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lowQualScore : 1111 88 22 0000000000000 11 1 888888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 888888 4 0 4 4 11 1 2 0 7 4 777777777 7 4 99 3 0 000 99 7 5 3 0 7 0 222222 7 3 6 8 0 2 0 0 2 3 3 3 3 2 4 0 4 000 000000 8 00 8 7 0 2 2 7777777777777 7 222222222222 222222 0000 0 222222 0 0 000 2 0 0 2 00 0 2
consensus : AATTGTGGCTA----CACTTTGATGT--AAC----AT----C--T--TGGGCCCTGGAAAATA------TGCACATCCAG-------------CT----------------GAAATA--------------AGG-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-CTTTATTTAAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TTAAATTAAAATACCGTTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCCCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTTGTGTGTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTAAATTNATCATTCAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-AGCAGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAGAAAAAAATAAAATAAATGACATACACTTTAAATGGTGCTATTTAAACCT-AAAA-AT-GACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTGTTTATTTA-CATCAATATTTAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATGTAAAGTTGAAAAATGACC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTATTTTATTTTTGTGCAA--TATTTAGTCCCATG-TACACCTAAAATGGC-TCCATTTTAAGTTAAAAA-----AT---G--AAAAAATA---TC-------GAA------GGG----GGTACACCCCCTCCCGCACCCGCCCC-CCTACG-CTGCATTCTTACCCCAGCGCCTGA--AAAAAA-TCTGGGGAAGGGCCTG
Reference ( family-812 ) : AATTGTGGCTA----CACTTTGATGT--AAC----AT----C--T--TGGGCCCTGGAAAATA------TGCACATCCAG-------------CT----------------GAAATA--------------AGG-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-CTTTATTTAAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TTAAATTAAAATACCGTTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCCCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTTGTGTGTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTAAATTNATCATTCAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-AGCAGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAGAAAAAAATAAAATAAATGACATACACTTTAAATGGTGCTATTTAAACCT-AAAA-AT-GACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTGTTTATTTA-CATCAATATTTAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATGTAAAGTTGAAAAATGACC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTATTTTATTTTTGTGCAA--TATTTAGTCCCATG-TACACCTAAAATGGC-TCCATTTTAAGTTAAAAA-----AT---G--AAAAAATA---TC-------GAA------GGG----GGTACACCCCCTCCCGCACCC-CCCC-CCTATG-CTGCATT-TTACCCCAGCGCCTGA--AAAAAA-TCTGGGGAAGGGCCTG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CGAAAGAGGCAGGTTGGAATAGGCCATCTTTAATAAGAGTTGAGTTTGTTACAATTATTTGTTTTTTTGTATTGAAAGACCATTTTATTAAG