CpG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 110 214 33.95 324 2 101 208 32.69 309 3 96 183 34.41 279 4 87 117 42.65 204 5 83 125 39.90 208 6 80 106 43.01 186 7 119 80 59.80 199 8 50 119 29.59 169 9 44 116 27.50 160 10 42 121 25.77 163 11 44 117 27.33 161 12 38 120 24.05 158 13 43 114 27.39 157 14 47 103 31.33 150 15 28 112 20.00 140 16 33 109 23.24 142 17 36 124 22.50 160 18 34 107 24.11 141 19 30 100 23.08 130 20 26 114 18.57 140 21 45 103 30.41 148 22 32 127 20.13 159 23 30 106 22.06 136 24 27 103 20.77 130 25 26 106 19.70 132 26 27 119 18.49 146 27 32 123 20.65 155 28 27 106 20.30 133 29 27 116 18.88 143 30 22 88 20.00 110 31 24 122 16.44 146 32 31 120 20.53 151 33 28 125 18.30 153 34 43 98 30.50 141 35 29 93 23.77 122 36 36 106 25.35 142 37 37 107 25.69 144 38 23 112 17.04 135 39 39 107 26.71 146 40 34 92 26.98 126 41 32 107 23.02 139 42 31 109 22.14 140 43 32 120 21.05 152 44 31 102 23.31 133 45 38 98 27.94 136 46 25 102 19.69 127 47 39 109 26.35 148 48 30 108 21.74 138 49 24 113 17.52 137 50 27 104 20.61 131 51 28 113 19.86 141 52 31 109 22.14 140 53 23 108 17.56 131 54 28 118 19.18 146 55 24 104 18.75 128 56 35 95 26.92 130 57 36 91 28.35 127 58 29 97 23.02 126 59 26 92 22.03 118 60 28 113 19.86 141 61 28 136 17.07 164 62 23 108 17.56 131 63 32 95 25.20 127 64 31 84 26.96 115 65 30 96 23.81 126 66 39 97 28.68 136 67 46 96 32.39 142 68 25 87 22.32 112 69 27 96 21.95 123 70 17 97 14.91 114 71 28 87 24.35 115 72 41 105 28.08 146 73 31 109 22.14 140 74 23 110 17.29 133 75 33 110 23.08 143 76 28 93 23.14 121 77 24 98 19.67 122 78 27 110 19.71 137 79 22 106 17.19 128 80 21 99 17.50 120 81 28 88 24.14 116 82 15 85 15.00 100 83 15 91 14.15 106 84 26 110 19.12 136 85 24 96 20.00 120 86 12 92 11.54 104 87 22 89 19.82 111 88 15 82 15.46 97 89 19 70 21.35 89 90 25 100 20.00 125 91 21 79 21.00 100 92 16 88 15.38 104 93 30 91 24.79 121 94 21 79 21.00 100 95 19 78 19.59 97 96 15 84 15.15 99 97 20 90 18.18 110 98 13 84 13.40 97 99 14 63 18.18 77 100 33 86 27.73 119 101 18 76 19.15 94 CHG context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 154 227 40.42 381 2 106 217 32.82 323 3 40 186 17.70 226 4 21 197 9.63 218 5 24 185 11.48 209 6 5 189 2.58 194 7 6 254 2.31 260 8 4 214 1.83 218 9 3 225 1.32 228 10 5 185 2.63 190 11 2 202 0.98 204 12 2 210 0.94 212 13 2 205 0.97 207 14 2 197 1.01 199 15 1 209 0.48 210 16 3 196 1.51 199 17 2 198 1.00 200 18 0 200 0.00 200 19 0 195 0.00 195 20 6 235 2.49 241 21 0 224 0.00 224 22 1 239 0.42 240 23 3 198 1.49 201 24 3 244 1.21 247 25 2 205 0.97 207 26 2 198 1.00 200 27 2 202 0.98 204 28 2 193 1.03 195 29 2 208 0.95 210 30 1 229 0.43 230 31 2 231 0.86 233 32 1 202 0.49 203 33 3 201 1.47 204 34 6 187 3.11 193 35 0 218 0.00 218 36 0 211 0.00 211 37 0 207 0.00 207 38 2 211 0.94 213 39 1 210 0.47 211 40 2 240 0.83 242 41 3 199 1.49 202 42 1 203 0.49 204 43 2 232 0.85 234 44 3 199 1.49 202 45 2 194 1.02 196 46 3 197 1.50 200 47 1 232 0.43 233 48 2 223 0.89 225 49 0 222 0.00 222 50 1 241 0.41 242 51 0 202 0.00 202 52 0 206 0.00 206 53 1 225 0.44 226 54 3 232 1.28 235 55 2 205 0.97 207 56 2 235 0.84 237 57 1 190 0.52 191 58 2 220 0.90 222 59 0 214 0.00 214 60 3 223 1.33 226 61 0 209 0.00 209 62 0 214 0.00 214 63 2 202 0.98 204 64 3 201 1.47 204 65 1 209 0.48 210 66 0 204 0.00 204 67 2 190 1.04 192 68 4 220 1.79 224 69 0 200 0.00 200 70 2 206 0.96 208 71 5 217 2.25 222 72 2 235 0.84 237 73 4 181 2.16 185 74 4 212 1.85 216 75 2 167 1.18 169 76 2 158 1.25 160 77 2 210 0.94 212 78 3 185 1.60 188 79 2 188 1.05 190 80 0 174 0.00 174 81 1 163 0.61 164 82 2 180 1.10 182 83 2 178 1.11 180 84 3 187 1.58 190 85 1 169 0.59 170 86 0 195 0.00 195 87 2 183 1.08 185 88 2 190 1.04 192 89 1 155 0.64 156 90 2 185 1.07 187 91 1 154 0.65 155 92 3 165 1.79 168 93 2 162 1.22 164 94 2 169 1.17 171 95 1 172 0.58 173 96 8 139 5.44 147 97 0 153 0.00 153 98 2 128 1.54 130 99 0 89 0.00 89 100 2 81 2.41 83 101 4 150 2.60 154 CHH context (R1) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 190 269 41.39 459 2 115 218 34.53 333 3 99 335 22.81 434 4 63 339 15.67 402 5 76 431 14.99 507 6 63 466 11.91 529 7 53 551 8.77 604 8 45 639 6.58 684 9 51 555 8.42 606 10 55 525 9.48 580 11 59 548 9.72 607 12 45 589 7.10 634 13 51 598 7.86 649 14 57 593 8.77 650 15 54 601 8.24 655 16 54 623 7.98 677 17 51 653 7.24 704 18 47 700 6.29 747 19 37 673 5.21 710 20 53 674 7.29 727 21 52 722 6.72 774 22 51 684 6.94 735 23 54 684 7.32 738 24 29 687 4.05 716 25 43 747 5.44 790 26 53 765 6.48 818 27 39 756 4.91 795 28 56 705 7.36 761 29 49 764 6.03 813 30 35 707 4.72 742 31 58 669 7.98 727 32 51 691 6.87 742 33 38 669 5.37 707 34 37 699 5.03 736 35 47 724 6.10 771 36 32 741 4.14 773 37 41 690 5.61 731 38 49 729 6.30 778 39 33 730 4.33 763 40 32 669 4.56 701 41 46 705 6.13 751 42 31 688 4.31 719 43 34 688 4.71 722 44 38 743 4.87 781 45 35 777 4.31 812 46 47 792 5.60 839 47 45 704 6.01 749 48 28 791 3.42 819 49 42 729 5.45 771 50 37 748 4.71 785 51 34 686 4.72 720 52 33 703 4.48 736 53 43 716 5.67 759 54 23 654 3.40 677 55 35 698 4.77 733 56 38 662 5.43 700 57 30 728 3.96 758 58 31 714 4.16 745 59 33 681 4.62 714 60 26 673 3.72 699 61 31 685 4.33 716 62 38 646 5.56 684 63 35 648 5.12 683 64 29 669 4.15 698 65 39 663 5.56 702 66 28 677 3.97 705 67 36 730 4.70 766 68 27 644 4.02 671 69 31 689 4.31 720 70 32 642 4.75 674 71 41 604 6.36 645 72 27 631 4.10 658 73 30 636 4.50 666 74 40 657 5.74 697 75 29 652 4.26 681 76 24 651 3.56 675 77 34 569 5.64 603 78 18 647 2.71 665 79 26 588 4.23 614 80 29 582 4.75 611 81 22 570 3.72 592 82 24 597 3.86 621 83 33 632 4.96 665 84 21 583 3.48 604 85 26 524 4.73 550 86 34 561 5.71 595 87 19 569 3.23 588 88 22 549 3.85 571 89 27 557 4.62 584 90 28 497 5.33 525 91 20 536 3.60 556 92 27 523 4.91 550 93 20 526 3.66 546 94 22 543 3.89 565 95 37 514 6.72 551 96 17 532 3.10 549 97 24 494 4.63 518 98 19 482 3.79 501 99 16 344 4.44 360 100 14 291 4.59 305 101 16 499 3.11 515 CpG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 71 107 39.89 178 2 76 93 44.97 169 3 60 81 42.55 141 4 67 117 36.41 184 5 17 137 11.04 154 6 14 68 17.07 82 7 14 78 15.22 92 8 18 89 16.82 107 9 17 67 20.24 84 10 21 71 22.83 92 11 26 64 28.89 90 12 15 94 13.76 109 13 22 78 22.00 100 14 14 88 13.73 102 15 12 61 16.44 73 16 10 52 16.13 62 17 14 75 15.73 89 18 21 62 25.30 83 19 16 64 20.00 80 20 20 72 21.74 92 21 21 69 23.33 90 22 15 46 24.59 61 23 18 52 25.71 70 24 16 69 18.82 85 25 17 53 24.29 70 26 16 52 23.53 68 27 13 63 17.11 76 28 27 49 35.53 76 29 16 59 21.33 75 30 8 77 9.41 85 31 9 58 13.43 67 32 11 45 19.64 56 33 18 38 32.14 56 34 16 60 21.05 76 35 16 57 21.92 73 36 25 54 31.65 79 37 16 49 24.62 65 38 13 57 18.57 70 39 8 49 14.04 57 40 7 48 12.73 55 41 21 52 28.77 73 42 13 62 17.33 75 43 13 47 21.67 60 44 12 54 18.18 66 45 17 48 26.15 65 46 10 52 16.13 62 47 8 44 15.38 52 48 9 40 18.37 49 49 10 57 14.93 67 50 10 37 21.28 47 51 10 45 18.18 55 52 10 49 16.95 59 53 14 58 19.44 72 54 18 40 31.03 58 55 17 39 30.36 56 56 12 43 21.82 55 57 10 47 17.54 57 58 12 28 30.00 40 59 9 46 16.36 55 60 14 39 26.42 53 61 7 36 16.28 43 62 11 30 26.83 41 63 7 41 14.58 48 64 13 39 25.00 52 65 3 35 7.89 38 66 12 47 20.34 59 67 10 29 25.64 39 68 10 45 18.18 55 69 13 34 27.66 47 70 14 34 29.17 48 71 5 25 16.67 30 72 14 35 28.57 49 73 7 28 20.00 35 74 13 33 28.26 46 75 7 36 16.28 43 76 8 31 20.51 39 77 10 28 26.32 38 78 8 27 22.86 35 79 5 27 15.62 32 80 7 16 30.43 23 81 7 28 20.00 35 82 8 27 22.86 35 83 7 23 23.33 30 84 13 16 44.83 29 85 6 25 19.35 31 86 9 29 23.68 38 87 6 27 18.18 33 88 4 26 13.33 30 89 6 27 18.18 33 90 2 32 5.88 34 91 6 22 21.43 28 92 5 22 18.52 27 93 6 24 20.00 30 94 5 28 15.15 33 95 6 18 25.00 24 96 6 26 18.75 32 97 6 32 15.79 38 98 8 22 26.67 30 99 5 0 100.00 5 CHG context (R2) ================ position count methylated count unmethylated % methylation coverage 1 21 134 13.55 155 2 29 147 16.48 176 3 21 126 14.29 147 4 26 156 14.29 182 5 2 286 0.69 288 6 2 310 0.64 312 7 0 169 0.00 169 8 3 172 1.71 175 9 3 149 1.97 152 10 0 165 0.00 165 11 1 194 0.51 195 12 0 165 0.00 165 13 3 130 2.26 133 14 1 150 0.66 151 15 1 166 0.60 167 16 2 123 1.60 125 17 0 153 0.00 153 18 2 132 1.49 134 19 4 136 2.86 140 20 0 119 0.00 119 21 1 103 0.96 104 22 1 143 0.69 144 23 0 108 0.00 108 24 1 123 0.81 124 25 4 122 3.17 126 26 2 113 1.74 115 27 1 99 1.00 100 28 1 120 0.83 121 29 3 129 2.27 132 30 2 135 1.46 137 31 2 108 1.82 110 32 0 94 0.00 94 33 1 140 0.71 141 34 3 111 2.63 114 35 1 106 0.93 107 36 1 115 0.86 116 37 1 105 0.94 106 38 0 130 0.00 130 39 1 122 0.81 123 40 0 104 0.00 104 41 2 95 2.06 97 42 2 99 1.98 101 43 4 115 3.36 119 44 1 105 0.94 106 45 0 84 0.00 84 46 2 72 2.70 74 47 2 87 2.25 89 48 2 89 2.20 91 49 0 89 0.00 89 50 1 90 1.10 91 51 1 76 1.30 77 52 2 62 3.12 64 53 3 92 3.16 95 54 0 99 0.00 99 55 3 65 4.41 68 56 3 83 3.49 86 57 1 79 1.25 80 58 2 78 2.50 80 59 1 65 1.52 66 60 0 93 0.00 93 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