flowchart TB
    subgraph " "
    v2["Channel.fromList"]
    v6["Channel.fromPath"]
    v17["Channel.fromPath"]
    v41["feature_type"]
    v76[" "]
    v81["star_index"]
    v82["align"]
    v140["star_ignore_sjdbgtf"]
    v141["seq_platform"]
    v142["seq_center"]
    v185[" "]
    v200[" "]
    v282["dbsnp"]
    v283["dbsnp_tbi"]
    v309["Channel.of"]
    v315["Channel.fromPath"]
    v318[" "]
    v322[" "]
    v329["replace_names"]
    v330["sample_names"]
    end
    subgraph NFCORE_RNAVAR
    subgraph PREPARE_GENOME
    v35([GATK4_CREATESEQUENCEDICTIONARY])
    v42([GTF2BED])
    v46([REMOVE_UNKNOWN_REGIONS])
    v52([BGZIPTABIX_KNOWN_INDELS])
    v56([TABIX_KNOWN_INDELS])
    v77([SAMTOOLS_FAIDX])
    v86([UNTAR])
    v88([STAR_INDEXVERSION])
    v96([STAR_GENOMEGENERATE])
    v7(( ))
    v18(( ))
    v36(( ))
    v48(( ))
    end
    subgraph RNAVAR
    subgraph PREPARE_ALIGNMENT
    v112([SAMTOOLS_INDEX])
    v114(( ))
    end
    v121([CAT_FASTQ])
    v124([FASTQC])
    v131([GATK4_BEDTOINTERVALLIST])
    v135([GATK4_INTERVALLISTTOOLS])
    subgraph FASTQ_ALIGN_STAR
    v143([STAR_ALIGN])
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_GENOME
    v159([SAMTOOLS_SORT])
    v165([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v173([SAMTOOLS_STATS])
    v176([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v179([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v169(( ))
    end
    subgraph BAM_SORT_STATS_SAMTOOLS_TRANSCRIPTOME
    v186([SAMTOOLS_SORT])
    v192([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v201([SAMTOOLS_STATS])
    v204([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v207([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v196(( ))
    end
    end
    subgraph BAM_MARKDUPLICATES_PICARD
    v218([PICARD_MARKDUPLICATES])
    v223([SAMTOOLS_INDEX])
    subgraph BAM_STATS_SAMTOOLS
    v231([SAMTOOLS_STATS])
    v233([SAMTOOLS_FLAGSTAT])
    v235([SAMTOOLS_IDXSTATS])
    end
    v222(( ))
    end
    subgraph SPLITNCIGAR
    v261([GATK4_SPLITNCIGARREADS])
    v265([SAMTOOLS_MERGE])
    v270([SAMTOOLS_INDEX])
    v263(( ))
    end
    v284([GATK4_HAPLOTYPECALLER])
    v293([GATK4_MERGEVCFS])
    v296([TABIX])
    v302([GATK4_VARIANTFILTRATION])
    v331([MULTIQC])
    v3(( ))
    v126(( ))
    v286(( ))
    v298(( ))
    v326(( ))
    v327(( ))
    v328(( ))
    v334(( ))
    end
    end
    subgraph " "
    v53[" "]
    v57[" "]
    v66["known_indels"]
    v73["known_indels_tbi"]
    v78[" "]
    v79[" "]
    v98["versions"]
    v107[" "]
    v113[" "]
    v125[" "]
    v144[" "]
    v145[" "]
    v146[" "]
    v147[" "]
    v148[" "]
    v149[" "]
    v150["tab"]
    v151["fastq"]
    v152[" "]
    v153[" "]
    v154["bam_sorted"]
    v155["log_progress"]
    v160[" "]
    v161[" "]
    v162[" "]
    v166[" "]
    v174["stats"]
    v177["flagstat"]
    v180["idxstats"]
    v187[" "]
    v188[" "]
    v189[" "]
    v193[" "]
    v202["stats_transcript"]
    v205["flagstat_transcript"]
    v208["idxstats_transcript"]
    v219[" "]
    v254[" "]
    v266[" "]
    v267[" "]
    v268[" "]
    v285[" "]
    v294[" "]
    v303[" "]
    v304[" "]
    v332[" "]
    v333[" "]
    v336["versions"]
    v338[" "]
    end
    v2 --> v3
    v6 --> v7
    v17 --> v18
    v7 --> v35
    v35 --> v46
    v35 --> v131
    v35 --> v261
    v35 --> v284
    v35 --> v293
    v35 --> v302
    v35 --> v36
    v41 --> v42
    v18 --> v42
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    v42 --> v36
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    v46 --> v36
    v48 --> v52
    v52 --> v53
    v52 --> v36
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    v7 --> v77
    v77 --> v79
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    v77 --> v265
    v77 --> v284
    v77 --> v302
    v77 --> v36
    v81 --> v7
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    v7 --> v86
    v86 --> v7
    v86 --> v36
    v88 --> v7
    v88 --> v36
    v7 --> v96
    v18 --> v96
    v96 --> v7
    v96 --> v36
    v36 --> v98
    v3 --> v107
    v3 --> v112
    v112 --> v113
    v112 --> v3
    v112 --> v114
    v3 --> v121
    v121 --> v3
    v121 --> v114
    v3 --> v124
    v124 --> v125
    v124 --> v114
    v124 --> v126
    v131 --> v135
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    v135 --> v3
    v135 --> v114
    v140 --> v143
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    v3 --> v143
    v7 --> v143
    v18 --> v143
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    v7 --> v159
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    v159 --> v114
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    v7 --> v173
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    v200 --> v201
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    v222 --> v223
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    v7 --> v231
    v222 --> v231
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    v7 --> v265
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    v7 --> v302
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