R version 3.6.0 (2019-04-26) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: CentOS Linux 7 (Core) Matrix products: default BLAS/LAPACK: /gscratch/sw/intel-2019/compilers_and_libraries_2019.0.117/linux/mkl/lib/intel64_lin/libmkl_rt.so locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] compiler_3.6.0 Attaching package: ‘dplyr’ The following objects are masked from ‘package:data.table’: between, first, last The following objects are masked from ‘package:stats’: filter, lag The following objects are masked from ‘package:base’: intersect, setdiff, setequal, union Sample loci method reads perc_meth 1 1 scaffold1_cov55:102-104 WGBS 6 16.6667 2 1 scaffold1_cov55:105-107 WGBS 6 0.0000 3 1 scaffold1_cov55:116-118 WGBS 5 0.0000 4 1 scaffold1_cov55:119-121 WGBS 5 0.0000 5 1 scaffold1_cov55:146-148 WGBS 5 0.0000 6 1 scaffold1_cov55:169-171 WGBS 4 0.0000 [1] 21876687 Classes ‘grouped_df’, ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame': 21876687 obs. of 11 variables: $ loci : chr "scaffold1_cov55:102-104" "scaffold1_cov55:105-107" "scaffold1_cov55:116-118" "scaffold1_cov55:119-121" ... $ method : chr "WGBS" "WGBS" "WGBS" "WGBS" ... $ medn_meth : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ medn_cov : num 6 6 5 5 5 4 5 5 5 4 ... $ indivd : int 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 ... $ perc_meth_1: num 16.7 0 0 0 0 ... $ perc_meth_2: num 0 12.5 0 0 0 0 0 0 0 0 ... $ perc_meth_3: num 0 0 0 20 0 0 0 20 0 0 ... $ reads_1 : num 6 6 5 5 5 4 5 5 3 4 ... $ reads_2 : num 7 8 8 8 8 10 9 10 10 10 ... $ reads_3 : num 3 3 4 5 4 4 4 5 5 4 ... - attr(*, "groups")=Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame': 21876687 obs. of 3 variables: ..$ loci : chr "scaffold1_cov55:102-104" "scaffold1_cov55:105-107" "scaffold1_cov55:116-118" "scaffold1_cov55:116-118" ... ..$ method: chr "WGBS" "WGBS" "MBD" "WGBS" ... ..$ .rows :List of 21876687 .. ..$ : int 1 .. ..$ : int 2 .. ..$ : int 13781580 .. ..$ : int 3 .. ..$ : int 13781581 .. ..$ : int 4 .. ..$ : int 13781582 .. ..$ : int 5 .. ..$ : int 13781583 .. ..$ : int 6 .. ..$ : int 13781584 .. ..$ : int 7 .. ..$ : int 13781585 .. ..$ : int 8 .. ..$ : int 13781586 .. ..$ : int 7994080 .. ..$ : int 13781587 .. ..$ : int 9 .. ..$ : int 13781588 .. ..$ : int 7994081 .. ..$ : int 13781589 .. ..$ : int 10 .. ..$ : int 13781590 .. ..$ : int 11 .. ..$ : int 13781591 .. ..$ : int 12 .. ..$ : int 13781592 .. ..$ : int 7994082 .. ..$ : int 13 .. ..$ : int 14 .. ..$ : int 7994083 .. ..$ : int 13781593 .. ..$ : int 15 .. ..$ : int 16 .. ..$ : int 17 .. ..$ : int 13781594 .. ..$ : int 18 .. ..$ : int 13781595 .. ..$ : int 19 .. ..$ : int 13781596 .. ..$ : int 20 .. ..$ : int 21363263 .. ..$ : int 13235123 .. ..$ : int 21 .. ..$ : int 21363264 .. ..$ : int 13235124 .. ..$ : int 22 .. ..$ : int 13781597 .. ..$ : int 13235125 .. ..$ : int 23 .. ..$ : int 13781598 .. ..$ : int 13235126 .. ..$ : int 24 .. ..$ : int 13781599 .. ..$ : int 13235127 .. ..$ : int 25 .. ..$ : int 13781600 .. ..$ : int 13235128 .. ..$ : int 26 .. ..$ : int 13781601 .. ..$ : int 13235129 .. ..$ : int 27 .. ..$ : int 13781602 .. ..$ : int 13235130 .. ..$ : int 28 .. ..$ : int 13781603 .. ..$ : int 13235131 .. ..$ : int 29 .. ..$ : int 13781604 .. ..$ : int 30 .. ..$ : int 13781605 .. ..$ : int 31 .. ..$ : int 13781606 .. ..$ : int 32 .. ..$ : int 13781607 .. ..$ : int 33 .. ..$ : int 13781608 .. ..$ : int 34 .. ..$ : int 13781609 .. ..$ : int 35 .. ..$ : int 13781610 .. ..$ : int 8571080 .. ..$ : int 36 .. ..$ : int 13781611 .. ..$ : int 8571081 .. ..$ : int 37 .. ..$ : int 13781612 .. ..$ : int 8571082 .. ..$ : int 38 .. ..$ : int 13781613 .. ..$ : int 8571083 .. ..$ : int 39 .. ..$ : int 13781614 .. ..$ : int 8571084 .. ..$ : int 40 .. ..$ : int 13781615 .. ..$ : int 8571085 .. ..$ : int 41 .. ..$ : int 13781616 .. .. 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