STAR version=2.7.11b STAR compilation time,server,dir=2025-01-09T12:32:06+0000 :/opt/conda/conda-bld/star_1736425784849/work/source ##### Command Line: /opt/conda/bin/STAR-avx2 --genomeDir star --readFilesIn input1/POR-74-TP1_1.merged.fastq.gz input2/POR-74-TP1_2.merged.fastq.gz --runThreadN 12 --outFileNamePrefix POR-74-TP1. --sjdbGTFfile Porites_evermanni_validated.gtf --outSAMattrRGline ID:POR-74-TP1 SM:POR-74-TP1 PL:illumina --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --readFilesCommand zcat --sjdbOverhang 149 --twopassMode Basic --outBAMsortingBinsN 50 --limitOutSJcollapsed 1000000 ##### Initial USER parameters from Command Line: outFileNamePrefix POR-74-TP1. ###### All USER parameters from Command Line: genomeDir star ~RE-DEFINED readFilesIn input1/POR-74-TP1_1.merged.fastq.gz input2/POR-74-TP1_2.merged.fastq.gz ~RE-DEFINED runThreadN 12 ~RE-DEFINED outFileNamePrefix POR-74-TP1. ~RE-DEFINED sjdbGTFfile Porites_evermanni_validated.gtf ~RE-DEFINED outSAMattrRGline ID:POR-74-TP1 SM:POR-74-TP1 PL:illumina ~RE-DEFINED outSAMtype BAM SortedByCoordinate ~RE-DEFINED readFilesCommand zcat ~RE-DEFINED sjdbOverhang 149 ~RE-DEFINED twopassMode Basic ~RE-DEFINED outBAMsortingBinsN 50 ~RE-DEFINED limitOutSJcollapsed 1000000 ~RE-DEFINED ##### Finished reading parameters from all sources ##### Final user re-defined parameters-----------------: runThreadN 12 genomeDir star readFilesIn input1/POR-74-TP1_1.merged.fastq.gz input2/POR-74-TP1_2.merged.fastq.gz readFilesCommand zcat limitOutSJcollapsed 1000000 outFileNamePrefix POR-74-TP1. outSAMtype BAM SortedByCoordinate outSAMattrRGline ID:POR-74-TP1 SM:POR-74-TP1 PL:illumina outBAMsortingBinsN 50 sjdbGTFfile Porites_evermanni_validated.gtf sjdbOverhang 149 twopassMode Basic ------------------------------- ##### Final effective command line: /opt/conda/bin/STAR-avx2 --runThreadN 12 --genomeDir star --readFilesIn input1/POR-74-TP1_1.merged.fastq.gz input2/POR-74-TP1_2.merged.fastq.gz --readFilesCommand zcat --limitOutSJcollapsed 1000000 --outFileNamePrefix POR-74-TP1. --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outSAMattrRGline ID:POR-74-TP1 SM:POR-74-TP1 PL:illumina --outBAMsortingBinsN 50 --sjdbGTFfile Porites_evermanni_validated.gtf --sjdbOverhang 149 --twopassMode Basic ---------------------------------------- Number of fastq files for each mate = 1 Input read files for mate 1 : -rw-r--r-- 1 strigg all 907473883 Jul 22 10:42 input1/POR-74-TP1_1.merged.fastq.gz readsCommandsFile: exec > "POR-74-TP1._STARtmp/tmp.fifo.read1" echo FILE 0 zcat "input1/POR-74-TP1_1.merged.fastq.gz" Input read files for mate 2 : -rw-r--r-- 1 strigg all 918251174 Jul 22 10:42 input2/POR-74-TP1_2.merged.fastq.gz readsCommandsFile: exec > "POR-74-TP1._STARtmp/tmp.fifo.read2" echo FILE 0 zcat "input2/POR-74-TP1_2.merged.fastq.gz" WARNING --outSAMattrRG defines a read group, therefore STAR will output RG attribute ParametersSolo: --soloCellFilterType CellRanger2.2 filtering parameters: 3000 0.99 10 WARNING: --limitBAMsortRAM=0, will use genome size as RAM limit for BAM sorting Finished loading and checking parameters Reading genome generation parameters: ### /opt/conda/bin/STAR-avx2 --runMode genomeGenerate --runThreadN 12 --genomeDir star/ --genomeFastaFiles Porites_evermanni_v1.fa --genomeSAindexNbases 14 --limitGenomeGenerateRAM 77209411328 --sjdbGTFfile Porites_evermanni_validated.gtf --sjdbOverhang 149 ### GstrandBit=32 versionGenome 2.7.4a ~RE-DEFINED genomeType Full ~RE-DEFINED genomeFastaFiles Porites_evermanni_v1.fa ~RE-DEFINED genomeSAindexNbases 14 ~RE-DEFINED genomeChrBinNbits 18 ~RE-DEFINED genomeSAsparseD 1 ~RE-DEFINED genomeTransformType None ~RE-DEFINED genomeTransformVCF - ~RE-DEFINED sjdbOverhang 149 ~RE-DEFINED sjdbFileChrStartEnd - ~RE-DEFINED sjdbGTFfile Porites_evermanni_validated.gtf ~RE-DEFINED sjdbGTFchrPrefix - ~RE-DEFINED sjdbGTFfeatureExon exon ~RE-DEFINED sjdbGTFtagExonParentTranscripttranscript_id ~RE-DEFINED sjdbGTFtagExonParentGene gene_id ~RE-DEFINED 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Porites_evermani_scaffold_8157 2008 2301624320 8158 Porites_evermani_scaffold_8158 2008 2301886464 8159 Porites_evermani_scaffold_8159 2008 2302148608 8160 Porites_evermani_scaffold_8160 2007 2302410752 8161 Porites_evermani_scaffold_8161 2007 2302672896 8162 Porites_evermani_scaffold_8162 2007 2302935040 8163 Porites_evermani_scaffold_8163 2006 2303197184 8164 Porites_evermani_scaffold_8164 2006 2303459328 8165 Porites_evermani_scaffold_8165 2006 2303721472 8166 Porites_evermani_scaffold_8166 2006 2303983616 8167 Porites_evermani_scaffold_8167 2006 2304245760 8168 Porites_evermani_scaffold_8168 2006 2304507904 8169 Porites_evermani_scaffold_8169 2006 2304770048 8170 Porites_evermani_scaffold_8170 2006 2305032192 8171 Porites_evermani_scaffold_8171 2006 2305294336 8172 Porites_evermani_scaffold_8172 2005 2305556480 8173 Porites_evermani_scaffold_8173 2005 2305818624 8174 Porites_evermani_scaffold_8174 2005 2306080768 8175 Porites_evermani_scaffold_8175 2005 2306342912 8176 Porites_evermani_scaffold_8176 2004 2306605056 8177 Porites_evermani_scaffold_8177 2003 2306867200 8178 Porites_evermani_scaffold_8178 2003 2307129344 8179 Porites_evermani_scaffold_8179 2002 2307391488 8180 Porites_evermani_scaffold_8180 2002 2307653632 8181 Porites_evermani_scaffold_8181 2002 2307915776 8182 Porites_evermani_scaffold_8182 2002 2308177920 8183 Porites_evermani_scaffold_8183 2001 2308440064 8184 Porites_evermani_scaffold_8184 2001 2308702208 8185 Porites_evermani_scaffold_8185 2001 2308964352 8186 Porites_evermani_scaffold_8186 2001 2309226496 Started loading the genome: Tue Jul 22 11:03:14 2025 Genome: size given as a parameter = 2367932077 SA: size given as a parameter = 5125007220 SAindex: size given as a parameter = 1 Read from SAindex: pGe.gSAindexNbases=14 nSAi=357913940 nGenome=2367932077; nSAbyte=5125007220 GstrandBit=32 SA number of indices=1242425992 Shared memory is not used for genomes. Allocated a private copy of the genome. Genome file size: 2367932077 bytes; state: good=1 eof=0 fail=0 bad=0 Loading Genome ... done! state: good=1 eof=0 fail=0 bad=0; loaded 2367932077 bytes SA file size: 5125007220 bytes; state: good=1 eof=0 fail=0 bad=0 Loading SA ... done! state: good=1 eof=0 fail=0 bad=0; loaded 5125007220 bytes Loading SAindex ... done: 1565873619 bytes Finished loading the genome: Tue Jul 22 11:03:28 2025 Processing splice junctions database sjdbN=195463, pGe.sjdbOverhang=149 alignIntronMax=alignMatesGapMax=0, the max intron size will be approximately determined by (2^winBinNbits)*winAnchorDistNbins=589824 Jul 22 11:03:29 Loaded database junctions from the generated genome star//sjdbList.out.tab: 195463 total junctions Jul 22 11:03:29 ..... processing annotations GTF Processing pGe.sjdbGTFfile=Porites_evermanni_validated.gtf, found: 40389 transcripts 235943 exons (non-collapsed) 195463 collapsed junctions Total junctions: 390926 Jul 22 11:03:30 ..... finished GTF processing WARNING: long repeat for junction # 8642 : Porites_evermani_scaffold_17 697280 697631; left shift = 47; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 9756 : Porites_evermani_scaffold_20 544512 545044; left shift = 255; right shift = 159 WARNING: long repeat for junction # 13400 : Porites_evermani_scaffold_30 186630 187227; left shift = 255; right shift = 61 WARNING: long repeat for junction # 18709 : Porites_evermani_scaffold_48 483934 485097; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 30232 : Porites_evermani_scaffold_100 102921 103281; left shift = 255; right shift = 61 WARNING: long repeat for junction # 47574 : Porites_evermani_scaffold_215 69391 70461; left shift = 95; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 50634 : Porites_evermani_scaffold_235 347351 348141; left shift = 108; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 71889 : Porites_evermani_scaffold_437 169725 170526; left shift = 255; right shift = 32 WARNING: long repeat for junction # 75643 : Porites_evermani_scaffold_479 46177 46910; left shift = 255; right shift = 7 WARNING: long repeat for junction # 76506 : Porites_evermani_scaffold_490 211115 211959; left shift = 255; right shift = 126 WARNING: long repeat for junction # 78067 : Porites_evermani_scaffold_507 186256 186683; left shift = 255; right shift = 143 WARNING: long repeat for junction # 78924 : Porites_evermani_scaffold_517 92241 92892; left shift = 131; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 80725 : Porites_evermani_scaffold_540 43745 44049; left shift = 35; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 84887 : Porites_evermani_scaffold_594 20727 21370; left shift = 27; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 87716 : Porites_evermani_scaffold_630 105171 105911; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 90816 : Porites_evermani_scaffold_671 207482 208068; left shift = 255; right shift = 143 WARNING: long repeat for junction # 91861 : Porites_evermani_scaffold_686 34168 35913; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 92034 : Porites_evermani_scaffold_688 15298 16176; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 96218 : Porites_evermani_scaffold_748 47038 47408; left shift = 97; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 97672 : Porites_evermani_scaffold_769 131843 132563; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 100764 : Porites_evermani_scaffold_830 116152 116747; left shift = 204; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 101433 : Porites_evermani_scaffold_842 33328 34389; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 101484 : Porites_evermani_scaffold_844 2190 2858; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 104525 : Porites_evermani_scaffold_898 69757 70129; left shift = 105; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 108970 : Porites_evermani_scaffold_977 120862 121400; left shift = 18; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 112716 : Porites_evermani_scaffold_1055 146832 147285; left shift = 140; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 120616 : Porites_evermani_scaffold_1221 72464 73234; left shift = 207; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 126338 : Porites_evermani_scaffold_1356 1358 1764; left shift = 255; right shift = 5 WARNING: long repeat for junction # 133037 : Porites_evermani_scaffold_1529 46659 47242; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 143384 : Porites_evermani_scaffold_1853 15185 15757; left shift = 255; right shift = 66 WARNING: long repeat for junction # 146794 : Porites_evermani_scaffold_1969 44105 44400; left shift = 20; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 154258 : Porites_evermani_scaffold_2242 24523 25133; left shift = 69; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 156359 : Porites_evermani_scaffold_2339 68756 69440; left shift = 233; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 157035 : Porites_evermani_scaffold_2372 53019 53418; left shift = 5; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 180322 : Porites_evermani_scaffold_3709 22560 23081; left shift = 83; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 184213 : Porites_evermani_scaffold_4076 9878 10492; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 190812 : Porites_evermani_scaffold_4958 13146 13463; left shift = 34; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 192065 : Porites_evermani_scaffold_5179 7271 7650; left shift = 56; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 204105 : Porites_evermani_scaffold_17 697280 697631; left shift = 47; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 205219 : Porites_evermani_scaffold_20 544512 545044; left shift = 255; right shift = 159 WARNING: long repeat for junction # 208863 : Porites_evermani_scaffold_30 186630 187227; left shift = 255; right shift = 61 WARNING: long repeat for junction # 214172 : Porites_evermani_scaffold_48 483934 485097; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 225695 : Porites_evermani_scaffold_100 102921 103281; left shift = 255; right shift = 61 WARNING: long repeat for junction # 243037 : Porites_evermani_scaffold_215 69391 70461; left shift = 95; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 246097 : Porites_evermani_scaffold_235 347351 348141; left shift = 108; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 267352 : Porites_evermani_scaffold_437 169725 170526; left shift = 255; right shift = 32 WARNING: long repeat for junction # 271106 : Porites_evermani_scaffold_479 46177 46910; left shift = 255; right shift = 7 WARNING: long repeat for junction # 271969 : Porites_evermani_scaffold_490 211115 211959; left shift = 255; right shift = 126 WARNING: long repeat for junction # 273530 : Porites_evermani_scaffold_507 186256 186683; left shift = 255; right shift = 143 WARNING: long repeat for junction # 274387 : Porites_evermani_scaffold_517 92241 92892; left shift = 131; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 276188 : Porites_evermani_scaffold_540 43745 44049; left shift = 35; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 280350 : Porites_evermani_scaffold_594 20727 21370; left shift = 27; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 283179 : Porites_evermani_scaffold_630 105171 105911; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 286279 : Porites_evermani_scaffold_671 207482 208068; left shift = 255; right shift = 143 WARNING: long repeat for junction # 287324 : Porites_evermani_scaffold_686 34168 35913; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 287497 : Porites_evermani_scaffold_688 15298 16176; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 291681 : Porites_evermani_scaffold_748 47038 47408; left shift = 97; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 293135 : Porites_evermani_scaffold_769 131843 132563; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 296227 : Porites_evermani_scaffold_830 116152 116747; left shift = 204; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 296896 : Porites_evermani_scaffold_842 33328 34389; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 296947 : Porites_evermani_scaffold_844 2190 2858; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 299988 : Porites_evermani_scaffold_898 69757 70129; left shift = 105; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 304433 : Porites_evermani_scaffold_977 120862 121400; left shift = 18; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 308179 : Porites_evermani_scaffold_1055 146832 147285; left shift = 140; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 316079 : Porites_evermani_scaffold_1221 72464 73234; left shift = 207; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 321801 : Porites_evermani_scaffold_1356 1358 1764; left shift = 255; right shift = 5 WARNING: long repeat for junction # 328500 : Porites_evermani_scaffold_1529 46659 47242; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 338847 : Porites_evermani_scaffold_1853 15185 15757; left shift = 255; right shift = 66 WARNING: long repeat for junction # 342257 : Porites_evermani_scaffold_1969 44105 44400; left shift = 20; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 349721 : Porites_evermani_scaffold_2242 24523 25133; left shift = 69; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 351822 : Porites_evermani_scaffold_2339 68756 69440; left shift = 233; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 352498 : Porites_evermani_scaffold_2372 53019 53418; left shift = 5; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 375785 : Porites_evermani_scaffold_3709 22560 23081; left shift = 83; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 379676 : Porites_evermani_scaffold_4076 9878 10492; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 386275 : Porites_evermani_scaffold_4958 13146 13463; left shift = 34; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 387528 : Porites_evermani_scaffold_5179 7271 7650; left shift = 56; right shift = 255 Jul 22 11:03:31 Finished preparing junctions Jul 22 11:03:31 ..... inserting junctions into the genome indices Jul 22 11:03:31 Finished SA search: number of new junctions=0, old junctions=195463 Jul 22 11:03:32 Finished sorting SA indicesL nInd=0 Genome size with junctions=2367932077 2309488640 58443437 GstrandBit1=32 GstrandBit=32 Jul 22 11:03:43 Finished inserting junction indices Jul 22 11:03:46 Finished SAi Jul 22 11:03:46 ..... finished inserting junctions into genome Created thread # 1 Created thread # 2 Starting to map file # 0 mate 1: input1/POR-74-TP1_1.merged.fastq.gz mate 2: input2/POR-74-TP1_2.merged.fastq.gz Created thread # 3 Created thread # 4 Created thread # 5 Created thread # 6 Created thread # 7 Created thread # 8 Created thread # 9 Created thread # 10 Created thread # 11 Thread #0 end of input stream, nextChar=-1 Completed: thread #1 Completed: thread #9 Completed: thread #11 Completed: thread #3 Completed: thread #2 Completed: thread #10 Completed: thread #7 Completed: thread #5 Completed: thread #0 Joined thread # 1 Joined thread # 2 Joined thread # 3 Completed: thread #6 Completed: thread #4 Joined thread # 4 Joined thread # 5 Joined thread # 6 Joined thread # 7 Completed: thread #8 Joined thread # 8 Joined thread # 9 Joined thread # 10 Joined thread # 11 Jul 22 11:05:35 Loaded database junctions from the 1st pass file: POR-74-TP1._STARpass1//SJ.out.tab: 553319 total junctions WARNING: long repeat for junction # 8642 : Porites_evermani_scaffold_17 697280 697631; left shift = 47; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 9756 : Porites_evermani_scaffold_20 544512 545044; left shift = 255; right shift = 159 WARNING: long repeat for junction # 13400 : Porites_evermani_scaffold_30 186630 187227; left shift = 255; right shift = 61 WARNING: long repeat for junction # 18709 : Porites_evermani_scaffold_48 483934 485097; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 30232 : Porites_evermani_scaffold_100 102921 103281; left shift = 255; right shift = 61 WARNING: long repeat for junction # 47574 : Porites_evermani_scaffold_215 69391 70461; left shift = 95; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 50634 : Porites_evermani_scaffold_235 347351 348141; left shift = 108; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 71889 : Porites_evermani_scaffold_437 169725 170526; left shift = 255; right shift = 32 WARNING: long repeat for junction # 75643 : Porites_evermani_scaffold_479 46177 46910; left shift = 255; right shift = 7 WARNING: long repeat for junction # 76506 : Porites_evermani_scaffold_490 211115 211959; left shift = 255; right shift = 126 WARNING: long repeat for junction # 78067 : Porites_evermani_scaffold_507 186256 186683; left shift = 255; right shift = 143 WARNING: long repeat for junction # 78924 : Porites_evermani_scaffold_517 92241 92892; left shift = 131; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 80725 : Porites_evermani_scaffold_540 43745 44049; left shift = 35; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 84887 : Porites_evermani_scaffold_594 20727 21370; left shift = 27; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 87716 : Porites_evermani_scaffold_630 105171 105911; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 90816 : Porites_evermani_scaffold_671 207482 208068; left shift = 255; right shift = 143 WARNING: long repeat for junction # 91861 : Porites_evermani_scaffold_686 34168 35913; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 92034 : Porites_evermani_scaffold_688 15298 16176; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 96218 : Porites_evermani_scaffold_748 47038 47408; left shift = 97; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 97672 : Porites_evermani_scaffold_769 131843 132563; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 100764 : Porites_evermani_scaffold_830 116152 116747; left shift = 204; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 101433 : Porites_evermani_scaffold_842 33328 34389; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 101484 : Porites_evermani_scaffold_844 2190 2858; left shift = 255; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 104525 : Porites_evermani_scaffold_898 69757 70129; left shift = 105; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 108970 : Porites_evermani_scaffold_977 120862 121400; left shift = 18; right shift = 255 WARNING: long repeat for junction # 112716 : Porites_evermani_scaffold_1055 146832 147285; left shift = 140; 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