lowQualScore : 1 111 2222 11 22222 222222222222 33333333333333333333333333333333333333333333 22222 222222 111 22222222222 1 1 1 11 44444444444444444 1111 222222222222222222222222 11 1111 222222222222222222222
lowQualScore : 0 4 77 2 6 0 000 5 777 55 6666 55 5 6 7777 1 3 2 3 3 33 88888 3 55 1 000000000000 5 99999999999999999999999999999999999999999999 3 3 00000 3 3 2 555555 555 0 666 0 555 444 55555555555 4 3 55 3 3 6 1 8 2 3 1 33 5 2 8 33 3 777 77 1 99999999 2 11111111111111111 0 33 8888888 8888 33 2 33 2 1 2 8888 22 2222 333 333 22 333333333333333333333333 11 77 3 3 88888 22 8888 22 1 444444444444444444444 333 333 2 1 5 555555 8888888888 1 6 1 1 333 333 4 2
lowQualScore : . . .. . . . ... . ... .. .... .. . . .... . . . . . .. ..... . .. . ............ . ............................................ . . ..... . . . ...... ... . ... . ... ... ........... . . .. . . . . . . . . .. . . . .. . ... .. . ........ . ................. . .. ....... .... .. . .. . . . .... .. .... ... ... .. ........................ .. .. . . ..... .. .... .. . ..................... ... ... . . . ...... .......... . . . . ... ... . .
lowQualScore : 7 0 33 5 0 6 000 0 111 55 5555 55 3 2 7777 9 6 2 1 1 22 88888 7 88 6 555555555555 0 66666666666666666666666666666666666666666666 1 1 99999 1 2 1 999999 444 7 444 3 666 444 11111111111 4 1 77 1 1 7 3 2 5 7 6 99 5 9 6 99 6 999 44 3 77777777 7 55555555555555555 6 77 7777777 3333 77 3 44 4 1 2 1111 99 5555 777 333 66 666666666666666666666666 88 55 6 6 44444 55 0000 55 8 888888888888888888888 555 555 0 9 4 222222 0000000000 8 1 8 8 222 555 2 5
consensus : TGTAACATACCGANCTTGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTTTACA--TTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATATACTTT-GG-AAATA-TTCTATCAATT---GCAAAATANTAAAATCTATCCTT------------TGACTTTCAGGTAATGGAATGATGGTGATAT-TA---TACCA-AA--AA---------T-TATA---ATACGN-AA-T-GATCTC----CA-TGCCTAAAGT----A-CGT---TTACATGA--AATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAA-TTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC--TGTGCAT---CATACT-ATTGTGATAC--------CTTCTCC-AAA----AN-----------TATGTGTATACATATGT--GTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTAT--ATCT-ATGAAT-TAGAT--AT--ATN---C---TCGTATATAAAT---CA--AACA--------T---------------TA--T--G-G-AAATT-----GT--ACTTGTATAT--A-CAAA----ATT--GTTAC-T-----TT---T---AC-TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCC-CTATGGGCTTT-TA---GCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
Reference ( gi|3 ) : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTTTATA--TTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATATACTTT-GG-AAATA-GTCTATCAATT---TGAAAACACTAAAATCTACCCTT------------TGACTTTCAGCTAATGGAATGATGGTGATAT-TC---TACCA-AA--AA---------T-TGTA---ATACTT-AA-T-GATCTA----CA-TGCCTAAAGT----T-CGT---TTACATGA--AATAACATCTGTATTACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAAAAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAA-TTAAATTCATATATTTGATATGTTGTAA--AGGTC-AAA-TTC--TATGCAT---CATACT-TTTGTGATAC--------CTTCTCC-AAA----AT-----------TATGTGTGTACATATGT--GTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTAT--ATCT-ATGAAT-TAGAC--AT--ATT---C---TCGTATATAAAT---CA--AACA--------T---------------TA--T--G-G-AAATT-----GT--ACTTGTATAT--A-CAAA----ATT--GTAAC-T-----TT---T---AC-TGTTCG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATTC-CTATGGGCTTT-TA---GCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
gi|10 : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTTTATA--TTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATATACTTT-GG-AAATA-GTCTATCAATT---TGAAAACACTAAAATCTACC
gi|2 : gattaattccgaaaatgaaatagaaatacagaaattgggcatgtttgcttataaaggtttcttggtgagaaatgagtatatgtttgcaaattaatatgtgtttgtggtgcgcgttatgtaaaatgaaaatgtaaatatttggttaatgtgacatgtatatgatagatatgtaaacgtaaatgtgtaaaatataattagtagcatcgaataataaaatgagtttttaaagtttcggttgtctaagtgtaaacattgcaatggcatatgcaaatactttttaaatggttaccggaaTGTAACATACCGACCTTGTGTTTCGTTTCGATA-AGGTGGTATTT---TATAT-T-TCACAT--TTTTT-ATTTCAT----TTTATATTCCTGCAAATTATATTCATATGAATAATCAAATTTTTG----ACCTTTC-AGTGAGTAAAGGTCGACATATACTTT-GG-AAATA-TTCTTTAAATT---GCAAAATAGTAAAATCCACC
gi|27 : atacagaattggcacagcagaataaacgattccagcagaatgctgtttcataaaaaaaaagtgcatgctttagatttcagccttatttgaactctttttcaatttcctagtcctgcacttgtcttacacgactaagtgtttcaccgaagcaagtcgattgtctcgaccagagagtatgtttagatttattgaattgattaattcagaaaatgaaatcgaagttaagaaattgggcagatatgtttattaagtagaaatgagtttttgtttgatatgtgcatgtggcgtgcgttatgtaaaataaaaagtttaaaatataaatattttattatagtgacatgtagatgaagtatgtataatcttatatatgtataatataattaatagaatataaaaccaaaaaagaaaagaagtgtttaaattaaagtttttagtttaataactgtaaacattacaatagcatatatttattaaatggttaaggtaTGTTATATATTAAGCTTGTGTTTCGTTTCGATT-AGTTGGTATTT---T--------TATAT--TCCT--A----AAA--CTTTGTA-------AAACCATTT------GAATGAACAAATTGTTG----GCATTTC-CATGAGAAAATATTGACATATATTTT-GGTAAATA-TTCTA
gi|26 : TGTTTC---TTAATACATGTAGTATTCATGTACATGTATTATATCCTTTT---TTTTATACATTATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTAT-AGTAAGATAAGGTCGATATATACTCT-GG-AAATA-
gi|6 : ATATATATG--ATTT---TACAT-T-TTACAT--TTT-----TTTACA--TTTTATATTCCTGCAAACTATTTTCATATGAATAACCAGATTGTTG----ACCTTTC-ACTGAGGAAAGGTCGACATACACTTTAGG-AAATA-TTCTTTCAATT---GCAAAATAATAAAATCTATCATT------------TGACTTTCAGCTAATGGAATGATGGTGATAT-TA---TACAA-AA--AA---------T--ATA---ATA-TT-AA-TTGATCTC----CA-TGACTAAAGT----A-CGT---TTACATGA--AAAAACATCTGTATGACTTAACGATGC--AC---T-------AAAACATTCTA-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTACTTTTCAAA-TTCAATACATGTATTTGATTTATTGTAT--AGATG-TAA-TTC--TGTGCAT---CATACT-ATTGTGATAC--------CTTCTCC-AAA----AT-----------TATGTGTATACATATGT--GTAGCT-------AGT----GTTTGG--TGTTT--ATCT-ATGAAT-TAGCT--AT--ATT---T---TCATATATAAAT---CA--AACA--------T---------------TATGT--G-G-AAATTAATA-AC--ACTTGTATAT--A-CAAA----AAT--ATTAC-T-----TT---T---AC-TGTTCG-TCTTGAAGTATGCT------TG----------TTT-ATGTATCC-CTATGGGCTTT-TA---GCCTAATG
gi|9 : tgttttatataacattatcatatgtT---TACAT-T-TTACAT--TTTT--ATTTTATA--TTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ATATTTC-AGTGAGTAAAGGTTGACATATACTTT-GA-AAATA-TTCTATCAATT---GCAAAATACTAAAATCTATCCTT------------TGACTTTCAGCTAATGGAATGATGGTGATAT-TC---TACCA-AA--AA---------T-TATG---ATATGA-AA-T-GATCTA----C-------------------GT---TTACATAA--AATAACAGCTGTATGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACGGTATA-A-CTG-TTTGT-GTTTTGTACTTTTCAAA-TTCAATGCATGTATTTAATATATTGTAA--AGATA-AAA-TTC--TGTGCAT---CATACT-GTTGTAACAC--------TTTCTCC-AAA----AT-----------GATGTGTGTACACATGT--GTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTAT--ATCT-ATGAAT-TAGAT--AT--ATT---C---TCGTATATAAATAAAAA--AACA--------T---------------TG--T--G-G-AAATT-----GT--ACTTGTCCAT--A-CAAA----ATC--GTTAC-T-----TT---T---AC-TGTTCG-T------------------------------------TATATCC-CTATGGGCTTT-TA---GCCTAATGGAT---TTGAAC-CAA-ACTACactaaat
gi|4 : ---TACAT-T-----AT--TTTCTTATTTTACA--TTTTGTAAT-----AAGTTAT------------AAC-AATTTTTTGCATCACCTTTC-AGCGAGGAAAGGTCGACATAGACTTG-GG-AAATA-TCCTATCAATT---GCAAAATAATAAAATCTATCTTT------------TGACTTTCAGCAAATGGAATGATGATGATAT-TA---TACCA-AAT-AA---------T-TATA---ATATGA-AA-T-GACCTC----CA-TGCCTAAAGT----A-CGT---TAACATGA--AATAACATCTGTATGACTCAACGATGC--GC---T-T-----AAACA-GTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCATA-TTCAATGCATGTATTTAATATATTTTAA--AGATC-AAA-TTC--TTTCCAT---CATACT-ATTGTGATAC--------CTTCTCC-AAA----AG-----------TATGTGTGTACATAAGT--GTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTAT--ATCT-ACGAAT-TAG--------ATT---C---TCGTATATAAAT---CA--AACA--------T---------------TG--T--G-G-AAATT-----GT--ACTTGTATAT--A-CAAA----ATT--GTTAC-------TT---C---AC-TGTTCG-TCATGAAATATGCA------TT----------TAT-ATGTATGT-CTATTGACTTT-TA---GCCTAATGGTT---TTGAAA-TAA-ACTACTaactactact
gi|1 : CAT-T-T--CAT--TTT---ACTTTTTT--TTTTACATTTCAGCAAGTTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTAAGGAAAGGTCGACATATGCTTT-GG-AAATA-TTCTGTCAATT---GCAAAATAATAAAATCTATCCTT------------TGATTTCCAGGTAATGGAATGATGGCGATA-------TAACA-AA--A------------TATAAGCATGCAA-AA-T-CATCTC----CA-TG-CTAGA--------CGTATGTAATGTGA--AATAGCACCTG----ACTTAACGATGC---C---A-T-----AAAACATTCTATATTTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTTAAA---ATG---GTGATATATTGTTA--AGATC-AAA-TTC--TGTGC--------------------AC--------CTTCTCC-AAAT---ATATGTGTATACATATGTGTATACATATGT--GTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTAT--ATCT-ATGAAT-AGGAT--ATAAATTATAC---TCGTATCTAAAT---CA--AACA--------T---------------TATGT--G-G-AATTT-----GT--A-GAGTATAT--A-CAAA----ATG--ACTAC-T-----TT---T---AC-TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TTT-TTGTATCC-CTATGGGCTTT-AA---GCCTTATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTAactactactttaataatagaccaattagtaagatcatatctcatatgaataccat
gi|7 : atattagaattaacacagaaaatgcttgtcaattactttttgtgtcacggtgaaaatatttaccattacaaaatcttttaaacgttcagaatctacgtcttgcgattctttctagcaggcaaacACAT--TTT----TTTTACA--TTTTATATTCCTGCAAATTATTTTAATATGAATAACCAAATAGTTG----ATGTTTTGAGTGAAGAAAGGTCGACATATACTTT-GG-AAATATGT-TATCAGTTACATAATAACAC---GATCTATCCAT------------TGACTTTCAGGTAATGGAACGATGGTGATAT-------ACCA-AACAAA---------T-TATA---ATACGA-AA-T-GATCTC----CG-TGCTTAAAGTACTTTACGT---TTACATGA--ACTACGATCTGTAAGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCGA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAA-TTCGATACATGTATTTGATATGT---AA--AGATC-AAA-CTC--TATGCAT---CATACT-ATGGTGATAC--------CTTCTCC-AAAC---AA-----------TATGTGTGTCCATATGT--GTAGCT-------GGC----TTTGGG--TGTAT--ATCT-ATGAAT-TAGAT--AT--ATA---C---TCGTATATAAAT---CA--AGCA--------G---------------TATGT--G-G-AAATT-----GT--A-GTGTACAT--A-CAAA----A-T--GTTAC-T-----TT---T---AC-TGTTCG-TCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCC-CTATGGGCTTT-TA---GCCTAATGGAT---TTTAAA-TAA-ACTACTgacataccatt
gi|17 : --TTTC---TTTTACA--TTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAAGTGTTG----ACCTTTC-AATGAGGAAAGGTCGACACATACTTT-GG-ACATA-ATCTATCAGTT---GCAAAATAATAAAATATATCCTT------------TGACTTTCAGGTAATCGAATGATGGTGATAT----------A-AA--A-------------GAA---AAACCGAAA-T-GATCTC----CA-TGCTTAAAGT----A-CGT---ATACATG------------------ACTTAACGATGC--ACGCGT-T-----AAAACAGTCTA-A-TTGCTTGTT-GCTTactactattattac
gi|13 : G----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGCCGATATATACTTG-GG-AAATA-TTCTATCAATc
gi|18 : TCGACATATACTTC-AG-AAATA-CTCTATCAATT----GAAAAAAC--AAATCTACCCTTCAGATAGTTTTCTGATTTTCAGGTAATGGAATGATGCTGATACATCACTTAC------------------T-T------ATACAC-AA-T-CATCTC----TA-TGC-TAAAGT----A-CGT---TTACATGC--AATAGCGTCTGTCTGACTTAACGATGA--GT---T-TTATAGATAACAGTCTG-A-GTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTACAggaatgatggtgatattataccagtaattataatatgaactgatctccatgcctaaagtacatttacatgaaatagcagaacctaactgttgttgttttgtatttttcaaattcaatgcatatatttaatatattgtaaagatcaaactctgtgcaacatactattgtgataccttctccaacattatgtgtatacattgtgtagctagtttttggtgtatgtttgatgtagattttctctcgtatacaaatcaaacgttgtgaaaattatacttgtatatacaaaactgttacctttactgttggtcatgaaatacgcttgtatatgtatccctatgggcttttagcctaacggatttgaaataaacta
gi|11 : acatgggtgaacaagcgttaatTAAACTTT-GG-AAATA-TTTCATCAATT---GCAGAATAATAAAATCGATCTTT------------TGTTTTTCAGGTAATGGAATGATAGTGATAT-------ACCATAC--AA---------T-TATC---ATACGC-AA-T-CATCTC----TA-TACTTAAAGT----A-CGG---TTACACGC--AATAAAATCTGTCTGACTTAACGATGA--GC---T-------ATAACAGTATA-T-TTG-TTTTT-GTTTTGTACT---CAAA-TTTGATACATGTATTTGAGATATAGTAA--AGTTC-AAAATTC--TGTTTAT---T-TACTATTTA-AACAC--------AATCTTC-AA------T-----------TACATGTGTACACATATAAGTAACT-------GTT----TTTGGA--TGAAA--AGCT-ATGGAT-TAAAT--TT--ATA---C---TTGTATATAAAT---CA--AACA--------TA--------------TA--T--G-G-AAGTTGTAGAGT--ACATTTATAT--A-CACA----ATG--AT-AC-T-----TT----------TGTTCG-TCATGAAcgttcgatat
gi|12 : atttgaaatggtagtggccttaagtaatgagtgtatgagtaatcaaagaatcAATCTATCTTT------------TTACTTTCAGGTAATGGAATGATGGTGATAT-------ACAA-AA--AAAACAACAACT-AATT---ATACGA-AA-T-GATCTC----CA-TGCTAAAAAT----A-CGT---TAACATGA--A------TCTGTCTGACTTAACGATGCCTGCG--C-T-----AAAACAGTCTA-A-TTG-TTTTTTGGTTTGTACTTTTCAAA-TTCAATACATGCATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC--TGTGCAT---CATATT-ATTGTGATAC--------TTTCTCCTAAA----ATATATGTATA--TATATATATATATATGT--GTAGCT-------AGT----TTTAGGTTTATAT--ATCA-ATGAAT-T------AT--A-----C---TCGTAT----AT---CA--AACG--------TAA-------------TG--T--G-G-AAATT-----GT--A-GTGTATAT--A-CAA-------TGGGTTAT-T-----TT---T---AC-TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TT----------TAT-ATGTATCC-CTATGGGCTTT-AA---GCATAATGGAT---TTTAAA-TA
gi|5 : TT------------TGACTTCCAGCTAATGGAATGATGATGATAT-AA---TACAA-CA--AA---------TATATA---ATACGA-AA-T-GATTT-----CGTTGCTTAAAGT----A-CGT---TTACATGA--AATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC-----T-----AAAACAGTCTT-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTGCTTTTCAAA-TTCAATACATGCATTTGGTATATTGTAA--ATATC-AAA-TAA--TGTGCAT---CATACT-ATTGTGATAC--------CTTCTCC-AAA----AA-----------TATATGTATACATATGT--CTAACT-------AGTA---TATAGA--TATATTCATAT-GTG----TAG--------------C---TAGTATATGTAT--------ACA--------TA--------------TG--T--G-T-AGCTA-----GT--A--TATGTAT--A-CATA----TGT--GTAGC-T-----
gi|13 : tttaAATGGAATGATGGTGATAT-TA---TACCA-GT--AA---------T-TATA---ATA-TG-AACT-GATCTC----CA-TGCCTAAAGT--------------------------ACATTTACATGA---AA---------------T-----AGCAGAACCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTATTTTTCAAA-TTCAATGCATATATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-CTC--TGTGCAA---CATACT-ATTGTGATAC--------CTTCTCC-AAC----AT-----------TATGTGTATACAT-TGT--GTAGCT-------AGT----TTTTGG--TGTAT--GTTTGATG----TAGAT--TT--TCT---C---TCGTATACAAAT---CA--AACG--------T---------------TG--T--G-A-AAATT-----AT--ACTTGTATAT--A-CAAA----ACT--GTTAC-C-----TT---T---AC-TGTTGG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATCC-CTATGGGCTTT-TA---GCCTAACGGAT---TTGAAA-TAA-ACTAagctttgggtgaatatctttgaattagatacatactcatgtataaatcaaacattatgtggaaattgtatttctatatacaaaattgtttactgttcgtcctgaaatacgtttgtatatgtatccctatgggcttttagtctaatggatttaaataaactactactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|31 : gacctttcagtgaggaaaggccgatatatacttgggaaatattctatcATGTAATGCTGGTGATA--TA---TA-TA-AC--AC---------T-GGTC---ATGCGT-AA-T-CGTCTC----TT-TGCCTAAA----------------ACACGAATAATAATATTTGTCTTATTTGACGATAA--TT---T-T-----AAA
gi|8 : ggttTGGAA-AACGATGATAA-TA---TACCA-AAC-AA---------G-TATC---ATACAT-AA-T-CAACTGAGTGTA-TGCTTAAAAT----A-CGT---TTATATGC--AATAGCATCGGTCTGACTTAACGATGA--GC---TGT-----AACA--GTCTA-A-----TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAA-TTCGATACATGTTTATGAGATATTGTAA--TGATTGAAA-TTA--TGTGCAT---TATGTT-ATTGTGATAC--------CTACTCA-AAA----GA-----------CATGTGTATATATATCC--GTAGCT-------A-T----TTTGGG--TGCAA--AGCT-ATGACA-TAGAC--AT--ATA---C---TCATATATAAAT---CA--AATA--------T---------------TA--TATG-G-AAATT-----GT--A-TAGTATAT--A-CAAT----ATT--GCTAC-T-----TT---T---AT-TGTTCG-CCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGAATCC-TTATGGGCTTT-TA---GATTAATGGG----TTAAAA-T-A-ACTACTcattgtttt
gi|30 : tcattaaacgaaagatcaactattcattttgtaaatacttgatcataatatactaaaattatattttagaataataacacgttattttgtgactttgaaatattttgtttacttAAACAGTTT-----TA-TTGTT-GCTTT-TATTTATCAAAATCAAAA-CATATATTTGAAAAATTG-AA--ATATT-AAA-AGCATTATGCATTATCATACT-GTTGTGAAAC--------CATTTCC-AAA-----------------TAAATGTGtctagcacgtcaggacaggcaaaaaatatatcgcacacataccg
gi|20 : TCATA-TTTGATACTTGTATTAGAGATATTGTAA--AGATC-AAAATTT--TGTTCTT---TATACT-ATTGTAATACTATTGTACCTTCTCC-AAATAAAAC-----------TATAT-------TATA---GTAGCT-------AAT----TCATGG--TATAT--AGCT-ATGAGT-TAGAT--GT--ATA---C---TCGTATATAAAT---CC--AACA--------T---------------TA--TACG-G-AAAAT-----GT--G-TGGTATAT--A-CA
gi|5 : ATATATTC-ATATGT-GTA-----GCT-AG---TA--TATGTATA--CATA-----TGTG-TAG--------CT-------------AG-----------TATATGTATACATATGT--GTAGCT-------AGC----TTTGGG--TGAAT--ATCT-TTGAAT-TAGAT--AC--ATA---C---TCATGTATAAAT---CA--AACA--------T---------------TATGT--G-G-AAATT-----GT--ATTTCTATAT--A-CAAA----ATT--G-----------TT---T---AC-TGTTCG-TCCTGAAATACGTT------TG----------TAT-ATGTATCC-CTATGGGCTTT-TA---GTCTAATGGAT---TT-AAA-TAA-ACTACTggacacatttattttattctt
gi|16 : tttatttgacttccagctaatggaatgatgatgatataatacaacaaatatataatacgaaatgatttcgttgcttaaagtacgtttacatgaaataacatctgtctgacttaacgatgcgctaaaacagtcttactgtttttgttttgtgcttttcaaattcaatacatgcatttggtatattgtaaatatcaaataatgtgcatcatactattgtgataccttctccaaaaatatatgtatacatatgtctaactagtatatagTATTTGAGATATGGAAACGAAATC-AAAATTC--TGTG-AT---TACACT-ATTGTGAAAC--------CTTCTCC-AAA----TA-----------TAAGCGTATACACATAT--GTAGCTCATATGCAGCTATGTTTGGN--NNNNN--NNNN-NNNNNN-NNNNN--NN--NNN---CGGATTATGTGT---T---TA--TAGA--------TG--------------TA--T--G-A-CAATG-----GT--ACAT-TATAT--A-TAAA----AGT--G------------T---T---AC-TGTTCG-TCCTAAAATATGCT------TG----------AAA-A---------TATAGACTTT-TA---GCCTAactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|22 : aattacatatcatgcttttagcctTGA-AC--------CTACTCC-AAA-------------------TGCATATACAT-TAT--GT---T-------TGT----ATTGGT--T-TAT--ATAT-AT--AT----AT--AT--AT----------ATATATGGAC---CA--AACAGTTCACATT---------------CA--T--G-GTAGATT-----AA--AC----------A-TAAA----ATTA-GTA---TG----TT---T---AC-TGTTCG-TCATAGATTTTGCT------TGTATATTTGTATAT-ATGTATCA-CTGTGGGCTTTATA----CCTAATAGGT---TTGtcg
gi|15 : atTGTGTGAATATGT--TTAGCT-------ATT----TACGAG--TTTAC--AT-T-AT--ATATATAC--AT--GTA---T---ATATATATAAAT---TATAAACA--------TGTAAATCAAATAGTATA--T--G-G-ACATG-----GT--A--TAT-TAT--A-CAAA----AA-----AAC-TGCTAGTT---T---AG-CGTTCG-TCATAATGTAGGCTGTATAATG----------TAT-GTGTACCC-TTATAGGGTTT-TA---GCCTTGTGGGT---TGGGAT-TAA-ATTAC
gi|29 : gtacactttagcctactagtgttaaacagtttcaatttacatgtacatgcccaTAT--ATAT-GTGAAT-TG--C--AT--AT----------GTATATCAAT---CA--AAatcatttatataaga
gi|25 : T-ATAAAT-AATAA--AT--ATA---C---TCGTTCATAAAG---CT--AACA--------T---------------TA--T--GTGCAAATT-----GT--AGT-GTATAT--T-CAAATTTTATT--G---C-T-----TT---T---AC-TGTTCG-TCATGAAATATGCC------TG----------TAC-ATGTATCC-CTATGGGTTTT-CA---GCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACaagtattttgaaaaggtacatcatgaaatattgttgtatatgactcactgtatgcgtttagcctaatggattttaaacaaactacaac
gi|28 : -TAGACCCAT--ATT---C---CTGCATGTAACC---CG--GA----------T---------------TA--C--G-C-AGA-------GT----TTGGA-AT--A-CC------------TATC-T-----TTAAAT---ATATGTTCG-TCATGCAATATGCG------CG----------TAT-ATGTATCC-CTATGGGAT-----------TGATGGATACCTTTAAA-TA
gi|19 : --AT--ATT---A---ATATATATAAAT---CA--AACA--------A---------------TG--T--G-G-AAATT-----GT--ACTTGTATAT--A-CAAA----ATT--GTTTC-T-----TT---T---AC-CATTCG-TCATGAAATATGAT------TG----------AAT-ATGTATCC-CTACGGGCTTT-TA---GCCTAATTGAT---TTGAAATTAACACTACT
gi|24 : ttagctatcacatattATAAAG---TA--AACA--------TAG-------------TAC-T--GCG-AAATC-----G-------GCAT------CAAC----ATT--TTTATAT-----TT---T---AC-TGTTCG-TCATGATCTATGCT------TG----------TGT-ATGTA-CC-TTATGGACTTT-TA---GTCCAATGGAT---TCGAAA-TAA-actacatataatattaacggttaacgtacaacaagacaaacaaatagtaaaatactttaat
gi|23 : ---CA--AACA--------T---------------GA--TAAG-G-ATATA-----GT--AGAAATATAT--A-CAAA----CTT--GT----------TC---T------TGTTCG-TCATTAAATATATT------TG----------TAT-ATGTATCC-CTATGAGTTTT-AA---GCCTGATGGAT---TTGAAA-GAA-ACTCCTgtgttactacttaccgacaggagatgtagcat
gi|29 : tttatctaaatcatgtttagccaatgtttacatcta---------------TA--T--G-T-GAATT-----GC--ATATGTATATCAATCAAA----AA---GTA---T-----TT---TGAAAA-GGTACA-TCATGAAATATTGT------TG----------TAT-ATG-ACTCACTGTATGCGTT-TA---GCCTAATGGAT---TTTAAA-CAA-ACTACcctcctatta
gi|21 : tata--T--G-G-AAATG-----GTGGATTC---TAA--A-CACA----CTT--GTTAC-G-----TT---T---AC-TAACAG-TCATGAAACGTGTT------TG----------TAC-AAGTAACC-CTATTGGCGTT-TA---GTCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ATAACTaac
gi|32 : gTCGATTATGTAATGTGCT------TG----------TATTATGTATCC-CCACGGGCTTT-TA---GCACAATGGAT---TTGAAA-TAT-ACTACTaatcacattattattcattatgatagcgatatatacacaatctacgacactgattatgacacataatgtatacaaacagtt
gi|33 : tatattaataataaACGAAATATGCT------CG----------CAT-ATATACCC-GCATGGTCTTT-TATTAACCTAATGGAT---TTGGAACTAA-ag
gi|35 : AAATATGCC------TG----------CAT-ATGTATCC-GTGCAGAATTT-TA---GCTTGATGAAT---TTGAAA-Ttataattatt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATACAGAATTGGCACAGCAGAATAAATTATTCAAGCAGAGCACTGTAATATAAAAAAAAACAGAACATGTTTTAGATTTTAGCCTTTTTTCAGAAAGCAATACAAAGCATCGAACTATTGGAAATATCCAAGTATGTTTAAATTTATTAAATTGATTAATTCAGAAAATTAAATCGAATTAAACAAATTGTGCATGTTTGTGTATAAAGCTTTCTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTCGCCAATTAATATGTGCATGTGGTGTGCGTTATGTAAAATGAAAACTTTAAAATGTAAATATTTTATTAAAGTGACATGTATATGTAAACTTATATGTGTATAATATAATTAGTAGTACCAAATAAGAAAATAACTGTTTAAAGTTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TCAAACAGTGTGTGGTCGTAAAGTATGCACAAAATGTAAGGCTGTCTTTTACTGTTC
Unaligned ( gi|36 ): CTATCATAATGCAATTAAACGACAAAATTGCATAGTCAATAAATGGCCAC
Unaligned ( gi|37 ): AATACGTTTTAGTTTACTGTTCTATACACGACACACAA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222222222222222 111111111111 11111111 111 111111111 22222222222 111111 1111111111 111111111111 11111111111 11 1111
lowQualScore : 2 1 3 3 777 4 4 55 1111 3 7777 3 33 2 2 0 11111111111111111 1 2 1 555555555555 1 00000000 555 111 0 2 99 111111111 44 2 7777 1 6666 0 2 77777 0 2 444 33333333333 2 44 2 2 0 0 33 2 8 888 444 2 0 99999999 2 333333 0000000000 222222222222 8888888 7777 33 1 66666 2 2 1 44 55555 1 888 4444 333 55555555555 11 77 3 3 88888 22 4444 22 1 3 44 1 2 22 1 555555 7777777777 1 333 1 333 4 2
lowQualScore : . . . . ... . . .. .... . .... . .. . . . ................. . . . ............ . ........ ... ... . . .. ......... .. . .... . .... . . ..... . . ... ........... . .. . . . . .. . . ... ... . . ........ . ...... .......... ............ ....... .... .. . ..... . . . .. ..... . ... .... ... ........... .. .. . . ..... .. .... .. . . .. . . .. . ...... .......... . ... . ... . .
lowQualScore : 0 0 0 3 888 4 4 00 6666 6 1111 3 77 7 7 1 55555555555555555 0 9 6 888888888888 9 44444444 000 444 7 9 66 444444444 44 9 6666 0 1111 7 9 11111 4 5 666 77777777777 9 66 9 9 3 1 77 7 0 333 777 7 7 11111111 5 777777 3333333333 888888888888 1111111 8888 44 5 22222 4 4 1 22 99999 0 222 7777 555 66666666666 88 55 6 6 44444 55 5555 55 8 6 88 8 0 66 8 000000 6666666666 7 000 7 333 0 4
consensus : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--AA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA----AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATC-T-ATGAAT-TAGATA-----TATAC---TCGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
Reference ( family-873 ) : TGTAACATACCGANCTTGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATANTAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--AA---------T-TA-TA---ATACGNAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA----ANTATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATC-T-ATGAAT-TAGATA-----TATNC---TCGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
gi|1 : ATTT-----CAT-T-TTACTT--TTTT---TTT-TACATTTCA-------GCAAGTTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTAAGGAAAGGTCGACATAT--GCTTT-GG-AAATATTCTGTCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGATTTCCAGGTA--------A---TGGAATGATGGCGA---TATAACA-AA--A------------TA-TAAGCATGCAAAATCATCTC----CATG-CTAGACGTAT-----G-TAATGTGAAATAGCA----CCTGACTTAACGATGC---C---A-T-----AAAACATTCTATATTTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTTAA-A-ATG---GTGATATATTGTTA--AGATC-AAA-TTC---TGTGC--------------------AC--------CT-TCTCCAAA----TATATGTG----------TATACATATGTGTATACATATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATC-T-ATGAAT-AGGATATAAATTATAC---TCGTA----TCTAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AATTT-----GT--A--GAGTATAT--A-CAAAATG--ACTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TTT-TTGTATCCCTATGGGCTT---T-AAGCCTTATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTA
gi|10 : atattagaattaacacagaaaatgcttgtcaattactttttgtgtcacggtgaaaatatttaccattacaaaatcttttaaacgttcagaatctacgtcttgcgattctttctagcaggcaaaccTGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TATATTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GG-AAATAGTCTATCA-----------------ATTTGAAAACACTAAAAT-CTACCgacataccatt
gi|11 : gattaattccgaaaatgaaatagaaatacagaaattgggcatgtttgcttataaaggtttcttggtgagaaatgagtatatgtttgcaaattaatatgtgtttgtggtgcgcgttatgtaaaatgaaaatgtaaatatttggttaatgtgacatgtatatgatagatatgtaaacgtaaatgtgtaaaatataattagtagcatcgaataataaaatgagtttttaaagtttcggttgtctaagtgtaaacattgcaatggcatatgcaaatactttttaaatggttaccggaaTAA--ACTTT-GG-AAATATTTCATCA-----------------ATTGCAGAATAATAAAAT-CGATCTTT------------TGTTTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATAGTGATAT---ACCATAC--AA---------T-TA-TC---ATACGCAATCATCTC----TATACTTAAA-GTAC-----GGTTACACGCAATAAAATCTGTCTGACTTAACGATGA--GC---T-------ATAACAGTATA-T-TTG-TTTTT-GTTTTGTACT---CAAATTTGATACATGTATTTGAGATATAGTAA--AGTTC-AAAATTC---TGTTTAT---T-TACTAT-TTAAACAC--------AA-TCTTCAAT----TACATGTG----------TACACAT------------ATAAGTAACT-------GTT----TTTGGA--TGAA-----AAGC-T-ATGGAT-TAAATT-----TATAC---TTGTA----TATAAAT---CAAACA--------TA-TA--T--G-G-AAGTTGTAGAGT--AC-ATTTATAT--A-CACAA-T--GATAC-TTT-----TGTTCG-TCATGAA
gi|12 : atttgaaatggtagtggccttaagtaatgagtgtatgagtaatcaaagaatcAAT-CTATCTTT------------TTACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATAT---ACAA-AA--AAAACAACAACT-AA-TT---ATACGAAATGATCTC----CATGCTAAAA-ATAC-----GTTAACATGAA------TCTGTCTGACTTAACGATGCCTGCG--C-T-----AAAACAGTCTA-A-TTG-TTTTTTGGTTTGTACTTTTCAAATTCAATACATGCATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATATTAT-TGTGATAC--------TT-TCTCCTAA----AATATATGTATATATATATATATAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTAGGTTTATA-----TATC-A-ATGAAT------------TATAC---TCGTA----T----AT---CAAACG--------TAATG--T--G-G-AAATT-----GT--A--GTGTATAT--A-CAA---TGGGTTAT-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TT----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-AAGCATAATGGAT---TTTAAA-TA
gi|13 : G----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGCCGATATAT--AC--------------------------------------TTGGGAAATATT------CTATC---------------------------A--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-GT--AA---------T-TA-TA---ATATGAACTGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----ATTTACATGAAATAGC------------------------------------AGAAC---CTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTATTTTTCAAATTCAATGCATATATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-CTC---TGTGCAA---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAC----ATTATGTG----------TATACAT-------------TGTGTAGCT-------AGT----TTTTGG--TGTA-----TGTT-TGATG----TAGATT-----TTCTC---TCGTA----TACAAAT---CAAACG--------T--TG--T--G-A-AAATT-----AT--AC-TTGTATAT--A-CAAAACT--GTTAC-CTTTAC--TGTTGG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAACGGAT---TTGAAA-TAA-ACTA
gi|15 : TG----------TGTGAAT------------ATGTTTAGCT-------ATT----TACGAG--TTTACATTATATA-T-ATACATGTATATA-----TATATAAATTATAAACATGTAAAT---CAAATAG-------TA-TA--T--G-G-ACATG-----GT--ATATTATACA---A-AAAAACT--GCTAG-TTT-AG--CGTTCG-TCATAATGTAGGCTGTATAATG----------TAT-GTGTACCCTTATAGGGTT---T-TAGCCTTGTGGGT---TGGGAT-TAA-ATTAC
gi|16 : gtacactttagcctactagtgttaaacagtttcaatttacatgtacatgcccaTATTTGAGATATGGAAACGAAATC-AAAATTC---TGTG-AT---TACACTAT-TGTGAAAC--------CT-TCTCCAAA----TATAAGCG----------TATACAC------------ATATGTAGCTCATATGCAGCTATGTTTGGN--NNNN-----NNNN-N-NNNNNN-NNNNNN-----NNNNCGGATTATG----TGT---T---TATAGA--------TG-TA--T--G-A-CAATG-----GT--AC-AT-TATAT--A-TAAAAGT--G-------TTAC--TGTTCG-TCCTAAAATATGCT------TG----------AAA-A--------TATAGACTT---T-TAGCCTAatcatttatataaga
gi|17 : aattacatatcatgcttttagcct--TTTC---TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAAGTGTTG----ACCTTTC-AATGAGGAAAGGTCGACACAT--ACTTT-GG-ACATAATCTATCA-----------------GTTGCAAAATAATAAAAT-ATATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TCGAATGATGGTGATA-TAAAAGA-AA--AA---------C------------CGAAATGATCTC----CATGCTTAAA-GTAC-----GTATACA----------------TGACTTAACGATGC--ACGCGT-T-----AAAACAGTCTA-A-TTGCTTGTT-GCTTtcg
gi|18 : TCGACATAT--ACTTC-AG-AAATACTCTATCA-----------------ATTGAAAAA-AC--AAAT-CTACCCTTCAGATAGTTTTCTGATTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGCTGATA------CA-TC--AC---------T-TACTT---ATACACAATCATCTC----TATG-CTAAA-GTAC-----GTTTACATGCAATAGCGTCTGTCTGACTTAACGATGA--GT---T-TTATAGATAACAGTCTG-A-GTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTACACGTTCGATAc
gi|19 : acatgggtgaacaagcgttaatTA----TATAAAT---CAAACA--------A--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTTC-TTTTAC--CATTCG-TCATGAAATATGAT------TG----------AAT-ATGTATCCCTACGGGCTT---T-TAGCCTAATTGAT---TTGAAATTAACACTACTt
gi|2 : ttagctatcacatattatattaataTGTAACATACCGACCTTGTGTTTCGTTTCGATA-AGGTGGTATTT---TATAT-T-TCACAT--TTTTT-ATTT---CATTTTATATTCCTGCAAATTATATTCATATGAATAATCAAATTTTTG----ACCTTTC-AGTGAGTAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTTTAA-----------------ATTGCAAAATAGTAAAAT-CCACCactacatataatattaacggttaacgtacaacaagacaaacaaatagtaaaatactttaat
gi|20 : atacagaattggcacagcagaataaacgattccagcagaatgctgtttcataaaaaaaaagtgcatgctttagatttcagccttatttgaactctttttcaatttcctagtcctgcacttgtcttacacgactaagtgtttcaccgaagcaagtcgattgtctcgaccagagagtatgtttagatttattgaattgattaattcagaaaatgaaatcgaagttaagaaattgggcagatatgtttattaagtagaaatgagtttttgtttgatatgtgcatgtggcgtgcgttatgtaaaataaaaagtttaaaatataaatattttattatagtgacatgtagatgaagtatgtataatcttatatatgtataatataattaatagaatataaaaccaaaaaagaaaagaagtgtttaaattaaagtttttagtttaataactgtaaacattacaatagcatatatttattaaatggttaaggtaTCATATTTGATACTTGTATTAGAGATATTGTAA--AGATC-AAAATTT---TGTTCTT---TATACTAT-TGTAATACTATTGTACCT-TCTCCAAATAAAACTATAT-----------TATA-------------------GTAGCT-------AAT----TCATGG--TATA-----TAGC-T-ATGAGT-TAGATG-----TATAC---TCGTA----TATAAAT---CCAACA--------T--TA--TACG-G-AAAAT-----GT--G--TGGTATAT--A-CA
gi|21 : --T--G-G-AAATG-----GTGGAT-TC---TAA--A-CACACTT--GTTAC-GTTTAC--TAACAG-TCATGAAACGTGTT------TG----------TAC-AAGTAACCCTATTGGCGT---T-TAGTCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ATAACTggacacatttattttattctt
gi|22 : gTGA-AC--------CT-ACTCCAAA--------TGCA----------TATACAT-------------TATGT---T-------TGT----ATTGGT--T-TA-----TATA-T-AT--AT----ATA-----TATA-------TA----TATGGAC---CAAACAGTTCACATT--CA--T--G-GTAGATT-----AA--AC-----------A-TAAAATT--AGTAT-GTTTAC--TGTTCG-TCATAGATTTTGCT------TGTATATTTGTATAT-ATGTATCACTGTGGGCTT---TATA-CCTAATAGGT---TTGaatcacattattattcattatgatagcgatatatacacaatctacgacactgattatgacacataatgtatacaaacagtt
gi|23 : at---CAAACA--------T--GA--TAAG-G-ATATA-----GT--AG-AAATATAT--A-CAAACTT--GTT-C-TT-------GTTCG-TCATTAAATATATT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGAGTTT---T-AAGCCTGATGGAT---TTGAAA-GAA-ACTCCT
gi|24 : tttatctaaatcatgtttagccaatgtttacatctaATAAAG---TAAACA--------TAGTAC-T--GCG-AAATC-----G--------GCAT------CAACATT--TTTATATTTTAC--TGTTCG-TCATGATCTATGCT------TG----------TGT-ATGTA-CCTTATGGACTT---T-TAGTCCAATGGAT---TCGAAA-TAA-cctcctatta
gi|25 : -T-ATAAAT-AATAAA-----TATAC---TCGTT----CATAAAG---CTAACA--------T--TA--T--GTGCAAATT-----GT--AG-T-GTATAT--T-CAAATTTT-ATTGC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCC------TG----------TAC-ATGTATCCCTATGGGTTT---T-CAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACgtgttactacttaccgacaggagatgtagcat
gi|26 : TGTTTC---TTAATACATGTAGTATTCATGTACATGTATTATATCCTTTT--TTTTATACATTATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTAT-AGTAAGATAAGGTCGATATAT--ACTCT-GG-AAATA
gi|27 : TGTTATATATTAAGCTTGTGTTTCGTTTCGATT-AGTTGGTATTT---T--------TATAT--TCCT--A-----AAACTTTGTA-------AAACCATTT------GAATGAACAAATTGTTG----GCATTTC-CATGAGAAAATATTGACATAT--ATTTT-GGTAAATATTCTA
gi|28 : --TGTTCG-TCATGCAATATGCG------CG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGAT-----------TGATGGATACCTTTAAA-TA
gi|29 : tagacccatattcctgcatgtaacccggattacgcagagtttggaatacctatctttaaatata--TA--T--G-T-GAATT-----GC--AT-ATGTATATCAATCAAAA----AGTAT-TTTGAAAAGGTACA-TCATGAAATATTGT------TG----------TAT-ATGACTCACTGTATGCGT---T-TAGCCTAATGGAT---TTTAAA-CAA-ACTAC
gi|3 : tataTGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TATATTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GG-AAATAGTCTATCA-----------------ATTTGAAAACACTAAAAT-CTACCCTT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA--AA---------T-TG-TA---ATACTTAATGATCTA----CATGCCTAAA-GTTC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTATTACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAAAAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTAAATTCATATATTTGATATGTTGTAA--AGGTC-AAA-TTC---TATGCAT---CATACTTT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA----ATTATGTG----------TGTACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATC-T-ATGAAT-TAGACA-----TATTC---TCGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTAAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATTCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACTaac
gi|30 : AAACAGTTT-----TA-TTGTT-GCTTT-TATTTATCAAAATCAAAACATATATTTGAAAAATTG-AA--ATATT-AAA-AGCAT-TATGCATTATCATACTGT-TGTGAAAC--------CA-TTTCCAAA----TAAATGTG----------
gi|31 : GGTT--------A---TGTAATGCTGGTGATAT-ATAT-A-AC--AC---------T-GG-TC---ATGCGTAATCGTCTC----TTTGCCTAAA-ACAC-----G---A-AT--AATAATATTTGTCTTATTTGACGATA---AT---T-T-----TAAACA
gi|32 : TCGATTATGTAATGTGCT------TG----------TATTATGTATCCCCACGGGCTT---T-TAGCACAATGGAT---TTGAAA-TAT-ACTACTttgtttt
gi|33 : tatattaataataaACGAAATATGCT------CG----------CAT-ATATACCCGCATGGTCTTTTAT-TAACCTAATGGAT---TTGGAACTAA-ag
gi|35 : AAATATGCC------TG----------CAT-ATGTATCCGTGCAGAATT---T-TAGCTTGATGAAT---TTGAAA-Ttataattatt
gi|4 : t---TACAT-T-----AT--TTTCTTATTT-TACATTTTGTAAT-----AAGTTAT------------AAC-AATTTTTTGCATCACCTTTC-AGCGAGGAAAGGTCGACATAG--ACTTG-GG-AAATATCCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCTTT------------TGACTTTCAGCAA--------A---TGGAATGATGATGATATTATACCA-AAT-AA---------T-TA-TA---ATATGAAATGACCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTAACATGAAATAACATCTGTATGACTCAACGATGC--GC---T-T-----AAA-CAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCATATTCAATGCATGTATTTAATATATTTTAA--AGATC-AAA-TTC---TTTCCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA----AGTATGTG----------TGTACAT------------AAGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTA-----TATC-T-ACGAAT-TAG---------ATTC---TCGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC--TTCAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCA------TT----------TAT-ATGTATGTCTATTGACTT---T-TAGCCTAATGGTT---TTGAAA-TAA-ACTACTg
gi|5 : TT------------TGACTTCCAGCTA--------A---TGGAATGATGATGATATAATACAA-CA--AA---------TATA-TA---ATACGAAATGATTTC----GTTGCTTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCTT-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTGCTTTTCAAATTCAATACATGCATTTGGTATATTGTAA--ATATC-AAA-TAA---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA----AATATATG----------TATACAT------------ATGTCTAACT-------AGTA---TATAGA--TATA-----T-TCAT-ATG--------TG-----TA-GC---TAGTA----TATGTAT------ACA--------TA-TG--T--G-T-AGCTA-----GT--AT-ATGTATAC--A-TAactactactttaataatagaccaattagtaagatcatatctcatatgaataccat
gi|5 : tttaATACATATGTCTAAC-TAGTATAT--AGAT--ATA-TTCATATGTGTAG---C-TAGTATATGT-ATAC--------ATATGTGTAGCT---AGTATATG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TGAA-----TATC-T-TTGAAT-TAGATA-----CATAC---TCATG----TATAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AAATT-----GT--AT-TTCTATAT--A-CAAAATT--G------TTTAC--TGTTCG-TCCTGAAATACGTT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGTCTAATGGAT---TT-AAA-TAA-ACTACTtgtgtagctagctttgggtgaatatctttgaattagatacatactcatgtataaatcaaacattatgtggaaattgtatttctatatacaaaattgtttactgttcgtcctgaaatacgtttgtatatgtatccctatgggcttttagtctaatggatttaaataaactactactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|6 : tttatttgacttccagctaatggaatgatgatgatataatacaacaaatatataatacgaaatgatttcgttgcttaaagtacgtttacatgaaataacatctgtctgacttaacgatgcgctaaaacagtcttactgtttttgttttgtgcttttcaaattcaatacatgcatttggtatattgtaaatatcaaataatgtgcatcatactattgtgataccttctccaaaaatatatgtATATATATG--ATTT---TACAT-T-TTACAT--TTT-----TT-TACATTTTATATTCCTGCAAACTATTTTCATATGAATAACCAGATTGTTG----ACCTTTC-ACTGAGGAAAGGTCGACATAC--ACTTTAGG-AAATATTCTTTCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCATT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACAA-AA--AA---------T--A-TA---ATATTAATTGATCTC----CATGACTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAAAAACATCTGTATGACTTAACGATGC--AC---T-------AAAACATTCTA-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCAATACATGTATTTGATTTATTGTAT--AGATG-TAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA----ATTATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----GTTTGG--TGTT-----TATC-T-ATGAAT-TAGCTA-----TATTT---TCATA----TATAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AAATTAATA-AC--AC-TTGTATAT--A-CAAAAAT--ATTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCTTGAAGTATGCT------TG----------TTT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|7 : tgttttatataacattatcatatgtACAT--TTT----TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTAATATGAATAACCAAATAGTTG----ATGTTTTGAGTGAAGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATGTTATCA-----------------GTTACATAATAACACGAT-CTATCCAT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAACGATGGTGATAT---ACCA-AACAAA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CGTGCTTAAA-GTACTTTACGTTTACATGAACTACGATCTGTAAGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCGA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATAT---GTAA--AGATC-AAA-CTC---TATGCAT---CATACTAT-GGTGATAC--------CT-TCTCCAAAC---AATATGTG----------TGTCCAT------------ATGTGTAGCT-------GGC----TTTGGG--TGTA-----TATC-T-ATGAAT-TAGATA-----TATAC---TCGTA----TATAAAT---CAAGCA--------G--TATGT--G-G-AAATT-----GT--A--GTGTACAT--A-CAAAA-T--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTTAAA-TAA-ACTACTactaaat
gi|8 : GAAAGATCAAC-TATTCATTTT-GT-AAATACTTGATCATAATATACTAAAATTATATTTTAGAATAATAACACGTTATTTTG------------TGACTTTGAAATATTTTGTTTACTTTGGAA-AACGATGATAATATACCA-AAC-AA---------G-TA-TC---ATACATAATCAACTGAGTGTATGCTTAAA-ATAC-----GTTTATATGCAATAGCATCGGTCTGACTTAACGATGA--GC---TGT-----AA--CAGTCTA-A-----TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTTTATGAGATATTGTAA--TGATTGAAA-TTA---TGTGCAT---TATGTTAT-TGTGATAC--------CT-ACTCAAAA----GACATGTG----------TATATAT------------ATCCGTAGCT-------A-T----TTTGGG--TGCA-----AAGC-T-ATGACA-TAGACA-----TATAC---TCATA----TATAAAT---CAAATA--------T--TA--TATG-G-AAATT-----GT--A--TAGTATAT--A-CAATATT--GCTAC-TTTTAT--TGTTCG-CCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGAATCCTTATGGGCTT---T-TAGATTAATGGG----TTAAAA-T-A-ACTACTactactattattac
gi|9 : tcattaaacT---TACAT-T-TTACAT--TTTT--ATTT-TATATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ATATTTC-AGTGAGTAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GA-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATACTAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA--AA---------T-TA-TG---ATATGAAATGATCT------------------AC-----GTTTACATAAAATAACAGCTGTATGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACGGTATA-A-CTG-TTTGT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATGTATTTAATATATTGTAA--AGATA-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTGT-TGTAACAC--------TT-TCTCCAAA----ATGATGTG----------TGTACAC------------ATGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTA-----TATC-T-ATGAAT-TAGATA-----TATTC---TCGTA----TATAAATAAAAAAACA--------T--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTCCAT--A-CAAAATC--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-T------------------------------------TATATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAC-CAA-ACTACtctagcacgtcaggacaggcaaaaaatatatcgcacacataccg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATACAGAATTGGCACAGCAGAATAAATTATTCAAGCAGAGCACTGTAATATAAAAAAAAACAGAACATGTTTTAGATTTTAGCCTTTTTTCAGAAAGCAATACAAAGCATCGAACTATTGGAAATATCCAAGTATGTTTAAATTTATTAAATTGATTAATTCAGAAAATTAAATCGAATTAAACAAATTGTGCATGTTTGTGTATAAAGCTTTCTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTCGCCAATTAATATGTGCATGTGGTGTGCGTTATGTAAAATGAAAACTTTAAAATGTAAATATTTTATTAAAGTGACATGTATATGTAAACTTATATGTGTATAATATAATTAGTAGTACCAAATAAGAAAATAACTGTTTAAAGTTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TCAAACAGTGTGTGGTCGTAAAGTATGCACAAAATGTAAGGCTGTCTTTTACTGTTC
Unaligned ( gi|36 ): CTATCATAATGCAATTAAACGACAAAATTGCATAGTCAATAAATGGCCAC
Unaligned ( gi|37 ): AATACGTTTTAGTTTACTGTTCTATACACGACACACAA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222222222222222 111111111111 11111111 111 111111111 22222222222 1111111111 111111111111 11111111111 11 1111
lowQualScore : 0 2 3 777 4 4 55 1111 3 7777 3 33 2 2 11111111111111111 0 1 2 1 555555555555 1 00000000 555 111 2 99 111111111 44 2 7777 6666 0 2 77777 0 2 444 33333333333 2 44 2 2 0 0 33 2 8 888 444 2 0 99999999 2 999 0000000000 222222222222 8888888 5555 33 1 66666 2 33 555555 2 2 777 33 4444 333 55555555555 11 77 3 3 88888 22 4444 22 1 3 44 1 2 22 1 555555 7777777777 1 333 1 333 4 2
lowQualScore : . . . ... . . .. .... . .... . .. . . ................. . . . . ............ . ........ ... ... . .. ......... .. . .... .... . . ..... . . ... ........... . .. . . . . .. . . ... ... . . ........ . ... .......... ............ ....... .... .. . ..... . .. ...... . . ... .. .... ... ........... .. .. . . ..... .. .... .. . . .. . . .. . ...... .......... . ... . ... . .
lowQualScore : 8 5 3 888 4 4 00 6666 6 1111 3 77 7 7 55555555555555555 8 5 9 6 888888888888 9 44444444 000 444 9 66 444444444 44 9 6666 1111 7 9 11111 4 5 666 77777777777 9 66 9 9 3 1 77 7 0 333 777 7 7 11111111 5 999 3333333333 888888888888 1111111 3333 44 5 22222 4 88 777777 2 2 888 11 7777 555 66666666666 88 55 6 6 44444 55 5555 55 8 6 88 8 0 66 8 000000 6666666666 7 000 7 333 0 4
consensus : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--AA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
Reference ( family-873 ) : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--AA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
gi|1 : ATTT-----CAT-T-TTACTT--TTTT---TTT-TACATTTCA-------GCAAGTTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTAAGGAAAGGTCGACATAT--GCTTT-GG-AAATATTCTGTCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGATTTCCAGGTA--------A---TGGAATGATGGCGA---TATAACA-AA--A------------TA-TAAGCATGCAAAATCATCTC----CATG-CTAGACGTAT-----G-TAATGTGAAATAGCA----CCTGACTTAACGATGC---C---A-T-----AAAACATTCTATATTTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTTAA-A-ATG---GTGATATATTGTTA--AGATC-AAA-TTC---TGTGC--------------------AC--------CT-TCTCCAAA-TATATGTG----------TATACATATGTGTATACATATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-AGGATATAAATT-ATA-C---T--CGTA----TCTAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AATTT-----GT--A--GAGTATAT--A-CAAAATG--ACTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TTT-TTGTATCCCTATGGGCTT---T-AAGCCTTATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTA
gi|10 : atattagaattaacacagaaaatgcttgtcaattactttttgtgtcacggtgaaaatatttaccattacaaaatcttttaaacgttcagaatctacgtcttgcgattctttctagcaggcaaaccTGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TATATTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GG-AAATAGTCTATCA-----------------ATTTGAAAACACTAAAAT-CTACCgacataccatt
gi|11 : gattaattccgaaaatgaaatagaaatacagaaattgggcatgtttgcttataaaggtttcttggtgagaaatgagtatatgtttgcaaattaatatgtgtttgtggtgcgcgttatgtaaaatgaaaatgtaaatatttggttaatgtgacatgtatatgatagatatgtaaacgtaaatgtgtaaaatataattagtagcatcgaataataaaatgagtttttaaagtttcggttgtctaagtgtaaacattgcaatggcatatgcaaatactttttaaatggttaccggaaTAA--ACTTT-GG-AAATATTTCATCA-----------------ATTGCAGAATAATAAAAT-CGATCTTT------------TGTTTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATAGTGATAT---ACCATAC--AA---------T-TA-TC---ATACGCAATCATCTC----TATACTTAAA-GTAC-----GGTTACACGCAATAAAATCTGTCTGACTTAACGATGA--GC---T-------ATAACAGTATA-T-TTG-TTTTT-GTTTTGTACT---CAAATTTGATACATGTATTTGAGATATAGTAA--AGTTC-AAAATTC---TGTTTAT---T-TACTAT-TTAAACAC--------AA-TCTTCAAT-TACATGTG----------TACACAT------------ATAAGTAACT-------GTT----TTTGGA--TGAA-----AAGCT-ATGGAT-TAAATT-----T-ATA-C---T--TGTA----TATAAAT---CAAACA--------TA-TA--T--G-G-AAGTTGTAGAGT--AC-ATTTATAT--A-CACAA-T--GATAC-TTT-----TGTTCG-TCATGAA
gi|12 : atttgaaatggtagtggccttaagtaatgagtgtatgagtaatcaaagaatcAAT-CTATCTTT------------TTACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATAT---ACAA-AA--AAAACAACAACT-AA-TT---ATACGAAATGATCTC----CATGCTAAAA-ATAC-----GTTAACATGAA------TCTGTCTGACTTAACGATGCCTGCG--C-T-----AAAACAGTCTA-A-TTG-TTTTTTGGTTTGTACTTTTCAAATTCAATACATGCATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATATTAT-TGTGATAC--------TT-TCTCCTAA-AATATATGTATATATATATATATAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTAGGTTTATA-----TATCA-ATGAAT------------T-ATA-C---T--CGTA----T----AT---CAAACG--------TAATG--T--G-G-AAATT-----GT--A--GTGTATAT--A-CAA---TGGGTTAT-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TT----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-AAGCATAATGGAT---TTTAAA-TA
gi|13 : G----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGCCGA--TAT-------------ATACT-------------------------TGGGAAATA-T----T-CTATC---------------------------A--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-GT--AA---------T-TA-TA---ATATGAACTGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----ATTTACATGAAATAGC------------------------------------AGAAC---CTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTATTTTTCAAATTCAATGCATATATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-CTC---TGTGCAA---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAC-ATTATGTG----------TATACAT-------------TGTGTAGCT-------AGT----TTTTGG--TGTA-----TGTTTGATG----TAGATT-----T-TCT-C---T--CGTA----TACAAAT---CAAACG--------T--TG--T--G-A-AAATT-----AT--AC-TTGTATAT--A-CAAAACT--GTTAC-CTTTAC--TGTTGG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAACGGAT---TTGAAA-TAA-ACTA
gi|15 : TG----------TGTGAAT------------ATGTTTAGCT-------ATT----TACGAG--TTTACATTATATAT-ATACATGTATATA-----T-ATA-TAAAT--TATAAACATGTAAAT---CAAATAG-------TA-TA--T--G-G-ACATG-----GT--ATATTATACA---A-AAAAACT--GCTAG-TTT-AG--CGTTCG-TCATAATGTAGGCTGTATAATG----------TAT-GTGTACCCTTATAGGGTT---T-TAGCCTTGTGGGT---TGGGAT-TAA-ATTAC
gi|16 : gtacactttagcctactagtgttaaacagtttcaatttacatgtacatgcccaTATTTGAGATATGGAAACGAAATC-AAAATTC---TGTG-AT---TACACTAT-TGTGAAAC--------CT-TCTCCAAA-TATAAGCG----------TATACAC------------ATATGTAGCTCATATGCAGCTATGTTTGGN--NNNN-----NNNNN-NNNNNN-NNNNNN-----N-NNN-CGGAT--TATG----TGT---T---TATAGA--------TG-TA--T--G-A-CAATG-----GT--AC-AT-TATAT--A-TAAAAGT--G-------TTAC--TGTTCG-TCCTAAAATATGCT------TG----------AAA-A--------TATAGACTT---T-TAGCCTAatcatttatataaga
gi|17 : aattacatatcatgcttttagcct--TTTC---TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAAGTGTTG----ACCTTTC-AATGAGGAAAGGTCGACACAT--ACTTT-GG-ACATAATCTATCA-----------------GTTGCAAAATAATAAAAT-ATATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TCGAATGATGGTGATA-TAAAAGA-AA--AA---------C------------CGAAATGATCTC----CATGCTTAAA-GTAC-----GTATACA----------------TGACTTAACGATGC--ACGCGT-T-----AAAACAGTCTA-A-TTGCTTGTT-GCTTtcg
gi|18 : TCGACATAT--ACTTC-AG-AAATACTCTATCA-----------------ATTG-AAAA-AAC-AAAT-CTACCCTTCAGATAGTTTTCTGATTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGCTGATA------CA-TC--AC---------T-TACTT---ATACACAATCATCTC----TATG-CTAAA-GTAC-----GTTTACATGCAATAGCGTCTGTCTGACTTAACGATGA--GT---T-TTATAGATAACAGTCTG-A-GTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTACACGTTCGATAc
gi|19 : acatgggtgaacaagcgttaatAT-CACATA-----TTATA-T---TAATATA----TATAAAT---CAAACA--------A--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTTC-TTTTAC--CATTCG-TCATGAAATATGAT------TG----------AAT-ATGTATCCCTACGGGCTT---T-TAGCCTAATTGAT---TTGAAATTAACACTACTt
gi|2 : ttagctTGTAACATACCGACCTTGTGTTTCGTTTCGATA-AGGTGGTATTT---TATAT-T-TCACAT--TTTTT-ATTT---CATTTTATATTCCTGCAAATTATATTCATATGAATAATCAAATTTTTG----ACCTTTC-AGTGAGTAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTTTAA-----------------ATTGCAAAATAGTAAAAT-CCACCactacatataatattaacggttaacgtacaacaagacaaacaaatagtaaaatactttaat
gi|20 : atacagaattggcacagcagaataaacgattccagcagaatgctgtttcataaaaaaaaagtgcatgctttagatttcagccttatttgaactctttttcaatttcctagtcctgcacttgtcttacacgactaagtgtttcaccgaagcaagtcgattgtctcgaccagagagtatgtttagatttattgaattgattaattcagaaaatgaaatcgaagttaagaaattgggcagatatgtttattaagtagaaatgagtttttgtttgatatgtgcatgtggcgtgcgttatgtaaaataaaaagtttaaaatataaatattttattatagtgacatgtagatgaagtatgtataatcttatatatgtataatataattaatagaatataaaaccaaaaaagaaaagaagtgtttaaattaaagtttttagtttaataactgtaaacattacaatagcatatatttattaaatggttaaggtaTCATATTTGATACTTGTATTAGAGATATTGTAA--AGATC-AAAATTT---TGTTCTT---TATACTAT-TGTAATACTATTGTACCT-TCTCCAAATAAAAC-------------TATAT-T------------ATA-GTAGCT-------AAT----TCATGG--TATA-----TAGCT-ATGAGT-TAGATG-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CCAACA--------T--TA--TACG-G-AAAAT-----GT--G--TGGTATAT--A-CA
gi|21 : --T--G-G-AAATG-----GTGGAT-TC---TAA--A-CACACTT--GTTAC-GTTTAC--TAACAG-TCATGAAACGTGTT------TG----------TAC-AAGTAACCCTATTGGCGT---T-TAGTCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ATAACTggacacatttattttattctt
gi|22 : gTGA-AC--------CT-ACTCCAAA-----TGCA----------TATACAT-------------TATGT---T-------TGT----ATTGGT--T-TA-----TATAT-AT--AT----ATA-----T-ATA----------TA----TATGGAC---CAAACAGTTCACATT--CA--T--G-GTAGATT-----AA--AC-----------A-TAAAATT--AGTAT-GTTTAC--TGTTCG-TCATAGATTTTGCT------TGTATATTTGTATAT-ATGTATCACTGTGGGCTT---TATA-CCTAATAGGT---TTGaatcacattattattcattatgatagcgatatatacacaatctacgacactgattatgacacataatgtatacaaacagtt
gi|23 : at---CAAACA--------T--GA--TAAG-G-ATATA-----GT--AG-AAATATAT--A-CAAACTT--GTT-C-TT-------GTTCG-TCATTAAATATATT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGAGTTT---T-AAGCCTGATGGAT---TTGAAA-GAA-ACTCCT
gi|24 : tttatctaaatcatgtttagccaatgtttacatctaATAAAG---TAAACA--------TAGTAC-T--GCG-AAATC-----G--------GCAT------CAACATT--TTTATATTTTAC--TGTTCG-TCATGATCTATGCT------TG----------TGT-ATGTA-CCTTATGGACTT---T-TAGTCCAATGGAT---TCGAAA-TAA-cctcctatta
gi|25 : T-ATAAAT-AATAAA-----T-ATA-C---T--CGTT----CATAAAG---CTAACA--------T--TA--T--GTGCAAATT-----GT--AG-T-GTATAT--T-CAAATTTT-ATTGC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCC------TG----------TAC-ATGTATCCCTATGGGTTT---T-CAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACgtgttactacttaccgacaggagatgtagcat
gi|26 : TGTTTC---TTAATACATGTAGTATTCATGTACATGTATTATATCCTTTT--TTTTATACATTATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTAT-AGTAAGATAAGGTCGATATAT--ACTCT-GG-AAATA
gi|27 : TGTTATATATTAAGCTTGTGTTTCGTTTCGATT-AGTTGGTATTT---T--------TATAT--TCCT--A-----AAACTTTGTA-------AAACCATTT------GAATGAACAAATTGTTG----GCATTTC-CATGAGAAAATATTGACATAT--ATTTT-GGTAAATATTCTA
gi|28 : --TGTTCG-TCATGCAATATGCG------CG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGAT-----------TGATGGATACCTTTAAA-TA
gi|29 : tagacccatattcctgcatgtaacccggattacgcagagtttggaatacctatctttaaatata--TA--T--G-T-GAATT-----GC--AT-ATGTATATCAATCAAAA----AGTAT-TTTGAAAAGGTACA-TCATGAAATATTGT------TG----------TAT-ATGACTCACTGTATGCGT---T-TAGCCTAATGGAT---TTTAAA-CAA-ACTAC
gi|3 : tataTGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TATATTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GG-AAATAGTCTATCA-----------------ATTTGAAAACACTAAAAT-CTACCCTT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA--AA---------T-TG-TA---ATACTTAATGATCTA----CATGCCTAAA-GTTC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTATTACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAAAAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTAAATTCATATATTTGATATGTTGTAA--AGGTC-AAA-TTC---TATGCAT---CATACTTT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-ATTATGTG----------TGTACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGACA-----T-ATT-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTAAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATTCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACTaac
gi|30 : AAACAGTTT-----TA-TTGTT-GCTTT-TATTTATCAAAATCAAAACATATATTTGAAAAATTG-AA--ATATT-AAA-AGCAT-TATGCATTATCATACTGT-TGTGAAAC--------CA-TTTCCAAA-TAAATGTG----------
gi|31 : GGTT--------A---TGTAATGCTGGTGATA-TATA-TA-AC--AC---------T-GG-TC---ATGCGTAATCGTCTC----TTTGCCTAAA-ACAC-----G---A-AT--AATAATATTTGTCTTATTTGACGATA---AT---T-T-----TAAACA
gi|32 : TCGATTATGTAATGTGCT------TG----------TATTATGTATCCCCACGGGCTT---T-TAGCACAATGGAT---TTGAAA-TAT-ACTACTttgtttt
gi|33 : tatattaataataaACGAAATATGCT------CG----------CAT-ATATACCCGCATGGTCTTTTAT-TAACCTAATGGAT---TTGGAACTAA-ag
gi|35 : AAATATGCC------TG----------CAT-ATGTATCCGTGCAGAATT---T-TAGCTTGATGAAT---TTGAAA-Ttataattatt
gi|4 : t---TACAT-T-----AT--TTTCTTATTT-TACATTTTGTAAT-----AAGTTAT------------AAC-AATTTTTTGCATCACCTTTC-AGCGAGGAAAGGTCGACATAG--ACTTG-GG-AAATATCCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCTTT------------TGACTTTCAGCAA--------A---TGGAATGATGATGATATTATACCA-AAT-AA---------T-TA-TA---ATATGAAATGACCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTAACATGAAATAACATCTGTATGACTCAACGATGC--GC---T-T-----AAA-CAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCATATTCAATGCATGTATTTAATATATTTTAA--AGATC-AAA-TTC---TTTCCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AGTATGTG----------TGTACAT------------AAGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTA-----TATCT-ACGAAT-TAGAT------T-----C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC--TTCAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCA------TT----------TAT-ATGTATGTCTATTGACTT---T-TAGCCTAATGGTT---TTGAAA-TAA-ACTACTg
gi|5 : TT------------TGACTTCCAGCTA--------A---TGGAATGATGATGATATAATACAA-CA--AA---------TATA-TA---ATACGAAATGATTTC----GTTGCTTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCTT-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTGCTTTTCAAATTCAATACATGCATTTGGTATATTGTAA--ATATC-AAA-TAA---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATATG----------TATACAT------------ATGTCTAACT-------AGT---------A--TATA-----GATAT-AT---T-CATATG-----T-GTAGC---T--AGTA----TATGTAT------ACA--------TA-TG--T--G-T-AGCTA-----GT--AT-ATGTATAC--A-TAactactactttaataatagaccaattagtaagatcatatctcatatgaataccat
gi|5 : tttaATACATATGTCTAAC-TAGTATAT--AGAT--ATA-TTCATATGTGTAG---C-TAGTATATGT-ATAC--------ATATGTGTAGCTAGTATATG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TGAA-----TATCT-TTGAAT-TAGATA-----C-ATA-C---T--CATG----TATAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AAATT-----GT--AT-TTCTATAT--A-CAAAATT--G------TTTAC--TGTTCG-TCCTGAAATACGTT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGTCTAATGGAT---TT-AAA-TAA-ACTACTtgtgtagctagctttgggtgaatatctttgaattagatacatactcatgtataaatcaaacattatgtggaaattgtatttctatatacaaaattgtttactgttcgtcctgaaatacgtttgtatatgtatccctatgggcttttagtctaatggatttaaataaactactactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|6 : tttatttgacttccagctaatggaatgatgatgatataatacaacaaatatataatacgaaatgatttcgttgcttaaagtacgtttacatgaaataacatctgtctgacttaacgatgcgctaaaacagtcttactgtttttgttttgtgcttttcaaattcaatacatgcatttggtatattgtaaatatcaaataatgtgcatcatactattgtgataccttctccaaaaatatatgtATATATATG--ATTT---TACAT-T-TTACAT--TTT-----TT-TACATTTTATATTCCTGCAAACTATTTTCATATGAATAACCAGATTGTTG----ACCTTTC-ACTGAGGAAAGGTCGACATAC--ACTTTAGG-AAATATTCTTTCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCATT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACAA-AA--AA---------T--A-TA---ATATTAATTGATCTC----CATGACTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAAAAACATCTGTATGACTTAACGATGC--AC---T-------AAAACATTCTA-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCAATACATGTATTTGATTTATTGTAT--AGATG-TAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-ATTATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----GTTTGG--TGTT-----TATCT-ATGAAT-TAGCTA-----T-ATT-T---T--CATA----TATAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AAATTAATA-AC--AC-TTGTATAT--A-CAAAAAT--ATTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCTTGAAGTATGCT------TG----------TTT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|7 : tgttttatataacattatcatatgtACAT--TTT----TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTAATATGAATAACCAAATAGTTG----ATGTTTTGAGTGAAGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATGTTATCA-----------------GTTACATAATAACACGAT-CTATCCAT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAACGATGGTGATAT---ACCA-AACAAA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CGTGCTTAAA-GTACTTTACGTTTACATGAACTACGATCTGTAAGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCGA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATAT---GTAA--AGATC-AAA-CTC---TATGCAT---CATACTAT-GGTGATAC--------CT-TCTCCAAACAATATGTG----------TGTCCAT------------ATGTGTAGCT-------GGC----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAGCA--------G--TATGT--G-G-AAATT-----GT--A--GTGTACAT--A-CAAAA-T--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTTAAA-TAA-ACTACTactaaat
gi|8 : GAAAGATCAAC-TATTCATTTT-GT-AAATACTTGATCATAATATACTAAAATTATATTTTAGAATAATAACACGTTATTTTG------------TGACTTTGAAATATTTTGTTTACTTTGGAA-AACGATGATAATATACCA-AAC-AA---------G-TA-TC---ATACATAATCAACTGAGTGTATGCTTAAA-ATAC-----GTTTATATGCAATAGCATCGGTCTGACTTAACGATGA--GC---TGT-----AA--CAGTCTA-A-----TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTTTATGAGATATTGTAA--TGATTGAAA-TTA---TGTGCAT---TATGTTAT-TGTGATAC--------CT-ACTCAAAA-GACATGTG----------TATATAT------------ATCCGTAGCT-------A-T----TTTGGG--TGCA-----AAGCT-ATGACA-TAGACA-----T-ATA-C---T--CATA----TATAAAT---CAAATA--------T--TA--TATG-G-AAATT-----GT--A--TAGTATAT--A-CAATATT--GCTAC-TTTTAT--TGTTCG-CCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGAATCCTTATGGGCTT---T-TAGATTAATGGG----TTAAAA-T-A-ACTACTactactattattac
gi|9 : tcattaaacT---TACAT-T-TTACAT--TTTT--ATTT-TATATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ATATTTC-AGTGAGTAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GA-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATACTAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA--AA---------T-TA-TG---ATATGAAATGATCT------------------AC-----GTTTACATAAAATAACAGCTGTATGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACGGTATA-A-CTG-TTTGT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATGTATTTAATATATTGTAA--AGATA-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTGT-TGTAACAC--------TT-TCTCCAAA-ATGATGTG----------TGTACAC------------ATGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATT-C---T--CGTA----TATAAATAAAAAAACA--------T--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTCCAT--A-CAAAATC--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-T------------------------------------TATATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAC-CAA-ACTACtctagcacgtcaggacaggcaaaaaatatatcgcacacataccg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATACAGAATTGGCACAGCAGAATAAATTATTCAAGCAGAGCACTGTAATATAAAAAAAAACAGAACATGTTTTAGATTTTAGCCTTTTTTCAGAAAGCAATACAAAGCATCGAACTATTGGAAATATCCAAGTATGTTTAAATTTATTAAATTGATTAATTCAGAAAATTAAATCGAATTAAACAAATTGTGCATGTTTGTGTATAAAGCTTTCTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTCGCCAATTAATATGTGCATGTGGTGTGCGTTATGTAAAATGAAAACTTTAAAATGTAAATATTTTATTAAAGTGACATGTATATGTAAACTTATATGTGTATAATATAATTAGTAGTACCAAATAAGAAAATAACTGTTTAAAGTTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TCAAACAGTGTGTGGTCGTAAAGTATGCACAAAATGTAAGGCTGTCTTTTACTGTTC
Unaligned ( gi|36 ): CTATCATAATGCAATTAAACGACAAAATTGCATAGTCAATAAATGGCCAC
Unaligned ( gi|37 ): AATACGTTTTAGTTTACTGTTCTATACACGACACACAA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222222222222222 111111111111 11111111 111 111111111 22222222222 1111111111 111111111111 11111111111 11 1111
lowQualScore : 0 2 3 777 4 4 55 1111 3 7777 3 33 2 2 11111111111111111 0 1 2 1 555555555555 1 00000000 555 111 2 99 111111111 44 2 7777 6666 0 2 77777 0 2 444 33333333333 2 44 2 2 0 0 33 2 8 888 444 2 0 99999999 2 999 0000000000 222222222222 8888888 5555 33 1 66666 2 33 555555 2 2 777 33 4444 333 55555555555 11 77 3 3 88888 22 4444 22 1 3 44 1 2 22 1 555555 7777777777 1 333 1 333 4 2
lowQualScore : . . . ... . . .. .... . .... . .. . . ................. . . . . ............ . ........ ... ... . .. ......... .. . .... .... . . ..... . . ... ........... . .. . . . . .. . . ... ... . . ........ . ... .......... ............ ....... .... .. . ..... . .. ...... . . ... .. .... ... ........... .. .. . . ..... .. .... .. . . .. . . .. . ...... .......... . ... . ... . .
lowQualScore : 8 5 3 888 4 4 00 6666 6 1111 3 77 7 7 55555555555555555 8 5 9 6 888888888888 9 44444444 000 444 9 66 444444444 44 9 6666 1111 7 9 11111 4 5 666 77777777777 9 66 9 9 3 1 77 7 0 333 777 7 7 11111111 5 999 3333333333 888888888888 1111111 3333 44 5 22222 4 88 777777 2 2 888 11 7777 555 66666666666 88 55 6 6 44444 55 5555 55 8 6 88 8 0 66 8 000000 6666666666 7 000 7 333 0 4
consensus : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--AA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
Reference ( family-873 ) : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--AA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
gi|1 : ATTT-----CAT-T-TTACTT--TTTT---TTT-TACATTTCA-------GCAAGTTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTAAGGAAAGGTCGACATAT--GCTTT-GG-AAATATTCTGTCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGATTTCCAGGTA--------A---TGGAATGATGGCGA---TATAACA-AA--A------------TA-TAAGCATGCAAAATCATCTC----CATG-CTAGACGTAT-----G-TAATGTGAAATAGCA----CCTGACTTAACGATGC---C---A-T-----AAAACATTCTATATTTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTTAA-A-ATG---GTGATATATTGTTA--AGATC-AAA-TTC---TGTGC--------------------AC--------CT-TCTCCAAA-TATATGTG----------TATACATATGTGTATACATATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-AGGATATAAATT-ATA-C---T--CGTA----TCTAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AATTT-----GT--A--GAGTATAT--A-CAAAATG--ACTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TTT-TTGTATCCCTATGGGCTT---T-AAGCCTTATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTA
gi|10 : atattagaattaacacagaaaatgcttgtcaattactttttgtgtcacggtgaaaatatttaccattacaaaatcttttaaacgttcagaatctacgtcttgcgattctttctagcaggcaaaccTGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TATATTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GG-AAATAGTCTATCA-----------------ATTTGAAAACACTAAAAT-CTACCgacataccatt
gi|11 : gattaattccgaaaatgaaatagaaatacagaaattgggcatgtttgcttataaaggtttcttggtgagaaatgagtatatgtttgcaaattaatatgtgtttgtggtgcgcgttatgtaaaatgaaaatgtaaatatttggttaatgtgacatgtatatgatagatatgtaaacgtaaatgtgtaaaatataattagtagcatcgaataataaaatgagtttttaaagtttcggttgtctaagtgtaaacattgcaatggcatatgcaaatactttttaaatggttaccggaaTAA--ACTTT-GG-AAATATTTCATCA-----------------ATTGCAGAATAATAAAAT-CGATCTTT------------TGTTTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATAGTGATAT---ACCATAC--AA---------T-TA-TC---ATACGCAATCATCTC----TATACTTAAA-GTAC-----GGTTACACGCAATAAAATCTGTCTGACTTAACGATGA--GC---T-------ATAACAGTATA-T-TTG-TTTTT-GTTTTGTACT---CAAATTTGATACATGTATTTGAGATATAGTAA--AGTTC-AAAATTC---TGTTTAT---T-TACTAT-TTAAACAC--------AA-TCTTCAAT-TACATGTG----------TACACAT------------ATAAGTAACT-------GTT----TTTGGA--TGAA-----AAGCT-ATGGAT-TAAATT-----T-ATA-C---T--TGTA----TATAAAT---CAAACA--------TA-TA--T--G-G-AAGTTGTAGAGT--AC-ATTTATAT--A-CACAA-T--GATAC-TTT-----TGTTCG-TCATGAA
gi|12 : atttgaaatggtagtggccttaagtaatgagtgtatgagtaatcaaagaatcAAT-CTATCTTT------------TTACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATAT---ACAA-AA--AAAACAACAACT-AA-TT---ATACGAAATGATCTC----CATGCTAAAA-ATAC-----GTTAACATGAA------TCTGTCTGACTTAACGATGCCTGCG--C-T-----AAAACAGTCTA-A-TTG-TTTTTTGGTTTGTACTTTTCAAATTCAATACATGCATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATATTAT-TGTGATAC--------TT-TCTCCTAA-AATATATGTATATATATATATATAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTAGGTTTATA-----TATCA-ATGAAT------------T-ATA-C---T--CGTA----T----AT---CAAACG--------TAATG--T--G-G-AAATT-----GT--A--GTGTATAT--A-CAA---TGGGTTAT-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TT----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-AAGCATAATGGAT---TTTAAA-TA
gi|13 : G----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGCCGA--TAT-------------ATACT-------------------------TGGGAAATA-T----T-CTATC---------------------------A--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-GT--AA---------T-TA-TA---ATATGAACTGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----ATTTACATGAAATAGC------------------------------------AGAAC---CTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTATTTTTCAAATTCAATGCATATATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-CTC---TGTGCAA---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAC-ATTATGTG----------TATACAT-------------TGTGTAGCT-------AGT----TTTTGG--TGTA-----TGTTTGATG----TAGATT-----T-TCT-C---T--CGTA----TACAAAT---CAAACG--------T--TG--T--G-A-AAATT-----AT--AC-TTGTATAT--A-CAAAACT--GTTAC-CTTTAC--TGTTGG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAACGGAT---TTGAAA-TAA-ACTA
gi|15 : TG----------TGTGAAT------------ATGTTTAGCT-------ATT----TACGAG--TTTACATTATATAT-ATACATGTATATA-----T-ATA-TAAAT--TATAAACATGTAAAT---CAAATAG-------TA-TA--T--G-G-ACATG-----GT--ATATTATACA---A-AAAAACT--GCTAG-TTT-AG--CGTTCG-TCATAATGTAGGCTGTATAATG----------TAT-GTGTACCCTTATAGGGTT---T-TAGCCTTGTGGGT---TGGGAT-TAA-ATTAC
gi|16 : gtacactttagcctactagtgttaaacagtttcaatttacatgtacatgcccaTATTTGAGATATGGAAACGAAATC-AAAATTC---TGTG-AT---TACACTAT-TGTGAAAC--------CT-TCTCCAAA-TATAAGCG----------TATACAC------------ATATGTAGCTCATATGCAGCTATGTTTGGN--NNNN-----NNNNN-NNNNNN-NNNNNN-----N-NNN-CGGAT--TATG----TGT---T---TATAGA--------TG-TA--T--G-A-CAATG-----GT--AC-AT-TATAT--A-TAAAAGT--G-------TTAC--TGTTCG-TCCTAAAATATGCT------TG----------AAA-A--------TATAGACTT---T-TAGCCTAatcatttatataaga
gi|17 : aattacatatcatgcttttagcct--TTTC---TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAAGTGTTG----ACCTTTC-AATGAGGAAAGGTCGACACAT--ACTTT-GG-ACATAATCTATCA-----------------GTTGCAAAATAATAAAAT-ATATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TCGAATGATGGTGATA-TAAAAGA-AA--AA---------C------------CGAAATGATCTC----CATGCTTAAA-GTAC-----GTATACA----------------TGACTTAACGATGC--ACGCGT-T-----AAAACAGTCTA-A-TTGCTTGTT-GCTTtcg
gi|18 : TCGACATAT--ACTTC-AG-AAATACTCTATCA-----------------ATTG-AAAA-AAC-AAAT-CTACCCTTCAGATAGTTTTCTGATTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGCTGATA------CA-TC--AC---------T-TACTT---ATACACAATCATCTC----TATG-CTAAA-GTAC-----GTTTACATGCAATAGCGTCTGTCTGACTTAACGATGA--GT---T-TTATAGATAACAGTCTG-A-GTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTACACGTTCGATAc
gi|19 : acatgggtgaacaagcgttaatAT-CACATA-----TTATA-T---TAATATA----TATAAAT---CAAACA--------A--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTTC-TTTTAC--CATTCG-TCATGAAATATGAT------TG----------AAT-ATGTATCCCTACGGGCTT---T-TAGCCTAATTGAT---TTGAAATTAACACTACTt
gi|2 : ttagctTGTAACATACCGACCTTGTGTTTCGTTTCGATA-AGGTGGTATTT---TATAT-T-TCACAT--TTTTT-ATTT---CATTTTATATTCCTGCAAATTATATTCATATGAATAATCAAATTTTTG----ACCTTTC-AGTGAGTAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTTTAA-----------------ATTGCAAAATAGTAAAAT-CCACCactacatataatattaacggttaacgtacaacaagacaaacaaatagtaaaatactttaat
gi|20 : atacagaattggcacagcagaataaacgattccagcagaatgctgtttcataaaaaaaaagtgcatgctttagatttcagccttatttgaactctttttcaatttcctagtcctgcacttgtcttacacgactaagtgtttcaccgaagcaagtcgattgtctcgaccagagagtatgtttagatttattgaattgattaattcagaaaatgaaatcgaagttaagaaattgggcagatatgtttattaagtagaaatgagtttttgtttgatatgtgcatgtggcgtgcgttatgtaaaataaaaagtttaaaatataaatattttattatagtgacatgtagatgaagtatgtataatcttatatatgtataatataattaatagaatataaaaccaaaaaagaaaagaagtgtttaaattaaagtttttagtttaataactgtaaacattacaatagcatatatttattaaatggttaaggtaTCATATTTGATACTTGTATTAGAGATATTGTAA--AGATC-AAAATTT---TGTTCTT---TATACTAT-TGTAATACTATTGTACCT-TCTCCAAATAAAAC-------------TATAT-T------------ATA-GTAGCT-------AAT----TCATGG--TATA-----TAGCT-ATGAGT-TAGATG-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CCAACA--------T--TA--TACG-G-AAAAT-----GT--G--TGGTATAT--A-CA
gi|21 : --T--G-G-AAATG-----GTGGAT-TC---TAA--A-CACACTT--GTTAC-GTTTAC--TAACAG-TCATGAAACGTGTT------TG----------TAC-AAGTAACCCTATTGGCGT---T-TAGTCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ATAACTggacacatttattttattctt
gi|22 : gTGA-AC--------CT-ACTCCAAA-----TGCA----------TATACAT-------------TATGT---T-------TGT----ATTGGT--T-TA-----TATAT-AT--AT----ATA-----T-ATA----------TA----TATGGAC---CAAACAGTTCACATT--CA--T--G-GTAGATT-----AA--AC-----------A-TAAAATT--AGTAT-GTTTAC--TGTTCG-TCATAGATTTTGCT------TGTATATTTGTATAT-ATGTATCACTGTGGGCTT---TATA-CCTAATAGGT---TTGaatcacattattattcattatgatagcgatatatacacaatctacgacactgattatgacacataatgtatacaaacagtt
gi|23 : at---CAAACA--------T--GA--TAAG-G-ATATA-----GT--AG-AAATATAT--A-CAAACTT--GTT-C-TT-------GTTCG-TCATTAAATATATT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGAGTTT---T-AAGCCTGATGGAT---TTGAAA-GAA-ACTCCT
gi|24 : tttatctaaatcatgtttagccaatgtttacatctaATAAAG---TAAACA--------TAGTAC-T--GCG-AAATC-----G--------GCAT------CAACATT--TTTATATTTTAC--TGTTCG-TCATGATCTATGCT------TG----------TGT-ATGTA-CCTTATGGACTT---T-TAGTCCAATGGAT---TCGAAA-TAA-cctcctatta
gi|25 : T-ATAAAT-AATAAA-----T-ATA-C---T--CGTT----CATAAAG---CTAACA--------T--TA--T--GTGCAAATT-----GT--AG-T-GTATAT--T-CAAATTTT-ATTGC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCC------TG----------TAC-ATGTATCCCTATGGGTTT---T-CAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACgtgttactacttaccgacaggagatgtagcat
gi|26 : TGTTTC---TTAATACATGTAGTATTCATGTACATGTATTATATCCTTTT--TTTTATACATTATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTAT-AGTAAGATAAGGTCGATATAT--ACTCT-GG-AAATA
gi|27 : TGTTATATATTAAGCTTGTGTTTCGTTTCGATT-AGTTGGTATTT---T--------TATAT--TCCT--A-----AAACTTTGTA-------AAACCATTT------GAATGAACAAATTGTTG----GCATTTC-CATGAGAAAATATTGACATAT--ATTTT-GGTAAATATTCTA
gi|28 : --TGTTCG-TCATGCAATATGCG------CG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGAT-----------TGATGGATACCTTTAAA-TA
gi|29 : tagacccatattcctgcatgtaacccggattacgcagagtttggaatacctatctttaaatata--TA--T--G-T-GAATT-----GC--AT-ATGTATATCAATCAAAA----AGTAT-TTTGAAAAGGTACA-TCATGAAATATTGT------TG----------TAT-ATGACTCACTGTATGCGT---T-TAGCCTAATGGAT---TTTAAA-CAA-ACTAC
gi|3 : tataTGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TATATTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GG-AAATAGTCTATCA-----------------ATTTGAAAACACTAAAAT-CTACCCTT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA--AA---------T-TG-TA---ATACTTAATGATCTA----CATGCCTAAA-GTTC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTATTACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAAAAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTAAATTCATATATTTGATATGTTGTAA--AGGTC-AAA-TTC---TATGCAT---CATACTTT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-ATTATGTG----------TGTACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGACA-----T-ATT-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTAAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATTCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACTaac
gi|30 : AAACAGTTT-----TA-TTGTT-GCTTT-TATTTATCAAAATCAAAACATATATTTGAAAAATTG-AA--ATATT-AAA-AGCAT-TATGCATTATCATACTGT-TGTGAAAC--------CA-TTTCCAAA-TAAATGTG----------
gi|31 : GGTT--------A---TGTAATGCTGGTGATA-TATA-TA-AC--AC---------T-GG-TC---ATGCGTAATCGTCTC----TTTGCCTAAA-ACAC-----G---A-AT--AATAATATTTGTCTTATTTGACGATA---AT---T-T-----TAAACA
gi|32 : TCGATTATGTAATGTGCT------TG----------TATTATGTATCCCCACGGGCTT---T-TAGCACAATGGAT---TTGAAA-TAT-ACTACTttgtttt
gi|33 : tatattaataataaACGAAATATGCT------CG----------CAT-ATATACCCGCATGGTCTTTTAT-TAACCTAATGGAT---TTGGAACTAA-ag
gi|35 : AAATATGCC------TG----------CAT-ATGTATCCGTGCAGAATT---T-TAGCTTGATGAAT---TTGAAA-Ttataattatt
gi|4 : t---TACAT-T-----AT--TTTCTTATTT-TACATTTTGTAAT-----AAGTTAT------------AAC-AATTTTTTGCATCACCTTTC-AGCGAGGAAAGGTCGACATAG--ACTTG-GG-AAATATCCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCTTT------------TGACTTTCAGCAA--------A---TGGAATGATGATGATATTATACCA-AAT-AA---------T-TA-TA---ATATGAAATGACCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTAACATGAAATAACATCTGTATGACTCAACGATGC--GC---T-T-----AAA-CAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCATATTCAATGCATGTATTTAATATATTTTAA--AGATC-AAA-TTC---TTTCCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AGTATGTG----------TGTACAT------------AAGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTA-----TATCT-ACGAAT-TAGAT------T-----C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC--TTCAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCA------TT----------TAT-ATGTATGTCTATTGACTT---T-TAGCCTAATGGTT---TTGAAA-TAA-ACTACTg
gi|5 : TT------------TGACTTCCAGCTA--------A---TGGAATGATGATGATATAATACAA-CA--AA---------TATA-TA---ATACGAAATGATTTC----GTTGCTTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCTT-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTGCTTTTCAAATTCAATACATGCATTTGGTATATTGTAA--ATATC-AAA-TAA---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATATG----------TATACAT------------ATGTCTAACT-------AGT---------A--TATA-----GATAT-AT---T-CATATG-----T-GTAGC---T--AGTA----TATGTAT------ACA--------TA-TG--T--G-T-AGCTA-----GT--AT-ATGTATAC--A-TAactactactttaataatagaccaattagtaagatcatatctcatatgaataccat
gi|5 : tttaATACATATGTCTAAC-TAGTATAT--AGAT--ATA-TTCATATGTGTAG---C-TAGTATATGT-ATAC--------ATATGTGTAGCTAGTATATG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TGAA-----TATCT-TTGAAT-TAGATA-----C-ATA-C---T--CATG----TATAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AAATT-----GT--AT-TTCTATAT--A-CAAAATT--G------TTTAC--TGTTCG-TCCTGAAATACGTT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGTCTAATGGAT---TT-AAA-TAA-ACTACTtgtgtagctagctttgggtgaatatctttgaattagatacatactcatgtataaatcaaacattatgtggaaattgtatttctatatacaaaattgtttactgttcgtcctgaaatacgtttgtatatgtatccctatgggcttttagtctaatggatttaaataaactactactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|6 : tttatttgacttccagctaatggaatgatgatgatataatacaacaaatatataatacgaaatgatttcgttgcttaaagtacgtttacatgaaataacatctgtctgacttaacgatgcgctaaaacagtcttactgtttttgttttgtgcttttcaaattcaatacatgcatttggtatattgtaaatatcaaataatgtgcatcatactattgtgataccttctccaaaaatatatgtATATATATG--ATTT---TACAT-T-TTACAT--TTT-----TT-TACATTTTATATTCCTGCAAACTATTTTCATATGAATAACCAGATTGTTG----ACCTTTC-ACTGAGGAAAGGTCGACATAC--ACTTTAGG-AAATATTCTTTCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCATT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACAA-AA--AA---------T--A-TA---ATATTAATTGATCTC----CATGACTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAAAAACATCTGTATGACTTAACGATGC--AC---T-------AAAACATTCTA-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCAATACATGTATTTGATTTATTGTAT--AGATG-TAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-ATTATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----GTTTGG--TGTT-----TATCT-ATGAAT-TAGCTA-----T-ATT-T---T--CATA----TATAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AAATTAATA-AC--AC-TTGTATAT--A-CAAAAAT--ATTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCTTGAAGTATGCT------TG----------TTT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|7 : tgttttatataacattatcatatgtACAT--TTT----TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTAATATGAATAACCAAATAGTTG----ATGTTTTGAGTGAAGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATGTTATCA-----------------GTTACATAATAACACGAT-CTATCCAT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAACGATGGTGATAT---ACCA-AACAAA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CGTGCTTAAA-GTACTTTACGTTTACATGAACTACGATCTGTAAGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCGA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATAT---GTAA--AGATC-AAA-CTC---TATGCAT---CATACTAT-GGTGATAC--------CT-TCTCCAAACAATATGTG----------TGTCCAT------------ATGTGTAGCT-------GGC----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAGCA--------G--TATGT--G-G-AAATT-----GT--A--GTGTACAT--A-CAAAA-T--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTTAAA-TAA-ACTACTactaaat
gi|8 : GAAAGATCAAC-TATTCATTTT-GT-AAATACTTGATCATAATATACTAAAATTATATTTTAGAATAATAACACGTTATTTTG------------TGACTTTGAAATATTTTGTTTACTTTGGAA-AACGATGATAATATACCA-AAC-AA---------G-TA-TC---ATACATAATCAACTGAGTGTATGCTTAAA-ATAC-----GTTTATATGCAATAGCATCGGTCTGACTTAACGATGA--GC---TGT-----AA--CAGTCTA-A-----TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTTTATGAGATATTGTAA--TGATTGAAA-TTA---TGTGCAT---TATGTTAT-TGTGATAC--------CT-ACTCAAAA-GACATGTG----------TATATAT------------ATCCGTAGCT-------A-T----TTTGGG--TGCA-----AAGCT-ATGACA-TAGACA-----T-ATA-C---T--CATA----TATAAAT---CAAATA--------T--TA--TATG-G-AAATT-----GT--A--TAGTATAT--A-CAATATT--GCTAC-TTTTAT--TGTTCG-CCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGAATCCTTATGGGCTT---T-TAGATTAATGGG----TTAAAA-T-A-ACTACTactactattattac
gi|9 : tcattaaacT---TACAT-T-TTACAT--TTTT--ATTT-TATATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ATATTTC-AGTGAGTAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GA-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATACTAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA--AA---------T-TA-TG---ATATGAAATGATCT------------------AC-----GTTTACATAAAATAACAGCTGTATGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACGGTATA-A-CTG-TTTGT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATGTATTTAATATATTGTAA--AGATA-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTGT-TGTAACAC--------TT-TCTCCAAA-ATGATGTG----------TGTACAC------------ATGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATT-C---T--CGTA----TATAAATAAAAAAACA--------T--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTCCAT--A-CAAAATC--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-T------------------------------------TATATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAC-CAA-ACTACtctagcacgtcaggacaggcaaaaaatatatcgcacacataccg
blockSeqs : T C ATG G A CC CTTA A CATC G TC A T TAATATACTAAAATTAT C G T CAGATAGTTTTC G TTTTGTTT CTT TTA T CA AACAACAAC AT C C AGTG . TTTAC C CCT TTTATAG . T C T CG G A ATA TAT A TATTGTAC A TAA TATATATATA . CATATGC TATG TT G CATTA G GT T T G AAA AA AACA AAA GTTCACATT TG AC C T GTAGA GG TATT CA T C GG A A AA A GTATAA TATATTTGTA T TTA A ACC T C
blockSeqs : T T . . . . TTA . . . . . . . A . T . G . . TTC . T . T . T . . . C A GCGTT . T . . . . A AT . . . . TAG . . . . . A . . T T . . GGA . . . TAA TG AA T C AATA . CAT . . C T T . . . . . . . . . C .
blockSeqs : G . . . . . CA . . . . . . . A . C . G . . TTA . C . A . A . . . C C GCT . C . . . . A . . . . . CAA . . . . . G . . T A . . . . . . GTA TG AT . . . . CTT . . G . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . . . A . C . G . . TAA . . . T . T . . . A A TGT . T . . . . . . . . . . TA . . . . . T . . N N . . . . . . TAG C . . . . . CAT . . T . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TA . . . . . . . G . C . C . . TTA . . . T . A . . . C C TT . G . . . . . . . . . . AA . . . . . N . . C A . . . . . . TA . . . . . . CTT . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . CA . . . . . . . C . T . G . . ATA . . . T . C . . . A C TT . C . . . . . . . . . . AT . . . . . A . . T G . . . . . . TG . . . . . . TTC . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TA . . . . . . . A . A . C . . TTC . . . G . A . . . C C TT . C . . . . . . . . . . TA . . . . . G . . A A . . . . . . TA . . . . . . GAA . . T . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . A . C . C . . TA . . . T . A . . . A C T . C . . . . . . . . . . AT . . . . . T . . T A . . . . . . T . . . . . . TAT . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . T . C . . TA . . . T . A . . . A C T . C . . . . . . . . . . TA . . . . . A . . T A . . . . . . A . . . . . . CTT . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . C . G . . T . . . T . A . . . C A T . C . . . . . . . . . . AG . . . . . G . . C G . . . . . . T . . . . . . CTT . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . A . . T . . . T . C . . . A C T . C . . . . . . . . . . AA . . . . . G . . T A . . . . . . T . . . . . . TAT . . T . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . T . . . . . G . . . . . T . . . . . . . . . . . . AT . . . . . G . . T A . . . . . . T . . . . . . TTT . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GA . . . . . G . . T A . . . . . . T . . . . . . CTT . . A . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AT . . . . . T . . T A . . . . . . T . . . . . . CTT . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T A . . . . . . T . . . . . . GT . . T . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . TG . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . GT . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . GT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CA** TTA N*** TT********* C* ************ A***** ** CTT*
originalCons : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--AA---------T-TA-TA---ATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
finalCons : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTCA--TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--AA---------T-TA-TN---ATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GCTT---------AAAACAGTCTA-AC-TG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--ACTT-GTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATACAGAATTGGCACAGCAGAATAAATTATTCAAGCAGAGCACTGTAATATAAAAAAAAACAGAACATGTTTTAGATTTTAGCCTTTTTTCAGAAAGCAATACAAAGCATCGAACTATTGGAAATATCCAAGTATGTTTAAATTTATTAAATTGATTAATTCAGAAAATTAAATCGAATTAAACAAATTGTGCATGTTTGTGTATAAAGCTTTCTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTCGCCAATTAATATGTGCATGTGGTGTGCGTTATGTAAAATGAAAACTTTAAAATGTAAATATTTTATTAAAGTGACATGTATATGTAAACTTATATGTGTATAATATAATTAGTAGTACCAAATAAGAAAATAACTGTTTAAAGTTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TCAAACAGTGTGTGGTCGTAAAGTATGCACAAAATGTAAGGCTGTCTTTTACTGTTC
Unaligned ( gi|36 ): CTATCATAATGCAATTAAACGACAAAATTGCATAGTCAATAAATGGCCAC
Unaligned ( gi|37 ): AATACGTTTTAGTTTACTGTTCTATACACGACACACAA
Alignments
lowQualScore : 1 2222 22222222222222222 111111111111 11111111 111 111111111111 22222222222 1111111111 111111111111 11111111111 11 1111
lowQualScore : 0 2 3 777 4 4 55 1111 3 7777 3 33 2 2 11111111111111111 0 1 2 1 555555555555 1 00000000 555 111 2 99 2 111111111111 2 2 6666 0 2 77777 0 2 444 33333333333 2 44 2 2 0 0 33 2 8 888 444 2 0 99999999 2 999 0000000000 222222222222 8888888 5555 33 1 66666 2 33 555555 2 2 777 33 4444 333 55555555555 11 77 3 3 88888 22 4444 22 1 3 44 1 2 22 1 555555 7777777777 1 333 1 333 4 2
lowQualScore : . . . ... . . .. .... . .... . .. . . ................. . . . . ............ . ........ ... ... . .. . ............ . . .... . . ..... . . ... ........... . .. . . . . .. . . ... ... . . ........ . ... .......... ............ ....... .... .. . ..... . .. ...... . . ... .. .... ... ........... .. .. . . ..... .. .... .. . . .. . . .. . ...... .......... . ... . ... . .
lowQualScore : 8 5 3 888 4 4 00 6666 6 1111 3 77 7 7 55555555555555555 8 5 9 6 888888888888 9 44444444 000 444 9 66 9 555555555555 9 0 1111 7 9 11111 4 5 666 77777777777 9 66 9 9 3 1 77 7 0 333 777 7 7 11111111 5 999 3333333333 888888888888 1111111 3333 44 5 22222 4 88 777777 2 2 888 11 7777 555 66666666666 88 55 6 6 44444 55 5555 55 8 6 88 8 0 66 8 000000 6666666666 7 000 7 333 0 4
consensus : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--A-A---------T-TA-TNATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
Reference ( family-873 ) : TGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-AA--A-A---------T-TA-TNATACGAAATGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAACAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACT
gi|1 : ATTT-----CAT-T-TTACTT--TTTT---TTT-TACATTTCA-------GCAAGTTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTTC-AGTAAGGAAAGGTCGACATAT--GCTTT-GG-AAATATTCTGTCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCCTT------------TGATTTCCAGGTA--------A---TGGAATGATGGCGA---TATAACA-AA--ATA---------T-AA-GCATGCAAAATCATCTC----CATG-CTAGACGTAT-----G-TAATGTGAAATAGCA----CCTGACTTAACGATGC---C---A-T-----AAAACATTCTATATTTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTTAA-A-ATG---GTGATATATTGTTA--AGATC-AAA-TTC---TGTGC--------------------AC--------CT-TCTCCAAA-TATATGTG----------TATACATATGTGTATACATATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-AGGATATAAATT-ATA-C---T--CGTA----TCTAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AATTT-----GT--A--GAGTATAT--A-CAAAATG--ACTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TG----------TTT-TTGTATCCCTATGGGCTT---T-AAGCCTTATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTA
gi|10 : atattagaattaacacagaaaatgcttgtcaattactttttgtgtcacggtgaaaatatttaccattacaaaatcttttaaacgttcagaatctacgtcttgcgattctttctagcaggcaaaccTGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TATATTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GG-AAATAGTCTATCA-----------------ATTTGAAAACACTAAAAT-CTACCgacataccatt
gi|11 : gattaattccgaaaatgaaatagaaatacagaaattgggcatgtttgcttataaaggtttcttggtgagaaatgagtatatgtttgcaaattaatatgtgtttgtggtgcgcgttatgtaaaatgaaaatgtaaatatttggttaatgtgacatgtatatgatagatatgtaaacgtaaatgtgtaaaatataattagtagcatcgaataataaaatgagtttttaaagtttcggttgtctaagtgtaaacattgcaatggcatatgcaaatactttttaaatggttaccggaaTAA--ACTTT-GG-AAATATTTCATCA-----------------ATTGCAGAATAATAAAAT-CGATCTTT------------TGTTTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATAGTGATAT---ACCATAC--A-A---------T-TA-TCATACGCAATCATCTC----TATACTTAAA-GTAC-----GGTTACACGCAATAAAATCTGTCTGACTTAACGATGA--GC---T-------ATAACAGTATA-T-TTG-TTTTT-GTTTTGTACT---CAAATTTGATACATGTATTTGAGATATAGTAA--AGTTC-AAAATTC---TGTTTAT---T-TACTAT-TTAAACAC--------AA-TCTTCAAT-TACATGTG----------TACACAT------------ATAAGTAACT-------GTT----TTTGGA--TGAA-----AAGCT-ATGGAT-TAAATT-----T-ATA-C---T--TGTA----TATAAAT---CAAACA--------TA-TA--T--G-G-AAGTTGTAGAGT--AC-ATTTATAT--A-CACAA-T--GATAC-TTT-----TGTTCG-TCATGAA
gi|12 : atttgaaatggtagtggccttaagtaatgagtgtatgagtaatcaaagaatcAAT-CTATCTTT------------TTACTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGGTGATAT---ACAA-AA--A-AAACAACAACT-AA-TTATACGAAATGATCTC----CATGCTAAAA-ATAC-----GTTAACATGAA------TCTGTCTGACTTAACGATGCCTGCG--C-T-----AAAACAGTCTA-A-TTG-TTTTTTGGTTTGTACTTTTCAAATTCAATACATGCATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-TTC---TGTGCAT---CATATTAT-TGTGATAC--------TT-TCTCCTAA-AATATATGTATATATATATATATAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTAGGTTTATA-----TATCA-ATGAAT------------T-ATA-C---T--CGTA----T----AT---CAAACG--------TAATG--T--G-G-AAATT-----GT--A--GTGTATAT--A-CAA---TGGGTTAT-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCT------TT----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-AAGCATAATGGAT---TTTAAA-TA
gi|13 : G----ACCTTTC-AGTGAGGAAAGGCCGA--TAT-------------ATACT-------------------------TGGGAAATA-T----T-CTATC---------------------------A--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACCA-GT--A-A---------T-TA-TAATATGAACTGATCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----ATTTACATGAAATAGC------------------------------------AGAAC---CTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTATTTTTCAAATTCAATGCATATATTTAATATATTGTAA--AGATC-AAA-CTC---TGTGCAA---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAC-ATTATGTG----------TATACAT-------------TGTGTAGCT-------AGT----TTTTGG--TGTA-----TGTTTGATG----TAGATT-----T-TCT-C---T--CGTA----TACAAAT---CAAACG--------T--TG--T--G-A-AAATT-----AT--AC-TTGTATAT--A-CAAAACT--GTTAC-CTTTAC--TGTTGG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAACGGAT---TTGAAA-TAA-ACTA
gi|15 : TG----------TGTGAAT------------ATGTTTAGCT-------ATT----TACGAG--TTTACATTATATAT-ATACATGTATATA-----T-ATA-TAAAT--TATAAACATGTAAAT---CAAATAG-------TA-TA--T--G-G-ACATG-----GT--ATATTATACA---A-AAAAACT--GCTAG-TTT-AG--CGTTCG-TCATAATGTAGGCTGTATAATG----------TAT-GTGTACCCTTATAGGGTT---T-TAGCCTTGTGGGT---TGGGAT-TAA-ATTAC
gi|16 : gtacactttagcctactagtgttaaacagtttcaatttacatgtacatgcccaTATTTGAGATATGGAAACGAAATC-AAAATTC---TGTG-AT---TACACTAT-TGTGAAAC--------CT-TCTCCAAA-TATAAGCG----------TATACAC------------ATATGTAGCTCATATGCAGCTATGTTTGGN--NNNN-----NNNNN-NNNNNN-NNNNNN-----N-NNN-CGGAT--TATG----TGT---T---TATAGA--------TG-TA--T--G-A-CAATG-----GT--AC-AT-TATAT--A-TAAAAGT--G-------TTAC--TGTTCG-TCCTAAAATATGCT------TG----------AAA-A--------TATAGACTT---T-TAGCCTAatcatttatataaga
gi|17 : aattacatatcatgcttttagcct--TTTC---TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAAGTGTTG----ACCTTTC-AATGAGGAAAGGTCGACACAT--ACTTT-GG-ACATAATCTATCA-----------------GTTGCAAAATAATAAAAT-ATATCCTT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TCGAATGATGGTGATA-TAAAAGA-AA--A-A---------C---------CGAAATGATCTC----CATGCTTAAA-GTAC-----GTATACA----------------TGACTTAACGATGC--ACGCGT-T-----AAAACAGTCTA-A-TTGCTTGTT-GCTTtcg
gi|18 : TCGACATAT--ACTTC-AG-AAATACTCTATCA-----------------ATTG-AAAA-AAC-AAAT-CTACCCTTCAGATAGTTTTCTGATTTTCAGGTA--------A---TGGAATGATGCTGATA------CA-TC--A-C---------T-TACTTATACACAATCATCTC----TATG-CTAAA-GTAC-----GTTTACATGCAATAGCGTCTGTCTGACTTAACGATGA--GT---T-TTATAGATAACAGTCTG-A-GTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTACACGTTCGATAc
gi|19 : acatgggtgaacaagcgttaatAT-CACATA-----TTATA-T---TAATATA----TATAAAT---CAAACA--------A--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTTC-TTTTAC--CATTCG-TCATGAAATATGAT------TG----------AAT-ATGTATCCCTACGGGCTT---T-TAGCCTAATTGAT---TTGAAATTAACACTACTt
gi|2 : ttagctTGTAACATACCGACCTTGTGTTTCGTTTCGATA-AGGTGGTATTT---TATAT-T-TCACAT--TTTTT-ATTT---CATTTTATATTCCTGCAAATTATATTCATATGAATAATCAAATTTTTG----ACCTTTC-AGTGAGTAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATTCTTTAA-----------------ATTGCAAAATAGTAAAAT-CCACCactacatataatattaacggttaacgtacaacaagacaaacaaatagtaaaatactttaat
gi|20 : atacagaattggcacagcagaataaacgattccagcagaatgctgtttcataaaaaaaaagtgcatgctttagatttcagccttatttgaactctttttcaatttcctagtcctgcacttgtcttacacgactaagtgtttcaccgaagcaagtcgattgtctcgaccagagagtatgtttagatttattgaattgattaattcagaaaatgaaatcgaagttaagaaattgggcagatatgtttattaagtagaaatgagtttttgtttgatatgtgcatgtggcgtgcgttatgtaaaataaaaagtttaaaatataaatattttattatagtgacatgtagatgaagtatgtataatcttatatatgtataatataattaatagaatataaaaccaaaaaagaaaagaagtgtttaaattaaagtttttagtttaataactgtaaacattacaatagcatatatttattaaatggttaaggtaTCATATTTGATACTTGTATTAGAGATATTGTAA--AGATC-AAAATTT---TGTTCTT---TATACTAT-TGTAATACTATTGTACCT-TCTCCAAATAAAAC-------------TATAT-T------------ATA-GTAGCT-------AAT----TCATGG--TATA-----TAGCT-ATGAGT-TAGATG-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CCAACA--------T--TA--TACG-G-AAAAT-----GT--G--TGGTATAT--A-CA
gi|21 : --T--G-G-AAATG-----GTGGAT-TC---TAA--A-CACACTT--GTTAC-GTTTAC--TAACAG-TCATGAAACGTGTT------TG----------TAC-AAGTAACCCTATTGGCGT---T-TAGTCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ATAACTggacacatttattttattctt
gi|22 : gTGA-AC--------CT-ACTCCAAA-----TGCA----------TATACAT-------------TATGT---T-------TGT----ATTGGT--T-TA-----TATAT-AT--AT----ATA-----T-ATA----------TA----TATGGAC---CAAACAGTTCACATT--CA--T--G-GTAGATT-----AA--AC-----------A-TAAAATT--AGTAT-GTTTAC--TGTTCG-TCATAGATTTTGCT------TGTATATTTGTATAT-ATGTATCACTGTGGGCTT---TATA-CCTAATAGGT---TTGaatcacattattattcattatgatagcgatatatacacaatctacgacactgattatgacacataatgtatacaaacagtt
gi|23 : at---CAAACA--------T--GA--TAAG-G-ATATA-----GT--AG-AAATATAT--A-CAAACTT--GTT-C-TT-------GTTCG-TCATTAAATATATT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGAGTTT---T-AAGCCTGATGGAT---TTGAAA-GAA-ACTCCT
gi|24 : tttatctaaatcatgtttagccaatgtttacatctaATAAAG---TAAACA--------TAGTAC-T--GCG-AAATC-----G--------GCAT------CAACATT--TTTATATTTTAC--TGTTCG-TCATGATCTATGCT------TG----------TGT-ATGTA-CCTTATGGACTT---T-TAGTCCAATGGAT---TCGAAA-TAA-cctcctatta
gi|25 : T-ATAAAT-AATAAA-----T-ATA-C---T--CGTT----CATAAAG---CTAACA--------T--TA--T--GTGCAAATT-----GT--AG-T-GTATAT--T-CAAATTTT-ATTGC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCC------TG----------TAC-ATGTATCCCTATGGGTTT---T-CAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACgtgttactacttaccgacaggagatgtagcat
gi|26 : TGTTTC---TTAATACATGTAGTATTCATGTACATGTATTATATCCTTTT--TTTTATACATTATATATTCCTGCCAATTATTCTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ACCTTAT-AGTAAGATAAGGTCGATATAT--ACTCT-GG-AAATA
gi|27 : TGTTATATATTAAGCTTGTGTTTCGTTTCGATT-AGTTGGTATTT---T--------TATAT--TCCT--A-----AAACTTTGTA-------AAACCATTT------GAATGAACAAATTGTTG----GCATTTC-CATGAGAAAATATTGACATAT--ATTTT-GGTAAATATTCTA
gi|28 : --TGTTCG-TCATGCAATATGCG------CG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGAT-----------TGATGGATACCTTTAAA-TA
gi|29 : tagacccatattcctgcatgtaacccggattacgcagagtttggaatacctatctttaaatata--TA--T--G-T-GAATT-----GC--AT-ATGTATATCAATCAAAA----AGTAT-TTTGAAAAGGTACA-TCATGAAATATTGT------TG----------TAT-ATGACTCACTGTATGCGT---T-TAGCCTAATGGAT---TTTAAA-CAA-ACTAC
gi|3 : tataTGTAACATGCCAATCCGGTGTTTCGTTTCGATA-ATGTGGTATTT---TACAT-T-TTACAT--TTTC--ATTT-TATATTCTATATTCCTGCAAATTATTTTCATACGAATAACCAAATTGTTG----ATCTTTC-AGTGAGGAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GG-AAATAGTCTATCA-----------------ATTTGAAAACACTAAAAT-CTACCCTT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA--A-A---------T-TG-TAATACTTAATGATCTA----CATGCCTAAA-GTTC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTATTACTTAACGATGC--GC---T-T-----AAAAAAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTAAATTCATATATTTGATATGTTGTAA--AGGTC-AAA-TTC---TATGCAT---CATACTTT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-ATTATGTG----------TGTACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGACA-----T-ATT-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TA--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTAAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGAAATACGCT------TG----------TAT-ATGTATTCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAA-TAA-ACTACTaac
gi|30 : AAACAGTTT-----TA-TTGTT-GCTTT-TATTTATCAAAATCAAAACATATATTTGAAAAATTG-AA--ATATT-AAA-AGCAT-TATGCATTATCATACTGT-TGTGAAAC--------CA-TTTCCAAA-TAAATGTG----------
gi|31 : GGTT--------A---TGTAATGCTGGTGATA-TATA-TA-AC--A-C---------T-GG-TCATGCGTAATCGTCTC----TTTGCCTAAA-ACAC-----G---A-AT--AATAATATTTGTCTTATTTGACGATA---AT---T-T-----TAAACA
gi|32 : TCGATTATGTAATGTGCT------TG----------TATTATGTATCCCCACGGGCTT---T-TAGCACAATGGAT---TTGAAA-TAT-ACTACTttgtttt
gi|33 : tatattaataataaACGAAATATGCT------CG----------CAT-ATATACCCGCATGGTCTTTTAT-TAACCTAATGGAT---TTGGAACTAA-ag
gi|35 : AAATATGCC------TG----------CAT-ATGTATCCGTGCAGAATT---T-TAGCTTGATGAAT---TTGAAA-Ttataattatt
gi|4 : t---TACAT-T-----AT--TTTCTTATTT-TACATTTTGTAAT-----AAGTTAT------------AAC-AATTTTTTGCATCACCTTTC-AGCGAGGAAAGGTCGACATAG--ACTTG-GG-AAATATCCTATCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCTTT------------TGACTTTCAGCAA--------A---TGGAATGATGATGATATTATACCA-AAT-A-A---------T-TA-TAATATGAAATGACCTC----CATGCCTAAA-GTAC-----GTTAACATGAAATAACATCTGTATGACTCAACGATGC--GC---T-T-----AAA-CAGTCTA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCATATTCAATGCATGTATTTAATATATTTTAA--AGATC-AAA-TTC---TTTCCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AGTATGTG----------TGTACAT------------AAGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTA-----TATCT-ACGAAT-TAGAT------T-----C---T--CGTA----TATAAAT---CAAACA--------T--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTATAT--A-CAAAATT--GTTAC--TTCAC--TGTTCG-TCATGAAATATGCA------TT----------TAT-ATGTATGTCTATTGACTT---T-TAGCCTAATGGTT---TTGAAA-TAA-ACTACTg
gi|5 : TT------------TGACTTCCAGCTA--------A---TGGAATGATGATGATATAATACAA-CA--A-A---------TATA-TAATACGAAATGATTTC----GTTGCTTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAATAACATCTGTCTGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCTT-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTGCTTTTCAAATTCAATACATGCATTTGGTATATTGTAA--ATATC-AAA-TAA---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-AATATATG----------TATACAT------------ATGTCTAACT-------AGT---------A--TATA-----GATAT-AT---T-CATATG-----T-GTAGC---T--AGTA----TATGTAT------ACA--------TA-TG--T--G-T-AGCTA-----GT--AT-ATGTATAC--A-TAactactactttaataatagaccaattagtaagatcatatctcatatgaataccat
gi|5 : tttaATACATATGTCTAAC-TAGTATAT--AGAT--ATA-TTCATATGTGTAG---C-TAGTATATGT-ATAC--------ATATGTGTAGCTAGTATATG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TGAA-----TATCT-TTGAAT-TAGATA-----C-ATA-C---T--CATG----TATAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AAATT-----GT--AT-TTCTATAT--A-CAAAATT--G------TTTAC--TGTTCG-TCCTGAAATACGTT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGTCTAATGGAT---TT-AAA-TAA-ACTACTtgtgtagctagctttgggtgaatatctttgaattagatacatactcatgtataaatcaaacattatgtggaaattgtatttctatatacaaaattgtttactgttcgtcctgaaatacgtttgtatatgtatccctatgggcttttagtctaatggatttaaataaactactactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|6 : tttatttgacttccagctaatggaatgatgatgatataatacaacaaatatataatacgaaatgatttcgttgcttaaagtacgtttacatgaaataacatctgtctgacttaacgatgcgctaaaacagtcttactgtttttgttttgtgcttttcaaattcaatacatgcatttggtatattgtaaatatcaaataatgtgcatcatactattgtgataccttctccaaaaatatatgtATATATATG--ATTT---TACAT-T-TTACAT--TTT-----TT-TACATTTTATATTCCTGCAAACTATTTTCATATGAATAACCAGATTGTTG----ACCTTTC-ACTGAGGAAAGGTCGACATAC--ACTTTAGG-AAATATTCTTTCA-----------------ATTGCAAAATAATAAAAT-CTATCATT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTATACAA-AA--A-A---------T--A-TAATATTAATTGATCTC----CATGACTAAA-GTAC-----GTTTACATGAAAAAACATCTGTATGACTTAACGATGC--AC---T-------AAAACATTCTA-A-CTG-TTTTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCAATACATGTATTTGATTTATTGTAT--AGATG-TAA-TTC---TGTGCAT---CATACTAT-TGTGATAC--------CT-TCTCCAAA-ATTATGTG----------TATACAT------------ATGTGTAGCT-------AGT----GTTTGG--TGTT-----TATCT-ATGAAT-TAGCTA-----T-ATT-T---T--CATA----TATAAAT---CAAACA--------T--TATGT--G-G-AAATTAATA-AC--AC-TTGTATAT--A-CAAAAAT--ATTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCTTGAAGTATGCT------TG----------TTT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGactactactattacataagagacaacagttatcagaatcaagcaaataacgacagtatgacaaatatttaattataaacaattcataatattt
gi|7 : tgttttatataacattatcatatgtACAT--TTT----TTT-TACATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTAATATGAATAACCAAATAGTTG----ATGTTTTGAGTGAAGAAAGGTCGACATAT--ACTTT-GG-AAATATGTTATCA-----------------GTTACATAATAACACGAT-CTATCCAT------------TGACTTTCAGGTA--------A---TGGAACGATGGTGATAT---ACCA-AACAA-A---------T-TA-TAATACGAAATGATCTC----CGTGCTTAAA-GTACTTTACGTTTACATGAACTACGATCTGTAAGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACAGTCGA-A-CTG-TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTATTTGATAT---GTAA--AGATC-AAA-CTC---TATGCAT---CATACTAT-GGTGATAC--------CT-TCTCCAAACAATATGTG----------TGTCCAT------------ATGTGTAGCT-------GGC----TTTGGG--TGTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATA-C---T--CGTA----TATAAAT---CAAGCA--------G--TATGT--G-G-AAATT-----GT--A--GTGTACAT--A-CAAAA-T--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-TCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGTATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTTAAA-TAA-ACTACTactaaat
gi|8 : GAAAGATCAAC-TATTCATTTT-GT-AAATACTTGATCATAATATACTAAAATTATATTTTAGAATAATAACACGTTATTTTG------------TGACTTTGAAATATTTTGTTTACTTTGGAA-AACGATGATAATATACCA-AAC-A-A---------G-TA-TCATACATAATCAACTGAGTGTATGCTTAAA-ATAC-----GTTTATATGCAATAGCATCGGTCTGACTTAACGATGA--GC---TGT-----AA--CAGTCTA-A-----TTGTT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCGATACATGTTTATGAGATATTGTAA--TGATTGAAA-TTA---TGTGCAT---TATGTTAT-TGTGATAC--------CT-ACTCAAAA-GACATGTG----------TATATAT------------ATCCGTAGCT-------A-T----TTTGGG--TGCA-----AAGCT-ATGACA-TAGACA-----T-ATA-C---T--CATA----TATAAAT---CAAATA--------T--TA--TATG-G-AAATT-----GT--A--TAGTATAT--A-CAATATT--GCTAC-TTTTAT--TGTTCG-CCATGATATATGCT------TG----------TAT-ATGAATCCTTATGGGCTT---T-TAGATTAATGGG----TTAAAA-T-A-ACTACTactactattattac
gi|9 : tcattaaacT---TACAT-T-TTACAT--TTTT--ATTT-TATATTTTATATTCCTGCAAATTATTTTCATATGAATAACCAAATTGTTG----ATATTTC-AGTGAGTAAAGGTTGACATAT--ACTTT-GA-AAATATTCTATCA-----------------ATTGCAAAATACTAAAAT-CTATCCTT------------TGACTTTCAGCTA--------A---TGGAATGATGGTGATATTCTACCA-AA--A-A---------T-TA-TGATATGAAATGATCT------------------AC-----GTTTACATAAAATAACAGCTGTATGACTTAACGATGC--GC---T-------AAAACGGTATA-A-CTG-TTTGT-GTTTTGTACTTTTCAAATTCAATGCATGTATTTAATATATTGTAA--AGATA-AAA-TTC---TGTGCAT---CATACTGT-TGTAACAC--------TT-TCTCCAAA-ATGATGTG----------TGTACAC------------ATGTGTAGCT-------AGC----TTTGGG--TTTA-----TATCT-ATGAAT-TAGATA-----T-ATT-C---T--CGTA----TATAAATAAAAAAACA--------T--TG--T--G-G-AAATT-----GT--AC-TTGTCCAT--A-CAAAATC--GTTAC-TTTTAC--TGTTCG-T------------------------------------TATATCCCTATGGGCTT---T-TAGCCTAATGGAT---TTGAAC-CAA-ACTACtctagcacgtcaggacaggcaaaaaatatatcgcacacataccg
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATACAGAATTGGCACAGCAGAATAAATTATTCAAGCAGAGCACTGTAATATAAAAAAAAACAGAACATGTTTTAGATTTTAGCCTTTTTTCAGAAAGCAATACAAAGCATCGAACTATTGGAAATATCCAAGTATGTTTAAATTTATTAAATTGATTAATTCAGAAAATTAAATCGAATTAAACAAATTGTGCATGTTTGTGTATAAAGCTTTCTTGGTGAGAAATGAGTATATGTTCGCCAATTAATATGTGCATGTGGTGTGCGTTATGTAAAATGAAAACTTTAAAATGTAAATATTTTATTAAAGTGACATGTATATGTAAACTTATATGTGTATAATATAATTAGTAGTACCAAATAAGAAAATAACTGTTTAAAGTTTTA
Unaligned ( gi|34 ): TCAAACAGTGTGTGGTCGTAAAGTATGCACAAAATGTAAGGCTGTCTTTTACTGTTC
Unaligned ( gi|36 ): CTATCATAATGCAATTAAACGACAAAATTGCATAGTCAATAAATGGCCAC
Unaligned ( gi|37 ): AATACGTTTTAGTTTACTGTTCTATACACGACACACAA