lowQualScore : 11111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 11 1 2222222 22222222 2 33333333 1 11111111111111111111 11 22 11 11 11 444444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1 1 11111 8888888888888 1 1 333333333333333333333 1 1 333 1 3 55555555555 111111 11 1111 11 1 2222222 333 111 2222222 111 33333333333 5555555555 22222 11 11 222 1 33 1 222 1 11 11 1 1
lowQualScore : 5 33 2 1111111 1 55555555 5 0 1 5 44444444 6 5 7 6 3 77777777777777777777 00 4 0 55 9 3 11 0 3 33 8 4 4 2 1 33 3 444444444444 44 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 5 5 0 44444 3333333333333 1 3 3 5 777777777777777777777 3 4 2 0 111 1 6 3 7 0 3 8888 1 2 66 0 4 0 4 2 5 2 00000000000 444444 88 6666 00 88 7 1111111 555 111 6 2222222 6 1 111 7 7 1 9 0 6 99 33333333333 1111111111 99 6 88888 55 6 55 222 3 3 66 1 1 3 2 444 2 9 0 33 33 0 7
lowQualScore : . .. . ....... . ........ . . . . ........ . . . . . .................... .. . . .. . . .. . . .. . . . . . .. . ............ .. ................................................................................ .. . . . . ..... ............. . . . . ..................... . . . . ... . . . . . . .... . . .. . . . . . . . ........... ...... .. .... .. .. . ....... ... ... . ....... . . ... . . . . . . .. ........... .......... .. . ..... .. . .. ... . . .. . . . . ... . . . .. .. . .
lowQualScore : 0 88 8 7777777 7 77777777 2 8 8 0 22222222 0 0 7 0 3 33333333333333333333 77 0 7 00 2 5 22 8 0 22 8 0 0 5 2 88 2 888888888888 55 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 88 2 0 0 7 33333 6666666666666 7 2 5 0 000000000000000000000 2 8 2 2 444 4 0 0 0 8 5 0000 0 3 44 9 0 5 0 0 4 4 22222222222 000000 11 4444 33 22 0 2222222 000 777 0 7777777 3 7 777 8 5 0 0 3 7 22 77777777777 7777777777 22 7 33333 88 7 77 000 3 3 77 0 4 2 2 222 2 8 0 88 88 0 0
consensus : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A----CGCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAANTGACTCGACC-AACC-AA-------G--------GGTTAANANTATA-TAATAATTATATATTNTCGATACTGCGATCGTTCTCAATCTCTACACTNTTANCGAATGACTATATATAT--CATATA----------GAAGTGTGAG------AAA---AT------GTGA--AG-------CAAAAATCCGGGAG-TTATCTCTAGT-------------------AAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTG-----AAATAAATAAAT----GTTAAAATTTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAGA-----TCTTAACTGTTGCAAAAA-AGGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATG-TTTATGCTATAAAATGATTTATTTG---CA-CTATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGCGN-ATTTTGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-NTTCAATTCATGTTAAAAC---A---CAG-AAAGA---TAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----G--A-GAAA--A-TAC--A-TGGCATC--T-TTTT-GCG-C-TT-ATTGTTTGTAAATTGCTTCATTAATATAAAAGTTGTGAA--CGATTAT-TT--ATCTAAA--TTCCC-CGTTTTCATCAAA
Reference ( gi|3 ) : GTAACCTCTACACATGATCTTATGTA-------TGTATA--A----AGCAAACATCTATTCTTAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TAAAAGCAATTAAGTCACTGGTTCAAATGGCTCGACC-AAC--AA-------G--------GGTTAGTAATGTAATAATAATTATATATTATCGATCCTGTGATCTTTCTCAATCTCTACACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATAAA----------GAAGTGCGAG------GAA---GT------GTGA--GG-------CAAAAA-----------------A---------------------AAACAATCCC--GTGACAATGTCGGCCAACACAAACTG-----AAAT------------GTTAAAATTTAATTTAGAACATGACTAAGATTGTTTTA---AACATGTGTAGT-----TCTTTATTGTTTCAAAAAAAGGATACTCTTTGGAAACTTTTAGAATTGATTACCGTTGGACATTTATACCGAGAGTGTTTTTGAGTGTGGTCGCTGTCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATG-TTTA-GCTATAAAATAATTTATTAT---CA-CTGTTTC--GTA-AAAAAATAAAGGCGA-ATTCGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCATTTCATGTTAAAAC---A---CAG---AGA---TAAGCTAGACCAC---GATTTCAGATCTCCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGTGCTGACTCGGAAATATTACCGAAGTGTTCCCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----G--ACGAAA--A-TAT--AACGACATC--T-TTTC-GCG-C-TT-ATTGTTTGTAAATTGCTTCGT--ATATAAACGTTGTAAT--CAATTAT-TT--ATCTAAA--TTCCT-CGTTTTCAACAAA
gi|2 : GTCACCTTCACACGTGACCTTACGTA-------TGTATA--A----CGCAAATATCTTTTCT-----ACGTTCAAACAGAGACA-----TTTAAATAATTAAGTCACAGGTTCAAATGACTCGACC-AACC-AA-------ATGTCACATGGTTAAAAATAT--TAATAATTATATATTATCGAAACTGTGACCTTTCTCAATCTCTACACTATTAAC-AATGGCTATATATAT--CATATA----------GAAGTGTGAG------AAA---ATAAAACTGTGA--A---------AAAAG-----------------ACTCCACCAGTTTATTTCTAATAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAGCACAAACTG-----AAGT----------------AAAT---------AA-ATG-TTAAAAACGTTTT------------TAGA-----TCTAAATTGTTGCGAAAA---GGTACTCTTTGGAAAGTTATAAACTTGATTTCCGTTGGACATTTATACCGATAATGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTTAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGATATCTTTACTATATTTTT-GCTATAAAATGA---ATTATGTGCA-CTGTTTC--AT--TACACGTTAAGGCGA-ATTTTGGTCTAAAATATTGAAAGAGG-TTTCAATTCTTGTTCAAAC---A---CAGGAAAAA---TAGGCTAAAACACGATGATTTTAGATCTGTAAGTATCGGAAAGTATGGTCGACAT--GCGCGGTGACTCGGAACTGTTATCGAAGTGTTATCAAAATGTAAAAGCAT--TCTC------GAC-ATATATAATAACATCTTTAG---G--AAGAGA--A-TACAAAATAATATCTTT-TTTT-GCGTT-TT-TTTATTGGTAAATTGCTTCATTAATAAAAAAGCTGTGAA--CGATTAT-TT--ATCTAAGTTTTCTC-CGTTTTCATCAAA
gi|1 : aaatgctgttcattttataGTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A----CGCAAACATCTATTCTAAGATACGTTCAAAAAGAGACACACGATATAAACAATTAAGTCGCTGGTTCAACTAACTCGACC-AGCCGAATACCACTG--------GGTTAATACTATATGAATACTTTCGTATTTTCGATACTGCGATCGTTCTCATTCCCCACACTTTTATCGAATTACTATATATATATCATACA----------GAAGTGTGAG------AAA---AT------AAAA--GGGTAAAAACAAAAATCCGGAAGTTTATTTCTAGT-------------------AAACAATCTCCTGCGACTATGGCGTCCAAATAAAACTG-----AAATAAAT--------GTTAAAATTTGATTGAGAACCTAAATAAACTTTTTTTA---AACGTTTGTAGA-----TCTTAATTGTTGCATAAA--GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTGATACCCAGACGGTTTTCG-----------TGTCTA--TTTCCATCTGC-TCAAATTGGTA------ACATCTTTACTATG-TTTATGCTATAAAATGATTT-----------------C--ATA-AAAAG-TAAAGGCGT-ATTTTGGTCTAAAACATTGAAAGAAATGTTCAATTCATGTTGAAACTCGG---CAA---AGG---TAAGCTAAAACAC---GATTTCAGATCTCCGAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACGT--CCGTGCTGACACGGAAATATTATCGAATTGTTCTCAAAAAGAATAA-TAT--TCTC-------GTCATATATAATTACATCATT-----G--A-GAAATGACTAC--AGTGACATC--T-TTTT-GCG-CTTT-ATTGTTTGTAAATTGCTTCATTAATAAAAAAGTTtatttgatgtggcgacatcatttgtgactacgtgaaattgtttgtttccccacc
gi|8 : aaacaccttatataacatgtatacaggccttgttcagtatgccggagttcaagctgtctcagactgtaaacaccttatannnnnnnnnntacacgtattcaggcattgtccagtatgccggagttcaagctgtctcggggccactttttgtttttcttacaatattgataacgtgacggatcttgcataggccaaatgacgatatgcttgatgacatgttcgaaatagtgtcacctgtttatatattactttgtataggtttgtaacttagtgatgatacacatagtaacaaagacagtacttggtgactcgatgtaaaacttaaaatatattagatcatgttttaaggcaaccaaacgcagttcattttacaGTCACCTACACATATGATCTAAAATA-------GGTATA--A----CTCAAAAATATATTCTAATATACATTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCATTTGATTCGACCAAAC--AA----------------ATTTCACAGGGT--TAATA---ATATAGTCTCAATC------TCTATCTC--TATCTA-ACTTCTATCGAATGACTACGAATAT--CATAAAATAAAATTATAAAAT-CCAG------GAGTTTAT------TTGT--AG-------T--------------------------------------------AAACAATCTC--ACGATAATGGCGCAAAAAATAAACTGAAAACAAAT------------GTTAcctccgttttcatgagctatttagtgcggcgacatcattttgtttccaaaccgtggtcacgta
gi|4 : taataacaaagacagtggtttttcgatgttaaagttttcatgtttgaaggcgaccaaatgtagttaatttgaaCCTTCACACATGATCTTA-GTT-------TGTATATTA----TGTAAACATTTATTCTAAGGAACGTTCAAA
gi|12 : CCTTCACACATGATCTTATGTT-------CG-ATA--A----CACAAACATATATTGTATGGTATGTCCAAAtgactctaccaaattctacacaaactgaaaatctaatttagaacatgaataagatttttttatgaaacatttatagccatgattttaactgttgcagaaaggatactctttggaatcttttaaaattggtttctgttcgatatttataccaatattgtttttgagtgtggtcgccatctaaatttcaatatgctacaattggtgttgttgtcgtgtttactatggtgcattatttcataaacaataaaggcacatttgggtctaaaatattgaaagaaggttcaattcatgttaaaacacatcaaagataagctaaattgtgatttcagatcttcaagtgctggaaagtgtggtcaacatgcatgttgtttcggaaatatttgaatagccttattatagatataataatattattagaaagagaaaatattggtatcttttctgcactttactgttggtaaattacttcattaa
gi|7 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcagccgACACATAAGCCTAAGTAGGGCCTATGCATA--AGTCAAGCAAACATATATTCTAAGGCATGTTCAAA-AGAttactcgaccaaccaaattctacacaaactgaaataactaaatgttaaaattcaattagaacatcaataatatttt
gi|18 : tcCAGAGACA-----CATAAATAATTAAGTCACCGCTTctcgactaaccaagttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|5 : ctcaatgcattttaacatacttttatAATAATAATTATATATTATAGATACTGTGATTGTTCTCTATCTCTAAACTATCAACGAATGACCATACATAT--CA-ATA----------GAAGTGTGAGCAAATAAAA---GT------GTAATAAA-------CAAGAATCCAGGAGATTATCTCTAGT-------------------AAACAATCCC--GTGACAAAAGCACCCAAAACAAACTG-----AAATAAATAAAT----GTTATATTTTAATTTAGAACATGAATAAGCTT-TTTTA---AGCGTTTG-AGA-----TCTTAACTATTGCAAAA--AGGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTATCCGTTTGACATTTATTCAGACAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTGT-TTAAATTGTAGTGATTGACATCTTTACTATG-TTTATGCTATACAATGATTTA
gi|4 : gtttgtaacttagcaACACAAACTG-----AAA-------------------ATCTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTATGAAACATTTATAGCCATGATTTTAACTGTTGCAGAAA--GGATACTCTTTGGAATCTTTTAAAATTGGTTTCTGTTCGATATTTATACCAATATTGTTTTTGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATATGC-TACAATTGGTGTTGTTGTCGTGTTTACTATG-GT---GC-------------ATTA----------TTTC--AT--AAACAATAAAGGCAC-ATTTGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAAC---ACATCAA---AGA---TAAGCTAAATTGT---GATTTCAGATCTTCAAGTGCTGGAAAGTGTGGTCAACAT--GCATGTTGTTTCGGAAATATT-------TG------AATAGCCT---TAT------------TAT-AGATATAATAATATTATTAGAAAG--A-GAAA--A-TAT----TGGTATC--T-TTTCTGCA-CTTT-ACTGTTGGTAAATTACTTCAT--aattgaatgttgcggcaaggttttttttaattacacgt
gi|7 : ccttcacacatgatcttagtttgtatattatgtaaacatttattctaaggaacgttcaaatgactctaccaaattctACACAAACTG-----AAATAAATAAATAAATGTTAAAATTTAATTTAATTCATGAATAAGATTTTTTTA---AATGTTTATAGA-----T-TTCAATCTTTGCAGCAAAGGAAACTCTTAGGAGATTTATAAAATTTGTTTTTGTTGGAC-TGCAT-------GTGTTTTCGAGTATGGTCGCCATCTAAACTTCAATCTGT-TAAAATTGTTGTGGTTTACATCTTTACTATT-TTTATGCTATACAATGATTTATTTG---CA-CTATTTC--ATA-AAAAA-TAAAGGCGtaa
gi|12 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagtcaagcaaacatatattctaaggcatgttcaaaagactcgactaaccaagttctACACAAACTG-----AAATAACTAAAT----GTTAAAATTCAA-TTAGAACATCAATAATATTta
gi|11 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcagccgccttcacacatgatcttatgttcgataacacaaacatatattgtatggtatgtccaaattactcgaccaaccaaattctTACTGTGGGTGTTTTCGAATGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTTC-TAAAATTGCT--------CATCTTTACTATG-TTTATGCTATAAAACGATTTATTG----CA-CTATTTC--ATA-AAAGA-TAAAGGCGT--TTTTGGTCTAAGATATTGAAAGAAG-TTTTAATTTATGTTAAAAC---A---CAG---AAAAGTTCAGCTAAAGTA----AAT---AAATCTTCAAGTATCGGAAAGTGTGATTGAC-----CGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAATGTTCACAAAAAGTATAA-TATTATCTT------TGT-ATtt
gi|15 : GTTTTTTTGGGTGTGGTCGTCATCTAAATTTCTATTTTCCTAG--TTGGTGTGGTTGACATATTTACTATG-TTAATGCTATAAAATGAT
gi|13 : gtatatTATTTTTG-GCGTGGTCGTCATCTAAATTCC-ATATGC-T-AAATTGGCGTG---------TTTTCTATG-TTTATTTTATAAACTAACTTTTTTG---AA-C--TTAT--ATATAAAAGATAAAGGCAATATGTGGGTCTAGAATATTGAAAatttttgcatttattt
gi|10 : gtttgaaaacaaagcagttaaatggcatcacgtcgtgatatgaaacaattagagcaaccaTTTTCGAGTGTGGTCGTATTCTAAATATAAATCTTC-TAAAAATGGCGTGGTTGACATTTTTACTATG-TTTATGTTATAAACTGAATTATTTG---CATTTATTTCTTATA-AAAAAATAAAGTT----TTTGGGTCTAAAA-ATTGAAAAAAG-
gi|17 : aaattctgtaaaataaacccgtctagatgattcttaaagcccaaccgaaacttcgtttaaggataatattgaaaactttatgaaacgttattatggtgttctaaacgaacctgcgtttgaaatggctttccataatatcaccatatAGTGTGTTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTTGTGGGGTTGACATCTTt
gi|6 : atatcactcataccgctAAAAATGGTGTGGTTGACATCTTTACTATG-TTTATGCTGTAAAATGATTTATTTG---CA-ATTTTTT--ATG-AAAA------GTCGT-ATTTTTATCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATTATAAAAC---T---CAGTAAAAA---TAATCTAAAACGC---GGTTTCATACCTACAAATGTTGG-AAGTGAGGTCGATAT--CCGTGCTG-TTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAATCACAG-CGT--TCTCGTTGCATGT-GCATGTAGCAACATCACT-----G--A-AAAA--A-TAT----TGACTTCT-T-TTTT-GCGTT-TT-ATTGTTTATAAATTCCATCATTGAAATAAAACTTATGAA--CGA-TATCTT--AACTAAA--TTCCTCCGTTTTCATCA
gi|9 : GTCTAAA-TGTTGAAAGAAG-TTTCAAGTCGTGTTAAAAC---A---CAGCAAAGA---TAAGCTTAAACGT---GATTTCGGATTTTCAGGTGTCGGAAAGTGCAGTCGACATATCCGTGCTGTCTCGAAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAG-TTT--TCTA-------GTCATATATAATGACATTATT-----G----GAAA--A-AAT--ATTGGCATC--TATTTT-GCA-C-TTTACTGTTTGTAAATTGCTTCAT--TGATGAAAAAAGTAATGAAAAATGT-TTTAATTAAAA--TCCCC-CGTTTtatatttggtgtggcgacatcatttgtggtcgcgtgatttttttttgttttccccgcc
gi|14 : TAATAGCATTATT-----GGGAAGAGA--A-TAC--AATGGCATC--T-TTT--GCA-C-TTTATTATTTG-AAATTGCTTCGTTAATATAAATGTTGTGAA--CGATAAT-TT--ATCTAAA--TTTCT-CCGTTTCATCAgtatcagatgttcgatgtggcgacatcatttgtgatcacgtgatatttttgtttatcaaccgtgt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAACTCGACTAGGTGTCTCTTACAGCACTGCCCAAACTTTGTAAACGGTTAATATAGAAAATTTTATAAAACGTTACGTTTGTAACGACTTCCCATAATGGTCAACAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 11111 11111 55555555555555555 11 111 11 88888888888888888 2222 11 1111 111 11111 11 111 11 222 111 2222222 1 33333 111 33333 11 222 11
lowQualScore : 8 8888888 0 77 11111 1 0 55 44444 22 1 22222 1 66666666666666666 1 1 88 8 5 1 66 4 5 1 444 1 1 11 0 9 11111111111111111 8 0 777 3333 4 3 11 0 55555 2222 5 5 4 111 66666 0 0 66 0 2 55555 1 0 3 1 0 0 111 66 88 2 4 2 66 66 222 5 5 000 1 0 888 1 5 0 5 77 4444444 1 00000 5 000 77 5 99999 33 5 55 333 5 6 4 11 8 8 99 8 0
lowQualScore : . ....... . .. ..... . . .. ..... .. . ..... . ................. . . .. . . . .. . . . ... . . .. . . ................. . . ... .... . . .. . ..... .... . . . ... ..... . . .. . . ..... . . . . . . ... .. .. . . . .. .. ... . . ... . . ... . . . . .. ....... . ..... . ... .. . ..... .. . .. ... . . . .. . . .. . .
lowQualScore : 9 6666666 1 99 66666 0 4 55 33333 00 4 44444 0 44444444444444444 0 0 66 0 6 0 66 6 0 4 000 0 0 00 8 0 22222222222222222 0 8 888 6666 6 2 00 7 66666 1111 7 0 9 777 77777 7 3 55 7 0 00000 3 4 6 5 1 9 888 11 99 4 4 6 99 00 111 7 1 000 0 1 666 4 4 3 7 99 9999999 4 00000 7 000 99 7 11111 66 7 99 111 7 7 0 88 0 0 00 0 8
consensus : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAA--ACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCG---GTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAA--GTG----AAA-CA-AAAATCCAGGAG-TTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTT--GGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-TGCG-CTTT-ATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATTAT-TT-ATCTAAAT-TTCC-CCGTTTTCATCAAA
Reference ( family-840 ) : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAA--ACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCG---GTTCAANTGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAANANTATA-T-AATAATTATATATTNTCGATACTGCGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTNTTANCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAAT------GTG----AAG-CA-AAAATCCGGGAG-TT-ATCTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAACTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GNATTTT--GGTCTAAAATATTGAAAGAAG-NTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-TGCG-C-TT-ATTGTTTGTAAATTGCTTCATTAAT-ATAAAAGTTGTGAACGATTAT-TT-ATCTAAA--TTCC-CCGTTTTCATCAAA
gi|1 : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATCTATTCTAAGATACGTTCAA--AAAGAGACACACGATATAAACAATTAAGTCGCTG---GTTCAACTAACTCGACCAGCCGAATACCACTG--------GGTTAATACTATA-TGAATACTTTCGTATTTTCGATACTGCGATCGTTCTCATTCCCCAC---ACTTTTATCGAATTACTATATATATATCATACAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGGGTA----AAAACA-AAAATCCGGAAG-TTTATTTCTAGTAAACAATCTCCTGCGACTATGGCGTCCAAATAAAACTGAAATAAAT--------GTTAAAAT-TTGATTGAGAACCTAAATAAACTTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCATAAA--GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTGATACCCAGACGGTTTTCG----TG-------TCTA--TTTCCATCTGC-TCAAATTGGTA------ACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATG---------------ATTTC--AT--AAAAAGTAAAGGC-GTATTTT--GGTCTAAAACATTGAAAGAAATGTTCAATTCATGTTGAAACTCG-GCAAA-GGTAAGCTAAAACAC---GATTTCAGATCTCCGAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACGT--CCGTGCTGACACGGAAATATTATCGAATTGTTCTCAAAAAGAATAA-TAT--TCTC-------GTCATATATAATTACATCATT-----GA-GAA---ATGACTAC---AGTGACATC--T-TTT-TGCG-CTTT-ATTGTTTGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGTT
gi|10 : aaacaccttatataacatgtatacaggccttgttcagtatgccggagttcaagctgtctcagactgtaaacaccttatannnnnnnnnntacacgtattcaggcattgtccagtatgccggagttcaagctgtctcggggccactttttgtttttcttacaatattgataacgtgacggatcttgcataggccaaatgacgatatgcttgatgacatgttcgaaatagtgtcacctgtttatatattactttgtataggtttgtaacttagtgatgatacacatagtaacaaagacagtacttggtgactcgatgtaaaacttaaaatatattagatcatgttttaaggcaaccaaacgcagttcattttacaTTTGAAATGGCTTTCCAT--AATATC---ACC-ATA-T-TTTTCGAGTGTGGTCGTATTCTAAATATAAATCTTC-TAAAAATGGCGTGGTTGACATTTTTACTATGTTTATGTTATAAACTGAATTATTTGCATT-TATTTCTTATA-AAAAAATAAAG------TTTTTGGGTCTAAAA-ATTGAAAAAAG-cctccgttttcatgagctatttagtgcggcgacatcattttgtttccaaaccgtggtcacgta
gi|11 : aaattctgtaaaataaacccgtctagatgattcttaaagcccaaccgaaacttcgtttaaggataatattgaaaactttatgaaacgttattatggtgttctaaacgaacctgcgTACTGTGGGTGTTTTCGAATGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTTC-TAAAATTGCT--------CATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAACGATTTATT-GCA-C-TATTTC--ATA-AAAGA-TAAAGGC-GT-TTTT--GGTCTAAGATATTGAAAGAAG-TTTTAATTTATGTTAAAACACA-G-AAAAGTTCAGCTAAA--GT---AAAT--AAATCTTCAAGTATCGGAAAGTGTGATTGAC-----CGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAATGTTCACAAAAAGTATAA-TATTATCTT------TGT-ATt
gi|12 : GCCGCCTTCACACATGATCTTATGTT-------CG-ATA--A--C--ACAAACATATATTGTATGGTATGTCCAA--A
gi|12 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcaTATGTTCGATAACACAAACA-----TATA-----TT--GT-ATGGTATGTCCAAATTACTCGACCAACCAA--------ttactcgaccaaccaaattctacacaaactgaaataactaaatgttaaaattcaattagaacatcaataatatttt
gi|12 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcagccgccttcacacatgatctACACAAACTGAAATAACTAAAT----GTTAAAAT-TCAA-TTAGAACATCAATAATATTTTattctacacaaactgaaataactaaatgttaaaattcaattagaacatcaataatatttt
gi|13 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcagccgccttcacacatgatcttatgttcgataacacaaacatatattgtatggtatgtccaaattactcgaccaaccaaattctACAATTAGAGCAACCATATTTTTG-GCGTGGTCGTCATCTAAATTCCA-TATGC-TAAA-TTGGCGTG---------TTTTCTATGTTTATTTTATAAACTAACTTTTTTGAA-CTTAT-----ATATAAAAGATAAAGGCAATATGTG--GGTCTAGAATATTGAAA
gi|14 : gtttgaaaacaaagcagttaaatggcatcacgtcgtgatatgaaTAATAGCATTATT-----GG-GAAGAGA--A-TAC---AATGGCATC--T-TTT--GCA-C-TTTATTATTTG-AAATTGCTTCGTTAAT-ATAAATGTTGTGAACGATAAT-TT-ATCTAAAT-TTCT-CCG-TTTCATCA
gi|15 : GTTTTTTTGGGTGTGGTCGTCATCTAAATTTCTATTTTCCTAG--TTGGTGTGGTTGACATATTTACTATGTTAATGCTATAAAATGATATTTTTGCATT-TATTTggtattttgtgcggcaacatcatttgtgatcacgtgatattttttggtttccatcgc
gi|17 : gtatatAGTGTGTTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTTGTGGGGTTGACATCTT
gi|18 : atatcactcataccgctATGCATTTTAACATACTTTTAT---CAGAGACA-----CATAAATAATTAAGTCACCG---CTT
gi|2 : ctcaGTCACCTTCACACGTGACCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAATATCTTTTCTA-----CGTTCAA--ACAGAGACA-----TTTAAATAATTAAGTCACAG---GTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------ATGTCACATGGTTAAAAATAT--T-AATAATTATATATTATCGAAACTGTGACCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTAAC-AATGGCTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAACTGTG----AAA-AA-AGACTCCACCAG-TTTATTTCTAATAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAGCACAAACTGAAGT----AAAT--------AAATGTTAA-------------------------A---AACGTTTTTAG-----ATCTAAATTGTTGCGAAAAG-G--TACTCTTTGGAAAGTTATAAACTTGATTTCCGTTGGACATTTATACCGATAATGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTTAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGATATCTTTACTATATTTTTGCTATAAAATGAATTATGTGCA-C-TGTTTC--AT--TACACGTTAAGGC-GAATTTT--GGTCTAAAATATTGAAAGAGG-TTTCAATTCTTGTTCAAACACAGG-AAA-AATAGGCTAAAACACGATGATTTTAGATCTGTAAGTATCGGAAAGTATGGTCGACAT--GCGCGGTGACTCGGAACTGTTATCGAAGTGTTATCAAAATGTAAAAGCAT--TCTC------GAC-ATATATAATAACATCTTTAGG--AA-GAG---A--A-TACAAAA-TAATATCTTT-TTT-TGCGTT-TT-TTTATTGGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGCTGTGAACGATTAT-TT-ATCTAAGTTTTCT-CCGTTTTCATCAAA
gi|3 : aaatgctgttcattttataGTAACCTCTACACATGATCTTATGTA-------TGTATA--A--A--GCAAACATCTATTCTTAGGTACGTTCAA--ACAGAGACA-----TAAAAGCAATTAAGTCACTG---GTTCAAATGGCTCGACCAAC-AA--------G--------GGTTAGTAATGTAAT-AATAATTATATATTATCGATCCTGTGATCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATAAAGAAGTGCGAGGAAGT------GTG----AGG-CA-AAAA------------------A--AAACAATCCC--GTGACAATGTCGGCCAACACAAACTGAAAT------------GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGACTAAGATTGTTTTA---AACATGTGTAG-----TTCTTTATTGTTTCAAAAAAAGGATACTCTTTGGAAACTTTTAGAATTGATTACCGTTGGACATTTATACCGAGAGTGTTTTTGAGTGTGGTCGCTGTCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTA-GCTATAAAATAATTTATTATCA-C-TGTTTC--GTA-AAAAAATAAAGGC-GAATTCG--GGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCATTTCATGTTAAAACACA-G-A---GATAAGCTAGACCAC---GATTTCAGATCTCCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGTGCTGACTCGGAAATATTACCGAAGTGTTCCCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GACGAA---A--A-TATA--A-CGACATC--T-TTT-CGCG-C-TT-ATTGTTTGTAAATTGCTTCGT--AT-ATAAACGTTGTAATCAATTAT-TT-ATCTAAA--TTCC-TCGTTTTCAACAAAtatttgatgtggcgacatcatttgtgactacgtgaaattgtttgtttccccacc
gi|4 : CCTTCACACATGATCTTA-GTT-------TGTATATTA--T--GTAAACATTTATTCTAAGGAACGTTCAA--A
gi|4 : AAAAT-CTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTATGAAACATTTATAGCCATGATTTTAACTGTTGCAGAAA--GGATACTCTTTGGAATCTTTTAAAATTGGTTTCTGTTCGATATTTATACCAATATTGTTTTTGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATATGC-TACAATTGGTGTTGTTGTCGTGTTTACTATG-----G-----------------TGCA-T-TATTTC--AT--AAACAATAAAGGC-ACATTTG--GGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACATC-AAA-GATAAGCTAAATTGT---GATTTCAGATCTTCAAGTGCTGGAAAGTGTGGTCAACAT--GCATGTTGTTTCGGAAATATT-------TG------AATAGCCT---TAT------------TAT-AGATATAATAATATTATTAGAAAGA-GAA---A--A-TAT-----TGGTATC--T-TTTCTGCA-CTTT-ACTGTTGGTAAATTACTTCATTAAtgactctaccaaattctacacaaactgaaaatctaatttagaacatgaataagatttttttatgaaacatttatagccatgattttaactgttgcagaaaggatactctttggaatcttttaaaattggtttctgttcgatatttataccaatattgtttttgagtgtggtcgccatctaaatttcaatatgctacaattggtgttgttgtcgtgtttactatggtgcattatttcataaacaataaaggcacatttgggtctaaaatattgaaagaaggttcaattcatgttaaaacacatcaaagataagctaaattgtgatttcagatcttcaagtgctggaaagtgtggtcaacatgcatgttgtttcggaaatatttgaatagccttattatagatataataatattattagaaagagaaaatattggtatcttttctgcactttactgttggtaaattacttcattaa
gi|5 : ccttcacacatgatcttagtttgtatattatgtaaacatttattctaaggaacgttcaaatgactctaccaaattctacacaaactgA-T-AATAATTATATATTATAGATACTGTGATTGTTCTCTATCTCTAA---ACTATCAACGAATGACCATACATAT--CA-ATAGAAGTGTGAGCAAATAAAA--GTGTAATAAA-CA-AGAATCCAGGAGATT-ATCTCTAGTAAACAATCCC--GTGACAAAAGCACCCAAAACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTATATT-TTAATTTAGAACATGAATAAG-CTTTTTTA---AGCGTTTG-AG-----ATCTTAACTATTGCAAAA-A-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTATCCGTTTGACATTTATTCAGACAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTGT-TTAAATTGTAGTGATTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATACAATGATTTA
gi|6 : gtttgtaacttagcaaAAAAATGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTGTAAAATGATTTATTTGCA-A-TTTTTT--ATG-A------AAAGTC-GTATTTT--TATCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATTATAAAACTCA-GTAAA-AATAATCTAAAACGC---GGTTTCATACCTACAAATGTTGG-AAGTGAGGTCGATAT--CCGTGCTG-TTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAATCACAG-CGT--TCTCGTTGCATGT-GCATGTAGCAACATCACT-----GA-AAA---A--A-TAT-----TGACTTCT-T-TTT-TGCGTT-TT-ATTGTTTATAAATTCCATCATTGAA-ATAAAACTTATGAACGA-TATCTT-AACTAAA--TTCCTCCGTTTTCATCAaattgaatgttgcggcaaggttttttttaattacacgt
gi|7 : TCACACATAAGCCTAAGTAGGGCCTATGCATA--AGTCAAGCAAACATATATTCTAAGGCATGTTCAA--A-AGAtatatttggtgtggcgacatcatttgtggtcgcgtgatttttttttgttttccccgcc
gi|7 : TCAA--GCAAA--CA-----TATATTC---TAAGGCAT-----GTTCAAAAGACTCGACTAACCAA--------G--------ctcgactaaccaagttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|7 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagACACAAACTGAAATAAATAAATAAATGTTAAAAT-TTAATTTAATTCATGAATAAGATTTTTTTA---AATGTTTATAG-----ATTTCAATCTTTGCAGCAAA-GGAAACTCTTAGGAGATTTATAAAATTTGTTTTTGTTGGAC-TGCAT-------GTGTTTTCGAGTATGGTCGCCATCTAAACTTCAATCTGT-TAAAATTGTTGTGGTTTACATCTTTACTATTTTTATGCTATACAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--AT--AAAAAATAAAGGC-GTAttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|8 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagtcaagcaaacatatattctaaggcatgttcaaaagactcgactaaccaagttctGTCACCTACACATATGATCTAAAATA-------GGTATA--A--C--TCAAAAATATATTCTAATATACATTCAA--ACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCG---GTTCATTTGATTCGACCAAACAA-----------------ATTTCACAGGGT--T-AATA---ATATAGTCTCAA------------TCTCTATCTCTATCTAACTTCTATCGAATGACTACGAATAT--CATA---AAAT-----AAAAT-----------------TATAAAATCCAGGAGTTT-ATTTGTAGTAAACAATCTC--ACGATAATGGCGCAAAAAATAAACTGA---AAACAAAT----GTTA
gi|9 : taataacaaagacagtggtttttcgatgttaaagttttcatgtttgaaggcgaccaaatgtagttaatttgaaGTCTAAA-TGTTGAAAGAAG-TTTCAAGTCGTGTTAAAACACA-GCAAA-GATAAGCTTAAACGT---GATTTCGGATTTTCAGGTGTCGGAAAGTGCAGTCGACATATCCGTGCTGTCTCGAAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAG-TTT--TCTA-------GTCATATATAATGACATTATTG----GA-AAA---A--A-TAT-----TGGCATC--TATTT-TGCA-CTTT-ACTGTTTGTAAATTGCTTCATTGATGAAAAAAGTAATGAAAAATGTT-TTAATTAAAA--TCCC-CCGTTTGTATCAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAACTCGACTAGGTGTCTCTTACAGCACTGCCCAAACTTTGTAAACGGTTAATATAGAAAATTTTATAAAACGTTACGTTTGTAACGACTTCCCATAATGGTCAACAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 11111 66666666666666666 11 111 11 333333333 11 1111 111 11111 11 111 11 222 111 2222222 1 33333 111 33333 111 1 11
lowQualScore : 8 8888888 0 77 11111 1 0 0 66666 7 1 11111111111111111 1 0 88 8 5 1 66 5 1 444 1 1 11 555 0 222222222 0 0 3 1 3 11 0 55555 2222 5 5 4 111 66666 0 66 0 2 55555 1 0 3 1 0 0 111 66 88 33 4 3 55 222 5 5 000 1 0 888 1 5 0 5 77 4444444 1 00000 5 000 77 5 99999 77 5 111 1 6 1 0 8 1 44 0
lowQualScore : . ....... . .. ..... . . . ..... . . ................. . . .. . . . .. . . ... . . .. ... . ......... . . . . . .. . ..... .... . . . ... ..... . .. . . ..... . . . . . . ... .. .. .. . . .. ... . . ... . . ... . . . . .. ....... . ..... . ... .. . ..... .. . ... . . . . . . .. .
lowQualScore : 9 6666666 1 99 66666 0 4 7 77777 8 0 22222222222222222 2 8 66 0 6 0 66 0 4 000 4 4 00 666 8 888888888 8 8 2 0 2 00 7 66666 1111 7 0 9 777 77777 3 55 7 0 00000 3 4 6 5 1 9 888 11 99 22 4 0 77 111 7 1 000 0 1 666 4 4 3 7 99 9999999 4 00000 7 000 99 7 11111 99 7 666 4 7 0 8 0 4 00 8
consensus : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAA--GTGTAA-AAACAAAAATCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNAT-TTATCTAAA-TTTCTCCGTTTTCATCAAA
Reference ( family-840 ) : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAA--GTG----AAACAAAAATCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTTGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATTAT-TTATCTAAA-TTTCCCCGTTTTCATCAAA
gi|1 : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATCTATTCTAAGATACGTTCAAAAAGAGACACACGATATAAACAATTAAGTCGCTGGTTCAACTAACTCGACCAGCCGAATACCACTG--------GGTTAATACTATA-TGAATACTTTCGTATTTTCGATACTGCGATCGTTCTCATTCCCCAC---ACTTTTATCGAATTACTATATATATATCATACAGAAGTGTGAGAAAATAAAA--GGGTAA-AAACAAAAATCCGGAAGTTTATTTCTAGTAAACAATCTCCTGCGACTATGGCGTCCAAATAAAACTGAAATAAAT--------GTTAAAAT-TTGATTGAGAACCTAAATAAACTTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCATAAA--GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTGATACCCAGACGGTTTTCG----TG-------TCTA--TTTCCATCTGC-TCAAATTGGTA------ACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATG---------------ATTTC--AT--AAAAAGTAAAGGC-GTATTTTGGTCTAAAACATTGAAAGAAATGTTCAATTCATGTTGAAACTCG-GCAAA-GGTAAGCTAAAACAC---GATTTCAGATCTCCGAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACGT--CCGTGCTGACACGGAAATATTATCGAATTGTTCTCAAAAAGAATAA-TAT--TCTC-------GTCATATATAATTACATCATT-----GA-GAA---ATGACTAC---AGTGACATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGTT
gi|10 : aaacaccttatataacatgtatacaggccttgttcagtatgccggagttcaagctgtctcagactgtaaacaccttatannnnnnnnnntacacgtattcaggcattgtccagtatgccggagttcaagctgtctcggggccactttttgtttttcttacaatattgataacgtgacggatcttgcataggccaaatgacgatatgcttgatgacatgttcgaaatagtgtcacctgtttatatattactttgtataggtttgtaacttagtgatgatacacatagtaacaaagacagtacttggtgactcgatgtaaaacttaaaatatattagatcatgttttaaggcaaccaaacgcagttcattttacaTTTGAAATGGCTTTCCAT--AATATC---ACC-ATA-T-TTTTCGAGTGTGGTCGTATTCTAAATATAAATCTTC-TAAAAATGGCGTGGTTGACATTTTTACTATGTTTATGTTATAAACTGAATTATTTGCATT-TATTTCTTATA-AAAAAATAAA----GTTTTTGGGTCTAAAA-ATTGAAAAAAG-cctccgttttcatgagctatttagtgcggcgacatcattttgtttccaaaccgtggtcacgta
gi|11 : aaattctgtaaaataaacccgtctagatgattcttaaagcccaaccgaaacttcgtttaaggataatattgaaaactttatgaaacgttattatggtgttctaaacgaacctgcgTACTGTGGGTGTTTTCGAATGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTTC-TAAAATTGCT--------CATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAACGATTTATT-GCA-C-TATTTC--ATA-AAAGA-TAAAGGC-GT-TTTTGGTCTAAGATATTGAAAGAAG-TTTTAATTTATGTTAAAACACA-G-AAAAGTTCAGCTAAA--GT---AAAT--AAATCTTCAAGTATCGGAAAGTGTGATTGAC-----CGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAATGTTCACAAAAAGTATAA-TATTATCTT------TGT-ATt
gi|12 : GCCGCCTTCACACATGATCTTATGTT-------CG-ATA--A--C--ACAAACATATATTGTATGGTATGTCCAAA
gi|12 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcaACACAAACTGAAATAACTAAAT----GTTAAAAT-TCAA-TTAGAACATCAATAATATTTTttactcgaccaaccaaattctacacaaactgaaataactaaatgttaaaattcaattagaacatcaataatatttt
gi|13 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcagccgccttcacacatgatcttatgttcgataacacaaacatatattgtatggtatgtccaaattactcgaccaaccaaattctACAATTAGAGCAACCATATTTTTG-GCGTGGTCGTCATCTAAATTCCA-TATGC-TAAA-TTGGCGTG---------TTTTCTATGTTTATTTTATAAACTAACTTTTTTGAA-CTTAT-----ATATAAAAGATAAAGGCAATATGTGGGTCTAGAATATTGAAA
gi|14 : gtttgaaaacaaagcagttaaatggcatcacgtcgtgatatgaaTAATAGCATTATT-----GG-GAAGAGA--A-TAC---AATGGCATC--T-TTT---GCACTTTATTATTTG-AAATTGCTTCGTTAAT-ATAAATGTTGTGAACGATAAT-TTATCTAAA-TTTCTCCG-TTTCATCA
gi|15 : GTTTTTTTGGGTGTGGTCGTCATCTAAATTTCTATTTTCCTAG--TTGGTGTGGTTGACATATTTACTATGTTAATGCTATAAAATGATATTTTTGCATT-TATTTggtattttgtgcggcaacatcatttgtgatcacgtgatattttttggtttccatcgc
gi|17 : gtatatAGTGTGTTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTTGTGGGGTTGACATCTT
gi|18 : atatcactcataccgctATGCATTTTAACATACTTTTAT-CAGAGACA-----CATAAATAATTAAGTCACCGCTT
gi|2 : ctcaGTCACCTTCACACGTGACCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAATATCTTTTCTA-----CGTTCAAACAGAGACA-----TTTAAATAATTAAGTCACAGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------ATGTCACATGGTTAAAAATAT--T-AATAATTATATATTATCGAAACTGTGACCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTAAC-AATGGCTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAACTGTG----AAAAAAGACTCCACCAGTTTATTTCTAATAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAGCACAAACTGAAGT----AAAT--------AAATGTTAA-------------------------A---AACGTTTTTAG-----ATCTAAATTGTTGCGAAAAG-G--TACTCTTTGGAAAGTTATAAACTTGATTTCCGTTGGACATTTATACCGATAATGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTTAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGATATCTTTACTATATTTTTGCTATAAAATGAATTATGTGCA-C-TGTTTC--AT--TACACGTTAAGGC-GAATTTTGGTCTAAAATATTGAAAGAGG-TTTCAATTCTTGTTCAAACACAGG-AAA-AATAGGCTAAAACACGATGATTTTAGATCTGTAAGTATCGGAAAGTATGGTCGACAT--GCGCGGTGACTCGGAACTGTTATCGAAGTGTTATCAAAATGTAAAAGCAT--TCTC------GAC-ATATATAATAACATCTTTAGG--AA-GAG---A--A-TACAAAA-TAATATCTTT-TTT-T-GCGTTTTTTTATTGGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGCTGTGAACGATTAT-TTATCTAAGTTTTCTCCGTTTTCATCAAA
gi|3 : aaatgctgttcattttataGTAACCTCTACACATGATCTTATGTA-------TGTATA--A--A--GCAAACATCTATTCTTAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TAAAAGCAATTAAGTCACTGGTTCAAATGGCTCGACCAAC-AA--------G--------GGTTAGTAATGTAAT-AATAATTATATATTATCGATCCTGTGATCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATAAAGAAGTGCGAGGAAGT------GTG----AGGCAAAAA-----------------A--AAACAATCCC--GTGACAATGTCGGCCAACACAAACTGAAAT------------GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGACTAAGATTGTTTTA---AACATGTGTAG-----TTCTTTATTGTTTCAAAAAAAGGATACTCTTTGGAAACTTTTAGAATTGATTACCGTTGGACATTTATACCGAGAGTGTTTTTGAGTGTGGTCGCTGTCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTA-GCTATAAAATAATTTATTATCA-C-TGTTTC--GTA-AAAAAATAAAGGC-GAATTCGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCATTTCATGTTAAAACACA-G-A---GATAAGCTAGACCAC---GATTTCAGATCTCCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGTGCTGACTCGGAAATATTACCGAAGTGTTCCCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GACGAA---A--A-TATA--A-CGACATC--T-TTT-C-GCGC-TTATTGTTTGTAAATTGCTTCGT--AT-ATAAACGTTGTAATCAATTAT-TTATCTAAA--TTCCTCGTTTTCAACAAAtatttgatgtggcgacatcatttgtgactacgtgaaattgtttgtttccccacc
gi|4 : CCTTCACACATGATCTTA-GTT-------TGTATATTA--T--GTAAACATTTATTCTAAGGAACGTTCAAA
gi|4 : AAAAT-CTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTATGAAACATTTATAGCCATGATTTTAACTGTTGCAGAAA--GGATACTCTTTGGAATCTTTTAAAATTGGTTTCTGTTCGATATTTATACCAATATTGTTTTTGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATATGC-TACAATTGGTGTTGTTGTCGTGTTTACTATG-----G-----------------TGCA-T-TATTTC--AT--AAACAATAAAGGC-ACATTTGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACATC-AAA-GATAAGCTAAATTGT---GATTTCAGATCTTCAAGTGCTGGAAAGTGTGGTCAACAT--GCATGTTGTTTCGGAAATATT-------TG------AATAGCCT---TAT------------TAT-AGATATAATAATATTATTAGAAAGA-GAA---A--A-TAT-----TGGTATC--T-TTTCT-GCACTTTACTGTTGGTAAATTACTTCATTAAtgactctaccaaattctacacaaactgaaaatctaatttagaacatgaataagatttttttatgaaacatttatagccatgattttaactgttgcagaaaggatactctttggaatcttttaaaattggtttctgttcgatatttataccaatattgtttttgagtgtggtcgccatctaaatttcaatatgctacaattggtgttgttgtcgtgtttactatggtgcattatttcataaacaataaaggcacatttgggtctaaaatattgaaagaaggttcaattcatgttaaaacacatcaaagataagctaaattgtgatttcagatcttcaagtgctggaaagtgtggtcaacatgcatgttgtttcggaaatatttgaatagccttattatagatataataatattattagaaagagaaaatattggtatcttttctgcactttactgttggtaaattacttcattaa
gi|5 : ccttcacacatgatcttagtttgtatattatgtaaacatttattctaaggaacgttcaaatgactctaccaaattctacacaaactgA-T-AATAATTATATATTATAGATACTGTGATTGTTCTCTATCTCTAA---ACTATCAACGAATGACCATACATAT--CA-ATAGAAGTGTGAGCAAATAAAA--GTGTAATAAACAAGAATCCAGGAGATTATCTCTAGTAAACAATCCC--GTGACAAAAGCACCCAAAACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTATATT-TTAATTTAGAACATGAATAAG-CTTTTTTA---AGCGTTTG-AG-----ATCTTAACTATTGCAAAA-A-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTATCCGTTTGACATTTATTCAGACAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTGT-TTAAATTGTAGTGATTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATACAATGATTTA
gi|6 : gtttgtaacttagcaaAAAAATGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTGTAAAATGATTTATTTGCA-A-TTTTTT--ATG-AAAA------GTC-GTATTTTTATCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATTATAAAACTCA-GTAAA-AATAATCTAAAACGC---GGTTTCATACCTACAAATGTTGGAA-GTGAGGTCGATAT--CCGTGCTG-TTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAATCACAG-CGT--TCTCGTTGCATGT-GCATGTAGCAACATCACT-----GA-AAA---A--A-TAT-----TGACTTC--T-TTT-TTGCGTTTTATTGTTTATAAATTCCATCATTGAA-ATAAAACTTATGAACGAT-ATCTTAACTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAaattgaatgttgcggcaaggttttttttaattacacgt
gi|7 : TCACACATAAGCCTAAGTAGGGCCTATGCATA--AGTCAAGCAAACATATATTCTAAGGCATGTTCAAA-AGAtatatttggtgtggcgacatcatttgtggtcgcgtgatttttttttgttttccccgcc
gi|7 : TCAAGCAAA--CA-----TATATTC---TAAGGCAT--GTTCAAAAGACTCGACTAACCAA--------G--------ctcgactaaccaagttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|7 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagACACAAACTGAAATAAATAAATAAATGTTAAAAT-TTAATTTAATTCATGAATAAGATTTTTTTA---AATGTTTATAG-----ATTTCAATCTTTGCAGCAAA-GGAAACTCTTAGGAGATTTATAAAATTTGTTTTTGTTGGAC-TGCAT-------GTGTTTTCGAGTATGGTCGCCATCTAAACTTCAATCTGT-TAAAATTGTTGTGGTTTACATCTTTACTATTTTTATGCTATACAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--AT--AAAAAATAAAGGC-GTAttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|8 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagtcaagcaaacatatattctaaggcatgttcaaaagactcgactaaccaagttctGTCACCTACACATATGATCTAAAATA-------GGTATA--A--C--TCAAAAATATATTCTAATATACATTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCATTTGATTCGACCAAACAA-----------------ATTTCACAGGGT--T-AATA---ATATAGTCTCAA------------TCTCTATCTCTATCTAACTTCTATCGAATGACTACGAATAT--CAT-------------AAAATAAAA--TT-------AT-AAAATCCAGGAGTTTATTTGTAGTAAACAATCTC--ACGATAATGGCGCAAAAAATAAACTGA---AAACAAAT----GTTA
gi|9 : taataacaaagacagtggtttttcgatgttaaagttttcatgtttgaaggcgaccaaatgtagttaatttgaaGTCTAAA-TGTTGAAAGAAG-TTTCAAGTCGTGTTAAAACACA-GCAAA-GATAAGCTTAAACGT---GATTTCGGATTTTCAGGTGTCGGAAAGTGCAGTCGACATATCCGTGCTGTCTCGAAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAG-TTT--TCTA-------GTCATATATAATGACATTATTG----GA-AAA---A--A-TAT-----TGGCATC--TATTT-T-GCACTTTACTGTTTGTAAATTGCTTCATTGATGAAAAAAGTAATGAAAAATGTT-TTAATTAAA-ATCCCCCGTTTGTATCAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAACTCGACTAGGTGTCTCTTACAGCACTGCCCAAACTTTGTAAACGGTTAATATAGAAAATTTTATAAAACGTTACGTTTGTAACGACTTCCCATAATGGTCAACAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 11111 66666666666666666 11 111 11 1111 11 1111 111 11111 11 111 11 222 111 2222222 1 33333 111 33333 111
lowQualScore : 8 8888888 0 77 11111 1 0 0 66666 7 1 11111111111111111 1 0 88 8 5 1 66 5 1 444 1 1 11 555 0 8888 5 0 3 1 3 11 0 55555 2222 5 5 4 111 66666 22 66 0 2 55555 1 0 3 1 0 0 111 66 88 33 4 1 55 222 5 5 000 1 0 888 1 5 0 5 77 4444444 1 00000 5 000 77 5 99999 77 5 111 1 6 1 22 1 8 0
lowQualScore : . ....... . .. ..... . . . ..... . . ................. . . .. . . . .. . . ... . . .. ... . .... . . . . . .. . ..... .... . . . ... ..... .. .. . . ..... . . . . . . ... .. .. .. . . .. ... . . ... . . ... . . . . .. ....... . ..... . ... .. . ..... .. . ... . . . .. . . .
lowQualScore : 9 6666666 1 99 66666 0 4 7 77777 8 0 22222222222222222 2 8 66 0 6 0 66 0 4 000 4 4 00 666 8 0000 0 8 2 0 2 00 7 66666 1111 7 0 9 777 77777 00 55 7 0 00000 3 4 6 5 1 9 888 11 99 22 4 0 77 111 7 1 000 0 1 666 4 4 3 7 99 9999999 4 00000 7 000 99 7 11111 99 7 666 4 7 0 44 4 0 8
consensus : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGTGTAA-AAACAAAAATCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNATTTATCTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAAA
Reference ( family-840 ) : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGTGTAA-AAACAAAAATCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNATTTATCTAAA-TTTCTCCGTTTTCATCAAA
gi|1 : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATCTATTCTAAGATACGTTCAAAAAGAGACACACGATATAAACAATTAAGTCGCTGGTTCAACTAACTCGACCAGCCGAATACCACTG--------GGTTAATACTATA-TGAATACTTTCGTATTTTCGATACTGCGATCGTTCTCATTCCCCAC---ACTTTTATCGAATTACTATATATATATCATACAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGGGTAA-AAACAAAAATCCGGAAGTTTATTTCTAGTAAACAATCTCCTGCGACTATGGCGTCCAAATAAAACTGAAATAAAT--------GTTAAAAT-TTGATTGAGAACCTAAATAAACTTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCATAAA--GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTGATACCCAGACGGTTTTCG----TG-------TCTA--TTTCCATCTGC-TCAAATTGGTA------ACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATG---------------ATTTC--AT--AAAAAGTAAAGGC-GTATTTTGGTCTAAAACATTGAAAGAAATGTTCAATTCATGTTGAAACTCG-GCAAA-GGTAAGCTAAAACAC---GATTTCAGATCTCCGAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACGT--CCGTGCTGACACGGAAATATTATCGAATTGTTCTCAAAAAGAATAA-TAT--TCTC-------GTCATATATAATTACATCATT-----GA-GAA---ATGACTAC---AGTGACATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGTT
gi|10 : aaacaccttatataacatgtatacaggccttgttcagtatgccggagttcaagctgtctcagactgtaaacaccttatannnnnnnnnntacacgtattcaggcattgtccagtatgccggagttcaagctgtctcggggccactttttgtttttcttacaatattgataacgtgacggatcttgcataggccaaatgacgatatgcttgatgacatgttcgaaatagtgtcacctgtttatatattactttgtataggtttgtaacttagtgatgatacacatagtaacaaagacagtacttggtgactcgatgtaaaacttaaaatatattagatcatgttttaaggcaaccaaacgcagttcattttacaTTTGAAATGGCTTTCCAT--AATATC---ACC-ATA-T-TTTTCGAGTGTGGTCGTATTCTAAATATAAATCTTC-TAAAAATGGCGTGGTTGACATTTTTACTATGTTTATGTTATAAACTGAATTATTTGCATT-TATTTCTTATA-AAAAAATAAA----GTTTTTGGGTCTAAAA-ATTGAAAAAAG-cctccgttttcatgagctatttagtgcggcgacatcattttgtttccaaaccgtggtcacgta
gi|11 : aaattctgtaaaataaacccgtctagatgattcttaaagcccaaccgaaacttcgtttaaggataatattgaaaactttatgaaacgttattatggtgttctaaacgaacctgcgTACTGTGGGTGTTTTCGAATGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTTC-TAAAATTGCT--------CATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAACGATTTATT-GCA-C-TATTTC--ATA-AAAGA-TAAAGGC-GT-TTTTGGTCTAAGATATTGAAAGAAG-TTTTAATTTATGTTAAAACACA-G-AAAAGTTCAGCTAAA--GT---AAAT--AAATCTTCAAGTATCGGAAAGTGTGATTGAC-----CGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAATGTTCACAAAAAGTATAA-TATTATCTT------TGT-ATt
gi|12 : GCCGCCTTCACACATGATCTTATGTT-------CG-ATA--A--C--ACAAACATATATTGTATGGTATGTCCAAA
gi|12 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcaACACAAACTGAAATAACTAAAT----GTTAAAAT-TCAA-TTAGAACATCAATAATATTTTttactcgaccaaccaaattctacacaaactgaaataactaaatgttaaaattcaattagaacatcaataatatttt
gi|13 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcagccgccttcacacatgatcttatgttcgataacacaaacatatattgtatggtatgtccaaattactcgaccaaccaaattctACAATTAGAGCAACCATATTTTTG-GCGTGGTCGTCATCTAAATTCCA-TATGC-TAAA-TTGGCGTG---------TTTTCTATGTTTATTTTATAAACTAACTTTTTTGAA-CTTAT-----ATATAAAAGATAAAGGCAATATGTGGGTCTAGAATATTGAAA
gi|14 : gtttgaaaacaaagcagttaaatggcatcacgtcgtgatatgaaTAATAGCATTATT-----GG-GAAGAGA--A-TAC---AATGGCATC--T-TTT---GCACTTTATTATTTG-AAATTGCTTCGTTAAT-ATAAATGTTGTGAACGATAATTTATCTAAA-TTTCTCCG-TTTCATCA
gi|15 : GTTTTTTTGGGTGTGGTCGTCATCTAAATTTCTATTTTCCTAG--TTGGTGTGGTTGACATATTTACTATGTTAATGCTATAAAATGATATTTTTGCATT-TATTTggtattttgtgcggcaacatcatttgtgatcacgtgatattttttggtttccatcgc
gi|17 : gtatatAGTGTGTTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTTGTGGGGTTGACATCTT
gi|18 : atatcactcataccgctATGCATTTTAACATACTTTTAT-CAGAGACA-----CATAAATAATTAAGTCACCGCTT
gi|2 : ctcaGTCACCTTCACACGTGACCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAATATCTTTTCTA-----CGTTCAAACAGAGACA-----TTTAAATAATTAAGTCACAGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------ATGTCACATGGTTAAAAATAT--T-AATAATTATATATTATCGAAACTGTGACCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTAAC-AATGGCTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAACTGTGA-AAA-AAGACTCCACCAGTTTATTTCTAATAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAGCACAAACTGAAGT----AAAT--------AAATGTTAA-------------------------A---AACGTTTTTAG-----ATCTAAATTGTTGCGAAAAG-G--TACTCTTTGGAAAGTTATAAACTTGATTTCCGTTGGACATTTATACCGATAATGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTTAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGATATCTTTACTATATTTTTGCTATAAAATGAATTATGTGCA-C-TGTTTC--AT--TACACGTTAAGGC-GAATTTTGGTCTAAAATATTGAAAGAGG-TTTCAATTCTTGTTCAAACACAGG-AAA-AATAGGCTAAAACACGATGATTTTAGATCTGTAAGTATCGGAAAGTATGGTCGACAT--GCGCGGTGACTCGGAACTGTTATCGAAGTGTTATCAAAATGTAAAAGCAT--TCTC------GAC-ATATATAATAACATCTTTAGG--AA-GAG---A--A-TACAAAA-TAATATCTTT-TTT-T-GCGTTTTTTTATTGGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGCTGTGAACGATTATTTATCTAAGTTTTCTCCGTTTTCATCAAA
gi|3 : aaatgctgttcattttataGTAACCTCTACACATGATCTTATGTA-------TGTATA--A--A--GCAAACATCTATTCTTAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TAAAAGCAATTAAGTCACTGGTTCAAATGGCTCGACCAAC-AA--------G--------GGTTAGTAATGTAAT-AATAATTATATATTATCGATCCTGTGATCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATAAAGAAGTGCGAGGAAGT----GTG----AGGCAAAAA-----------------A--AAACAATCCC--GTGACAATGTCGGCCAACACAAACTGAAAT------------GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGACTAAGATTGTTTTA---AACATGTGTAG-----TTCTTTATTGTTTCAAAAAAAGGATACTCTTTGGAAACTTTTAGAATTGATTACCGTTGGACATTTATACCGAGAGTGTTTTTGAGTGTGGTCGCTGTCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTA-GCTATAAAATAATTTATTATCA-C-TGTTTC--GTA-AAAAAATAAAGGC-GAATTCGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCATTTCATGTTAAAACACA-G-A---GATAAGCTAGACCAC---GATTTCAGATCTCCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGTGCTGACTCGGAAATATTACCGAAGTGTTCCCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GACGAA---A--A-TATA--A-CGACATC--T-TTT-C-GCGC-TTATTGTTTGTAAATTGCTTCGT--AT-ATAAACGTTGTAATCAATTATTTATCTAAA-TTCCT-CGTTTTCAACAAAtatttgatgtggcgacatcatttgtgactacgtgaaattgtttgtttccccacc
gi|4 : CCTTCACACATGATCTTA-GTT-------TGTATATTA--T--GTAAACATTTATTCTAAGGAACGTTCAAA
gi|4 : AAAAT-CTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTATGAAACATTTATAGCCATGATTTTAACTGTTGCAGAAA--GGATACTCTTTGGAATCTTTTAAAATTGGTTTCTGTTCGATATTTATACCAATATTGTTTTTGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATATGC-TACAATTGGTGTTGTTGTCGTGTTTACTATG-----G-----------------TGCA-T-TATTTC--AT--AAACAATAAAGGC-ACATTTGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACATC-AAA-GATAAGCTAAATTGT---GATTTCAGATCTTCAAGTGCTGGAAAGTGTGGTCAACAT--GCATGTTGTTTCGGAAATATT-------TG------AATAGCCT---TAT------------TAT-AGATATAATAATATTATTAGAAAGA-GAA---A--A-TAT-----TGGTATC--T-TTTCT-GCACTTTACTGTTGGTAAATTACTTCATTAAtgactctaccaaattctacacaaactgaaaatctaatttagaacatgaataagatttttttatgaaacatttatagccatgattttaactgttgcagaaaggatactctttggaatcttttaaaattggtttctgttcgatatttataccaatattgtttttgagtgtggtcgccatctaaatttcaatatgctacaattggtgttgttgtcgtgtttactatggtgcattatttcataaacaataaaggcacatttgggtctaaaatattgaaagaaggttcaattcatgttaaaacacatcaaagataagctaaattgtgatttcagatcttcaagtgctggaaagtgtggtcaacatgcatgttgtttcggaaatatttgaatagccttattatagatataataatattattagaaagagaaaatattggtatcttttctgcactttactgttggtaaattacttcattaa
gi|5 : ccttcacacatgatcttagtttgtatattatgtaaacatttattctaaggaacgttcaaatgactctaccaaattctacacaaactgA-T-AATAATTATATATTATAGATACTGTGATTGTTCTCTATCTCTAA---ACTATCAACGAATGACCATACATAT--CA-ATAGAAGTGTGAGCAAATAAAAGTGTAATAAACAAGAATCCAGGAGATTATCTCTAGTAAACAATCCC--GTGACAAAAGCACCCAAAACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTATATT-TTAATTTAGAACATGAATAAG-CTTTTTTA---AGCGTTTG-AG-----ATCTTAACTATTGC-AAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTATCCGTTTGACATTTATTCAGACAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTGT-TTAAATTGTAGTGATTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATACAATGATTTA
gi|6 : gtttgtaacttagcaaAAAAATGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTGTAAAATGATTTATTTGCA-A-TTTTTT--ATG-AAAA------GTC-GTATTTTTATCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATTATAAAACTCA-GTAAA-AATAATCTAAAACGC---GGTTTCATACCTACAAATGTTGGAA-GTGAGGTCGATAT--CCGTGCTG-TTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAATCACAG-CGT--TCTCGTTGCATGT-GCATGTAGCAACATCACT-----GA-AAA---A--A-TAT-----TGACTTC--T-TTT-TTGCGTTTTATTGTTTATAAATTCCATCATTGAA-ATAAAACTTATGAACGATATCTTAACTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAaattgaatgttgcggcaaggttttttttaattacacgt
gi|7 : TCACACATAAGCCTAAGTAGGGCCTATGCATA--AGTCAAGCAAACATATATTCTAAGGCATGTTCAAA-AGAtatatttggtgtggcgacatcatttgtggtcgcgtgatttttttttgttttccccgcc
gi|7 : TCAAGCAAA--CA-----TATATTC---TAAGGCAT--GTTCAAAAGACTCGACTAACCAA--------G--------ctcgactaaccaagttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|7 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagACACAAACTGAAATAAATAAATAAATGTTAAAAT-TTAATTTAATTCATGAATAAGATTTTTTTA---AATGTTTATAG-----ATTTCAATCTTTGCAGCAAA-GGAAACTCTTAGGAGATTTATAAAATTTGTTTTTGTTGGAC-TGCAT-------GTGTTTTCGAGTATGGTCGCCATCTAAACTTCAATCTGT-TAAAATTGTTGTGGTTTACATCTTTACTATTTTTATGCTATACAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--AT--AAAAAATAAAGGC-GTAttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|8 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagtcaagcaaacatatattctaaggcatgttcaaaagactcgactaaccaagttctGTCACCTACACATATGATCTAAAATA-------GGTATA--A--C--TCAAAAATATATTCTAATATACATTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCATTTGATTCGACCAAACAA-----------------ATTTCACAGGGT--T-AATA---ATATAGTCTCAA------------TCTCTATCTCTATCTAACTTCTATCGAATGACTACGAATAT--CAT-------------AAAATAAAATTAT--------AAAATCCAGGAGTTTATTTGTAGTAAACAATCTC--ACGATAATGGCGCAAAAAATAAACTGA---AAACAAAT----GTTA
gi|9 : taataacaaagacagtggtttttcgatgttaaagttttcatgtttgaaggcgaccaaatgtagttaatttgaaGTCTAAA-TGTTGAAAGAAG-TTTCAAGTCGTGTTAAAACACA-GCAAA-GATAAGCTTAAACGT---GATTTCGGATTTTCAGGTGTCGGAAAGTGCAGTCGACATATCCGTGCTGTCTCGAAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAG-TTT--TCTA-------GTCATATATAATGACATTATTG----GA-AAA---A--A-TAT-----TGGCATC--TATTT-T-GCACTTTACTGTTTGTAAATTGCTTCATTGATGAAAAAAGTAATGAAAAATGTTTTAATTAAA-ATCCCCCGTTTGTATCAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAACTCGACTAGGTGTCTCTTACAGCACTGCCCAAACTTTGTAAACGGTTAATATAGAAAATTTTATAAAACGTTACGTTTGTAACGACTTCCCATAATGGTCAACAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 11111 66666666666666666 11 111 11 1111 11 1111 111 11111 11 111 11 222 111 2222222 1 33333 111 33333 111
lowQualScore : 8 8888888 0 77 11111 1 0 0 66666 7 1 11111111111111111 1 0 88 8 5 1 66 5 1 444 1 1 11 555 0 8888 5 0 3 1 3 11 0 55555 2222 5 5 4 111 66666 22 66 0 2 55555 1 0 3 1 0 0 111 66 88 33 4 1 55 222 5 5 000 1 0 888 1 5 0 5 77 4444444 1 00000 5 000 77 5 99999 77 5 111 1 6 1 22 1 8 0
lowQualScore : . ....... . .. ..... . . . ..... . . ................. . . .. . . . .. . . ... . . .. ... . .... . . . . . .. . ..... .... . . . ... ..... .. .. . . ..... . . . . . . ... .. .. .. . . .. ... . . ... . . ... . . . . .. ....... . ..... . ... .. . ..... .. . ... . . . .. . . .
lowQualScore : 9 6666666 1 99 66666 0 4 7 77777 8 0 22222222222222222 2 8 66 0 6 0 66 0 4 000 4 4 00 666 8 0000 0 8 2 0 2 00 7 66666 1111 7 0 9 777 77777 00 55 7 0 00000 3 4 6 5 1 9 888 11 99 22 4 0 77 111 7 1 000 0 1 666 4 4 3 7 99 9999999 4 00000 7 000 99 7 11111 99 7 666 4 7 0 44 4 0 8
consensus : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGTGTAA-AAACAAAAATCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNATTTATCTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAAA
Reference ( family-840 ) : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGTGTAA-AAACAAAAATCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNATTTATCTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAAA
gi|1 : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATCTATTCTAAGATACGTTCAAAAAGAGACACACGATATAAACAATTAAGTCGCTGGTTCAACTAACTCGACCAGCCGAATACCACTG--------GGTTAATACTATA-TGAATACTTTCGTATTTTCGATACTGCGATCGTTCTCATTCCCCAC---ACTTTTATCGAATTACTATATATATATCATACAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGGGTAA-AAACAAAAATCCGGAAGTTTATTTCTAGTAAACAATCTCCTGCGACTATGGCGTCCAAATAAAACTGAAATAAAT--------GTTAAAAT-TTGATTGAGAACCTAAATAAACTTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCATAAA--GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTGATACCCAGACGGTTTTCG----TG-------TCTA--TTTCCATCTGC-TCAAATTGGTA------ACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATG---------------ATTTC--AT--AAAAAGTAAAGGC-GTATTTTGGTCTAAAACATTGAAAGAAATGTTCAATTCATGTTGAAACTCG-GCAAA-GGTAAGCTAAAACAC---GATTTCAGATCTCCGAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACGT--CCGTGCTGACACGGAAATATTATCGAATTGTTCTCAAAAAGAATAA-TAT--TCTC-------GTCATATATAATTACATCATT-----GA-GAA---ATGACTAC---AGTGACATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGTT
gi|10 : aaacaccttatataacatgtatacaggccttgttcagtatgccggagttcaagctgtctcagactgtaaacaccttatannnnnnnnnntacacgtattcaggcattgtccagtatgccggagttcaagctgtctcggggccactttttgtttttcttacaatattgataacgtgacggatcttgcataggccaaatgacgatatgcttgatgacatgttcgaaatagtgtcacctgtttatatattactttgtataggtttgtaacttagtgatgatacacatagtaacaaagacagtacttggtgactcgatgtaaaacttaaaatatattagatcatgttttaaggcaaccaaacgcagttcattttacaTTTGAAATGGCTTTCCAT--AATATC---ACC-ATA-T-TTTTCGAGTGTGGTCGTATTCTAAATATAAATCTTC-TAAAAATGGCGTGGTTGACATTTTTACTATGTTTATGTTATAAACTGAATTATTTGCATT-TATTTCTTATA-AAAAAATAAA----GTTTTTGGGTCTAAAA-ATTGAAAAAAG-cctccgttttcatgagctatttagtgcggcgacatcattttgtttccaaaccgtggtcacgta
gi|11 : aaattctgtaaaataaacccgtctagatgattcttaaagcccaaccgaaacttcgtttaaggataatattgaaaactttatgaaacgttattatggtgttctaaacgaacctgcgTACTGTGGGTGTTTTCGAATGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTTC-TAAAATTGCT--------CATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAACGATTTATT-GCA-C-TATTTC--ATA-AAAGA-TAAAGGC-GT-TTTTGGTCTAAGATATTGAAAGAAG-TTTTAATTTATGTTAAAACACA-G-AAAAGTTCAGCTAAA--GT---AAAT--AAATCTTCAAGTATCGGAAAGTGTGATTGAC-----CGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAATGTTCACAAAAAGTATAA-TATTATCTT------TGT-ATt
gi|12 : GCCGCCTTCACACATGATCTTATGTT-------CG-ATA--A--C--ACAAACATATATTGTATGGTATGTCCAAA
gi|12 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcaACACAAACTGAAATAACTAAAT----GTTAAAAT-TCAA-TTAGAACATCAATAATATTTTttactcgaccaaccaaattctacacaaactgaaataactaaatgttaaaattcaattagaacatcaataatatttt
gi|13 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcagccgccttcacacatgatcttatgttcgataacacaaacatatattgtatggtatgtccaaattactcgaccaaccaaattctACAATTAGAGCAACCATATTTTTG-GCGTGGTCGTCATCTAAATTCCA-TATGC-TAAA-TTGGCGTG---------TTTTCTATGTTTATTTTATAAACTAACTTTTTTGAA-CTTAT-----ATATAAAAGATAAAGGCAATATGTGGGTCTAGAATATTGAAA
gi|14 : gtttgaaaacaaagcagttaaatggcatcacgtcgtgatatgaaTAATAGCATTATT-----GG-GAAGAGA--A-TAC---AATGGCATC--T-TTT---GCACTTTATTATTTG-AAATTGCTTCGTTAAT-ATAAATGTTGTGAACGATAATTTATCTAAA-TTTCTCCG-TTTCATCA
gi|15 : GTTTTTTTGGGTGTGGTCGTCATCTAAATTTCTATTTTCCTAG--TTGGTGTGGTTGACATATTTACTATGTTAATGCTATAAAATGATATTTTTGCATT-TATTTggtattttgtgcggcaacatcatttgtgatcacgtgatattttttggtttccatcgc
gi|17 : gtatatAGTGTGTTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTTGTGGGGTTGACATCTT
gi|18 : atatcactcataccgctATGCATTTTAACATACTTTTAT-CAGAGACA-----CATAAATAATTAAGTCACCGCTT
gi|2 : ctcaGTCACCTTCACACGTGACCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAATATCTTTTCTA-----CGTTCAAACAGAGACA-----TTTAAATAATTAAGTCACAGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------ATGTCACATGGTTAAAAATAT--T-AATAATTATATATTATCGAAACTGTGACCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTAAC-AATGGCTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAACTGTGA-AAA-AAGACTCCACCAGTTTATTTCTAATAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAGCACAAACTGAAGT----AAAT--------AAATGTTAA-------------------------A---AACGTTTTTAG-----ATCTAAATTGTTGCGAAAAG-G--TACTCTTTGGAAAGTTATAAACTTGATTTCCGTTGGACATTTATACCGATAATGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTTAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGATATCTTTACTATATTTTTGCTATAAAATGAATTATGTGCA-C-TGTTTC--AT--TACACGTTAAGGC-GAATTTTGGTCTAAAATATTGAAAGAGG-TTTCAATTCTTGTTCAAACACAGG-AAA-AATAGGCTAAAACACGATGATTTTAGATCTGTAAGTATCGGAAAGTATGGTCGACAT--GCGCGGTGACTCGGAACTGTTATCGAAGTGTTATCAAAATGTAAAAGCAT--TCTC------GAC-ATATATAATAACATCTTTAGG--AA-GAG---A--A-TACAAAA-TAATATCTTT-TTT-T-GCGTTTTTTTATTGGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGCTGTGAACGATTATTTATCTAAGTTTTCTCCGTTTTCATCAAA
gi|3 : aaatgctgttcattttataGTAACCTCTACACATGATCTTATGTA-------TGTATA--A--A--GCAAACATCTATTCTTAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TAAAAGCAATTAAGTCACTGGTTCAAATGGCTCGACCAAC-AA--------G--------GGTTAGTAATGTAAT-AATAATTATATATTATCGATCCTGTGATCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATAAAGAAGTGCGAGGAAGT----GTG----AGGCAAAAA-----------------A--AAACAATCCC--GTGACAATGTCGGCCAACACAAACTGAAAT------------GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGACTAAGATTGTTTTA---AACATGTGTAG-----TTCTTTATTGTTTCAAAAAAAGGATACTCTTTGGAAACTTTTAGAATTGATTACCGTTGGACATTTATACCGAGAGTGTTTTTGAGTGTGGTCGCTGTCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTA-GCTATAAAATAATTTATTATCA-C-TGTTTC--GTA-AAAAAATAAAGGC-GAATTCGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCATTTCATGTTAAAACACA-G-A---GATAAGCTAGACCAC---GATTTCAGATCTCCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGTGCTGACTCGGAAATATTACCGAAGTGTTCCCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GACGAA---A--A-TATA--A-CGACATC--T-TTT-C-GCGC-TTATTGTTTGTAAATTGCTTCGT--AT-ATAAACGTTGTAATCAATTATTTATCTAAA-TTCCT-CGTTTTCAACAAAtatttgatgtggcgacatcatttgtgactacgtgaaattgtttgtttccccacc
gi|4 : CCTTCACACATGATCTTA-GTT-------TGTATATTA--T--GTAAACATTTATTCTAAGGAACGTTCAAA
gi|4 : AAAAT-CTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTATGAAACATTTATAGCCATGATTTTAACTGTTGCAGAAA--GGATACTCTTTGGAATCTTTTAAAATTGGTTTCTGTTCGATATTTATACCAATATTGTTTTTGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATATGC-TACAATTGGTGTTGTTGTCGTGTTTACTATG-----G-----------------TGCA-T-TATTTC--AT--AAACAATAAAGGC-ACATTTGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACATC-AAA-GATAAGCTAAATTGT---GATTTCAGATCTTCAAGTGCTGGAAAGTGTGGTCAACAT--GCATGTTGTTTCGGAAATATT-------TG------AATAGCCT---TAT------------TAT-AGATATAATAATATTATTAGAAAGA-GAA---A--A-TAT-----TGGTATC--T-TTTCT-GCACTTTACTGTTGGTAAATTACTTCATTAAtgactctaccaaattctacacaaactgaaaatctaatttagaacatgaataagatttttttatgaaacatttatagccatgattttaactgttgcagaaaggatactctttggaatcttttaaaattggtttctgttcgatatttataccaatattgtttttgagtgtggtcgccatctaaatttcaatatgctacaattggtgttgttgtcgtgtttactatggtgcattatttcataaacaataaaggcacatttgggtctaaaatattgaaagaaggttcaattcatgttaaaacacatcaaagataagctaaattgtgatttcagatcttcaagtgctggaaagtgtggtcaacatgcatgttgtttcggaaatatttgaatagccttattatagatataataatattattagaaagagaaaatattggtatcttttctgcactttactgttggtaaattacttcattaa
gi|5 : ccttcacacatgatcttagtttgtatattatgtaaacatttattctaaggaacgttcaaatgactctaccaaattctacacaaactgA-T-AATAATTATATATTATAGATACTGTGATTGTTCTCTATCTCTAA---ACTATCAACGAATGACCATACATAT--CA-ATAGAAGTGTGAGCAAATAAAAGTGTAATAAACAAGAATCCAGGAGATTATCTCTAGTAAACAATCCC--GTGACAAAAGCACCCAAAACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTATATT-TTAATTTAGAACATGAATAAG-CTTTTTTA---AGCGTTTG-AG-----ATCTTAACTATTGC-AAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTATCCGTTTGACATTTATTCAGACAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTGT-TTAAATTGTAGTGATTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATACAATGATTTA
gi|6 : gtttgtaacttagcaaAAAAATGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTGTAAAATGATTTATTTGCA-A-TTTTTT--ATG-AAAA------GTC-GTATTTTTATCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATTATAAAACTCA-GTAAA-AATAATCTAAAACGC---GGTTTCATACCTACAAATGTTGGAA-GTGAGGTCGATAT--CCGTGCTG-TTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAATCACAG-CGT--TCTCGTTGCATGT-GCATGTAGCAACATCACT-----GA-AAA---A--A-TAT-----TGACTTC--T-TTT-TTGCGTTTTATTGTTTATAAATTCCATCATTGAA-ATAAAACTTATGAACGATATCTTAACTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAaattgaatgttgcggcaaggttttttttaattacacgt
gi|7 : TCACACATAAGCCTAAGTAGGGCCTATGCATA--AGTCAAGCAAACATATATTCTAAGGCATGTTCAAA-AGAtatatttggtgtggcgacatcatttgtggtcgcgtgatttttttttgttttccccgcc
gi|7 : TCAAGCAAA--CA-----TATATTC---TAAGGCAT--GTTCAAAAGACTCGACTAACCAA--------G--------ctcgactaaccaagttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|7 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagACACAAACTGAAATAAATAAATAAATGTTAAAAT-TTAATTTAATTCATGAATAAGATTTTTTTA---AATGTTTATAG-----ATTTCAATCTTTGCAGCAAA-GGAAACTCTTAGGAGATTTATAAAATTTGTTTTTGTTGGAC-TGCAT-------GTGTTTTCGAGTATGGTCGCCATCTAAACTTCAATCTGT-TAAAATTGTTGTGGTTTACATCTTTACTATTTTTATGCTATACAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--AT--AAAAAATAAAGGC-GTAttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|8 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagtcaagcaaacatatattctaaggcatgttcaaaagactcgactaaccaagttctGTCACCTACACATATGATCTAAAATA-------GGTATA--A--C--TCAAAAATATATTCTAATATACATTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCATTTGATTCGACCAAACAA-----------------ATTTCACAGGGT--T-AATA---ATATAGTCTCAA------------TCTCTATCTCTATCTAACTTCTATCGAATGACTACGAATAT--CAT-------------AAAATAAAATTAT--------AAAATCCAGGAGTTTATTTGTAGTAAACAATCTC--ACGATAATGGCGCAAAAAATAAACTGA---AAACAAAT----GTTA
gi|9 : taataacaaagacagtggtttttcgatgttaaagttttcatgtttgaaggcgaccaaatgtagttaatttgaaGTCTAAA-TGTTGAAAGAAG-TTTCAAGTCGTGTTAAAACACA-GCAAA-GATAAGCTTAAACGT---GATTTCGGATTTTCAGGTGTCGGAAAGTGCAGTCGACATATCCGTGCTGTCTCGAAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAG-TTT--TCTA-------GTCATATATAATGACATTATTG----GA-AAA---A--A-TAT-----TGGCATC--TATTT-T-GCACTTTACTGTTTGTAAATTGCTTCATTGATGAAAAAAGTAATGAAAAATGTTTTAATTAAA-ATCCCCCGTTTGTATCAGA
blockSeqs : T GGGCCTA TT GTCAA A . C A ATGTCACAT A AA . A A AA T A CTA A A . TAT TAAT C C T A . AACTA AAAT G T A TGA CCATG GA AA T GTGGG A C A TT TT AT AA A G T GG A A GAT T ATC C A G TA GTTGCAT C AGAAA C GAG . . AAAA TT A CT G G T TA T T
blockSeqs : C . . C G . A A G T A . A A TC T A . A T . TAA TGA C G A G . AAATA . . T A . . AA G T AACCA A . T CT . A GA . T T TC . C . G G C A . . T . AGG . . . . AA . . TT A . A TA T .
blockSeqs : T . . C C . T A G C . . A A TA G T . A A . AT T . G T G . AAATA . . T A . . AG A T GATAA G . C TT . A CG . G G GT . T . C C T A . . G . G . . . . AA . . T G . T AT A .
blockSeqs : A . . A C . C T . . . . C . . T . T T . T . . . . . . AAACA . . T A . . AG A T GAGAG A . T C . A AA . T G GC . A . T G T T . . T . . . . . . . . . C A . T GT A .
blockSeqs : A . . T T . . A . . . . . . A . T AATAT A . A C . G AA . G G G . A . A C T T . . T . . . . . . . . . T A . A
blockSeqs : . . . C A . . . . . C GACAG A . T C . . AA . G T G . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : A . ATA A . T T . . A . T
blockSeqs : G A . T A . . . .
blockSeqs : A . T C
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ***** G**************** A* ** T*** ** AAATA A* C** A* N* T****** ** AA***
originalCons : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGTGTAA-AAACAAAAATCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC---A-TGGCATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNATTTATCTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAAA
finalCons : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAAG----------------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGTGT---AAACAAAAATCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCAC--TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAGN-TTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTCT------GT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TACAA---TGGCATC--T-TTT-T-GCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNATTTATCTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAACTCGACTAGGTGTCTCTTACAGCACTGCCCAAACTTTGTAAACGGTTAATATAGAAAATTTTATAAAACGTTACGTTTGTAACGACTTCCCATAATGGTCAACAAT
Alignments
lowQualScore : 1111111 11111 11111 66666666666666666 11 111 11 222222222 11 1111 111 11111 11 111 11 222 111 2222222 1 22222 111 1111 11
lowQualScore : 8 8888888 0 77 11111 1 0 0 66666 7 1 11111111111111111 1 0 88 8 5 1 66 5 1 444 1 1 11 555 0 777777777 88 3 1 3 11 0 55555 2222 5 5 4 111 66666 0 66 0 2 55555 1 0 3 1 0 0 111 66 88 2 4 1 66 222 5 5 000 1 0 888 1 5 0 5 77 4444444 1 44444 55 000 77 5 6666 33 5 55 1 6 1 22 1 8 0
lowQualScore : . ....... . .. ..... . . . ..... . . ................. . . .. . . . .. . . ... . . .. ... . ......... .. . . . .. . ..... .... . . . ... ..... . .. . . ..... . . . . . . ... .. .. . . . .. ... . . ... . . ... . . . . .. ....... . ..... .. ... .. . .... .. . .. . . . .. . . .
lowQualScore : 9 6666666 1 99 66666 0 4 7 77777 8 0 22222222222222222 2 8 66 0 6 0 66 0 4 000 4 4 00 666 8 222222222 88 2 0 2 00 7 66666 1111 7 0 9 777 77777 3 55 7 0 00000 3 4 6 5 1 9 888 11 99 4 4 0 00 111 7 1 000 0 1 666 4 4 3 7 99 9999999 4 33333 99 000 99 7 6666 66 7 99 4 7 0 44 4 0 8
consensus : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGTGTAA---A--CAAAAA-TCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC--AATGGCATC--T-TTT-TGCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNATTTATCTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAAA
Reference ( family-840 ) : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATNTATTCTAAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------G--------GGTTAATAATGTA-T-AATAATTATATATTATCGATACTGTGATCGTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGTGTAA---A--CAAAAA-TCCAGGAGTTTATTTCTAGTAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAACACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCAAAAAA-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTTATACCGANAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--ATA-AAAAAATAAAGGC-GTATTTNGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-NTTCAATTCATGTTAAAACACA-G-AAA-GATAAGCTAAAACGC---GATTTCAGATCTNCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GA-GAA---A--A-TAC--AATGGCATC--T-TTT-TGCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCGTTAAT-ANAAAAGTTGTGAACGATNATTTATCTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAAA
gi|1 : GTCACCTTCACACATGATCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAACATCTATTCTAAGATACGTTCAAAAAGAGACACACGATATAAACAATTAAGTCGCTGGTTCAACTAACTCGACCAGCCGAATACCACTG--------GGTTAATACTATA-TGAATACTTTCGTATTTTCGATACTGCGATCGTTCTCATTCCCCAC---ACTTTTATCGAATTACTATATATATATCATACAGAAGTGTGAGAAAATAAAAGGGTAA---AAACAAAAA-TCCGGAAGTTTATTTCTAGTAAACAATCTCCTGCGACTATGGCGTCCAAATAAAACTGAAATAAAT--------GTTAAAAT-TTGATTGAGAACCTAAATAAACTTTTTTTA---AACGTTTGTAG-----ATCTTAATTGTTGCATAAA--GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTTTCCGTTGGACATTGATACCCAGACGGTTTTCG----TG-------TCTA--TTTCCATCTGC-TCAAATTGGTA------ACATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAATG---------------ATTTC--AT--AAAAAGTAAAGGC-GTATTTTGGTCTAAAACATTGAAAGAAATGTTCAATTCATGTTGAAACTCG-GCAAA-GGTAAGCTAAAACAC---GATTTCAGATCTCCGAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACGT--CCGTGCTGACACGGAAATATTATCGAATTGTTCTCAAAAAGAATAA-TAT--TCTC-------GTCATATATAATTACATCATT-----GA-GAA---ATGACTAC--AGTGACATC--T-TTT-TGCGCTTTATTGTTTGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGTT
gi|10 : aaacaccttatataacatgtatacaggccttgttcagtatgccggagttcaagctgtctcagactgtaaacaccttatannnnnnnnnntacacgtattcaggcattgtccagtatgccggagttcaagctgtctcggggccactttttgtttttcttacaatattgataacgtgacggatcttgcataggccaaatgacgatatgcttgatgacatgttcgaaatagtgtcacctgtttatatattactttgtataggtttgtaacttagtgatgatacacatagtaacaaagacagtacttggtgactcgatgtaaaacttaaaatatattagatcatgttttaaggcaaccaaacgcagttcattttacaTTTGAAATGGCTTTCCAT--AATATC---ACC-ATA-T-TTTTCGAGTGTGGTCGTATTCTAAATATAAATCTTC-TAAAAATGGCGTGGTTGACATTTTTACTATGTTTATGTTATAAACTGAATTATTTGCATT-TATTTCTTATA-AAAAAATAAA----GTTTTTGGGTCTAAAA-ATTGAAAAAAG-cctccgttttcatgagctatttagtgcggcgacatcattttgtttccaaaccgtggtcacgta
gi|11 : aaattctgtaaaataaacccgtctagatgattcttaaagcccaaccgaaacttcgtttaaggataatattgaaaactttatgaaacgttattatggtgttctaaacgaacctgcgTACTGTGGGTGTTTTCGAATGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTTC-TAAAATTGCT--------CATCTTTACTATGTTTATGCTATAAAACGATTTATT-GCA-C-TATTTC--ATA-AAAGA-TAAAGGC-GT-TTTTGGTCTAAGATATTGAAAGAAG-TTTTAATTTATGTTAAAACACA-G-AAAAGTTCAGCTAAA--GT---AAAT--AAATCTTCAAGTATCGGAAAGTGTGATTGAC-----CGCGCTGACTCGGAAATATTATCGAAATGTTCACAAAAAGTATAA-TATTATCTT------TGT-ATt
gi|12 : GCCGCCTTCACACATGATCTTATGTT-------CG-ATA--A--C--ACAAACATATATTGTATGGTATGTCCAAA
gi|12 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcaACACAAACTGAAATAACTAAAT----GTTAAAAT-TCAA-TTAGAACATCAATAATATTTTttactcgaccaaccaaattctacacaaactgaaataactaaatgttaaaattcaattagaacatcaataatatttt
gi|13 : attattgtgtatattcgtatttacatgtatagtagcgaaaactgtgttgagttgatctacaacttatgaaaatgataaaatattttagaatatgttcaaaattaattcattgtttcagccgccttcacacatgatcttatgttcgataacacaaacatatattgtatggtatgtccaaattactcgaccaaccaaattctACAATTAGAGCAACCATATTTTTG-GCGTGGTCGTCATCTAAATTCCA-TATGC-TAAA-TTGGCGTG---------TTTTCTATGTTTATTTTATAAACTAACTTTTTTGAA-CTTAT-----ATATAAAAGATAAAGGCAATATGTGGGTCTAGAATATTGAAA
gi|14 : gtttgaaaacaaagcagttaaatggcatcacgtcgtgatatgaaTAATAGCATTATT-----GG-GAAGAGA--A-TAC--AATGGCATC--T-TTT--GCACTTTATTATTTG-AAATTGCTTCGTTAAT-ATAAATGTTGTGAACGATAATTTATCTAAA-TTTCTCCG-TTTCATCA
gi|15 : GTTTTTTTGGGTGTGGTCGTCATCTAAATTTCTATTTTCCTAG--TTGGTGTGGTTGACATATTTACTATGTTAATGCTATAAAATGATATTTTTGCATT-TATTTggtattttgtgcggcaacatcatttgtgatcacgtgatattttttggtttccatcgc
gi|17 : gtatatAGTGTGTTCGCCATCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTTGTGGGGTTGACATCTT
gi|18 : atatcactcataccgctATGCATTTTAACATACTTTTAT-CAGAGACA-----CATAAATAATTAAGTCACCGCTT
gi|2 : ctcaGTCACCTTCACACGTGACCTTACGTA-------TGTATA--A--C--GCAAATATCTTTTCTA-----CGTTCAAACAGAGACA-----TTTAAATAATTAAGTCACAGGTTCAAATGACTCGACCAACCAA--------ATGTCACATGGTTAAAAATAT--T-AATAATTATATATTATCGAAACTGTGACCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTAAC-AATGGCTATATATAT--CATATAGAAGTGTGAGAAAATAAAACTGTGA---A--AAAAGACTCCACCAGTTTATTTCTAATAAACAATCCC--GCGACAATGGCGCCCAGCACAAACTGAAGT----AAAT--------AAATGTTAA-------------------------A---AACGTTTTTAG-----ATCTAAATTGTTGCGAAAAG-G--TACTCTTTGGAAAGTTATAAACTTGATTTCCGTTGGACATTTATACCGATAATGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTTAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGATATCTTTACTATATTTTTGCTATAAAATGAATTATGTGCA-C-TGTTTC--AT--TACACGTTAAGGC-GAATTTTGGTCTAAAATATTGAAAGAGG-TTTCAATTCTTGTTCAAACACAGG-AAA-AATAGGCTAAAACACGATGATTTTAGATCTGTAAGTATCGGAAAGTATGGTCGACAT--GCGCGGTGACTCGGAACTGTTATCGAAGTGTTATCAAAATGTAAAAGCAT--TCTC------GAC-ATATATAATAACATCTTTAGG--AA-GAG---A--A-TACAAAATAATATCTTT-TTT-TGCGTTTTTTTATTGGTAAATTGCTTCATTAAT-AAAAAAGCTGTGAACGATTATTTATCTAAGTTTTCTCCGTTTTCATCAAA
gi|3 : aaatgctgttcattttataGTAACCTCTACACATGATCTTATGTA-------TGTATA--A--A--GCAAACATCTATTCTTAGGTACGTTCAAACAGAGACA-----TAAAAGCAATTAAGTCACTGGTTCAAATGGCTCGACCAAC-AA--------G--------GGTTAGTAATGTAAT-AATAATTATATATTATCGATCCTGTGATCTTTCTCAATCTCTAC---ACTATTATCGAATGACTATATATAT--CATAAAGAAGTGCGAGGAAGT----GTG-AG---G--CAAAAA------------------A--AAACAATCCC--GTGACAATGTCGGCCAACACAAACTGAAAT------------GTTAAAAT-TTAATTTAGAACATGACTAAGATTGTTTTA---AACATGTGTAG-----TTCTTTATTGTTTCAAAAAAAGGATACTCTTTGGAAACTTTTAGAATTGATTACCGTTGGACATTTATACCGAGAGTGTTTTTGAGTGTGGTCGCTGTCTAAATTTCAATCTGC-TAAAATTGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTA-GCTATAAAATAATTTATTATCA-C-TGTTTC--GTA-AAAAAATAAAGGC-GAATTCGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCATTTCATGTTAAAACACA-G-A---GATAAGCTAGACCAC---GATTTCAGATCTCCAAGTGTCGGAAAGTGTGGTCGACAT--CCGTGCTGACTCGGAAATATTACCGAAGTGTTCCCAAAAAGTATAA-TAT--TCTC------TGT-ATATATAATAACATCATT-----GACGAA---A--A-TAT--AACGACATC--T-TTT-CGCGC-TTATTGTTTGTAAATTGCTTCGT--AT-ATAAACGTTGTAATCAATTATTTATCTAAA-TTCCT-CGTTTTCAACAAAtatttgatgtggcgacatcatttgtgactacgtgaaattgtttgtttccccacc
gi|4 : CCTTCACACATGATCTTA-GTT-------TGTATATTA--T--GTAAACATTTATTCTAAGGAACGTTCAAA
gi|4 : AAAAT-CTAATTTAGAACATGAATAAGATTTTTTTATGAAACATTTATAGCCATGATTTTAACTGTTGCAGAAA--GGATACTCTTTGGAATCTTTTAAAATTGGTTTCTGTTCGATATTTATACCAATATTGTTTTTGAGTGTGGTCGCCATCTAAATTTCAATATGC-TACAATTGGTGTTGTTGTCGTGTTTACTATG-----G-----------------TGCA-T-TATTTC--AT--AAACAATAAAGGC-ACATTTGGGTCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATGTTAAAACACATC-AAA-GATAAGCTAAATTGT---GATTTCAGATCTTCAAGTGCTGGAAAGTGTGGTCAACAT--GCATGTTGTTTCGGAAATATT-------TG------AATAGCCT---TAT------------TAT-AGATATAATAATATTATTAGAAAGA-GAA---A--A-TAT----TGGTATC--T-TTTCTGCACTTTACTGTTGGTAAATTACTTCATTAAtgactctaccaaattctacacaaactgaaaatctaatttagaacatgaataagatttttttatgaaacatttatagccatgattttaactgttgcagaaaggatactctttggaatcttttaaaattggtttctgttcgatatttataccaatattgtttttgagtgtggtcgccatctaaatttcaatatgctacaattggtgttgttgtcgtgtttactatggtgcattatttcataaacaataaaggcacatttgggtctaaaatattgaaagaaggttcaattcatgttaaaacacatcaaagataagctaaattgtgatttcagatcttcaagtgctggaaagtgtggtcaacatgcatgttgtttcggaaatatttgaatagccttattatagatataataatattattagaaagagaaaatattggtatcttttctgcactttactgttggtaaattacttcattaa
gi|5 : ccttcacacatgatcttagtttgtatattatgtaaacatttattctaaggaacgttcaaatgactctaccaaattctacacaaactgA-T-AATAATTATATATTATAGATACTGTGATTGTTCTCTATCTCTAA---ACTATCAACGAATGACCATACATAT--CA-ATAGAAGTGTGAGCAAATAAAAGTGTAATAAA--CAAGAA-TCCAGGAGATTATCTCTAGTAAACAATCCC--GTGACAAAAGCACCCAAAACAAACTGAAATAAATAAAT----GTTATATT-TTAATTTAGAACATGAATAAG-CTTTTTTA---AGCGTTTG-AG-----ATCTTAACTATTGCAAAA-A-GGATACTCTTTGGAAACTTTTAAAATTGGTATCCGTTTGACATTTATTCAGACAGTGTTTTCGAGTGTGGTCGCTATCTAAATTTCAATCTGT-TTAAATTGTAGTGATTGACATCTTTACTATGTTTATGCTATACAATGATTTA
gi|6 : gtttgtaacttagcaaAAAAATGGTGTGGTTGACATCTTTACTATGTTTATGCTGTAAAATGATTTATTTGCA-A-TTTTTT--ATG-A------AAAGTC-GTATTTTTATCTAAAATATTGAAAGAAG-GTTCAATTCATTATAAAACTCA-GTAAA-AATAATCTAAAACGC---GGTTTCATACCTACAAATGTTGG-AAGTGAGGTCGATAT--CCGTGCTG-TTCGGAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAATCACAG-CGT--TCTCGTTGCATGT-GCATGTAGCAACATCACT-----GA-AAA---A--A-TAT----TGACTTCT-T-TTT-TGCGTTTTATTGTTTATAAATTCCATCATTGAA-ATAAAACTTATGAACGATATCTTAACTAAA-TTCCTCCGTTTTCATCAaattgaatgttgcggcaaggttttttttaattacacgt
gi|7 : TCACACATAAGCCTAAGTAGGGCCTATGCATA--AGTCAAGCAAACATATATTCTAAGGCATGTTCAAA-AGAtatatttggtgtggcgacatcatttgtggtcgcgtgatttttttttgttttccccgcc
gi|7 : TCAAGCAAA--CA-----TATATTC---TAAGGCAT--GTTCAAAAGACTCGACTAACCAA--------G--------ctcgactaaccaagttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|7 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagACACAAACTGAAATAAATAAATAAATGTTAAAAT-TTAATTTAATTCATGAATAAGATTTTTTTA---AATGTTTATAG-----ATTTCAATCTTTGCAGCAAA-GGAAACTCTTAGGAGATTTATAAAATTTGTTTTTGTTGGAC-TGCAT-------GTGTTTTCGAGTATGGTCGCCATCTAAACTTCAATCTGT-TAAAATTGTTGTGGTTTACATCTTTACTATTTTTATGCTATACAATGATTTATTTGCA-C-TATTTC--AT--AAAAAATAAAGGC-GTAttctacacaaactgaaataaataaataaatgttaaaatttaatttaattcatgaataagatttttttaaatgtttatagatttcaatctttgcagcaaaggaaactcttaggagatttataaaatttgtttttgttggactgcatgtgttttcgagtatggtcgccatctaaacttcaatctgttaaaattgttgtggtttacatctttactatttttatgctatacaatgatttatttgcactatttcataaaaaataaaggcgta
gi|8 : tcacacataagcctaagtagggcctatgcataagtcaagcaaacatatattctaaggcatgttcaaaagactcgactaaccaagttctGTCACCTACACATATGATCTAAAATA-------GGTATA--A--C--TCAAAAATATATTCTAATATACATTCAAACAGAGACA-----TATAAACAATTAAGTCACCGGTTCATTTGATTCGACCAAACAA-----------------ATTTCACAGGGT--T-AATA---ATATAGTCTCAA------------TCTCTATCTCTATCTAACTTCTATCGAATGACTACGAATAT--CAT-------------AAAATAAAATTAT----------AAAA-TCCAGGAGTTTATTTGTAGTAAACAATCTC--ACGATAATGGCGCAAAAAATAAACTGA---AAACAAAT----GTTA
gi|9 : taataacaaagacagtggtttttcgatgttaaagttttcatgtttgaaggcgaccaaatgtagttaatttgaaGTCTAAA-TGTTGAAAGAAG-TTTCAAGTCGTGTTAAAACACA-GCAAA-GATAAGCTTAAACGT---GATTTCGGATTTTCAGGTGTCGGAAAGTGCAGTCGACATATCCGTGCTGTCTCGAAAATATTATCGAAGTGTTCTCAAAAAGTATAG-TTT--TCTA-------GTCATATATAATGACATTATT-----G--GAA---A--A-AAT--ATTGGCATC--TATTT-TGCACTTTACTGTTTGTAAATTGCTTCATTGATGAAAAAAGTAATGAAAAATGTTTTAATTAAA-ATCCCCCGTTTGTATCAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAACTCGACTAGGTGTCTCTTACAGCACTGCCCAAACTTTGTAAACGGTTAATATAGAAAATTTTATAAAACGTTACGTTTGTAACGACTTCCCATAATGGTCAACAAT