CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 93 265 25.98 358 2 93 234 28.44 327 3 77 230 25.08 307 4 88 144 37.93 232 5 90 142 38.79 232 6 67 127 34.54 194 7 84 124 40.38 208 8 30 178 14.42 208 9 41 147 21.81 188 10 34 135 20.12 169 11 39 177 18.06 216 12 31 170 15.42 201 13 27 138 16.36 165 14 42 158 21.00 200 15 24 141 14.55 165 16 32 120 21.05 152 17 28 144 16.28 172 18 27 143 15.88 170 19 29 121 19.33 150 20 24 148 13.95 172 21 25 150 14.29 175 22 34 164 17.17 198 23 31 129 19.38 160 24 27 137 16.46 164 25 25 131 16.03 156 26 31 135 18.67 166 27 26 138 15.85 164 28 17 128 11.72 145 29 29 139 17.26 168 30 20 153 11.56 173 31 24 160 13.04 184 32 24 135 15.09 159 33 18 144 11.11 162 34 27 154 14.92 181 35 31 156 16.58 187 36 36 145 19.89 181 37 22 117 15.83 139 38 30 128 18.99 158 39 26 147 15.03 173 40 33 142 18.86 175 41 24 138 14.81 162 42 24 163 12.83 187 43 20 165 10.81 185 44 31 156 16.58 187 45 18 128 12.33 146 46 34 131 20.61 165 47 20 119 14.39 139 48 28 145 16.18 173 49 25 130 16.13 155 50 39 140 21.79 179 51 30 148 16.85 178 52 26 170 13.27 196 53 19 139 12.03 158 54 35 132 20.96 167 55 21 141 12.96 162 56 24 144 14.29 168 57 18 121 12.95 139 58 20 132 13.16 152 59 27 126 17.65 153 60 24 131 15.48 155 61 32 114 21.92 146 62 25 135 15.62 160 63 28 142 16.47 170 64 31 138 18.34 169 65 22 113 16.30 135 66 21 139 13.12 160 67 23 118 16.31 141 68 16 130 10.96 146 69 16 98 14.04 114 70 19 125 13.19 144 71 24 113 17.52 137 72 23 108 17.56 131 73 14 116 10.77 130 74 20 133 13.07 153 75 24 126 16.00 150 76 17 140 10.83 157 77 27 119 18.49 146 78 18 121 12.95 139 79 17 128 11.72 145 80 26 122 17.57 148 81 32 110 22.54 142 82 23 112 17.04 135 83 19 106 15.20 125 84 28 127 18.06 155 85 19 131 12.67 150 86 23 125 15.54 148 87 16 132 10.81 148 88 17 116 12.78 133 89 27 112 19.42 139 90 7 116 5.69 123 91 22 104 17.46 126 92 22 110 16.67 132 93 32 95 25.20 127 94 21 104 16.80 125 95 18 113 13.74 131 96 22 111 16.54 133 97 21 122 14.69 143 98 16 119 11.85 135 99 19 90 17.43 109 100 22 112 16.42 134 101 19 87 17.92 106 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 172 209 45.14 381 2 119 196 37.78 315 3 48 176 21.43 224 4 29 200 12.66 229 5 11 189 5.50 200 6 8 192 4.00 200 7 7 254 2.68 261 8 6 210 2.78 216 9 3 247 1.20 250 10 0 210 0.00 210 11 0 226 0.00 226 12 4 226 1.74 230 13 4 201 1.95 205 14 0 204 0.00 204 15 2 218 0.91 220 16 2 211 0.94 213 17 2 205 0.97 207 18 4 202 1.94 206 19 2 198 1.00 200 20 4 218 1.80 222 21 4 189 2.07 193 22 1 208 0.48 209 23 1 221 0.45 222 24 1 185 0.54 186 25 1 213 0.47 214 26 1 199 0.50 200 27 3 192 1.54 195 28 3 210 1.41 213 29 2 244 0.81 246 30 0 219 0.00 219 31 2 240 0.83 242 32 1 213 0.47 214 33 4 212 1.85 216 34 3 213 1.39 216 35 2 211 0.94 213 36 3 220 1.35 223 37 4 225 1.75 229 38 3 233 1.27 236 39 2 233 0.85 235 40 2 224 0.88 226 41 2 240 0.83 242 42 3 235 1.26 238 43 0 232 0.00 232 44 1 233 0.43 234 45 1 225 0.44 226 46 4 207 1.90 211 47 2 195 1.02 197 48 1 246 0.40 247 49 1 206 0.48 207 50 3 203 1.46 206 51 1 239 0.42 240 52 0 192 0.00 192 53 1 221 0.45 222 54 3 232 1.28 235 55 1 201 0.50 202 56 4 220 1.79 224 57 1 215 0.46 216 58 1 259 0.38 260 59 0 218 0.00 218 60 3 198 1.49 201 61 2 217 0.91 219 62 3 181 1.63 184 63 2 194 1.02 196 64 2 230 0.86 232 65 0 206 0.00 206 66 1 224 0.44 225 67 1 195 0.51 196 68 2 215 0.92 217 69 3 214 1.38 217 70 3 219 1.35 222 71 2 192 1.03 194 72 1 218 0.46 219 73 0 214 0.00 214 74 4 216 1.82 220 75 1 208 0.48 209 76 1 208 0.48 209 77 1 201 0.50 202 78 3 193 1.53 196 79 2 181 1.09 183 80 1 210 0.47 211 81 4 196 2.00 200 82 3 186 1.59 189 83 2 167 1.18 169 84 1 195 0.51 196 85 0 216 0.00 216 86 2 218 0.91 220 87 2 200 0.99 202 88 2 183 1.08 185 89 2 187 1.06 189 90 4 175 2.23 179 91 3 163 1.81 166 92 0 170 0.00 170 93 2 183 1.08 185 94 3 194 1.52 197 95 4 154 2.53 158 96 1 155 0.64 156 97 3 159 1.85 162 98 2 138 1.43 140 99 4 114 3.39 118 100 2 91 2.15 93 101 1 154 0.65 155 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 199 224 47.04 423 2 97 246 28.28 343 3 72 310 18.85 382 4 54 334 13.92 388 5 60 402 12.99 462 6 56 495 10.16 551 7 48 562 7.87 610 8 34 577 5.56 611 9 36 577 5.87 613 10 35 510 6.42 545 11 48 547 8.07 595 12 40 539 6.91 579 13 34 544 5.88 578 14 39 576 6.34 615 15 36 609 5.58 645 16 43 621 6.48 664 17 32 620 4.91 652 18 35 649 5.12 684 19 34 673 4.81 707 20 40 695 5.44 735 21 41 699 5.54 740 22 37 676 5.19 713 23 31 650 4.55 681 24 43 721 5.63 764 25 37 637 5.49 674 26 42 728 5.45 770 27 30 694 4.14 724 28 38 742 4.87 780 29 39 707 5.23 746 30 35 671 4.96 706 31 34 692 4.68 726 32 39 707 5.23 746 33 34 657 4.92 691 34 39 712 5.19 751 35 39 677 5.45 716 36 32 679 4.50 711 37 39 760 4.88 799 38 29 706 3.95 735 39 30 731 3.94 761 40 22 758 2.82 780 41 31 740 4.02 771 42 28 679 3.96 707 43 26 703 3.57 729 44 30 709 4.06 739 45 26 702 3.57 728 46 25 723 3.34 748 47 30 714 4.03 744 48 28 732 3.68 760 49 35 719 4.64 754 50 37 681 5.15 718 51 23 692 3.22 715 52 20 717 2.71 737 53 32 669 4.56 701 54 22 692 3.08 714 55 30 749 3.85 779 56 25 697 3.46 722 57 25 717 3.37 742 58 24 710 3.27 734 59 25 711 3.40 736 60 20 658 2.95 678 61 31 666 4.45 697 62 33 706 4.47 739 63 19 667 2.77 686 64 24 675 3.43 699 65 29 687 4.05 716 66 16 715 2.19 731 67 22 695 3.07 717 68 25 651 3.70 676 69 18 664 2.64 682 70 21 611 3.32 632 71 30 659 4.35 689 72 20 655 2.96 675 73 28 656 4.09 684 74 23 670 3.32 693 75 17 629 2.63 646 76 19 652 2.83 671 77 28 574 4.65 602 78 22 608 3.49 630 79 16 656 2.38 672 80 28 607 4.41 635 81 23 588 3.76 611 82 20 581 3.33 601 83 28 628 4.27 656 84 18 610 2.87 628 85 21 603 3.37 624 86 24 593 3.89 617 87 16 553 2.81 569 88 18 574 3.04 592 89 23 563 3.92 586 90 17 595 2.78 612 91 17 587 2.81 604 92 22 556 3.81 578 93 14 552 2.47 566 94 20 560 3.45 580 95 18 560 3.11 578 96 16 522 2.97 538 97 13 556 2.28 569 98 14 509 2.68 523 99 11 361 2.96 372 100 14 317 4.23 331 101 9 490 1.80 499 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 55 140 28.21 195 2 68 154 30.63 222 3 67 152 30.59 219 4 60 169 26.20 229 5 31 205 13.14 236 6 15 106 12.40 121 7 10 135 6.90 145 8 12 112 9.68 124 9 8 96 7.69 104 10 14 102 12.07 116 11 22 103 17.60 125 12 15 91 14.15 106 13 14 106 11.67 120 14 15 105 12.50 120 15 17 66 20.48 83 16 13 81 13.83 94 17 10 109 8.40 119 18 20 100 16.67 120 19 13 75 14.77 88 20 21 87 19.44 108 21 14 61 18.67 75 22 12 104 10.34 116 23 19 79 19.39 98 24 15 88 14.56 103 25 15 93 13.89 108 26 14 82 14.58 96 27 12 72 14.29 84 28 13 76 14.61 89 29 14 87 13.86 101 30 9 64 12.33 73 31 13 81 13.83 94 32 17 70 19.54 87 33 21 59 26.25 80 34 17 85 16.67 102 35 22 87 20.18 109 36 21 67 23.86 88 37 12 74 13.95 86 38 21 81 20.59 102 39 16 74 17.78 90 40 19 77 19.79 96 41 6 70 7.89 76 42 12 89 11.88 101 43 11 78 12.36 89 44 17 82 17.17 99 45 23 80 22.33 103 46 9 61 12.86 70 47 12 69 14.81 81 48 7 71 8.97 78 49 3 75 3.85 78 50 19 66 22.35 85 51 11 65 14.47 76 52 8 74 9.76 82 53 14 65 17.72 79 54 14 79 15.05 93 55 8 63 11.27 71 56 10 59 14.49 69 57 15 52 22.39 67 58 11 68 13.92 79 59 11 53 17.19 64 60 10 70 12.50 80 61 13 75 14.77 88 62 10 66 13.16 76 63 12 55 17.91 67 64 10 51 16.39 61 65 5 40 11.11 45 66 12 51 19.05 63 67 7 56 11.11 63 68 10 46 17.86 56 69 15 57 20.83 72 70 7 49 12.50 56 71 16 32 33.33 48 72 11 23 32.35 34 73 9 48 15.79 57 74 3 45 6.25 48 75 10 49 16.95 59 76 7 50 12.28 57 77 11 57 16.18 68 78 11 57 16.18 68 79 6 35 14.63 41 80 12 30 28.57 42 81 14 38 26.92 52 82 7 27 20.59 34 83 7 39 15.22 46 84 7 35 16.67 42 85 9 43 17.31 52 86 6 48 11.11 54 87 6 36 14.29 42 88 15 41 26.79 56 89 11 37 22.92 48 90 8 46 14.81 54 91 9 32 21.95 41 92 7 31 18.42 38 93 9 36 20.00 45 94 10 33 23.26 43 95 7 49 12.50 56 96 9 36 20.00 45 97 6 31 16.22 37 98 8 37 17.78 45 99 9 1 90.00 10 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 24 120 16.67 144 2 27 142 15.98 169 3 32 165 16.24 197 4 34 168 16.83 202 5 1 284 0.35 285 6 2 350 0.57 352 7 1 189 0.53 190 8 4 217 1.81 221 9 1 158 0.63 159 10 2 183 1.08 185 11 1 170 0.58 171 12 0 154 0.00 154 13 0 165 0.00 165 14 0 208 0.00 208 15 2 195 1.02 197 16 0 152 0.00 152 17 2 158 1.25 160 18 2 135 1.46 137 19 3 145 2.03 148 20 7 136 4.90 143 21 3 125 2.34 128 22 0 140 0.00 140 23 0 139 0.00 139 24 1 127 0.78 128 25 1 131 0.76 132 26 2 158 1.25 160 27 0 129 0.00 129 28 3 142 2.07 145 29 1 153 0.65 154 30 3 134 2.19 137 31 2 109 1.80 111 32 2 128 1.54 130 33 2 129 1.53 131 34 1 129 0.77 130 35 1 144 0.69 145 36 1 137 0.72 138 37 2 121 1.63 123 38 1 115 0.86 116 39 0 131 0.00 131 40 0 110 0.00 110 41 2 127 1.55 129 42 1 106 0.93 107 43 0 113 0.00 113 44 2 126 1.56 128 45 0 106 0.00 106 46 0 114 0.00 114 47 2 74 2.63 76 48 1 107 0.93 108 49 0 126 0.00 126 50 0 88 0.00 88 51 2 95 2.06 97 52 1 112 0.88 113 53 3 103 2.83 106 54 1 89 1.11 90 55 2 94 2.08 96 56 2 91 2.15 93 57 1 80 1.23 81 58 1 106 0.93 107 59 0 78 0.00 78 60 1 87 1.14 88 61 1 84 1.18 85 62 0 83 0.00 83 63 2 122 1.61 124 64 0 66 0.00 66 65 1 82 1.20 83 66 1 80 1.23 81 67 1 75 1.32 76 68 1 95 1.04 96 69 1 72 1.37 73 70 0 95 0.00 95 71 0 101 0.00 101 72 0 56 0.00 56 73 0 60 0.00 60 74 1 65 1.52 66 75 0 72 0.00 72 76 4 86 4.44 90 77 1 68 1.45 69 78 2 96 2.04 98 79 1 69 1.43 70 80 0 57 0.00 57 81 1 77 1.28 78 82 0 78 0.00 78 83 1 79 1.25 80 84 0 74 0.00 74 85 2 92 2.13 94 86 2 73 2.67 75 87 0 75 0.00 75 88 1 58 1.69 59 89 0 72 0.00 72 90 1 66 1.49 67 91 1 76 1.30 77 92 1 81 1.22 82 93 1 65 1.52 66 94 1 59 1.67 60 95 0 52 0.00 52 96 1 76 1.30 77 97 2 62 3.12 64 98 2 48 4.00 50 99 0 0 0 CHH context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 75 194 27.88 269 2 64 167 27.71 231 3 74 148 33.33 222 4 54 163 24.88 217 5 29 311 8.53 340 6 26 473 5.21 499 7 19 614 3.00 633 8 18 638 2.74 656 9 24 560 4.11 584 10 21 573 3.54 594 11 22 551 3.84 573 12 33 532 5.84 565 13 20 541 3.57 561 14 24 498 4.60 522 15 32 543 5.57 575 16 16 511 3.04 527 17 26 512 4.83 538 18 29 504 5.44 533 19 21 492 4.09 513 20 27 506 5.07 533 21 30 441 6.37 471 22 16 458 3.38 474 23 25 434 5.45 459 24 31 444 6.53 475 25 18 433 3.99 451 26 13 452 2.80 465 27 29 472 5.79 501 28 16 492 3.15 508 29 19 438 4.16 457 30 28 430 6.11 458 31 19 391 4.63 410 32 20 444 4.31 464 33 19 398 4.56 417 34 14 389 3.47 403 35 20 382 4.98 402 36 21 426 4.70 447 37 15 404 3.58 419 38 20 377 5.04 397 39 20 388 4.90 408 40 20 379 5.01 399 41 16 377 4.07 393 42 21 391 5.10 412 43 6 374 1.58 380 44 16 366 4.19 382 45 13 343 3.65 356 46 14 335 4.01 349 47 12 385 3.02 397 48 12 352 3.30 364 49 8 363 2.16 371 50 7 376 1.83 383 51 14 367 3.67 381 52 6 323 1.82 329 53 15 332 4.32 347 54 8 281 2.77 289 55 11 303 3.50 314 56 6 299 1.97 305 57 11 304 3.49 315 58 7 291 2.35 298 59 12 303 3.81 315 60 10 318 3.05 328 61 7 290 2.36 297 62 7 285 2.40 292 63 12 266 4.32 278 64 6 331 1.78 337 65 7 326 2.10 333 66 7 287 2.38 294 67 8 278 2.80 286 68 5 300 1.64 305 69 11 249 4.23 260 70 4 282 1.40 286 71 7 246 2.77 253 72 8 282 2.76 290 73 4 267 1.48 271 74 5 269 1.82 274 75 7 252 2.70 259 76 5 220 2.22 225 77 11 267 3.96 278 78 8 259 3.00 267 79 6 245 2.39 251 80 9 255 3.41 264 81 10 253 3.80 263 82 2 226 0.88 228 83 9 242 3.59 251 84 6 283 2.08 289 85 9 246 3.53 255 86 3 222 1.33 225 87 5 200 2.44 205 88 6 228 2.56 234 89 5 217 2.25 222 90 4 225 1.75 229 91 5 204 2.39 209 92 5 232 2.11 237 93 4 224 1.75 228 94 5 216 2.26 221 95 7 193 3.50 200 96 5 210 2.33 215 97 6 232 2.52 238 98 8 206 3.74 214 99 3 2 60.00 5