lowQualScore : 22 2 1 2222 7777777 33333 1 333333333333333 1 11 111 11 11 111111 11 111 11111 333333 1
lowQualScore : 6 11 6 0 5 3333 6 5555555 66666 3 0 0 000000000000000 6 0 4 11 222 99 44 11 8 3 3 1 2 0 222222 88 1 000 66666 777 3 4 6 5 6 2 666 666 222222 4 66 5
lowQualScore : . .. . . . .... . ....... ..... . . . ............... . . . .. ... .. .. .. . . . . . . ...... .. . ... ..... ... . . . . . . ... ... ...... . .. .
lowQualScore : 0 00 0 0 0 5555 0 5555555 00000 3 8 8 000000000000000 6 6 6 00 000 44 44 00 0 0 5 2 5 2 999999 33 0 555 77777 888 4 0 9 2 6 4 444 444 444444 2 99 0
consensus : GCTGCTTAATACAAGTGGCTGCTTAACAGCAGGTGACCACTANCAC-AGGTTTAANACTGTAT-GTACCTTAATATTCT--AT--G---T--TTACAATGTAATT--TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGAC--ATAAAATC-ACGTGATGACAAACCGTANAATTTTGTACTTCAGCG---TAANAAATCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAG---AAGACCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACT---AC---CAA-A--ACCTATCAATCT--TTAAAAT
Reference ( gi|4 ) : GCCGCTTAAGGCAGGTGGCTGCTT-ATAACAGGTGACCGTTAGTATGGGGTTT--GACTGTAT-GTACCTTAATACTCT--AT--G---T--TTACTATGTGATT--TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGAC--ATAAAATC-ATGTGATAACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCATTA---TAATTAATCTAACTGCATGTA-----TCCTGAAG---AAGACCTGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTAATAATAAAACAATTAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACT---AC---C---A--ACCTATCAGTCT--TGAAAATT
gi|2 : GCTGCTTAATACAAGTGGCTGCTTAATAG-AGGTGACCACTAACAC-AGGTTT--TACTGTATAATACC--AAC-CTGT--GT--GCCAT--CCACTA-GGGATG--TCAACCCT-C-AATC---GTTGTAGCCGAATAAAATTAATGT--TAACAAAC
gi|3 : atattcatgctagtacataaactgatgataacttgcatactagtattaagacaacacgtgctgatgatttttaactgcagtcaaaccagtcttcagcagccagtcaagggaaggaacaaaaaacgacatgttaagacaggttgttgcttaatacaggttgatttgctttaaaagcatgggaaatagtaaattttTT-ACAACAGA----CATTATT-----GTTTAAGA-TATAT-GTACCTTAATATTCT--AT--A---TATTTACAATGTAATT--TCAATAGTTAAAATTT-TTTTATAGAC--ATAAAATC-ACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTTAGTG---TAACAAATCTTACTGTATTCA-----TCCTGAAG---AAGACACGGAAA--GGTCGAAACTAGTTCATAGTTAAACAATCAAAACCAGTTCCCCGTCAGTAGTTAATTCCACT---AC---CAA-A--ACCTATCAATCT--
gi|7 : aaaacgtacggccaaggatattatatataagaaaatatattgcattttaatttta-GTACCTTAATATTCTTTAT--G---T--TTACAATGTAATT--TTAATAGTACAAATCTATTT-ACAGAC--ATAAAATC-ACGTGATGACGAACCGTACAATTTTGTG-----TGA---TAA--AAGCTAACTGTATGTA-----TCCTAAAG---AAGATACGGAAATGGGTAAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCCCGTAGGTAGTGAATTCCATT---GC---C---A--aa
gi|5 : ACCTTGATATTCT--ATATG---T--TAACAATGTAATT--TTAATAGTACTTATACATTT-ATAGAC--ATAAAATC-ATGTGATGCCAAACCGTAAAGTTTTGTACTTCAGCAGTCTAATAAATCTAACTGTATGTT-----TCCTGAAG---ACGTCCCGGAAA-GAGTCGAAACTAGTTGATCATAAAAAAATCAAAACCAGTTCGCCATCAGTAGTTTATTCCACT---AC---CCAAA--ACTTATCAATTT--tttctattatactta
gi|1 : TTAACACT----A---A---T--TTACTA-ATTATTAACTAATAGTAAAAATCTATTTT-TAGAC--ATAAAATC-ACATGATGACAAACCGTTTATTTCTGTACTTCAGTG---TAATAAATCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAG---AAGACCAGGAAA-AGGTCGAAACTGCTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCTTGTCGGTAGTTAATTCCTCT---AC---CAA-A--ACCTATCAATCT--a
gi|10 : tacatctttgaaactttataccaatactaattaattaatactaatttactaattaTTA---CAAATAATTTAAC--CTTTTT-----TC----AG---AAGACCCTGAAA-GGGTTGAAACTAGTTGATA---------TTAAAACCAGTTCCTTGTCAGTAGTTATTTCCACT---AC---CAA-A--ACCTACCAATCT--aattattatcttattcattttttttatagagtctgacctagtacagcatactatatgag
gi|6 : att---TAAATAAT-TAAC--AATGTAAAAAGTCCTGAAGAAGAAGACCTGGAAA-GGGTAGAAACTAGTTGATATTAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGGCAGTAGTTAATTCCACT---AC---CAA-A--ACCTATCAATCT--aatttttttcagaaag
gi|8 : ataattaaataaaaatCTGAAG---AAGACCTGGGAT-GGGTCGAAATTAGTTGATATTAAAACA-TAAAAACCAGTTTCTCGTCAGTAGTTAATTCCACT---AC---C---A--Aaatgtaaaaagttataagatgagttttaaacatgacaaaacaatattaaataagtaacaaaatttaacatattaaatgtaca
gi|13 : TGAAG---GAGACCAGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGACAATGAAACAATAAAAACCAGAACCTCGAAAGTAGTTTATTCCACT---AC---CAA-A--ACCTATCAGTCtacaaaccaaccaattattttttattgtttttaatatgactgaactgtaagtgtaagttatgtaagtaaaaagtaccacattgaaatgta
gi|15 : G---AAGACCTGGAAA-GGGTGGAAACAAGTTGATATTAAAACTATCAAAACCAG------------------TTCTACT---AC---C---AATACCTACCAATCTACTTAAAAT
gi|14 : AA-GGGTCAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCATTTCCTTATCAGTAGTTAATTCCAATAAAACGGAC---A--A-CTATCAACCT--Taaattagat
gi|12 : gacacagATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTT-ATTCCACT---AC---C---AATACCTACCAATCT--a
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAAACAAGAAAATAACTGCTTAAAAAAGATGATTACTTCATAGAAATGAGTTGACATTAAAATATGGAAAACAAGAAAGTGACTTCTTGTTAAAGGTGACTAGTCTATAGAGGTCCCTACTGGCACGGATGTCACTGTA
Unaligned ( gi|11 ): AGTTGTGGCTGTTTACAACAAAATTGTTTTTTTAATAAAGGTACCCACTAACACAGGTTTAACTATATTGTCAGTGACATAATGTATATGTCTCAGTTATTGTAAACAAACAGAAT
Unaligned ( gi|16 ): GTTGTGGCTGCAACAAATGTTTTTTGAAAAAAGGTGACCATGTACACAGGTTTAACT
Unaligned ( gi|17 ): GCTTTATATACTAGGTAACCACTAACACAGGTTTTATTGTTACAGATAAACCTGTGT
Unaligned ( gi|18 ): AAAGTTAAGTACAGTGTAAATTGTAAATAATACATTTTGAAGTG
Unaligned ( gi|19 ): TAATTGTTAATAAGTACATAACTAAAACTAGAAGTTAAGGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 22222 222 22222 1111 11111 11 11111 11111 111111
lowQualScore : 88 4 88888 1 8 444 0 33333 6 1 4444 99 99 99 66 66666 0 11 1 0 22222 1 6 66666 666 0 3 3 1 3 7777 000000 66 3
lowQualScore : .. . ..... . . ... . ..... . . .... .. .. .. .. ..... . .. . . ..... . . ..... ... . . . . . .... ...... .. .
lowQualScore : 33 0 33333 0 0 888 8 33333 7 7 2222 22 22 22 77 77777 8 44 0 8 77777 0 7 77777 444 4 6 9 4 3 1111 555555 11 0
consensus : GCCGCTTA--ANACAAGTGGCTGCTTAATAA-AGGTGACCACTAACACGGG-TTTAANACTATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAGTG---TAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT--TNAAAAT
Reference ( family-946 ) : GCTGCTTA--ATACAAGTGGCTGCTTAACAGCAGGTGACCACTANCACAGG-TTTAANACTGTAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTANAATTTTGTACTTCAGCG---TAANAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT--TTAAAAT
gi|1 : TTAATACTA-AT-----TTAC--TAATTATTAACACT--A---AT--TTAC----TAATTATTAACTAATAGTAAAAATCTATTTT-TAGACATAAAATCACATGATGACAAACCGTTTATTTCTGTACTTCAGTG---TAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCAGGAAA-AGGTCGAAACTGCTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCTTGTCGGTAGTTAATTCCTCTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT--
gi|10 : tacatctttgaaactttataccaatactaattaaAGAAGA---CCCTGAAA-GGGTTGAAACTAGTTGATA---------TTAAAACCAGTTCCTTGTCAGTAGTTATTTCCACTA-CCA----AAAC------CTACCAATCT--aattattatcttattcattttttttatagagtctgacctagtacagcatactatatgag
gi|11 : attttacaaataatttaaccttttttcGCTGTTTACAACAAAATTGTTTTTTTAATAA-AGGTACCCACTAACACAGG-TTTA--ACTATATTGTCAGTGACATAAT-G-T----AT--AT--GT--CT-CA--GTTATT-----GTAA----ACAAAaatttttttcagaaag
gi|12 : agttgtgATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTT-ATTCCACTA-CCA----ATAC------CTACCAATCT--cagaat
gi|13 : TGAAGGAGA---CCAGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGACAATGAAACAATAAAAACCAGAACCTCGAAAGTAGTTTATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAGTCatttcttttaaagtgcaatcaataaaatgaaacctaattgtaatgtgtgttttatatgaaaa
gi|14 : GA---CACAGAA--GGGTCAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCATTTCCTTATCAGTAGTTAATTCCAAT----A----AAACGGACAACTATCAACCT--T
gi|15 : GAAGA---CCTGGAAA-GGGTGGAAACAAGTTGATATTAAAACTATCAAAACCAG------------------TTCTACTA-CCA----ATAC------CTACCAATCTACTTAAAATa
gi|17 : AGGTAACCACTAACACAGG-TTTaaattagat
gi|2 : gctttatatactGCTGCTTA--ATACAAGTGGCTGCTTAATAG-AGGTGACCACTAACACAGG-TTT--TACTGTATA----ATACCtattgttacagataaacctgtgt
gi|3 : atattcatgctagtacataaactgatgataacttgcatactagtattaagacaacacgtgctgatgatttttaactgcagtcaaaccagtcttcagcagccagtcaagggaaggaacaaaaaacgacatgttaagacaggttgttgcttaatacaggttgatttgctttaaaagcatgggaaatagtaaattttG-TTTAAGA-TATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--ATATTTACAATGTAATT-----TCAATAGTTAAAATTT-TTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTTAGTG---TAACAAA-TCTTACTGTATTCA-----TCCTGAAGAAGA---CACGGAAA--GGTCGAAACTAGTTCATAGTTAAACAATCAAAACCAGTTCCCCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT--aacctgtgtgccatccactagggatgtcaaccctcaatcgttgtagccgaataaaattaatgttaacaaac
gi|4 : aaaacgtacggccaaggatattatatataagaaaatatattgcattttaattttattacaacagacattattGCCGCTTA--AGGCAGGTGGCTGCTTA-TAACAGGTGACCGTTAGTATGGGGTTT--GACTGTAT-----GTACCTTAAT-ACT----CT--AT--GT--TTACTATGTGATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCATGTGATAACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCATTA---TAATTAA-TCTAACTGCATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCTGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTAATAATAAAACAATTAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CC------AAC------CTATCAGTCT--TGAAAATaa
gi|5 : ACCTTGAT-ATT----CT--ATATGT--TAACAATGTAATT-----TTAATAGTACTTATACATTT-ATAGACATAAAATCATGTGATGCCAAACCGTAAAGTTTTGTACTTCAGCAGTCTAATAAA-TCTAACTGTATGTT-----TCCTGAAGACGT---CCCGGAAA-GAGTCGAAACTAGTTGATCATAAAAAAATCAAAACCAGTTCGCCATCAGTAGTTTATTCCACTACCCA----AAAC------TTATCAATTT--t
gi|6 : ---TAAATAA-T-TAACA--ATGTAAAAAGTCCTGAAGAAGAAGACCTGGAAA-GGGTAGAAACTAGTTGATATTAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGGCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT--a
gi|7 : ataattaaataaaaat-----GTACCTTAAT-ATT----CTTTAT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTT-ACAGACATAAAATCACGTGATGACGAACCGTACAATTTTGT--------G---TGATAAAAGCTAACTGTATGTA-----TCCTAAAGAAGA---TACGGAAATGGGTAAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCCCGTAGGTAGTGAATTCCATTG-CCA----aatgtaaaaagttataagatgagttttaaacatgacaaaacaatattaaataagtaacaaaatttaacatattaaatgtaca
gi|8 : CTGAAGAAGA---CCTGGGAT-GGGTCGAAATTAGTTGATATTAAAACA-TAAAAACCAGTTTCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCAATACAAAC------CAACCAATtttctattatactta
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAAACAAGAAAATAACTGCTTAAAAAAGATGATTACTTCATAGAAATGAGTTGACATTAAAATATGGAAAACAAGAAAGTGACTTCTTGTTAAAGGTGACTAGTCTATAGAGGTCCCTACTGGCACGGATGTCACTGTA
Unaligned ( gi|16 ): GTTGTGGCTGCAACAAATGTTTTTTGAAAAAAGGTGACCATGTACACAGGTTTAACT
Unaligned ( gi|18 ): AAAGTTAAGTACAGTGTAAATTGTAAATAATACATTTTGAAGTG
Unaligned ( gi|19 ): TAATTGTTAATAAGTACATAACTAAAACTAGAAGTTAAGGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 2222 111 22222 1111 11111 11 111 11111 111111 1111
lowQualScore : 0 1 11 0000 2 6 888 0 33333 6 1 4444 99 99 99 66 66666 0 11 1 0 444 8 66666 666 0 3 3 1 3 7777 000000 5555 1
lowQualScore : . . .. .... . . ... . ..... . . .... .. .. .. .. ..... . .. . . ... . ..... ... . . . . . .... ...... .... .
lowQualScore : 7 0 00 0000 8 7 333 8 33333 7 7 2222 22 22 22 77 77777 8 44 0 8 000 0 77777 444 4 6 9 4 3 1111 555555 6666 0
consensus : GCCGCTTAAGACAAG--TGGTTGCTTAATA-A--AGGTGACCACTAACACAGG-TTTAANACTATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----TNAAAAT
Reference ( family-946 ) : GCCGCTTAANACAAG--TGGCTGCTTAATA-A--AGGTGACCACTAACACGGG-TTTAANACTATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----TNAAAAT
gi|1 : TTAATACTA-AT-----TTAC--TAATTATTAACACT--A---AT--TTAC----TAATTATTAACTAATAGTAAAAATCTATTTT-TAGACATAAAATCACATGATGACAAACCGTTTATTTCTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCAGGAAA-AGGTCGAAACTGCTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCTTGTCGGTAGTTAATTCCTCTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----
gi|10 : tacatctttgaaactttataccaatactaattaaAGAAGA---CCCTGAAA-GGGTTGAAACTAGTTGATA---------TTAAAACCAGTTCCTTGTCAGTAGTTATTTCCACTA-CCA----AAAC------CTACCAATCT----aattattatcttattcattttttttatagagtctgacctagtacagcatactatatgag
gi|11 : attttacaaataatttaaccttttttcGCTGTTTACAACAAAATTGTTTTTTTAATA-A--AGGTACCCACTAACACAGG-TTTA--ACTATATTGTCAGTGACATAAT-G-T----AT--AT--GT--CT-CA--GTTATT-----GTAA----ACAAAaatttttttcagaaag
gi|12 : agttgtgATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTT-ATTCCACTA-CCA----ATAC------CTACCAATCT----cagaat
gi|13 : TGAAGGAGA---CCAGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGACAATGAAACAATAAAAACCAGAACCTCGAAAGTAGTTTATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAGTCatttcttttaaagtgcaatcaataaaatgaaacctaattgtaatgtgtgttttatatgaaaa
gi|14 : GA---CACAGAA--GGGTCAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCATTTCCTTATCAGTAGTTAATTCCAAT----A----AAACGGACAACTATCAACCT----T
gi|15 : GAAGA---CCTGGAAA-GGGTGGAAACAAGTTGATATTAAAACTATCAAAACCAG------------------TTCTACTA-CCA----ATAC------CTACCAATCTAC--TTAAAATa
gi|16 : ACAAA--TGTTTTTTGAAAA-A--AGGTGACCATGTACACAGG-TTTAAaaattagat
gi|17 : gttgtggctgcaGCTTTATATACTAGGTAACCACTAACACAGG-TTTct
gi|2 : TTAAGACAGG--TTGTTGCTTAATA-C--AGGTtattgttacagataaacctgtgt
gi|2 : atattcatgctagtacataaactgatgataacttgcatactagtattaagacaacacgtgctgatgatttttaactgcagtcaaaccagtcttcagcagccagtcaagggaaggaacaaaaaacgacatgGCTGCTTAATACAAG--TGGCTGCTTAATA-G--AGGTGACCACTAACACAGG-TTT--TACTGTATA----ATACCtgatttgctttaaaagcatgggaaatagtaaattttgctgcttaatacaagtggctgcttaatagaggtgaccactaacacaggttttactgtataataccaacctgtgtgccatccactagggatgtcaaccctcaatcgttgtagccgaataaaattaatgttaacaaac
gi|3 : atattcatgctagtacataaactgatgataacttgcatactagtattaagacaacacgtgctgatgatttttaactgcagtcaaaccagtcttcagcagccagtcaagggaaggaacaaaaaacgacatgttaagacaggttgttgcttaatacaggttgatttgctttaaaagcatgggaaatagtaaattttG-TTTAAGA-TATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--ATATTTACAATGTAATT-----TCAATAGTTAAAATTT-TTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTTAG---TGTAACAAA-TCTTACTGTATTCA-----TCCTGAAGAAGA---CACGGAAA--GGTCGAAACTAGTTCATAGTTAAACAATCAAAACCAGTTCCCCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----aacctgtgtgccatccactagggatgtcaaccctcaatcgttgtagccgaataaaattaatgttaacaaac
gi|4 : aaaacgtacggccaaggatattatatataagaaaatatattgcattttaattttattacaacagacattattGCCGCTTAAGGCAGG--TGGCTGCTTA-TA-AC-AGGTGACCGTTAGTATGGGGTTT--GACTGTAT-----GTACCTTAAT-ACT----CT--AT--GT--TTACTATGTGATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCATGTGATAACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAT---TATAATTAA-TCTAACTGCATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCTGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTAATAATAAAACAATTAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CC------AAC------CTATCAGTCT----TGAAAATaa
gi|5 : ACCTTGAT-ATT----CT--ATATGT--TAACAATGTAATT-----TTAATAGTACTTATACATTT-ATAGACATAAAATCATGTGATGCCAAACCGTAAAGTTTTGTACTTCAGCAGTCTAATAAA-TCTAACTGTATGTT-----TCCTGAAGACGT---CCCGGAAA-GAGTCGAAACTAGTTGATCATAAAAAAATCAAAACCAGTTCGCCATCAGTAGTTTATTCCACTACCCA----AAAC------TTATCAATTT----t
gi|6 : ATGTAAAAAGTCCTGAAGAAGAAGACCTGGAAA-GGGTAGAAACTAGTTGATATTAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGGCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCTAATGTAAAAAa
gi|7 : ataattaaataaaaattaaataattaaca-----GTACCTTAAT-ATT----CTTTAT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTT-ACAGACATAAAATCACGTGATGACGAACCGTACAATTTTGT-----------GTGATAAAAGCTAACTGTATGTA-----TCCTAAAGAAGA---TACGGAAATGGGTAAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCCCGTAGGTAGTGAATTCCATTG-CCA----gttataagatgagttttaaacatgacaaaacaatattaaataagtaacaaaatttaacatattaaatgtaca
gi|8 : CTGAAGAAGA---CCTGGGAT-GGGTCGAAATTAGTTGATATTAAAACA-TAAAAACCAGTTTCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCAATACAAAC------CAACCAATtttctattatactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAAACAAGAAAATAACTGCTTAAAAAAGATGATTACTTCATAGAAATGAGTTGACATTAAAATATGGAAAACAAGAAAGTGACTTCTTGTTAAAGGTGACTAGTCTATAGAGGTCCCTACTGGCACGGATGTCACTGTA
Unaligned ( gi|18 ): AAAGTTAAGTACAGTGTAAATTGTAAATAATACATTTTGAAGTG
Unaligned ( gi|19 ): TAATTGTTAATAAGTACATAACTAAAACTAGAAGTTAAGGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 2222 111 22222 1111 11111 11 111 11111 111111 1111
lowQualScore : 0 0 11 0000 6 888 0 33333 6 1 4444 99 99 99 66 66666 0 11 1 0 444 8 66666 666 0 3 3 1 3 7777 000000 5555 1
lowQualScore : . . .. .... . ... . ..... . . .... .. .. .. .. ..... . .. . . ... . ..... ... . . . . . .... ...... .... .
lowQualScore : 7 2 00 0000 7 333 8 33333 7 7 2222 22 22 22 77 77777 8 44 0 8 000 0 77777 444 4 6 9 4 3 1111 555555 6666 0
consensus : GCCGCTTAAGACAAG--TGGTTGCTTAATA-A--AGGTGACCACTAACACAGG-TTTAANACTATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----TNAAAAT
Reference ( family-946 ) : GCCGCTTAAGACAAG--TGGTTGCTTAATA-A--AGGTGACCACTAACACAGG-TTTAANACTATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----TNAAAAT
gi|1 : TTAATACTA-AT-----TTAC--TAATTATTAACACT--A---AT--TTAC----TAATTATTAACTAATAGTAAAAATCTATTTT-TAGACATAAAATCACATGATGACAAACCGTTTATTTCTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCAGGAAA-AGGTCGAAACTGCTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCTTGTCGGTAGTTAATTCCTCTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----
gi|10 : tacatctttgaaactttataccaatactaattaaAGAAGA---CCCTGAAA-GGGTTGAAACTAGTTGATA---------TTAAAACCAGTTCCTTGTCAGTAGTTATTTCCACTA-CCA----AAAC------CTACCAATCT----aattattatcttattcattttttttatagagtctgacctagtacagcatactatatgag
gi|11 : attttacaaataatttaaccttttttcGCTGTTTACAACAAAATTGTTTTTTTAATA-A--AGGTACCCACTAACACAGG-TTTA--ACTATATTGTCAGTGACATAAT-G-T----AT--AT--GT--CT-CA--GTTATT-----GTAA----ACAAAaatttttttcagaaag
gi|12 : agttgtgATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTT-ATTCCACTA-CCA----ATAC------CTACCAATCT----cagaat
gi|13 : TGAAGGAGA---CCAGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGACAATGAAACAATAAAAACCAGAACCTCGAAAGTAGTTTATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAGTCatttcttttaaagtgcaatcaataaaatgaaacctaattgtaatgtgtgttttatatgaaaa
gi|14 : GA---CACAGAA--GGGTCAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCATTTCCTTATCAGTAGTTAATTCCAAT----A----AAACGGACAACTATCAACCT----T
gi|15 : GAAGA---CCTGGAAA-GGGTGGAAACAAGTTGATATTAAAACTATCAAAACCAG------------------TTCTACTA-CCA----ATAC------CTACCAATCTAC--TTAAAATa
gi|16 : ACAAA--TGTTTTTTGAAAA-A--AGGTGACCATGTACACAGG-TTTAAaaattagat
gi|17 : gttgtggctgcaGCTTTATATACTAGGTAACCACTAACACAGG-TTTct
gi|2 : TTAAGACAGG--TTGTTGCTTAATA-C--AGGTtattgttacagataaacctgtgt
gi|2 : atattcatgctagtacataaactgatgataacttgcatactagtattaagacaacacgtgctgatgatttttaactgcagtcaaaccagtcttcagcagccagtcaagggaaggaacaaaaaacgacatgGCTGCTTAATACAAG--TGGCTGCTTAATA-G--AGGTGACCACTAACACAGG-TTT--TACTGTATA----ATACCtgatttgctttaaaagcatgggaaatagtaaattttgctgcttaatacaagtggctgcttaatagaggtgaccactaacacaggttttactgtataataccaacctgtgtgccatccactagggatgtcaaccctcaatcgttgtagccgaataaaattaatgttaacaaac
gi|3 : atattcatgctagtacataaactgatgataacttgcatactagtattaagacaacacgtgctgatgatttttaactgcagtcaaaccagtcttcagcagccagtcaagggaaggaacaaaaaacgacatgttaagacaggttgttgcttaatacaggttgatttgctttaaaagcatgggaaatagtaaattttG-TTTAAGA-TATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--ATATTTACAATGTAATT-----TCAATAGTTAAAATTT-TTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTTAG---TGTAACAAA-TCTTACTGTATTCA-----TCCTGAAGAAGA---CACGGAAA--GGTCGAAACTAGTTCATAGTTAAACAATCAAAACCAGTTCCCCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----aacctgtgtgccatccactagggatgtcaaccctcaatcgttgtagccgaataaaattaatgttaacaaac
gi|4 : aaaacgtacggccaaggatattatatataagaaaatatattgcattttaattttattacaacagacattattGCCGCTTAAGGCAGG--TGGCTGCTTA-TA-AC-AGGTGACCGTTAGTATGGGGTTT--GACTGTAT-----GTACCTTAAT-ACT----CT--AT--GT--TTACTATGTGATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCATGTGATAACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAT---TATAATTAA-TCTAACTGCATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCTGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTAATAATAAAACAATTAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CC------AAC------CTATCAGTCT----TGAAAATaa
gi|5 : ACCTTGAT-ATT----CT--ATATGT--TAACAATGTAATT-----TTAATAGTACTTATACATTT-ATAGACATAAAATCATGTGATGCCAAACCGTAAAGTTTTGTACTTCAGCAGTCTAATAAA-TCTAACTGTATGTT-----TCCTGAAGACGT---CCCGGAAA-GAGTCGAAACTAGTTGATCATAAAAAAATCAAAACCAGTTCGCCATCAGTAGTTTATTCCACTACCCA----AAAC------TTATCAATTT----t
gi|6 : ATGTAAAAAGTCCTGAAGAAGAAGACCTGGAAA-GGGTAGAAACTAGTTGATATTAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGGCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCTAATGTAAAAAa
gi|7 : ataattaaataaaaattaaataattaaca-----GTACCTTAAT-ATT----CTTTAT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTT-ACAGACATAAAATCACGTGATGACGAACCGTACAATTTTGT-----------GTGATAAAAGCTAACTGTATGTA-----TCCTAAAGAAGA---TACGGAAATGGGTAAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCCCGTAGGTAGTGAATTCCATTG-CCA----gttataagatgagttttaaacatgacaaaacaatattaaataagtaacaaaatttaacatattaaatgtaca
gi|8 : CTGAAGAAGA---CCTGGGAT-GGGTCGAAATTAGTTGATATTAAAACA-TAAAAACCAGTTTCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCAATACAAAC------CAACCAATtttctattatactta
blockSeqs : . TACT G AAG TGTCA . T . TT AT AT AA . TA A CAG A AAAAG AGA T A A C ATAC GGACAA AATG G
blockSeqs : . AC . A A . C . . . . TA . TA A . . . . . A T . . . AC A
blockSeqs : . A . T . . T . . . . AA . A A . . . . . T A . . . .
blockSeqs : . C . G . . T . . . . AA . A C . . . . . G A . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . A . . . . A A . . . .
blockSeqs : . . A T . . . .
blockSeqs : . . T A . . . .
blockSeqs : . . A A . . . .
blockSeqs : . . T A . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** N** **** AA *****
originalCons : GCCGCTTAAGACAAG--TGGTTGCTTAATA-A--AGGTGACCACTAACACAGG-TTTAANACTATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----TNAAAAT
finalCons : GCCGCTTAAGACAAG--TGGTTGCTTAATA-A--AGGTGACCACTAACACAGG-TTTN--ACTATAT-----GTACCTTAAT-ATT----CT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----TNAAAAT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAAACAAGAAAATAACTGCTTAAAAAAGATGATTACTTCATAGAAATGAGTTGACATTAAAATATGGAAAACAAGAAAGTGACTTCTTGTTAAAGGTGACTAGTCTATAGAGGTCCCTACTGGCACGGATGTCACTGTA
Unaligned ( gi|18 ): AAAGTTAAGTACAGTGTAAATTGTAAATAATACATTTTGAAGTG
Unaligned ( gi|19 ): TAATTGTTAATAAGTACATAACTAAAACTAGAAGTTAAGGCAA
Alignments
lowQualScore : 11 2222 222222 11111 11 111 11111 111111 1111
lowQualScore : 0 0 11 0000 6 1 5 444444 0 9 99 99 99 66 66666 0 11 1 0 444 8 66666 666 0 3 3 1 3 7777 000000 5555 1
lowQualScore : . . .. .... . . . ...... . . .. .. .. .. ..... . .. . . ... . ..... ... . . . . . .... ...... .... .
lowQualScore : 7 2 00 0000 7 0 7 333333 7 8 22 22 22 77 77777 8 44 0 8 000 0 77777 444 4 6 9 4 3 1111 555555 6666 0
consensus : GCCGCTTAAGACAAG--TGGTTGCTTAATA-A--AGGTGACCACTAACACAGG-TTTNAC-TGTAT-----GTACCTTAATATTCT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----TNAAAAT
Reference ( family-946 ) : GCCGCTTAAGACAAG--TGGTTGCTTAATA-A--AGGTGACCACTAACACAGG-TTTNAC-TATAT-----GTACCTTAATATTCT--AT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCCGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----TNAAAAT
gi|1 : TTTAC-TA-AT------TA--TTAACA--CT--A---AT--TTAC----TAATTATTAACTAATAGTAAAAATCTATTTT-TAGACATAAAATCACATGATGACAAACCGTTTATTTCTGTACTTCAG---TGTAATAAA-TCTAACTGTATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCAGGAAA-AGGTCGAAACTGCTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCTTGTCGGTAGTTAATTCCTCTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----
gi|10 : tacatctttgaaactttataccaatactaattaattaatactaaAGAAGA---CCCTGAAA-GGGTTGAAACTAGTTGATA---------TTAAAACCAGTTCCTTGTCAGTAGTTATTTCCACTA-CCA----AAAC------CTACCAATCT----aattattatcttattcattttttttatagagtctgacctagtacagcatactatatgag
gi|11 : attttacaaataatttaaccttttttcGCTGTTTACAACAAAATTGTTTTTTTAATA-A--AGGTACCCACTAACACAGG-TTTAAC-TATATTGTCAGTGACATAATG-TAT--AT--GT--CT-CA--GTTATT-----GTAA----ACAAAaatttttttcagaaag
gi|12 : agttgtgATCAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTT-ATTCCACTA-CCA----ATAC------CTACCAATCT----cagaat
gi|13 : TGAAGGAGA---CCAGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTGACAATGAAACAATAAAAACCAGAACCTCGAAAGTAGTTTATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAGTCatttcttttaaagtgcaatcaataaaatgaaacctaattgtaatgtgtgttttatatgaaaa
gi|14 : GA---CACAGAA--GGGTCAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAACCATTTCCTTATCAGTAGTTAATTCCAAT----A----AAACGGACAACTATCAACCT----T
gi|15 : GAAGA---CCTGGAAA-GGGTGGAAACAAGTTGATATTAAAACTATCAAAACCAG------------------TTCTACTA-CCA----ATAC------CTACCAATCTAC--TTAAAATa
gi|16 : ACAAA--TGTTTTTTGAAAA-A--AGGTGACCATGTACACAGG-TTTAAC-Taaattagat
gi|17 : gttgtggctgcaGCTTTATATACTAGGTAACCACTAACACAGG-TTTTAT-TGT
gi|2 : TTAAGACAGG--TTGTTGCTTAATA-C--AGGTtacagataaacctgtgt
gi|2 : atattcatgctagtacataaactgatgataacttgcatactagtattaagacaacacgtgctgatgatttttaactgcagtcaaaccagtcttcagcagccagtcaagggaaggaacaaaaaacgacatgGCTGCTTAATACAAG--TGGCTGCTTAATA-G--AGGTGACCACTAACACAGG-TTTTAC-TGTATA----ATACCtgatttgctttaaaagcatgggaaatagtaaattttgctgcttaatacaagtggctgcttaatagaggtgaccactaacacaggttttactgtataataccaacctgtgtgccatccactagggatgtcaaccctcaatcgttgtagccgaataaaattaatgttaacaaac
gi|3 : atattcatgctagtacataaactgatgataacttgcatactagtattaagacaacacgtgctgatgatttttaactgcagtcaaaccagtcttcagcagccagtcaagggaaggaacaaaaaacgacatgttaagacaggttgttgcttaatacaggttgatttgctttaaaagcatgggaaatagtaaattttG-TTTAAGATATAT-----GTACCTTAATATTCT--AT--ATATTTACAATGTAATT-----TCAATAGTTAAAATTT-TTTTATAGACATAAAATCACGTGATGACAAACCGTAAAATTTTGTACTTTAG---TGTAACAAA-TCTTACTGTATTCA-----TCCTGAAGAAGA---CACGGAAA--GGTCGAAACTAGTTCATAGTTAAACAATCAAAACCAGTTCCCCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCT----aacctgtgtgccatccactagggatgtcaaccctcaatcgttgtagccgaataaaattaatgttaacaaac
gi|4 : aaaacgtacggccaaggatattatatataagaaaatatattgcattttaattttattacaacagacattattGCCGCTTAAGGCAGG--TGGCTGCTTA-TA-AC-AGGTGACCGTTAGTATGGGGTTTGAC-TGTAT-----GTACCTTAATACTCT--AT--GT--TTACTATGTGATT-----TTAATAGTACAAATCTATTTTATAGACATAAAATCATGTGATAACAAACCGTAAAATTTTGTACTTCAT---TATAATTAA-TCTAACTGCATGTA-----TCCTGAAGAAGA---CCTGGAAA-GGGTCGAAACTAGTTAATAATAAAACAATTAAAACCAGTTCCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CC------AAC------CTATCAGTCT----TGAAAATaa
gi|5 : ACCTTGATATTCT--ATATGT--TAACAATGTAATT-----TTAATAGTACTTATACATTT-ATAGACATAAAATCATGTGATGCCAAACCGTAAAGTTTTGTACTTCAGCAGTCTAATAAA-TCTAACTGTATGTT-----TCCTGAAGACGT---CCCGGAAA-GAGTCGAAACTAGTTGATCATAAAAAAATCAAAACCAGTTCGCCATCAGTAGTTTATTCCACTACCCA----AAAC------TTATCAATTT----t
gi|6 : ATGTAAAAAGTCCTGAAGAAGAAGACCTGGAAA-GGGTAGAAACTAGTTGATATTAAAACAATCAAAACCAGTTCCTCGGCAGTAGTTAATTCCACTA-CCA----AAAC------CTATCAATCTAATGTAAAAAa
gi|7 : ataattaaataaaaattaaataattaaca-----GTACCTTAATATTCTTTAT--GT--TTACAATGTAATT-----TTAATAGTACAAATCTATTT-ACAGACATAAAATCACGTGATGACGAACCGTACAATTTTGT-----------GTGATAAAAGCTAACTGTATGTA-----TCCTAAAGAAGA---TACGGAAATGGGTAAAAACTAGTTGATAATAAAACAATCAAAATCAGTTCCCCGTAGGTAGTGAATTCCATTG-CCA----gttataagatgagttttaaacatgacaaaacaatattaaataagtaacaaaatttaacatattaaatgtaca
gi|8 : CTGAAGAAGA---CCTGGGAT-GGGTCGAAATTAGTTGATATTAAAACA-TAAAAACCAGTTTCTCGTCAGTAGTTAATTCCACTA-CCAATACAAAC------CAACCAATtttctattatactta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GAAACAAGAAAATAACTGCTTAAAAAAGATGATTACTTCATAGAAATGAGTTGACATTAAAATATGGAAAACAAGAAAGTGACTTCTTGTTAAAGGTGACTAGTCTATAGAGGTCCCTACTGGCACGGATGTCACTGTA
Unaligned ( gi|18 ): AAAGTTAAGTACAGTGTAAATTGTAAATAATACATTTTGAAGTG
Unaligned ( gi|19 ): TAATTGTTAATAAGTACATAACTAAAACTAGAAGTTAAGGCAA