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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGACAGACTCCAGTTATATATCTAACATTTGCTCTGAAAGCTTTTGCAAGGATGATTAAGTTAAGCAACGTACGTATATATTAATACATGTTCTACTGTTTATT-CTCTACTATCAATGC-CATATTTAAAACATGAGGCCCTCTATATTTA-TTATCGTAGTCATGTAATTGTTTCAAAGTGTGATAGTAGTTCACCTATGCCAATTACCACTTTACAATCCACTA--AC---AGT--TCTAATATTATTGAGAATAATGATGTTGATAAAAT--CGATAATATTAACGGTTTTAAAAT---TTCAAATGGCAATCCAA---TCCATGAA-CCATTGGTTA------AGAAATGTATT---GTAACA-GCATCCAGACATACATGTTCATGCA-ATATGTTTA-----TG-TGAA---ACTGTTTTT-----------TTT--TTCAT-------TTTCGGACAAT-GATCTTCAGATAG----A----------T------------A----------ATTT----CGAAACGATATACTCTCATATGGTGGTGGTTTGGTTATTCATATA-----AAACAGG--ATAG--ACCATGTTTTCAAAAAGTGGATCT--ATAATGTAATTATTGATAATGAGTCGATTTGACCTGAAATTAAATGACCTAA--TCGTAAACCTTTTCTTTTTTGCTCT--------ATTT-----C-TGAACCACCA----------T----ATTCGA-----------TGTGTTAAGTTCAATGATGGCATAGAAAGGTCACTTGCTGAAGATAATGAATTGTTAGTTCTTGGCGATTTTAATTTTTAAT-TTA-TTGACTTCAGGTAACAT--TATA--GTCGTGGCTCAGCAT----GATGAAGTCTGTTGACTTC--ACAAA-ACCTACATCTGAGCCTACAAAGCCTACAACTGTAACTAATATTTCATCAATCTTAATTGATTATGTTTTCACTAACTGGCCTCAAATTATCTCTGAAAATAG---CATTCCTCATTACTTAATCTGTACGA----------ATATGTGTCACAAGAAAACTTTCTTTAAGTTATATAAAATGTTCTAAATACCCTGTTCATAAATACATAACATACAGGTACATGAGCCACTTTGATAACATCAAATTTATCGCAGATTTGTCAAAACAACCATGGTCAGAAATATATGTATTTGACAATCCATAAGATACA-----CTAC-ATACTTTTCATGATCTATGTAATATAGTTTAAAATATACACGGTCCTATAACTATAGGAGGCAAGCGAGTAAAAAGGATTAACGAGCCTGGTTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATACATA---AAAGAGGCGTTTTTCACAAACAGAACGATATTGCAAAAAAAAAAAACCCACTATGAATTATGGTGACAAACGGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTGAGCAAAACTATTATCGTGAAACTAATAAT-CAAAATGATAAAAATCCTAATGAACTTTGGAATAGTTTACATG-AAGTATCT--AGCTTTAAAAAT----AAAA-ACAAA--CACAATTTATTTGTGACATTGCCGGTACC-CCAATTTCCAA--TTTATATGCGGTAGCAAATACATTTAATGGCCATTTC--TATTCGATC--TTTAAAA------------GTTATAAACCCTTCAGTACCT-GTTTTATAAAACTGAACTTTTTACGAGGTATGTTAATGATAGAC-TAAAC--ACTTCTTCTGAAT---------TCAG--------------------ACTTAAGT---CTGTATATACCACAATAGCAATTGGTTCCAATGGCATCAAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GACTCCAAATACATATGTAACCTTTGCACTGAATGCCTTTGTCAGGATGATCATGTTAAGCAACATA-------AACAATGCGTG---TACTTTTCA-------ATTGT-----T-CATGTGTAAACCATGAGGCCCACGATTTTTA-TTATTGTA
gi|4                          : attattaatatgtcagattaaaaccaagcctccagtacatttgatttaaccatattgtacaaagcatcaaacagtgtatccgatgcagatatcactgaaaataaaatactattggcgacttcaaggatgtcataaacactattcaaaactgcaatccataagctaaagtaattgttagctcaatcattctcaggagaaatgactgagtagcaaataacataatagacatataaacaaggctataggacagatgtgcgatgacacaaatcactactacctaaataatgacaccagtttcactaaacgggtctttaatcgtatcattgtaccgagtcaacattcgtctaaatacaagaggtggaaaaatacttggaacaaatataaagaaacaaaataaagtggttacaatgttcttaatatttcaacgccacaattagaaaacattgatgtaaaagacacatatttactgtatggaaagtttatagggaagagaagaaatgcttttaaacagtaagaaatgagatacaaaccggtttatcttacacggagccgtggataaggtaaagcaaccgtggacatcatcgacgttattaaaacattactgagttcatgtttttttcacaataattatgttggcaataatctcagttgtaccgttaattattcccgacaccagacttacatgtaccatatacgacacttgtcttgcgaaggagatattgttaaaagacaaaatacagatataactcgtaaatgtagtttggcTATAAATGTAACATTTTCTCTGAATGCCTCTGCCAGGATGATGGTGCTAAACACCGTAC------------AGCCGTTCTACTGTTCATTGC---ACT-----TGTTCATGTTTAAATCATGAGGCCCTTTGTTTTTGGTTAGTGTAGTCTTGCAAATGTTTCAAATTCTTATTGTAGTTCAAATAATCCAATTAACA-TTTACGATCCATTATTAC---A----TTAAATGTTATTTGGAATTATGCTATTGCTGAAAT--CGTTTATA--AACGGTTTTAAAATGTGTT---ATGGAAATCCAA---TCCTTGAA-CCAaacacttcacatcccattaatttaaatactctaataatattgagaatattatattgatgtcgataacataaacggtttt
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CACTTCACATCCCATTA--ATTTAAATACTCTAATAATATTGAGAAT-ATTATATTGAT---GT--CGATAACATAAACGGTTTTcggtaaaagtaaaaagactgaatgctttgcatttgaacttattgtctgaatcgaaaacttcaaaggaatcaaagtttttatatatggcatcagcaacttaacataatttgtttatgctaaacattttacatgattcattttcggacaatggacctagatggattctttcgttttgtttcgaaatgacaggctctcgaatagcagtggttcggttatttatataaaaaaatagttaccatttgttcaaagattggatcttcagaatgttactttcgatatcgaattaattttacttgaacttcaatcacgtgattctaagccttttcttgtttgttctatttatagaccactatcattgaaactatttgatgcgttaatttcaataatgccataaaaagataatttgttgaaaacaaggaaattttagttcttggtgattttaacttgactaattgaagttagataacacaatacagtagtgggtaaacaacatgcagtctg
gi|5                          :                                                                                                                    attattaatatgtcagattaaaaccaagcctccagtacatttgatttaaccatattgtacaaagcatcaaacagtgtatccgatgcagatatcactgaaaataaaatactattggcgacttcaaggatgtcataaacactattcaaaactgcaatccataagctaaagtaattgttagctcaatcattctcaggagaaatgactgagtagcaaataacataatagacatataaacaaggctataggacagatgtgcgatgacacaaatcactactacctaaataatgacaccagtttcactaaacgggtctttaatcgtatcattgtaccgagtcaacattcgtctaaatacaagaggtggaaaaatacttggaacaaatataaagaaacaaaataaagtggttacaatgttcttaatatttcaacgccacaattagaaaacattgatgtaaaagacacatatttactgtatggaaagtttatagggaagagaagaaatgcttttaaacagtaagaaatgagatacaaaccggtttatcttacacggagccgtggataaggtaaagcaaccgtggacatcatcgacgttattaaaacattactgagttcatgtttttttcacaataattatgttggcaataatctcagttgtaccgttaattattcccgacaccagacttacatgtaccatatacgacacttgtcttgcgaaggagatattgttaaaagacaaaatacagatataactcgtaaatgtagtttggcgactccaaatacatatgtaacctttgcactgaatgcctttgtcaggatgatcatgttaagcaacataaacaatgcgtgtacttttcaattgttcatgtgtaaaccatgaggcccacgatttttattattgtaaaGTTCACAAAATAACGTT--TATTGGCCAATTTAATAC---C-CAAAT---AATGTAAAAGTCC-TGAAGCCAT-GGTTATGGGGGAAAAAGGCATTTTTGTAATTTGCATGTGAACATACAT--TCATGAACATATATCCAAAACTTGATGAATTCAAAGTTCTTATATCGCAATATTC--TTAATGATTTAATTTCGGACAAT-GAACTACAGATAGGAAAA----------TTC----------A----------ATTTGTTTTGAAATGATGGACTCACAAATGCTGTTG-TTTCGTTAAGTATAT---------CA-------------ATATTT----------GATCTTCAGAATTTTACT-TCAATAATGAGTCAATCTGAATTAATATTCGATTAC-TAAATTCTTAGTTCTTTTCTTATTTGTTCTTTATACACATTTATATACATAGACCACCA----------TCTGAATTCGAATTCTAGCTGCTGTGTTAATTTCAATAATGCCTTAGAAAGGTCACGTGTTGAAGACAAGGAAACGATAGTTCTTGTCGATTTTAA-ATTTGAC-CAA-TTAAATTAAGATTACACCGTACA--TTCATGGCTAAGTATTAAGGATGAA
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         A-ATTTGTTTA-----TG-CTAA---AC-ATTTTA-----------CATGATTCAT-------TTTCGGACAATGGACCT--AGATGG----ATTCTTTCGTTT------------T----------GTTT----CGAAATGACAGGCTCTCGAATAGCAGTGGTTCGGTTATTTATATA-----AAAAA----ATAGTTACCATTTGTTCAAAGATTGGATCTTCAGAATGTTACTTTCGATATCGAATTAATTTTACTTGAACTTCAATCACGTGA--TTCTAAGCCTTTTCTTGTTTGTTCT--------ATTT-----A-TAGACCACTATCATTGAAACT----ATTTGA-----------TGCGTTAATTTCAATAATGCCATAAAAAGATAATTTGTTGAAAACAAGGAAATTTTAGTTCTTGGTGATTTTAA--CTTGAC-TAA-TTGAAGTTAGATAACACAATACA--GTAGTGGGTAAACAA----CATGCAGTCTGcaatgaaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tataaatgtaacattttctctgaatgcctctgccaggatgatggtgctaaacaccgtacagccgttctactgttcattgcacttgttcatgtttaaatcatgaggccctttgtttttggttagtgtagtcttgcaaatgtttcaaattcttattgtagttcaaataatccaattaacatttacgatccattattacattaaatgttatttggaattatgctattgctgaaatcgtttataaacggttttaaaatgtgttatggaaatccaatccttgaaccacggtaaaagtaaaaagactgaatgctttgcatttgaacttattgtctgaatcgaaaacttcaaaggaatcaaagtttttatatatggcatcagcaacttaacatACAAT-GAACTTCATTTAG----A----------C------------ACTTTCAATTTGTTT----CGAAACGATAGACTCTCCAATGGCGGTGGTTTGGTTATTTATATATATTTAAA------AT-T--ACCATGTGTTCAAAGTTTGGATCTCCAGAATGT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCAATTTGGCATGGAGCTCAATTACCTCA--TTGTAAACATTTTCTTGTTTGCACT--------ATTT-----A-TAAACCACCA----------T----CTTCGGAAACTAGTTGGTGTGTTAATTTCAATGATGCTCTAAAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTCAA-TTTTGAT-TTACTTAAAGTCAGATAACTA--TAAA--GTCGTGGCTAAGCAT----GCTTGAGTCTGATGACTTA--ACACA-ACT----TTTGAGCCTACAA---CTGTTACAGTAACTATTAATTCATCAGTCTTAATTTATCATAGTTTTACTAACAGACTTAAAAATATGTCTGAAATTAGCTTCTTTCCTCATTACTCAATCAGT--GATCACTTCCCTGTATGTGTCGAAGGAAAACTGTCTTCAAGTTATATTAAAAGT---------CATGTTCATAAAACCATAACATACAGGTCCATGA-----------AAC--CAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGATATGTAATTGATATATTTGACAATCCAGAAAATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTTTTCAATAAGGTTTTAATTACACACGCCCCTATAA------GATGCAAGCCAGTAAAAAAGGTTAACCGTCCTGACTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAAGAAAAAAA------TAACAAATAGAACGATATTGCAA-------------ACTATACATTATAGTGACACACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAACATACTATCTTGAAACTATCAAT-TTAAATTCAAGAAATCCTAAGGAGCTTTGGGACAATTAAAATG-ATTTATCT--GGCTTTAAAATT----------CAAA--CGCAATTTATTCGTGACAATAAAGGTAAC-CCAATTTCGAA--CTCGCATGCGACAGCAAATACATTTAATGACCATTTC--TGTTCAGTT--CATAAAACCTATATGAGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTC-TAGAGATAAACTTATTACGAGGCTTTTTAATTAAAGAT-TGCAC--TATTCTCCTGTAT---------TTGA--------------------ACtacgttcatcatttccctgaa
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ccttattctaagcatnnnnnnnnnn-----CTACTATACGTTTCATGAACTATTCAGTATTGTTGTAAATACACATGCACCTATAA------GATACAAACGCATAAAAA
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aC--GCCTTTGCTGA-----------TC-G--------------------AC--AAGT---CTTTACATATTACGAAAGCAAATGGTTCCTATGGCAT
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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCCCATTGCGTTTACAATGATTTTGTTTGCAATAGTAGTAGTTGTACATTTAATTGCATTTCAGACTCCAGACTTACATTTTATATCACTTGCAACGATTGTCATTGCTCAATTATTAACACAATATATTAAGTCACTTCTCATAAATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATTTGGTTATTTGTGTCAACAGTCACTAACCACAGTCTCAAAAATT
Unaligned ( gi|20 ): GTTGCTTTGGTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTATCTTATTCTAAG






Alignments
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Reference ( family-87 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    NNNNNGACTCCAAATACANATGTAACNTTTNCNCTGAATGCCTCTGCCAGGATGATCGTGCTAAGCANCGTAC------AACAATGNNCGTTCTACTNTTCATTGCACTGTTGTT-----CATGTNTAAACCATGAGGCCCNCGGTTTTTGGTTANTGTAGTCTTGCAAATGTTTCAAATTCTTATTGTAGTTCAAATAATCCAATTAACACTTCACGNCCCATTATTAC-TTAAATACTCNAATGNTATTNGGAATTATNNTATTGACGAAAT--CG-TTA-TAT-AACGGT---TTTAANACGTGCTCAAATGGAAATNCAAAAGTCCTTGAAGCCAT-GGTTATGGGGGAAAAAGGC---ATTTTTGCAACNTGCATNCGAAC--------------ATACAT--TCA-----TGA--AAT---ATGTN--TATG-CGAAA--GTTCTC-----C-----TT---ATTTTCGGACAATGAACTNCANATAG----A----TCC----AGTT----------TGTTTCGAAACGATAGACTCTCGAATGGCGGTGGTTTGGTTATTTATATA-A---AA---AA----T-TACCATGTNTTCAAAGATTGGATCTTCAGAATGTTAC-T-T-CGATA-CGAGTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTACCTNATTCTAAGC-CTTTTCTTGTTTGTTCT--------ATTTATA------GACCACCAT----ATTCGGA--CTAGCT-G-TGTGTTAATTTCAATGATGCCNTAGAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTTAA-ATTTGAC--TNA-TTGAAGTCAGATAACA-C-GTACGGTCGTGGCTAAGCANGNTGGAGTCTGNTGACTTNAAACANNTACTTATATCTGAGCCTACAAGGCTGTTACA---GTAACTATTAATTCATCAGTCTTAATTTATCATAGTTTTACTAACAGACTTAAAAATATGTCTGAAATTAGCTTCTTTCCTCATTACTCAATCAGT--GATCACTTCCCTGTATGTGTCGAAGGAAAACTGTCTTCAAGTTATATTAAAAGT---------CATGTTCATAAAACCATAACATACAGGTCCATGA-----------AAC--CAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGATATGTAATTGATATATTTGACAATCCAGAAAATGCACCTGTCTACTATACNTTTCATGANCTNTTCAGTANNGTTNTAANTACACACGCNCCTATAA------GATGCAAGCNCGTAAAAAAGGTTAACCGTCCTGACTGGATCAATAAAGAAATANTCGATGCAATAAATAAAGAGAGAAA----TNACAAACAGAACGATACNGCAG------------CACTNTNNATCATGGNGACANACTGTTAAGTCTCTNATTCTTGAAGCTAAGCGAATCTACTATCGTGAAACTATTAATTNAA-AT--A--ANA-AA-TCCTAAGGAACTTTGGAACAGTTTANATGAATTATCT--GGCTTTAAAANTCAAACACAAACG--CAATTTATTCGTGACAATGAAGGTAAC-CCAATTTCCAA--CTCGCATGCGGCAGCAAATGCATTNAATGACCATTTC--TGTTCAGTTTATAAAA---A--NC-------GNNGTTATTAACTCTTCAGTACCTGT--TTTATAGAAATNAACTTATTACGAGGTTTTTTAATGGAAGACTACACACTTCTCCTGAATTCGGAC-TAA-GTCTTTANATACCACGAAAGCAAATGGTTCCGATGGCATCA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CTTATTCTTGACGCTGAACTAATCTACTATCGTGAAAATATTTATTCAA-AT--A--A-A-AA-GACTAATGAAGTTTAGAACAGTTTACATGAATTATCT--GGCTATAAAGTTCAAACACAAATG--CAAatcatttccctgaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCGAATCTA--------------TCAATTTAATAA--A--ATA-AA-TTTTAAGAAACTTTGGAACTGTTTAAATGATTTATCT--GGC---AAAAataactcattt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAAC-TCAATATCCAG--CCCACCAGCGACAGAAATTGCATTTAATGATCATTTC--TGTTCAGTTTATAAAAAACA--AC-------GATGTTATTAACTCTTCAGTACCTGT--Taaaaatcaatca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aCTACTATACGTTTCATGAACTATTCAGTATTGTTGTAAATACACATGCACCTATAA------GATACAAACGCATAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCAATTTGGCATGGAGCTCAATTACCTCATTGTAAAC-ATTTTCTTGTTTGCACT--------ATTTATA------AACCACCAT----CTTCGGAAACTAGTT-GGTGTGTTAATTTCAATGATGCTCTAAAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTCAA-TTTTGAT--TTACTTAAAGTCAGATAAC--T-ATAAAGTCGTGGCTAAGCATGCTTGAGTCTGATGACTTAACACA---ACTT----TTGAGCCTACAA--CTGTTACA---GTAACTATTAATTCATCAGTCTTAATTTATCATAGTTTTACTAACAGACTTAAAAATATGTCTGAAATTAGCTTCTTTCCTCATTACTCAATCAGT--GATCACTTCCCTGTATGTGTCGAAGGAAAACTGTCTTCAAGTTATATTAAAAGT---------CATGTTCATAAAACCATAACATACAGGTCCATGA-----------AAC--CAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGATATGTAATTGATATATTTGACAATCCAGAAAATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTTTTCAATAAGGTTTTAATTACACACGCCCCTATAA------GATGCAAGCCAGTAAAAAAGGTTAACCGTCCTGACTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAAGAAAAAAA----TAACAAATAGAACGATATTGCAA-------------ACTATACATTATAGTGACACACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAACATACTATCTTGAAACTATCAATTTAA-ATTCA--AGA-AA-TCCTAAGGAGCTTTGGGACAATTAAAATGATTTATCT--GGCTTTAAAATT------CAAACG--CAATTTATTCGTGACAATAAAGGTAAC-CCAATTTCGAA--CTCGCATGCGACAGCAAATACATTTAATGACCATTTC--TGTTCAGTTCAT-AAA---A--CCTATATGAGATGTTATTAACTCTTCAGTACCTGT--TTC-TAGAGATAAACTTATTACGAGGCTTTTTAATTAAAGATTGCACTATTCTCCTGTATTTGAAC-
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GACTCCAAATACATATGTAACCTTTGCACTGAATGCCTTTGTCAGGATGATCATGTTAAGCAACATA-------AACAATGCGTG---TACTTTTCA-------ATTGTT-----CATGTGTAAACCATGAGGCCCACGATTTTT-ATTATTGT--------AAACACTTCACA-TCCCAT--TAATTTAAATACTCTAAT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attattaatatgtcagattaaaaccaagcctccagtacatttgatttaaccatattgtacaaagcatcaaacagtgtatccgatgcagatatcactgaaaataaaatactattggcgacttcaaggatgtcataaacactattcaaaactgcaatccataagctaaagtaattgttagctcaatcattctcaggagaaatgactgagtagcaaataacataatagacatataaacaaggctataggacagatgtgcgatgacacaaatcactactacctaaataatgacaccagtttcactaaacgggtctttaatcgtatcattgtaccgagtcaacattcgtctaaatacaagaggtggaaaaatacttggaacaaatataaagaaacaaaataaagtggttacaatgttcttaatatttcaacgccacaattagaaaacattgatgtaaaagacacatatttactgtatggaaagtttatagggaagagaagaaatgcttttaaacagtaagaaatgagatacaaaccggtttatcttacacggagccgtggataaggtaaagcaaccgtggacatcatcgacgttattaaaacattactgagttcatgtttttttcacaataattatgttggcaataatctcagttgtaccgttaattattcccgacaccagacttacatgtaccatatacgacacttgtcttgcgaaggagatattgttaaaagacaaaatacagatataactcgtaaatgtagtttggcAACACTTCACATCCCATTA--AT-TTAAATACTCTAATAATATTGAGAA-TATTATATTGATG---T--CGATAA-CATAAACGGT---TTTaatattgagaatattatattgatgtcgataacataaacggtttt
gi|4                          : attattaatatgtcagattaaaaccaagcctccagtacatttgatttaaccatattgtacaaagcatcaaacagtgtatccgatgcagatatcactgaaaataaaatactattggcgacttcaaggatgtcataaacactattcaaaactgcaatccataagctaaagtaattgttagctcaatcattctcaggagaaatgactgagtagcaaataacataatagacatataaacaaggctataggacagatgtgcgatgacacaaatcactactacctaaataatgacaccagtttcactaaacgggtctttaatcgtatcattgtaccgagtcaacattcgtctaaatacaagaggtggaaaaatacttggaacaaatataaagaaacaaaataaagtggttacaatgttcttaatatttcaacgccacaattagaaaacattgatgtaaaagacacatatttactgtatggaaagtttatagggaagagaagaaatgcttttaaacagtaagaaatgagatacaaaccggtttatcttacacggagccgtggataaggtaaagcaaccgtggacatcatcgacgttattaaaacattactgagttcatgtttttttcacaataattatgttggcaataatctcagttgtaccgttaattattcccgacaccagacttacatgtaccatatacgacacttgtcttgcgaaggagatattgttaaaagacaaaatacagatataactcgtaaatgtagtttggcgactccaaatacatatgtaacctttgcactgaatgcctttgtcaggatgatcatgttaagcaacataaacaatgcgtgtacttttcaattgttcatgtgtaaaccatgaggcccacgatttttattattgtaTATAAATGTAACATTTTCTCTGAATGCCTCTGCCAGGATGATGGTGCTAAACACCGTAC------AGC------CGTTCTACTGTTCATTGCACT--TGTT-----CATGTTTAAATCATGAGGCCCTTTGTTTTTGGTTAGTGTAGTCTTGCAAATGTTTCAAATTCTTATTGTAGTTCAAATAATCCAATTAACA-TTTACGATCCATTATTACATTA--------AATGTTATTTGGAATTATGCTATTGCTGAAAT--CG-TT--TATAAACGGT---TTTAAAATGTGTT---ATGGAAATCCAA---TCCTTGAA-CCAC-GGTAA--AAGTAAAAAGACTGAATGCTT------TGCATTTGAAC--------------TTA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tacatataagtgaaccccagaaattaTTGTATACCACAAAAGAACATGGTACTGATGGCATCAattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcttgtataccacaaaagaacatggtactgatggcatcag
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tacatataagtgaaccccagaaattatcaaacacaaactcaatttattcaatgacaatttcaaaaactcacatgcggcagtaaatgcgttaaatggtctttaaatgttcagtttataaaaaacgatgttataaactcttgtataccctttttacgagttttttaatggaagatacaaatctactttcggaattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcTGCAACA-GCATCCAAAC--------------AT--------------T-----AT---ATGTG--TTTG-TGAAA-------------------------TGTTCGAACAACGAACTGCATACAG----A----TCT----AGTTAATTCTAATTTGTTTTGAAAAGAAAGACTCTCAAACGGCGGTTATTTGGTTATTTATATC-A---AAGTTAT----T-TACCACGTTTTCAAAAATTGGATCTGCAGAACGTTGC-T-T-TG-------GTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTATCTTATTCTAAGC-TTTTTCTTGTCTGTTC---------------A------AA----------------AA--CTAGTTGG-TGTGTTAATTTCAATGATg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAGGTAACACCTATTTCTAA--CTCACATGCGGCAGCAAATACATTGAGTGACCATTTC--TGTTTAGTTTATAAAA---ACTAC-------GATGTTATTAACTCTTCAGTACCTG---TTTATAGAAATG----TATTACTAGGTTTGTTAATGGAAGACTACGCATTCCTCATTAATCCcaatgaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aCTACTCGCCTTTGCTGA--TCG-AC--AA-GTCTTTACATATTACGAAAGCAAATGGTTCCTATGGCATaaatgccatgtgttctactcgcctttgctgatcgacaagtctttacatattacgaaagcaaatggttcctatggcat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaaggtaacacctatttctaactcacatgcggcagcaaatacattgagtgaccatttctgtttagtttataaaaactacgatgttattaactcttcagtacctgtttatagaaatgtattactaggtttgttaatggaagactacgcattcctcattaatccaaatgccatgtgttAAATAATCGATGTAATAA-------GAGAAA----TCACAAACAAAACGATACAGTAG------------C-CTTTTAATCATGGAGACAAATTGTAAAGTGTCTTATTCCTGAAACTAAATAAAGTTATTATCGTGATACCATTAATTCAA-AT--A--AAACAACTCCCACGCAACTTTGGAACAGCTTAAATGAATTATCT--GTCTTTAGAAATCAAACACGGACGCACAATTTATTCATGATAATGAGTGTCAC-CTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCCCATTGCGTTTACAATGATTTTGTTTGCAATAGTAGTAGTTGTACATTTAATTGCATTTCAGACTCCAGACTTACATTTTATATCACTTGCAACGATTGTCATTGCTCAATTATTAACACAATATATTAAGTCACTTCTCATAAATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATTTGGTTATTTGTGTCAACAGTCACTAACCACAGTCTCAAAAATT






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Reference ( family-87 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NNNNNGACTCCAGNTATATATGTAACATTTGCTCTGAATGCCTTTGCCAGGATGATNATGTTAAGCAACGTAC------ANCAATGCGCGTTCTACTGTTCATTC-CTAC-TGTT-----CATGTTTAAANCATGAGGCCCTCTATTTTTGGTTATCGTAGTC-TGCAAACGTTTCAAA-TCTNA-T-GTAGTTCAAATANTCCAATTAACACTTTACGATCCATTAACTTAAGTTCTAATATTATTGAGAATTATGATATTGATGAAATCG-TTA-TATAAACGGTTTTAAAAT---TTCAAATGG-AATCCAA---TCCTTGAACCAC-GGTTA---GGG-AA--AAAGGC---ATTCTTGTAACATG-CATCCG-AACATA-CAT--CCATG-AA--TATGT-------------------------TTATG-CGAAAC-GTTTT---T-----TTT---ATTTTCGGACAATGAACT---T-CAGAT--AG----A----TTC----AATTTGTTTCGAAACGATAGACTCTCAAATGGCGGTGGTTTGGTTATTTATATA-A---AA---AA----T-TACCATGTNTTCAAAGATTGGATCTTCAGAATGTTAC-T-T-CGATAACGAGTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTACCTNATTCTAAGC-CTTTTCTTGTTTGTTCT--------ATTTATA------AACCACCATC---ATTCG--AA--CTAGTT-G-TGTGTTAATTTCAATGATGCCATAGAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTTAA-TTTTGAT--TTA-TTGAAGTCAGATAACA-C-GTANAGTCGTGGCTAAGCANGNTGGAGTCTGTTGACTTC-AACA-A--ACTTACATCTGAGCCTACAAGGCTGCTACAACTGTAACTANTANTTCATCAGTCTTAATTNATCATGNTTTCACTAACNGGCCTNAAANTATNTCTGAAANTAGCTTCNTTCCTCATTACTCAATCNGTACGATCACTTCCCTGTATGTGTCGNAGGAAAACTNTCTTCAAGTTATATNAAANGTTCTAAATACCNTGTTCATAAANNCATAACATACAGGTNCATGAGCCACTTTGATAACATCAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGGTNNGNAATNNATGTATTTGACAATCCANAAGATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTATTCAATATNGTTTTAAATACACACGCNCCTATAA------GATGCAAGCGAGTAAAAAAGGTTAACCGNCCTGGCTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAA-AGAGAAA----TCACAAACAGAACGATATTGCAA------------CACTATNAATTATGGTGACAAACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAANCTACTATCGTGAAACTATTAATTCAAAT--A--AAA--AA-TCCTAAGGAACTTTGGAACAGTTTANATGAATTATCT--GGCTTTAAAATT--CAAACACAAACG--CAATTTATTCGTGACAATGAAGGTAAC-CCAATTTCCAA--CTCACATGCGGCAGCAAATGCATTTAATGACCATTTC--TGTTCAGTTTATAAAA-------A--ACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTTATAGAAATGAACTTATTACGAGGTTTTTTAATGAAAGACTACACACTTCTCCTGAATTCGGAC-TAA-GTCTTTATATACCACAANAGCAANTGGTTCCGATGGCATCA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CTTATTCTTGACGCTGAACTAATCTACTATCGTGAAAATATTTATTCAAAT--A--AAA--AG--ACTAATGAAGTTTAGAACAGTTTACATGAATTATCT--GGCTATAAAGTT--CAAACACAAATG--CAAatcatttccctgaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCGAATCTA--------------TCAATTTAA-T--A--AAATAAA-TTTTAAGAAACTTTGGAACTGTTTAAATGATTTATCT--GGC---AAAAataactcattt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAC-TCAATATCCAG--CCCACCAGCGACAGAAATTGCATTTAATGATCATTTC--TGTTCAGTTTATAAAAAAC----A--ACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTaaaaatcaatca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aCTACTATACGTTTCATGAACTATTCAGTATTGTTGTAAATACACATGCACCTATAA------GATACAAACGCATAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAATTTGGCATGGAGCTCAATTACCTCATTGTAAAC-ATTTTCTTGTTTGCACT--------ATTTATA------AACCACCATC----TTCGGAAA--CTAGTT-GGTGTGTTAATTTCAATGATGCTCTAAAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTCAA-TTTTGAT--TTACTTAAAGTCAGATAAC--T-ATAAAGTCGTGGCTAAGCATGCTTGAGTCTGATGACTT--AACACA--ACTT----TTGAGCCTACAA--CTGTTACA---GTAACTATTAATTCATCAGTCTTAATTTATCATAGTTTTACTAACAGACTTAAAAATATGTCTGAAATTAGCTTCTTTCCTCATTACTCAATCAGT--GATCACTTCCCTGTATGTGTCGAAGGAAAACTGTCTTCAAGTTATATTAAAAGT---------CATGTTCATAAAACCATAACATACAGGTCCATGA-----------AAC--CAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGATATGTAATTGATATATTTGACAATCCAGAAAATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTTTTCAATAAGGTTTTAATTACACACGCCCCTATAA------GATGCAAGCCAGTAAAAAAGGTTAACCGTCCTGACTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAAGAAAAAAA----TAACAAATAGAACGATATTGCAA-------------ACTATACATTATAGTGACACACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAACATACTATCTTGAAACTATCAATTTAAATTCA--AGA--AA-TCCTAAGGAGCTTTGGGACAATTAAAATGATTTATCT--GGCTTTAAAATT--------CAAACG--CAATTTATTCGTGACAATAAAGGTAAC-CCAATTTCGAA--CTCGCATGCGACAGCAAATACATTTAATGACCATTTC--TGTTCAGTTCATAAAACCTATATG--A-GATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTC-TAGAGATAAACTTATTACGAGGCTTTTTAATTAAAGATTGCACTATTCTCCTGTATTTGAAC-
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgctttggatgcAC-TAAAGTCTTAAAATACCACAATAGCAACTGGTTCGGATGGTATCAagcaattaatccgctctctttgttgattaacaactaaagtcttaaaataccacaatagcaactggttcggatggtatcag
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gttgctttgGACTCCAAATACATATGTAACCTTTGCACTGAATGCCTTTGTCAGGATGATCATGTTAAGCAACATA-------AACAATGCGTG---TACTTTTCA------AT-TGTT-----CATGTGTAAACCATGAGGCCCACGATTTTT-ATTAT--------TGTAAACACTTCACA-TCCCA-T--TAATTTAAATACTCTAA-TAATA-----------------TTGAG----AATATT-------------ATATTGATG---TCGATAA-CATAAACGGTTTT
gi|4                          : attattaatatgtcagattaaaaccaagcctccagtacatttgatttaaccatattgtacaaagcatcaaacagtgtatccgatgcagatatcactgaaaataaaatactattggcgacttcaaggatgtcataaacactattcaaaactgcaatccataagctaaagtaattgttagctcaatcattctcaggagaaatgactgagtagcaaataacataatagacatataaacaaggctataggacagatgtgcgatgacacaaatcactactacctaaataatgacaccagtttcactaaacgggtctttaatcgtatcattgtaccgagtcaacattcgtctaaatacaagaggtggaaaaatacttggaacaaatataaagaaacaaaataaagtggttacaatgttcttaatatttcaacgccacaattagaaaacattgatgtaaaagacacatatttactgtatggaaagtttatagggaagagaagaaatgcttttaaacagtaagaaatgagatacaaaccggtttatcttacacggagccgtggataaggtaaagcaaccgtggacatcatcgacgttattaaaacattactgagttcatgtttttttcacaataattatgttggcaataatctcagttgtaccgttaattattcccgacaccagacttacatgtaccatatacgacacttgtcttgcgaaggagatattgttaaaagacaaaatacagatataactcgtaaatgtagtttggcTATAAATGTAACATTTTCTCTGAATGCCTCTGCCAGGATGATGGTGCTAAACACCGTAC------AGC------CGTTCTACTGTTCATTG-C-ACTTGTT-----CATGTTTAAATCATGAGGCCCTTTGTTTTTGGTTAGTGTAGTCTTGCAAATGTTTCAAATTCTTATT-GTAGTTCAAATAATCCAATTAACA-TTTACGATCCATTA--TTACATTA-AATGTTATTTGGAATTATGCTATTGCTGAAATCG-TT--TATAAACGGTTTTAAAATGTGTT---ATGGAAATCCAA---TCCTTGAACCAC-GGTAA---AAGTAA--AAAGACTGAATGCTT------TG-CATTTG-AACTTA-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               A---AGG-AATCAAAG------TTTTTATA-TATGGCATCAGCAACTTAACAT--------AA--TTTGT-------------------------TTATG-CTAAAC-ATTTTACATGA---TTC---ATTTTCGGACAATGGACC---T--AGAT--GG----A----TTCTTTCGTTTTGTTTCGAAATGACAGGCTCTCGAATAGCAGTGGTTCGGTTATTTATATA-A---AA---AAATAGT-TACCATTTGTTCAAAGATTGGATCTTCAGAATGTTAC-T-TTCGATATCGAATTAATTTTACTTGAACTTCAATCACGTGATTCTAAGC-CTTTTCTTGTTTGTTCT--------ATTTATA------GACCACTATC---ATTGA--AA--CTATTT-GATGCGTTAATTTCAATAATGCCATAAAAAGATAATTTGTTGAAAACAAGGAAATTTTAGTTCTTGGTGATTTTAA--CTTGAC--TAA-TTGAAGTTAGATAACA-CAATACAGTAGTGGGTAAACAACATGCAGTCTGttgtctgaatcgaaaacttcaaaggaatcaaagtttttatatatggcatcagcaacttaacataatttgtttatgctaaacattttacatgattcattttcggacaatggacctagatggattctttcgttttgtttcgaaatgacaggctctcgaatagcagtggttcggttatttatataaaaaaatagttaccatttgttcaaagattggatcttcagaatgttactttcgatatcgaattaattttacttgaacttcaatcacgtgattctaagccttttcttgtttgttctatttatagaccactatcattgaaactatttgatgcgttaatttcaataatgccataaaaagataatttgttgaaaacaaggaaattttagttcttggtgattttaacttgactaattgaagttagataacacaatacagtagtgggtaaacaacatgcagtctg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tataaatgtaacattttctctgaatgcctctgccaggatgatggtgctaaacaccgtacagccgttctactgttcattgcacttgttcatgtttaaatcatgaggccctttgtttttggttagtgtagtcttgcaaatgtttcaaattcttattgtagttcaaataatccaattaacatttacgatccattattacattaaatgttatttggaattatgctattgctgaaatcgtttataaacggttttaaaatgtgttatggaaatccaatccttgaaccacggtaaaagtaaaaagactgaatgctttgcatttgaacttattgtctgaatcgaaaacttcaCAAAT---AATGTAAAAGTCCTGAAGCCAT-GGTTATGGGGG-AA--AAAGGC---ATTTTTGTAATTTG-CATGTG-AACATA-CAT--TCATG-AACATATATCCAAAACTTGATGAATTCAAAGTTCTTATATCGCAAT-ATTCT---TAATGATTT---AATTTCGGACAATGAACT---A-CAGAT--AGGAAAA----TTC----AATTTGTTTTGAAATGATGGACTCACAAATG-CTGTTGTTTCGTTAAGTATAT------------------------------CAA-TATTTGATCTTCAGAATTTTAC-T-T-CAATAATGAGTCAATCTGAATTAATATTCGATTACTAAATTCTTAGTTCTTTTCTTATTTGTTCTTTATACACATTTATATACATAGACCACCATCTGAATTCG--AATTCTAGCT-GCTGTGTTAATTTCAATAATGCCTTAGAAAGGTCACGTGTTGAAGACAAGGAAACGATAGTTCTTGTCGATTTTAA-ATTTGAC--CAA-TTAAATTAAGATTACACC-GTACATTCATGGCTAAGTA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tacatataagtgaaccccagTTGTATACCACAAAAGAACATGGTACTGATGGCATCAattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcttgtataccacaaaagaacatggtactgatggcatcag
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tacatataagtgaaccccagaaattatcaaacacaaactcaatttattcaatgacaatttcaaaaactcacatgcggcagtaaatgcgttaaatggtctttaaatgttcagtttataaaaaacgatgttataaactcttgtataccctttttacgagttttttaatggaagatacaaatctactttcggaattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcTGCAACA-G-CATCCA-AACAT----------T---A--TATGT-------------------------GTTTG-TGAAAT-GTT----------------------CGAACAACGAACTGCATACAGATCTAGTTA-A----TTCT---AATTTGTTTTGAAAAGAAAGACTCTCAAACGGCGGTTATTTGGTTATTTATATC-A---AAGTTAT----T-TACCACGTTTTCAAAAATTGGATCTGCAGAACGTTGC-T-T-TG-------GTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTATCTTATTCTAAGC-TTTTTCTTGTCTGTTC---------------A------AA------------------AA--CTAGTTGG-TGTGTTAATTTCAATGATg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AAGGTAACACCTATTTCTAA--CTCACATGCGGCAGCAAATACATTGAGTGACCATTTC--TGTTTAGTTTATAAAA-------ACTACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-G-TTTATAGAAATG----TATTACTAGGTTTGTTAATGGAAGACTACGCATTCCTCATTAATCCcaatgaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aCTACTCGCCTTTGCTGA--TCG-AC--AA-GTCTTTACATATTACGAAAGCAAATGGTTCCTATGGCATaaatgccatgtgttctactcgcctttgctgatcgacaagtctttacatattacgaaagcaaatggttcctatggcat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aaaggtaacacctatttctaactcacatgcggcagcaaatacattgagtgaccatttctgtttagtttataaaaactacgatgttattaactcttcagtacctgtttatagaaatgtattactaggtttgttaatggaagactacgcattcctcattaatccaaatgccatgtgttAAATAATCGATGTAATAA-------GAGAAA----TCACAAACAAAACGATACAGTAG------------C-CTTTTAATCATGGAGACAAATTGTAAAGTGTCTTATTCCTGAAACTAAATAAAGTTATTATCGTGATACCATTAATTCAAAT--A--AAAC-AACTCCCACGCAACTTTGGAACAGCTTAAATGAATTATCT--GTCTTTAGAAAT--CAAACACGGACGCACAATTTATTCATGATAATGAGTGTCAC-CTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCCCATTGCGTTTACAATGATTTTGTTTGCAATAGTAGTAGTTGTACATTTAATTGCATTTCAGACTCCAGACTTACATTTTATATCACTTGCAACGATTGTCATTGCTCAATTATTAACACAATATATTAAGTCACTTCTCATAAATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATTTGGTTATTTGTGTCAACAGTCACTAACCACAGTCTCAAAAATT






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Reference ( family-87 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NNNNNGACTCCAGNTATATATGTAACATTTGCTCTGAATGCCTTTGCCAGGATGATNATGTTAAGCAACGTAC------ANCAATGCGCGTTCTACTGTTCATT-C---AC-TGTT-----CATGTTTAAANCATGAGGCCCTCTATTTTTGGTTATCGTAGTC-TGTAAACGTTTCAAA-TCTNA-T-GTAGTTCAAATANTCCAATTAACA-TTTACGATCCACTATTGAGTT--AATATTA-TTG-GAA-TA-TGATATTGATGAAATCG-TTA-TATAAACGGTTTTAAAATGTGTTCAAATGG-AATCCAA---TCCTTGAACCAC-GGTTA---AGG-AA--AAAGGC---ATTTTTGTAA------------CATG-CATCC--G-AACATA-CAT--TCA--------TG-AAT---ATGTT--TATG-CGAAAC-GTTTT---T---GATTT-ATTTTCGGACAATGAACT---T-CAGAT--AG---A-ATTCT---AATTTGTTTCGAAACGATAGACTCTCAAATGGCGGTGGTTTGGTTATTTATATA-A---AA---AA----T-TACCATGTNTTCAAAGATTGGATCTTCAGAATGTTAC-T-T-CGATAACGAGTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTACCTNATTCTAAGC-CTTTTCTTGTTTGTTCT--------ATTTATA------AACCACCATC---ATTCG--AA--CTAGTT-G-TGTGTTAATTTCAATGATGCCATAGAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTTAA-TTTTGAT--TTA-TTGAAGTCAGATAACA-C-GTANAGTCGTGGCTAAGCANGNTGGAGTCTGTTGACTTC-AACA-A--ACTTACATCTGAGCCTACAAGGCTGCTACAACTGTAACTANTANTTCATCAGTCTTAATTNATCATGNTTTCACTAACNGGCCTNAAANTATNTCTGAAANTAGCTTCNTTCCTCATTACTCAATCNGTACGATCACTTCCCTGTATGTGTCGNAGGAAAACTNTCTTCAAGTTATATNAAANGTTCTAAATACCNTGTTCATAAANNCATAACATACAGGTNCATGAGCCACTTTGATAACATCAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGGTNNGNAATNNATGTATTTGACAATCCANAAGATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTATTCAATATNGTTTTAAATACACACGCNCCTATAA------GATGCAAGCGAGTAAAAAAGGTTAACCGNCCTGGCTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAA-AGAGAAA----TCACAAACAGAACGATATTGCAA------------CACTATNAATTATGGTGACAAACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAANCTACTATCGTGAAACTATTAATTCAAAT--A--AAA--AA-TCCTAAGGAACTTTGGAACAGTTTANATGAATTATCT--GGCTTTAAAATT--CAAACACAAACG--CAATTTATTCGTGACAATGAAGGTAAC-CCAATTTCCAA--CTCACATGCGGCAGCAAATGCATTTAATGACCATTTC--TGTTCAGTTTATAAAA-------A--ACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTTATAAAAATGAACTTATTACGAGGTTTTTTAATGAAAGACTACACACTTCTCCTGAATTCGGAC-TAA-GTCTTTATATACCACAANAGCAANTGGTTCCGATGGCATCA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CTTATTCTTGACGCTGAACTAATCTACTATCGTGAAAATATTTATTCAAAT--A--AAA--AG--ACTAATGAAGTTTAGAACAGTTTACATGAATTATCT--GGCTATAAAGTT--CAAACACAAATG--CAAatcatttccctgaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCGAATCTA--------------TCAATTTAA-T--A--AAATAAA-TTTTAAGAAACTTTGGAACTGTTTAAATGATTTATCT--GGC---AAAAataactcattt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAAC-TCAATATCCAG--CCCACCAGCGACAGAAATTGCATTTAATGATCATTTC--TGTTCAGTTTATAAAAAAC----A--ACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTaaaaatcaatca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aCTACTATACGTTTCATGAACTATTCAGTATTGTTGTAAATACACATGCACCTATAA------GATACAAACGCATAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAATTTGGCATGGAGCTCAATTACCTCATTGTAAAC-ATTTTCTTGTTTGCACT--------ATTTATA------AACCACCATC----TTCGGAAA--CTAGTT-GGTGTGTTAATTTCAATGATGCTCTAAAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTCAA-TTTTGAT--TTACTTAAAGTCAGATAAC--T-ATAAAGTCGTGGCTAAGCATGCTTGAGTCTGATGACTT--AACACA--ACTT----TTGAGCCTACAA--CTGTTACA---GTAACTATTAATTCATCAGTCTTAATTTATCATAGTTTTACTAACAGACTTAAAAATATGTCTGAAATTAGCTTCTTTCCTCATTACTCAATCAGT--GATCACTTCCCTGTATGTGTCGAAGGAAAACTGTCTTCAAGTTATATTAAAAGT---------CATGTTCATAAAACCATAACATACAGGTCCATGA-----------AAC--CAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGATATGTAATTGATATATTTGACAATCCAGAAAATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTTTTCAATAAGGTTTTAATTACACACGCCCCTATAA------GATGCAAGCCAGTAAAAAAGGTTAACCGTCCTGACTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAAGAAAAAAA----TAACAAATAGAACGATATTGCAA-------------ACTATACATTATAGTGACACACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAACATACTATCTTGAAACTATCAATTTAAATTCA--AGA--AA-TCCTAAGGAGCTTTGGGACAATTAAAATGATTTATCT--GGCTTTAAAATT--------CAAACG--CAATTTATTCGTGACAATAAAGGTAAC-CCAATTTCGAA--CTCGCATGCGACAGCAAATACATTTAATGACCATTTC--TGTTCAGTTCATAAAACCTATATG--A-GATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTC-TAGAGATAAACTTATTACGAGGCTTTTTAATTAAAGATTGCACTATTCTCCTGTATTTGAAC-
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaatgtaacattttctctgaatgcctctgccaggatgatggtgctaaacaccgtacagccgttctactgttcattgcacttgttcatgtttaaatcatgaggccctttgtttttggttagtgtagtcttgcaaatgtttcaaattcttattgtagttcaaataatccaattaacatttacgatccattattacattaaatgttatttggaattatgctattgctgaaatcgtttataaacggttttaaaatgtgttatggaaatccaatccttgaaccacggtaaaagtaaaaagactgaatgctttgcatttgaacttattgtctgaatcgaaaacttcaCAAAT---AATGTAAAAGTCCTGAAGCCAT-GGTTATGGGGG-AA--AAAGGC---ATTTTTGTAATTTGCATGTGAACATA-CATTCATG-AACATA-TAT--CCAAAACTTGATG-AATTCAAAGTTCTTATATCGCAAT-ATTCT---TAATGATTT-AATTTCGGACAATGAACT---A-CAGAT--AGGAAA-ATTC----AATTTGTTTTGAAATGATGGACTCACAAATG-CTGTTGTTTCGTTAAGTATAT------------------------------CAA-TATTTGATCTTCAGAATTTTAC-T-T-CAATAATGAGTCAATCTGAATTAATATTCGATTACTAAATTCTTAGTTCTTTTCTTATTTGTTCTTTATACACATTTATATACATAGACCACCATCTGAATTCG--AATTCTAGCT-GCTGTGTTAATTTCAATAATGCCTTAGAAAGGTCACGTGTTGAAGACAAGGAAACGATAGTTCTTGTCGATTTTAA-ATTTGAC--CAA-TTAAATTAAGATTACACC-GTACATTCATGGCTAAGTA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tacatataagtgaaccccagTTGTATACCACAAAAGAACATGGTACTGATGGCATCAattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcttgtataccacaaaagaacatggtactgatggcatcag
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tacatataagtgaaccccagaaattatcaaacacaaactcaatttattcaatgacaatttcaaaaactcacatgcggcagtaaatgcgttaaatggtctttaaatgttcagtttataaaaaacgatgttataaactcttgtataccctttttacgagttttttaatggaagatacaaatctactttcggaattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcTGCAA------------CA-G-CATCC--A-AACAT------------------T---AT---ATGTG--TTTG-TGAAAT-GTT--------------------CGAACAACGAACTGCATACAGATCTAGTT-A-ATTCT---AATTTGTTTTGAAAAGAAAGACTCTCAAACGGCGGTTATTTGGTTATTTATATC-A---AAGTTAT----T-TACCACGTTTTCAAAAATTGGATCTGCAGAACGTTGC-T-T-TG-------GTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTATCTTATTCTAAGC-TTTTTCTTGTCTGTTC---------------A------AA------------------AA--CTAGTTGG-TGTGTTAATTTCAATGATg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGGTAACACCTATTTCTAA--CTCACATGCGGCAGCAAATACATTGAGTGACCATTTC--TGTTTAGTTTATAAAA-------ACTACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-G-TTTATAGAAATG----TATTACTAGGTTTGTTAATGGAAGACTACGCATTCCTCATTAATCCcaatgaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aCTACTCGCCTTTGCTGA--TCG-AC--AA-GTCTTTACATATTACGAAAGCAAATGGTTCCTATGGCATaaatgccatgtgttctactcgcctttgctgatcgacaagtctttacatattacgaaagcaaatggttcctatggcat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aaaggtaacacctatttctaactcacatgcggcagcaaatacattgagtgaccatttctgtttagtttataaaaactacgatgttattaactcttcagtacctgtttatagaaatgtattactaggtttgttaatggaagactacgcattcctcattaatccaaatgccatgtgttAAATAATCGATGTAATAA-------GAGAAA----TCACAAACAAAACGATACAGTAG------------C-CTTTTAATCATGGAGACAAATTGTAAAGTGTCTTATTCCTGAAACTAAATAAAGTTATTATCGTGATACCATTAATTCAAAT--A--AAAC-AACTCCCACGCAACTTTGGAACAGCTTAAATGAATTATCT--GTCTTTAGAAAT--CAAACACGGACGCACAATTTATTCATGATAATGAGTGTCAC-CTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCCCATTGCGTTTACAATGATTTTGTTTGCAATAGTAGTAGTTGTACATTTAATTGCATTTCAGACTCCAGACTTACATTTTATATCACTTGCAACGATTGTCATTGCTCAATTATTAACACAATATATTAAGTCACTTCTCATAAATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATTTGGTTATTTGTGTCAACAGTCACTAACCACAGTCTCAAAAATT






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Reference ( family-87 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NNNNNGACTCCAGNTATATATGTAACATTTGCTCTGAATGCCTTTGCCAGGATGATNATGTTAAGCAACGTAC------ANCAATGCGCGTTCTACTGTTCATT-C---AC-TGTT-----CATGTTTAAANCATGAGGCCCTCTATTTTTGGTTATCGTAGTC-TGTAAACGTTTCAAA-TCTNA-T-GTAGTTCAAATANTCCAATTAACA-TTTACGATCCACTATCGAGTT--AATATTA-TTG-GAA-TA-TGATATTGATGAAATCG-TTA-TATAAACGGTTTTAAAATGTGTTCAAATGG-AATCCAA---TCCTTGAACCAC-GGTTA---AGG-AA--AAAGGC---ATTTTTGTAA------------CATG-CATCC--G-AACATA-CAT--TCA--------TG-AAT---ATGTT--TATG-CGAAAC-GTTTT---T---GATTT-ATTTTCGGACAATGAACT---T-CAGAT--AG---A-ATTCT---AATTTGTTTCGAAACGATAGACTCTCAAATGGCGGTGGTTTGGTTATTTATATA-A---AA---AA----T-TACCATGTNTTCAAAGATTGGATCTTCAGAATGTTAC-T-T-CGATAACGAGTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTACCTNATTCTAAGC-CTTTTCTTGTTTGTTCT--------ATTTATA------AACCACCATC---ATTCG--AA--CTAGTT-G-TGTGTTAATTTCAATGATGCCATAGAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTTAA-TTTTGAT--TTA-TTGAAGTCAGATAACA-C-GTANAGTCGTGGCTAAGCANGNTGGAGTCTGTTGACTTC-AACA-A--ACTTACATCTGAGCCTACAAGGCTGCTACAACTGTAACTANTANTTCATCAGTCTTAATTNATCATGNTTTCACTAACNGGCCTNAAANTATNTCTGAAANTAGCTTCNTTCCTCATTACTCAATCNGTACGATCACTTCCCTGTATGTGTCGNAGGAAAACTNTCTTCAAGTTATATNAAANGTTCTAAATACCNTGTTCATAAANNCATAACATACAGGTNCATGAGCCACTTTGATAACATCAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGGTNNGNAATNNATGTATTTGACAATCCANAAGATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTATTCAATATNGTTTTAAATACACACGCNCCTATAA------GATGCAAGCGAGTAAAAAAGGTTAACCGNCCTGGCTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAA-AGAGAAA----TCACAAACAGAACGATATTGCAA------------CACTATNAATTATGGTGACAAACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAANCTACTATCGTGAAACTATTAATTCAAAT--A--AAA--AA-TCCTAAGGAACTTTGGAACAGTTTANATGAATTATCT--GGCTTTAAAATT--CAAACACAAACG--CAATTTATTCGTGACAATGAAGGTAAC-CCAATTTCCAA--CTCACATGCGGCAGCAAATGCATTTAATGACCATTTC--TGTTCAGTTTATAAAA-------A--ACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTTATAAAAATGAACTTATTACGAGGTTTTTTAATGAAAGACTACACACTTCTCCTGAATTCGGAC-TAA-GTCTTTATATACCACAANAGCAANTGGTTCCGATGGCATCA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CTTATTCTTGACGCTGAACTAATCTACTATCGTGAAAATATTTATTCAAAT--A--AAA--AG--ACTAATGAAGTTTAGAACAGTTTACATGAATTATCT--GGCTATAAAGTT--CAAACACAAATG--CAAatcatttccctgaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCGAATCTA--------------TCAATTTAA-T--A--AAATAAA-TTTTAAGAAACTTTGGAACTGTTTAAATGATTTATCT--GGC---AAAAataactcattt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAAC-TCAATATCCAG--CCCACCAGCGACAGAAATTGCATTTAATGATCATTTC--TGTTCAGTTTATAAAAAAC----A--ACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTaaaaatcaatca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aCTACTATACGTTTCATGAACTATTCAGTATTGTTGTAAATACACATGCACCTATAA------GATACAAACGCATAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAATTTGGCATGGAGCTCAATTACCTCATTGTAAAC-ATTTTCTTGTTTGCACT--------ATTTATA------AACCACCATC----TTCGGAAA--CTAGTT-GGTGTGTTAATTTCAATGATGCTCTAAAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTCAA-TTTTGAT--TTACTTAAAGTCAGATAAC--T-ATAAAGTCGTGGCTAAGCATGCTTGAGTCTGATGACTT--AACACA--ACTT----TTGAGCCTACAA--CTGTTACA---GTAACTATTAATTCATCAGTCTTAATTTATCATAGTTTTACTAACAGACTTAAAAATATGTCTGAAATTAGCTTCTTTCCTCATTACTCAATCAGT--GATCACTTCCCTGTATGTGTCGAAGGAAAACTGTCTTCAAGTTATATTAAAAGT---------CATGTTCATAAAACCATAACATACAGGTCCATGA-----------AAC--CAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGATATGTAATTGATATATTTGACAATCCAGAAAATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTTTTCAATAAGGTTTTAATTACACACGCCCCTATAA------GATGCAAGCCAGTAAAAAAGGTTAACCGTCCTGACTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAAGAAAAAAA----TAACAAATAGAACGATATTGCAA-------------ACTATACATTATAGTGACACACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAACATACTATCTTGAAACTATCAATTTAAATTCA--AGA--AA-TCCTAAGGAGCTTTGGGACAATTAAAATGATTTATCT--GGCTTTAAAATT--------CAAACG--CAATTTATTCGTGACAATAAAGGTAAC-CCAATTTCGAA--CTCGCATGCGACAGCAAATACATTTAATGACCATTTC--TGTTCAGTTCATAAAACCTATATG--A-GATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTC-TAGAGATAAACTTATTACGAGGCTTTTTAATTAAAGATTGCACTATTCTCCTGTATTTGAAC-
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaatgtaacattttctctgaatgcctctgccaggatgatggtgctaaacaccgtacagccgttctactgttcattgcacttgttcatgtttaaatcatgaggccctttgtttttggttagtgtagtcttgcaaatgtttcaaattcttattgtagttcaaataatccaattaacatttacgatccattattacattaaatgttatttggaattatgctattgctgaaatcgtttataaacggttttaaaatgtgttatggaaatccaatccttgaaccacggtaaaagtaaaaagactgaatgctttgcatttgaacttattgtctgaatcgaaaacttcaCAAAT---AATGTAAAAGTCCTGAAGCCAT-GGTTATGGGGG-AA--AAAGGC---ATTTTTGTAATTTGCATGTGAACATA-CATTCATG-AACATA-TAT--CCAAAACTTGATG-AATTCAAAGTTCTTATATCGCAAT-ATTCT---TAATGATTT-AATTTCGGACAATGAACT---A-CAGAT--AGGAAA-ATTC----AATTTGTTTTGAAATGATGGACTCACAAATG-CTGTTGTTTCGTTAAGTATAT------------------------------CAA-TATTTGATCTTCAGAATTTTAC-T-T-CAATAATGAGTCAATCTGAATTAATATTCGATTACTAAATTCTTAGTTCTTTTCTTATTTGTTCTTTATACACATTTATATACATAGACCACCATCTGAATTCG--AATTCTAGCT-GCTGTGTTAATTTCAATAATGCCTTAGAAAGGTCACGTGTTGAAGACAAGGAAACGATAGTTCTTGTCGATTTTAA-ATTTGAC--CAA-TTAAATTAAGATTACACC-GTACATTCATGGCTAAGTA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tacatataagtgaaccccagTTGTATACCACAAAAGAACATGGTACTGATGGCATCAattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcttgtataccacaaaagaacatggtactgatggcatcag
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tacatataagtgaaccccagaaattatcaaacacaaactcaatttattcaatgacaatttcaaaaactcacatgcggcagtaaatgcgttaaatggtctttaaatgttcagtttataaaaaacgatgttataaactcttgtataccctttttacgagttttttaatggaagatacaaatctactttcggaattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcTGCAA------------CA-G-CATCC--A-AACAT------------------T---AT---ATGTG--TTTG-TGAAAT-GTT--------------------CGAACAACGAACTGCATACAGATCTAGTT-A-ATTCT---AATTTGTTTTGAAAAGAAAGACTCTCAAACGGCGGTTATTTGGTTATTTATATC-A---AAGTTAT----T-TACCACGTTTTCAAAAATTGGATCTGCAGAACGTTGC-T-T-TG-------GTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTATCTTATTCTAAGC-TTTTTCTTGTCTGTTC---------------A------AA------------------AA--CTAGTTGG-TGTGTTAATTTCAATGATg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGGTAACACCTATTTCTAA--CTCACATGCGGCAGCAAATACATTGAGTGACCATTTC--TGTTTAGTTTATAAAA-------ACTACGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-G-TTTATAGAAATG----TATTACTAGGTTTGTTAATGGAAGACTACGCATTCCTCATTAATCCcaatgaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aCTACTCGCCTTTGCTGA--TCG-AC--AA-GTCTTTACATATTACGAAAGCAAATGGTTCCTATGGCATaaatgccatgtgttctactcgcctttgctgatcgacaagtctttacatattacgaaagcaaatggttcctatggcat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aaaggtaacacctatttctaactcacatgcggcagcaaatacattgagtgaccatttctgtttagtttataaaaactacgatgttattaactcttcagtacctgtttatagaaatgtattactaggtttgttaatggaagactacgcattcctcattaatccaaatgccatgtgttAAATAATCGATGTAATAA-------GAGAAA----TCACAAACAAAACGATACAGTAG------------C-CTTTTAATCATGGAGACAAATTGTAAAGTGTCTTATTCCTGAAACTAAATAAAGTTATTATCGTGATACCATTAATTCAAAT--A--AAAC-AACTCCCACGCAACTTTGGAACAGCTTAAATGAATTATCT--GTCTTTAGAAAT--CAAACACGGACGCACAATTTATTCATGATAATGAGTGTCAC-CTAA


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-87 )       :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                NNNNNGACTCCAGNTATATATGTAACATTTGCTCTGAATGCCTTTGCCAGGATGATNATGTTAAGCAACGTAC------ANCAATGCGCGTTCTACTGTTCATT-C---AC-TGTT-----CATGTTTAAANCATGAGGCCCTCTATTTTTGGTTATCGTAGTC-TGTAAACGTTTCAAA-TCTNA-T-GTAGTTCAAATANTCCAATTAACA-TTTACGATCCACTATCGAGTT--AATATTA-TTG-GAA-TA-TGATATTGATGAAATCG-TTA-TATAAACGGTTTTAAAATGTGTTCAAATGG-AATCCAA---TCCTTGAACCAC-GGTTA---AGG-AA--AAAGGC---ATTTTTGTAA------------CATG-CATCC--G-AACATA-CAT--TCA--------TG-AAT---ATGTT--TATG-CGAAAC-GTTTT---T---GATTT-ATTTTCGGACAATGAACTTCAGATAGAT------ANTTTCAATTTGTTTCGAAACGATAGACTCTCAAATGGCGGTGGTTTGGTTATTTATATA-A---AA---AA----T-TACCATGTNTTCAAAGATTGGATCTTCAGAATGTTAC-T-T-CGATAACGAGTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTACCTNATTCTAAGC-CTTTTCTTGTTTGTTCT--------ATTTATA------AACCACCATC-TT--GAA-----A--CTAGTTGNTGTGTTAATTTCAATGATGCCATAGAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTTAA-TTTTGAT--TTA-TTGAAGTCAGATAACACCGTANAGTCGTGGCTAAGCANGNTGGAGTCTGTTGACTTC-AACA-A--ACTTACATCTGAGCCTACAAGGCTGCTACAACTGTAACTANTANTTCATCAGTCTTAATTNATCATGNTTTCACTAACNGGCCTNAAANTATNTCTGAAANTAGCTTCNTTCCTCATTACTCAATCNGTACGATCACTTCCCTGTATGTGTCGNAGGAAAACTNTCTTCAAGTTATATNAAANGTTCTAAATACCNTGTTCATAAANNCATAACATACAGGTNCATGAGCCACTTTGATAACATCAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGGTNNGNAATNNATGTATTTGACAATCCANAAGATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTATTCAATATNGTTTTAAATACACACGCNCCTATAA------GATGCAAGCGAGTAAAAAAGGTTAACCGNCCTGGCTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAA-AGAGAAA----TCACAAACAGAACGATATTGCAA------------CACTATNAATTATGGTGACAAACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAANCTACTATCGTGAAACTATTAATTCAAAT--A--AA--A-AA-TCCTAAGGAACTTTGGAACAGTTTANATGAATTATCT--GGCTTTAAAATT--CAAACACAAACG--CAATTTATTCGTGACAATGAAGGTAAC-CCAATTTCCAA--CTCACATGCGGCAGCAAATGCATTTAATGACCATTT--CTGTTCAGTTTAT-AAAA-NC-AC----GATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTTATAAAAATGAACTTATTACGAGGTTTTTTAATGAAAGACTACACACTTCTCCTGAATTCGGAC-TAA-GTCTTTATATACCACAANAGCAANTGGTTCCGATGGCATCA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CTTATTCTTGACGCTGAACTAATCTACTATCGTGAAAATATTTATTCAAAT--A--AA--A-AG--ACTAATGAAGTTTAGAACAGTTTACATGAATTATCT--GGCTATAAAGTT--CAAACACAAATG--CAAatcatttccctgaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGC--------------GAATCTATCAATTT-AAT--A--AAATA-AA-TTTTAAGAAACTTTGGAACTGTTTAAATGATTTATCT--GGC---AAAAataactcattt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAAC-TCAATATCCAG--CCCACCAGCGACAGAAATTGCATTTAATGATCATTT--CTGTTCAGTTTATAAAAA-ACAAC----GATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTaaaaatcaatca
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aCTACTATACGTTTCATGAACTATTCAGTATTGTTGTAAATACACATGCACCTATAA------GATACAAACGCATAAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TCAATTTGGCATGGAGCTCAATTACCTCATTGTAAAC-ATTTTCTTGTTTGCACT--------ATTTATA------AACCACCATC-TTCGGAA-----A--CTAGTTGGTGTGTTAATTTCAATGATGCTCTAAAAAGGTCACTTGTTGAAGACAAGGAAACGTTAGTTCTTGGCGATTTCAA-TTTTGAT--TTACTTAAAGTCAGATAAC--TATAAAGTCGTGGCTAAGCATGCTTGAGTCTGATGACTT--AACACA--ACTT----TTGAGCCTACAA--CTGTTACA---GTAACTATTAATTCATCAGTCTTAATTTATCATAGTTTTACTAACAGACTTAAAAATATGTCTGAAATTAGCTTCTTTCCTCATTACTCAATCAGT--GATCACTTCCCTGTATGTGTCGAAGGAAAACTGTCTTCAAGTTATATTAAAAGT---------CATGTTCATAAAACCATAACATACAGGTCCATGA-----------AAC--CAAATTTATCGCAGATTTGTCAGAACAACCGTGATATGTAATTGATATATTTGACAATCCAGAAAATGCACCTGTCTAC-ATACTTTTCATGATCTTTTCAATAAGGTTTTAATTACACACGCCCCTATAA------GATGCAAGCCAGTAAAAAAGGTTAACCGTCCTGACTGGATCAATAAAGAAATACTCGATACAATAAATAAAGAAAAAAA----TAACAAATAGAACGATATTGCAA-------------ACTATACATTATAGTGACACACTGTTAAGTCTCTAATTCTTGAAGCTAAGCAAACATACTATCTTGAAACTATCAATTTAAATTCA--AG--A-AA-TCCTAAGGAGCTTTGGGACAATTAAAATGATTTATCT--GGCTTTAAAATT--------CAAACG--CAATTTATTCGTGACAATAAAGGTAAC-CCAATTTCGAA--CTCGCATGCGACAGCAAATACATTTAATGACCATTT--CTGTTCAGTTCAT-AAAA-CCTATATGAGATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-GTTTC-TAGAGATAAACTTATTACGAGGCTTTTTAATTAAAGATTGCACTATTCTCCTGTATTTGAAC-
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tataaatgtaacattttctctgaatgcctctgccaggatgatggtgctaaacaccgtacagccgttctactgttcattgcacttgttcatgtttaaatcatgaggccctttgtttttggttagtgtagtcttgcaaatgtttcaaattcttattgtagttcaaataatccaattaacatttacgatccattattacattaaatgttatttggaattatgctattgctgaaatcgtttataaacggttttaaaatgtgttatggaaatccaatccttgaaccacggtaaaagtaaaaagactgaatgctttgcatttgaacttattgtctgaatcgaaaacttcaCAAAT---AATGTAAAAGTCCTGAAGCCAT-GGTTATGGGGG-AA--AAAGGC---ATTTTTGTAATTTGCATGTGAACATA-CATTCATG-AACATA-TAT--CCAAAACTTGATG-AATTCAAAGTTCTTATATCGCAAT-ATTCT---TAATGATTT-AATTTCGGACAATGAACTACAGATAGGA------AAATTCAATTTGTTTTGAAATGATGGACTCACAAATG-CTGTTGTTTCGTTAAGTATAT------------------------------CAA-TATTTGATCTTCAGAATTTTAC-T-T-CAATAATGAGTCAATCTGAATTAATATTCGATTACTAAATTCTTAGTTCTTTTCTTATTTGTTCTTTATACACATTTATATACATAGACCACCATC-T---GAATTCGAATTCTAGCTGCTGTGTTAATTTCAATAATGCCTTAGAAAGGTCACGTGTTGAAGACAAGGAAACGATAGTTCTTGTCGATTTTAA-ATTTGAC--CAA-TTAAATTAAGATTACACCGTACATTCATGGCTAAGTA
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gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tacatataagtgaaccccagTTGTATACCACAAAAGAACATGGTACTGATGGCATCAattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcttgtataccacaaaagaacatggtactgatggcatcag
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tacatataagtgaaccccagaaattatcaaacacaaactcaatttattcaatgacaatttcaaaaactcacatgcggcagtaaatgcgttaaatggtctttaaatgttcagtttataaaaaacgatgttataaactcttgtataccctttttacgagttttttaatggaagatacaaatctactttcggaattttattgcttcaggttttctttgttgaacaacaacttaatttttcTGCAA------------CA-G-CATCC--A-AACAT------------------T---AT---ATGTG--TTTG-TGAAAT-GTT--------------------CGAACAACGAACTGCATACAGATCTAGTTAATTCTAATTTGTTTTGAAAAGAAAGACTCTCAAACGGCGGTTATTTGGTTATTTATATC-A---AAGTTAT----T-TACCACGTTTTCAAAAATTGGATCTGCAGAACGTTGC-T-T-TG-------GTCAATTTGGCTTGAAGTTCAATTATCTTATTCTAAGC-TTTTTCTTGTCTGTTC---------------A------A---------------AA-----A--CTAGTTGGTGTGTTAATTTCAATGATg
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAGGTAACACCTATTTCTAA--CTCACATGCGGCAGCAAATACATTGAGTGACCATTT--CTGTTTAGTTTAT-AAAA-ACTAC----GATGTTATTAACTCTTCAGTACCT-G-TTTATAGAAATG----TATTACTAGGTTTGTTAATGGAAGACTACGCATTCCTCATTAATCCcaatgaaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aCTACTCGCCTTTGCTGA--TCG-AC--AA-GTCTTTACATATTACGAAAGCAAATGGTTCCTATGGCATaaatgccatgtgttctactcgcctttgctgatcgacaagtctttacatattacgaaagcaaatggttcctatggcat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaaggtaacacctatttctaactcacatgcggcagcaaatacattgagtgaccatttctgtttagtttataaaaactacgatgttattaactcttcagtacctgtttatagaaatgtattactaggtttgttaatggaagactacgcattcctcattaatccaaatgccatgtgttAAATAATCGATGTAATAA-------GAGAAA----TCACAAACAAAACGATACAGTAG------------C-CTTTTAATCATGGAGACAAATTGTAAAGTGTCTTATTCCTGAAACTAAATAAAGTTATTATCGTGATACCATTAATTCAAAT--A--AA--ACAACTCCCACGCAACTTTGGAACAGCTTAAATGAATTATCT--GTCTTTAGAAAT--CAAACACGGACGCACAATTTATTCATGATAATGAGTGTCAC-CTAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TCCCATTGCGTTTACAATGATTTTGTTTGCAATAGTAGTAGTTGTACATTTAATTGCATTTCAGACTCCAGACTTACATTTTATATCACTTGCAACGATTGTCATTGCTCAATTATTAACACAATATATTAAGTCACTTCTCATAAATGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATTTGGTTATTTGTGTCAACAGTCACTAACCACAGTCTCAAAAATT