lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                1111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1      9999999999999999999999       11111111                                                                    1               1                  1                                                                      111                                         2222                                                     4                66666666666                                   11111                                      1               111    7777777777777777777777777777777                    1111111    1111     11111111111              3333333333                               1   2222222     2222222                                         3333333333333333333333                  2222  11            11     1111                                11                22222     33333333333       5555555555555555             11111  1              1  1    22222222222222222                                 1111          3333333             22     1111                                                                   1                          2222222222222222222222      11       2             11     1111                                                        1111111     11     111                                      1   11           111111                                              
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       1   4  6666666666666666666666    7  66666666 4                 77         0 5        1    7         5      1    1 0   3    5    3    8  1          5    4        1       6   2          3      3             6        9 3 000 2      2                   6    7777    2222  6                         6                        0              6 11111111111  6        6     5            66   00000                    77   1  0         5               000  1 1111111111111111111111111111111                    6666666    0000  66 99999999999      8888    2222222222     44  6  3            2     1   1111111     1111111   3          0           2        2     7777777777777777777777         0   3    5555  11            11   1 8888     6         1          8     00 0        1     00000  0  33333333333       2222222222222222     1   1   33333  7      1       5  1    88888888888888888       0   1        3      3     0000    4  4  9999999             77     5555 3      1       6      6      6                8       0    333 8  1                    6     0000000000000000000000      11       0         1   11 1   2222             1           0              0               1111111     00     222                         0 6  999     0   11 0   1     333333      66    44    999                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .   .  ......................    .  ........ .                 ..         . .        .    .         .      .    . .   .    .    .    .  .          .    .        .       .   .          .      .             .        . . ... .      .                   .    ....    ....  .                         .                        .              . ...........  .        .     .            ..   .....                    ..   .  .         .               ...  . ...............................                    .......    ....  .. ...........      ....    ..........     ..  .  .            .     .   .......     .......   .          .           .        .     ......................         .   .    ....  ..            ..   . ....     .         .          .     .. .        .     .....  .  ...........       ................     .   .   .....  .      .       .  .    .................       .   .        .      .     ....    .  .  .......             ..     .... .      .       .      .      .                .       .    ... .  .                    .     ......................      ..       .         .   .. .   ....             .           .              .               .......     ..     ...                         . .  ...     .   .. .   .     ......      ..    ..    ...                         
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       5   0  5555555555555555555555    6  11111111 4                 66         2 0        4    3         3      6    6 1   7    7    0    1  7          0    3        4       7   5          5      5             7        0 5 222 2      5                   7    8888    5555  0                         0                        0              0 66666666666  7        6     7            11   11111                    99   7  1         0               000  7 1111111111111111111111111111111                    2222222    6666  99 88888888888      9999    2222222222     88  3  2            5     0   7777777     0000000   5          7           5        5     6666666666666666666666         8   2    8888  00            00   8 8888     7         0          0     66 8        4     00000  8  22222222222       4444444444444444     0   8   00000  0      4       0  8    00000000000000000       8   4        5      2     0000    0  2  0000000             88     0000 5      0       7      7      7                0       8    000 0  4                    0     2222222222222222222222      00       4         0   44 0   0000             4           8              8               0000000     00     222                         8 0  222     6   00 6   0     444444      88    55    222                         
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  NATTANATTNCATTTAGCNTGCAAGACCATTGAATAATTTT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTA-TTTCTTAGACGAG--CGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACA-TTTTTGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTA-TGTGCGTGC-GA-TTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTTTCT---TTTTATTTT-T-----AAA-----T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATN---TTATTTATATGCACTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATACGCGT--TACA--CGCACGA--TACTATCGCACGCGCTATT---AC--GTCACAAATCAC--TTTGTC---GCAGT-CAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA-------AAGNTAATTTTAT--------------TTTTAATTTCATATGAA-CGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGGTT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGCGCTTAANAATTA-N-----CTAACCGCAAGCGGTTATTTA---ATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACA--------ANCTTCGTAACT--CCCCGT--TTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTTAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGT--TTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
Reference ( gi|3 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CATTAAATTTTA---A-CAT--AAAA----TGTATAATCTT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCAAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACGAAAATGATTGTAATTAAATGTTTTTATGGTAT-TGCTTAAACAATTCCTGTAGACCACTTAGTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCAATCGAAATGTGTA-TTTCTTAGGCAAG--CGGACCAAACTTTTAACTTTTGTTTACA-TTTTTGTAATTCTGTTATAACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTTCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAA-GAATACTGCAGTGGCA----GCG----GA-TTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTGACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATGGTTATTGGGTTTTCT---TTTTATTTTTTT----AAA-----T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAATTCGCAT---TTTT---TTATTTATACGCACTGAAAAACAATGAGTACTGAA-------TACTA-----GCTTGATCTAGTAACTCTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATAAATGT--TATAAGTACATTG--TACTATCGCACGCGCTATA---AC--GTCACAAATCAC--TTTATT---GCAGT-CAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGATTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA-------AAATTAATTTTAC--------------TTTTAATTTTATATTGA-CGTTTCGTCGCTTACGTTCATTAAATATGCTCGTGGGTTCCAGTTCATTAATACACTGAGGGAAATAAAGGGGATATTCTTAAAAACTA-A-----CTAACCGCAAGCGAGTATTTG---ATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TAAATTACCGACCGACGCGTTTCTGAACA--------AGCT----------CCCCGT--TTTCTGCAGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTGTCATCTTGAATAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTGAAAACAACCGC--TTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ATTAGATTTTATTTA-CCT--AAAACCATTGAATAATTTTTCACTTTTA-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACATG-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTACTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATTGATAACTTCAATCGAAATGTGTA-TTTCTTTGACGAG--CTGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACA-TTTT------------ATGACTTGATTGCTTTTCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTATTGTGCG----GA-TTAAGATCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CGCTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTTTCT---TTTT-TTTT--------AA-----T-----A----TATAGCTGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AATGTAGTACACAT---TACTATATTATCTATATGCACTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----ATATGGTCTAGTTACTCTTACCCAGGATCTTTCCTTGCATACACGCGTGATACAAAT-CACT-----TTATCGC-TGT-CTATATTGACAGGCTACCAATGATGGTTTGTTTAGACAGT----TATTAA---------AA-AAGTAATT------------TTA-----TT------------TTTAATTTT--------------------------ATATGAA-CGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGGTTCCAGTTCATTAATATATTGAGGGGAATAAAGGGAATGTTCTTAAAATTTA-T-----CTAACCGCAAGTGGTTATTTA---ATTATTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCA-ACACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCATTATGTAACCGACCGACGCGTTTCCGAACA--------AGCTTCATAACTCCCCCCTT--TTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTATTTTGTTAACAAAATCCGTTATTAATTGTATACTAATAATGTGCTTTATCTTTATTTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCCCAGTAATCAAATAAACATGTATTCTATCATCGGGAAGAGTAAAACTGAC------TAAAACTAAAAACGACCGT--TTCGGAATTTTAATGAGCCTTAAAC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aatccttttaaaataacgtagaaATTATATTACA---AGCATGCAAGA----T---TAATGTT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCAGAAATGCACACT-TTTTGATAATAACAAAAATGAT-----------GTTT--ATGGTATATGCAAAATCAAT-CCTGTAGACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGATAAC---AAAATAAATAATTTCGATTGAAATGTGTA-TTTCTAAGACGA---CAGACCAACCTTTCAACTTTTGTTTACA-TTTTTGTAATTCCAT-ATGACTTGATTGCTTTCTGACTGTACATCCGCCAGTATTTGAAAGTACACAAATAAATACTGCAGTGGTA----GTGTGCAGA-TTAAGACCTTTAGA-TAAGGGGTTCATCAATATTAATGATTACAACAGTTATGGCAA--CACTAATATTATGTATTGTTATTGGGTTTTCT---TT--ATTTTAAA----AAA-----T-----A----TACTGATGTCCGCAATTAAA-------CTGT----AT--C--------G--AACGCAGTTTGCAT---TATA---TTATTTATAAGCACTGAAAAACAATCAGTACGGAA-------TTCGT-----GTTTGATCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCACTTGGATATAtgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aatcaactctaaatataaataaattaTAAT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACACA-TTTTGATACTAACAGAAATTGTTGTAATTAAATGTGTTTAAAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTAATTGGCTGTTTTTAAAAA-TGCGAGAAAATAAAAAACTACGATCGAAATGTGTATTTTCTTAGACGAG--CGGTCCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTTTGTAATTCCGTAATGATTCGGTTGCTTTCCGACCGTACTTCCGCCAGTTTTCGGAAGTACACGAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCG----GA-TTAAGACCGTTAGA-TATTTGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CATTAATATTATGTATCATAATTGGGTTTTCTTTCTTTTCTTTTTTT----AAA-----T-----G----TATCGATATTTGCAATAAAA-------CAGT----AT--C--------G--AACCTATTACGCAT---TATA---TTATTTATACGCACTGAAAAACATTGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTTGTAACTTTTGCTCAGGATCCTTCCTTGCATATACGCGT--GA-------------TACTATCGCACGCGCTTTT---AC--GTCACAAATCAC--TTTATG---GCAGT-CTATATTGAGAGGCTGCCAA-GGATGGTTTGTTTAGTATAGTAA-----TTAAA-------AAGGTAATTTTAT--------------TTTTAATTTTATATGAA-CGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCG-GG------GTTCATTAATACACTGAGGGGAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTAAATTC--------A-AAGCCTCATTAAACTCTCGAAATGTACAgcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGTTTT--------A-AAGTCCCATTAAAC-----------ACAAT-TCTTGATA-TAA--ACAACAATTAAAATTTAATGTGTTTGTAAAAT-TGCTGAAGCCACATCTAAAATCTCCTTATTGACTGTTGTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ctcTCTT--------A-AAGGCTCATTAAACCTCAGAAACG
gi|15                         : ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggaagcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgacTCTT--------A-AATGCTCATTAAACTTCCGAAACGTCCGAT-TTTTGaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTT--------A-AAGTCTCATTAAACTTCTGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTATATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACAATTCCTGTAAACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGA-AGCGAGAAAATAAATAACTTTGATCGAAACGTGTA-TTTCTTTGGCGAG--CGGACCAAACTTTTAAC-TTTGTTTACA-TTTTTGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCTGACTGTACCTCCATCAGTGTCCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTA----GTGTGC-AACTCAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAACGTTATGGCTT--CAC-AATATTATGTATCGTTATTGGGTTTTCT---TTATA-----TA----AAA-----TATATAA----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       taTT--------ACAAGC-TCATGAAACTTCTGAAATTCA--ATATTTTCATAATAGCAAAAATGATT-TAAa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAA---CAAAAATGATTATAATTAAATGTGTCTATAGTAC-TG-TTAAACCATTCATATAGATCCCTTTGTGACTGTTTTCAAAAA-AATGAGAAAAAAAA-AACTTTGATCGAAAAGTAAA-TTTCTTAA--AAGATCAGACCGAGCTTTTAACTATTGTTTATA-TTTTTGACATTCCATAATGACTCGGTTGTTTTCCGGCTATTCCTCCATCAATATTCGGAAGTACGCAA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTACATGTGTTGATAGTAT-TGCTAAAACCAGTCCTGTTGACCCCTTATTGACTGTT---------------AAAATAAATAACTTCGATCAAAATGTGTA-TTTCTTAGACGAA--CAGACCAAACTTTTAACTTTTGTTCACA---------ATTCCGTAATGACCCGGTTGCTTTCCGACTGTACTGCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAATGTGTG----GA-TTAAGAACATTAGC-TAACATGTTCATTAACA---A-GATAAGAAAAGTTATGGCTT--CACTTATATTATGTATCTTTATTGGGTTTTCT---TTTTA-----------AAAAAATAT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTACGCAT---TGTA---TTATTTATATGCACTGAAAA-CAATCAGTACGAAA-------TACTA-----G-TTGGTCTAGTTACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-------------CGCATGA--TACTATGGCACGCGCTATT---AC--GTCACAAATCAC--TTTATC---ACAGT-CAACATTGAGAAGCTACCAA-AGGTGG-TTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA-------AAG-TAATTTTAT--------------TTTTAATTTTACATTAA-CGATTCATCTCTTACATGCAATAAA-ATG-------------GTTCGTT-----ACTGAGGGGAATAAA--TGATGGTCTTAAAAAATA-T-----CTAACCGCAAGCAGTTATTCA---A-TTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTTCCC-ATACCCTGTTTCTCAC-TGAAGTG--------------CTACCGACCGACGCGTTTCCGAACATGCTTCGTATCT----------CCCTGT--TTTCTGCCAGAGGTGTTTATCAGAAAGA---TTACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTGTGTACTAATAATTTGCTTTATAACTA-TTTTTTCGTTTGCACTGTCTCTTAGTGATCATATAAACATGTATTCTTCCATCTGGAAGAGTAAAACTAACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGT--TTCAGAAGTTTAATGAGCCTTTAActcgatatgc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A-TTAAGGCC-TTAGAATAAGGGATCAATTAACA---A-GAAAAGAAAAGTTGAGGCTT--GATTAACATTATGCTTTGTTATTGAGTTGTCT---TTTTA-----------AAA-----A-----AAAATTATTGATGTCTGCAATAAAA-------ATAT----AT--TGTTTTCAAA--AATGAAGTTGGCA------TT---ATATT---------------ACAA--------GCA-------TATTA-----GTTTGGTCCAGTAA--CTTGCTCAGGAT-TGCCCTTG------AAT-T--TA----CACATGA--TACCATTACAAGCACTATT---GT--TTCACAAATCAC--TTTCTC---GCTGT-CAATATTGAAAGGCTACCAttcaagatcatgattgaaacatttaaaaattttaaaacttctacaagtacaacttacattttatgtacaaacaagaaatcagttgcctgtaaattttaaataattaaatttgccaattaattaattcatgtgtgctattttatcaacatttagtcaggagatgtgagtttcttatccttcttaataagtatccctgcctggcaacagtctctgagatgattgatatacgacatcgtgtctcatcattcttctctaaccgctgattcatctacatctacttgt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cataataaaatgttatatatttaggtgatgtgccagtttatttttagaaaaagcaaattgcattaAGATCTTTGGA-TCAGGGGTCCGT-AACA---C-GAGTAGTAAAGTCAGGGCTGGACACAAA-AGTATGAATCGTT-TT---TTTTAG---TGTTCTTTCTTTGAAAAAA-----T-----AAA--TATTAATGTCTGCAATAAAAAAATATTTTGTTTTCATGAC--------ATGAGTGTAGGCAGCATCAATTAT---TTATTC-CATGT-CTGAAAAAATCTGAGCACTGAAGGCTCTATATTATGCTTGTTTGGTCAGGTAACTTTTGATGAAGATATGCCAT--CATATA--TGC---ACATGTAC--TGAATGCTATCACACGCGTTATT---AC--ACAACAAATCAC--TTTGTC---GCTGA-CAATATTGAGAGGCTACCAATGGGTT-TTTGCTTAGCATAGTCAACGATTTAGATTATAGTAAGTTCTTGTTACAGTTATCAAAAATATTTTATTTTCATA-CGATCAATTTGTCACTGCCTTGCAATAAATTGGCTCATAGCCTACAGTTTACTAATATGCTGAGGAGAATAAAAGGGATGTGTTTATTAACTACATGTATCTAAGGAGAAGCG---GCTTGGTAATTTCTGAACACATTCACCAACA--TCCCCAATGCTGTG---CTCTCATAAAATGAACTGTGTA-TAAATTACCGACAGGCTCGATTCCGAACA--------AGCTTTGCAA----CTCCCTTATTTCTGCTGAAGGCGTTAATC--ATAGAAAATAACATTAATTTGTAAACAAAACTCA-TCAAAATTATTTAA-AGTAATGTACTTTAC------TTTTTT--TTTGC---------TACTGGTCAAATAAACATGTAATCTGTGATCTAGAGGAGGAAAACTGACTTACATTATTAC-AAAAATGACTGT--TTCAGATGTTTAATGAGCCTTTAACg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgtgc----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTaatggataaaaca
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGTACAATATTGAGAGACGATCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAATTA-----TTAAA-------AAAGTAATTCTAT--------------TTTTAATTTCATATGGT-CGATTCATCACTTACGTGCATTAAATTAGCTTGTGGGTTTCAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGacaatattgagagacgatcaagggtggtttgtttagtacaattattaaaaaagtaattctatttttaatttcatatggtcgattcatcacttacgtgcattaaattagcttgtgggtttcagttcattaatacactgaggggaataaaggtgttgat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatGGGAACTGTAGGGGATGCGGTTAATAATTA-A-----ATAACCACTTGCGGTTAGATA---AATTTTAAGAACATTC-CCTTTA-TTCCCC-TCAATATATTtgttgat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatccttttaaaataacgtagaaattagattttatttacctaaaaccattgaataatttttcacttttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacatgttttgataataacaaaaatgattgtaattaaatgtgtttatagtattgctaaaaccattcctgtagaccccttactgactgtttttaaaaaagcgagaaaattgataacttcaatcgaaatgtgtatttctttgacgagctgaccgagcttttaacttttgtttacattttatgacttgattgcttttcgactgtacctccgccagtgttcggaagtacacaaatgaatactgcagtggtattgtgcggattaagatcgttagataaggggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcgctaatattatgtatcgttattgggttttctttttttttaatatatagctgtctgcaataaaactgtatcaaatgtagtacacattactatattatctatatgcactgaaaaacaatgagtacggaatactaatatggtctagttactcttacccaggatctttccttgcatacacgcgtgatacaaatcactttatcgctgtctatattgacaggctaccaatgatggtttgtttagacagttattaaaaaagtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcgtgggttccagttcattAAGCAGTTACTTA---ATTTGTAATCGCATCC-CTTCCAGTTCCCA-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATTA-TATATTACCGACCAACACGTTTCCGAACA--------AACTTCGTAACT--CCCAGT--TTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGAAAAGAGACAAACATTAATTTATAAACAACACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTCC-TTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATG-A---------CTTAAAT------------------CAAAACTAAAAACGACCGT--TTCTGAGGTTTAATGAGCCTTTAAaacactatgtttctctctgaagtgaattgatcattatgtaaccgaccgacgcgtttccgaacaagcttcataactcccccctttttctgccgaaggtgtttatcggaaagagacgaacattattttgttaacaaaatccgttattaattgtatactaataatgtgctttatctttatttttttcgtttgcaaagtctcccagtaatcaaataaacatgtattctatcatcgggaagagtaaaactgactaaaactaaaaacgaccgtttcggaattttaatgagccttaaactgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggTATTTA---TTTTTTAACCATATCC-CCTACAGTTTCCC-ATGCTATGTATATCCC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCATTGCCGAACA--------ATCTTAGTAACA--CACCGT--TTTCTGT-----------------------CGAACATTAATTTGTTAACAAAACCCATTCTTAATTATGTACTTATAATGTGCTTTATATATA--TATTTGGTTTGC-AATTCTCTTAGTGATTAAATAAACACGTATTCAACCATATGGAAGAGTAAATCTGACTTAAATTAAAACTAAAAA-GACTGT--TTCGAAGTTTTAATGAGCCTTTAACgaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AAAACATGTGCATTTCGGAAGTTTAATGAGGCTTTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatccttttaaaataacgtagaaattagattttatttacctaaaaccattgaataatttttcacttCGT--TTCGGAAGTTTAATGAGCATTTAAgataataacaaaaatgattgtaattaaatgtgtttatagtattgctaaaaccattcctgtagaccccttactgactgtttttaaaaaagcgagaaaattgataacttcaatcgaaatgtgtatttctttgacgagctgaccgagcttttaacttttgtttacattttatgacttgattgcttttcgactgtacctccgccagtgttcggaagtacacaaatgaatactgcagtggtattgtgcggattaagatcgttagataaggggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcgctaatattatgtatcgttattgggttttctttttttttaatatatagctgtctgcaataaaactgtatcaaatgtagtacacattactatattatctatatgcactgaaaaacaatgagtacggaatactaatatggtctagttactcttacccaggatctttccttgcatacacgcgtgatacaaatcactttatcgctgtctatattgacaggctaccaatgatggtttgtttagacagttattaaaaaagtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcgtgggttccagttcattaatatattgaggggaataaagggaatgttcttaaaatttatctaaccgcaagtggttatttaattattaaccgcatcccctacagttcccaacactatgtttctctctgaagtgaattgatcattatgtaaccgaccgacgcgtttccgaacaagcttcataactcccccctttttctgccgaaggtgtttatcggaaagagacgaacattattttgttaacaaaatccgttattaattgtatactaataatgtgctttatctttatttttttcgtttgcaaagtctcccagtaatcaaataaacatgtattctatcatcgggaagagtaaaactgactaaaactaaaaacgaccgtttcggaattttaatgagccttaaactgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aacaaaaatcgga--TTCGGAAGTTTAATGAGGCTTTAAgaaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ttaat--TTCAGAAGTTTAATGAGACTTTAAatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggaagcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ta--TTCTGAAGTTTAATGAGGCTTTAACatgcacaatttttgataataacaaaaatgattgtaattatatgtgtttatagtattgctaaaacaattcctgtaaaccccttagtgactgtttttaaagaagcgagaaaataaataactttgatcgaaacgtgtatttctttggcgagcggaccaaacttttaactttgtttacatttttgtaattccgtaatgactcggttgctttctgactgtacctccatcagtgtccggaagtacacaaatgaatactgcagtggtagtgtgcaactcaagaccgttagataaggggttcattaacaagattagaaacgttatggcttcacaatattatgtatcgttattgggttttctttatataaaatatataatattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatagta
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACACTTTATGTCACACAACTAAATAGTTGCGGTGGCATAATAAATTAATAAATAATTGGTTAAGAAGTATTCAAACAACAGTATCAATCCAGGGGTCGTGAGTTCGAATCCCCGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATGATTGATGTACGACATTGTGTCTCATTATCATTTGTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGGAAGTTATCAGTTATTTGCGGAGATGGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAACCTTTCAGGAACCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTATCTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACAATAAATGTTCAATCAATCAATCAAACAAGAGGCCTTTTCCTGTCATTTTTATTGTTTTAGTCAAGGTTTAACGATATTTTAACAA
Unaligned ( gi|13 ): ATAATAAGAACATTATTTCAGGTGATGTGCCAATTTATTTTTAAGATAAACTGAAAACACTGACAATACGCAGATTAAGATTGCTGAATTAGGAATCCACAAGTGGAGTAATGGTTGAGGCAACATTATGCAGCGTTGTTGACTT
Unaligned ( gi|17 ): TTATCAGTTATTTGCTGATATGGGTATGCTTGAGTACTTTTTATCTTTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCGTCTGTTAGCCCTCGTTGAAATGGATATAGCAATATATGTTCAAACA
Unaligned ( gi|20 ): CCAATCTTTCTAGATAGTATCGGAGTTATGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 666666666666666666666666        11111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                  444444444444                                                                                                  111111  555555555555555555555555555555555                    1111111             11111111111                111          111                           1111111     11111                                         777777777777777777777                                                                                          11111     2222222           1111    22222222                                                     11111111                                  11        3333333                                                                                                                                                                      1111                                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             1   444444444444444444444444        88888888 5                            0 5        0              3      0               5                            1        0       5   0          1                       5         3 0      0                       77 1                                                                               888888888888  5        4     5                 888 5                    66   0                         66     444444  555555555555555555555555555555555                    4444444    9999  66 66666666666        1       000 1        000 2  1   1        0     0   8888888     44444 0                          0            000000000000000000000    1  1              1              4    2  5                    6               1       66666     1111111   7  99   4444    44444444         0                                  6     3  99999999   1                       3      77     1  3333333  1                                     6             6                6                6  3                           1   1      99                           66     1111                                                        444  6      99       7                               0      1          3         3       1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .   ........................        ........ .                            . .        .              .      .               .                            .        .       .   .          .                       .         . .      .                       .. .                                                                               ............  .        .     .                 ... .                    ..   .                         ..     ......  .................................                    .......    ....  .. ...........        .       ... .        ... .  .   .        .     .   .......     ..... .                          .            .....................    .  .              .              .    .  .                    .               .       .....     .......   .  ..   ....    ........         .                                  .     .  ........   .                       .      ..     .  .......  .                                     .             .                .                .  .                           .   .      ..                           ..     ....                                                        ...  .      ..       .                               .      .          .         .       .                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             0   777777777777777777777777        11111111 0                            2 0        1              4      2               0                            0        1       7   7          7                       7         0 4      4                       11 6                                                                               333333333333  0        5     0                 888 0                    99   4                         99     444444  333333333333333333333333333333333                    4444444    4444  11 66666666666        0       000 0        000 4  4   4        7     7   6666666     33333 1                          7            555555555555555555555    7  0              0              8    1  7                    7               7       77777     7777777   5  22   2222    22222222         7                                  0     2  00000000   0                       2      00     0  8888888  0                                     7             7                7                7  7                           0   0      22                           22     8888                                                        333  7      22       5                               3      0          5         2       7                                     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        NATTANATT-CA-TTAGCAT--AAAAC---TG-ATAATTTT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTA---GTGCGTGC-GA-TTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA--TTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCATTA---TATTATTTAT---ACGCACTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-GC-T-ACACGCAC--G--ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGT-CAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA-------AAGGTA--ATT----TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
Reference ( family-992 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        NATTANATTNCATTTAGCNTGCAAGACCATTGAATAATTTT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTA-T-GTGCGTGC-GA-TTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA--TTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCATTA---TNTTATTTAT---ATGCACTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATACGCGTTACACGCAC--G--ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTGTCGCAGT-CAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA-------AAGNTA--ATT----TTAT--------TTTTAATTTCATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGCGCTTAANAAT------TANCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAANCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTTAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTACATGTGTTGATAGTAT-TGCTAAAACCAGTCCTGTTGACCCCTTATTGACTGTT---------------AAAATAAATAACTTCGATCAAAATGTGTATTT-CTTAGACGAACAGACCAAACTTTTAACTTTTGTTCAC---------AATTCCGTAATGACCCGGTTGCTTTCCGACTGTACTGCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTA---ATGTGTG--GA-TTAAGAACATTAGC-TAACATGTTCATTAACA---A-GATAAGAAAAGTTATGGCTT--CACTTATATTATGTATCTTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA-------------AAAAAATAT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTACGCATTG---TATTATTTAT---ATGCACTG-AAAACAATCAGTACGAAA-------TACTA-----G-TTGGTCTAGTTACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATAT---------ACGCAT--G--ATACTATGGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCACAGT-CAACATTGAGAAGCTACCAA-AGGTGG-TTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA-------AAG-TA--ATT----TTAT--------TTTTAATTTTACATTAACGATTCATCTCTTACATGCAATAAAAT--------GG-TT-C--GTT---------ACTGAGGGGAATAAA--TGATGGTCTTAAAAAA------TATCTAACCGCAAGCAGTTATTCAA-TTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTTCCC-ATACCCTGTTTCTCAC-TGAAGTG--------------CTACCGACCGACGCGTTTCCGAACATGCTTCGTATCT--CCCTGTTTTCTGCCAGAGGTGTTTATCAGAAAGA---TTACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTGTGTACTAATAATTTGCTTTATAACTA-TTTTTTCGTTTGCACTGTCTCTTAGTGATCATATAAACATGTATTCTTCCATCTGGAAGAGTAAAACTAACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCAGAAGTTTAATGAGCCTTTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TATTTATTTTTTAACCATATCC-CCTACAGTTTCCC-ATGCTATGTATATCCC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCATTGCCGAACAATCTTAGTAACA--CACCGTTTTCTGTCGAA-----------------------CATTAATTTGTTAACAAAACCCATTCTTAATTATGTACTTATAATGTGCTTTATATATA-TATTTG-GTTTGCAA-TTCTCTTAGTGATTAAATAAACACGTATTCAACCATATGGAAGAGTAAATCTGACTTAAATTAAAACTAAAAA-GACTGTTTCGAAGTTTTAATGAGCCTTTAACttcaagatcatgattgaaacatttaaaaattttaaaacttctacaagtacaacttacattttatgtacaaacaagaaatcagttgcctgtaaattttaaataattaaatttgccaattaattaattcatgtgtgctattttatcaacatttagtcaggagatgtgagtttcttatccttcttaataagtatccctgcctggcaacagtctctgagatgattgatatacgacatcgtgtctcatcattcttctctaaccgctgattcatctacatctacttgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAA---CAAAAATGATTATAATTAAATGTGTCTATAGTAC-TGTTAAA-CCATTCATATAGATCCCTTTGTGACTGTTTTCAAAAA-AATGAGAAAAAAAA-AACTTTGATCGAAAAGTAAATTT-CTTAAAAGATCAGACCGAGCTTTTAACTATTGTTTATATTTTT-GACATTCCATAATGACTCGGTTGTTTTCCGGCTATTCCTCCATCAATATTCGGAAGTACGCAACTCGATA-TGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGTACAATATTGAGAGACGATCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAATTA-----TTAAA-------AAAGTA--ATT----CTAT--------TTTTAATTTCATATGGTCGATTCATCACTTACGTGCATTAAATTAGCTTGTGGGTTT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGaatattgagagacgatcaagggtggtttgtttagtacaattattaaaaaagtaattctatttttaatttcatatggtcgattcatcacttacgtgcattaaattagcttgtgggtttcagttcattaatacactgaggggaataaaggtgttgat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatAGTTTT--------A-AAGTCCCATTAAAC-----------ACAAT-TCTTGATA-TAA--ACAACAATTAAAATTTAATGTGTTTGTAAAAT-TGCTGAAGCCACATCTAAAATCTCCTTATTGACTGTTGTTtgttgat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ctcAACAAAAATCGGACGTTTCGGAAGTTTAATGAGCATTTAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TT--------ACAAGC-TCATGAAACTTCTGAAATTCA--ATATTTTCATAATAGCAAAAATGATT-TAAgaaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gTAAATTC--------A-AAGCCTCATTAAACTCTCGAAATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTAGATTTTATTTA-CCT--AAAACCATTGAATAATTTTTCACTTTTA-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACATG-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTACTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATTGATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTTGACGAGCTGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-------------ATGACTTGATTGCTTTTCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTA-TTGTGCG----GA-TTAAGATCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CGCTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TT----TTT--T----AA------T-----A----TATAGCTGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AATGTAGTACACATTACTATATTATCTAT---ATGCACTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----ATATGGTCTAGTTACTCTTACCCAGGATCTTTCCTTGCATA---------CACGCGT--G--ATAC-----------------------AAATCACTTTATCGCTGT-CTATATTGACAGGCTACCAA-TGATGGTTTGTTTAG-ACAGTTA-----TTAAA-------AAAGTA--ATT----TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CCAGTTCATTAATATATTGAGGGGAATAAAGGGAATGTTCTTAAAATT------TATCTAACCGCAAGTGGTTATTTAATTATTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCA-ACACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCATTATGTAACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCATAACTCCCCCCTTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTATTTTGTTAACAAAATCCGTTATTAATTGTATACTAATAATGTGCTTTATCTTTATTTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCCCAGTAATCAAATAAACATGTATTCTATCATCGGGAAGAGTAAAACTGAC------TAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAATTTTAATGAGCCTTAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aatccttttaaaataacgtagaaATTAAATT----TTAACAT--AAAA----TGTATAATCTT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCAAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACGAAAATGATTGTAATTAAATGTTTTTATGGTAT-TGCTTAAACAATTCCTGTAGACCACTTAGTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTAGGCAAGCGGACCAAACTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCTGTTATAACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTTCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAA-GAATACTGCAGTGGCA-----GCG----GA-TTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTGACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATGGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTATTTTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAATTCGCATTT---TTTTATTTAT---ACGCACTGAAAAACAATGAGTACTGAA-------TACTA-----GCTTGATCTAGTAACTCTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATAAATGTTATAAGTAC--ATTGTACTATCGCACGCGCTATAACGTCACAAATCACTTTATTGCAGT-CAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGATTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA-------AAATTA--ATT----TTAC--------TTTTAATTTTATATTGACGTTTCGTCGCTTACGTTCATTAAATATGCTCGTGGG-TTCC-AGTTCATTAATACACTGAGGGAAATAAAGGGGATATTCTTAAAAAC------TAACTAACCGCAAGCGAGTATTTGATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TAAATTACCGACCGACGCGTTTCTGAACAAG--------CT--CCCCGTTTTCTGCAGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTGTCATCTTGAATAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTGAAAACAACCGCTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAACtgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cTAATTT---------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACACA-TTTTGATACTAACAGAAATTGTTGTAATTAAATGTGTTTAAAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTAATTGGCTGTTTTTAAAAA-TGCGAGAAAATAAAAAACTACGATCGAAATGTGTATTTTCTTAGACGAGCGGTCCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTTTGTAATTCCGTAATGATTCGGTTGCTTTCCGACCGTACTTCCGCCAGTTTTCGGAAGTACACGAATGAATACTGCAGTGGTAGT-GTGCG----GA-TTAAGACCGTTAGA-TATTTGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CATTAATATTATGTATCATAATTGGGTTT--TCTTTCTTTTCTT---TTTT--T----AA-----AT-----G----TATCGATATTTGCAATAAAA-------CAGT----AT--C--------G--AACCTATTACGCATTA---TATTATTTAT---ACGCACTGAAAAACATTGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTTGTAACTTTTGCTCAGGATCCTTCCTTGCATATACGCGT-----------G--ATACTATCGCACGCGCTTTTACGTCACAAATCACTTTATGGCAGT-CTATATTGAGAGGCTGCCAA-GGATGGTTTGTTTAGTATAGTAA-----TTAAA-------AAGGTA--ATT----TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCG-GG--------GTTCATTAATACACTGAGGGGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tAAGCAGTTACTTAATTTGTAATCGCATCC-CTTCCAGTTCCCA-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATTA-TATATTACCGACCAACACGTTTCCGAACAAACTTCGTAACT--CCCAGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGAAAAGAGACAAACATTAATTTATAAACAACACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTCC-TTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATG------ACT-----------TAAA------TCAA-----AACTAAAAACGACCGTTTCTGAGGTTTAATGAGCCTTTAAgcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|5                          : ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggCGTGC-------AGATCTTTGGA-TCAGGGGTCCGT-AACA---C-GAGTAGTAAAGTCAGGGCTGGACACAAA-AGTATGAATCGTTTTT---TTTAGTGTTC------TT---TCTT--TGAAAAA-----AT-----AAA--TATTAATGTCTGCAATAAAAAAATATTTTGTTTTCATGAC--------ATGAGTGTAGGCAGCATCA----ATTATTTATTCCATGT-CTGAAAAAATCTGAGCACTGAAGGCTCTATATTATGCTTGTTTGGTCAGGTAACTTTTGATGAAGATATGCCAT--CATATATGC---ACATGTACTGA--ATGCTATCACACGCGTTATTACACAACAAATCACTTTGTCGCTGA-CAATATTGAGAGGCTACCAATGGGT-TTTTGCTTAGCATAGTCAACGATTTAGATTATAGTAAGTTCTTGTTACAGTTATCAAAAATATTTTATTTTCATACGATCAATTTGTCACTGCCTTGCAATAAATTGGCTCATAGC-CTAC-AGTTTACTAATATGCTGAGGAGAATAAAAGGGATGTGTTTATTAACTACATGTATCTAAGGAGAAGCGGCTTGGTAATTTCTGAACACATTCACCAACA--TCCCCAATGCTGTG---CTCTCATAAAATGAACTGTGTA-TAAATTACCGACAGGCTCGATTCCGAACAAGCTTTGCAACT--CCCTTATTTCTGCTGAAGGCGTTAATC--ATAGAAAATAACATTAATTTGTAAACAAAACTCA-TCAAAATTATTTAA-AGTAATGTACTTTAC------TTTTTT--TTTGC---------TACTGGTCAAATAAACATGTAATCTGTGATCTAGAGGAGGAAAACTGACTTACATTATTAC-AAAAATGACTGTTTCAGATGTTTAATGAGCCTTTAACgaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTATATTACA---AGCATGCAAGAT-------TAATGTT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCAGAAATGCACACT-TTTTGATAATAACAAAAATGAT-------------GTTTATGGTATATGC-AAAATCAATCCTGTAGACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGATAAC---AAAATAAATAATTTCGATTGAAATGTGTATTT-CTAAGACGA-CAGACCAACCTTTCAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCATA-TGACTTGATTGCTTTCTGACTGTACATCCGCCAGTATTTGAAAGTACACAAATAAATACTGCAGTGGTA-----GTGTGCAGA-TTAAGACCTTTAGA-TAAGGGGTTCATCAATATTAATGATTACAACAGTTATGGCAA--CACTAATATTATGTATTGTTATTGGGTTT--TC--T------TTA--TTTTAAA----AA-----AT-----A----TACTGATGTCCGCAATTAAA-------CTGT----AT--C--------G--AACGCAGTTTGCATTA---TATTATTTAT---AAGCACTGAAAAACAATCAGTACGGAA-------TTCGT-----GTTTGATCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCACTTGGATATAaatggataaaaca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aatcaactctaaatataaataaattaTT--------A-AAGTCTCATTAAACTTCTGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTATATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACAATTCCTGTAAACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGA-AGCGAGAAAATAAATAACTTTGATCGAAACGTGTATTT-CTTTGGCGAGCGGACCAAACTTTTAAC-TTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCTGACTGTACCTCCATCAGTGTCCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTA-----GTGTGC-AACTCAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAACGTTATGGCTT--CAC-AATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------ATA-----T--A----AA-----ATATATAA----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taA-TTAAGGCC-TTAGAATAAGGGATCAATTAACA---A-GAAAAGAAAAGTTGAGGCTT--GATTAACATTATGCTTTGTTATTGAGTTG--TCTTT------TTA-------------AA-----AA-----AAAATTATTGATGTCTGCAATAAAA-------ATAT----AT--TGTTTTCAAA--AATGAAGTTGGCATTA---TATT---------------------ACAA--------GCA-------TATTA-----GTTTGGTCCAGTAAC--TTGCTCAGGAT-TGCCCTTGAAT-------TTACA--CAT--G--ATACCATTACAAGCACTATTGTTTCACAAATCACTTTCTCGCTGT-CAATATTGAAAGGCTACCAa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACACTTTATGTCACACAACTAAATAGTTGCGGTGGCATAATAAATTAATAAATAATTGGTTAAGAAGTATTCAAACAACAGTATCAATCCAGGGGTCGTGAGTTCGAATCCCCGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATGATTGATGTACGACATTGTGTCTCATTATCATTTGTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGGAAGTTATCAGTTATTTGCGGAGATGGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAACCTTTCAGGAACCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTATCTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACAATAAATGTTCAATCAATCAATCAAACAAGAGGCCTTTTCCTGTCATTTTTATTGTTTTAGTCAAGGTTTAACGATATTTTAACAA
Unaligned ( gi|13 ): ATAATAAGAACATTATTTCAGGTGATGTGCCAATTTATTTTTAAGATAAACTGAAAACACTGACAATACGCAGATTAAGATTGCTGAATTAGGAATCCACAAGTGGAGTAATGGTTGAGGCAACATTATGCAGCGTTGTTGACTT
Unaligned ( gi|17 ): TTATCAGTTATTTGCTGATATGGGTATGCTTGAGTACTTTTTATCTTTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCGTCTGTTAGCCCTCGTTGAAATGGATATAGCAATATATGTTCAAACA
Unaligned ( gi|20 ): CCAATCTTTCTAGATAGTATCGGAGTTATGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   44444          333333333         11111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                     222222                                                                                                  111111  555555555555555555555555555555555                    1111111             11111111111                111               111                      1111111     11111                                         555555555555   111111                                                                                         11111                 2222222222    22222222                                                     11111111                                            2222222                                                                                                                                                                      1111                                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               1   55555  0       333333333 5    4  66666666 4                              4        0              3      0               5                            1        0       5   0          1                       5         3 0      0                       77 1                                                                                  444444  5        4     5                 888 5                    66   0                         66     444444  555555555555555555555555555555555                    4444444    9999  66 66666666666        1       000           22  000   1        0     0   8888888     44444 0                          0            666666666666   444444    1  1              1                   1                      6               1       66666     99  9    6  9999999999    44444444                                            6     3  99999999   1                       3 5              9999999                                        6             6                6                6  3                               1      99                           66     1111                                                        444  6      99       7                               0      1          3         3       1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               .   .....  .       ......... .    .  ........ .                              .        .              .      .               .                            .        .       .   .          .                       .         . .      .                       .. .                                                                                  ......  .        .     .                 ... .                    ..   .                         ..     ......  .................................                    .......    ....  .. ...........        .       ...           ..  ...   .        .     .   .......     ..... .                          .            ............   ......    .  .              .                   .                      .               .       .....     ..  .    .  ..........    ........                                            .     .  ........   .                       . .              .......                                        .             .                .                .  .                               .      ..                           ..     ....                                                        ...  .      ..       .                               .      .          .         .       .                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               0   00000  7       777777777 7    4  11111111 4                              4        1              4      2               0                            0        1       7   7          7                       7         0 4      4                       11 6                                                                                  999999  0        5     0                 888 0                    99   4                         99     444444  333333333333333333333333333333333                    4444444    4444  11 66666666666        0       000           44  000   4        7     7   6666666     33333 1                          7            000000000000   333333    7  0              0                   0                      7               7       77777     22  0    7  2222222222    22222222                                            0     2  00000000   0                       2 0              0000000                                        7             7                7                7  7                               0      22                           22     8888                                                        333  7      22       5                               3      0          5         2       7                                     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGC-GA-TTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA--TTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA----T-ACACGCGC--G--ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
Reference ( family-992 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          NATTANATT-C-ATTAGCATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGCGTGC-GA-TTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA--TTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA---GCTACACGCAC--G--ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAGGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTACATGTGTTGATAGTAT-TGCTAAAACCAGTCCTGTTGACCCCTTATTGACTGTT---------------AAAATAAATAACTTCGATCAAAATGTGTATTT-CTTAGACGAACAGACCAAACTTTTAACTTTTGTTCAC---------AATTCCGTAATGACCCGGTTGCTTTCCGACTGTACTGCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAATGTGTG--GA-TTAAGAACATTAGC-TAACATGTTCATTAACA---A-GATAAGAAAAGTTATGGCTT--CACTTATATTATGTATCTTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA-------------AAAAAATAT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTACGCATTG---TATTATTTATATGCA---CTG-AAAACAATCAGTACGAAA-------TACTA-----G-TTGGTCTAGTTACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATAT---------ACGCAT--G--ATACTATGGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCACAGTCAACATTGAGAAGCTACCAA-AGGTGG-TTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AA-GTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTACATTAACGATTCATCTCTTACATGCAATAAAAT--------GG-TT-C--GTT---------ACTGAGGGGAATAAA--TGATGGTCTTAAAAAA------TATCTAACCGCAAGCAGTTATTCAA-TTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTTCCC-ATACCCTGTTTCTCAC-TGAAGTG--------------CTACCGACCGACGCGTTTCCGAACATGCTTCGTATCT--CCCTGTTTTCTGCCAGAGGTGTTTATCAGAAAGA---TTACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTGTGTACTAATAATTTGCTTTATAACTA-TTTTTTCGTTTGCACTGTCTCTTAGTGATCATATAAACATGTATTCTTCCATCTGGAAGAGTAAAACTAACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCAGAAGTTTAATGAGCCTTTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATTTATTTTTTAACCATATCC-CCTACAGTTTCCC-ATGCTATGTATATCCC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCATTGCCGAACAATCTTAGTAACA--CACCGTTTTCTGTCGAA-----------------------CATTAATTTGTTAACAAAACCCATTCTTAATTATGTACTTATAATGTGCTTTATATATA-TATTTG-GTTTGCAA-TTCTCTTAGTGATTAAATAAACACGTATTCAACCATATGGAAGAGTAAATCTGACTTAAATTAAAACTAAAAA-GACTGTTTCGAAGTTTTAATGAGCCTTTAACttcaagatcatgattgaaacatttaaaaattttaaaacttctacaagtacaacttacattttatgtacaaacaagaaatcagttgcctgtaaattttaaataattaaatttgccaattaattaattcatgtgtgctattttatcaacatttagtcaggagatgtgagtttcttatccttcttaataagtatccctgcctggcaacagtctctgagatgattgatatacgacatcgtgtctcatcattcttctctaaccgctgattcatctacatctacttgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAA---CAAAAATGATTATAATTAAATGTGTCTATAGTAC-TGTTAAA-CCATTCATATAGATCCCTTTGTGACTGTTTTCAAAAA-AATGAGAAAAAAAA-AACTTTGATCGAAAAGTAAATTT-CTTAAAAGATCAGACCGAGCTTTTAACTATTGTTTATATTTTT-GACATTCCATAATGACTCGGTTGTTTTCCGGCTATTCCTCCATCAATATTCGGAAGTACGCAACTCGATA-TGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CAATATTGAGAGACGATCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAATTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------CTAT--------TTTTAATTTCATATGGTCGATTCATCACTTACGTGCATTAAATTAGCTTGTGGGTTT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGG---TGTTaatattgagagacgatcaagggtggtttgtttagtacaattattaaaaaagtaattctatttttaatttcatatggtcgattcatcacttacgtgcattaaattagcttgtgggtttcagttcattaatacactgaggggaataaaggtgttgat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatagta-AGTT-TT--------A-AAGTCCCATTAAAC-----------ACAAT-TCTTGATA-TAA--ACAACAATTAAAATTTAATGTGTTTGTAAAAT-TGCTGAAGCCACATCTAAAATCTCCTTATTGACTGTTGTTgat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctcAACAAAAATCGGACGTTTCGGAAGTTTAATGAGCATTTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGC---TG-T-T-ATTTCTT--------A-AATGCTCATTAAACTTCCGAAACGTCCGAT-TTTTGgaaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aa-TT--------ACAAGC-TCATGAAACTTCTGAAATTCA--ATATTTTCATAATAGCAAAAATGATT-TAAgtcagagaacagggcattca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         g-T-AAAT-TC--------A-AAGCCTCATTAAACTCTCGAAATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATTAGATT-TTATTTACCTAAAACCATTG-AAT-AATT-TTTCACTTTTA-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACATG-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTACTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATTGATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTTGACGAGCTGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-------------ATGACTTGATTGCTTTTCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTATTGTGCG--GA-TTAAGATCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CGCTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TT----TTT--T----AA------T-----A----TATAGCTGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AATGTAGTACACATTACTATATTATCTATATGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----ATATGGTCTAGTTACTCTTACCCAGGATCTTTCCTTGCATA---------CACGCGT--G--ATAC-----------------------AAATCACTTTATCGCTGTCTATATTGACAGGCTACCAA-TGATGGTTTGTTTAG-ACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CCAGTTCATTAATATATTGAGGGGAATAAAGGGAATGTTCTTAAAATT------TATCTAACCGCAAGTGGTTATTTAATTATTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCA-ACACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCATTATGTAACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCATAACTCCCCCCTTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTATTTTGTTAACAAAATCCGTTATTAATTGTATACTAATAATGTGCTTTATCTTTATTTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCCCAGTAATCAAATAAACATGTATTCTATCATCGGGAAGAGTAAAACTGAC------TAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAATTTTAATGAGCCTTAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatccttttaaaataacgtagaaATTAAATT----TTAACATAAAA----TGTA-T-AATC-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCAAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACGAAAATGATTGTAATTAAATGTTTTTATGGTAT-TGCTTAAACAATTCCTGTAGACCACTTAGTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTAGGCAAGCGGACCAAACTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCTGTTATAACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTTCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAA-GAATACTGCAGTGGCAGCG------GA-TTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTGACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATGGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTATTTTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAATTCGCATTT---TTTTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACTGAA-------TACTA-----GCTTGATCTAGTAACTCTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATAAATGTTATAAGTAC--ATTGTACTATCGCACGCGCTATAACGTCACAAATCACTTTATTGCAGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGATTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAATTAA-TT----------TTAC--------TTTTAATTTTATATTGACGTTTCGTCGCTTACGTTCATTAAATATGCTCGTGGG-TTCC-AGTTCATTAATACACTGAGGGAAATAAAGGGGATATTCTTAAAAAC------TAACTAACCGCAAGCGAGTATTTGATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TAAATTACCGACCGACGCGTTTCTGAACAAG--------CT--CCCCGTTTTCTGCAGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTGTCATCTTGAATAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTGAAAACAACCGCTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAACtgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         c-T-AATT-T---------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACACA-TTTTGATACTAACAGAAATTGTTGTAATTAAATGTGTTTAAAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTAATTGGCTGTTTTTAAAAA-TGCGAGAAAATAAAAAACTACGATCGAAATGTGTATTTTCTTAGACGAGCGGTCCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTTTGTAATTCCGTAATGATTCGGTTGCTTTCCGACCGTACTTCCGCCAGTTTTCGGAAGTACACGAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCG--GA-TTAAGACCGTTAGA-TATTTGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CATTAATATTATGTATCATAATTGGGTTT--TCTTTCTTTTCTT---TTTT--T----AA-----AT-----G----TATCGATATTTGCAATAAAA-------CAGT----AT--C--------G--AACCTATTACGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACATTGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTTGTAACTTTTGCTCAGGATCCTTCCTTGCATATA---------CGCGT--G--ATACTATCGCACGCGCTTTTACGTCACAAATCACTTTATGGCAGTCTATATTGAGAGGCTGCCAA-GGATGGTTTGTTTAGTATAGTAA-----TTAAA--AAGGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCG-GG--------GTTCATTAATACACTGAGGGGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tAAGCAGTTACTTAATTTGTAATCGCATCC-CTTCCAGTTCCCA-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATTA-TATATTACCGACCAACACGTTTCCGAACAAACTTCGTAACT--CCCAGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGAAAAGAGACAAACATTAATTTATAAACAACACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTCC-TTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATG------ACT-----------TAAA------TCAA-----AACTAAAAACGACCGTTTCTGAGGTTTAATGAGCCTTTAAgcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|5                          : ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggCGTGC-------AGATCTTTGGA-TCAGGGGTCCGT-AACA---C-GAGTAGTAAAGTCAGGGCTGGACACAAA-AGTATGAATCGTTTTT---TTTAGTGTTC------TT---TCTT--TGAAAAA-----AT-----AAA--TATTAATGTCTGCAATAAAAAAATATTTTGTTTTCATGAC--------ATGAGTGTAGGCAGCATCA----ATTATTTATTC-CATGTCTGAAAAAATCTGAGCACTGAAGGCTCTATATTATGCTTGTTTGGTCAGGTAACTTTTGATGAAGATATGCCAT--CATATAT--GC-ACATGTACTGA--ATGCTATCACACGCGTTATTACACAACAAATCACTTTGTCGCTGACAATATTGAGAGGCTACCAATGGGT-TTTTGCTTAGCATAGTCAACGATTTAGATTATAGTAAGTTCTTGTTACAGTTATCAAAAATATTTTATTTTCATACGATCAATTTGTCACTGCCTTGCAATAAATTGGCTCATAGC-CTAC-AGTTTACTAATATGCTGAGGAGAATAAAAGGGATGTGTTTATTAACTACATGTATCTAAGGAGAAGCGGCTTGGTAATTTCTGAACACATTCACCAACA--TCCCCAATGCTGTG---CTCTCATAAAATGAACTGTGTA-TAAATTACCGACAGGCTCGATTCCGAACAAGCTTTGCAACT--CCCTTATTTCTGCTGAAGGCGTTAATC--ATAGAAAATAACATTAATTTGTAAACAAAACTCA-TCAAAATTATTTAA-AGTAATGTACTTTAC------TTTTTT--TTTGC---------TACTGGTCAAATAAACATGTAATCTGTGATCTAGAGGAGGAAAACTGACTTACATTATTAC-AAAAATGACTGTTTCAGATGTTTAATGAGCCTTTAACgaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATTATATTAC-A--AGCATGCAA-----G-A-TTAATG-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCAGAAATGCACACT-TTTTGATAATAACAAAAATGAT-------------GTTTATGGTATATGC-AAAATCAATCCTGTAGACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGATAAC---AAAATAAATAATTTCGATTGAAATGTGTATTT-CTAAGACGA-CAGACCAACCTTTCAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCATA-TGACTTGATTGCTTTCTGACTGTACATCCGCCAGTATTTGAAAGTACACAAATAAATACTGCAGTGGTAGTG--TGCAGA-TTAAGACCTTTAGA-TAAGGGGTTCATCAATATTAATGATTACAACAGTTATGGCAA--CACTAATATTATGTATTGTTATTGGGTTT--TC--T------TTA--TTTTAAA----AA-----AT-----A----TACTGATGTCCGCAATTAAA-------CTGT----AT--C--------G--AACGCAGTTTGCATTA---TATTATTTATAAGCA---CTGAAAAACAATCAGTACGGAA-------TTCGT-----GTTTGATCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCACTTGGATATA---aatggataaaaca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aatcaactctaaatataaataaatta-TT--------A-AAGTCTCATTAAACTTCTGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTATATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACAATTCCTGTAAACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGA-AGCGAGAAAATAAATAACTTTGATCGAAACGTGTATTT-CTTTGGCGAGCGGACCAAACTTTTAAC-TTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCTGACTGTACCTCCATCAGTGTCCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGT--GTGC-AACTCAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAACGTTATGGCTT--CAC-AATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------ATA-----T--A----AA-----ATATATAA----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taA-TTAAGGCC-TTAGAATAAGGGATCAATTAACA---A-GAAAAGAAAAGTTGAGGCTT--GATTAACATTATGCTTTGTTATTGAGTTG--TCTTT------TTA-------------AA-----AA-----AAAATTATTGATGTCTGCAATAAAA-------ATAT----AT--TGTTTTCAAA--AATGAAGTTGGCATTA---TATT---------------------ACAA--------GCA-------TATTA-----GTTTGGTCCAGTAAC--TTGCTCAGGAT-TGCCCTTGAAT-------TTACA--CAT--G--ATACCATTACAAGCACTATTGTTTCACAAATCACTTTCTCGCTGTCAATATTGAAAGGCTACCAa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACACTTTATGTCACACAACTAAATAGTTGCGGTGGCATAATAAATTAATAAATAATTGGTTAAGAAGTATTCAAACAACAGTATCAATCCAGGGGTCGTGAGTTCGAATCCCCGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATGATTGATGTACGACATTGTGTCTCATTATCATTTGTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGGAAGTTATCAGTTATTTGCGGAGATGGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAACCTTTCAGGAACCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTATCTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACAATAAATGTTCAATCAATCAATCAAACAAGAGGCCTTTTCCTGTCATTTTTATTGTTTTAGTCAAGGTTTAACGATATTTTAACAA
Unaligned ( gi|13 ): ATAATAAGAACATTATTTCAGGTGATGTGCCAATTTATTTTTAAGATAAACTGAAAACACTGACAATACGCAGATTAAGATTGCTGAATTAGGAATCCACAAGTGGAGTAATGGTTGAGGCAACATTATGCAGCGTTGTTGACTT
Unaligned ( gi|17 ): TTATCAGTTATTTGCTGATATGGGTATGCTTGAGTACTTTTTATCTTTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCGTCTGTTAGCCCTCGTTGAAATGGATATAGCAATATATGTTCAAACA
Unaligned ( gi|20 ): CCAATCTTTCTAGATAGTATCGGAGTTATGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        44444          333333333         11111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                        333                                                                                                 111111  555555555555555555555555555555555                    1111111             11111111111                111               111                      1111111     11111                                          44444444444444444444                                                                                         11111                 2222222222    22222222                                                     11111111                                            2222222                                                                                                                                                                      1111                                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    1   55555          333333333 5    4  66666666 4                              4        0              3      0               5                            1        0       5   0          1                       5         3 0      0                       77 1                                                                                     333          4     5                 888 5                    66   0                         66     444444  555555555555555555555555555555555                    4444444    9999  66 66666666666        1       000           22  000   1        0     0   8888888     44444 0                          0             77777777777777777777    1  1              1                   1                      6               1       66666     99       6  9999999999    44444444                                            6     3  99999999   1                       3 5              9999999                                        6             6                6                6  3                               1      99                           66     1111                                                        444  6      99       7                               0      1          3         3       1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .   .....          ......... .    .  ........ .                              .        .              .      .               .                            .        .       .   .          .                       .         . .      .                       .. .                                                                                     ...          .     .                 ... .                    ..   .                         ..     ......  .................................                    .......    ....  .. ...........        .       ...           ..  ...   .        .     .   .......     ..... .                          .             ....................    .  .              .                   .                      .               .       .....     ..       .  ..........    ........                                            .     .  ........   .                       . .              .......                                        .             .                .                .  .                               .      ..                           ..     ....                                                        ...  .      ..       .                               .      .          .         .       .                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    0   00000          777777777 7    4  11111111 4                              4        1              4      2               0                            0        1       7   7          7                       7         0 4      4                       11 6                                                                                     777          5     0                 888 0                    99   4                         99     444444  333333333333333333333333333333333                    4444444    4444  11 66666666666        0       000           44  000   4        7     7   6666666     33333 1                          7             22222222222222222222    7  0              0                   0                      7               7       77777     22       7  2222222222    22222222                                            0     2  00000000   0                       2 0              0000000                                        7             7                7                7  7                               0      22                           22     8888                                                        333  7      22       5                               3      0          5         2       7                                     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGC-G-GATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA--TTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACGCGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
Reference ( family-992 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGC-GCGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA--TTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACGCGCG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTACATGTGTTGATAGTAT-TGCTAAAACCAGTCCTGTTGACCCCTTATTGACTGTT---------------AAAATAAATAACTTCGATCAAAATGTGTATTT-CTTAGACGAACAGACCAAACTTTTAACTTTTGTTCAC---------AATTCCGTAATGACCCGGTTGCTTTCCGACTGTACTGCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAATGTGT-G-GATTAAGAACATTAGC-TAACATGTTCATTAACA---A-GATAAGAAAAGTTATGGCTT--CACTTATATTATGTATCTTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA-------------AAAAAATAT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTACGCATTG---TATTATTTATATGCA---CTG-AAAACAATCAGTACGAAA-------TACTA-----G-TTGGTCTAGTTACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATAT---------ACGCATG----ATACTATGGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCACAGTCAACATTGAGAAGCTACCAA-AGGTGG-TTGTTTAGTACAGTTA-----TT-AA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTACATTAACGATTCATCTCTTACATGCAATAAAAT--------GG-TT-C--GTT---------ACTGAGGGGAATAAA--TGATGGTCTTAAAAAA------TATCTAACCGCAAGCAGTTATTCAA-TTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTTCCC-ATACCCTGTTTCTCAC-TGAAGTG--------------CTACCGACCGACGCGTTTCCGAACATGCTTCGTATCT--CCCTGTTTTCTGCCAGAGGTGTTTATCAGAAAGA---TTACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTGTGTACTAATAATTTGCTTTATAACTA-TTTTTTCGTTTGCACTGTCTCTTAGTGATCATATAAACATGTATTCTTCCATCTGGAAGAGTAAAACTAACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCAGAAGTTTAATGAGCCTTTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TATTTATTTTTTAACCATATCC-CCTACAGTTTCCC-ATGCTATGTATATCCC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCATTGCCGAACAATCTTAGTAACA--CACCGTTTTCTGTCGAA-----------------------CATTAATTTGTTAACAAAACCCATTCTTAATTATGTACTTATAATGTGCTTTATATATA-TATTTG-GTTTGCAA-TTCTCTTAGTGATTAAATAAACACGTATTCAACCATATGGAAGAGTAAATCTGACTTAAATTAAAACTAAAAA-GACTGTTTCGAAGTTTTAATGAGCCTTTAACttcaagatcatgattgaaacatttaaaaattttaaaacttctacaagtacaacttacattttatgtacaaacaagaaatcagttgcctgtaaattttaaataattaaatttgccaattaattaattcatgtgtgctattttatcaacatttagtcaggagatgtgagtttcttatccttcttaataagtatccctgcctggcaacagtctctgagatgattgatatacgacatcgtgtctcatcattcttctctaaccgctgattcatctacatctacttgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAA---CAAAAATGATTATAATTAAATGTGTCTATAGTAC-TGTTAAA-CCATTCATATAGATCCCTTTGTGACTGTTTTCAAAAA-AATGAGAAAAAAAA-AACTTTGATCGAAAAGTAAATTT-CTTAAAAGATCAGACCGAGCTTTTAACTATTGTTTATATTTTT-GACATTCCATAATGACTCGGTTGTTTTCCGGCTATTCCTCCATCAATATTCGGAAGTACGCAACTCGATA-TGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CAATATTGAGAGACGATCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAATTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------CTAT--------TTTTAATTTCATATGGTCGATTCATCACTTACGTGCATTAAATTAGCTTGTGGGTTT-C-AGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGG---TGTTaatattgagagacgatcaagggtggtttgtttagtacaattattaaaaaagtaattctatttttaatttcatatggtcgattcatcacttacgtgcattaaattagcttgtgggtttcagttcattaatacactgaggggaataaaggtgttgat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatagta-AGTT-TT--------A-AAGTCCCATTAAAC-----------ACAAT-TCTTGATA-TAA--ACAACAATTAAAATTTAATGTGTTTGTAAAAT-TGCTGAAGCCACATCTAAAATCTCCTTATTGACTGTTGTTgat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ctcAACAAAAATCGGACGTTTCGGAAGTTTAATGAGCATTTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AGC---TG-T-T-ATTTCTT--------A-AATGCTCATTAAACTTCCGAAACGTCCGAT-TTTTGgaaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aa-TT--------ACAAGC-TCATGAAACTTCTGAAATTCA--ATATTTTCATAATAGCAAAAATGATT-TAAgtcagagaacagggcattca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              g-T-AAAT-TC--------A-AAGCCTCATTAAACTCTCGAAATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATTAGATT-TTATTTACCTAAAACCATTG-AAT-AATT-TTTCACTTTTA-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACATG-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTACTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATTGATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTTGACGAGCTGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-------------ATGACTTGATTGCTTTTCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTATTGTGC-G-GATTAAGATCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CGCTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TT----TTT--T----AA------T-----A----TATAGCTGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AATGTAGTACACATTACTATATTATCTATATGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----ATATGGTCTAGTTACTCTTACCCAGGATCTTTCCTTGCATA---------CACGCGTG----ATAC-----------------------AAATCACTTTATCGCTGTCTATATTGACAGGCTACCAA-TGATGGTTTGTTTAG-ACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CCAGTTCATTAATATATTGAGGGGAATAAAGGGAATGTTCTTAAAATT------TATCTAACCGCAAGTGGTTATTTAATTATTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCA-ACACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCATTATGTAACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCATAACTCCCCCCTTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTATTTTGTTAACAAAATCCGTTATTAATTGTATACTAATAATGTGCTTTATCTTTATTTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCCCAGTAATCAAATAAACATGTATTCTATCATCGGGAAGAGTAAAACTGAC------TAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAATTTTAATGAGCCTTAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aatccttttaaaataacgtagaaATTAAATT----TTAACATAAAA----TGTA-T-AATC-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCAAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACGAAAATGATTGTAATTAAATGTTTTTATGGTAT-TGCTTAAACAATTCCTGTAGACCACTTAGTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTAGGCAAGCGGACCAAACTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCTGTTATAACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTTCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAA-GAATACTGCAGTGGCAGCG------GATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTGACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATGGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTATTTTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAATTCGCATTT---TTTTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACTGAA-------TACTA-----GCTTGATCTAGTAACTCTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATAAATGTTATAAGTACATT--GTACTATCGCACGCGCTATAACGTCACAAATCACTTTATTGCAGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGATTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAATTAA-TT----------TTAC--------TTTTAATTTTATATTGACGTTTCGTCGCTTACGTTCATTAAATATGCTCGTGGG-TTCC-AGTTCATTAATACACTGAGGGAAATAAAGGGGATATTCTTAAAAAC------TAACTAACCGCAAGCGAGTATTTGATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TAAATTACCGACCGACGCGTTTCTGAACAAG--------CT--CCCCGTTTTCTGCAGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTGTCATCTTGAATAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTGAAAACAACCGCTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAACtgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              c-T-AATT-T---------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACACA-TTTTGATACTAACAGAAATTGTTGTAATTAAATGTGTTTAAAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTAATTGGCTGTTTTTAAAAA-TGCGAGAAAATAAAAAACTACGATCGAAATGTGTATTTTCTTAGACGAGCGGTCCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTTTGTAATTCCGTAATGATTCGGTTGCTTTCCGACCGTACTTCCGCCAGTTTTCGGAAGTACACGAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGC-G-GATTAAGACCGTTAGA-TATTTGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CATTAATATTATGTATCATAATTGGGTTT--TCTTTCTTTTCTT---TTTT--T----AA-----AT-----G----TATCGATATTTGCAATAAAA-------CAGT----AT--C--------G--AACCTATTACGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACATTGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTTGTAACTTTTGCTCAGGATCCTTCCTTGCATATA---------CGCGTG----ATACTATCGCACGCGCTTTTACGTCACAAATCACTTTATGGCAGTCTATATTGAGAGGCTGCCAA-GGATGGTTTGTTTAGTATAGTAA-----TTAAA--AAGGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCG-GG--------GTTCATTAATACACTGAGGGGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tAAGCAGTTACTTAATTTGTAATCGCATCC-CTTCCAGTTCCCA-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATTA-TATATTACCGACCAACACGTTTCCGAACAAACTTCGTAACT--CCCAGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGAAAAGAGACAAACATTAATTTATAAACAACACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTCC-TTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATG------ACT-----------TAAA------TCAA-----AACTAAAAACGACCGTTTCTGAGGTTTAATGAGCCTTTAAgcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|5                          : ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggAGATCTTTGGA-TCAGGGGTCCGT-AACA---C-GAGTAGTAAAGTCAGGGCTGGACACAAA-AGTATGAATCGTTTTT---TTTAGTGTTC------TT---TCTT--TGAAAAA-----AT-----AAA--TATTAATGTCTGCAATAAAAAAATATTTTGTTTTCATGAC--------ATGAGTGTAGGCAGCATCA----ATTATTTATTC-CATGTCTGAAAAAATCTGAGCACTGAAGGCTCTATATTATGCTTGTTTGGTCAGGTAACTTTTGATGAAGATATGCCAT--CATATA-----TGCACATGTACTGAATGCTATCACACGCGTTATTACACAACAAATCACTTTGTCGCTGACAATATTGAGAGGCTACCAATGGGT-TTTTGCTTAGCATAGTCAACGATTTAGATTATAGTAAGTTCTTGTTACAGTTATCAAAAATATTTTATTTTCATACGATCAATTTGTCACTGCCTTGCAATAAATTGGCTCATAGC-CTAC-AGTTTACTAATATGCTGAGGAGAATAAAAGGGATGTGTTTATTAACTACATGTATCTAAGGAGAAGCGGCTTGGTAATTTCTGAACACATTCACCAACA--TCCCCAATGCTGTG---CTCTCATAAAATGAACTGTGTA-TAAATTACCGACAGGCTCGATTCCGAACAAGCTTTGCAACT--CCCTTATTTCTGCTGAAGGCGTTAATC--ATAGAAAATAACATTAATTTGTAAACAAAACTCA-TCAAAATTATTTAA-AGTAATGTACTTTAC------TTTTTT--TTTGC---------TACTGGTCAAATAAACATGTAATCTGTGATCTAGAGGAGGAAAACTGACTTACATTATTAC-AAAAATGACTGTTTCAGATGTTTAATGAGCCTTTAACgaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cgtgcATTATATTAC-A--AGCATGCAA-----G-A-TTAATG-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCAGAAATGCACACT-TTTTGATAATAACAAAAATGAT-------------GTTTATGGTATATGC-AAAATCAATCCTGTAGACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGATAAC---AAAATAAATAATTTCGATTGAAATGTGTATTT-CTAAGACGA-CAGACCAACCTTTCAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCATA-TGACTTGATTGCTTTCTGACTGTACATCCGCCAGTATTTGAAAGTACACAAATAAATACTGCAGTGGTAGTGTGC-A-GATTAAGACCTTTAGA-TAAGGGGTTCATCAATATTAATGATTACAACAGTTATGGCAA--CACTAATATTATGTATTGTTATTGGGTTT--TC--T------TTA--TTTTAAA----AA-----AT-----A----TACTGATGTCCGCAATTAAA-------CTGT----AT--C--------G--AACGCAGTTTGCATTA---TATTATTTATAAGCA---CTGAAAAACAATCAGTACGGAA-------TTCGT-----GTTTGATCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCACTTGGATATA-----aatggataaaaca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aatcaactctaaatataaataaatta-TT--------A-AAGTCTCATTAAACTTCTGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTATATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACAATTCCTGTAAACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGA-AGCGAGAAAATAAATAACTTTGATCGAAACGTGTATTT-CTTTGGCGAGCGGACCAAACTTTTAAC-TTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCTGACTGTACCTCCATCAGTGTCCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAAC--TCAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAACGTTATGGCTT--CAC-AATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------ATA-----T--A----AA-----ATATATAA----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taATTAAGGCC-TTAGAATAAGGGATCAATTAACA---A-GAAAAGAAAAGTTGAGGCTT--GATTAACATTATGCTTTGTTATTGAGTTG--TCTTT------TTA-------------AA-----AA-----AAAATTATTGATGTCTGCAATAAAA-------ATAT----AT--TGTTTTCAAA--AATGAAGTTGGCATTA---TATT---------------------ACAA--------GCA-------TATTA-----GTTTGGTCCAGTAAC--TTGCTCAGGAT-TGCCCTTGAATTTA-----CACA----TG----ATACCATTACAAGCACTATTGTTTCACAAATCACTTTCTCGCTGTCAATATTGAAAGGCTACCAa
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACACTTTATGTCACACAACTAAATAGTTGCGGTGGCATAATAAATTAATAAATAATTGGTTAAGAAGTATTCAAACAACAGTATCAATCCAGGGGTCGTGAGTTCGAATCCCCGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATGATTGATGTACGACATTGTGTCTCATTATCATTTGTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGGAAGTTATCAGTTATTTGCGGAGATGGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAACCTTTCAGGAACCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTATCTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACAATAAATGTTCAATCAATCAATCAAACAAGAGGCCTTTTCCTGTCATTTTTATTGTTTTAGTCAAGGTTTAACGATATTTTAACAA
Unaligned ( gi|13 ): ATAATAAGAACATTATTTCAGGTGATGTGCCAATTTATTTTTAAGATAAACTGAAAACACTGACAATACGCAGATTAAGATTGCTGAATTAGGAATCCACAAGTGGAGTAATGGTTGAGGCAACATTATGCAGCGTTGTTGACTT
Unaligned ( gi|17 ): TTATCAGTTATTTGCTGATATGGGTATGCTTGAGTACTTTTTATCTTTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCGTCTGTTAGCCCTCGTTGAAATGGATATAGCAATATATGTTCAAACA
Unaligned ( gi|20 ): CCAATCTTTCTAGATAGTATCGGAGTTATGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          44444          333333333         11111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          111111  555555555555555555555555555555555                    1111111             11111111111              111                 111                      1111111     11111                                          222222222         1111                                                                                         11111                 2222222222    22222222                                                     22222                                              2222222                                                                                                                                                                      1111                                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1   55555          333333333 5    4  66666666 4                              4        0              3      0               5                            1        0       5   0          1                       5         3 0      0                       77 1        5                                                                      5                2     4            0    66 66                    66   1                         66     444444  555555555555555555555555555555555                    4444444    9999  66 66666666666        1     000             22  000   1        0     0   8888888     44444 0                          0             333333333 2 99    4444  1    1              1                   1                      6               1       66666     99       6  9999999999    44444444                                            6     3  11111 3   1                       3 5              9999999                                        6             6                6                6  3                               1      99                           66     1111                                                        444  6      99       7                               0      1          3         3       1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .....          ......... .    .  ........ .                              .        .              .      .               .                            .        .       .   .          .                       .         . .      .                       .. .        .                                                                      .                .     .            .    .. ..                    ..   .                         ..     ......  .................................                    .......    ....  .. ...........        .     ...             ..  ...   .        .     .   .......     ..... .                          .             ......... . ..    ....  .    .              .                   .                      .               .       .....     ..       .  ..........    ........                                            .     .  ..... .   .                       . .              .......                                        .             .                .                .  .                               .      ..                           ..     ....                                                        ...  .      ..       .                               .      .          .         .       .                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      0   00000          777777777 7    4  11111111 4                              4        1              4      2               0                            0        1       7   7          7                       7         0 4      4                       11 6        1                                                                      3                9     4            8    11 11                    11   0                         99     444444  333333333333333333333333333333333                    4444444    4444  11 66666666666        0     000             44  000   4        7     7   6666666     33333 1                          7             333333333 5 22    2222  7    0              0                   0                      7               7       77777     22       7  2222222222    22222222                                            0     2  77777 2   0                       2 0              0000000                                        7             7                7                7  7                               0      22                           22     8888                                                        333  7      22       5                               3      0          5         2       7                                     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA--TTTT-------AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
Reference ( family-992 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA--TTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTACATGTGTTGATAGTAT-TGCTAAAACCAGTCCTGTTGACCCCTTATTGACTGTT---------------AAAATAAATAACTTCGATCAAAATGTGTATTT-CTTAGACGAACAGACCAAACTTTTAACTTTTGTTCAC---------AATTCCGTAATGACCCGGTTGCTTTCCGACTGTACTGCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAATGTGTGGATTAAGAACATTAGC-TAACATGTTCATTAACA--A--GATAAGAAAAGTTATGGCTT--CACTTATATTATGTATCTTTATTGGGTTT--TCTTT------TTA-------------AAAAAATAT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTACGCAT---TGTATTATTTATATGCA---CTG-AAAACAATCAGTACGAAA-------TACTA-----G-TTGGTCTAGTTACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATAT---------ACG--CATG----ATACTATGGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCACAGTCAACATTGAGAAGCTACCAA-AGGTGG-TTGTTTAGTACAGTTA-----TT-AA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTACATTAACGATTCATCTCTTACATGCAATAAAAT--------GG-TT-C-GTT---------ACTGAGGGGAATAAA--TGATGGTCTTAAAAAA------TATCTAACCGCAAGCAGTTATTCAA-TTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTTCCC-ATACCCTGTTTCTCAC-TGAAGTG--------------CTACCGACCGACGCGTTTCCGAACATGCTTCGTATCT--CCCTGTTTTCTGCCAGAGGTGTTTATCAGAAAGA---TTACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTGTGTACTAATAATTTGCTTTATAACTA-TTTTTTCGTTTGCACTGTCTCTTAGTGATCATATAAACATGTATTCTTCCATCTGGAAGAGTAAAACTAACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCAGAAGTTTAATGAGCCTTTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TATTTATTTTTTAACCATATCC-CCTACAGTTTCCC-ATGCTATGTATATCCC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCATTGCCGAACAATCTTAGTAACA--CACCGTTTTCTGTCGAA-----------------------CATTAATTTGTTAACAAAACCCATTCTTAATTATGTACTTATAATGTGCTTTATATATA-TATTTG-GTTTGCAA-TTCTCTTAGTGATTAAATAAACACGTATTCAACCATATGGAAGAGTAAATCTGACTTAAATTAAAACTAAAAA-GACTGTTTCGAAGTTTTAATGAGCCTTTAACttcaagatcatgattgaaacatttaaaaattttaaaacttctacaagtacaacttacattttatgtacaaacaagaaatcagttgcctgtaaattttaaataattaaatttgccaattaattaattcatgtgtgctattttatcaacatttagtcaggagatgtgagtttcttatccttcttaataagtatccctgcctggcaacagtctctgagatgattgatatacgacatcgtgtctcatcattcttctctaaccgctgattcatctacatctacttgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAA---CAAAAATGATTATAATTAAATGTGTCTATAGTAC-TGTTAAA-CCATTCATATAGATCCCTTTGTGACTGTTTTCAAAAA-AATGAGAAAAAAAA-AACTTTGATCGAAAAGTAAATTT-CTTAAAAGATCAGACCGAGCTTTTAACTATTGTTTATATTTT-TGACATTCCATAATGACTCGGTTGTTTTCCGGCTATTCCTCCATCAATATTCGGAAGTACGCAACTCGATA-TGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CAATATTGAGAGACGATCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAATTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------CTAT--------TTTTAATTTCATATGGTCGATTCATCACTTACGTGCATTAAATTAGCTTGTGGGTTT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGG---TGTTaatattgagagacgatcaagggtggtttgtttagtacaattattaaaaaagtaattctatttttaatttcatatggtcgattcatcacttacgtgcattaaattagcttgtgggtttcagttcattaatacactgaggggaataaaggtgttgat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatagtaCACTGACAATACGCAGATTAAGATTGCTGAA-TTAGGAATCC----ACA--A--G--TGG---AGTAATGGTTG--AGGCAACATTATGCAGCGTTGTTGgat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ataataagaacattatttcaggtgatgtgccaatttatttttaagataaactgaaaa-AGTT-TT--------A-AAGTCCCATTAAAC-----------ACAAT-TCTTGATA-TAA--ACAACAATTAAAATTTAATGTGTTTGTAAAAT-TGCTGAAGCCACATCTAAAATCTCCTTATTGACTGTTGTTactt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ctcAACAAAAATCGGACGTTTCGGAAGTTTAATGAGCATTTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGC---TG-T-T-ATTTCTT--------A-AATGCTCATTAAACTTCCGAAACGTCCGAT-TTTTGgaaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aa-TT--------ACAAGC-TCATGAAACTTCTGAAATTCA--ATATTTTCATAATAGCAAAAATGATT-TAAgtcagagaacagggcattca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                g-T-AAAT-TC--------A-AAGCCTCATTAAACTCTCGAAATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTAGATT-TTATTTACCTAAAACCATTG-AAT-AATT-TTTCACTTTTA-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACATG-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTACTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATTGATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTTGACGAGCTGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-------------ATGACTTGATTGCTTTTCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTATTGTGCGGATTAAGATCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CGCTAATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------TT---TTTT--------A-----AT-----A----TATAGCTGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AATGTAGTACACATTACTATATTATCTATATGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----ATATGGTCTAGTTACTCTTACCCAGGATCTTTCCTTGC----A-----TACACG--CGTG----AT-----------------------ACAAATCACTTTATCGCTGTCTATATTGACAGGCTACCAA-TGATGGTTTGTTTAG-ACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TTCCAGTTCATTAATATATTGAGGGGAATAAAGGGAATGTTCTTAAAATT------TATCTAACCGCAAGTGGTTATTTAATTATTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCA-ACACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCATTATGTAACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCATAACTCCCCCCTTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTATTTTGTTAACAAAATCCGTTATTAATTGTATACTAATAATGTGCTTTATCTTTATTTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCCCAGTAATCAAATAAACATGTATTCTATCATCGGGAAGAGTAAAACTGAC------TAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAATTTTAATGAGCCTTAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aatccttttaaaataacgtagaaATTAAATT----TTAACATAAAA----TGTA-T-AATC-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCAAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACGAAAATGATTGTAATTAAATGTTTTTATGGTAT-TGCTTAAACAATTCCTGTAGACCACTTAGTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTAGGCAAGCGGACCAAACTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCTGTTATAACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTTCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAA-GAATACTGCAGTGGCA----GCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTGACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATGGTTATTGGGTTT--TCTTT------TTATTTTTT--T----AA-----AT-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAATTCGCAT---TTTTTTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACTGAA-------TACTA-----GCTTGATCTAGTAACTCTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATAAATGTTATAAGTACATT----GTACTATCGCACGCGCTATAACGTCACAAATCACTTTATTGCAGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGATTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAATTAA-TT----------TTAC--------TTTTAATTTTATATTGACGTTTCGTCGCTTACGTTCATTAAATATGCTCGTGGG-TTCCAGTTCATTAATACACTGAGGGAAATAAAGGGGATATTCTTAAAAAC------TAACTAACCGCAAGCGAGTATTTGATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TAAATTACCGACCGACGCGTTTCTGAACAAG--------CT--CCCCGTTTTCTGCAGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTGTCATCTTGAATAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTGAAAACAACCGCTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAACtgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                c-T-AATT-T---------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACACA-TTTTGATACTAACAGAAATTGTTGTAATTAAATGTGTTTAAAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTAATTGGCTGTTTTTAAAAA-TGCGAGAAAATAAAAAACTACGATCGAAATGTGTATTTTCTTAGACGAGCGGTCCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTTTGTAATTCCGTAATGATTCGGTTGCTTTCCGACCGTACTTCCGCCAGTTTTCGGAAGTACACGAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TATTTGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CATTAATATTATGTATCATAATTGGGTTT--TCTTTCTTTTCTT---TTTT--T----AA-----AT-----G----TATCGATATTTGCAATAAAA-------CAGT----AT--C--------G--AACCTATTACGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACATTGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTTGTAACTTTTGCTCAGGATCCTTCCTTGCATAT---------ACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTTTTACGTCACAAATCACTTTATGGCAGTCTATATTGAGAGGCTGCCAA-GGATGGTTTGTTTAGTATAGTAA-----TTAAA--AAGGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCG-GG-------GTTCATTAATACACTGAGGGGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tAAGCAGTTACTTAATTTGTAATCGCATCC-CTTCCAGTTCCCA-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATTA-TATATTACCGACCAACACGTTTCCGAACAAACTTCGTAACT--CCCAGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGAAAAGAGACAAACATTAATTTATAAACAACACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTCC-TTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATG------ACT-----------TAAA------TCAA-----AACTAAAAACGACCGTTTCTGAGGTTTAATGAGCCTTTAAgcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|5                          : ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggAGATCTTTGGA-TCAGGGGTCCGT-AACA--C--GAGTAGTAAAGTCAGGGCTGGACACAAA-AGTATGAATCGTTTTT---TTTAGTGTTC------TT---TCTT--TGAAAAA-----AT-----AAA--TATTAATGTCTGCAATAAAAAAATATTTTGTTTTCATGAC--------ATGAGTGTAGGCAGCAT---CA-ATTATTTATTC-CATGTCTGAAAAAATCTGAGCACTGAAGGCTCTATATTATGCTTGTTTGGTCAGGTAACTTTTGATGAAGATATGCCAT--CATATA-----TGCACA--TGTACTGAATGCTATCACACGCGTTATTACACAACAAATCACTTTGTCGCTGACAATATTGAGAGGCTACCAATGGGT-TTTTGCTTAGCATAGTCAACGATTTAGATTATAGTAAGTTCTTGTTACAGTTATCAAAAATATTTTATTTTCATACGATCAATTTGTCACTGCCTTGCAATAAATTGGCTCATAGC-CTACAGTTTACTAATATGCTGAGGAGAATAAAAGGGATGTGTTTATTAACTACATGTATCTAAGGAGAAGCGGCTTGGTAATTTCTGAACACATTCACCAACA--TCCCCAATGCTGTG---CTCTCATAAAATGAACTGTGTA-TAAATTACCGACAGGCTCGATTCCGAACAAGCTTTGCAACT--CCCTTATTTCTGCTGAAGGCGTTAATC--ATAGAAAATAACATTAATTTGTAAACAAAACTCA-TCAAAATTATTTAA-AGTAATGTACTTTAC------TTTTTT--TTTGC---------TACTGGTCAAATAAACATGTAATCTGTGATCTAGAGGAGGAAAACTGACTTACATTATTAC-AAAAATGACTGTTTCAGATGTTTAATGAGCCTTTAACgaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgtgcATTATATTAC-A--AGCATGCAA-----G-A-TTAATG-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCAGAAATGCACACT-TTTTGATAATAACAAAAATGAT-------------GTTTATGGTATATGC-AAAATCAATCCTGTAGACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGATAAC---AAAATAAATAATTTCGATTGAAATGTGTATTT-CTAAGACGA-CAGACCAACCTTTCAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCAT-ATGACTTGATTGCTTTCTGACTGTACATCCGCCAGTATTTGAAAGTACACAAATAAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAGATTAAGACCTTTAGA-TAAGGGGTTCATCAATATTAATGATTACAACAGTTATGGCAA--CACTAATATTATGTATTGTTATTGGGTTT--TC--T------TTA--TTTTAAA----AA-----AT-----A----TACTGATGTCCGCAATTAAA-------CTGT----AT--C--------G--AACGCAGTTTGCAT---TATATTATTTATAAGCA---CTGAAAAACAATCAGTACGGAA-------TTCGT-----GTTTGATCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCACTTGGATATA-----aatggataaaaca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatcaactctaaatataaataaatta-TT--------A-AAGTCTCATTAAACTTCTGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTATATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACAATTCCTGTAAACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGA-AGCGAGAAAATAAATAACTTTGATCGAAACGTGTATTT-CTTTGGCGAGCGGACCAAACTTTTAAC-TTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCTGACTGTACCTCCATCAGTGTCCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAACTCAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAACGTTATGGCTT--CAC-AATATTATGTATCGTTATTGGGTTT--TCTTT------ATA-----T--A----AA-----ATATATAA----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taATTAAGGCC-TTAGAATAAGGGATCAATTAACA--A--GAAAAGAAAAGTTGAGGCTT--GATTAACATTATGCTTTGTTATTGAGTTG--TCTTT------TTA-------------AA-----AA-----AAAATTATTGATGTCTGCAATAAAA-------ATAT----AT--TGTTTTCAAA--AATGAAGTTGGCAT---TATATT---------------------ACAA--------GCA-------TATTA-----GTTTGGTCCAGTAAC--TTGCTCAGGAT-TGCCCTTGAATTTA-----CACA------TG----ATACCATTACAAGCACTATTGTTTCACAAATCACTTTCTCGCTGTCAATATTGAAAGGCTACCAa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACACTTTATGTCACACAACTAAATAGTTGCGGTGGCATAATAAATTAATAAATAATTGGTTAAGAAGTATTCAAACAACAGTATCAATCCAGGGGTCGTGAGTTCGAATCCCCGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATGATTGATGTACGACATTGTGTCTCATTATCATTTGTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGGAAGTTATCAGTTATTTGCGGAGATGGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAACCTTTCAGGAACCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTATCTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACAATAAATGTTCAATCAATCAATCAAACAAGAGGCCTTTTCCTGTCATTTTTATTGTTTTAGTCAAGGTTTAACGATATTTTAACAA
Unaligned ( gi|17 ): TTATCAGTTATTTGCTGATATGGGTATGCTTGAGTACTTTTTATCTTTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCGTCTGTTAGCCCTCGTTGAAATGGATATAGCAATATATGTTCAAACA
Unaligned ( gi|20 ): CCAATCTTTCTAGATAGTATCGGAGTTATGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          44444          333333333         11111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          555555555555555555555555555555555555555555                    1111111             11111111111              111                 111                      1111111     11111                                          222222222         1111                                                                                         11111                 2222222222    22222222                                                     22222                                              2222222                                                                                                                                                                      1111                                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1   55555          333333333 5    4  66666666 4                              4        0              3      0               5                            1        0       5   0          1                       5         3 0      0                       77 1                                                                               5                2     4            0    777 4                    66   1                    66          555555555555555555555555555555555555555555                    4444444    9999  66 66666666666        1     000             22  000   1        0     0   8888888     44444 0                            1           333333333 2 99    4444  1    1              1                   1                      6               1       66666     99       6  9999999999    44444444                                            6     3  11111 3   1                       3 5              9999999                                        6             6                6                6  3                               1      99                           66     1111                                                        444  6      99       7                               0      1          3         3       1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .....          ......... .    .  ........ .                              .        .              .      .               .                            .        .       .   .          .                       .         . .      .                       .. .                                                                               .                .     .            .    ... .                    ..   .                    ..          ..........................................                    .......    ....  .. ...........        .     ...             ..  ...   .        .     .   .......     ..... .                            .           ......... . ..    ....  .    .              .                   .                      .               .       .....     ..       .  ..........    ........                                            .     .  ..... .   .                       . .              .......                                        .             .                .                .  .                               .      ..                           ..     ....                                                        ...  .      ..       .                               .      .          .         .       .                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      0   00000          777777777 7    4  11111111 4                              4        1              4      2               0                            0        1       7   7          7                       7         0 4      4                       11 6                                                                               3                9     4            8    888 4                    11   0                    11          666666666666666666666666666666666666666666                    4444444    4444  11 66666666666        0     000             44  000   4        7     7   6666666     33333 1                            4           333333333 5 22    2222  7    0              0                   0                      7               7       77777     22       7  2222222222    22222222                                            0     2  77777 2   0                       2 0              0000000                                        7             7                7                7  7                               0      22                           22     8888                                                        333  7      22       5                               3      0          5         2       7                                     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTCTTT------TTA---TTTT----AA-----A---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
Reference ( family-992 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTCTTT------TTA---TTTT----AA-----A---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTACATGTGTTGATAGTAT-TGCTAAAACCAGTCCTGTTGACCCCTTATTGACTGTT---------------AAAATAAATAACTTCGATCAAAATGTGTATTT-CTTAGACGAACAGACCAAACTTTTAACTTTTGTTCAC---------AATTCCGTAATGACCCGGTTGCTTTCCGACTGTACTGCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAATGTGTGGATTAAGAACATTAGC-TAACATGTTCATTAACA---A-GATAAGAAAAGTTATGGCTT--CACTTATATTATGTATCTTTATTG--GGTTTTCTTT------TTA-----------AAAAAATA---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTACGCAT---TGTATTATTTATATGCA---CTG-AAAACAATCAGTACGAAA-------TACTA-----G-TTGGTCTAGTTACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATAT---------ACG--CATG----ATACTATGGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCACAGTCAACATTGAGAAGCTACCAA-AGGTGG-TTGTTTAGTACAGTTA-----TT-AA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTACATTAACGATTCATCTCTTACATGCAATAAAAT--------GG-TT-C-GTT---------ACTGAGGGGAATAAA--TGATGGTCTTAAAAAA------TATCTAACCGCAAGCAGTTATTCAA-TTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTTCCC-ATACCCTGTTTCTCAC-TGAAGTG--------------CTACCGACCGACGCGTTTCCGAACATGCTTCGTATCT--CCCTGTTTTCTGCCAGAGGTGTTTATCAGAAAGA---TTACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTGTGTACTAATAATTTGCTTTATAACTA-TTTTTTCGTTTGCACTGTCTCTTAGTGATCATATAAACATGTATTCTTCCATCTGGAAGAGTAAAACTAACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCAGAAGTTTAATGAGCCTTTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TATTTATTTTTTAACCATATCC-CCTACAGTTTCCC-ATGCTATGTATATCCC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCATTGCCGAACAATCTTAGTAACA--CACCGTTTTCTGTCGAA-----------------------CATTAATTTGTTAACAAAACCCATTCTTAATTATGTACTTATAATGTGCTTTATATATA-TATTTG-GTTTGCAA-TTCTCTTAGTGATTAAATAAACACGTATTCAACCATATGGAAGAGTAAATCTGACTTAAATTAAAACTAAAAA-GACTGTTTCGAAGTTTTAATGAGCCTTTAACttcaagatcatgattgaaacatttaaaaattttaaaacttctacaagtacaacttacattttatgtacaaacaagaaatcagttgcctgtaaattttaaataattaaatttgccaattaattaattcatgtgtgctattttatcaacatttagtcaggagatgtgagtttcttatccttcttaataagtatccctgcctggcaacagtctctgagatgattgatatacgacatcgtgtctcatcattcttctctaaccgctgattcatctacatctacttgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAA---CAAAAATGATTATAATTAAATGTGTCTATAGTAC-TGTTAAA-CCATTCATATAGATCCCTTTGTGACTGTTTTCAAAAA-AATGAGAAAAAAAA-AACTTTGATCGAAAAGTAAATTT-CTTAAAAGATCAGACCGAGCTTTTAACTATTGTTTATATTTT-TGACATTCCATAATGACTCGGTTGTTTTCCGGCTATTCCTCCATCAATATTCGGAAGTACGCAACTCGATA-TGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAATATTGAGAGACGATCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAATTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------CTAT--------TTTTAATTTCATATGGTCGATTCATCACTTACGTGCATTAAATTAGCTTGTGGGTTT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGG---TGTTaatattgagagacgatcaagggtggtttgtttagtacaattattaaaaaagtaattctatttttaatttcatatggtcgattcatcacttacgtgcattaaattagcttgtgggtttcagttcattaatacactgaggggaataaaggtgttgat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatagtaCACTGACAATACGCAGATTAAGATTGCTGAA-TTAGGAATCC----ACA---A-G--TGG---AGTAATGGTTG--AGGCAACATTATGCAGCGTTGTTG--gat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ataataagaacattatttcaggtgatgtgccaatttatttttaagataaactgaaaa-AGTT-TT--------A-AAGTCCCATTAAAC-----------ACAAT-TCTTGATA-TAA--ACAACAATTAAAATTTAATGTGTTTGTAAAAT-TGCTGAAGCCACATCTAAAATCTCCTTATTGACTGTTGTTactt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctcAACAAAAATCGGACGTTTCGGAAGTTTAATGAGCATTTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGC---TG-T-T-ATTTCTT--------A-AATGCTCATTAAACTTCCGAAACGTCCGAT-TTTTGgaaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aa-TT--------ACAAGC-TCATGAAACTTCTGAAATTCA--ATATTTTCATAATAGCAAAAATGATT-TAAgtcagagaacagggcattca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                g-T-AAAT-TC--------A-AAGCCTCATTAAACTCTCGAAATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTAGATT-TTATTTACCTAAAACCATTG-AAT-AATT-TTTCACTTTTA-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACATG-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTACTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATTGATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTTGACGAGCTGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-------------ATGACTTGATTGCTTTTCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTATTGTGCGGATTAAGATCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CGCTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTCTTT------TT----TTTT-----A-----A---T-----A----TATAGCTGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AATGTAGTACACATTACTATATTATCTATATGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----ATATGGTCTAGTTACTCTTACCCAGGATCTTTCCTTGC----A-----TACACG--CGTG----AT-----------------------ACAAATCACTTTATCGCTGTCTATATTGACAGGCTACCAA-TGATGGTTTGTTTAG-ACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TTCCAGTTCATTAATATATTGAGGGGAATAAAGGGAATGTTCTTAAAATT------TATCTAACCGCAAGTGGTTATTTAATTATTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCA-ACACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCATTATGTAACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCATAACTCCCCCCTTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTATTTTGTTAACAAAATCCGTTATTAATTGTATACTAATAATGTGCTTTATCTTTATTTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCCCAGTAATCAAATAAACATGTATTCTATCATCGGGAAGAGTAAAACTGAC------TAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAATTTTAATGAGCCTTAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aatccttttaaaataacgtagaaATTAAATT----TTAACATAAAA----TGTA-T-AATC-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCAAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACGAAAATGATTGTAATTAAATGTTTTTATGGTAT-TGCTTAAACAATTCCTGTAGACCACTTAGTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTAGGCAAGCGGACCAAACTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCTGTTATAACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTTCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAA-GAATACTGCAGTGGCA----GCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTGACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATGGTTATTG--GGTTTTCTTT------TTATTTTTTT----AA-----A---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAATTCGCAT---TTTTTTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACTGAA-------TACTA-----GCTTGATCTAGTAACTCTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATAAATGTTATAAGTACATT----GTACTATCGCACGCGCTATAACGTCACAAATCACTTTATTGCAGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGATTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAATTAA-TT----------TTAC--------TTTTAATTTTATATTGACGTTTCGTCGCTTACGTTCATTAAATATGCTCGTGGG-TTCCAGTTCATTAATACACTGAGGGAAATAAAGGGGATATTCTTAAAAAC------TAACTAACCGCAAGCGAGTATTTGATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TAAATTACCGACCGACGCGTTTCTGAACAAG--------CT--CCCCGTTTTCTGCAGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTGTCATCTTGAATAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTGAAAACAACCGCTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAACtgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                c-T-AATT-T---------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACACA-TTTTGATACTAACAGAAATTGTTGTAATTAAATGTGTTTAAAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTAATTGGCTGTTTTTAAAAA-TGCGAGAAAATAAAAAACTACGATCGAAATGTGTATTTTCTTAGACGAGCGGTCCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTTTGTAATTCCGTAATGATTCGGTTGCTTTCCGACCGTACTTCCGCCAGTTTTCGGAAGTACACGAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TATTTGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CATTAATATTATGTATCATAATTG--GGTTTTCTTTCTTTTCTTT---TTTT----AA-----A---T-----G----TATCGATATTTGCAATAAAA-------CAGT----AT--C--------G--AACCTATTACGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACATTGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTTGTAACTTTTGCTCAGGATCCTTCCTTGCATAT---------ACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTTTTACGTCACAAATCACTTTATGGCAGTCTATATTGAGAGGCTGCCAA-GGATGGTTTGTTTAGTATAGTAA-----TTAAA--AAGGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCG-GG-------GTTCATTAATACACTGAGGGGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tAAGCAGTTACTTAATTTGTAATCGCATCC-CTTCCAGTTCCCA-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATTA-TATATTACCGACCAACACGTTTCCGAACAAACTTCGTAACT--CCCAGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGAAAAGAGACAAACATTAATTTATAAACAACACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTCC-TTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATG------ACT-----------TAAA------TCAA-----AACTAAAAACGACCGTTTCTGAGGTTTAATGAGCCTTTAAgcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|5                          : ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggAGATCTTTGGA-TCAGGGGTCCGT-AACA---C-GAGTAGTAAAGTCAGGGCTGGACACAAA-AGTATGAATCGTTTTTTTTAGTGTTCTTT------CT------TTGAAAAA-----A---T-----AAA--TATTAATGTCTGCAATAAAAAAATATTTTGTTTTCATGAC--------ATGAGTGTAGGCAGCAT---CA-ATTATTTATTC-CATGTCTGAAAAAATCTGAGCACTGAAGGCTCTATATTATGCTTGTTTGGTCAGGTAACTTTTGATGAAGATATGCCAT--CATATA-----TGCACA--TGTACTGAATGCTATCACACGCGTTATTACACAACAAATCACTTTGTCGCTGACAATATTGAGAGGCTACCAATGGGT-TTTTGCTTAGCATAGTCAACGATTTAGATTATAGTAAGTTCTTGTTACAGTTATCAAAAATATTTTATTTTCATACGATCAATTTGTCACTGCCTTGCAATAAATTGGCTCATAGC-CTACAGTTTACTAATATGCTGAGGAGAATAAAAGGGATGTGTTTATTAACTACATGTATCTAAGGAGAAGCGGCTTGGTAATTTCTGAACACATTCACCAACA--TCCCCAATGCTGTG---CTCTCATAAAATGAACTGTGTA-TAAATTACCGACAGGCTCGATTCCGAACAAGCTTTGCAACT--CCCTTATTTCTGCTGAAGGCGTTAATC--ATAGAAAATAACATTAATTTGTAAACAAAACTCA-TCAAAATTATTTAA-AGTAATGTACTTTAC------TTTTTT--TTTGC---------TACTGGTCAAATAAACATGTAATCTGTGATCTAGAGGAGGAAAACTGACTTACATTATTAC-AAAAATGACTGTTTCAGATGTTTAATGAGCCTTTAACgaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgtgcATTATATTAC-A--AGCATGCAA-----G-A-TTAATG-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCAGAAATGCACACT-TTTTGATAATAACAAAAATGAT-------------GTTTATGGTATATGC-AAAATCAATCCTGTAGACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGATAAC---AAAATAAATAATTTCGATTGAAATGTGTATTT-CTAAGACGA-CAGACCAACCTTTCAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCATA-TGACTTGATTGCTTTCTGACTGTACATCCGCCAGTATTTGAAAGTACACAAATAAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAGATTAAGACCTTTAGA-TAAGGGGTTCATCAATATTAATGATTACAACAGTTATGGCAA--CACTAATATTATGTATTGTTATTG--GGTTTTCTTT--------A---TTTT----AA-----AAAAT-----A----TACTGATGTCCGCAATTAAA-------CTGT----AT--C--------G--AACGCAGTTTGCAT---TATATTATTTATAAGCA---CTGAAAAACAATCAGTACGGAA-------TTCGT-----GTTTGATCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCACTTGGATATA-----aatggataaaaca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatcaactctaaatataaataaatta-TT--------A-AAGTCTCATTAAACTTCTGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTATATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACAATTCCTGTAAACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGA-AGCGAGAAAATAAATAACTTTGATCGAAACGTGTATTT-CTTTGGCGAGCGGACCAAACTTTTAAC-TTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCTGACTGTACCTCCATCAGTGTCCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAACTCAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAACGTTATGGCTT--CAC-AATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTC--T------TTA---TATA----AA-----A---TATATAA----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taATTAAGGCC-TTAGAATAAGGGATCAATTAACA---A-GAAAAGAAAAGTTGAGGCTT--GATTAACATTATGCTTTGTTATTG--AGTTGTCTTT------TTA-----------AA-----A---A-----AAAATTATTGATGTCTGCAATAAAA-------ATAT----AT--TGTTTTCAAA--AATGAAGTTGGCAT---TATATTA---------------------CAA--------GCA-------TATTA-----GTTTGGTCCAGTAACTT--GCTCAGGATTG-CCCTTGAATTTA-----CACA------TG----ATACCATTACAAGCACTATTGTTTCACAAATCACTTTCTCGCTGTCAATATTGAAAGGCTACCAa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACACTTTATGTCACACAACTAAATAGTTGCGGTGGCATAATAAATTAATAAATAATTGGTTAAGAAGTATTCAAACAACAGTATCAATCCAGGGGTCGTGAGTTCGAATCCCCGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATGATTGATGTACGACATTGTGTCTCATTATCATTTGTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGGAAGTTATCAGTTATTTGCGGAGATGGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAACCTTTCAGGAACCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTATCTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACAATAAATGTTCAATCAATCAATCAAACAAGAGGCCTTTTCCTGTCATTTTTATTGTTTTAGTCAAGGTTTAACGATATTTTAACAA
Unaligned ( gi|17 ): TTATCAGTTATTTGCTGATATGGGTATGCTTGAGTACTTTTTATCTTTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCGTCTGTTAGCCCTCGTTGAAATGGATATAGCAATATATGTTCAAACA
Unaligned ( gi|20 ): CCAATCTTTCTAGATAGTATCGGAGTTATGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          44444          333333333         11111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          555555555555555555555555555555555555555555                    1111111             11111111111              111                 111                      1111111     11111                                          222222222         1111                                                                                         11111                 2222222222    22222222                                                     22222                                              2222222                                                                                                                                                                      1111                                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1   55555          333333333 5    4  66666666 4                              4        0              3      0               5                            1        0       5   0          1                       5         3 0      0                       77 1                                                                               5                2     4            0    777 4                    66   1                    66          555555555555555555555555555555555555555555                    4444444    9999  66 66666666666        1     000             22  000   1        0     0   8888888     44444 0                            1           333333333 2 99    4444  1    1              1                   1                      6               1       66666     99       6  9999999999    44444444                                            6     3  11111 3   1                       3 5              9999999                                        6             6                6                6  3                               1      99                           66     1111                                                        444  6      99       7                               0      1          3         3       1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .....          ......... .    .  ........ .                              .        .              .      .               .                            .        .       .   .          .                       .         . .      .                       .. .                                                                               .                .     .            .    ... .                    ..   .                    ..          ..........................................                    .......    ....  .. ...........        .     ...             ..  ...   .        .     .   .......     ..... .                            .           ......... . ..    ....  .    .              .                   .                      .               .       .....     ..       .  ..........    ........                                            .     .  ..... .   .                       . .              .......                                        .             .                .                .  .                               .      ..                           ..     ....                                                        ...  .      ..       .                               .      .          .         .       .                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      0   00000          777777777 7    4  11111111 4                              4        1              4      2               0                            0        1       7   7          7                       7         0 4      4                       11 6                                                                               3                9     4            8    888 4                    11   0                    11          666666666666666666666666666666666666666666                    4444444    4444  11 66666666666        0     000             44  000   4        7     7   6666666     33333 1                            4           333333333 5 22    2222  7    0              0                   0                      7               7       77777     22       7  2222222222    22222222                                            0     2  77777 2   0                       2 0              0000000                                        7             7                7                7  7                               0      22                           22     8888                                                        333  7      22       5                               3      0          5         2       7                                     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTCTTT------TTA---TTTT----AA-----A---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
Reference ( family-992 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTCTTT------TTA---TTTT----AA-----A---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTACATGTGTTGATAGTAT-TGCTAAAACCAGTCCTGTTGACCCCTTATTGACTGTT---------------AAAATAAATAACTTCGATCAAAATGTGTATTT-CTTAGACGAACAGACCAAACTTTTAACTTTTGTTCAC---------AATTCCGTAATGACCCGGTTGCTTTCCGACTGTACTGCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAATGTGTGGATTAAGAACATTAGC-TAACATGTTCATTAACA---A-GATAAGAAAAGTTATGGCTT--CACTTATATTATGTATCTTTATTG--GGTTTTCTTT------TTA-----------AAAAAATA---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTACGCAT---TGTATTATTTATATGCA---CTG-AAAACAATCAGTACGAAA-------TACTA-----G-TTGGTCTAGTTACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATAT---------ACG--CATG----ATACTATGGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCACAGTCAACATTGAGAAGCTACCAA-AGGTGG-TTGTTTAGTACAGTTA-----TT-AA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTACATTAACGATTCATCTCTTACATGCAATAAAAT--------GG-TT-C-GTT---------ACTGAGGGGAATAAA--TGATGGTCTTAAAAAA------TATCTAACCGCAAGCAGTTATTCAA-TTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTTCCC-ATACCCTGTTTCTCAC-TGAAGTG--------------CTACCGACCGACGCGTTTCCGAACATGCTTCGTATCT--CCCTGTTTTCTGCCAGAGGTGTTTATCAGAAAGA---TTACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTGTGTACTAATAATTTGCTTTATAACTA-TTTTTTCGTTTGCACTGTCTCTTAGTGATCATATAAACATGTATTCTTCCATCTGGAAGAGTAAAACTAACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCAGAAGTTTAATGAGCCTTTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TATTTATTTTTTAACCATATCC-CCTACAGTTTCCC-ATGCTATGTATATCCC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCATTGCCGAACAATCTTAGTAACA--CACCGTTTTCTGTCGAA-----------------------CATTAATTTGTTAACAAAACCCATTCTTAATTATGTACTTATAATGTGCTTTATATATA-TATTTG-GTTTGCAA-TTCTCTTAGTGATTAAATAAACACGTATTCAACCATATGGAAGAGTAAATCTGACTTAAATTAAAACTAAAAA-GACTGTTTCGAAGTTTTAATGAGCCTTTAACttcaagatcatgattgaaacatttaaaaattttaaaacttctacaagtacaacttacattttatgtacaaacaagaaatcagttgcctgtaaattttaaataattaaatttgccaattaattaattcatgtgtgctattttatcaacatttagtcaggagatgtgagtttcttatccttcttaataagtatccctgcctggcaacagtctctgagatgattgatatacgacatcgtgtctcatcattcttctctaaccgctgattcatctacatctacttgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAA---CAAAAATGATTATAATTAAATGTGTCTATAGTAC-TGTTAAA-CCATTCATATAGATCCCTTTGTGACTGTTTTCAAAAA-AATGAGAAAAAAAA-AACTTTGATCGAAAAGTAAATTT-CTTAAAAGATCAGACCGAGCTTTTAACTATTGTTTATATTTT-TGACATTCCATAATGACTCGGTTGTTTTCCGGCTATTCCTCCATCAATATTCGGAAGTACGCAACTCGATA-TGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAATATTGAGAGACGATCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAATTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------CTAT--------TTTTAATTTCATATGGTCGATTCATCACTTACGTGCATTAAATTAGCTTGTGGGTTT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGG---TGTTaatattgagagacgatcaagggtggtttgtttagtacaattattaaaaaagtaattctatttttaatttcatatggtcgattcatcacttacgtgcattaaattagcttgtgggtttcagttcattaatacactgaggggaataaaggtgttgat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatagtaCACTGACAATACGCAGATTAAGATTGCTGAA-TTAGGAATCC----ACA---A-G--TGG---AGTAATGGTTG--AGGCAACATTATGCAGCGTTGTTG--gat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ataataagaacattatttcaggtgatgtgccaatttatttttaagataaactgaaaa-AGTT-TT--------A-AAGTCCCATTAAAC-----------ACAAT-TCTTGATA-TAA--ACAACAATTAAAATTTAATGTGTTTGTAAAAT-TGCTGAAGCCACATCTAAAATCTCCTTATTGACTGTTGTTactt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ctcAACAAAAATCGGACGTTTCGGAAGTTTAATGAGCATTTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGC---TG-T-T-ATTTCTT--------A-AATGCTCATTAAACTTCCGAAACGTCCGAT-TTTTGgaaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aa-TT--------ACAAGC-TCATGAAACTTCTGAAATTCA--ATATTTTCATAATAGCAAAAATGATT-TAAgtcagagaacagggcattca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                g-T-AAAT-TC--------A-AAGCCTCATTAAACTCTCGAAATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTAGATT-TTATTTACCTAAAACCATTG-AAT-AATT-TTTCACTTTTA-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACATG-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTACTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATTGATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTTGACGAGCTGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-------------ATGACTTGATTGCTTTTCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTATTGTGCGGATTAAGATCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CGCTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTCTTT------TT----TTTT-----A-----A---T-----A----TATAGCTGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AATGTAGTACACATTACTATATTATCTATATGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----ATATGGTCTAGTTACTCTTACCCAGGATCTTTCCTTGC----A-----TACACG--CGTG----AT-----------------------ACAAATCACTTTATCGCTGTCTATATTGACAGGCTACCAA-TGATGGTTTGTTTAG-ACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TTCCAGTTCATTAATATATTGAGGGGAATAAAGGGAATGTTCTTAAAATT------TATCTAACCGCAAGTGGTTATTTAATTATTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCA-ACACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCATTATGTAACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCATAACTCCCCCCTTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTATTTTGTTAACAAAATCCGTTATTAATTGTATACTAATAATGTGCTTTATCTTTATTTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCCCAGTAATCAAATAAACATGTATTCTATCATCGGGAAGAGTAAAACTGAC------TAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAATTTTAATGAGCCTTAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aatccttttaaaataacgtagaaATTAAATT----TTAACATAAAA----TGTA-T-AATC-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCAAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACGAAAATGATTGTAATTAAATGTTTTTATGGTAT-TGCTTAAACAATTCCTGTAGACCACTTAGTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTAGGCAAGCGGACCAAACTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCTGTTATAACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTTCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAA-GAATACTGCAGTGGCA----GCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTGACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATGGTTATTG--GGTTTTCTTT------TTATTTTTTT----AA-----A---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAATTCGCAT---TTTTTTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACTGAA-------TACTA-----GCTTGATCTAGTAACTCTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATAAATGTTATAAGTACATT----GTACTATCGCACGCGCTATAACGTCACAAATCACTTTATTGCAGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGATTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAATTAA-TT----------TTAC--------TTTTAATTTTATATTGACGTTTCGTCGCTTACGTTCATTAAATATGCTCGTGGG-TTCCAGTTCATTAATACACTGAGGGAAATAAAGGGGATATTCTTAAAAAC------TAACTAACCGCAAGCGAGTATTTGATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TAAATTACCGACCGACGCGTTTCTGAACAAG--------CT--CCCCGTTTTCTGCAGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTGTCATCTTGAATAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTGAAAACAACCGCTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAACtgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                c-T-AATT-T---------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACACA-TTTTGATACTAACAGAAATTGTTGTAATTAAATGTGTTTAAAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTAATTGGCTGTTTTTAAAAA-TGCGAGAAAATAAAAAACTACGATCGAAATGTGTATTTTCTTAGACGAGCGGTCCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTTTGTAATTCCGTAATGATTCGGTTGCTTTCCGACCGTACTTCCGCCAGTTTTCGGAAGTACACGAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TATTTGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CATTAATATTATGTATCATAATTG--GGTTTTCTTTCTTTTCTTT---TTTT----AA-----A---T-----G----TATCGATATTTGCAATAAAA-------CAGT----AT--C--------G--AACCTATTACGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACATTGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTTGTAACTTTTGCTCAGGATCCTTCCTTGCATAT---------ACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTTTTACGTCACAAATCACTTTATGGCAGTCTATATTGAGAGGCTGCCAA-GGATGGTTTGTTTAGTATAGTAA-----TTAAA--AAGGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCG-GG-------GTTCATTAATACACTGAGGGGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tAAGCAGTTACTTAATTTGTAATCGCATCC-CTTCCAGTTCCCA-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATTA-TATATTACCGACCAACACGTTTCCGAACAAACTTCGTAACT--CCCAGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGAAAAGAGACAAACATTAATTTATAAACAACACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTCC-TTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATG------ACT-----------TAAA------TCAA-----AACTAAAAACGACCGTTTCTGAGGTTTAATGAGCCTTTAAgcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|5                          : ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggAGATCTTTGGA-TCAGGGGTCCGT-AACA---C-GAGTAGTAAAGTCAGGGCTGGACACAAA-AGTATGAATCGTTTTTTTTAGTGTTCTTT------CT------TTGAAAAA-----A---T-----AAA--TATTAATGTCTGCAATAAAAAAATATTTTGTTTTCATGAC--------ATGAGTGTAGGCAGCAT---CA-ATTATTTATTC-CATGTCTGAAAAAATCTGAGCACTGAAGGCTCTATATTATGCTTGTTTGGTCAGGTAACTTTTGATGAAGATATGCCAT--CATATA-----TGCACA--TGTACTGAATGCTATCACACGCGTTATTACACAACAAATCACTTTGTCGCTGACAATATTGAGAGGCTACCAATGGGT-TTTTGCTTAGCATAGTCAACGATTTAGATTATAGTAAGTTCTTGTTACAGTTATCAAAAATATTTTATTTTCATACGATCAATTTGTCACTGCCTTGCAATAAATTGGCTCATAGC-CTACAGTTTACTAATATGCTGAGGAGAATAAAAGGGATGTGTTTATTAACTACATGTATCTAAGGAGAAGCGGCTTGGTAATTTCTGAACACATTCACCAACA--TCCCCAATGCTGTG---CTCTCATAAAATGAACTGTGTA-TAAATTACCGACAGGCTCGATTCCGAACAAGCTTTGCAACT--CCCTTATTTCTGCTGAAGGCGTTAATC--ATAGAAAATAACATTAATTTGTAAACAAAACTCA-TCAAAATTATTTAA-AGTAATGTACTTTAC------TTTTTT--TTTGC---------TACTGGTCAAATAAACATGTAATCTGTGATCTAGAGGAGGAAAACTGACTTACATTATTAC-AAAAATGACTGTTTCAGATGTTTAATGAGCCTTTAACgaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgtgcATTATATTAC-A--AGCATGCAA-----G-A-TTAATG-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCAGAAATGCACACT-TTTTGATAATAACAAAAATGAT-------------GTTTATGGTATATGC-AAAATCAATCCTGTAGACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGATAAC---AAAATAAATAATTTCGATTGAAATGTGTATTT-CTAAGACGA-CAGACCAACCTTTCAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCATA-TGACTTGATTGCTTTCTGACTGTACATCCGCCAGTATTTGAAAGTACACAAATAAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAGATTAAGACCTTTAGA-TAAGGGGTTCATCAATATTAATGATTACAACAGTTATGGCAA--CACTAATATTATGTATTGTTATTG--GGTTTTCTTT--------A---TTTT----AA-----AAAAT-----A----TACTGATGTCCGCAATTAAA-------CTGT----AT--C--------G--AACGCAGTTTGCAT---TATATTATTTATAAGCA---CTGAAAAACAATCAGTACGGAA-------TTCGT-----GTTTGATCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCACTTGGATATA-----aatggataaaaca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatcaactctaaatataaataaatta-TT--------A-AAGTCTCATTAAACTTCTGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTATATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACAATTCCTGTAAACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGA-AGCGAGAAAATAAATAACTTTGATCGAAACGTGTATTT-CTTTGGCGAGCGGACCAAACTTTTAAC-TTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCTGACTGTACCTCCATCAGTGTCCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAACTCAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAACGTTATGGCTT--CAC-AATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTC--T------TTA---TATA----AA-----A---TATATAA----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taATTAAGGCC-TTAGAATAAGGGATCAATTAACA---A-GAAAAGAAAAGTTGAGGCTT--GATTAACATTATGCTTTGTTATTG--AGTTGTCTTT------TTA-----------AA-----A---A-----AAAATTATTGATGTCTGCAATAAAA-------ATAT----AT--TGTTTTCAAA--AATGAAGTTGGCAT---TATATTA---------------------CAA--------GCA-------TATTA-----GTTTGGTCCAGTAACTT--GCTCAGGATTG-CCCTTGAATTTA-----CACA------TG----ATACCATTACAAGCACTATTGTTTCACAAATCACTTTCTCGCTGTCAATATTGAAAGGCTACCAa


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      A   ACA            CCATTGAA  T    C  TCACTTTT C                              A                       A                      A                            G                T              T                       T         T                                TT A                                                                               A                G     A                 TTA T                    GA   C                    TT          CTTTTCTTTTTTTAAATG                                            AAATATT    TTTC  GA GTTTTCAAA          A     TAC             TG  TGT   A                  GGCTCTA     TGCTT                              T           AAATGTTAT C TA    CTGA  A    C              G                   T                      T               T       ACGAT     TT       G  CTTGTTACAG    CAAAAATA                                            A     T  GTTT  A   C                       G G              CTACATG                                        A             A                A                T  T                               A      CC                           GG     GACG                                                        ATA  T      CG       A                                      G          T         A       T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      T   T              TGTA      .    .  .        .                              .                       G                      .                            T                .              T                       .         G                                T  T                                                                               T                G     .                 .   .                    .    T                    .           TTATATAAAATATATAA                                             .          .     .  ATG                A     .               CG  .     A                  .           .                                  T           ATAC      A .     .     A    C              G                   A                      .               T       .         .        .  .             .                                                   A     T  GTTC  A   C                       G G              T                                              .             .                .                .  T                               C      .                            GG     GACG                                                        CTT  .      CG       A                                      G          A         A       A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GA        .    .  .        .                              .                       G                      .                            C                .              A                       .         G                                T  T                                                                               G                G     .                 .   .                    .    T                    .           TTATTTTTTTAAATA                                               .          .     .  A                  T     .               CG  .     A                  .           .                                  T           ATGC      C .     .     G    C              A                   A                      .               T       .         .        .  .             .                                                   T     T  GTTC  A   C                       G G              C                                              .             .                .                .  A                               C      .                            GA     GACA                                                        ATT  .      G        A                                      T          A         A       T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .    .  .        .                              .                       G                      .                            G                .              T                       .         G                                T  T                                                                               G                G     .                 .   .                    .    T                    .           CTTTGAAAAAATAAA                                               .          .     .  A                  A     .               AG  .     A                  .           .                                  G           ACAC      C .     .     A    T              T                   T                      .               C       .         .        .  .             .                                                   A     T  CCTA  A   C                       A .                                                             .             .                .                .  T                               T      .                            .      AAAT                                                        ATT  .      C        .                                      A          A         .       T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .    .  .        .                              .                       G                      .                            T                .              T                       .         G                                T  T                                                                               G                T     .                 .   .                    .    A                    .           ATTTTAAAAAATA                                                 .          .     .  A                  C     .               C   .     A                  .           .                                  T           .         . .     .     .    .              .                   T                      .               .       .         .        .  .             .                                                   G     .  .     .   T                                                                                       .             .                .                .  A                               .      .                            .      .                                                           .    .      .        .                                      .          .         .       T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .    .  .        .                              .                       .                      .                            G                .              .                       .         .                                .  .                                                                               .                T     .                 .   .                    .    T                    .           TTAAAAAAAAAT                                                  .          .     .  G                  T     .               .   .     .                  .           .                                  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .  .        .                              .                       .                      .                            G                                                                                                                                                                                                      G     .                 .   .                    .    T                    .           TTTTTTAATA                                                    .          .     .  G                  T                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .  .        .                              .                                                                                                                                                                                                                                                                                  .     .                 .   .                    .    .                    .                                                                         .          .     .  A                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T*                                                                                                                                                                                         CTTTTNNAAAATA*****************************                                                                                                                                                                         ATAC*****                                                                                                                                                                                                       GTTC*                                                                                                                                                                                                                           GACG                                                                    CG
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTCTTT------TTA---TTTT----AA-----A---T-----A----TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGG-TT-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTT-GTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA---A-GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTCTTTCTTTTNNAAAATA-----------------------------TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCAT---TATATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATATAC-----ACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGGTTC-CAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACACTTTATGTCACACAACTAAATAGTTGCGGTGGCATAATAAATTAATAAATAATTGGTTAAGAAGTATTCAAACAACAGTATCAATCCAGGGGTCGTGAGTTCGAATCCCCGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATGATTGATGTACGACATTGTGTCTCATTATCATTTGTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGGAAGTTATCAGTTATTTGCGGAGATGGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAACCTTTCAGGAACCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTATCTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACAATAAATGTTCAATCAATCAATCAAACAAGAGGCCTTTTCCTGTCATTTTTATTGTTTTAGTCAAGGTTTAACGATATTTTAACAA
Unaligned ( gi|17 ): TTATCAGTTATTTGCTGATATGGGTATGCTTGAGTACTTTTTATCTTTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCGTCTGTTAGCCCTCGTTGAAATGGATATAGCAATATATGTTCAAACA
Unaligned ( gi|20 ): CCAATCTTTCTAGATAGTATCGGAGTTATGG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          44444          333333333         11111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       11111   1111             11111111                    1111111             11111111111                111               111                      1111111     11111                                          333333333         1111                                                                                         11111                 2222222222    22222222                                                                                                       2222222                                                                                                                                                                      1111                                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      1   55555          333333333 5    4  66666666 4                              4        0              3      0               5                            1        0       5   0          1                       5         3 0      0                       77 1        5                                                                                       2     4            0    66 66                    66   1                    66       22222   6666   777  888  77777777                    4444444    9999  66 66666666666        1       000           22  000   1        0     0   8888888     44444 0                            1           444444444 2 99    4444    1  1              1                   1                      6               1       66666     99       6  9999999999    44444444                                            6     3  2  33    1                       3 5              9999999                                        6             6                6                6  3                               1      99                           66     1111                                                        444  6      99       7                               0      1          3         3       1                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .   .....          ......... .    .  ........ .                              .        .              .      .               .                            .        .       .   .          .                       .         . .      .                       .. .        .                                                                                       .     .            .    .. ..                    ..   .                    ..       .....   ....   ...  ...  ........                    .......    ....  .. ...........        .       ...           ..  ...   .        .     .   .......     ..... .                            .           ......... . ..    ....    .  .              .                   .                      .               .       .....     ..       .  ..........    ........                                            .     .  .  ..    .                       . .              .......                                        .             .                .                .  .                               .      ..                           ..     ....                                                        ...  .      ..       .                               .      .          .         .       .                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      0   00000          777777777 7    4  11111111 4                              4        1              4      2               0                            0        1       7   7          7                       7         0 4      4                       11 6        1                                                                                       9     4            8    11 11                    11   0                    11       55555   6666   444  888  66666666                    4444444    4444  11 66666666666        0       000           44  000   4        7     7   6666666     33333 1                            4           777777777 5 22    2222    7  0              0                   0                      7               7       77777     22       7  2222222222    22222222                                            0     2  5  55    0                       2 0              0000000                                        7             7                7                7  7                               0      22                           22     8888                                                        333  7      22       5                               3      0          5         2       7                                     
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTC-----TTTNT--TTTANAAA---AT-----A--TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGGTTCCAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
Reference ( family-992 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 NATTANATT-C-ATTAACATAAAAC---TG-A-T-AATT-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTANTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCGATCGAAATGTGTATTT-CTTAGACGAGCGGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTC-----TTTCT--TTTNNAAA---AT-----A--TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTNCGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATA-----TACACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCGCNGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGGTTCCAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGGGGATGTTCTTAAAAAC------TATCTAACCGCAAGCGGTTATTTAATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCGTAACT--CCCCGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTACCATCTGGAAGAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTACATGTGTTGATAGTAT-TGCTAAAACCAGTCCTGTTGACCCCTTATTGACTGTT---------------AAAATAAATAACTTCGATCAAAATGTGTATTT-CTTAGACGAACAGACCAAACTTTTAACTTTTGTTCAC---------AATTCCGTAATGACCCGGTTGCTTTCCGACTGTACTGCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAATGTGTGGATTAAGAACATTAGC-TAACATGTTCATTAACA--A--GATAAGAAAAGTTATGGCTT--CACTTATATTATGTATCTTTATTG--GGTTTTC-----T---T--TTTAAAAAAATAT-----A--TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAGTACGCATTG---TATTATTTATATGCA---CTG-AAAACAATCAGTACGAAA-------TACTA-----G-TTGGTCTAGTTACTTTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATAT---------ACG--CATG----ATACTATGGCACGCGCTATTACGTCACAAATCACTTTATCACAGTCAACATTGAGAAGCTACCAA-AGGTGG-TTGTTTAGTACAGTTA-----TT-AA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTACATTAACGATTCATCTCTTACATGCAATAAAAT--------GGTTC--GTT---------ACTGAGGGGAATAAA--TGATGGTCTTAAAAAA------TATCTAACCGCAAGCAGTTATTCAA-TTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTTCCC-ATACCCTGTTTCTCAC-TGAAGTG--------------CTACCGACCGACGCGTTTCCGAACATGCTTCGTATCT--CCCTGTTTTCTGCCAGAGGTGTTTATCAGAAAGA---TTACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTGTGTACTAATAATTTGCTTTATAACTA-TTTTTTCGTTTGCACTGTCTCTTAGTGATCATATAAACATGTATTCTTCCATCTGGAAGAGTAAAACTAACTTAAATTAAAACTAAAAACGACCGTTTCAGAAGTTTAATGAGCCTTTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATTTATTTTTTAACCATATCC-CCTACAGTTTCCC-ATGCTATGTATATCCC-TGAAGTGAATTGATCA-TATATTACCGACCGACGCATTGCCGAACAATCTTAGTAACA--CACCGTTTTCTGTCGAA-----------------------CATTAATTTGTTAACAAAACCCATTCTTAATTATGTACTTATAATGTGCTTTATATATA-TATTTG-GTTTGCAA-TTCTCTTAGTGATTAAATAAACACGTATTCAACCATATGGAAGAGTAAATCTGACTTAAATTAAAACTAAAAA-GACTGTTTCGAAGTTTTAATGAGCCTTTAACttcaagatcatgattgaaacatttaaaaattttaaaacttctacaagtacaacttacattttatgtacaaacaagaaatcagttgcctgtaaattttaaataattaaatttgccaattaattaattcatgtgtgctattttatcaacatttagtcaggagatgtgagtttcttatccttcttaataagtatccctgcctggcaacagtctctgagatgattgatatacgacatcgtgtctcatcattcttctctaaccgctgattcatctacatctacttgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTCCGAAATGCACAAT-TTTTGATAA---CAAAAATGATTATAATTAAATGTGTCTATAGTAC-TGTTAAA-CCATTCATATAGATCCCTTTGTGACTGTTTTCAAAAA-AATGAGAAAAAAAA-AACTTTGATCGAAAAGTAAATTT-CTTAAAAGATCAGACCGAGCTTTTAACTATTGTTTATATTTT-TGACATTCCATAATGACTCGGTTGTTTTCCGGCTATTCCTCCATCAATATTCGGAAGTACGCAACTCGATA-TGC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGTAC
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CAATATTGAGAGACGATCAA-GGGTGGTTTGTTTAGTACAATTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------CTAT--------TTTTAATTTCATATGGTCGATTCATCACTTACGTGCATTAAATTAGCTTGTGGGTTTCAGTTCATTAATACACTGAGGGGAATAAAGG---TGTTaatattgagagacgatcaagggtggtttgtttagtacaattattaaaaaagtaattctatttttaatttcatatggtcgattcatcacttacgtgcattaaattagcttgtgggtttcagttcattaatacactgaggggaataaaggtgttgat
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tattgatgtctgcaataaaactgtatcaaacatagtaCACTGACAATACGCAGATTAAGATTGCTGAA-TTAGGAATCC----ACA--A--G--TGG---AGTAATGGTTG--AGGCAACATTATGCAGCGTTGTTG--gat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ataataagaacattatttcaggtgatgtgccaatttatttttaagataaactgaaaa-AGTT-TT--------A-AAGTCCCATTAAAC-----------ACAAT-TCTTGATA-TAA--ACAACAATTAAAATTTAATGTGTTTGTAAAAT-TGCTGAAGCCACATCTAAAATCTCCTTATTGACTGTTGTTactt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ctcAACAAAAATCGGACGTTTCGGAAGTTTAATGAGCATTTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AGC---TG-T-T-ATTTCTT--------A-AATGCTCATTAAACTTCCGAAACGTCCGAT-TTTTGgaaataacagctgtcagagaacagggcattca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aa-TT--------ACAAGC-TCATGAAACTTCTGAAATTCA--ATATTTTCATAATAGCAAAAATGATT-TAAgtcagagaacagggcattca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                g-T-AAAT-TC--------A-AAGCCTCATTAAACTCTCGAAATGTACA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ATTAGATT-TTATTTACCTAAAACCATTG-AAT-AATT-TTTCACTTTTA-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACATG-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTAAATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTTACTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATTGATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTTGACGAGCTGACCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-------------ATGACTTGATTGCTTTTCGACTGTACCTCCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTATTGTGCGGATTAAGATCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CGCTAATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTC-----TTTTT--TTTT---A---AT-----A--TATAGCTGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AATGTAGTACACATTACTATATTATCTATATGCA---CTGAAAAACAATGAGTACGGAA-------TACTA-----ATATGGTCTAGTTACTCTTACCCAGGATCTTTCCTTGCATA---------CACG--CGTG----ATAC-----------------------AAATCACTTTATCGCTGTCTATATTGACAGGCTACCAA-TGATGGTTTGTTTAG-ACAGTTA-----TTAAA--AAAGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCGTGGGTTCCAGTTCATTAATATATTGAGGGGAATAAAGGGAATGTTCTTAAAATT------TATCTAACCGCAAGTGGTTATTTAATTATTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCA-ACACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCATTATGTAACCGACCGACGCGTTTCCGAACAAGCTTCATAACTCCCCCCTTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTATTTTGTTAACAAAATCCGTTATTAATTGTATACTAATAATGTGCTTTATCTTTATTTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCCCAGTAATCAAATAAACATGTATTCTATCATCGGGAAGAGTAAAACTGAC------TAAAACTAAAAACGACCGTTTCGGAATTTTAATGAGCCTTAAAC
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aatccttttaaaataacgtagaaATTAAATT----TTAACATAAAA----TGTA-T-AATC-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCCAAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACGAAAATGATTGTAATTAAATGTTTTTATGGTAT-TGCTTAAACAATTCCTGTAGACCACTTAGTGACTGTTTTTAAAAA-AGCGAGAAAATAAATAACTTCAATCGAAATGTGTATTT-CTTAGGCAAGCGGACCAAACTTTTAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCTGTTATAACTCGGTTGCTTTCCGACTGTACCTTCGCCAGTGTTCGGAAGTACACAAA-GAATACTGCAGTGGCAG----CGGATTAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTGACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CACTAATATTATGTATGGTTATTG--GGTTTTC-----TTTTTATTTTTTTAA---AT-----A--TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACGTAATTCGCATTT---TTTTATTTATACGCA---CTGAAAAACAATGAGTACTGAA-------TACTA-----GCTTGATCTAGTAACTCTTGCTCAGGATCCTCCCTTGCATATAAATGTTATAAGTACATT----GTACTATCGCACGCGCTATAACGTCACAAATCACTTTATTGCAGTCAATATTGAGAGGCTACCAA-GGGTGATTTGTTTAGTACAGTTA-----TTAAA--AAATTAA-TT----------TTAC--------TTTTAATTTTATATTGACGTTTCGTCGCTTACGTTCATTAAATATGCTCGTGGGTTCCAGTTCATTAATACACTGAGGGAAATAAAGGGGATATTCTTAAAAAC------TAACTAACCGCAAGCGAGTATTTGATTTTTAACCGCATCC-CCTACAGTTCCCC-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATCA-TAAATTACCGACCGACGCGTTTCTGAACAAG--------CT--CCCCGTTTTCTGCAGAAGGTGTTTATCGGAAAGAGACGAACATTAATTTGTAAACAAAACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTTCGTTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATGTATTCTGTCATCTTGAATAGTAAAACTGACTTAAATTAAAACTGAAAACAACCGCTTCGGAAGTTTAATGAGCCTTTAACtgttatatcattgaaaaaatataacttaatattcaactgtctctaaaatacatacgtttcaaagatataacaacagcgttaaatgttttgtaatctctaaacaa
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                c-T-AATT-T---------A-AAGCCTCATTAAACTTCCGAAATGCACACA-TTTTGATACTAACAGAAATTGTTGTAATTAAATGTGTTTAAAGTAT-TGCTAAAACCATTCCTGTAGACCCCTAATTGGCTGTTTTTAAAAA-TGCGAGAAAATAAAAAACTACGATCGAAATGTGTATTTTCTTAGACGAGCGGTCCGAGCTTTTAACTTTTGTTTACATTTTTTGTAATTCCGTAATGATTCGGTTGCTTTCCGACCGTACTTCCGCCAGTTTTCGGAAGTACACGAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCGGATTAAGACCGTTAGA-TATTTGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAAAGTTATGGCTT--CATTAATATTATGTATCATAATTG--GGTTTTCTTTCTTTTCT--TTTTTTAA---AT-----G--TATCGATATTTGCAATAAAA-------CAGT----AT--C--------G--AACCTATTACGCATTA---TATTATTTATACGCA---CTGAAAAACATTGAGTACGGAA-------TACTA-----GTTTGGTCTTGTAACTTTTGCTCAGGATCCTTCCTTGCATAT---------ACG--CGTG----ATACTATCGCACGCGCTTTTACGTCACAAATCACTTTATGGCAGTCTATATTGAGAGGCTGCCAA-GGATGGTTTGTTTAGTATAGTAA-----TTAAA--AAGGTAA-TT----------TTAT--------TTTTAATTTTATATGAACGATTCGTCGCTTACGTGCAATAAATTAGCTCG-GG------GTTCATTAATACACTGAGGGGAA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tAAGCAGTTACTTAATTTGTAATCGCATCC-CTTCCAGTTCCCA-ATACTATGTTTCTCTC-TGAAGTGAATTGATTA-TATATTACCGACCAACACGTTTCCGAACAAACTTCGTAACT--CCCAGTTTTCTGCCGAAGGTGTTTATCGAAAAGAGACAAACATTAATTTATAAACAACACCCGTTCTTAATTATGTACTAATAATGTGCTTTATATTTA-TTTTTCC-TTTGCAAAGTCTCTCAGTGATCAAATAAACATG------ACT-----------TAAA------TCAA-----AACTAAAAACGACCGTTTCTGAGGTTTAATGAGCCTTTAAgcagttacttaatttgtaatcgcatcccttccagttcccaatactatgtttctctctgaagtgaattgattatatattaccgaccaacacgtttccgaacaaacttcgtaactcccagttttctgccgaaggtgtttatcgaaaagagacaaacattaatttataaacaacacccgttcttaattatgtactaataatgtgctttatatttatttttcctttgcaaagtctctcagtgatcaaataaacatgacttaaatcaaaactaaaaacgaccgtttctgaggtttaatgagcctttaagaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|5                          : ttaatttaaagcctcattaaacttccgaaatgcacacattttgatactaacagaaattgttgtaattaaatgtgtttaaagtattgctaaaaccattcctgtagacccctaattggctgtttttaaaaatgcgagaaaataaaaaactacgatcgaaatgtgtattttcttagacgagcggtccgagcttttaacttttgtttacattttttgtaattccgtaatgattcggttgctttccgaccgtacttccgccagttttcggaagtacacgaatgaatactgcagtggtagtgtgcggattaagaccgttagatatttggttcattaacaagattagaaaagttatggcttcattaatattatgtatcataattgggttttctttcttttctttttttaaatgtatcgatatttgcaataaaacagtatcgaacctattacgcattatattatttatacgcactgaaaaacattgagtacggaatactagtttggtcttgtaacttttgctcaggatccttccttgcatatacgcgtgatactatcgcacgcgcttttacgtcacaaatcactttatggcagtctatattgagaggctgccaaggatggtttgtttagtatagtaattaaaaaggtaattttatttttaattttatatgaacgattcgtcgcttacgtgcaataaattagctcggggttcattaatacactgaggggAGATCTTTGGA-TCAGGGGTCCGT-AACA--C--GAGTAGTAAAGTCAGGGCTGGACACAAA-AGTATGAATCGTTTTTTTTAGTGTTC-----TTTCT--TTGAAAAA---AT-----AAATATTAATGTCTGCAATAAAAAAATATTTTGTTTTCATGAC--------ATGAGTGTAGGCAGCATCA----ATTATTTATTC-CATGTCTGAAAAAATCTGAGCACTGAAGGCTCTATATTATGCTTGTTTGGTCAGGTAACTTTTGATGAAGATATGCCAT--CATATA-----TGCACA--TGTACTGAATGCTATCACACGCGTTATTACACAACAAATCACTTTGTCGCTGACAATATTGAGAGGCTACCAATGGGT-TTTTGCTTAGCATAGTCAACGATTTAGATTATAGTAAGTTCTTGTTACAGTTATCAAAAATATTTTATTTTCATACGATCAATTTGTCACTGCCTTGCAATAAATTGGCTCATAGCCTACAGTTTACTAATATGCTGAGGAGAATAAAAGGGATGTGTTTATTAACTACATGTATCTAAGGAGAAGCGGCTTGGTAATTTCTGAACACATTCACCAACA--TCCCCAATGCTGTG---CTCTCATAAAATGAACTGTGTA-TAAATTACCGACAGGCTCGATTCCGAACAAGCTTTGCAACT--CCCTTATTTCTGCTGAAGGCGTTAATC--ATAGAAAATAACATTAATTTGTAAACAAAACTCA-TCAAAATTATTTAA-AGTAATGTACTTTAC------TTTTTT--TTTGC---------TACTGGTCAAATAAACATGTAATCTGTGATCTAGAGGAGGAAAACTGACTTACATTATTAC-AAAAATGACTGTTTCAGATGTTTAATGAGCCTTTAACgaaagataaaaacaactgcacacagggttca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cgtgcATTATATTAC-A--AGCATGCAA-----G-A-TTAATG-TT--------A-AAGCCTCATTAAACTTCAGAAATGCACACT-TTTTGATAATAACAAAAATGAT-------------GTTTATGGTATATGC-AAAATCAATCCTGTAGACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGATAAC---AAAATAAATAATTTCGATTGAAATGTGTATTT-CTAAGACGA-CAGACCAACCTTTCAACTTTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCAT-ATGACTTGATTGCTTTCTGACTGTACATCCGCCAGTATTTGAAAGTACACAAATAAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAGATTAAGACCTTTAGA-TAAGGGGTTCATCAATATTAATGATTACAACAGTTATGGCAA--CACTAATATTATGTATTGTTATTG--GGTTTTC-----TTTAT--TTTAAAAA---AT-----A--TACTGATGTCCGCAATTAAA-------CTGT----AT--C--------G--AACGCAGTTTGCATTA---TATTATTTATAAGCA---CTGAAAAACAATCAGTACGGAA-------TTCGT-----GTTTGATCTAGTAACTTTTGCTCAGGATCCTCACTTGGATATA-----aatggataaaaca
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatcaactctaaatataaataaatta-TT--------A-AAGTCTCATTAAACTTCTGAAATGCACAAT-TTTTGATAATAACAAAAATGATTGTAATTATATGTGTTTATAGTAT-TGCTAAAACAATTCCTGTAAACCCCTTAGTGACTGTTTTTAAAGA-AGCGAGAAAATAAATAACTTTGATCGAAACGTGTATTT-CTTTGGCGAGCGGACCAAACTTTTAAC-TTTGTTTACATTTT-TGTAATTCCGTAATGACTCGGTTGCTTTCTGACTGTACCTCCATCAGTGTCCGGAAGTACACAAATGAATACTGCAGTGGTAGTGTGCAACTCAAGACCGTTAGA-TAAGGGGTTCATTAACA--A--GATTAGAAACGTTATGGCTT--CAC-AATATTATGTATCGTTATTG--GGTTTTC-----TTTA-----TATAAA---ATATATAA--TATTGATGTCTGCAATAAAA-------CTGT----AT--C--------A--AACATAGT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taATTAAGGCC-TTAGAATAAGGGATCAATTAACA--A--GAAAAGAAAAGTTGAGGCTT--GATTAACATTATGCTTTGTTATTG--AGTTGTC-----TTT-----TTAAAAA---AA-----AATTATTGATGTCTGCAATAAAA-------ATAT----AT--TGTTTTCAAA--AATGAAGTTGGCATTA---TATTA---------------------CAA--------GCA-------TATTA-----GTTTGGTCCAGTAACTT--GCTCAGGATTG-CCCTTGAATTTA-----CACA------TG----ATACCATTACAAGCACTATTGTTTCACAAATCACTTTCTCGCTGTCAATATTGAAAGGCTACCAa
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): ACACTTTATGTCACACAACTAAATAGTTGCGGTGGCATAATAAATTAATAAATAATTGGTTAAGAAGTATTCAAACAACAGTATCAATCCAGGGGTCGTGAGTTCGAATCCCCGCCCGGCAACAGTCTCCGTGATGATTGATGTACGACATTGTGTCTCATTATCATTTGTCTCTCACCGCTGATTCAAGTGGGGAAGTTATCAGTTATTTGCGGAGATGGGTGTGCTCGAGTACTGGTTAACCTTTCAGGAACCCAGGAAACAGTGGTTAGGTTATCTGATCGTCTGTTAGCCCTCGATGGCATAAAAATGACAATAAATGTTCAATCAATCAATCAAACAAGAGGCCTTTTCCTGTCATTTTTATTGTTTTAGTCAAGGTTTAACGATATTTTAACAA
Unaligned ( gi|17 ): TTATCAGTTATTTGCTGATATGGGTATGCTTGAGTACTTTTTATCTTTTC
Unaligned ( gi|18 ): TCGTCTGTTAGCCCTCGTTGAAATGGATATAGCAATATATGTTCAAACA
Unaligned ( gi|20 ): CCAATCTTTCTAGATAGTATCGGAGTTATGG