lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 8888888888888888888888888888888888888888 1 33 4444444 333333 444 11 222222222 111 111 11111 11111 11 222 2222222222222222222222 1111111 2222222222222222 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 33333333 55555555555555 1 1 555 1 1 4444 4 8888 222 22
lowQualScore : 5 8888888888888888888888888888888888888888 5 6 44 6 2222222 2 3 333333 4 222 333 33 6 000000000 777 66 444 3 99999 44 44444 55 2 000 7 33 5555 8888888888888888888888 2 1111111 44 3 0000000000000000 3 3 2 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 5 9 5 1 55 3 11111111 99999999999999 3 6 6 8 3 0 7 444 2 3 1111 0 6 0 5555 6 444 33 6 6 6
lowQualScore : . ........................................ . . .. . ....... . . ...... . ... ... .. . ......... ... .. ... . ..... .. ..... .. . ... . .. .... ...................... . ....... .. . ................ . . . ................................................................................................................................................................................................................. . . . . . .. . ........ .............. . . . . . . . ... . . .... . . . .... . ... .. . . .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000000000000000000 0 0 00 0 5555555 5 0 000000 0 000 555 00 0 000000000 555 11 888 6 55555 66 22222 11 4 555 1 22 0000 5555555555555555555555 9 0000000 66 3 8888888888888888 3 3 6 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 7 3 7 0 88 3 55555555 00000000000000 3 0 7 3 3 7 0 333 3 3 0000 0 7 7 0000 0 000 00 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACACTAAATNGGAGNGCCTTANGTGTCANACATNTGATGANCGANNGCCTGTC---------AA---TATCT--GTCCAGCAT-GCGN--AT--G-----AAAAACGT-GACTTG-TATATGAAT-N-AGCTGTCA--CTTTTATGAC----AAT-----T----------AGT-NTGCA-GTAG-----ANAT--GGT-TA----TA---AAG----GA-AG-CGGATAGT-----AACGGGA--AG--GG-----GGGC--------A-AAC---A-TTT---AGGTCTG---G-G-A---------------NT-CAGAC-AGA----TTCAG-G-------C--GGG-TTT----------------GG---T-------AG-GC--A----G-GA-------GAG----------TTCG-GGG---T--N------AGGC-TCCAA-GATGG--GAATCTTGTCTGAACTATGTTTT--GAAGCGT--ACAT-ATGTGTTAA-TAGAATTCATTAAAGTTT-AAACGACA---GTTGTTA-TAATGT-A-GAAATAA-ATATATATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGAT
Reference ( gi|1 ) : GTTTTATAGTCACTCATAAAGTGATTAATTTGAATAGTTTAATAACATAATATTTATAATCAACTTATAATGGTTATTTGGA-AGATGCCTA---GTTAAGGCGAGACAGCACA-AAT----AGTAAAATAACTTGTACCATGCTAGCTAAGCAGTCTAAATGGGAATATTTCATGGGTCAAACTTCTGATGAGTGACGGCTTGTC---------AA---TATCT--GTTCTGCAT-GTGA--AT--G-----AAAAACGA-GACTTG-TATATGAAT-A-AGCTGTCA--CTTTTATGAC----AAT-----A----------AGT-TTGCA-GTAG-----AAAT--GGT-TA----TA---AAG----GA-AG-CGGACAGT-----AATGGGA--AG--AG-----GGGC--------AGAAC---A-TTT---AGGTCTG---G-A-A---------------CT-TAGAC-AGA----TTCAG-G-------C--AGG-TTT----------------GG---T-------AG-GC--A----G-GA-------GAA----------TTCG-AAG---T--G------AAGC-TCTTA-GATGG--GAGTCTTGTTTGAACTAAG-TTT--GAAGCAT--ACATTAGGT-TTAA-TAGAGTTCCTTTAAGTTT-AAACGAAATTTGTTATTA-TAATGT-A-TAAATAATATCTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCAGAGTTAGTTTTGTGATGAT
gi|5 : TTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACATT---TTGGAAGGTT--ATGTGTCATAC--ATGATGAGCGAAGGCCTGTC---------AAGGCTATC---G--CGGCA-----ATCAC--GTCT--AAAAATAA--ACTTGGTTTATTATT-GTAGCTGTCA--CTTTTATGAC----AAT-----T----------AGA-GTGCA-GTAG-----ACAT--GGT-TA----TA---AAA----GA-AG-CAGAAAGT-----AACGGGA--AG--GATTTTTAAAC--------AG--C---C-GTT---AGTTCTA---A-G-A---------------TT-CTGGC-AGG----TTTAG-T-------C--GGGATTT----------------GA---G-------AG-GC--A----T-GG-------GAGT---------TTCG-GGG---T--T------AGAC-TCTAA-GA
gi|2 : aCTAAATGGGAGTACCTTAGATGTCAAACATTTAATGATTTATTACCTGTCCTGAGCATAAAGTGTATCCAGGTT-TAGATAGCGA--AT--CCCATTAAAAACAT-GACTTG-TATATGAAC-T-AGCTGTCA--CGTTTATGAC----AAT-----A----------AGA-ATGCA-GTAG-----ATAT--GGT-TA----TA---AAA----GA-AG-TGGATAGT-----AAAAAGA--AG--GG-----GGATTTTCTTTAACAAC---A-GTA---AGGTCTG---A-G-A---------------TT-CAGTC-AGG----TTGAGAG-------TTGGGG-TTT----------------CC---C-------AGTGC--GATTCG-GA-------GAGGGAGTCGAGTTTGG-AAGATTT--GCGGGTTAGGC-TCTAA-GATGGA-GAATCTCATCTGAACTATGTTTT--GAAGCGA--ATATTATGT-TAAAGTAGatag
gi|7 : gaatagtcattatagtatatagtaggtctgtattaagC---------AA---CATCT--GTCCAGCAT-GCCG--TT--G-----AAAAACGT-GACTTG-TATATGAAT-T-AGCTGTCA--TTTTTATGAC----AAT-----T----------AAT-----A-GT-------GCAT--GATATA----T---------------G-CGGATAGTTTTTGGATGGGA--A----------AGGC--------A-AAC---AGTTT---AAATCTG---A-G-A---------------GT-CAGtgaccatcaaatactgcaagcgaaa
gi|8 : tccaattttatatagC---------AA---CATCT--GTCCAATAT-GCCC--AT--A-----AAAAACTT-GACTTG-TATATGAAT-T-AGCTGTCA--CTTTTATGAC----AAT-----T----------AATAGTGCA-GTA----------------TA----C------------A-AG-CGGATAGT-----TTTTGGATTAG--AA-----AAGT--------A-AAC---AGTTT---AGATCTG---G-G-AGTCAAGTAGTTATGTCT-GGGAT-GGA----GTCAG-GTC-----T--AGG-TTTTAAGGCATGATATTTGGG---T-------TG-GC--A----GTGA-------G-A----------TTC---AT---T--A------AGGC-TCCGA-GATCG--AAATCCTGttaagtctaagatcgagacgacgttatgtctgggtgtttaggcagaaggtttggttttttgtaggcagtgtgattctagtttaggctcctagatgggaatctt
gi|3 : gtctaattttataaag---------AA---TATCT--GGCCAGCAT-GCAC--AT--A-----CAAAACGT-GACTTG-TATATGAAT-T-AGTTTTCA--CTTCTCTGAC----TAT-----T----------AGA-TTGCA-GTAG-----ATAT--GTT-TA----GA---AGA----GC-AG-CGGAAAAT-----AACGGGA--AT--GG-----GGACTTTT----TGAACAAGA-GTT---AGGTCTG---GAA-A---------------CT-AAGGC-AG------TCAG-G-------TTGAGA-GTT----------------GGGGTT-------TG-GC--A----GCGA-------G-A----------TTCG-GA
gi|9 : ttagatagca---------AA---TATCC--GTCCAGCAT-GAAC--AT--G-----AAAGACGT-AACCTG-TATAGTTAT-T-AGCTGTCAATCTCTTATGAC----AAT-----T----------AGT-GTGGA-GTAG-----AGAT--GGT-TA----TA---AAA----GA-AG-CGGATAGT-----AAC---A--AGTCTG-----GGGT--------GTAAG---G-TTTTGGAGG-CAGTAAG-A-A---------------GTCTAGACTAG--------GG-G-------C---CG-TTT----------------GG---G-------AG-ATTAA----G-GA-------G-------------------G---T--T------AGGC-TCTAA-AATGGATGAATCTTGTCTGAACTATGTTTT--GAAGcagggagttgaatttggaaggtttgcgggtttggccctaagatgaggaagggtgtgggggtgcggatatcgtcttaattacgttttgaaactgtgtgttaaaaaaacgaccgttaaattttaaacgaaagatgttttagtaatgtagaataaatctgcatagaaaaagcactttctgtgttaaatctatgacgat
gi|14 : gtccaattgtagatagcg---------AA---TATCT--GTCCAGCAT-GTAT--AT--G-----AACAACAT-GACTTG-TATATGAAT-G-AGCAG--G--CCTTTATGAC----AAT-----T----------AGA-GAGCA-GTAG-----AGAT--AGT-TA----TA---AAG----GA-AG-AATATAGT-------TTGGA--TG--AA-----GGG
gi|11 : gtccaattttacatagca---------AA---TATCT--GTCCAGCAT-GTCC--AT--G-----AAACACGT-GATCTG-TATATAA----------------TTTT-TGAC----AGT-----T----------AGA-GTGCA-GTAG-----ACAT--GGT-TA----GA---AAA----GA-AG-CGGATAGT-----AATGgacttgaggatagtta
gi|4 : ccaattttatatagcgCT--GTCCAGCAT-GGCA--AT--G-----AGAAACGG-GACATG-TTTATGAAT-A-AGCTGTCA--CTTTTATGCCGTTTAATAGTGCA----------AGT-TTCCA-GC-------AAAT--AGT-TT----T------G----G-------------------ATGGGA--AA--A--------AC--------TAAGT-----TTT---AGTTTTG---G-G-A---------------C--TGGAG-AGAGTG-TTC-----------C--GGG-TTT-----------------T---T-------AG-GC--A----G-GA-------Gatgtttaaacaggaaggggaagtaggcagttagaatcggataggctaagagtcgagtttgggagatttgtggggttaggttctaaagtagg
gi|17 : gtgttgtagtcactgattaaccattacttttaaaatagtttaatcgaatatttttggatcaatgaagttgatacattactaaaatcaattggaaaatataatattttacatgtttgtgattagataaaaggtctaaaaacagagatgtgaacttgttttatggttaattagtgagccCAT-GTGC--AT--G-----AATAACGT-GAATTG-TATATTAAT-T-AACGGTCA--CTTTTATGAT----AAT-----G----------AGT-TGGTA-AGAG-----AGAT--GGC-CA----TA---CAGTATAGA-A---GGAGGGT------TTAGGA--GG--GGA----AAGC--------A-AACA--A-TTT---AGATATA---G-A-A---------------gccgg
gi|15 : aattgtc-GTGA--ATATG-----AGAAACGT-GACTTG-TACATGAAC-T-ACCTGTCA--TTTGTATGTC----Aggcca
gi|6 : ttaattagcgagtcttagtcagcT--G-----ATAAATAATGACTGG-TACATGAATTA-AG-TGTGA--CTTTTATGAC----AAT-----ATTTTGGTTTTAGT-TCTCAAGTAGCAAGAGAATTAGGT-CAGTTTTACTTAGG----GA-GG-CAAA-AG---------AGAA--AG--AC-----GGG-------------------TTT---AAGTTTA---G-A--------------------TAGAT-AAC----TTTAG-GACGCGAAT--GGG-TTT----------------AG-----------AT-GC--A----G-TT-------GGG----------TTTT-AAG---TAGG------AAATATACTATGATAG--GGAACGTGTTTAAACTATG-TTTA-GAAGCGT--GCAC-ATGTGTTGA-TAGAATTTATTAAAGTTT-AAATGACA---GTTGTAA-TAATGTAA-GAAATAA-ATATATATAGAAAAtttaatagtgcaagttaccaattttatttttggagtgggcagttttggactggaagccagtgagagaagtc
gi|13 : caggaaatgccTG-TATATGAAT-T-AACTGTCA--CTTTTATGAT----AAT-----T----------AAT-AGGTA-AGAA-----AGAT--GGT-CA----TA---CAG----GATAGAAGAAGGGTTTTG-AGTGGGA--A---AG-----------------AAAACA--A-CTT---AGATTAG---G-C-A---------------GT-CAAAC-AGAGAAGTT------------T--AGG-TTT---------------------T-------AG-GC--A----T-GAAGGCCAGGAA----------TGTGTGGG---T--C------AAGA-TCTAA-GATTG--GGGGCTTt
gi|16 : G-TATATGAATTA-AG-TATGA--CTTTTATGAC----AAT-----
gi|19 : tgG-TATATGAATTA-AG-TATGA--CTTTTATGAC----CAT-----T----------AG--TCGGA-GTAG-----taatgggagtaatttggatttagttctcaagcgagagaataaaggcagttttagttttgaactagaagaagaaagacgagttttagtttagagaaaacactttggaaaatt
gi|12 : gG-TATATGAATTA-AG-TATTA---TTTTATGAC----AAT-----A----------AGtttggggtttagttctcaaatagcgagagaataaaggcagctttagttttgaactaaaggggaaaaaacggc
gi|23 : tgG-TATATTAATTA-AG-TATGA--ATTTTATGAC----AAT-----A----------AG--TGGAA-GTAG-----cgggagtagtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttatactaaaatggggaacgtgtttgaactatgtttag
gi|7 : gTT---ATGTCTG---G-GTG---------------TT-TAGGC-AGA---------------------AGG-TTT----------------GG---TTTTTTGTAG-GC--A----G-TG-------TGA----------TTCT-AGT---T--T------AGGC-TCCTA-GATGG--GAATCTTttagggatttagttctcaag
gi|20 : tccaattttatatagcaacatctgtccagcatgccgttgaaaaacgtgacttgtatatgaattagctgtcatttttatgacaattaatagtgcatgatatatgcggatagtttttggatgggaaaggcaaacagtttaaatctgagagtcagttaagtctaagatcgagacgacgTTTGAACTATA-TTCTAGAAAC-TGAACAT---GTGTTAA-AGGAATTCATTAAAGTTT-AAATGACA---GTTATTA-CAATGT-AAGAAATAA-ATATATATAGAAAA
gi|3 : aactgtatCCGTTAAATTTTAAACGAAAGATGTT-TTAGTAATGT-A--GAATAA-ATCTGCATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGATtca
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): AGCCATGATATAATACTGATGTGGGATACTCCTAATCAGACAGACTACACGAATAGTCAAATTAGTTTATAAAAGGTCTCTACCTTGCTTAAGGGCCAATCACCTGATGAATAGCCTGTCTAGAATATAACATGTGACCAGGCCTTAAAATAGAAATGTCGACATTACTAATTAGCTGTCACTCTCTTATGACAACTAGAATGCTAGTGAACAAGGGT
Unaligned ( gi|18 ): GGTATATGAATTAAGTATGACTTTTATGACAATTAGTGGGAGTAGTTTGGGTTAAGTTCTCAAGTAGCGAGAGAATAAAGGCAGTTTGAGTTTTGAACTAAAGAAGGAAAGTCGGGTTTAGGGAAGAATACTTTGGAAAGT
Unaligned ( gi|21 ): GGTATATTAATTAAATATGACTTTAATGACAATTAGTGGGAGTAGTTTGTGTTTAGTTCTCAAGTAGCGAGAGAATAAAGGCAGTTTTAGTTC
Unaligned ( gi|22 ): ATAGTATATAAGATAGGTCTTTTCCTAGCTTAAAGGTCAAGTATCTGCTGGTTAATAATCTGTCTAGGGCATACCGTATG
Unaligned ( gi|24 ): GTAGTGAGGTTCGGACAGGAAGTCGAGTTTGGACGATTTCCGGGTTAGGATCTAAGAAAGGGGTA
Unaligned ( gi|25 ): ATTATTGGAAGTAGATTGGGGTTTCGTTCTCGGATAGCGAGTGAATAAAATGCAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333 11 2222 11111 11 111 111 1111 1111111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111 33333333333333333 22222222 111 11 111 111 2 1 4444
lowQualScore : 3 5 1111111 2 2 4 3 88 3333 2 88 66 7 1 44444 1 3 1 11 777 22 444 55 777 55 3 44 3 3 77777777 3 777 999999 2 2 33 22 22 9999999999 5555 6 4444 55555 77777 1 33 3333333333333333 2 22 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 00000 3 4 99 11111111111111111 6 33333333 222 11 2 777 777 0 3 0 3 2222 4 4 4
lowQualScore : . . ....... . . . . .. .... . .. .. . . ..... . . . .. ... .. ... .. ... .. . .. . . ........ . ... ...... . . .. .. .. .......... .... . .... ..... ..... . .. ................ . .. . ................................................................................................................................................................................................................................................................ . ..... . . .. ................. . ........ ... .. . ... ... . . . . .... . . .
lowQualScore : 0 5 0000000 5 5 0 0 00 5555 5 00 55 3 0 66666 0 0 0 55 555 00 000 55 000 00 3 66 1 1 88888888 1 555 555555 9 1 88 99 99 2222222222 4444 3 7777 66666 88888 0 77 6666666666666666 9 99 7 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 00000 1 0 55 11111111111111111 7 88888888 444 00 5 555 555 0 2 0 0 5555 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAAACGT-GACTT-GTATATGAAT-TAGCTGTCA--CTTT--TATGACAA----------TTAGT-G-TGC-AGT----A-----G-----ANAT--GGTTA----TA---AAG----GA-AG-CGGATAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGG-GANTCA---------------G--A----C--AGA----TTCAG-G-------C---------GG------G-TTT----------------GG-----T-----------A----------GGCAG-GA-------GAG-TT-CG----------G---------GG---------------TTAGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
Reference ( family-986 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACACTAAATNGGAGNGCCTTANGTGTCANACATNTGATGANCGANNGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAAACGT-GACTT-GTATATGAAT-NAGCTGTCA--CTTT--TATGACAA----------TTAGT-N-TGC-AGT----A-----G-----ANAT--GGTTA----TA---AAG----GA-AG-CGGATAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGG-GANTCA---------------G--A----C--AGA----TTCAG-G-------C---------GG------G-TTT----------------GG-----T-----------A----------GGCAG-GA-------GAG-TT-CG----------G---------GG---------------TNAGG-----CTCCAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTACA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGACA---GTTGTT---ATAATGT-AGAAATAA-ATATATATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGAT
gi|1 : TTATTTGGA-AGATGCCTA---GTTAAGGCGAGACAGCACA-AAT----AGTAAAATAACTTGTACCATGCTAGCTAAGCAGTCTAAATGGGAATATTTCATGGGTCAAACTTCTGATGAGTGACGGCTTGTC---A--ATA---T--C-TGT--T-CTG-C-----A--T-GTGAATG-----AAAAACGA-GACTT-GTATATGAAT-AAGCTGTCA--CTTT--TATGACAA----------TAAGT-T-TGC-AGT----A-----G-----AAAT--GGTTA----TA---AAG----GA-AG-CGGACAGT-----------AATGG--GA--AG---AG-G-G-G-------C-----AG-AAC---A---TTTAGGTCTGG-AACTTA---------------G--A----C--AGA----TTCAG-G-------C---------AG------G-TTT----------------GG-----T-----------A----------GGCAG-GA-------GAA-TT-CG----------A---------AG---------------TGAAG-----CTCTTAGATG-G--GA-----------------GTCTTGTTTGAACTAAG-TTT-GAAGCATACATTAGGT-TTAA--TAGAGT--TCCTTTAAGTTTAAACGAAATTTGTTATT---ATAATGT-ATAAATAATATCTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCAGAGTTAGTTTTGTGATGAT
gi|10 : gttttatagtcactcataaagtgattaatttgaatagtttaataacataatatttataatcaacttataatggCTTAAGGGCCAATCACCTGATGA---ATAGCCTGTCTAGA--ATA---TAACATGTGAC-CAGGC-----C--T-TAAAAT------AGAAATGTCGACAT----TACTAAT-TAGCTGTCA--CTCTCTTATGACAA----------CTAGA-A-TGCTAGT----G-----A-----ACAA--GG
gi|11 : agccatgatataatactgatgtgggatactcctaatcagacagactacacgaatagtcaaattagtttataaaaggtctctaccttg---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTCCATG-----AAACACGT-GATCT-GTATATAA---------------TTT--T-TGACAG----------TTAGA-G-TGC-AGT----A-----G-----ACAT--GGTTA----GA---AAA----GA-AG-CGGATAGTAATGATGTTTAAACAG--GA--AG---GG-GAA-G-------T-----A--GGC---A---GTTA--------GAATCG---------------G--A----T--AGG----CTAAG-AGT-----C---------GA------G-TTT----------------G---------------------------------G-GA-------GAT-TTGTG----------G---------GG---------------TTAGG-----TTCTAAAGTA-G--Ggt
gi|12 : ccaattttatatagcgCTAAAATG-G--GG-----------------AACGTGTTTGAACTATGTTT
gi|13 : tggtatatgaattaagtattattttatgacaataagcgggagtagtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttataT-GTATATGAAT-TAACTGTCA--CTTT--TATGATAA----------TTAAT-A-GGT-AAG----A-----A-----AGAT--GGTCA----TA---CAG----GATAGAAGAAGGGTTTTG-------AGTGG--GA--AA---GA-------------------A--AACA--A---CTTAGATTAGG-CAGTCA---------------A--A----C--AGAGAAGTTTA---------------------G------G-TTT-----------------------T-----------A----------GGCAT-GAAGGCCAGGAA-TG-TGT---------G---------GG---------------TCAAG-----ATCTAAGATT-G--GG-----------------GGCTTag
gi|14 : ---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTATATG-----AACAACAT-GACTT-GTATATGAAT-GAGCAG--G--CCTT--TATGACAA----------TTAGA-G-AGC-AGT----A-----G-----AGAT--AGTTA----TA---AAG----GA-AG-AATATAGT------------TTGGATGA--AG---GG-G-
gi|15 : gtccaattttacatagca-CAG-C-----G--T-GAATATG-----AGAAACGT-GACTT-GTACATGAAC-TACCTGTCA--TTTG--TATGTCAT----------TTAATAG-TGC-Aacttgaggatagtta
gi|16 : ttaattagcgagtcttagt-GTATATGAAT-TAAGTATGA--CTTT--TATGACAA----------TTAAT-G--GG-AGT----AATTTGG-----ATTT--AGTTC----TC---AAG----CG-AG-AGAATAagttaccaattttatttttggagtgggcagttttggactggaagccagtgagagaagtc
gi|17 : tg-TGT--C-CA-----------T-GTGCATG-----AATAACGT-GAATT-GTATATTAAT-TAACGGTCA--CTTT--TATGATAA----------TGAGT-T-GGT-AAG----A-----G-----AGAT--GGCCA----TA---CAGTATAGA-A---GGAGGGT------------TTAG--GA--GG---GGAA-A-G-------C-----A--AACA--A---TTTAGATATAG-AAaaggcagttttagttttgaactagaagaagaaagacgagttttagtttagagaaaacactttggaaaatt
gi|18 : aat-GTATATGAAT-TAAGTATGA--CTTT--TATGACAA----------TTAGT-G--GG-AGT----A-----G-----ggcca
gi|19 : g-GTATATGAAT-TAAGTATGA--CTTT--TATGACCA----------TTAGT-C--GG-AGT----A-----G-----tttgggttaagttctcaagtagcgagagaataaaggcagtttgagttttgaactaaagaaggaaagtcgggtttagggaagaatactttggaaagt
gi|2 : gCTAAATGGGAGTACCTTAGATGTCAAACATTTAATGATTTATTACCTGTCCTGAGCATAAAGT--G-TAT--C-CAG-GTTTAGA--TAGCGAATCCCATTAAAAACAT-GACTT-GTATATGAAC-TAGCTGTCA--CGTT--TATGACAA----------TAAGA-A-TGC-AGT----A-----G-----ATAT--GGTTA----TA---AAA----GA-AG-TGGATAGT-----------AAAAA--GA--AG---GG-G-G-ATTTTCTTT-----AACAAC---A---GTAAGGTCTGA-GATTCA---------------G--T----C--AGG----TTGAGAG-------TTG-------GG------G-TTTCCC-------------AG-----TGCGATTCGGAGA----------GGGAG-TC-------GAG-TT-TGGAAGATTTGCG---------GG---------------TTAGG-----CTCTAAGATG-GA-GA-----------------ATCTCATCTGAACTATGTTTT-GAAGCGAATA-T-TATGTTAAAGTAGTGA--CCATCAAAtttggggtttagttctcaaatagcgagagaataaaggcagctttagttttgaactaaaggggaaaaaacggc
gi|20 : gaatagtcattatagtatatagtaggtctgtattaagTTTGAACTATATTCTAGAAAC-TGAA-CATGTGTTAA--AGGAAT--TCATTAAAGTTTAAATGACA---GTTATT---ACAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAtactgcaagcgaaa
gi|21 : aactgtat-GTATATTAAT-TAAATATGA--CTTT--AATGACAA----------TTAGT-G--GG-AGT----A-----G-----tca
gi|3 : g---A--ATA---T--C-TGG--C-CAG-C-----A--T-GCACATA-----CAAAACGT-GACTT-GTATATGAAT-TAGTTTTCA--CTTC--TCTGACTA----------TTAGA-T-TGC-AGT----A-----G-----ATAT--GTTTA----GA---AGA----GC-AG-CGGAAAAT-----------AACGG--GA--AT---GG-G-G-A-------CTTTTTG--AACAAGA---GTTAGGTCTGGAAACTAA---------------G--G----C--AG------TCAG-G-------TTGAGAGTTGGG------G-TTT----------------GG-----C-----------AGCGAGATTCGGACAG-GGAGTT---GAA-TT-TGGAAGGTTTGCG---------GG---------------TTTGG-----CCCTAAGATGAG--GAAGGGTGTGGGGGTGCGGATATCGTCTTAATTACGTTTT-GAAAC------TGTGTGTTAA--AAAAACGACCGTTAAATTTTAAACGAAA---GATGTTTTAGTAATGT-AG-AATAA-ATCTGCATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGATtttgtgtttagttctcaagtagcgagagaataaaggcagttttagttc
gi|4 : ttagatagca--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GGCAATG-----AGAAACGG-GACAT-GTTTATGAAT-AAGCTGTCA--CTTT--TATGCCGT----------TTAATAG-TGCAAGTTTCCA-----GC----AAAT--AGTTT----T------------------GGAT-----------------GG--GA--A-------------------------A--AACT--AAGTTTTAGTTTTGG-GACT-G---------------G--A----G--AGAGTG-TTC-----------C---------GG------G-TTT-----------------T-----T-----------A----------GGCAG-GA-------G
gi|5 : gtgttgtagtcactgattaaccattacttttaaaatagtttaatcgaatatttttggatcaatgaagttgatacattactaaaatcaattggaaaatataatattttacatgtttgtgattagataaaaggtctaaaaacagagatgtgaacttgttttatggttaattagtgagccTTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACATT---TTGGAAGG--TTATGTGTCATACA--TGATGAGCGAAGGCCTGTC---A--A-G---G--C-TAT--CGCGG-C-----AATC-ACGTCT------AAAAATA--AACTTGGTTTATTATTGTAGCTGTCA--CTTT--TATGACAA----------TTAGA-G-TGC-AGT----A-----G-----ACAT--GGTTA----TA---AAA----GA-AG-CAGAAAGT-----------AACGG--GA--AG---GATT-T-T-------T-----A--AAC---AGCCGTTAGTTCTAA-GATTCT---------------G--G----C--AGG----TTTAG-T-------C---------GG------GATTT----------------GA-----G-----------A----------GGCAT-GG-------GAGTTT-CG----------G---------GG---------------TTAGA-----CTCTAAGAgccgg
gi|6 : aATA-----AATAA--T-GACTG-GTACATGAAT-TAAGTGTGA--CTTT--TATGACAATATTTTGGTTTTAGT-T-CTCAAGT----A-----GCAAGAGAATTAGGTCAGTTTTACTTAGG----GA-GG-CAAA-AG---------------AG--AA--AG---AC-G-G-G--------------------------TTTAAGTTTAG-A---TA---------------G--A----T--AAC----TTTAG-GACGCGAAT---------GG------G-TTT----------------AG-----------------A----------TGCAG-TT-------GGG-TT-TT----------A---------AG---------------T-AGGAAATATACTATGATA-G--GG-----------------AACGTGTTTAAACTATGTTTA-GAAGCGTGCA-CATGTGTTGA--TAGAAT--TTATTAAAGTTTAAATGACA---GTTGTA---ATAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAatag
gi|7 : caggaaatgcctgC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCCGTTG-----AAAAACGT-GACTT-GTATATGAAT-TAGCTGTCA--TTTT--TATGACAA----------TTAAT-AGTGC-A-T----------G-----ATAT------A----T---------------G-CGGATAGTTTTTG------GATGG--GA--A-------A-G-G-------C-----A--AAC---AG--TTTAAATCTGA-GAGTCA---------------GTTAAGT-CTAAGA----TCGAG-A-------C---------GACGTTATG-TCT----------------GGGTGTTT-----------A----------GGCAG-AA-------G-G-TT-TG----------GTTTTTTGTAGGCAGTGTGATTCTAGTTTAGG-----CTCCTAGATG-G--GA-----------------ATCTTt
gi|8 : tccaattttatatagC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAA-T-----A--T-GCCCATA-----AAAAACTT-GACTT-GTATATGAAT-TAGCTGTCA--CTTT--TATGACAA----------TTAATAG-TGC-AGT----A-----T-----AC--------------------------A-AG-CGGATAGT-----------TTTTG--GATTAG---AA-A-A-G-------T-----A--AAC---AG--TTTAGATCTGG-GAGTCAAGTAGTTATGTCTGGG--A----T--GGA----GTCAG-GTC-----T---------AG------G-TTTTAAGGCATGATATTTGGG-----T-----------T----------GGCAGTGA-------GA--TT-C---------------------AT---------------TAAGG-----CTCCGAGATC-G--AA-----------------ATCCTG
gi|9 : gtctaattttataaag---A--ATA---T--C-CGT--C-CAG-C-----A--T-GAACATG-----AAAGACGT-AACCT-GTATAGTTAT-TAGCTGTCAATCTCT--TATGACAA----------TTAGT-G-TGG-AGT----A-----G-----AGAT--GGTTA----TA---AAA----GA-AG-CGGATAGT-----------AAC-----A--AGTCTGG-G-GTG-------T-----A--AGG---T---TTTGGA---GG-CAGTAA---------------G--AAGTCT--AGA----CT-AG-G-----------------GGCC----G-TTT----------------G---------------------------------G-GA-------GAT-TA-AG----------GA--------GG---------------TTAGG-----CTCTAAAATG-GATGA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAG
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAGTATATAAGATAGGTCTTTTCCTAGCTTAAAGGTCAAGTATCTGCTGGTTAATAATCTGTCTAGGGCATACCGTATG
Unaligned ( gi|23 ): GGTATATTAATTAAGTATGAATTTTATGACAATAAGTGGAAGTAGTTAGGGATTTAGTTCTCAAG
Unaligned ( gi|24 ): GTAGTGAGGTTCGGACAGGAAGTCGAGTTTGGACGATTTCCGGGTTAGGATCTAAGAAAGGGGTA
Unaligned ( gi|25 ): ATTATTGGAAGTAGATTGGGGTTTCGTTCTCGGATAGCGAGTGAATAAAATGCAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 222 11 2222 11 111 111 111111111 1111111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333333333333333 22222222 111 11 111 111 1 2222
lowQualScore : 1 5 77 111 1 1 1 1 66 3333 1 22 22 7 22 1 1 6 555 44 444 55 777777 3 44 3 3 77777777 3 777 77777 555 2 2 55 8888888888 999999999 4 4444 55555 2 1 2 3333333333333333 2 0 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 99999 4 99 11111111111111111 6 33333333 222 11 1 777 777 999 0 1 4444 1 1 1
lowQualScore : . . .. ... . . . . .. .... . .. .. . .. . . . ... .. ... .. ...... . .. . . ........ . ... ..... ... . . .. .......... ......... . .... ..... . . . ................ . . .. ................................................................................................................................................................................................................................................................ . ..... . .. ................. . ........ ... .. . ... ... ... . . .... . . .
lowQualScore : 0 5 55 555 0 0 0 0 55 5555 0 00 00 3 22 0 0 5 555 55 000 55 999999 3 66 1 1 88888888 1 555 11111 000 9 0 55 8888888888 666666666 0 5555 33333 1 0 7 6666666666666666 9 1 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 11111 0 55 11111111111111111 7 44444444 444 00 0 555 555 000 0 0 0000 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAA----------TTAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGG-GANTCA---------------G--A----C--AGA----TTNAG-G-------C---------GG------G-TTT----------------GG-----T-----------A----------GGCAG-GA-------GAG-TT-CG----------G---------GG---------------TT-AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
Reference ( family-986 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAA----------TTAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGG-GANTCA---------------G--A----C--AGA----TTCAG-G-------C---------GG------G-TTT----------------GG-----T-----------A----------GGCAG-GA-------GAG-TT-CG----------G---------GG---------------TT-AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
gi|1 : TTATTTGGA-AGATGCCTA---GTTAAGGCGAGACAGCACA-AAT----AGTAAAATAACTTGTACCATGCTAGCTAAGCAGTCTAAATGGGAATATTTCATGGGTCAAACTTCTGATGAGTGACGGCTTGTC---A--ATA---T--C-TGT--T-CTG-C-----A--T-GTGAATG-----AAAA---ACGA-GACTTGT-ATATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGACAA----------TAAGT------TT-GC-AGT----A-----G-AAAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-CAGT-----------AATGG--GA--AG---AG-G-G-G-------C-----AG-AAC---A---TTTAGGTCTGG-AACTTA---------------G--A----C--AGA----TTCAG-G-------C---------AG------G-TTT----------------GG-----T-----------A----------GGCAG-GA-------GAA-TT-CG----------A---------AG---------------TG-AAG-----CTCTTAGATG-G--GA-----------------GTCTTGTTTGAACTAAG-TTT-GAAGCATACATTAGGT-TTAA--TAGAGT--TCCTTTAAGTTTAAACGAAATTTGTTATT---ATAATGT-ATAAATAATATCTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCAGAGTTAGTTTTGTGATGAT
gi|10 : gttttatagtcactcataaagtgattaatttgaatagtttaataacataatatttataatcaacttataatggCTTAAGGGCCAATCACCTGATGA---ATAGCCTGTCTAGA--ATA---TAACATGTGAC-CAGGC-----C--T-TAAAAT------AGAA---ATGTCGACAT----TACTAATTAGCTGTCACTCTCTTATGACAA----------CTAGA------AT-GCTAGT----G-----A-ACAA-GG
gi|11 : agccatgatataatactgatgtgggatactcctaatcagacagactacacgaatagtcaaattagtttataaaaggtctctaccttg---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTCCATG-----AAAC---ACGT-GATCTGT-ATATAA--------------TTTT-TGACAG----------TTAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----GA---AAA----GA-AGCGGA-TAGTAATGATGTTTAAACAG--GA--AG---GG-GAA-G-------T-----A--GGC---A---GTTA--------GAATCG---------------G--A----T--AGG----CTAAG-AGT-----C---------GA------G-TTT----------------G---------------------------------G-GA-------GAT-TTGTG----------G---------GG---------------TT-AGG-----TTCTAAAGTA-G--Ggt
gi|12 : ccaattttatatagcgGT-ATATGAATTAAGTATTA---TTTTATGACAA----------TAAGC------G--GG-AGT----A-----G-
gi|12 : tgCTAAAATG-G--GG-----------------AACGTGTTTGAACTATGTTTtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttatactaaaatggggaacgtgtttgaactatgtttag
gi|13 : tggtatatgaattaagtattattttatgacaataagcgggagtagtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttataTGT-ATATGAATTAACTGTCA--CTTTTATGATAA----------TTAAT------AG-GT-AAG----A-----A-AGAT-GGTCA----TA---CAG----GATAGAAGAAGGGTTTTG-------AGTGG--GA--AA---GA-------------------A--AAC---AA--CTTAGATTAGG-CAGTCA---------------A--A----C--AGAGAAGTTTAG-G---------------------------TTT-----------------------T-----------A----------GGCAT-GAAGGCCAGGAA-TG-TGT---------G---------GG---------------TC-AAG-----ATCTAAGATT-G--GG-----------------GGCTTag
gi|14 : ---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTATATG-----AACA---ACAT-GACTTGT-ATATGAATGAGCAG--G--CCTTTATGACAA----------TTAGA------GA-GC-AGT----A-----G-AGAT-AGTTA----TA---AAG----GA-AGAATA-TAGT------------TTGGATGA--AG---GG-G-
gi|15 : gtccaattttacatagca-CAG-C-----G--T-GAATATG-----AGAA---ACGT-GACTTGT-ACATGAACTACCTGTCA--TTTGTATGTCAT----------TTAATA-----GT-GC-Aacttgaggatagtta
gi|16 : ttaattagcgagtcttagtGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAA----------TTAAT------G--GG-AGT----AATTTGG-ATTT-AGTTC----TC---AAG----CG-AGAGAA-TAagttaccaattttatttttggagtgggcagttttggactggaagccagtgagagaagtc
gi|17 : tg-TGT--C-CA-----------T-GTGCATG-----AATA---ACGT-GAATTGT-ATATTAATTAACGGTCA--CTTTTATGATAA----------TGAGT------TG-GT-AAG----A-----G-AGAT-GGCCA----TA---CAGTATAGA-A--GGA-GGGT------------TTAG--GA--GG---GGAA-A-G-------C-----A--AACA--A---TTTAGATATAG-AAaaggcagttttagttttgaactagaagaagaaagacgagttttagtttagagaaaacactttggaaaatt
gi|18 : aatGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAA----------TTAGT------G--GG-AGT----A-----G-ggcca
gi|19 : gGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACCA----------TTAGT-------C-GG-AGT----A-----G-tttgggttaagttctcaagtagcgagagaataaaggcagtttgagttttgaactaaagaaggaaagtcgggtttagggaagaatactttggaaagt
gi|2 : gAAGCTAAATGGGAGTACCTTAGATGTCAAACATTTAATGATTTATTACCTGTCCTGAGCATAAAGT--G-TAT--C-CAG-GTTTAGA--TAGCGAATCCCATTAAAA---ACAT-GACTTGT-ATATGAACTAGCTGTCA--CGTTTATGACAA----------TAAGA------AT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGTGGA-TAGT-----------AAAAA--GA--AG---GG-G-G-ATTTTCTTT-----AACAAC---A---GTAAGGTCTGA-GATTCA---------------G--T----C--AGG----TTGAGAG-------TTG-------GG------G-TTTCCC-------------AG-----TGCGATTCGGAGA----------GGGAG-TC-------GAG-TT-TGGAAGATTTGCG---------GG---------------TT-AGG-----CTCTAAGATG-GA-GA-----------------ATCTCATCTGAACTATGTTTT-GAAGCGAATA-T-TATGTTAAAGTAGTGA--CCATCAAAtttggggtttagttctcaaatagcgagagaataaaggcagctttagttttgaactaaaggggaaaaaacggc
gi|20 : gaatagtcattatagtatatagtaggtctgtattTTTGAACTATATTCTAGAAAC-TGAA-CATGTGTTAA--AGGAAT--TCATTAAAGTTTAAATGACA---GTTATT---ACAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAtactgcaagcgaaa
gi|21 : aactgtatGT-ATATTAATTAAATATGA--CTTTAATGACAA----------TTAGT------G--GG-AGT----A-----G-tca
gi|24 : gTGA-GGTTCG---------------G--A----C--AGG------AAG-T-------C---------GA------G-TTT----------------GG-----------------------------AC------------GAT-TT-CC----------G---------GG---------------TT-AGG-----ATCTAAGAtttgtgtttagttctcaagtagcgagagaataaaggcagttttagttc
gi|3 : gtag---A--ATA---T--C-TGG--C-CAG-C-----A--T-GCACATA-----CAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGTTTTCA--CTTCTCTGACTA----------TTAGA------TT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GTTTA----GA---AGA----GC-AGCGGA-AAAT-----------AACGG--GA--AT---GG-G-G-A-------CTTTTTG--AACAAGA---GTTAGGTCTGGAAACTAA---------------G--G----C--AG------TCAG-G-------TTGAGAGTTGGG------G-TTT----------------GG-----C-----------AGCGAGATTCGGACAG-GGAGTT---GAA-TT-TGGAAGGTTTGCG---------GG---------------TT-TGG-----CCCTAAGATGAG--GAAGGGTGTGGGGGTGCGGATATCGTCTTAATTACGTTTT-GAAAC------TGTGTGTTAA--AAAAACGACCGTTAAATTTTAAACGAAA---GATGTTTTAGTAATGTA--GAATAA-ATCTGCATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGATaaggggta
gi|4 : ttagatagca--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GGCAATG-----AGAA---ACGG-GACATGT-TTATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGCCGT----------TTAATA-----GT-GCAAGTTTCCA-----GCAAAT-AGTTT----T-----------------GGA-T-----------------GG--GA--A-------------------------A--AACT--AAGTTTTAGTTTTGG-GACT-G---------------G--A----G--AGAGTG-TTC-----------C---------GG------G-TTT-----------------T-----T-----------A----------GGCAG-GA-------G
gi|5 : gtgttgtagtcactgattaaccattacttttaaaatagtttaatcgaatatttttggatcaatgaagttgatacattactaaaatcaattggaaaatataatattttacatgtttgtgattagataaaaggtctaaaaacagagatgtgaacttgttttatggttaattagtgagccTTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACATT---TTGGAAGG--TTATGTGTCATACAT--GATGAGCGAAGGCCTGTC---A--AGG------C-TAT--CGCGG-C-----AATC-ACGTCTA-----AAAATAAACTT-GGTTTATTAT-TG---TAGCTGTCA--CTTTTATGACAA----------TTAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCAGA-AAGT-----------AACGG--GA--AG---GATT-T-T-------T-----A--AAC---AGCCGTTAGTTCTAA-GATTCT---------------G--G----C--AGG----TTTAG-T-------C---------GG------GATTT----------------GA-----G-----------A----------GGCAT-GG-------GAGTTT-CG----------G---------GG---------------TT-AGA-----CTCTAAGAgccgg
gi|6 : aATA-----AATA---A--T-GACTGGT-ACATGAATTAAGTGTGA--CTTTTATGACAATATTTTGGTTTTAGTTCTCAAGTAGC-AAG----A-----G-AATTAGGTCAGTTTTACTTAGG----GA-GGCAAA--AG---------------AG--AA--AG---AC-G-G-G--------------------------TTTAAGTTTAG-A---TA---------------G--A----T--AAC----TTTAG-GACGCGAAT---------GG------G-TTT----------------AG-----------------A----------TGCAG-TT-------GGG-TT-TT----------A---------AG---------------T--AGGAAATATACTATGATA-G--GG-----------------AACGTGTTTAAACTATGTTTA-GAAGCGTGCA-CATGTGTTGA--TAGAAT--TTATTAAAGTTTAAATGACA---GTTGTA---ATAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAatag
gi|7 : caggaaatgcctgC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCCGTTG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--TTTTTATGACAA----------TTAATA-----GT-GC-A-T----------G-ATA-----TA----T---------------GCGGA-TAGTTTTTG------GATGG--GA--A-------A-G-G-------C-----A--AAC---AG--TTTAAATCTGA-GAGTCA---------------GTTAAGT-CTAAGA----TCGAG-A-------C---------GACGTTATG-TCT----------------GGGTGTTT-----------A----------GGCAG-AA-------G-G-TT-TG----------GTTTTTTGTAGGCAGTGTGATTCTAGTTT-AGG-----CTCCTAGATG-G--GA-----------------ATCTTt
gi|8 : tccaattttatatagC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAA-T-----A--T-GCCCATA-----AAAA---ACTT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAA----------TTAATA-----GT-GC-AGT----A-----T-AC-------------------------A-AGCGGA-TAGT-----------TTTTG--GATTAG---AA-A-A-G-------T-----A--AAC---AG--TTTAGATCTGG-GAGTCAAGTAGTTATGTCTGGG--A----T--GGA----GTCAG-GTC-----T---------AG------G-TTTTAAGGCATGATATTTGGG-----T-----------T----------GGCAGTGA-------GA--TT-C----------------------A---------------TTAAGG-----CTCCGAGATC-G--AA-----------------ATCCTG
gi|9 : gtctaattttataaag---A--ATA---T--C-CGT--C-CAG-C-----A--T-GAACATG-----AAAG---ACGT-AACCTGT-ATAGTTATTAGCTGTCAATCTCTTATGACAA----------TTAGT------GT-GG-AGT----A-----G-AGAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCGGA-TAGT-----------AAC-----A--AGTCTGG-G-GTG-------T-----A--AGG---T---TTTGGA---GG-CAGTAA---------------G--AAGTCT--AGA----CT-AG-G-----------------GGCC----G-TTT----------------G---------------------------------G-GA-------GAT-TA-AG----------GA--------GG---------------TT-AGG-----CTCTAAAATG-GATGA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAGTATATAAGATAGGTCTTTTCCTAGCTTAAAGGTCAAGTATCTGCTGGTTAATAATCTGTCTAGGGCATACCGTATG
Unaligned ( gi|23 ): GGTATATTAATTAAGTATGAATTTTATGACAATAAGTGGAAGTAGTTAGGGATTTAGTTCTCAAG
Unaligned ( gi|25 ): ATTATTGGAAGTAGATTGGGGTTTCGTTCTCGGATAGCGAGTGAATAAAATGCAGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 222 11 2222 11 111 111 111111111 1111111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333333333333333 22222222 111 11 111 111 1 2222
lowQualScore : 1 5 77 111 1 1 1 1 66 3333 1 22 22 7 22 1 1 6 555 44 444 55 777777 3 44 3 3 77777777 3 777 77777 555 2 2 55 8888888888 999999999 4 4444 55555 2 1 2 3333333333333333 2 0 55 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99999 99999 4 99 11111111111111111 6 33333333 222 11 1 777 777 999 0 1 4444 1 1 1
lowQualScore : . . .. ... . . . . .. .... . .. .. . .. . . . ... .. ... .. ...... . .. . . ........ . ... ..... ... . . .. .......... ......... . .... ..... . . . ................ . . .. .............................................................................................................................................................................................................................................. ..... ..... . .. ................. . ........ ... .. . ... ... ... . . .... . . .
lowQualScore : 0 5 55 555 0 0 0 0 55 5555 0 00 00 3 22 0 0 5 555 55 000 55 999999 3 66 1 1 88888888 1 555 11111 000 9 0 55 8888888888 666666666 0 5555 33333 1 0 7 6666666666666666 9 1 66 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111 11111 0 55 11111111111111111 7 44444444 444 00 0 555 555 000 0 0 0000 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--A-----------GG----TTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
Reference ( family-986 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--A-----------GA----TTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
gi|1 : TTATTTGGA-AGATGCCTA---GTTAAGGCGAGACAGCACA-AAT----AGTAAAATAACTTGTACCATGCTAGCTAAGCAGTCTAAATGGGAATATTTCATGGGTCAAACTTCTGATGAGTGACGGCTTGTC---A--ATA---T--C-TGT--T-CTG-C-----A--T-GTGAATG-----AAAA---ACGA-GACTTGT-ATATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------AAGT------TT-GC-AGT----A-----G-AAAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-CAGT-----------AATGG--GA--AG---AG-G-G-G-------C-----AG-AAC---A---TTTAGGTCTGGAACT-----TAG--A---C--A-----------GA----TTCAG-G-------C--AG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAA-TT-----CG----------A---------AG---------------TG-----AAG-----CTCTTAGATG-G--GA-----------------GTCTTGTTTGAACTAAG-TTT-GAAGCATACATTAGGT-TTAA--TAGAGT--TCCTTTAAGTTTAAACGAAATTTGTTATT---ATAATGT-ATAAATAATATCTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCAGAGTTAGTTTTGTGATGAT
gi|10 : gttttatagtcactcataaagtgattaatttgaatagtttaataacataatatttataatcaacttataatggCTTAAGGGCCAATCACCTGATGA---ATAGCCTGTCTAGA--ATA---TAACATGTGAC-CAGGC-----C--T-TAAAAT------AGAA---ATGTCGACAT----TACTAATTAGCTGTCACTCTCTTATGACAAC----------TAGA------AT-GCTAGT----G-----A-ACAA-GG
gi|11 : agccatgatataatactgatgtgggatactcctaatcagacagactacacgaatagtcaaattagtttataaaaggtctctaccttg---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTCCATG-----AAAC---ACGT-GATCTGT-ATATAA--------------TTTT-TGACAGT----------TAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----GA---AAA----GA-AGCGGA-TAGTAATGATGTTTAAACAG--GA--AG---GG-GAA-G-------T-----A--GGC---A---GTTA-------GAAT-----CGG--A---T--A-----------GG----CTAAG-AGT-----C--GA------G-TTT---G---------------------------------GGA-------GAT-TTG----TG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----TTCTAAAGTA-G--Ggt
gi|12 : ccaattttatatagcgGT-ATATGAATTAAGTATTA---TTTTATGACAAT----------AAGC------G--GG-AGT----A-----G-
gi|12 : tgCTAAAATG-G--GG-----------------AACGTGTTTGAACTATGTTTtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttatactaaaatggggaacgtgtttgaactatgtttag
gi|13 : tggtatatgaattaagtattattttatgacaataagcgggagtagtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttataTGT-ATATGAATTAACTGTCA--CTTTTATGATAAT----------TAAT------AG-GT-AAG----A-----A-AGAT-GGTCA----TA---CAG----GATAGAAGAAGGGTTTTG-------AGTGG--GA--AA---GA-------------------A--AAC---AA--CTTAGATTAGGCAGT-----CAA--A---C--A-----------GAGAAGTTTAG-G--------------------TTT----------T-----------A----------GGCATGAAGGCCAGGAA-TG-----TGT---------G---------GG---------------TC-----AAG-----ATCTAAGATT-G--GG-----------------GGCTTag
gi|14 : ---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTATATG-----AACA---ACAT-GACTTGT-ATATGAATGAGCAG--G--CCTTTATGACAAT----------TAGA------GA-GC-AGT----A-----G-AGAT-AGTTA----TA---AAG----GA-AGAATA-TAGT------------TTGGATGA--AG---GG-G-
gi|15 : gtccaattttacatagca-CAG-C-----G--T-GAATATG-----AGAA---ACGT-GACTTGT-ACATGAACTACCTGTCA--TTTGTATGTCATT----------TAATA-----GT-GC-Aacttgaggatagtta
gi|16 : ttaattagcgagtcttagtGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAAT----------TAAT------G--GG-AGT----AATTTGG-ATTT-AGTTC----TC---AAG----CG-AGAGAA-TAagttaccaattttatttttggagtgggcagttttggactggaagccagtgagagaagtc
gi|17 : tg-TGT--C-CA-----------T-GTGCATG-----AATA---ACGT-GAATTGT-ATATTAATTAACGGTCA--CTTTTATGATAAT----------GAGT------TG-GT-AAG----A-----G-AGAT-GGCCA----TA---CAGTATAGA-A--GGA-GGGT------------TTAG--GA--GG---GGAA-A-G-------C-----A--AACA--A---TTTAGATATAGAAaaggcagttttagttttgaactagaagaagaaagacgagttttagtttagagaaaacactttggaaaatt
gi|18 : aatGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------G--GG-AGT----A-----G-ggcca
gi|19 : gGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACCAT----------TAGT-------C-GG-AGT----A-----G-tttgggttaagttctcaagtagcgagagaataaaggcagtttgagttttgaactaaagaaggaaagtcgggtttagggaagaatactttggaaagt
gi|2 : gAAGCTAAATGGGAGTACCTTAGATGTCAAACATTTAATGATTTATTACCTGTCCTGAGCATAAAGT--G-TAT--C-CAG-GTTTAGA--TAGCGAATCCCATTAAAA---ACAT-GACTTGT-ATATGAACTAGCTGTCA--CGTTTATGACAAT----------AAGA------AT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGTGGA-TAGT-----------AAAAA--GA--AG---GG-G-G-ATTTTCTTT-----AACAAC---A---GTAAGGTCTGAGATT-----CAG--T---C--A-----------GG----TTGAGAG-------TTGGG------G-TTTCCCAG-----TGCGATTCGGAGA----------GGGAGTC-------GAG-TT-----TGGAAGATTTGCG---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-GA-GA-----------------ATCTCATCTGAACTATGTTTT-GAAGCGAATA-T-TATGTTAAAGTAGTGA--CCATCAAAtttggggtttagttctcaaatagcgagagaataaaggcagctttagttttgaactaaaggggaaaaaacggc
gi|20 : gaatagtcattatagtatatagtaggtctgtattTTTGAACTATATTCTAGAAAC-TGAA-CATGTGTTAA--AGGAAT--TCATTAAAGTTTAAATGACA---GTTATT---ACAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAtactgcaagcgaaa
gi|21 : aactgtatGT-ATATTAATTAAATATGA--CTTTAATGACAAT----------TAGT------G--GG-AGT----A-----G-tca
gi|24 : gTGAGGTT-----CGG--A---C--A-----------GG------AAG-T-------C--GA------G-TTT---GG-----------------------------AC-----------GAT-TT-----CC----------G---------GG---------------TT-----AGG-----ATCTAAGAtttgtgtttagttctcaagtagcgagagaataaaggcagttttagttc
gi|3 : gtag---A--ATA---T--C-TGG--C-CAG-C-----A--T-GCACATA-----CAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGTTTTCA--CTTCTCTGACTAT----------TAGA------TT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GTTTA----GA---AGA----GC-AGCGGA-AAAT-----------AACGG--GA--AT---GG-G-G-A-------CTTTTTG--AACAAGA---GTTAGGTCTGGAAACTAAGGCAG--T---C--A-----------GG----TTGAGAG-------TTGGG------G-TTT---GG-----C-----------AGCGAGATTCGGACAGGGAGTT---GAA-TT-----TGGAAGGTTTGCG---------GG---------------TT-----TGG-----CCCTAAGATGAG--GAAGGGTGTGGGGGTGCGGATATCGTCTTAATTACGTTTT-GAAAC------TGTGTGTTAA--AAAAACGACCGTTAAATTTTAAACGAAA---GATGTTTTAGTAATGTA--GAATAA-ATCTGCATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGATaaggggta
gi|4 : ttagatagca--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GGCAATG-----AGAA---ACGG-GACATGT-TTATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGCCGTT----------TAATA-----GT-GCAAGTTTCCA-----GCAAAT-AGTTT----T-----------------GGA-T-----------------GG--GA--A-------------------------A--AACT--AAGTTTTAGTTTTGGGACT------GG--A---G--A-----------GAGTG-TTC-----------C--GG------G-TTT----T-----T-----------A----------GGCAGGA-------G
gi|5 : gtgttgtagtcactgattaaccattacttttaaaatagtttaatcgaatatttttggatcaatgaagttgatacattactaaaatcaattggaaaatataatattttacatgtttgtgattagataaaaggtctaaaaacagagatgtgaacttgttttatggttaattagtgagccTTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACATT---TTGGAAGG--TTATGTGTCATACAT--GATGAGCGAAGGCCTGTC---A--AGG------C-TAT--CGCGG-C-----AATC-ACGTCTA-----AAAATAAACTT-GGTTTATTAT-TG---TAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCAGA-AAGT-----------AACGG--GA--AG---GATT-T-T-------T-----A--AAC---AGCCGTTAGTTCTAAGATT-----CTG--G---C--A-----------GG----TTTAG-T-------C--GG------GATTT---GA-----G-----------A----------GGCATGG-------GAGTTT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGA-----CTCTAAGAgccgg
gi|6 : aATA-----AATA---A--T-GACTGGT-ACATGAATTAAGTGTGA--CTTTTATGACAATATTTTGGTTTTAGTTCTCAAGTAGC-AAG----A-----G-AATTAGGTCAGTTTTACTTAGG----GA-GGCAAA--AG---------------AG--AA--AG---AC-G-G-G--------------------------TTTAAGTTTAGA--------TAG--A---T--A-----------AC----TTTAG-GACGCGAAT--GG------G-TTT---AG-----------------A----------TGCAGTT-------GGG-TT-----TT----------A---------AG---------------T------AGGAAATATACTATGATA-G--GG-----------------AACGTGTTTAAACTATGTTTA-GAAGCGTGCA-CATGTGTTGA--TAGAAT--TTATTAAAGTTTAAATGACA---GTTGTA---ATAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAatag
gi|7 : caggaaatgcctgC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCCGTTG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--TTTTTATGACAAT----------TAATA-----GT-GC-A-T----------G-ATA-----TA----T---------------GCGGA-TAGTTTTTG------GATGG--GA--A-------A-G-G-------C-----A--AAC---AG--TTTAAATCTGAGAGT-----CAGTTAAGTCTAA-----------GA----TCGAG-A-------C--GACGTTATG-TCT---GGGTGTTT-----------A----------GGCAGAA-------G-G-TT-----TG----------GTTTTTTGTAGGCAGTGTGATTCTAGTTT-----AGG-----CTCCTAGATG-G--GA-----------------ATCTTt
gi|8 : tccaattttatatagC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAA-T-----A--T-GCCCATA-----AAAA---ACTT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAATA-----GT-GC-AGT----A-----T-AC-------------------------A-AGCGGA-TAGT-----------TTTTG--GATTAG---AA-A-A-G-------T-----A--AAC---AG--TTTAGATCTGGGAGT-----CAA--G---T--AGTTATGTCTGGGA----TGGAG-T-------C--AG------G-TCTA--GG-----TTTTA-------A----------GGCATGATATTT--GGG-TTGGCAGTG----------A---------GA---------------TTCATTAAGG-----CTCCGAGATC-G--AA-----------------ATCCTG
gi|9 : gtctaattttataaag---A--ATA---T--C-CGT--C-CAG-C-----A--T-GAACATG-----AAAG---ACGT-AACCTGT-ATAGTTATTAGCTGTCAATCTCTTATGACAAT----------TAGT------GT-GG-AGT----A-----G-AGAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCGGA-TAGT-----------AAC-----A--AGTCTGG-G-GTG-------T-----A---------------AGGTTTTGGAGG-----CAG--T---A--A-----------GAAG--TCTAG-A-------CTAGGGGCC--G-TTT---G---------------------------------GGA-------GAT-TA-----AG----------GA--------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAAATG-GATGA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAGTATATAAGATAGGTCTTTTCCTAGCTTAAAGGTCAAGTATCTGCTGGTTAATAATCTGTCTAGGGCATACCGTATG
Unaligned ( gi|23 ): GGTATATTAATTAAGTATGAATTTTATGACAATAAGTGGAAGTAGTTAGGGATTTAGTTCTCAAG
Unaligned ( gi|25 ): ATTATTGGAAGTAGATTGGGGTTTCGTTCTCGGATAGCGAGTGAATAAAATGCAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 222 11 2222 11 111 111 111111111 1111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333333333 22222222 111 11 111 111 1 2222
lowQualScore : 1 5 77 111 1 1 1 1 66 3333 1 22 22 7 22 1 1 6 555 44 444 55 777777 3 44 3 3 77777777 3 777 77777 555 2 2 55 8888888888 999999999 4 4444 55555 2 1 2 3333333333333333 2 0 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999 99999 4 99 11111111111111111 6 33333333 222 11 1 777 777 999 0 1 4444 1 1 1
lowQualScore : . . .. ... . . . . .. .... . .. .. . .. . . . ... .. ... .. ...... . .. . . ........ . ... ..... ... . . .. .......... ......... . .... ..... . . . ................ . . .. ................................................................................................................................................................................................................................... ..... ..... . .. ................. . ........ ... .. . ... ... ... . . .... . . .
lowQualScore : 0 5 55 555 0 0 0 0 55 5555 0 00 00 3 22 0 0 5 555 55 000 55 999999 3 66 1 1 88888888 1 555 11111 000 9 0 55 8888888888 666666666 0 5555 33333 1 0 7 6666666666666666 9 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 0 55 11111111111111111 7 44444444 444 00 0 555 555 000 0 0 0000 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--AG----GTTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
Reference ( family-986 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--AG----GTTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
gi|1 : TTATTTGGA-AGATGCCTA---GTTAAGGCGAGACAGCACA-AAT----AGTAAAATAACTTGTACCATGCTAGCTAAGCAGTCTAAATGGGAATATTTCATGGGTCAAACTTCTGATGAGTGACGGCTTGTC---A--ATA---T--C-TGT--T-CTG-C-----A--T-GTGAATG-----AAAA---ACGA-GACTTGT-ATATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------AAGT------TT-GC-AGT----A-----G-AAAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-CAGT-----------AATGG--GA--AG---AG-G-G-G-------C-----AG-AAC---A---TTTAGGTCTGGAACT-----TAG--A---C--AG----ATTCAG-G-------C--AG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAA-TT-----CG----------A---------AG---------------TG-----AAG-----CTCTTAGATG-G--GA-----------------GTCTTGTTTGAACTAAG-TTT-GAAGCATACATTAGGT-TTAA--TAGAGT--TCCTTTAAGTTTAAACGAAATTTGTTATT---ATAATGT-ATAAATAATATCTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCAGAGTTAGTTTTGTGATGAT
gi|10 : gttttatagtcactcataaagtgattaatttgaatagtttaataacataatatttataatcaacttataatggCTTAAGGGCCAATCACCTGATGA---ATAGCCTGTCTAGA--ATA---TAACATGTGAC-CAGGC-----C--T-TAAAAT------AGAA---ATGTCGACAT----TACTAATTAGCTGTCACTCTCTTATGACAAC----------TAGA------AT-GCTAGT----G-----A-ACAA-GG
gi|11 : agccatgatataatactgatgtgggatactcctaatcagacagactacacgaatagtcaaattagtttataaaaggtctctaccttg---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTCCATG-----AAAC---ACGT-GATCTGT-ATATAA--------------TTTT-TGACAGT----------TAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----GA---AAA----GA-AGCGGA-TAGTAATGATGTTTAAACAG--GA--AG---GG-GAA-G-------T-----A--GGC---A---GTTA-------GAAT-----CGG--A---T--AG----GCTAAG-AGT-----C--GA------G-TTT---G---------------------------------GGA-------GAT-TTG----TG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----TTCTAAAGTA-G--Ggt
gi|12 : ccaattttatatagcgGT-ATATGAATTAAGTATTA---TTTTATGACAAT----------AAGC------G--GG-AGT----A-----G-
gi|12 : tgCTAAAATG-G--GG-----------------AACGTGTTTGAACTATGTTTtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttatactaaaatggggaacgtgtttgaactatgtttag
gi|13 : tggtatatgaattaagtattattttatgacaataagcgggagtagtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttataTGT-ATATGAATTAACTGTCA--CTTTTATGATAAT----------TAAT------AG-GT-AAG----A-----A-AGAT-GGTCA----TA---CAG----GATAGAAGAAGGGTTTTG-------AGTGG--GA--AA---GA-------------------A--AAC---AA--CTTAGATTAGGCAGT-----CAA--A---C--AGAGAAGTTTAG-G--------------------TTT----------T-----------A----------GGCATGAAGGCCAGGAA-TG-----TGT---------G---------GG---------------TC-----AAG-----ATCTAAGATT-G--GG-----------------GGCTTag
gi|14 : ---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTATATG-----AACA---ACAT-GACTTGT-ATATGAATGAGCAG--G--CCTTTATGACAAT----------TAGA------GA-GC-AGT----A-----G-AGAT-AGTTA----TA---AAG----GA-AGAATA-TAGT------------TTGGATGA--AG---GG-G-
gi|15 : gtccaattttacatagca-CAG-C-----G--T-GAATATG-----AGAA---ACGT-GACTTGT-ACATGAACTACCTGTCA--TTTGTATGTCATT----------TAATA-----GT-GC-Aacttgaggatagtta
gi|16 : ttaattagcgagtcttagtGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAAT----------TAAT------G--GG-AGT----AATTTGG-ATTT-AGTTC----TC---AAG----CG-AGAGAA-TAagttaccaattttatttttggagtgggcagttttggactggaagccagtgagagaagtc
gi|17 : tg-TGT--C-CA-----------T-GTGCATG-----AATA---ACGT-GAATTGT-ATATTAATTAACGGTCA--CTTTTATGATAAT----------GAGT------TG-GT-AAG----A-----G-AGAT-GGCCA----TA---CAGTATAGA-A--GGA-GGGT------------TTAG--GA--GG---GGAA-A-G-------C-----A--AACA--A---TTTAGATATAGAAaaggcagttttagttttgaactagaagaagaaagacgagttttagtttagagaaaacactttggaaaatt
gi|18 : aatGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------G--GG-AGT----A-----G-ggcca
gi|19 : gGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACCAT----------TAGT-------C-GG-AGT----A-----G-tttgggttaagttctcaagtagcgagagaataaaggcagtttgagttttgaactaaagaaggaaagtcgggtttagggaagaatactttggaaagt
gi|2 : gAAGCTAAATGGGAGTACCTTAGATGTCAAACATTTAATGATTTATTACCTGTCCTGAGCATAAAGT--G-TAT--C-CAG-GTTTAGA--TAGCGAATCCCATTAAAA---ACAT-GACTTGT-ATATGAACTAGCTGTCA--CGTTTATGACAAT----------AAGA------AT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGTGGA-TAGT-----------AAAAA--GA--AG---GG-G-G-ATTTTCTTT-----AACAAC---A---GTAAGGTCTGAGATT-----CAG--T---C--AG----GTTGAGAG-------TTGGG------G-TTTCCCAG-----TGCGATTCGGAGA----------GGGAGTC-------GAG-TT-----TGGAAGATTTGCG---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-GA-GA-----------------ATCTCATCTGAACTATGTTTT-GAAGCGAATA-T-TATGTTAAAGTAGTGA--CCATCAAAtttggggtttagttctcaaatagcgagagaataaaggcagctttagttttgaactaaaggggaaaaaacggc
gi|20 : gaatagtcattatagtatatagtaggtctgtattTTTGAACTATATTCTAGAAAC-TGAA-CATGTGTTAA--AGGAAT--TCATTAAAGTTTAAATGACA---GTTATT---ACAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAtactgcaagcgaaa
gi|21 : aactgtatGT-ATATTAATTAAATATGA--CTTTAATGACAAT----------TAGT------G--GG-AGT----A-----G-tca
gi|24 : gTGAGGTT-----CGG--A---C--AG----G--AAG-T-------C--GA------G-TTT---GG-----------------------------AC-----------GAT-TT-----CC----------G---------GG---------------TT-----AGG-----ATCTAAGAtttgtgtttagttctcaagtagcgagagaataaaggcagttttagttc
gi|3 : gtag---A--ATA---T--C-TGG--C-CAG-C-----A--T-GCACATA-----CAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGTTTTCA--CTTCTCTGACTAT----------TAGA------TT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GTTTA----GA---AGA----GC-AGCGGA-AAAT-----------AACGG--GA--AT---GG-G-G-A-------CTTTTTG--AACAAGA---GTTAGGTCTGGAAACTAAGGCAG--T---C--AG----GTTGAGAG-------TTGGG------G-TTT---GG-----C-----------AGCGAGATTCGGACAGGGAGTT---GAA-TT-----TGGAAGGTTTGCG---------GG---------------TT-----TGG-----CCCTAAGATGAG--GAAGGGTGTGGGGGTGCGGATATCGTCTTAATTACGTTTT-GAAAC------TGTGTGTTAA--AAAAACGACCGTTAAATTTTAAACGAAA---GATGTTTTAGTAATGTA--GAATAA-ATCTGCATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGATaaggggta
gi|4 : ttagatagca--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GGCAATG-----AGAA---ACGG-GACATGT-TTATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGCCGTT----------TAATA-----GT-GCAAGTTTCCA-----GCAAAT-AGTTT----T-----------------GGA-T-----------------GG--GA--A-------------------------A--AACT--AAGTTTTAGTTTTGGGACTG----GAG--A---G--AGT---GTTC-----------C--GG------G-TTT----T-----T-----------A----------GGCAGGA-------G
gi|5 : gtgttgtagtcactgattaaccattacttttaaaatagtttaatcgaatatttttggatcaatgaagttgatacattactaaaatcaattggaaaatataatattttacatgtttgtgattagataaaaggtctaaaaacagagatgtgaacttgttttatggttaattagtgagccTTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACATT---TTGGAAGG--TTATGTGTCATACAT--GATGAGCGAAGGCCTGTC---A--AGG------C-TAT--CGCGG-C-----AATC-ACGTCTA-----AAAATAAACTT-GGTTTATTAT-TG---TAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCAGA-AAGT-----------AACGG--GA--AG---GATT-T-T-------T-----A--AAC---AGCCGTTAGTTCTAAGATT-----CTG--G---C--AG----GTTTAG-T-------C--GG------GATTT---GA-----G-----------A----------GGCATGG-------GAGTTT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGA-----CTCTAAGAgccgg
gi|6 : aATA-----AATA---A--T-GACTGGT-ACATGAATTAAGTGTGA--CTTTTATGACAATATTTTGGTTTTAGTTCTCAAGTAGC-AAG----A-----G-AATTAGGTCAGTTTTACTTAGG----GA-GGCAAA--AG---------------AG--AA--AG---AC-G-G-G--------------------------TTTAAGTTTAGA--------TAG--A---T--AA----CTTTAG-GACGCGAAT--GG------G-TTT---AG-----------------A----------TGCAGTT-------GGG-TT-----TT----------A---------AG---------------T------AGGAAATATACTATGATA-G--GG-----------------AACGTGTTTAAACTATGTTTA-GAAGCGTGCA-CATGTGTTGA--TAGAAT--TTATTAAAGTTTAAATGACA---GTTGTA---ATAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAatag
gi|7 : caggaaatgcctgC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCCGTTG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--TTTTTATGACAAT----------TAATA-----GT-GC-A-T----------G-ATA-----TA----T---------------GCGGA-TAGTTTTTG------GATGG--GA--A-------A-G-G-------C-----A--AAC---AG--TTTAAATCTGAGAGT-----CAGTTAAGTCTAAG----ATCGAG-A-------C--GACGTTATG-TCT---GGGTGTTT-----------A----------GGCAGAA-------G-G-TT-----TG----------GTTTTTTGTAGGCAGTGTGATTCTAGTTT-----AGG-----CTCCTAGATG-G--GA-----------------ATCTTt
gi|8 : tccaattttatatagC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAA-T-----A--T-GCCCATA-----AAAA---ACTT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAATA-----GT-GC-AGT----A-----T-AC-------------------------A-AGCGGA-TAGT-----------TTTTG--GATTAG---AA-A-A-G-------T-----A--AAC---AG--TTTAGATCTGGGAGT-----CAA--G---T--AGTTATGTCTGG-GATGGAGTC--AG------G-TCTA--GG-----TTTTA-------A----------GGCATGATATTT--GGG-TTGGCAGTG----------A---------GA---------------TTCATTAAGG-----CTCCGAGATC-G--AA-----------------ATCCTG
gi|9 : gtctaattttataaag---A--ATA---T--C-CGT--C-CAG-C-----A--T-GAACATG-----AAAG---ACGT-AACCTGT-ATAGTTATTAGCTGTCAATCTCTTATGACAAT----------TAGT------GT-GG-AGT----A-----G-AGAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCGGA-TAGT-----------AAC-----A--AGTCTGG-G-GTG-------T-----A---------------AGGTTTTGGAGG-----CAGTAA---G--AA----GTCTAG-A-------CTAGGGGCC--G-TTT---G---------------------------------GGA-------GAT-TA-----AG----------GA--------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAAATG-GATGA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAGTATATAAGATAGGTCTTTTCCTAGCTTAAAGGTCAAGTATCTGCTGGTTAATAATCTGTCTAGGGCATACCGTATG
Unaligned ( gi|23 ): GGTATATTAATTAAGTATGAATTTTATGACAATAAGTGGAAGTAGTTAGGGATTTAGTTCTCAAG
Unaligned ( gi|25 ): ATTATTGGAAGTAGATTGGGGTTTCGTTCTCGGATAGCGAGTGAATAAAATGCAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 222 11 2222 11 111 111 111111111 1111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333333333 22222222 111 11 111 111 1 2222
lowQualScore : 1 5 77 111 1 1 1 1 66 3333 1 22 22 7 22 1 1 6 555 44 444 55 777777 3 44 3 3 77777777 3 777 77777 555 2 2 55 8888888888 999999999 4 4444 55555 2 1 2 3333333333333333 2 0 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999 99999 4 99 11111111111111111 6 33333333 222 11 1 777 777 999 0 1 4444 1 1 1
lowQualScore : . . .. ... . . . . .. .... . .. .. . .. . . . ... .. ... .. ...... . .. . . ........ . ... ..... ... . . .. .......... ......... . .... ..... . . . ................ . . .. ................................................................................................................................................................................................................................... ..... ..... . .. ................. . ........ ... .. . ... ... ... . . .... . . .
lowQualScore : 0 5 55 555 0 0 0 0 55 5555 0 00 00 3 22 0 0 5 555 55 000 55 999999 3 66 1 1 88888888 1 555 11111 000 9 0 55 8888888888 666666666 0 5555 33333 1 0 7 6666666666666666 9 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 0 55 11111111111111111 7 44444444 444 00 0 555 555 000 0 0 0000 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--AG----GTTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
Reference ( family-986 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--AG----GTTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
gi|1 : TTATTTGGA-AGATGCCTA---GTTAAGGCGAGACAGCACA-AAT----AGTAAAATAACTTGTACCATGCTAGCTAAGCAGTCTAAATGGGAATATTTCATGGGTCAAACTTCTGATGAGTGACGGCTTGTC---A--ATA---T--C-TGT--T-CTG-C-----A--T-GTGAATG-----AAAA---ACGA-GACTTGT-ATATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------AAGT------TT-GC-AGT----A-----G-AAAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-CAGT-----------AATGG--GA--AG---AG-G-G-G-------C-----AG-AAC---A---TTTAGGTCTGGAACT-----TAG--A---C--AG----ATTCAG-G-------C--AG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAA-TT-----CG----------A---------AG---------------TG-----AAG-----CTCTTAGATG-G--GA-----------------GTCTTGTTTGAACTAAG-TTT-GAAGCATACATTAGGT-TTAA--TAGAGT--TCCTTTAAGTTTAAACGAAATTTGTTATT---ATAATGT-ATAAATAATATCTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCAGAGTTAGTTTTGTGATGAT
gi|10 : gttttatagtcactcataaagtgattaatttgaatagtttaataacataatatttataatcaacttataatggCTTAAGGGCCAATCACCTGATGA---ATAGCCTGTCTAGA--ATA---TAACATGTGAC-CAGGC-----C--T-TAAAAT------AGAA---ATGTCGACAT----TACTAATTAGCTGTCACTCTCTTATGACAAC----------TAGA------AT-GCTAGT----G-----A-ACAA-GG
gi|11 : agccatgatataatactgatgtgggatactcctaatcagacagactacacgaatagtcaaattagtttataaaaggtctctaccttg---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTCCATG-----AAAC---ACGT-GATCTGT-ATATAA--------------TTTT-TGACAGT----------TAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----GA---AAA----GA-AGCGGA-TAGTAATGATGTTTAAACAG--GA--AG---GG-GAA-G-------T-----A--GGC---A---GTTA-------GAAT-----CGG--A---T--AG----GCTAAG-AGT-----C--GA------G-TTT---G---------------------------------GGA-------GAT-TTG----TG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----TTCTAAAGTA-G--Ggt
gi|12 : ccaattttatatagcgGT-ATATGAATTAAGTATTA---TTTTATGACAAT----------AAGC------G--GG-AGT----A-----G-
gi|12 : tgCTAAAATG-G--GG-----------------AACGTGTTTGAACTATGTTTtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttatactaaaatggggaacgtgtttgaactatgtttag
gi|13 : tggtatatgaattaagtattattttatgacaataagcgggagtagtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttataTGT-ATATGAATTAACTGTCA--CTTTTATGATAAT----------TAAT------AG-GT-AAG----A-----A-AGAT-GGTCA----TA---CAG----GATAGAAGAAGGGTTTTG-------AGTGG--GA--AA---GA-------------------A--AAC---AA--CTTAGATTAGGCAGT-----CAA--A---C--AGAGAAGTTTAG-G--------------------TTT----------T-----------A----------GGCATGAAGGCCAGGAA-TG-----TGT---------G---------GG---------------TC-----AAG-----ATCTAAGATT-G--GG-----------------GGCTTag
gi|14 : ---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GTATATG-----AACA---ACAT-GACTTGT-ATATGAATGAGCAG--G--CCTTTATGACAAT----------TAGA------GA-GC-AGT----A-----G-AGAT-AGTTA----TA---AAG----GA-AGAATA-TAGT------------TTGGATGA--AG---GG-G-
gi|15 : gtccaattttacatagca-CAG-C-----G--T-GAATATG-----AGAA---ACGT-GACTTGT-ACATGAACTACCTGTCA--TTTGTATGTCATT----------TAATA-----GT-GC-Aacttgaggatagtta
gi|16 : ttaattagcgagtcttagtGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAAT----------TAAT------G--GG-AGT----AATTTGG-ATTT-AGTTC----TC---AAG----CG-AGAGAA-TAagttaccaattttatttttggagtgggcagttttggactggaagccagtgagagaagtc
gi|17 : tg-TGT--C-CA-----------T-GTGCATG-----AATA---ACGT-GAATTGT-ATATTAATTAACGGTCA--CTTTTATGATAAT----------GAGT------TG-GT-AAG----A-----G-AGAT-GGCCA----TA---CAGTATAGA-A--GGA-GGGT------------TTAG--GA--GG---GGAA-A-G-------C-----A--AACA--A---TTTAGATATAGAAaaggcagttttagttttgaactagaagaagaaagacgagttttagtttagagaaaacactttggaaaatt
gi|18 : aatGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------G--GG-AGT----A-----G-ggcca
gi|19 : gGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACCAT----------TAGT-------C-GG-AGT----A-----G-tttgggttaagttctcaagtagcgagagaataaaggcagtttgagttttgaactaaagaaggaaagtcgggtttagggaagaatactttggaaagt
gi|2 : gAAGCTAAATGGGAGTACCTTAGATGTCAAACATTTAATGATTTATTACCTGTCCTGAGCATAAAGT--G-TAT--C-CAG-GTTTAGA--TAGCGAATCCCATTAAAA---ACAT-GACTTGT-ATATGAACTAGCTGTCA--CGTTTATGACAAT----------AAGA------AT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGTGGA-TAGT-----------AAAAA--GA--AG---GG-G-G-ATTTTCTTT-----AACAAC---A---GTAAGGTCTGAGATT-----CAG--T---C--AG----GTTGAGAG-------TTGGG------G-TTTCCCAG-----TGCGATTCGGAGA----------GGGAGTC-------GAG-TT-----TGGAAGATTTGCG---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-GA-GA-----------------ATCTCATCTGAACTATGTTTT-GAAGCGAATA-T-TATGTTAAAGTAGTGA--CCATCAAAtttggggtttagttctcaaatagcgagagaataaaggcagctttagttttgaactaaaggggaaaaaacggc
gi|20 : gaatagtcattatagtatatagtaggtctgtattTTTGAACTATATTCTAGAAAC-TGAA-CATGTGTTAA--AGGAAT--TCATTAAAGTTTAAATGACA---GTTATT---ACAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAtactgcaagcgaaa
gi|21 : aactgtatGT-ATATTAATTAAATATGA--CTTTAATGACAAT----------TAGT------G--GG-AGT----A-----G-tca
gi|24 : gTGAGGTT-----CGG--A---C--AG----G--AAG-T-------C--GA------G-TTT---GG-----------------------------AC-----------GAT-TT-----CC----------G---------GG---------------TT-----AGG-----ATCTAAGAtttgtgtttagttctcaagtagcgagagaataaaggcagttttagttc
gi|3 : gtag---A--ATA---T--C-TGG--C-CAG-C-----A--T-GCACATA-----CAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGTTTTCA--CTTCTCTGACTAT----------TAGA------TT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GTTTA----GA---AGA----GC-AGCGGA-AAAT-----------AACGG--GA--AT---GG-G-G-A-------CTTTTTG--AACAAGA---GTTAGGTCTGGAAACTAAGGCAG--T---C--AG----GTTGAGAG-------TTGGG------G-TTT---GG-----C-----------AGCGAGATTCGGACAGGGAGTT---GAA-TT-----TGGAAGGTTTGCG---------GG---------------TT-----TGG-----CCCTAAGATGAG--GAAGGGTGTGGGGGTGCGGATATCGTCTTAATTACGTTTT-GAAAC------TGTGTGTTAA--AAAAACGACCGTTAAATTTTAAACGAAA---GATGTTTTAGTAATGTA--GAATAA-ATCTGCATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGATaaggggta
gi|4 : ttagatagca--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GGCAATG-----AGAA---ACGG-GACATGT-TTATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGCCGTT----------TAATA-----GT-GCAAGTTTCCA-----GCAAAT-AGTTT----T-----------------GGA-T-----------------GG--GA--A-------------------------A--AACT--AAGTTTTAGTTTTGGGACTG----GAG--A---G--AGT---GTTC-----------C--GG------G-TTT----T-----T-----------A----------GGCAGGA-------G
gi|5 : gtgttgtagtcactgattaaccattacttttaaaatagtttaatcgaatatttttggatcaatgaagttgatacattactaaaatcaattggaaaatataatattttacatgtttgtgattagataaaaggtctaaaaacagagatgtgaacttgttttatggttaattagtgagccTTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACATT---TTGGAAGG--TTATGTGTCATACAT--GATGAGCGAAGGCCTGTC---A--AGG------C-TAT--CGCGG-C-----AATC-ACGTCTA-----AAAATAAACTT-GGTTTATTAT-TG---TAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCAGA-AAGT-----------AACGG--GA--AG---GATT-T-T-------T-----A--AAC---AGCCGTTAGTTCTAAGATT-----CTG--G---C--AG----GTTTAG-T-------C--GG------GATTT---GA-----G-----------A----------GGCATGG-------GAGTTT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGA-----CTCTAAGAgccgg
gi|6 : aATA-----AATA---A--T-GACTGGT-ACATGAATTAAGTGTGA--CTTTTATGACAATATTTTGGTTTTAGTTCTCAAGTAGC-AAG----A-----G-AATTAGGTCAGTTTTACTTAGG----GA-GGCAAA--AG---------------AG--AA--AG---AC-G-G-G--------------------------TTTAAGTTTAGA--------TAG--A---T--AA----CTTTAG-GACGCGAAT--GG------G-TTT---AG-----------------A----------TGCAGTT-------GGG-TT-----TT----------A---------AG---------------T------AGGAAATATACTATGATA-G--GG-----------------AACGTGTTTAAACTATGTTTA-GAAGCGTGCA-CATGTGTTGA--TAGAAT--TTATTAAAGTTTAAATGACA---GTTGTA---ATAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAatag
gi|7 : caggaaatgcctgC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCCGTTG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--TTTTTATGACAAT----------TAATA-----GT-GC-A-T----------G-ATA-----TA----T---------------GCGGA-TAGTTTTTG------GATGG--GA--A-------A-G-G-------C-----A--AAC---AG--TTTAAATCTGAGAGT-----CAGTTAAGTCTAAG----ATCGAG-A-------C--GACGTTATG-TCT---GGGTGTTT-----------A----------GGCAGAA-------G-G-TT-----TG----------GTTTTTTGTAGGCAGTGTGATTCTAGTTT-----AGG-----CTCCTAGATG-G--GA-----------------ATCTTt
gi|8 : tccaattttatatagC---A--ACA---T--C-TGT--C-CAA-T-----A--T-GCCCATA-----AAAA---ACTT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAATA-----GT-GC-AGT----A-----T-AC-------------------------A-AGCGGA-TAGT-----------TTTTG--GATTAG---AA-A-A-G-------T-----A--AAC---AG--TTTAGATCTGGGAGT-----CAA--G---T--AGTTATGTCTGG-GATGGAGTC--AG------G-TCTA--GG-----TTTTA-------A----------GGCATGATATTT--GGG-TTGGCAGTG----------A---------GA---------------TTCATTAAGG-----CTCCGAGATC-G--AA-----------------ATCCTG
gi|9 : gtctaattttataaag---A--ATA---T--C-CGT--C-CAG-C-----A--T-GAACATG-----AAAG---ACGT-AACCTGT-ATAGTTATTAGCTGTCAATCTCTTATGACAAT----------TAGT------GT-GG-AGT----A-----G-AGAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCGGA-TAGT-----------AAC-----A--AGTCTGG-G-GTG-------T-----A---------------AGGTTTTGGAGG-----CAGTAA---G--AA----GTCTAG-A-------CTAGGGGCC--G-TTT---G---------------------------------GGA-------GAT-TA-----AG----------GA--------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAAATG-GATGA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAG
blockSeqs : T T . AAA C C T T CT TACC C TA AG A CC A G C TTT TA TAG GC AAGT A GA G G TTTAGA A AAA CCATT TAA C T CT ATTTTGGTTT TCTCAAGTA T TTCC ATTTG C C A GTTTTACTTAGG T AG TTTTGGATGGGAAAGGCAAACAGTTTAAATCTGAGAGTCAGTTAAGTCTAAGATCGAGACGACGTTATGTCTGGGTGTTTAGGCAGAAGGTTTGGTTTTTTGTAGGCAGTGTGATTCTAGT CATTA AAATA A AT AGGGTGTGGGGGTGCGG A GTGCACA AGT GA C . TTA AAG . A . T T A
blockSeqs : CA . . G T T GCG TT CTG . TAA . . . . AAT . TCC . . . . AT . AGT A . . . C . TACAGTATA . T AACGGGAATGGGGACTTTTTGAACAAGAGTTAGGTCTGGAAACTAAGGCAGTCAGGTTGAGAGTTGGGGTTTGGCAGCGAGATTCGGACAGGGAGTTGAATTTGGAAGGTTTGCGGG . . . A . . GAATAT A . A . . AAG . C
blockSeqs : T T . . AG . . T . . . . C . TAT . . . . . . AGT . . . . G . GAAAA . T AAAAAGAAGGGGGATTTTCTTTAACAACAGTAAGGTCTGAGATTCAGTCAGGTTGAGAGTTGGGGTTTCCCAGTGCGATTCGGAGAGGGAGTCGAGTTTGGAAGATTTGCGGG . . . . . . TGAACA A . C . . A . A
blockSeqs : . . T . . . . A . AAT . . . . . . AGT . . . . G . TACAG . T TTTTGGATTAGAAAAGTAAACAGTTTAGATCTGGGAGTCAAGTAGTTATGTCTGGGATGGAGTCAGGTCTAGGTTTTAAGGCATGATATTTGGGTTGGCAGTGAGA . . . . . . TG T .
blockSeqs : . . T . . . . A . TGC . . . . . . AGT . . . . T . TAAAG . G TTTGAGTGGGAAAGAAAACAACTTAGATTAGGCAGTCAAACAGAGAAGTTTAGGTTTTAGGCATGAAGGCCAGGAATGTGTGGG . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . G . CGA . . . . . . AT . . . . G . TCAAG . T AACGGGAAGGATTTTTAAACAGCCGTTAGTTCTAAGATTCTGGCAGGTTTAGTCGGGATTTGAGAGGCATGGGAGTTTCGGGG . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . A . CAC . . . . . . GT . . . . T . TAAAA . A AATGATGTTTAAACAGGAAGGGGAAGTAGGCAGTTAGAATCGGATAGGCTAAGAGTCGAGTTTGGGAGATTTGTGGGG . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . A . GCA . . . . . . AG . . . . T . GAAGA . T AACAAGTCTGGGGTGTAAGGTTTTGGAGGCAGTAAGAAGTCTAGACTAGGGGCCGTTTGGGAGATTAAGGAGG . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . CGT . . . . . . GA . . . . A . TAAAA . A AGAAAGACGGGTTTAAGTTTAGATAGATAACTTTAGGACGCGAATGGGTTTAGATGCAGTTGGGTTTTAAG . . . .
blockSeqs : . . . . A . CCG . . . . . . TG . . . . C . TAAAA . T . .
blockSeqs : . . . . A . CCC . . . . . . AT . . . . A . T . T
blockSeqs : . . . . AAC . . . . . . TT . . . . T . T . T
blockSeqs : . . . . . . GT . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . GT . . . . G .
blockSeqs : . . . G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . .
blockSeqs : . . . G . . . .
blockSeqs : . . . C . . . .
blockSeqs : . . . G .
blockSeqCons : TGACA***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--AG----GTTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCGTGCA-TATGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CAG-C-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--AG----GTTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGCTGACA---TGTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAGTATATAAGATAGGTCTTTTCCTAGCTTAAAGGTCAAGTATCTGCTGGTTAATAATCTGTCTAGGGCATACCGTATG
Unaligned ( gi|23 ): GGTATATTAATTAAGTATGAATTTTATGACAATAAGTGGAAGTAGTTAGGGATTTAGTTCTCAAG
Unaligned ( gi|25 ): ATTATTGGAAGTAGATTGGGGTTTCGTTCTCGGATAGCGAGTGAATAAAATGCAGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 222 11 2222 11 111 111 111111111 1111111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333333333333 3333333333333 111 11 111 111 1 2222
lowQualScore : 1 5 77 111 1 1 1 1 66 3333 1 22 22 7 22 1 1 6 555 44 444 55 777777 3 44 3 3 77777777 3 777 77777 555 2 2 55 8888888888 999999999 4 4444 55555 2 1 2 3333333333333333 2 0 55 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999 99999 4 99 11111111111111111 6 1111111111111 222 11 1 777 777 999 0 1 4444 1 1 1
lowQualScore : . . .. ... . . . . .. .... . .. .. . .. . . . ... .. ... .. ...... . .. . . ........ . ... ..... ... . . .. .......... ......... . .... ..... . . . ................ . . .. ................................................................................................................................................................................................................................... ..... ..... . .. ................. . ............. ... .. . ... ... ... . . .... . . .
lowQualScore : 0 5 55 555 0 0 0 0 55 5555 0 00 00 3 22 0 0 5 555 55 000 55 999999 3 66 1 1 88888888 1 555 11111 000 9 0 55 8888888888 666666666 0 5555 33333 1 0 7 6666666666666666 9 1 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 11111 0 55 11111111111111111 7 0000000000000 444 00 0 555 555 000 0 0 0000 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CA-GC-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--AG----GTTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGC-TG-A-CA-T---GTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
Reference ( family-986 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTATTTNGATAGATGCCTAAAAGTTNAGNCGNGACANCACNTAGTTACCAGTAAANTAACTTGTACCNNGCTGGCTAAGCANNCTAAATGGGAATACCTTANGNGTCAAACATCTGATGAGCGACGGCCTGTC---A--ATA---T--C-TGT--C-CA-GC-----A--T-GCGNATG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------GT-GC-AGT----A-----G-ANAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-TAGT-----------AACGG--GA--AG---GG-G-G-G-------C-----A--AAC---A---TTTAGGTCTGGGANT-----CAG--A---C--AG----GTTNAG-G-------C--GG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAG-TT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-G--GA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAGC-TG-A-CA-T---GTGTTAA--TAGAAT--TCATTAAAGTTTAAACGANA---GTTGTT---ATAATGTAAGAAATAA-ATNTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCNGNGTTAGNTCTGTGACGAT
gi|1 : TTATTTGGA-AGATGCCTA---GTTAAGGCGAGACAGCACA-AAT----AGTAAAATAACTTGTACCATGCTAGCTAAGCAGTCTAAATGGGAATATTTCATGGGTCAAACTTCTGATGAGTGACGGCTTGTC---A--ATA---T--C-TGT--T-CT-GC-----A--T-GTGAATG-----AAAA---ACGA-GACTTGT-ATATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------AAGT------TT-GC-AGT----A-----G-AAAT-GGTTA----TA---AAG----GA-AGCGGA-CAGT-----------AATGG--GA--AG---AG-G-G-G-------C-----AG-AAC---A---TTTAGGTCTGGAACT-----TAG--A---C--AG----ATTCAG-G-------C--AG------G-TTT---GG-----T-----------A----------GGCAGGA-------GAA-TT-----CG----------A---------AG---------------TG-----AAG-----CTCTTAGATG-G--GA-----------------GTCTTGTTTGAACTAAG-TTT-GAAGC-AT-A-CA-TTAGGT-TTAA--TAGAGT--TCCTTTAAGTTTAAACGAAATTTGTTATT---ATAATGT-ATAAATAATATCTGTATAGAAAAAAACTGCGCTTTCAGAGTTAGTTTTGTGATGAT
gi|10 : gttttatagtcactcataaagtgattaatttgaatagtttaataacataatatttataatcaacttataatggCTTAAGGGCCAATCACCTGATGA---ATAGCCTGTCTAGA--ATA---TAACATGTGAC-CAGGC-----C--T-TAAAAT------AGAA---ATGTCGACAT----TACTAATTAGCTGTCACTCTCTTATGACAAC----------TAGA------AT-GCTAGT----G-----A-ACAA-GG
gi|11 : agccatgatataatactgatgtgggatactcctaatcagacagactacacgaatagtcaaattagtttataaaaggtctctaccttg---A--ATA---T--C-TGT--C-CA-GC-----A--T-GTCCATG-----AAAC---ACGT-GATCTGT-ATATAA--------------TTTT-TGACAGT----------TAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----GA---AAA----GA-AGCGGA-TAGTAATGATGTTTAAACAG--GA--AG---GG-GAA-G-------T-----A--GGC---A---GTTA-------GAAT-----CGG--A---T--AG----GCTAAG-AGT-----C--GA------G-TTT---G---------------------------------GGA-------GAT-TTG----TG----------G---------GG---------------TT-----AGG-----TTCTAAAGTA-G--Ggt
gi|12 : ccaattttatatagcgGT-ATATGAATTAAGTATTA---TTTTATGACAAT----------AAGC------G--GG-AGT----A-----G-
gi|12 : tgCTAAAATG-G--GG-----------------AACGTGTTTGAACTATGTTTtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttatactaaaatggggaacgtgtttgaactatgtttag
gi|13 : tggtatatgaattaagtattattttatgacaataagcgggagtagtttgggtttagttctcaagtagggagagaaaaaaggaagtttcagttttgaactaggggatggctggcttttgagtagaaatgctggttaaaatgcaaccgggtttcaaataggaactgttataTGT-ATATGAATTAACTGTCA--CTTTTATGATAAT----------TAAT------AG-GT-AAG----A-----A-AGAT-GGTCA----TA---CAG----GATAGAAGAAGGGTTTTG-------AGTGG--GA--AA---GA-------------------A--AAC---AA--CTTAGATTAGGCAGT-----CAA--A---C--AGAGAAGTTTAG-G--------------------TTT----------T-----------A----------GGCATGAAGGCCAGGAA-TG-----TGT---------G---------GG---------------TC-----AAG-----ATCTAAGATT-G--GG-----------------GGCTTag
gi|14 : ---A--ATA---T--C-TGT--C-CA-GC-----A--T-GTATATG-----AACA---ACAT-GACTTGT-ATATGAATGAGCAG--G--CCTTTATGACAAT----------TAGA------GA-GC-AGT----A-----G-AGAT-AGTTA----TA---AAG----GA-AGAATA-TAGT------------TTGGATGA--AG---GG-G-
gi|15 : gtccaattttacatagca-CA-GC-----G--T-GAATATG-----AGAA---ACGT-GACTTGT-ACATGAACTACCTGTCA--TTTGTATGTCATT----------TAATA-----GT-GC-Aacttgaggatagtta
gi|16 : ttaattagcgagtcttagtGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAAT----------TAAT------G--GG-AGT----AATTTGG-ATTT-AGTTC----TC---AAG----CG-AGAGAA-TAagttaccaattttatttttggagtgggcagttttggactggaagccagtgagagaagtc
gi|17 : tg-TGT--C-CA-----------T-GTGCATG-----AATA---ACGT-GAATTGT-ATATTAATTAACGGTCA--CTTTTATGATAAT----------GAGT------TG-GT-AAG----A-----G-AGAT-GGCCA----TA---CAGTATAGA-A--GGA-GGGT------------TTAG--GA--GG---GGAA-A-G-------C-----A--AACA--A---TTTAGATATAGAAaaggcagttttagttttgaactagaagaagaaagacgagttttagtttagagaaaacactttggaaaatt
gi|18 : aatGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACAAT----------TAGT------G--GG-AGT----A-----G-ggcca
gi|19 : gGT-ATATGAATTAAGTATGA--CTTTTATGACCAT----------TAGT-------C-GG-AGT----A-----G-tttgggttaagttctcaagtagcgagagaataaaggcagtttgagttttgaactaaagaaggaaagtcgggtttagggaagaatactttggaaagt
gi|2 : gAAGCTAAATGGGAGTACCTTAGATGTCAAACATTTAATGATTTATTACCTGTCCTGAGCATAAAGT--G-TAT--C-CA-GGTTTAGA--TAGCGAATCCCATTAAAA---ACAT-GACTTGT-ATATGAACTAGCTGTCA--CGTTTATGACAAT----------AAGA------AT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGTGGA-TAGT-----------AAAAA--GA--AG---GG-G-G-ATTTTCTTT-----AACAAC---A---GTAAGGTCTGAGATT-----CAG--T---C--AG----GTTGAGAG-------TTGGG------G-TTTCCCAG-----TGCGATTCGGAGA----------GGGAGTC-------GAG-TT-----TGGAAGATTTGCG---------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAGATG-GA-GA-----------------ATCTCATCTGAACTATGTTTT-GAAGC-GA-A-TATT---ATGTTAAAGTAGTGA--CCATCAAAtttggggtttagttctcaaatagcgagagaataaaggcagctttagttttgaactaaaggggaaaaaacggc
gi|20 : gaatagtcattatagtatatagtaggtctgtattTTTGAACTATATTCTAGAAAC-TG-AACA-T---GTGTTAA--AGGAAT--TCATTAAAGTTTAAATGACA---GTTATT---ACAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAtactgcaagcgaaa
gi|21 : aactgtatGT-ATATTAATTAAATATGA--CTTTAATGACAAT----------TAGT------G--GG-AGT----A-----G-tca
gi|24 : gTGAGGTT-----CGG--A---C--AG----G--AAG-T-------C--GA------G-TTT---GG-----------------------------AC-----------GAT-TT-----CC----------G---------GG---------------TT-----AGG-----ATCTAAGAtttgtgtttagttctcaagtagcgagagaataaaggcagttttagttc
gi|3 : gtag---A--ATA---T--C-TGG--C-CA-GC-----A--T-GCACATA-----CAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGTTTTCA--CTTCTCTGACTAT----------TAGA------TT-GC-AGT----A-----G-ATAT-GTTTA----GA---AGA----GC-AGCGGA-AAAT-----------AACGG--GA--AT---GG-G-G-A-------CTTTTTG--AACAAGA---GTTAGGTCTGGAAACTAAGGCAG--T---C--AG----GTTGAGAG-------TTGGG------G-TTT---GG-----C-----------AGCGAGATTCGGACAGGGAGTT---GAA-TT-----TGGAAGGTTTGCG---------GG---------------TT-----TGG-----CCCTAAGATGAG--GAAGGGTGTGGGGGTGCGGATATCGTCTTAATTACGTTTT-GAAAC-TG------T---GTGTTAA--AAAAACGACCGTTAAATTTTAAACGAAA---GATGTTTTAGTAATGTA--GAATAA-ATCTGCATAGAAAAA----GCACTTTCTGTGTTAAATCTATGACGATaaggggta
gi|4 : ttagatagca--C-TGT--C-CA-GC-----A--T-GGCAATG-----AGAA---ACGG-GACATGT-TTATGAATAAGCTGTCA--CTTTTATGCCGTT----------TAATA-----GT-GCAAGTTTCCA-----GCAAAT-AGTTT----T-----------------GGA-T-----------------GG--GA--A-------------------------A--AACT--AAGTTTTAGTTTTGGGACTG----GAG--A---G--AGT---GTTC-----------C--GG------G-TTT----T-----T-----------A----------GGCAGGA-------G
gi|5 : gtgttgtagtcactgattaaccattacttttaaaatagtttaatcgaatatttttggatcaatgaagttgatacattactaaaatcaattggaaaatataatattttacatgtttgtgattagataaaaggtctaaaaacagagatgtgaacttgttttatggttaattagtgagccTTATTTTGATAAATG--TAAAAGTTCAGCCATGACATCACCTAGTTACCAGTAAACTAATTTGTACCTAGCTGGCTAAGCACATT---TTGGAAGG--TTATGTGTCATACAT--GATGAGCGAAGGCCTGTC---A--AGG------C-TAT--CGCG-GC-----AATC-ACGTCTA-----AAAATAAACTT-GGTTTATTAT-TG---TAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAGA------GT-GC-AGT----A-----G-ACAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCAGA-AAGT-----------AACGG--GA--AG---GATT-T-T-------T-----A--AAC---AGCCGTTAGTTCTAAGATT-----CTG--G---C--AG----GTTTAG-T-------C--GG------GATTT---GA-----G-----------A----------GGCATGG-------GAGTTT-----CG----------G---------GG---------------TT-----AGA-----CTCTAAGAgccgg
gi|6 : aATA-----AATA---A--T-GACTGGT-ACATGAATTAAGTGTGA--CTTTTATGACAATATTTTGGTTTTAGTTCTCAAGTAGC-AAG----A-----G-AATTAGGTCAGTTTTACTTAGG----GA-GGCAAA--AG---------------AG--AA--AG---AC-G-G-G--------------------------TTTAAGTTTAGA--------TAG--A---T--AA----CTTTAG-GACGCGAAT--GG------G-TTT---AG-----------------A----------TGCAGTT-------GGG-TT-----TT----------A---------AG---------------T------AGGAAATATACTATGATA-G--GG-----------------AACGTGTTTAAACTATGTTTA-GAAGCGTGCA-CA-T---GTGTTGA--TAGAAT--TTATTAAAGTTTAAATGACA---GTTGTA---ATAATGTAAGAAATAA-ATATATATAGAAAAatag
gi|7 : caggaaatgcctgC---A--ACA---T--C-TGT--C-CA-GC-----A--T-GCCGTTG-----AAAA---ACGT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--TTTTTATGACAAT----------TAATA-----GT-GC-A-T----------G-ATAT-----A----T---------------GCGGA-TAGTTTTTG------GATGG--GA--A-------A-G-G-------C-----A--AAC---AG--TTTAAATCTGAGAGT-----CAGTTAAGTCTAAG----ATCGAG-A-------C--GACGTTATG-TCT---GGGTGTTT-----------A----------GGCAGAA-------G-G-TT-----TG----------GTTTTTTGTAGGCAGTGTGATTCTAGTTT-----AGG-----CTCCTAGATG-G--GA-----------------ATCTTt
gi|8 : tccaattttatatagC---A--ACA---T--C-TGT--C-CA-AT-----A--T-GCCCATA-----AAAA---ACTT-GACTTGT-ATATGAATTAGCTGTCA--CTTTTATGACAAT----------TAATA-----GT-GC-AGT----A-----T-AC-------------------------A-AGCGGA-TAGT-----------TTTTG--GATTAG---AA-A-A-G-------T-----A--AAC---AG--TTTAGATCTGGGAGT-----CAA--G---T--AGTTATGTCTGG-GATGGAGTC--AG------G-TCTA--GG-----TTTTA-------A----------GGCATGATATTT--GGG-TTGGCAGTG----------A---------GA---------------TTCATTAAGG-----CTCCGAGATC-G--AA-----------------ATCCTG
gi|9 : gtctaattttataaag---A--ATA---T--C-CGT--C-CA-GC-----A--T-GAACATG-----AAAG---ACGT-AACCTGT-ATAGTTATTAGCTGTCAATCTCTTATGACAAT----------TAGT------GT-GG-AGT----A-----G-AGAT-GGTTA----TA---AAA----GA-AGCGGA-TAGT-----------AAC-----A--AGTCTGG-G-GTG-------T-----A---------------AGGTTTTGGAGG-----CAGTAA---G--AA----GTCTAG-A-------CTAGGGGCC--G-TTT---G---------------------------------GGA-------GAT-TA-----AG----------GA--------GG---------------TT-----AGG-----CTCTAAAATG-GATGA-----------------ATCTTGTCTGAACTATGTTTT-GAAG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAGTATATAAGATAGGTCTTTTCCTAGCTTAAAGGTCAAGTATCTGCTGGTTAATAATCTGTCTAGGGCATACCGTATG
Unaligned ( gi|23 ): GGTATATTAATTAAGTATGAATTTTATGACAATAAGTGGAAGTAGTTAGGGATTTAGTTCTCAAG
Unaligned ( gi|25 ): ATTATTGGAAGTAGATTGGGGTTTCGTTCTCGGATAGCGAGTGAATAAAATGCAGT