flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v6["Channel.fromPath"]
    v17["Channel.fromPath"]
    v20["Channel.fromPath"]
    v35["feature_type"]
    v70[" "]
    v75["align"]
    v95["Channel.fromPath"]
    v98["Channel.fromPath"]
    v137["star_ignore_sjdbgtf"]
    v138["seq_platform"]
    v139["seq_center"]
    v182[" "]
    v197[" "]
    v278["dbsnp"]
    v279["dbsnp_tbi"]
    v313["db"]
    v327["genome"]
    v328["species"]
    v329["cache_version"]
    v330["extra_files"]
    v350["Channel.of"]
    v356["Channel.fromPath"]
    v359[" "]
    v363[" "]
    v370["replace_names"]
    v371["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_RNAVAR
    subgraph PREPARE_GENOME
    v29([GATK4_CREATESEQUENCEDICTIONARY])
    v36([GTF2BED])
    v40([REMOVE_UNKNOWN_REGIONS])
    v46([BGZIPTABIX_KNOWN_INDELS])
    v50([TABIX_KNOWN_INDELS])
    v71([SAMTOOLS_FAIDX])
    v79([UNTAR])
    v81([STAR_INDEXVERSION])
    v89([STAR_GENOMEGENERATE])
    v7(( ))
    v18(( ))
    v30(( ))
    v42(( ))
    end
    subgraph RNAVAR
    subgraph PREPARE_ALIGNMENT
    v109([SAMTOOLS_INDEX])
    v111(( ))
    end
    v118([CAT_FASTQ])
    v121([FASTQC])
    v128([GATK4_BEDTOINTERVALLIST])
    v132([GATK4_INTERVALLISTTOOLS])
    subgraph FASTQ_ALIGN_STAR
    v140([STAR_ALIGN])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_GENOME
    v156([SAMTOOLS_SORT])
    v162([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v170([SAMTOOLS_STATS])
    v173([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v176([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v166(( ))
    end
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_TRANSCRIPTOME
    v183([SAMTOOLS_SORT])
    v189([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v198([SAMTOOLS_STATS])
    v201([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v204([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v193(( ))
    end
    end
    subgraph BAM_MARKDUPLICATES_PICARD
    v215([PICARD_MARKDUPLICATES])
    v220([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v228([SAMTOOLS_STATS])
    v230([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v232([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v219(( ))
    end
    subgraph SPLITNCIGAR
    v257([GATK4_SPLITNCIGARREADS])
    v261([SAMTOOLS_MERGE])
    v266([SAMTOOLS_INDEX])
    v259(( ))
    end
    v280([GATK4_HAPLOTYPECALLER])
    v289([GATK4_MERGEVCFS])
    v292([TABIX])
    v298([GATK4_VARIANTFILTRATION])
    subgraph VCF_ANNOTATE_ALL
    subgraph VCF_ANNOTATE_SNPEFF
    v314([SNPEFF_SNPEFF])
    v317([TABIX_BGZIPTABIX])
    v96(( ))
    v323(( ))
    v325(( ))
    end
    subgraph VCF_ANNOTATE_MERGE
    v331([ENSEMBLVEP_VEP])
    v335([TABIX_TABIX])
    v99(( ))
    end
    end
    v372([MULTIQC])
    v3(( ))
    v123(( ))
    v282(( ))
    v294(( ))
    v367(( ))
    v368(( ))
    v369(( ))
    v375(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v47[" "]
    v51[" "]
    v60["known_indels"]
    v67["known_indels_tbi"]
    v72[" "]
    v73[" "]
    v91["versions"]
    v110[" "]
    v122[" "]
    v141[" "]
    v142[" "]
    v143[" "]
    v144[" "]
    v145[" "]
    v146[" "]
    v147["tab"]
    v148["fastq"]
    v149[" "]
    v150[" "]
    v151["bam_sorted"]
    v152["log_progress"]
    v157[" "]
    v158[" "]
    v159[" "]
    v163[" "]
    v171["stats"]
    v174["flagstat"]
    v177["idxstats"]
    v184[" "]
    v185[" "]
    v186[" "]
    v190[" "]
    v199["stats_transcript"]
    v202["flagstat_transcript"]
    v205["idxstats_transcript"]
    v216[" "]
    v262[" "]
    v263[" "]
    v264[" "]
    v281[" "]
    v290[" "]
    v299[" "]
    v315[" "]
    v316[" "]
    v318[" "]
    v332["json"]
    v333["tab"]
    v334[" "]
    v336[" "]
    v342["vcf_ann"]
    v346[" "]
    v373[" "]
    v374[" "]
    v377["versions"]
    v379[" "]
    end
    v2 --> v3
    v6 --> v7
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    v20 --> v7
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    v29 --> v40
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    v29 --> v289
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