flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v6["Channel.fromPath"]
    v17["Channel.fromPath"]
    v39["feature_type"]
    v74[" "]
    v79["align"]
    v80["star_index"]
    v100["Channel.fromPath"]
    v140["star_ignore_sjdbgtf"]
    v141["seq_platform"]
    v142["seq_center"]
    v185[" "]
    v200[" "]
    v281["dbsnp"]
    v282["dbsnp_tbi"]
    v317["db"]
    v336["Channel.of"]
    v342["Channel.fromPath"]
    v345[" "]
    v349[" "]
    v356["replace_names"]
    v357["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_RNAVAR
    subgraph PREPARE_GENOME
    v33([GATK4_CREATESEQUENCEDICTIONARY])
    v40([GTF2BED])
    v44([REMOVE_UNKNOWN_REGIONS])
    v50([BGZIPTABIX_KNOWN_INDELS])
    v54([TABIX_KNOWN_INDELS])
    v75([SAMTOOLS_FAIDX])
    v84([UNTAR])
    v86([STAR_INDEXVERSION])
    v94([STAR_GENOMEGENERATE])
    v7(( ))
    v18(( ))
    v34(( ))
    v46(( ))
    end
    subgraph RNAVAR
    subgraph PREPARE_ALIGNMENT
    v112([SAMTOOLS_INDEX])
    v114(( ))
    end
    v121([CAT_FASTQ])
    v124([FASTQC])
    v131([GATK4_BEDTOINTERVALLIST])
    v135([GATK4_INTERVALLISTTOOLS])
    subgraph FASTQ_ALIGN_STAR
    v143([STAR_ALIGN])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_GENOME
    v159([SAMTOOLS_SORT])
    v165([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v173([SAMTOOLS_STATS])
    v176([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v179([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v169(( ))
    end
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_TRANSCRIPTOME
    v186([SAMTOOLS_SORT])
    v192([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v201([SAMTOOLS_STATS])
    v204([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v207([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v196(( ))
    end
    end
    subgraph BAM_MARKDUPLICATES_PICARD
    v218([PICARD_MARKDUPLICATES])
    v223([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v231([SAMTOOLS_STATS])
    v233([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v235([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v222(( ))
    end
    subgraph SPLITNCIGAR
    v260([GATK4_SPLITNCIGARREADS])
    v264([SAMTOOLS_MERGE])
    v269([SAMTOOLS_INDEX])
    v262(( ))
    end
    v283([GATK4_HAPLOTYPECALLER])
    v292([GATK4_MERGEVCFS])
    v295([TABIX])
    v301([GATK4_VARIANTFILTRATION])
    subgraph VCF_ANNOTATE_ALL
    subgraph VCF_ANNOTATE_SNPEFF
    v318([SNPEFF_SNPEFF])
    v321([TABIX_BGZIPTABIX])
    v101(( ))
    v327(( ))
    end
    end
    v358([MULTIQC])
    v3(( ))
    v126(( ))
    v285(( ))
    v297(( ))
    v353(( ))
    v354(( ))
    v355(( ))
    v361(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v51[" "]
    v55[" "]
    v64["known_indels"]
    v71["known_indels_tbi"]
    v76[" "]
    v77[" "]
    v96["versions"]
    v113[" "]
    v125[" "]
    v144[" "]
    v145[" "]
    v146[" "]
    v147[" "]
    v148[" "]
    v149[" "]
    v150["tab"]
    v151["fastq"]
    v152[" "]
    v153[" "]
    v154["bam_sorted"]
    v155["log_progress"]
    v160[" "]
    v161[" "]
    v162[" "]
    v166[" "]
    v174["stats"]
    v177["flagstat"]
    v180["idxstats"]
    v187[" "]
    v188[" "]
    v189[" "]
    v193[" "]
    v202["stats_transcript"]
    v205["flagstat_transcript"]
    v208["idxstats_transcript"]
    v219[" "]
    v265[" "]
    v266[" "]
    v267[" "]
    v284[" "]
    v293[" "]
    v302[" "]
    v308["fasta"]
    v319[" "]
    v320[" "]
    v322[" "]
    v328["vcf_ann"]
    v332[" "]
    v359[" "]
    v360[" "]
    v363["versions"]
    v365[" "]
    end
    v2 --> v3
    v6 --> v7
    v17 --> v18
    v7 --> v33
    v33 --> v44
    v33 --> v131
    v33 --> v260
    v33 --> v283
    v33 --> v292
    v33 --> v301
    v33 --> v34
    v39 --> v40
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    v50 --> v51
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    v7 --> v75
    v75 --> v77
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    v75 --> v260
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    v75 --> v283
    v75 --> v301
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    v84 --> v7
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    v100 --> v101
    v3 --> v112
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    v3 --> v121
    v121 --> v3
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    v3 --> v124
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    v124 --> v114
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    v135 --> v3
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    v140 --> v143
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    v7 --> v143
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    v7 --> v159
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