CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 127 254 33.33 381 2 96 263 26.74 359 3 85 211 28.72 296 4 86 161 34.82 247 5 78 139 35.94 217 6 94 130 41.96 224 7 77 93 45.29 170 8 46 124 27.06 170 9 29 130 18.24 159 10 47 130 26.55 177 11 44 140 23.91 184 12 38 129 22.75 167 13 38 123 23.60 161 14 23 147 13.53 170 15 29 107 21.32 136 16 35 115 23.33 150 17 27 133 16.88 160 18 24 135 15.09 159 19 31 114 21.38 145 20 32 147 17.88 179 21 21 106 16.54 127 22 28 138 16.87 166 23 35 115 23.33 150 24 21 112 15.79 133 25 23 132 14.84 155 26 30 131 18.63 161 27 28 126 18.18 154 28 32 114 21.92 146 29 31 135 18.67 166 30 17 142 10.69 159 31 39 108 26.53 147 32 26 112 18.84 138 33 22 126 14.86 148 34 29 125 18.83 154 35 37 126 22.70 163 36 33 141 18.97 174 37 27 129 17.31 156 38 29 122 19.21 151 39 27 124 17.88 151 40 26 131 16.56 157 41 21 111 15.91 132 42 24 118 16.90 142 43 34 140 19.54 174 44 28 111 20.14 139 45 21 124 14.48 145 46 36 118 23.38 154 47 28 115 19.58 143 48 30 110 21.43 140 49 37 137 21.26 174 50 26 125 17.22 151 51 24 115 17.27 139 52 32 125 20.38 157 53 26 126 17.11 152 54 33 141 18.97 174 55 38 130 22.62 168 56 17 125 11.97 142 57 22 114 16.18 136 58 29 116 20.00 145 59 19 109 14.84 128 60 30 101 22.90 131 61 29 116 20.00 145 62 21 108 16.28 129 63 24 102 19.05 126 64 21 105 16.67 126 65 26 108 19.40 134 66 16 107 13.01 123 67 26 109 19.26 135 68 25 93 21.19 118 69 27 116 18.88 143 70 22 107 17.05 129 71 25 100 20.00 125 72 23 108 17.56 131 73 14 101 12.17 115 74 21 121 14.79 142 75 16 93 14.68 109 76 22 119 15.60 141 77 23 109 17.42 132 78 19 110 14.73 129 79 23 114 16.79 137 80 25 109 18.66 134 81 20 126 13.70 146 82 26 79 24.76 105 83 19 91 17.27 110 84 24 98 19.67 122 85 20 103 16.26 123 86 22 128 14.67 150 87 17 101 14.41 118 88 17 88 16.19 105 89 21 97 17.80 118 90 26 103 20.16 129 91 25 101 19.84 126 92 24 93 20.51 117 93 25 92 21.37 117 94 18 98 15.52 116 95 16 82 16.33 98 96 21 101 17.21 122 97 19 107 15.08 126 98 15 91 14.15 106 99 17 73 18.89 90 100 25 78 24.27 103 101 20 95 17.39 115 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 171 175 49.42 346 2 116 179 39.32 295 3 47 182 20.52 229 4 21 185 10.19 206 5 11 197 5.29 208 6 10 163 5.78 173 7 10 252 3.82 262 8 4 234 1.68 238 9 2 232 0.85 234 10 7 209 3.24 216 11 6 195 2.99 201 12 2 237 0.84 239 13 2 197 1.01 199 14 3 203 1.46 206 15 1 216 0.46 217 16 3 222 1.33 225 17 0 190 0.00 190 18 3 178 1.66 181 19 4 206 1.90 210 20 1 194 0.51 195 21 3 204 1.45 207 22 4 235 1.67 239 23 4 180 2.17 184 24 4 227 1.73 231 25 2 242 0.82 244 26 2 213 0.93 215 27 1 198 0.50 199 28 3 253 1.17 256 29 5 248 1.98 253 30 4 222 1.77 226 31 1 211 0.47 212 32 1 243 0.41 244 33 2 219 0.90 221 34 3 204 1.45 207 35 1 232 0.43 233 36 1 242 0.41 243 37 2 197 1.01 199 38 3 206 1.44 209 39 1 217 0.46 218 40 0 211 0.00 211 41 1 203 0.49 204 42 3 251 1.18 254 43 3 228 1.30 231 44 3 219 1.35 222 45 1 232 0.43 233 46 2 200 0.99 202 47 2 202 0.98 204 48 1 251 0.40 252 49 2 228 0.87 230 50 4 202 1.94 206 51 0 202 0.00 202 52 0 227 0.00 227 53 2 231 0.86 233 54 1 221 0.45 222 55 1 217 0.46 218 56 0 197 0.00 197 57 0 242 0.00 242 58 3 216 1.37 219 59 1 218 0.46 219 60 8 210 3.67 218 61 0 242 0.00 242 62 4 225 1.75 229 63 3 235 1.26 238 64 3 213 1.39 216 65 2 200 0.99 202 66 1 216 0.46 217 67 4 206 1.90 210 68 2 208 0.95 210 69 0 214 0.00 214 70 1 218 0.46 219 71 2 179 1.10 181 72 2 178 1.11 180 73 2 236 0.84 238 74 1 181 0.55 182 75 3 204 1.45 207 76 3 197 1.50 200 77 3 181 1.63 184 78 2 193 1.03 195 79 3 166 1.78 169 80 1 191 0.52 192 81 1 189 0.53 190 82 4 162 2.41 166 83 0 206 0.00 206 84 0 188 0.00 188 85 3 201 1.47 204 86 3 157 1.88 160 87 5 191 2.55 196 88 1 177 0.56 178 89 2 189 1.05 191 90 1 184 0.54 185 91 2 173 1.14 175 92 3 159 1.85 162 93 2 161 1.23 163 94 6 171 3.39 177 95 2 146 1.35 148 96 3 178 1.66 181 97 0 119 0.00 119 98 0 128 0.00 128 99 3 91 3.19 94 100 2 86 2.27 88 101 2 142 1.39 144 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 167 255 39.57 422 2 128 229 35.85 357 3 81 327 19.85 408 4 75 357 17.36 432 5 65 435 13.00 500 6 63 500 11.19 563 7 57 644 8.13 701 8 54 680 7.36 734 9 46 565 7.53 611 10 41 574 6.67 615 11 58 540 9.70 598 12 40 583 6.42 623 13 51 594 7.91 645 14 54 619 8.02 673 15 33 642 4.89 675 16 41 622 6.18 663 17 47 657 6.68 704 18 35 717 4.65 752 19 52 699 6.92 751 20 47 698 6.31 745 21 36 722 4.75 758 22 41 680 5.69 721 23 48 684 6.56 732 24 42 658 6.00 700 25 36 706 4.85 742 26 53 727 6.79 780 27 49 710 6.46 759 28 38 729 4.95 767 29 40 749 5.07 789 30 37 743 4.74 780 31 39 728 5.08 767 32 45 687 6.15 732 33 41 703 5.51 744 34 43 734 5.53 777 35 47 741 5.96 788 36 48 761 5.93 809 37 22 690 3.09 712 38 43 712 5.70 755 39 26 716 3.50 742 40 36 732 4.69 768 41 50 705 6.62 755 42 24 727 3.20 751 43 32 698 4.38 730 44 43 661 6.11 704 45 27 699 3.72 726 46 36 773 4.45 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383 3.28 396 100 20 310 6.06 330 101 14 505 2.70 519 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 65 112 36.72 177 2 53 88 37.59 141 3 67 124 35.08 191 4 62 120 34.07 182 5 24 160 13.04 184 6 13 91 12.50 104 7 13 95 12.04 108 8 10 88 10.20 98 9 15 76 16.48 91 10 17 103 14.17 120 11 18 94 16.07 112 12 6 83 6.74 89 13 15 78 16.13 93 14 20 81 19.80 101 15 12 64 15.79 76 16 16 73 17.98 89 17 13 77 14.44 90 18 22 54 28.95 76 19 19 63 23.17 82 20 21 63 25.00 84 21 15 58 20.55 73 22 17 86 16.50 103 23 15 65 18.75 80 24 9 80 10.11 89 25 19 64 22.89 83 26 21 62 25.30 83 27 14 63 18.18 77 28 30 64 31.91 94 29 16 81 16.49 97 30 19 69 21.59 88 31 19 81 19.00 100 32 10 68 12.82 78 33 10 50 16.67 60 34 14 64 17.95 78 35 20 78 20.41 98 36 14 68 17.07 82 37 16 62 20.51 78 38 15 59 20.27 74 39 15 60 20.00 75 40 19 48 28.36 67 41 12 63 16.00 75 42 13 65 16.67 78 43 17 66 20.48 83 44 9 60 13.04 69 45 16 69 18.82 85 46 13 52 20.00 65 47 10 70 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methylation coverage 1 20 137 12.74 157 2 27 152 15.08 179 3 24 133 15.29 157 4 31 165 15.82 196 5 2 267 0.74 269 6 1 329 0.30 330 7 5 178 2.73 183 8 0 195 0.00 195 9 1 173 0.57 174 10 1 170 0.58 171 11 3 185 1.60 188 12 1 146 0.68 147 13 2 180 1.10 182 14 1 154 0.65 155 15 1 163 0.61 164 16 0 157 0.00 157 17 1 150 0.66 151 18 1 144 0.69 145 19 0 132 0.00 132 20 0 114 0.00 114 21 0 130 0.00 130 22 1 137 0.72 138 23 1 118 0.84 119 24 2 128 1.54 130 25 1 138 0.72 139 26 3 146 2.01 149 27 5 111 4.31 116 28 0 123 0.00 123 29 0 149 0.00 149 30 2 126 1.56 128 31 4 111 3.48 115 32 1 108 0.92 109 33 4 146 2.67 150 34 1 128 0.78 129 35 4 117 3.31 121 36 2 119 1.65 121 37 2 125 1.57 127 38 3 116 2.52 119 39 3 128 2.29 131 40 3 98 2.97 101 41 1 80 1.23 81 42 1 110 0.90 111 43 0 119 0.00 119 44 2 112 1.75 114 45 2 89 2.20 91 46 1 97 1.02 98 47 0 105 0.00 105 48 1 93 1.06 94 49 0 86 0.00 86 50 1 98 1.01 99 51 0 75 0.00 75 52 1 110 0.90 111 53 1 111 0.89 112 54 0 89 0.00 89 55 4 87 4.40 91 56 1 61 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586 12 45 477 8.62 522 13 21 530 3.81 551 14 27 536 4.80 563 15 46 524 8.07 570 16 38 481 7.32 519 17 19 496 3.69 515 18 32 522 5.78 554 19 26 425 5.76 451 20 23 487 4.51 510 21 31 455 6.38 486 22 18 467 3.71 485 23 28 462 5.71 490 24 34 441 7.16 475 25 25 472 5.03 497 26 30 462 6.10 492 27 32 480 6.25 512 28 25 472 5.03 497 29 30 442 6.36 472 30 44 396 10.00 440 31 25 418 5.64 443 32 25 402 5.85 427 33 25 384 6.11 409 34 21 402 4.96 423 35 26 394 6.19 420 36 22 447 4.69 469 37 9 361 2.43 370 38 25 398 5.91 423 39 23 411 5.30 434 40 11 395 2.71 406 41 23 354 6.10 377 42 20 360 5.26 380 43 9 378 2.33 387 44 15 367 3.93 382 45 11 360 2.96 371 46 10 397 2.46 407 47 14 354 3.80 368 48 10 370 2.63 380 49 13 357 3.51 370 50 14 371 3.64 385 51 19 335 5.37 354 52 6 287 2.05 293 53 14 353 3.81 367 54 13 291 4.28 304 55 6 319 1.85 325 56 15 336 4.27 351 57 12 288 4.00 300 58 9 282 3.09 291 59 10 305 3.17 315 60 9 335 2.62 344 61 7 283 2.41 290 62 13 275 4.51 288 63 7 281 2.43 288 64 6 252 2.33 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