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flowchart TB
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    subgraph "NFCORE_RNASPLICE [NFCORE_RNASPLICE]"
    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE [RNASPLICE]"
    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE:PREPARE_GENOME [PREPARE_GENOME]"
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    v16(( ))
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    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE:INPUT_CHECK [INPUT_CHECK]"
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    v35(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE:CONTRASTS_CHECK [CONTRASTS_CHECK]"
    v40(["CONTRASTSHEET_CHECK"])
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    end
    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE:BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS [BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS]"
    v46(["SAMTOOLS_SORT"])
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    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE:BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS:BAM_STATS_SAMTOOLS [BAM_STATS_SAMTOOLS]"
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    v59(( ))
    end
    v48(( ))
    v54(( ))
    end
    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE:DEXSEQ_DEU [DEXSEQ_DEU]"
    v68(["DEXSEQ_ANNOTATION"])
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    end
    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE:EDGER_DEU [EDGER_DEU]"
    v92(["SUBREAD_FLATTENGTF"])
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    v96(( ))
    v98(( ))
    end
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    v119(["CREATE_BAMLIST"])
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    end
    subgraph "NFCORE_RNASPLICE:RNASPLICE:VISUALISE_MISO [VISUALISE_MISO]"
    v150(["GTF_2_GFF3"])
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    end
    v177(["CUSTOM_DUMPSOFTWAREVERSIONS"])
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    v212(( ))
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    end
    subgraph " "
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