 102 21.54 130 50 24 126 16.00 150 51 36 92 28.12 128 52 25 114 17.99 139 53 27 130 17.20 157 54 32 108 22.86 140 55 41 121 25.31 162 56 27 95 22.13 122 57 29 106 21.48 135 58 35 100 25.93 135 59 23 104 18.11 127 60 37 134 21.64 171 61 24 121 16.55 145 62 25 113 18.12 138 63 22 108 16.92 130 64 20 97 17.09 117 65 27 109 19.85 136 66 23 108 17.56 131 67 33 106 23.74 139 68 37 104 26.24 141 69 20 86 18.87 106 70 27 126 17.65 153 71 34 73 31.78 107 72 26 104 20.00 130 73 37 113 24.67 150 74 36 115 23.84 151 75 23 110 17.29 133 76 30 111 21.28 141 77 36 85 29.75 121 78 27 97 21.77 124 79 20 97 17.09 117 80 26 91 22.22 117 81 22 97 18.49 119 82 22 108 16.92 130 83 22 84 20.75 106 84 33 93 26.19 126 85 22 101 17.89 123 86 19 94 16.81 113 87 27 95 22.13 122 88 11 93 10.58 104 89 26 73 26.26 99 90 21 107 16.41 128 91 21 107 16.41 128 92 14 97 12.61 111 93 25 96 20.66 121 94 15 77 16.30 92 95 24 93 20.51 117 96 21 81 20.59 102 97 8 86 8.51 94 98 25 75 25.00 100 99 18 58 23.68 76 100 23 73 23.96 96 101 24 83 22.43 107 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 177 185 48.90 362 2 115 188 37.95 303 3 53 179 22.84 232 4 11 175 5.91 186 5 12 176 6.38 188 6 14 195 6.70 209 7 6 250 2.34 256 8 5 204 2.39 209 9 3 225 1.32 228 10 1 213 0.47 214 11 4 180 2.17 184 12 2 196 1.01 198 13 4 212 1.85 216 14 4 190 2.06 194 15 2 201 0.99 203 16 5 241 2.03 246 17 4 210 1.87 214 18 4 200 1.96 204 19 2 229 0.87 231 20 2 194 1.02 196 21 5 216 2.26 221 22 2 240 0.83 242 23 2 219 0.90 221 24 3 222 1.33 225 25 2 229 0.87 231 26 4 228 1.72 232 27 2 233 0.85 235 28 3 209 1.42 212 29 2 264 0.75 266 30 2 242 0.82 244 31 0 164 0.00 164 32 5 235 2.08 240 33 4 206 1.90 210 34 1 229 0.43 230 35 4 206 1.90 210 36 1 215 0.46 216 37 2 216 0.92 218 38 1 197 0.51 198 39 2 206 0.96 208 40 2 212 0.93 214 41 2 223 0.89 225 42 3 216 1.37 219 43 1 206 0.48 207 44 2 202 0.98 204 45 0 217 0.00 217 46 1 221 0.45 222 47 6 218 2.68 224 48 0 203 0.00 203 49 3 214 1.38 217 50 1 215 0.46 216 51 4 213 1.84 217 52 6 201 2.90 207 53 1 219 0.45 220 54 2 252 0.79 254 55 2 197 1.01 199 56 2 210 0.94 212 57 1 185 0.54 186 58 4 233 1.69 237 59 0 212 0.00 212 60 1 214 0.47 215 61 2 229 0.87 231 62 0 209 0.00 209 63 1 230 0.43 231 64 2 210 0.94 212 65 2 207 0.96 209 66 0 187 0.00 187 67 0 208 0.00 208 68 5 225 2.17 230 69 3 212 1.40 215 70 0 198 0.00 198 71 3 215 1.38 218 72 3 195 1.52 198 73 1 195 0.51 196 74 0 220 0.00 220 75 2 199 1.00 201 76 2 181 1.09 183 77 7 192 3.52 199 78 3 193 1.53 196 79 3 219 1.35 222 80 2 190 1.04 192 81 2 164 1.20 166 82 2 193 1.03 195 83 5 189 2.58 194 84 0 197 0.00 197 85 2 174 1.14 176 86 0 199 0.00 199 87 5 174 2.79 179 88 0 173 0.00 173 89 2 166 1.19 168 90 4 182 2.15 186 91 1 185 0.54 186 92 3 167 1.76 170 93 1 146 0.68 147 94 2 186 1.06 188 95 4 143 2.72 147 96 1 170 0.58 171 97 3 162 1.82 165 98 1 120 0.83 121 99 0 88 0.00 88 100 1 100 0.99 101 101 3 170 1.73 173 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 172 223 43.54 395 2 126 234 35.00 360 3 76 304 20.00 380 4 71 356 16.63 427 5 77 442 14.84 519 6 61 463 11.64 524 7 55 589 8.54 644 8 55 622 8.12 677 9 49 556 8.10 605 10 39 588 6.22 627 11 52 571 8.35 623 12 34 629 5.13 663 13 39 581 6.29 620 14 47 624 7.00 671 15 46 622 6.89 668 16 46 607 7.04 653 17 51 617 7.63 668 18 37 679 5.17 716 19 52 680 7.10 732 20 51 703 6.76 754 21 56 707 7.34 763 22 40 700 5.41 740 23 51 726 6.56 777 24 34 689 4.70 723 25 37 686 5.12 723 26 47 699 6.30 746 27 32 695 4.40 727 28 37 721 4.88 758 29 48 755 5.98 803 30 37 716 4.91 753 31 30 754 3.83 784 32 44 752 5.53 796 33 35 699 4.77 734 34 33 695 4.53 728 35 35 713 4.68 748 36 27 749 3.48 776 37 43 712 5.70 755 38 46 776 5.60 822 39 36 785 4.38 821 40 33 705 4.47 738 41 38 718 5.03 756 42 32 661 4.62 693 43 38 681 5.29 719 44 44 728 5.70 772 45 25 793 3.06 818 46 34 738 4.40 772 47 43 708 5.73 751 48 40 718 5.28 758 49 37 739 4.77 776 50 34 727 4.47 761 51 26 701 3.58 727 52 27 709 3.67 736 53 44 755 5.51 799 54 31 704 4.22 735 55 31 696 4.26 727 56 38 751 4.82 789 57 25 765 3.16 790 58 26 722 3.48 748 59 51 656 7.21 707 60 30 647 4.43 677 61 31 654 4.53 685 62 36 680 5.03 716 63 23 691 3.22 714 64 32 712 4.30 744 65 36 684 5.00 720 66 23 664 3.35 687 67 29 675 4.12 704 68 27 633 4.09 660 69 19 645 2.86 664 70 22 648 3.28 670 71 35 626 5.30 661 72 27 647 4.01 674 73 20 642 3.02 662 74 29 648 4.28 677 75 24 639 3.62 663 76 27 617 4.19 644 77 27 595 4.34 622 78 19 613 3.01 632 79 21 618 3.29 639 80 34 622 5.18 656 81 17 629 2.63 646 82 26 625 3.99 651 83 30 572 4.98 602 84 28 585 4.57 613 85 24 578 3.99 602 86 27 601 4.30 628 87 24 615 3.76 639 88 20 534 3.61 554 89 34 595 5.41 629 90 21 572 3.54 593 91 20 560 3.45 580 92 38 528 6.71 566 93 23 562 3.93 585 94 26 523 4.74 549 95 31 586 5.02 617 96 21 530 3.81 551 97 16 516 3.01 532 98 23 494 4.45 517 99 9 393 2.24 402 100 18 309 5.50 327 101 11 502 2.14 513 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 81 96 45.76 177 2 57 100 36.31 157 3 66 104 38.82 170 4 64 132 32.65 196 5 30 156 16.13 186 6 9 83 9.78 92 7 12 77 13.48 89 8 23 81 22.12 104 9 7 80 8.05 87 10 15 68 18.07 83 11 14 80 14.89 94 12 9 86 9.47 95 13 14 74 15.91 88 14 18 85 17.48 103 15 15 58 20.55 73 16 15 82 15.46 97 17 14 86 14.00 100 18 15 66 18.52 81 19 10 74 11.90 84 20 13 49 20.97 62 21 17 70 19.54 87 22 14 67 17.28 81 23 15 59 20.27 74 24 17 81 17.35 98 25 26 61 29.89 87 26 17 65 20.73 82 27 20 52 27.78 72 28 22 66 25.00 88 29 10 66 13.16 76 30 12 51 19.05 63 31 9 67 11.84 76 32 18 60 23.08 78 33 17 49 25.76 66 34 15 57 20.83 72 35 13 70 15.66 83 36 14 51 21.54 65 37 16 50 24.24 66 38 11 45 19.64 56 39 13 61 17.57 74 40 19 61 23.75 80 41 14 63 18.18 77 42 15 61 19.74 76 43 10 51 16.39 61 44 10 47 17.54 57 45 15 55 21.43 70 46 17 66 20.48 83 47 14 48 22.58 62 48 10 50 16.67 60 49 13 73 15.12 86 50 12 43 21.82 55 51 14 36 28.00 50 52 8 63 11.27 71 53 20 69 22.47 89 54 9 54 14.29 63 55 9 49 15.52 58 56 12 52 18.75 64 57 9 37 19.57 46 58 11 49 18.33 60 59 7 38 15.56 45 60 15 43 25.86 58 61 13 60 17.81 73 62 11 44 20.00 55 63 9 43 17.31 52 64 15 43 25.86 58 65 8 45 15.09 53 66 8 28 22.22 36 67 10 40 20.00 50 68 12 46 20.69 58 69 10 46 17.86 56 70 7 38 15.56 45 71 10 32 23.81 42 72 10 24 29.41 34 73 8 29 21.62 37 74 7 48 12.73 55 75 5 53 8.62 58 76 7 38 15.56 45 77 11 44 20.00 55 78 9 36 20.00 45 79 8 38 17.39 46 80 6 31 16.22 37 81 7 38 15.56 45 82 12 32 27.27 44 83 8 32 20.00 40 84 7 21 25.00 28 85 5 48 9.43 53 86 8 33 19.51 41 87 10 30 25.00 40 88 8 32 20.00 40 89 9 17 34.62 26 90 7 28 20.00 35 91 6 24 20.00 30 92 10 22 31.25 32 93 6 34 15.00 40 94 6 28 17.65 34 95 8 28 22.22 36 96 10 28 26.32 38 97 8 33 19.51 41 98 8 27 22.86 35 99 3 1 75.00 4 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 25 144 14.79 169 2 35 146 19.34 181 3 27 140 16.17 167 4 21 147 12.50 168 5 1 252 0.40 253 6 1 347 0.29 348 7 1 179 0.56 180 8 2 193 1.03 195 9 1 168 0.59 169 10 1 150 0.66 151 11 0 185 0.00 185 12 0 169 0.00 169 13 0 180 0.00 180 14 2 149 1.32 151 15 0 142 0.00 142 16 2 140 1.41 142 17 1 157 0.63 158 18 1 138 0.72 139 19 3 139 2.11 142 20 2 115 1.71 117 21 2 98 2.00 100 22 0 151 0.00 151 23 2 126 1.56 128 24 0 109 0.00 109 25 1 152 0.65 153 26 3 105 2.78 108 27 1 126 0.79 127 28 0 121 0.00 121 29 2 156 1.27 158 30 3 123 2.38 126 31 3 113 2.59 116 32 2 114 1.72 116 33 2 145 1.36 147 34 1 131 0.76 132 35 0 122 0.00 122 36 3 129 2.27 132 37 3 121 2.42 124 38 1 114 0.87 115 39 3 129 2.27 132 40 0 125 0.00 125 41 0 108 0.00 108 42 2 90 2.17 92 43 2 114 1.72 116 44 2 117 1.68 119 45 0 107 0.00 107 46 0 98 0.00 98 47 2 81 2.41 83 48 0 90 0.00 90 49 1 96 1.03 97 50 0 93 0.00 93 51 1 88 1.12 89 52 0 98 0.00 98 53 1 93 1.06 94 54 4 90 4.26 94 55 0 82 0.00 82 56 0 78 0.00 78 57 1 77 1.28 78 58 1 92 1.08 93 59 2 103 1.90 105 60 1 90 1.10 91 61 0 76 0.00 76 62 0 95 0.00 95 63 1 92 1.08 93 64 0 73 0.00 73 65 0 88 0.00 88 66 0 74 0.00 74 67 0 62 0.00 62 68 0 109 0.00 109 69 0 80 0.00 80 70 0 79 0.00 79 71 0 86 0.00 86 72 0 68 0.00 68 73 1 69 1.43 70 74 1 84 1.18 85 75 0 80 0.00 80 76 0 79 0.00 79 77 0 54 0.00 54 78 0 85 0.00 85 79 0 59 0.00 59 80 1 68 1.45 69 81 1 51 1.92 52 82 0 57 0.00 57 83 0 68 0.00 68 84 0 65 0.00 65 85 2 79 2.47 81 86 0 69 0.00 69 87 0 71 0.00 71 88 0 73 0.00 73 89 0 66 0.00 66 90 1 61 1.61 62 91 1 55 1.79 56 92 1 67 1.47 68 93 0 55 0.00 55 94 0 61 0.00 61 95 0 54 0.00 54 96 0 61 0.00 61 97 0 69 0.00 69 98 0 52 0.00 52 99 1 0 100.00 1 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 61 204 23.02 265 2 69 163 29.74 232 3 80 154 34.19 234 4 65 167 28.02 232 5 23 294 7.26 317 6 39 440 8.14 479 7 23 584 3.79 607 8 22 542 3.90 564 9 34 527 6.06 561 10 26 534 4.64 560 11 25 497 4.79 522 12 43 510 7.78 553 13 18 524 3.32 542 14 34 506 6.30 540 15 38 512 6.91 550 16 19 463 3.94 482 17 30 497 5.69 527 18 38 515 6.87 553 19 26 469 5.25 495 20 31 523 5.60 554 21 37 496 6.94 533 22 30 480 5.88 510 23 29 477 5.73 506 24 24 416 5.45 440 25 28 442 5.96 470 26 22 418 5.00 440 27 39 440 8.14 479 28 14 435 3.12 449 29 15 402 3.60 417 30 32 394 7.51 426 31 24 375 6.02 399 32 14 416 3.26 430 33 27 375 6.72 402 34 19 400 4.53 419 35 15 402 3.60 417 36 25 422 5.59 447 37 16 392 3.92 408 38 20 424 4.50 444 39 22 386 5.39 408 40 10 373 2.61 383 41 15 397 3.64 412 42 27 383 6.59 410 43 17 355 4.57 372 44 17 375 4.34 392 45 20 370 5.13 390 46 15 367 3.93 382 47 11 363 2.94 374 48 20 345 5.48 365 49 7 307 2.23 314 50 10 362 2.69 372 51 16 315 4.83 331 52 11 281 3.77 292 53 12 334 3.47 346 54 21 295 6.65 316 55 13 322 3.88 335 56 10 329 2.95 339 57 11 296 3.58 307 58 9 319 2.74 328 59 3 274 1.08 277 60 15 304 4.70 319 61 9 280 3.11 289 62 12 291 3.96 303 63 13 300 4.15 313 64 8 253 3.07 261 65 9 310 2.82 319 66 12 306 3.77 318 67 4 276 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