flowchart TB
    subgraph " "
    v4["ch_fasta"]
    v5["ch_gtf"]
    v53["Channel.fromList"]
    v115["alignment_mode"]
    v116["lib_type"]
    v161["star_ignore_sjdbgtf"]
    v162["seq_platform"]
    v163["seq_center"]
    v212["ch_samplesheet"]
    v215["index"]
    v216["alignment_mode"]
    v217["lib_type"]
    v226["quant_type"]
    v227["id"]
    v228["extra"]
    v233["quant_type"]
    v264["pca_header_multiqc"]
    v265["clustering_header_multiqc"]
    v339["header"]
    v346["sizes"]
    v347["extension"]
    v348["sort"]
    v350["sizes"]
    v351["extension"]
    v352["sort"]
    v503["Channel.of"]
    v508["Channel.fromPath"]
    v511[" "]
    v513[" "]
    v525["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_RNASEQ
    subgraph PREPARE_GENOME
    v6([GTF_FILTER])
    v8([GTF2BED])
    v10([MAKE_TRANSCRIPTS_FASTA])
    v14([CUSTOM_GETCHROMSIZES])
    v29([STAR_GENOMEGENERATE])
    v13(( ))
    v16(( ))
    v17(( ))
    v27(( ))
    v28(( ))
    v30(( ))
    v142(( ))
    v223(( ))
    v375(( ))
    v381(( ))
    end
    subgraph RNASEQ
    subgraph FASTQ_QC_TRIM_FILTER_SETSTRANDEDNESS
    v65([CAT_FASTQ])
    v69([FQ_LINT])
    subgraph FASTQ_FASTQC_UMITOOLS_TRIMGALORE
    v82([FASTQC])
    end
    subgraph FASTQ_SUBSAMPLE_FQ_SALMON
    v110([SALMON_INDEX])
    v112([FQ_SUBSAMPLE])
    v117([SALMON_QUANT])
    end
    v54(( ))
    v72(( ))
    end
    subgraph ALIGN_STAR
    v164([STAR_ALIGN])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS
    v181([SAMTOOLS_SORT])
    v187([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v195([SAMTOOLS_STATS])
    v197([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v199([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v143(( ))
    v191(( ))
    end
    end
    subgraph QUANTIFY_STAR_SALMON
    v218([SALMON_QUANT])
    v229([CUSTOM_TX2GENE])
    v234([TXIMETA_TXIMPORT])
    v240([SE_GENE])
    v246([SE_GENE_LENGTH_SCALED])
    v252([SE_GENE_SCALED])
    v258([SE_TRANSCRIPT])
    v213(( ))
    v224(( ))
    v231(( ))
    v238(( ))
    v244(( ))
    v250(( ))
    v256(( ))
    v263(( ))
    end
    v266([DESEQ2_QC_STAR_SALMON])
    subgraph BAM_MARKDUPLICATES_PICARD
    v294([PICARD_MARKDUPLICATES])
    v299([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v307([SAMTOOLS_STATS])
    v309([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v311([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v291(( ))
    v298(( ))
    v345(( ))
    v393(( ))
    end
    v323([STRINGTIE_STRINGTIE])
    v335([SUBREAD_FEATURECOUNTS])
    v340([MULTIQC_CUSTOM_BIOTYPE])
    v349([BEDTOOLS_GENOMECOV_FW])
    v353([BEDTOOLS_GENOMECOV_REV])
    subgraph BEDGRAPH_BEDCLIP_BEDGRAPHTOBIGWIG_FORWARD
    v358([UCSC_BEDCLIP])
    v361([UCSC_BEDGRAPHTOBIGWIG])
    end
    subgraph BEDGRAPH_BEDCLIP_BEDGRAPHTOBIGWIG_REVERSE
    v367([UCSC_BEDCLIP])
    v370([UCSC_BEDGRAPHTOBIGWIG])
    v368(( ))
    end
    v376([QUALIMAP_RNASEQ])
    v382([DUPRADAR])
    subgraph BAM_RSEQC
    v398([RSEQC_BAMSTAT])
    v413([RSEQC_INNERDISTANCE])
    v420([RSEQC_INFEREXPERIMENT])
    v439([RSEQC_JUNCTIONANNOTATION])
    v450([RSEQC_JUNCTIONSATURATION])
    v457([RSEQC_READDISTRIBUTION])
    v470([RSEQC_READDUPLICATION])
    v414(( ))
    v440(( ))
    v451(( ))
    v471(( ))
    end
    v526([MULTIQC])
    v7(( ))
    v330(( ))
    v522(( ))
    v523(( ))
    v524(( ))
    v538(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v11[" "]
    v15[" "]
    v45[" "]
    v73["lint_log"]
    v76["ch_reads"]
    v83["fastqc_html"]
    v118["json_info"]
    v119["results"]
    v165[" "]
    v166[" "]
    v167[" "]
    v168[" "]
    v169[" "]
    v170[" "]
    v171["tab"]
    v172["ch_unaligned_sequences"]
    v173[" "]
    v174[" "]
    v175["bam_sorted"]
    v176["log_progress"]
    v177["log_out"]
    v182[" "]
    v183[" "]
    v184[" "]
    v188[" "]
    v219[" "]
    v220[" "]
    v235["lengths_transcript"]
    v236["lengths_gene"]
    v241[" "]
    v242["merged_gene_rds"]
    v247[" "]
    v248[" "]
    v249["merged_gene_rds_length_scaled"]
    v253[" "]
    v254[" "]
    v255["merged_gene_rds_scaled"]
    v259[" "]
    v260[" "]
    v261["merged_transcript_rds"]
    v267[" "]
    v268[" "]
    v269[" "]
    v270[" "]
    v271[" "]
    v272[" "]
    v284["ch_genome_bam_index"]
    v286[" "]
    v295[" "]
    v324[" "]
    v325[" "]
    v326[" "]
    v327[" "]
    v336[" "]
    v354[" "]
    v362["bigwig"]
    v371["bigwig"]
    v374["versions"]
    v383[" "]
    v384[" "]
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    v386[" "]
    v387[" "]
    v388[" "]
    v415["innerdistance_all"]
    v441["junctionannotation_all"]
    v452["junctionsaturation_all"]
    v472["readduplication_all"]
    v527[" "]
    v528[" "]
    v529[" "]
    v531["versions"]
    v533[" "]
    v535[" "]
    v537[" "]
    v539[" "]
    end
    v130(( ))
    v4 --> v6
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