flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v6["Channel.fromPath"]
    v17["Channel.fromPath"]
    v20["Channel.fromPath"]
    v35["feature_type"]
    v70[" "]
    v75["align"]
    v133["star_ignore_sjdbgtf"]
    v134["seq_platform"]
    v135["seq_center"]
    v178[" "]
    v193[" "]
    v275["dbsnp"]
    v276["dbsnp_tbi"]
    v302["Channel.of"]
    v308["Channel.fromPath"]
    v311[" "]
    v315[" "]
    v322["replace_names"]
    v323["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_RNAVAR
    subgraph PREPARE_GENOME
    v29([GATK4_CREATESEQUENCEDICTIONARY])
    v36([GTF2BED])
    v40([REMOVE_UNKNOWN_REGIONS])
    v46([BGZIPTABIX_KNOWN_INDELS])
    v50([TABIX_KNOWN_INDELS])
    v71([SAMTOOLS_FAIDX])
    v79([UNTAR])
    v81([STAR_INDEXVERSION])
    v89([STAR_GENOMEGENERATE])
    v7(( ))
    v18(( ))
    v30(( ))
    v42(( ))
    end
    subgraph RNAVAR
    subgraph PREPARE_ALIGNMENT
    v105([SAMTOOLS_INDEX])
    v107(( ))
    end
    v114([CAT_FASTQ])
    v117([FASTQC])
    v124([GATK4_BEDTOINTERVALLIST])
    v128([GATK4_INTERVALLISTTOOLS])
    subgraph FASTQ_ALIGN_STAR
    v136([STAR_ALIGN])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_GENOME
    v152([SAMTOOLS_SORT])
    v158([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v166([SAMTOOLS_STATS])
    v169([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v172([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v162(( ))
    end
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_TRANSCRIPTOME
    v179([SAMTOOLS_SORT])
    v185([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v194([SAMTOOLS_STATS])
    v197([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v200([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v189(( ))
    end
    end
    subgraph BAM_MARKDUPLICATES_PICARD
    v211([PICARD_MARKDUPLICATES])
    v216([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v224([SAMTOOLS_STATS])
    v226([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v228([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v215(( ))
    end
    subgraph SPLITNCIGAR
    v254([GATK4_SPLITNCIGARREADS])
    v258([SAMTOOLS_MERGE])
    v263([SAMTOOLS_INDEX])
    v256(( ))
    end
    v277([GATK4_HAPLOTYPECALLER])
    v286([GATK4_MERGEVCFS])
    v289([TABIX])
    v295([GATK4_VARIANTFILTRATION])
    v324([MULTIQC])
    v3(( ))
    v119(( ))
    v279(( ))
    v291(( ))
    v319(( ))
    v320(( ))
    v321(( ))
    v327(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v47[" "]
    v51[" "]
    v60["known_indels"]
    v67["known_indels_tbi"]
    v72[" "]
    v73[" "]
    v91["versions"]
    v100[" "]
    v106[" "]
    v118[" "]
    v137[" "]
    v138[" "]
    v139[" "]
    v140[" "]
    v141[" "]
    v142[" "]
    v143["tab"]
    v144["fastq"]
    v145[" "]
    v146[" "]
    v147["bam_sorted"]
    v148["log_progress"]
    v153[" "]
    v154[" "]
    v155[" "]
    v159[" "]
    v167["stats"]
    v170["flagstat"]
    v173["idxstats"]
    v180[" "]
    v181[" "]
    v182[" "]
    v186[" "]
    v195["stats_transcript"]
    v198["flagstat_transcript"]
    v201["idxstats_transcript"]
    v212[" "]
    v247[" "]
    v259[" "]
    v260[" "]
    v261[" "]
    v278[" "]
    v287[" "]
    v296[" "]
    v297[" "]
    v325[" "]
    v326[" "]
    v329["versions"]
    v331[" "]
    end
    v2 --> v3
    v6 --> v7
    v17 --> v18
    v20 --> v7
    v7 --> v29
    v29 --> v40
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    v29 --> v295
    v29 --> v30
    v35 --> v36
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    v40 --> v30
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    v79 --> v7
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    v81 --> v30
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    v89 --> v30
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    v3 --> v100
    v3 --> v105
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    v3 --> v114
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    v7 --> v136
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    v7 --> v152
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