Genome: /home/shared/8TB_HDD_01/sam/gitrepos/deep-dive/F-Pmea/data/Pocillopora_meandrina_HIv1.assembly.fa
Alignments: /home/shared/8TB_HDD_01/sam/gitrepos/deep-dive/F-Pmea/output/13.1.1-Pmea-sRNAseq-ShortStack-R1-reads-cnidarian_miRBase/ShortStack_out/merged_alignments.bam
Location: Pocillopora_meandrina_HIv1___Sc0000035:1989820-1989912 plus
Post-script file name: /home/shared/8TB_HDD_01/sam/gitrepos/deep-dive/F-Pmea/output/13.1.1-Pmea-sRNAseq-ShortStack-R1-reads-cnidarian_miRBase/ShortStack_out/strucVis/Cluster_6998.ps
Locus Name: Cluster_6998
AUUUUUCUGUACCAAAUAGCUUUAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUUUGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAAAUUAUUUGGUAAAUGAACAA
....(((..((((((((((.(((.(((((((((((.(((((((.......))))))).))))))))))).))).))))))))))...)))... (-29.60)
.UUUUUCUGUACCAAAUAGCUc....................................................................... len:21 al:3
.UUUUUCUGUACCAAAUAGCUU....................................................................... len:21 al:3
..UUUUCUGUACCAAAUAGCUc....................................................................... len:20 al:2
..UUUUCUGUACCAAAUAGCUa....................................................................... len:20 al:1
..UUUUCUGUACCAAAUAGCUU....................................................................... len:20 al:1
...UUUCUGUACCAAAUAGCUU....................................................................... len:19 al:2
...UUUCUGUACCAAAUAGCUc....................................................................... len:19 al:1
.....................UUAUUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:24 al:1
......................UAcUUACAACUCUCAAAACA................................................... len:20 al:1
......................UAUUUACgACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:3
......................UgUUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:3
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAa............................................... len:24 al:4
......................UAUgUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAAC.................................................... len:19 al:60
......................UAUUaACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UgUUUACAACUCUCAAAACA................................................... len:20 al:1
......................UAUUUACAACUCUCA........................................................ len:15 al:9
......................UAUUUACAACUCUCAAAACA................................................... len:20 al:298
......................UAUUUACgACUCUCAA....................................................... len:16 al:1
......................UAUUUACAACcCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:4
......................UAUUUACAACcCUCAAAACA................................................... len:20 al:1
......................UAUUUACgACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACc................................................ len:23 al:110
......................UAUUUACAgCUCUCAAAACAA.................................................. len:21 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAgAAC.................................................... len:19 al:1
......................UAUUcACAACUCUCAAAAC.................................................... len:19 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAu.................................................. len:21 al:3
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:843
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUa........................................... len:28 al:5
......................UAUUUACAAuUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCuAAACA................................................... len:20 al:1
......................UAUUcACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUUACAACaCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAgC................................................. len:22 al:14
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACg................................................ len:23 al:92
......................UgUUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:2
......................UAUUUACAACcCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:11
......................cAUUUACAACUCUCAAAACA................................................... len:20 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAcUAU............................................ len:27 al:1
......................UAUUUACAACUCUuAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUUACAACUCcCAAAACAAC................................................. len:22 al:6
......................aAUUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:7
......................UAUUUACAACUCUCAAgACAACA................................................ len:23 al:4
......................UAUUcACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAgCA................................................ len:23 al:6
......................UAUUUACAuCUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAU............................................... len:24 al:12
......................UAUUUACAACUCUCAAAACg................................................... len:20 al:10
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACgU............................................... len:24 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAuACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAAaA................................................... len:20 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUUa......................................... len:30 al:1
......................UAUUUACAAaUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................cAUUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:9
......................UAUUUACAACUCUCAgAACAAC................................................. len:22 al:8
......................UAcUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUUACAACUCcCAAAACAACA................................................ len:23 al:4
......................UAcUUACAACUCUCAAAACAA.................................................. len:21 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAAa.................................................... len:19 al:2
......................UAUUUACAACUCaCAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUaACAACUCUCAAAACA................................................... len:20 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUU........................................... len:28 al:3
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAg.................................................. len:21 al:6
......................UAUUUACAACUCUCgAAACAA.................................................. len:21 al:1
......................UAUUUACAACUCcCAAAACA................................................... len:20 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAA..................................................... len:18 al:6
......................UAUUcACAACUCUCAAAACA................................................... len:20 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAuACA................................................... len:20 al:1
......................UAUUUACAACUCUCgAAACA................................................... len:20 al:2
......................UAUUgACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUU.............................................. len:25 al:7
......................UAUUUACAACUCUuAAAACA................................................... len:20 al:1
......................UAUcUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUgUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAgCUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:9
......................UuUUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAgCAAC................................................. len:22 al:3
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAAuA................................................ len:23 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAu....................................................... len:16 al:1
......................cAUUUACAACUCUCAAAACAA.................................................. len:21 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUUgG........................................ len:31 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACgA.................................................. len:21 al:3
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAA.................................................. len:21 al:279
......................aAUUUACAACUCUCAAAAC.................................................... len:19 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACu................................................ len:23 al:359
......................UAaUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAAu.................................................... len:19 al:4
......................UAUUUACAACUCUCAAAgCAACA................................................ len:23 al:6
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAg............................................... len:24 al:2
......................gAUUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................aAUUUACAACUCUCAAAACAA.................................................. len:21 al:5
......................UAUUUACAACUCUCAAAcCAACA................................................ len:23 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAcCAAC................................................. len:22 al:3
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAcC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUA............................................. len:26 al:4
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAc............................................ len:27 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAc............................................... len:24 al:5
......................UAUUUgCAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAaU.............................................. len:25 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAgCAA.................................................. len:21 al:5
......................UAUUUACAACUCaCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAU............................................ len:27 al:4
......................UAUUUACAACUCUCAAA...................................................... len:17 al:6
......................UAUUUACAACUCUCAAgACAAC................................................. len:22 al:2
......................cAUUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:7
......................UAUcUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:6
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUUUa........................................ len:31 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAc.................................................. len:21 al:1
......................UAUaUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUgCAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:3
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUc.......................................... len:29 al:1
......................UuUUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAcU.............................................. len:25 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAgACA................................................... len:20 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAA....................................................... len:16 al:6
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUUU......................................... len:30 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAAaAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAAg................................................. len:22 al:6
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:1696
......................UAUUUACAACUaUCAAAACAACAUU.............................................. len:25 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAACu................................................... len:20 al:3
......................UAaUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAAa................................................. len:22 al:25
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUc........................................... len:28 al:1
......................UAUaUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUUUG........................................ len:31 al:1
......................UAUUUACAACUCUCgAAACAAC................................................. len:22 al:5
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAgCAU............................................... len:24 al:2
......................UAcUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:22 al:4
......................UAUUUACAACUCUCAAAACgAC................................................. len:22 al:6
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAACuU............................................... len:24 al:3
......................UAUUUACAACUCUCAAAACAAu................................................. len:22 al:74
......................UAUcUACAACUCUCAAAACAA.................................................. len:21 al:1
......................aAUUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:5
......................UAUUUACAACUCUCAuAACAACA................................................ len:23 al:1
......................UAUUUACAACUCUCAAAACgACA................................................ len:23 al:2
......................UAUUaACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:23 al:2
......................UAUUUACAACUCUCAgAACAACA................................................ len:23 al:3
.......................AUUUACAACUCUCAAAACAAu................................................. len:21 al:1
.......................AUUUACAACUCUCAAAACAu.................................................. len:20 al:1
.......................AUUUACAACUCaCAAAACAAC................................................. len:21 al:1
.......................AUUUACAACUCUCAAAACA................................................... len:19 al:1
.......................AUUUACAACUCUCAAAACAACu................................................ len:22 al:3
.......................AUUUACAACUCUCAAAACAA.................................................. len:20 al:2
.......................AUUUACAACUCUCAAAACAACAUUAUUU.......................................... len:28 al:1
.......................AUUUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:21 al:7
.......................AUUUACAACUCUCAAAACAACA................................................ len:22 al:2
........................UUUACAACUCUCAAAACAACc................................................ len:21 al:1
........................UUUACAACUCUCAAAACAACu................................................ len:21 al:2
........................UUUACAACUCUCAAAACAA.................................................. len:19 al:2
........................UUUACAACUCUCAAAACAACg................................................ len:21 al:1
.........................UUACAACUCUCAAAACAAC................................................. len:19 al:1
..........................UACAACUCUCAAAACAACAUUAUUUUGU....................................... len:28 al:1
............................CAACUCUCAAAACAACAUUAUUUUGUU...................................... len:27 al:1
................................................UUUUGUUUUAAGAGUUGUGAAA....................... len:22 al:1
..................................................UUGUUUUAAGAGUUGUGAAAA...................... len:21 al:1
..................................................UUGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAu.................... len:23 al:1
..................................................UUGUUUUAAGAGUgGUG.......................... len:17 al:1
..................................................UUGUUUUAAGAGUUGUGAAAAA..................... len:22 al:2
..................................................UUGUUUUAAGAGUUGUGAA........................ len:19 al:2
..................................................UUGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAAu................... len:24 al:1
..................................................cUGUUUUAAGAGUUGUGAA........................ len:19 al:1
..................................................UUGUUUUAAGAGUUGUGAAA....................... len:20 al:3
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAg........................ len:18 al:2
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAuAA..................... len:21 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAAuU.................. len:24 al:3
...................................................UGUUaUAAGAGUUGUGAAAA...................... len:20 al:1
...................................................UGUUUUAuGAGUUGUG.......................... len:16 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAg.................... len:22 al:1
...................................................UGUUcUAAGAGUUGUGAAA....................... len:19 al:1
...................................................UGUaUUAAGAGUUGUGAAAAAA.................... len:22 al:1
...................................................UGUUUUgAGAGUUGUGAAAAAA.................... len:22 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAu........................ len:18 al:5
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAu....................... len:19 al:5
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAu...................... len:20 al:3
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGA......................... len:17 al:8
...................................................cGUUUUAAGAGUUGUGAAAA...................... len:20 al:2
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAA....................... len:19 al:46
...................................................UGUUUUgAGAGUUGUGAAAAA..................... len:21 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAgA..................... len:21 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGgAAAA..................... len:21 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAAA................... len:23 al:7
...................................................aGUUUUAAGAGUUGUGAAA....................... len:19 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAu.................... len:22 al:4
...................................................UGUUUUAAGAGUcGUGAA........................ len:18 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAA........................ len:18 al:49
...................................................aGUUUUAAGAGUUGUGAAAA...................... len:20 al:3
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAc.................... len:22 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAuA....................... len:19 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAA...................... len:20 al:32
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAAAg.................. len:24 al:1
...................................................UGUUUUAgGAGUUGUGAA........................ len:18 al:1
...................................................UGUcUUAAGAGUUGUGAAAAA..................... len:21 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAAu................... len:23 al:3
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUG.......................... len:16 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAuA..................... len:21 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAuA...................... len:20 al:3
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAAAUc................. len:25 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAc........................ len:18 al:1
...................................................cGUUUUAAGAGUUGUGAA........................ len:18 al:1
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAA..................... len:21 al:54
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAAAAA.................... len:22 al:44
...................................................UGUUUUAAGAGUUGUGAAc....................... len:19 al:2
....................................................GUUUUAAGAGUUGUGAA........................ len:17 al:1
.....................................................UUUUAAGAGUUGUGAAA....................... len:17 al:1
.....................................................UUUUAAGAGUUGUGAAAAA..................... len:19 al:2
.....................................................UUUUAAGAGUUGUGAAAA...................... len:18 al:8
.....................................................UUUUAAGAGUUGUGAAAAAAA................... len:21 al:1
.....................................................UUUUAAGAGUUGUGAAAAAA.................... len:20 al:8
.....................................................UUUUAAGAGUUGUGAAAu...................... len:18 al:1
.....................................................UUUUAAGAGUUGUGAAAAAAu................... len:21 al:1
.....................................................UUUUAAGAGUUGUGAAAAAAc................... len:21 al:1