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Reference ( gi|1 ) : AGTATTACCTACTAGCATGCTTACCGGCAAATGGGTCATAAGTGCAGATTTAGTACAAATGAACTATCTCTGCATTTAGTGTTTGACTTTGTGGTTAATGAAACTAACAGACAAATGCTTTGGAATAATAGTCA--------------TC---------GA-----GT--------------GTTTTCTACAAT---TCAAATCTACCGATATGCAATCTCAAATAACCCATCTTTGCTATGGGTTGAACAAAATACTTCAGCTGA-AAACTGAGCAAGACTGATGTCTGAAAATAGTCGTAAATTCATTTCACAATATGCATATGAATTAA-TC-TT-T-AACGAGCGAGATA-TCATCAGTAGATGCAT-T-TAAGT-GTAATATA---TT------------ACT---------TTCATTTAATATTTACAGACATGGTTAAAACTCTTTTCAGAT-CTTTCCCTGTTTACTCGGTGAAACGATTGTACAAGAAATAA-TCATT---GTAATATGCAT-GTGTTTAGC-TA--ATTTATATTC--AGATTCCTTCTGTGCGCCTTATATTTGGTGTTTCG---T----G----TTTAA-AA-AAT-GTCTG-AATTCTGA----T-ATTTTTTCACT---ATTAGTATTTT-T--TCTT------------TGTATTATT-TTACTTTATTC----TGTATAGTGATAAAACATA-GCTTTAAGAT-ACCCCCAAAACTG--TGGA------TGTATGT-----TT---CATG--GTTTG--TGTTCA------TA---TT-------CATG--TA-A---C-TGT------G------AAG--GAGTGAGTAT--ATGC------------GCATGT----TTGCTTTCTAGTCT-GTA--TGCGTGTCAGCTTGTAC---CTCATCACGCTTTTG-TTCGT----GCA----T----GT---CTG----TAATTGC------GTA---TATTTACGAGTGTTAGTTCA--GTGG--TGTAGCGCTTTGCAATTCAAATGT----T-A----AG----T----G----TC-CTGTATGCTTTAC-TCTA---TTTAATATTGATATACTTTTGT--A-TG--T---TT----TTAGC---TAC--TCATTTTCATGTTTAA----T---ATATTCTTTATGTTATAACATATA
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gi|6 : ttggtaaaatgaactaatgtaacagcaaaagaaataCTG------------TGT-TTATT-T-ACTTTATTT----TGTATACTGATTAAACAAA-TCTTTGAGTT-GGCACTAAAACTG--TGGA------TGTTTGTG----TT---CAT---GTTTG--TGTTTG------TA---TT-------CTTG--TG-T---C-TGT------G------AAG--GCGTTAGTAT--ATGT------------GCACGT----TTCCTTTTCAGTCT-GTA--TGCGTGTCTGCTTGTAC---CTCATCACGC--TTGATTCAT----GTA----T----GT---CTG----TAATTGC------ATA---TATCTGCGAATGTTAGTGCA--GGGG--TGTAGCGTTTTGCAATTCAAATGT----T-A----AG----T---------TC-CTGTATGCTTTAC-TCTA---TATAATATTGATATACTTTTGT--A-TGTTT---TT----TTTGC---TAC--TCATGTTCATGTTTAA----T---ATGTTCTTTATGTAATAGCATATAtgtcgctctccgctaatggaggaaataaagaatatatatata
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|17 : GTAGTG-GTGCAACAT---GTAATTTG----GT----T-A----AA----TATTG----TT-CCGTATAATTTAT-TTTATTTAATAACGATACATT--A---T------TGC--AT-G--TA----ATTTGC---CGTTC-ATATTCATGTTTAGT----AGT---ATGTTaatgtttttgttatt
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gi|20 : CTAATCATGCTTTTG-TT----AGTCTG----T----GTATACTGG-GAT-----TGTGTG----CAT------------------TATTGCA-T---TATAGCACTCTGCAGTTAT-AATGT----T-ATGTAAC----T---G----TC-CTGTATGCTTTTC-ACAAGTTAATATTGACA
gi|21 : TATCTT--C---T------TGC--AT-G--TA----ATTTGCGGCTGTTC-ACATTCATGT---------ACT---ATGTTCTTTATGTAATAc
gi|22 : ttcCC--T---T------TGT--AA-G--AC----AAGTGT---TGTTC-ATGTCTGTGTT---T----ATT---ATGTTCTTCATGTAATAATAtgaaagtatgctgctccctggtactgcagaaacaaataatagtacatg
gi|23 : tattaccat----TAA------------TC-----ACG--CTTG--TGTT---CC--TG---T--ATGT------TTGC-------TGT------GAAGGCGT-GTGCACGTG----T------------GC--GTGTTTGTTTGCCAGTCT-TTC--TCTTC--GTCTGTTTGT-ACATAGTCatgtgtatgctgctttctgatacttcaggaaataatgaacat
gi|3 : ttcaTGTCATAAGTCGGGACCTGGTACATATGGAGAATATATTCATTTGGTCTTTGAGTGTGTGGTTAATGAAACGAACAGACATGTGCTTTAGAGTAATATTCAC-------------TC---------AATAT--GT--------------G--------GAT-----TCTTCCGATATGAAATTTTAAATAACTTATCTTTGTTTTTGTTTATATGAAATTCTTCAGC-TGAAAATAGATCAAGATTTATGTCTGAAAATAGTCATAAATTGATTTCACAATATGTTTATGAATTAAGTCACTAAC-AATGA-ATACTCTGCAATGAGTACATAATAACGGCA---ATATACTCATACTGATGTAACATTCATTCAATATT-TACAGAAAAGATAAAATAAGAAATAACTCC---TTTAATGTATTT----TGTTTAgtcatgct
gi|3 : TATTTAC----AGAAAAGATAAAATAAGAAATAACTCCT---TTAATGTA-TTT-TGTTTATCATATCATATACATTC--AGATTTCACCAGAGTGCCTTATGTTT--C--GTTTCGTTAT--A-G-TTTA-CTATGATGTCTA-AATTTTGATTGT-TTTTTTTTCA-CTA-----TT--TA-TTTTT------------TATTATTATTATTACATGT--AT---TATTATTATTTTGTTCAATTTGCCT---ATTGA-ATAAACA---AAACGTTCAGTTG-ATTGTCAGTTTGT--A------TGTAT----------G----TATGTTTGAACATTATC-----ACG-CTTT--------------TG---TTCAGGT------AT-C-------TG--------ATTGCGT-G--TATTTG----C------------GC--GTGTTtcatatcatatacattcagatttcaccagagtgccttatgtttcgtttcgttatagtttactatgatgtctaaattttgattgtttttttttcactatttattttttattattattattacatgtattattattattttgttcaatttgcctattgaataaacaaaacgttcagttgattgtcagtttgtatgtatgtatgtttgaacattatcacgcttttgttcaggtatctgattgcgtgtatttgcgcgtgttaataaattgtagtgtctgcaattcgaacgttcagtaattggcttttatgctttactctatttgataatcatttatttgtgtatgtgatttgctgttcatattcatgttttatgtaataaca
gi|3 : tgtcataagtcgggacctggtacatatggagaatatattcatttggtctttgagtgtgtggttaatgaaacgaacagacatgtgctttagagtaatattcactcaatatgtggattcttccgatatgaaattttaaataacttatctttgtttttgtttatatgaaattcttcagctgaaaatagatcaagatttatgtctgaaaatagtcataaattgatttcacaatatgtttatgaattaagtcactaacaatgaatactctgcaatgagtacataataacggcaatatactcatactgatgtaacattcattcaaTTGATTGTCAGTTT-GTA--TGTAT--GTATGTTTGA-ACATTATCACGCTTTTG-TT----CAGGTA----T---------CTG---AT-----TGCGTG----TATTTGCGCG------T--GTTAATA-AAT---TGTAGTG-TCTGCAATTCG-AACGT----T-C----AGTAATT---G----GC-TTTTATGCTTTAC-TCTATTTGATAATCATTTATT--T---G------TGT--AT-G--TG----ATTTGC---TGTTC-ATATTCATGT---------------------TTTATGTAATAACAaataaattgtagtgtctgcaattcgaacgttcagtaattggcttttatgctttactctatttgataatcatttatttgtgtatgtgatttgctgttcatattcatgttttatgtaataaca
gi|4 : tgtcataagtcgggacctggtacatatggagaatatattcatttggtctttgagtgtgtggttaatgaaacgaacagacatgtgctttagagtaatattcactcaatatgtggattcttccgatatgaaattttaaataacttatctttgtttttgtttatatgaaattcttcagctgaaaatagatcaagatttatgtctgaaaatagtcataaattgatttcacaatatgtttatgaattaagtcactaacaatgaatactctgcaatgagtacataataacggcaatatactcatactgatgtaacattcattcaatatttacagaaaagataaaataagaaataactcctttaatgtattttgtttatcatatcatatacattcagatttcaccagagtgccttatgtttcgtttcgttatagtttactatgatgtctaaattttgattgtttttttttcactatttattttttattattattattacatgtattattattattttgttcaatttgcctattgaataaacaaaacgttcag--------------TC---------GA-----GT--------------GTTTTCTACGATTCACATATACCGATATGCAATCCCTAATACATTATCTTTGCTATAGGTTAAACAAAATACTTCAGC-TGAAATCTGAGAAAGACT-------------AGT---AAATTCATTTCAAAATATGCTTATGAGTTAATCTTCTAACGAGCGAGATA-TCATCAATGAATGCATATTAAGTGTT---ATATATCTATACTGATGTAACTTTCATTTGATATT-TACAGATATGGT----TAA-----AACTCT---TTTCA-GTTTTTTCCCTGTTTATTCGGTGAAAATATTGTATAAGAAATAACCATT---ATAATATG-CCTGTGTTTGTT-TA--GTTTATTTT
gi|4 : tttggatA-CCA-----TTA-TA-ATATG------------CCT------------GTGT---T---TGTT-T-AGTTTATT----TTGTAT---AGTGA-TTAAACA---AATCTTTGAGTTG-ACGCTAAAACTGTGGA------TGTAT----------G----TTT------------TC-----ATG--TTTG--TGTT---CG--TA---ATTATGT------GT-C-------TGT------GAAGGCGT-TAGTATATG----T------------GC--ATGTTTCCTTTTCAGTCT-GTG--TGCGT--GTCTGCTTGT-ACCTCATCTCGCTT--GATT----CGTGTA----T----GT---CTGT-AAT-----TGCATA----TATCTGCAAG------T--GTTAGTGCAGGG-GTGTAGTGTTTTGCAATTTA-AATGT----T-A----AA----T---G----TC-CTGTATGCTTTAC-TCTATTTAATATTGATATACT--T---T------TGT--AT-GT-TT----ATTTGC---TACTC-ATGTTCATGTT---TGATAATT---ATATTCTTTATGTAATAATATATgtatagtgattaaacaaatctttgagttgacgctaaaactgtggatgtatgttttcatgtttgtgttcgtaattatgtgtctgtgaaggcgttagtatatgtgcatgtttccttttcagtctgtgtgcgtgtctgcttgtacctcatctcgcttgattcgtgtatgtctgtaattgcatatatctgcaagtgttagtgcaggggtgtagtgttttgcaatttaaatgttaaatgtcctgtatgctttactctatttaatattgatatacttttgtatgtttatttgctactcatgttcatgtttgataattatattctttatgtaataatatatgtgtcgctctccgcttatggaggaaataaagaatatatatatatatatataataaatgtatt
gi|5 : tttggattcgagtgttttctacgattcacatataccgatatgcaatccctaatacattatctttgctataggttaaacaaaatacttcagctgaaatctgagaaagactagtaaattcatttcaaaatatgcttatgagttaatcttctaacgagcgagatatcatcaatgaatgcatattaagtgttatatatctatactgatgtaactttcatttgatatttacagatatggttaaaactcttttcagttttttccctgtttattcggtgaaaatattgtataagaaataAATAAATACATAATAAGGGTACTAATACACTCATACTGTTGTGACTTCCATTCAAAACTATA-AAATAGAAA----TAAT----AATTTTGTTTTTC---TTTTTTCTCTGTTCTCTGAGCGAAAATATGGAACAAGAACTAACCATT---GTAATATA-ATTTTGTTTGGC-TG--ATGTACATTA--AGATTGTGT-TGTGCGTCTGATATTT--C--GTTTCG--AT--ATGATTTA-CTATATCGT-TGTAATCCTGATCGT-TTTT----CA-CTT-----ACACTA-TATTT------------CCT-------------TGT--AT---TATT-TCGCTTTATG----TTGTAT---ATTAG-TTAACCA---AAACTTTATGTTG-ATTCTCAGCCTCTCGA------TGTGTCTGTCTGTACG----TGT------------TC-----ACG--TGTG--TCTT---TA--TG---TATATGT------GT-T-------AGA------GAATGCGT-GTGTATATG----T------------GC--GTGTATGTTGATCAGTCT-G----------------CTTGT-A-------ATGCTTGTG-TT----CATGCA----T----ATATTTTAT-GAT-----TGTGTG----CATCTGTGCA------T--GTTTGTGCAATA----TAGCGCTCTGTATTTC--AATAT----T-A----AG----T---AATTTTC-GTGTATGCTTTAT-TCTATTTAATAATGGTATATC--T---T------TGT--AT-G--GG----ATTAGT---TGTTC-ATATTCATGTT---T----ATT---ATGTTCTTTATGTAATAACATgtgtcgctctccgcttatggaggaaataaagaatatatatatatatatataataaatgtatt
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gi|8 : ttggtaaaatgaactaatgtaA-CCA-----TT-GTA-ATATG------------CCT------------GTGT---T---TATT-T-ACTTTATT----TTGTAT---AGTGA-TTAAACA---TCGTATTGAGTTG-ACTCTAAAACTGTGGA------TGTAT----------G----CAT------------TC-----ATG--TTTG--TGTT---CG--TA---TTCGTGT------GT-C-------TGT------GAAGGCGT-TAGTATATG----T------------GC--ATGTTTCCTTTTCAGTCT-GTA--TGCGT--GTCTGCTTGT-ACCTCATCATGCTT--GATT----CATGTA----T----GT---CTGT-AAT-----TGCGTA----TATCTGCGAG------T--GTTAGTACAGGG-GTGTAGTGTTTTGCAATTCA-AATGT----T-A----AG----T---G----TC-CTGTATGCTTTAC-TCTATTTAATATTGATAAACT--T---T------TGT--AT-GT-TT----TTTTGC---TACTC-ATGTTCATGTT---T----AAT---ATGTTCTTTATGTAATAACATATAgtatagtgattaaacatcgtattgagttgactctaaaactgtggatgtatgcattcatgtttgtgttcgtattcgtgtgtctgtgaaggcgttagtatatgtgcatgtttccttttcagtctgtatgcgtgtctgcttgtacctcatcatgcttgattcatgtatgtctgtaattgcgtatatctgcgagtgttagtacaggggtgtagtgttttgcaattcaaatgttaagtgtcctgtatgctttactctatttaatattgataaacttttgtatgtttttttgctactcatgttcatgtttaatatgttctttatgtaataacatatatgtcgctctccgctaatggaggaaataaagaatatatatata
gi|9 : ttggtaaaatgaactaatgtaacagcaaaagaaataTTGCCTGCCCTCATGCTTACCGGCAAACGTGTCATAAGTGCGGACTTGGTACAAATGATCTATCTCTCCATTTAGTGTTTGACAGTGCGGTTAATGAAACTAACAGACAAATGCTTTGGAATCATATTCA--------------TTCAGTATTTGGATTTCAGT--------------GTTTTCTACGATTCATATCTACCGATATGCAATCCCAAATAACTCATCTTTGCTATGGGTTAAACAAAATAATTCAGC-TGAAAACTTAGCAAGACTTATGTCTGAAAATAATCGTAAATTTATTTCACAATATGCTTATGAGTTAATCTTCTAACGAGATAGATA-TCATCAGTGAATGCATACTAAGTGTT---ATATAGTCTTACtgtcgctctccgctaatggaggaaataaagaatatatatata
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blockSeqs : G ATCT C T G TTCAGTATTTGGATTTCAGT C A . T . T A C . . . . . A A A . . T GCTTA A . A T C GATATGATTTACT C TGTAATC . . . . AC T TCTT AT . T . . G . . G GA T GA A GCCATTCTGTCTGCGTG . CC . . C . . T T . GA . G . . A A A . . . . . . . G C . . GTGG C T G . . AGTAATTG . . A AT . . . . . TTT . . T . AA
blockSeqs : . . C T CTCAATATGT T T . T . A A T . . . . . T T T . . G TTTAG T . G G C ATTAAGGTTTACC T CTA . . . . AT A CCTG AT . C . . T . . A GA A GA A GAACCTATTCACAA . CA . . C . . T T . GT . T . . T T . . . . . . . . A T . . GGGG T T G . . AGTAATTT . . A CC . . . . . TTT . . G . AA
blockSeqs : TCGAGT . A . . . T T C . . . . . C G A . . G GCTGA G . C A C TATCC . A . . . . A T CCTG AT . . . . G . . T GA C GA A GTCTGTGCTG . CA . . G . . A C . GT . C . . A C . . . . . . . . T G . . GGGG T T G . . AATAAAA . . T CT . . . . . AC . . G . GT
blockSeqs : . . . C T T T T T . . . TTTAC T . . A A CCTG T . . . . T . . A GA A GA G GTATTCATG . CC . . T . . A T . TA . C . . C T . . . . . . . . C A . . GGGG T A A . . CCTACTG . . A AT . . . . . TA . . C . TT
blockSeqs : . T G A G A . . . TTTAC T . . G A CCT T . . . . C . . T GG G GA T GTTTTCATG . CG . . C . . T C . GC . A . . A T . . . . . . . . C C . . TAA T C A . . AATATTG . . T AC . . . . . AC . . T . CT
blockSeqs : A C . . . T . . . A TG T . . . . G . . G GA A A T GTGTTCATG . TA . . C . . A T . GT . C . . A T . . . . . . . . T A . . ATA T C T . . GTTAGTG . . A AT . . . . . TA . . T . TT
blockSeqs : . . . . . . . C GCATTCATG . TG . . C . . T C . TT . A . . T G . . . . . . . . C C . . AT T C G . . ATTG . . T AC . . . . . TG . . T . TT
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blockSeqs : . CG . . C . . C T . TT . A . . C T . . . . . . . . C T . . T T C A . . AATG . . T C . . . . . AC . . T . AT
blockSeqs : . . . . T . . G T . TT . T . . A . . . . . . . . . T A . . A G C G . . AGTG . . . A . . . . . TG . . T . AT
blockSeqs : . . C . . A T . G . C . . C . . . . . . . . . C . . . T T C A . . AGT . . . . . . . . . GG . . . . A
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