Genome: /home/shared/8TB_HDD_01/sam/gitrepos/deep-dive/F-Pmea/data/Pocillopora_meandrina_HIv1.assembly.fa Alignments: /home/shared/8TB_HDD_01/sam/gitrepos/deep-dive/F-Pmea/output/13.2.1-Pmea-sRNAseq-ShortStack-31bp-fastp-merged-cnidarian_miRBase/ShortStack_out/merged_alignments.bam Location: Pocillopora_meandrina_HIv1___Sc0000035:1989820-1989912 plus Post-script file name: /home/shared/8TB_HDD_01/sam/gitrepos/deep-dive/F-Pmea/output/13.2.1-Pmea-sRNAseq-ShortStack-31bp-fastp-merged-cnidarian_miRBase/ShortStack_out/strucVis/Cluster_6429.ps Locus Name: Cluster_6429 AUUUUUCUGUACCAAAUAGCUUUAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUUUGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAAAUUAUUUGGUAAAUGAACAA ....(((..((((((((((.(((.(((((((((((.(((((((.......))))))).))))))))))).))).))))))))))...)))... 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