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lowQualScore                  :                                  .   .     .....................................  ..         .      ......        ..   .......................................................    .   .....  .... ...   ......   .   ..   ..   ...     .          .    .....    .                        .       ..........................        .  ......... .  .       .   ..  .        .       ...   .     ..    .  .          .  .   ....   .       .    .  .   .          ..   .......      .  .  .                      .   ..  .     .    .               .       .....                                .     .   . .  .     .             .......     .    ..      ...    ..          ...   .   .        .  .    ...             .... .    .        . ...     ...   .    .............   .. .      .     .   .            .  .    .          ....................................................................................................      .         ..       ...  ..  .      
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consensus                     :                            AATTGTGGCTACACTT----------T------A------------C------CT--TGGGCCCTGGAAAATA------TGCACATC--CAG-------------CT----------------GAAAT----A--------------AGGC-CGT-----TT---CT---GTT------TTT-CTTTATTT--AAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAAT--AT-TTTTTAAATTAAAATACCGTTTTATTAAGCTTTTCAG----ACT-----TTCTCATGGTTGATTGCTTAATTAC---------TGTA-TCTTAAAGAAA--GT-TGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTT--GTGTNTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTGAATTCATCATTCAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-AGCAGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTGATGAGAAAAAAATA-AAATAAATGACATACACTTTAAATGGTGCTATTTAAACCTAANA-AT-GACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTNTTTGTTTGTTTA-CATCAA--TATTTAGTCC---ATANACAATTTTAAATGGCGCCATNTAAAGTTGAAAAATGACC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTATTTTATTTTTGTG----CAA--TATTTAGTCCCATG-TAC-ACCTAAAATGGC-TCCATTTTAAGTTAAAAA-----AT---G---AAAAAATA---TC------GAA------G---GG----GGTACACNCCCTC-----CC-CACTC-CCCCCCTACGCT--GC-ATT-TTACCCCAGCGCCTGA--AAAAAATCCGGGG-AAGGGCCTG
Reference ( gi|1 )            :                            AATTGTAGCTTCACTT----------T------A------------C------CT--TGGGCCCTGGAAAATA------TGCACATC--TAG-------------CT----------------GAAAT----A--------------AGAC-CGT-----TT---AT---GTT------TTT-CTTTATTT--AAATTTAAAGTAGAATTCATAAAGAAT--CT-TTTTTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAG----TCT-----TT------GTT---TGCCTAATCAC---------TGTA-TCTTAAAGAAA--GT-TGTTTATGTAAAGAAT---ATGGCACTT--GTGTCTATTTATTTGGTATACAATAATGAAATAAGATACTAAATTAATAATTTAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-AGTAGAGGAATACTGGCATGCTGAGAAATCAAGAAGGGTGCTTTTTAATTGATGTTCGTTAATAAGAAAAACAGA-AAATAAATGACATACACTTTAAATGGTGCTATATAAACATAAAAGAT-GACAA-AAAAGTCAAATCAGATTTCCTTTTTGTTTGTTTGTTTATCATCAA--TATTTAGTCC---ATAAACAATTTTAAATAGCACTATGTAAAGTTGAAAAATGTCC-AAAAAATGTCAATTACATTGCATGT---TTTATTTTATTTTTGTG----CAA--TATTTAGTCCCATG-TAC-ACCTAAAATGGC-TCCATTTTAAGTTAAAAA-----AT---G---AAAAAATA---TC------GAACCCCTTG---GG----GGTATACCCCCTC-----CCGCACTCGCCTCCCTACACC--GC-ATTCTTACCCAAGTGCCTGA--AAAAAATATAGGA-AAAGGCCTG
gi|9                          :                            AATTGTGGCTACACTC----------TGATGTAA------------CATGTCACT--TGAGCCCTGGAAAATA------TGTACATC--CAG-------------AT----------------GAAAT----AT-------------AGGC-CGT-----CT---TT---GTT------TCT-GT--------AAATT-AAAGAAGTATTCATAACGAAT--AT-TTTT-AAATAAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAG----ACT-----
gi|13                         : aaacagctacactggcagatttgctagAATTGTGGCTTCACTTCGTTGTTAAAT------A------------T------CTCATGGGCCCTGAAAAATA------TGCACATC--TAGAGATGAAAATGGTCTGGCTG-----------GAAAT-------------------AGAC-AATTATTGTT---CT---GTT------TTT-CTTTATTT--AAA-TCAAAGTGAAATTatcccatggttg
gi|12                         :                            AATTGATGCTACACTT----------TCATGT-A------------A------CA--TGGGCCCTGGAAAATA------TGCACTTC--CAG-------------CTGAAAATGGTTGTGTTGGAAAC----A--------------GGCC-CGT-----TT---TT---GTT------TCTGCTTTTCTTCAAAATTT-------AATTCATAATGAAA--CT-TTT
gi|11                         :   aacatccacagtggcgggttacttagATTATGGCTACACTT----------T------GATGTTAAATATCC------CT--TGGGCCCTGGAAAAAA-------GCACATC--CAC-------------AT----------------GGAAT----AT-------------AGGT-TGT-----TT---TT---GTT------TGT-CTTTATTT--AAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAAT--A--TTTTTAAAATAAATTATCATTTTATCAA
gi|3                          :  aataaatatcaacactcgcatatttgttagtTGGCTACACTT----------A------A------------C------CT--TGGACCCTGTAAAATA------TGCACATC--TAC-------------CT----------------GAAAT----T--------------AGAC-TGT-----TT---CT---GTT------TTT-CTTTATTT--AAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAAT--CT-TTTTTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAG----ACT-----TTCCCATGGTTGATTGCCTAATTAC---------TGTA-TCTTAAAGAAA--GT-TGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTT--GTGTCTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTTAATTAATCATTTAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-ACCAGGGGAGTACTGGCATGCTGAGAATCCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTAATGTTTGTTAATGAGAAAAAAATA-AAATAAATGACATACACTATAAATGGTGCTATTAAAACCTAAAAAAT-GACAATAAAATTTAAATCAA------TTTTTTTTTATTTGTTTAACATCAA--TATTTAGTCC---ATAAACAATTTTAAATGGCGTCATGTAAAGTTGAAAAAAGTCC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTGTTTTATTTTAGTG----CAA--TATTTAGTCCCATG-TAC-ACCAAAAATG
gi|4                          :                                          tc----------T------A------------C------CT--TGGGCCCTGGTAAATAATATTATGCACATC--CAG-------------AT----------------GAAAT----AGTCTGGTTTGAAACAGGC-CAT-----TTTTGATTCAGTT------TTT-CTTAATTT--AAATA-AAAGTGGAATTCATAATGAAT--ATATTTTTAAATAAAAACACTGTTTTATTAAGCTATTCAG----ACT-----TTCTCATGGTTGATTGCTTAATTACAATTTAAACTGTA-TTTTAAAGCAA--GT-TGTTTATGCAGAGAGT---ATGGCATTT--GTGT-----------GCACAC--TA-TGCAGCAAGGTACTGAATTCATCATTCAAG-----AC--TAG------TTCAGAA-AGCAGGGGGATGCTGGCATGCTGAGAAACCAAGGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAGAAAAA-ATA-AATAAAATGATATACAATTTACATGATGCTATTTACACCTAATA-AT-GACAATAAAAGTCAAAT
gi|5                          :                                          ttgatgtaacata------A------------T------CT--TAAGCCCTGGAAAATA------TGCACATTCATAG-------------------------------GGAATATGGA--------------ATACTTTT-----TT---TT---GTTTCTGAATTT-CTTAATTT--AAA---AAAGTGGAATTCATAATGAAT--AT-TTTTC-AATTAAAATACCGTTTTATTAAG-TTTTCAAAACTTCCCATGGTT------GAT---TGCTTAATTAC---------T----TTTTAAAGAAA--GT-TGTTTATGCAAAGAATACGATGGCACTTGAGTGTTTA--TATTTGGTACACAATAaa
gi|16                         :                                                 aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacT--TAGGCCCTG-AAAATA------TGCACACC--CAtcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|2                          :                                                               atccatacacaggtcacttggtatttagcctaagcataacatatcaaACAT---TAG-------------CT----------------GAAAT----T--------------AGAC-CGT-----TT---CT---GTT------TTT-GTTTTGTT--AAATT-AAAGTTGAGTTCATAATGAATATTT-TTTTTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAG----ACT-----TTCTCATGGTTGATTGCCTAATTAC---------TGTA-TCTTAAAAGAA--GT-TGTTTATGCAAAGAAT---ACA-TACTT--GTGTCCATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATTAGATGTTAAATTAATCATT-AAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAG-AGCAGGGAAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGACGGTGCTGTTAAGTTGATGTTTATTGATGAGAAAAA---ATAAATAAATGACACACACTTTAAATGGTGTTATTTAAACCTAAGA-ATAGACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTG--TATTTA-CATCAA--TATTAAGTCC---ATAAACAATTTTAAATGGCACCATATAAAGTTGAAAAATGACCAAAAAAATGTCAATTACAATTCATGT---TTTATTTTA-----GTT----CAA--TGTTTAGTCCTATG-TAC-ACCTGAAAGGGCATT--TTTTAAGTTAAAAA-----A----GAA-AAAAAACA---TC------GAAa
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gaataC---------TGTA-TCTTGAACAA---GT-TGTTTATGCAAAGAAT---ATGACACTT--GTGTGTACTT
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|2                          :                                                                                                                                                atccatacacaggtcacttggtatttagcctaagcataacatatcaaACATT-AG-------------CT----------------GAAATT--------------AGA-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-GTTTTGTTAAATT-AAAGTTGAGTTCATAATGAATAT-TTTTTTTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCTCATGGTTGATTGCCTAATT---------A---------CT-GTATCTTAAA--AGAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---AC-ATACTTGTGTCCATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATTAGATGTTAAATTAATCATT-AAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAG-AGCAGGGAAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGACGGTGCTGTTAAGTTGATGTTTATTGATGAG-AAAAAAT-AAATAAATGACACACACTTTAAATGGTGTTATTTAAACCT-AAGA-ATAGACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTG--TATTTA-CATCAATATTAAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATATAAAGTTGAAAAATGACCAAAAAAATGTCAATTACAATTCATGT---TTTATTTTA-----GTTCAA--TGTTTAGTCCTATG-TACACCTGAAAGGGCATT--TTTTAAGTTAAAAA-----A----GAAAAAAAACA---TC-------GAA------a
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gi|4                          :                                                                                                                     tc----------T------------A------------C------CT--TGGGCCCTGGTAAATAATATTATGCACATCCAG-------------AT----------------GAAATAGTCTGGTTTGAAACAGG-----------CCAT-----TTTTGATTCAGTTTTT-CTTAATTTAAATA-AAAGTGGAATTCATAATGAATATATTT--TTAAATAAAAACACTGTTTTATTAAGCTATTCAGACTTTCTCATGGTTGATTGCTTAATTACAATTTAAA---------CT-GTATTTTAAA--GCAAGTTGTTTATGCAGAGAGT---ATGGCATTTGTGTG-------------CACACTA-TGCAGCAAGGTACTGAATTCATCATTCAAG-----AC--TAG------TTCAGAA-AGCAGGGGGATGCTGGCATGCTGAGAAACCAAGGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAG-AAAAAATAAATAAAATGATATACAATTTACATGATGCTATTTACACCT-AATA-AT-GACAATAAAAGTCAAAT
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGGTTGATTGCTAAACT---------A---------TTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ttcagacttgATACATGTGTATTTAGTACACGTTTATGCAAGGTATTTAGTCCCGTG-TACACATAAAATGGC-TCTATTTTAAGTTGAAAA-----ATGGAG--AGAAAA-A---TCAAAAGCTGAA------AGA----GGCACACA----C-----CC-CAC-CC-CTCCACC-TG----GTA-T-TTACCCCAGTGCCTGA--tctaaaacatacatgtgtatttagtacacgtttatgcaaggtatttagtcccgtgtacacataaaatggctctattttaagttgaaaaatggagagaaaaatcaaaagctgaaagaggcacacaccccacccctccacctggtatttaccccagtgcctgatattaaata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttcagacttggcttaattagtattttagctgtatcttgaacaagttgtttatgcaaagaatatgacacttgtgtgtactttctaaaacTATTTAGTCCATATACAATTTTAAATAGTATCATATAG-GTTGAAAAATGATC-GAAAAAAGTCAATTATAATGCATGtattaaata
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gi|9                          :            tttagcagtaatatttatttagtccatatacaattttaaatagtatcatataggttgaaaaatgatcgaaaaaagtcaattataatgAATTGTGGCTA----CACTC----------TGATGTA------A------------CATGTCACT--TGAGCCCTGGAAAATA------TGTACATCCAG-------------AT----------------GAAATAT-------------AGG-----------CCGT-----CTTTG------TTTCT-GT------AAATT-AAAGAAGTATTCATAACGAATAT-TTT--T-AAATAAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTATCCCATGGTTGa
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
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Reference ( family-812 )      :                                                                                                                         AATTGTGGCTA----CACTTTGATGT-----A-------C-CT--TGGGCCCTGGAAAATA------TGCACATCCAG-------------CT----------------GAAATA--------------AGG-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-CTTTATTTAAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TTAAATTAAAATACCGTTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCCCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTTGTGTGTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTAAATTNATCATTCAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-AGCAGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAGAAAAAAATAAAATAAATGACATACACTTTAAATGGTGCTATTTAAACCT-AAAA-AT-GACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTGTTTATTTA-CATCAATATTTAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATGTAAAGTTGAAAAATGACC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTATTTTATTTTTGTGCAA--TATTTAGTCCCATG-TACACCTAAAATGGC-TCCATTTTAAGTTAAAAA-----AT---G--AAAAAATA---TC-------GAA------GGG----GGTACACCCCCTCCCGCACCC-CCCC-CCTAC-G-CTGC-ATTCTTACCCCAGCGCCTGA--AAAAAA-TCTGGGGAAGGGCCTG
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
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gi|2                          :                                                                                                                                                atccatacacaggtcacttggtatttagcctaagcataacatatcaaACATT-AG-------------CT----------------GAAATT--------------AGA-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-GTTTTGTTAAATT-AAAGTTGAGTTCATAATGAATAT-TTTTTTTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCTCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--AGAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---AC-ATACTTGTGTCCATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATTAGATGTTAAATTAATCATT-AAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAG-AGCAGGGAAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGACGGTGCTGTTAAGTTGATGTTTATTGATGAG-AAAAAAT-AAATAAATGACACACACTTTAAATGGTGTTATTTAAACCT-AAGA-ATAGACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTG--TATTTA-CATCAATATTAAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATATAAAGTTGAAAAATGACCAAAAAAATGTCAATTACAATTCATGT---TTTATTTTA-----GTTCAA--TGTTTAGTCCTATG-TACACCTGAAAGGGCATT--TTTTAAGTTAAAAA-----A----GAAAAAAAACA---TC-------GAA------a
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
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Reference ( family-812 )      :                                                                                                                          AATTGTGGCTA----CACTTTGATGT--AA---C-----TC--TTGGGCCCTGGAAAATA------TGCACATCCAG-------------CT----------------GAAATA--------------AGG-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-CTTTATTTAAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TTAAATTAAAATACCGTTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCCCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTTGTGTGTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTAAATTNATCATTCAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-AGCAGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAGAAAAAAATAAAATAAATGACATACACTTTAAATGGTGCTATTTAAACCT-AAAA-AT-GACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTGTTTATTTA-CATCAATATTTAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATGTAAAGTTGAAAAATGACC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTATTTTATTTTTGTGCAA--TATTTAGTCCCATG-TACACCTAAAATGGC-TCCATTTTAAGTTAAAAA-----AT---G--AAAAAATA---TC-------GAA------GGG----GGTACACCCCCTCCCGCACCC-CCCC-CCTAC-G-CTGC-ATTCTTACCCCAGCGCCTGA--AAAAAA-TCTGGGGAAGGGCCTG
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
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Reference ( family-812 )      :                                                                                                                         AATTGTGGCTA----CACTTTGATGT--AAC-T---T----CT--TGGGCCCTGGAAAATA------TGCACATCCAG-------------CT----------------GAAATA--------------AGG-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-CTTTATTTAAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TTAAATTAAAATACCGTTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCCCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTTGTGTGTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTAAATTNATCATTCAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-AGCAGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAGAAAAAAATAAAATAAATGACATACACTTTAAATGGTGCTATTTAAACCT-AAAA-AT-GACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTGTTTATTTA-CATCAATATTTAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATGTAAAGTTGAAAAATGACC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTATTTTATTTTTGTGCAA--TATTTAGTCCCATG-TACACCTAAAATGGC-TCCATTTTAAGTTAAAAA-----AT---G--AAAAAATA---TC-------GAA------GGG----GGTACACCCCCTCCCGCACCC-CCCC-CCTAC-G-CTGC-ATTCTTACCCCAGCGCCTGA--AAAAAA-TCTGGGGAAGGGCCTG
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gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
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gi|2                          :                                                                                                                                                           atccatacacaggtcacttggtatttagcctaagcaACATT-AG-------------CT----------------GAAATT--------------AGA-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-GTTTTGTTAAATT-AAAGTTGAGTTCATAATGAATAT-TTTTTTTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCTCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--AGAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---AC-ATACTTGTGTCCATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATTAGATGTTAAATTAATCATT-AAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAG-AGCAGGGAAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGACGGTGCTGTTAAGTTGATGTTTATTGATGAG-AAAAAAT-AAATAAATGACACACACTTTAAATGGTGTTATTTAAACCT-AAGA-ATAGACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTG--TATTTA-CATCAATATTAAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATATAAAGTTGAAAAATGACCAAAAAAATGTCAATTACAATTCATGT---TTTATTTTA-----GTTCAA--TGTTTAGTCCTATG-TACACCTGAAAGGGCATT--TTTTAAGTTAAAAA-----A----GAAAAAAAACA---TC-------GAA------a
gi|3                          :                                                                                                                            TGGCTA----CACTT--------AAC----------C--T--TGGACCCTGTAAAATA------TGCACATCTAC-------------CT----------------GAAATT--------------AGA-----------CTGT-----TTCTG------TTTTT-CTTTATTTAAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAATCT-TTT--TTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCCCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTTGTGTCTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTTAATTAATCATTTAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-ACCAGGGGAGTACTGGCATGCTGAGAATCCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTAATGTTTGTTAATGAGAAAAAAATAAAATAAATGACATACACTATAAATGGTGCTATTAAAACCTAAAAA-AT-GACAATAAAATTTAAATCAA--TTTTTTTTTATTTGTTTA---A-CATCAATATTTAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCGTCATGTAAAGTTGAAAAAAGTCC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTGTTTTATTTTAGTGCAA--TATTTAGTCCCATG-TACACCAAAAATGacagaac
gi|4                          :                                                                                                                                        tcTTGATGT--AAC----ATATACC--T--TGGGCCCTGGTAAATAATATTATGCACATCCAG-------------AT----------------GAAATAGTCTGGTTTGAAACAGG-----------CCAT-----TTTTGATTCAGTTTTT-CTTAATTTAAATA-AAAGTGGAATTCATAATGAATATATTT--TTAAATAAAAACACTGTTTTATTAAGCTATTCAGACTTTCTCATGG-TTGATT-GCTTAATTACAATTTAAACT-GTATTTTAAA--GCAAGTTGTTTATGCAGAGAGT---ATGGCATTTGTGTG-------------CACACTA-TGCAGCAAGGTACTGAATTCATCATTCAAG-----AC--TAG------TTCAGAA-AGCAGGGGGATGCTGGCATGCTGAGAAACCAAGGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAG-AAAAAATAAATAAAATGATATACAATTTACATGATGCTATTTACACCT-AATA-AT-GACAATAAAAGTCAAAT
gi|5                          :                                                                                                                       AATCGTGGCTATATACACTTTGATGT--AACGTACAT----C--T--TAAGCCCTGGAAAATA------TGCACATTCAT-------------AG----------------GGAATA--------------TGGAATACTTTTTTTTGT-----TTCTG------AATTT-CTTAATTTAAA---AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TC-AATTAAAATACCGTTTTATTAAG-TTTTCAAAACTTCCCATGG-TTGATT-GCTTAATT---------ACT----TTTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAATACGATGGCACTTGAGTGTTTATATTTGGTACACAATA-Taa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATACATGTGTATTTAGTACACGTTTATGCAAGGTATTTAGTCCCGTG-TACACATAAAATGGC-TCTATTTTAAGTTGAAAA-----ATGGAG--AGAAAA-A---TCAAAAGCTGAA------AGA----GGCACACACCC-----CACCC-CTCCACCTG------GT-AT--TTACCCCAGTGCCTGA--tctaaaacatacatgtgtatttagtacacgtttatgcaaggtatttagtcccgtgtacacataaaatggctctattttaagttgaaaaatggagagaaaaatcaaaagctgaaagaggcacacaccccacccctccacctggtatttaccccagtgcctgatattaaata
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gi|9                          :                                tttagcagtaatatttatttagtccatatacaattttaaatagtatcatataggttgaaaaatgatcgaaaaaagtcaattataatgAATTGTGGCTA----CACTCTGATGT--AAC----ATGTCAC--T--TGAGCCCTGGAAAATA------TGTACATCCAG-------------AT----------------GAAATAT-------------AGG-----------CCGT-----CTTTG------TTTCT-GT------AAATT-AAAGAAGTATTCATAACGAATAT-TTT--T-AAATAAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTATCCCATGG-TTGa
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gi|16                         :                                                                                                                                                T--AAC----ATAT--CAAT--TAGGCCCTG-AAAATA------TGCACACCCA
gi|2                          :                                                                                                                                                           atccatacacaggtcacttggtatttagcctaagcaACATT-AG-------------CT----------------GAAATT--------------AGA-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-GTTTTGTTAAATT-AAAGTTGAGTTCATAATGAATAT-TTTTTTTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCTCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--AGAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---AC-ATACTTGTGTCCATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATTAGATGTTAAATTAATCATT-AAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAG-AGCAGGGAAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGACGGTGCTGTTAAGTTGATGTTTATTGATGAG-AAAAAAT-AAATAAATGACACACACTTTAAATGGTGTTATTTAAACCT-AAGA-ATAGACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTG--TATTTA-CATCAATATTAAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATATAAAGTTGAAAAATGACCAAAAAAATGTCAATTACAATTCATGT---TTTATTTTA-----GTTCAA--TGTTTAGTCCTATG-TACACCTGAAAGGGCATT--TTTTAAGTTAAAAA-----A----GAAAAAAAACA---TC-------GAA------a
gi|3                          :                                                                                                                            TGGCTA----CACTT--------AAC----------C--T--TGGACCCTGTAAAATA------TGCACATCTAC-------------CT----------------GAAATT--------------AGA-----------CTGT-----TTCTG------TTTTT-CTTTATTTAAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAATCT-TTT--TTAAATTAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCCCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTTGTGTCTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTTAATTAATCATTTAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-ACCAGGGGAGTACTGGCATGCTGAGAATCCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTAATGTTTGTTAATGAGAAAAAAATAAAATAAATGACATACACTATAAATGGTGCTATTAAAACCTAAAAA-AT-GACAATAAAATTTAAATCAA--TTTTTTTTTATTTGTTTA---A-CATCAATATTTAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCGTCATGTAAAGTTGAAAAAAGTCC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTGTTTTATTTTAGTGCAA--TATTTAGTCCCATG-TACACCAAAAATGacagaac
gi|4                          :                                                                                                                                        tcTTGATGT--AAC----ATATACC--T--TGGGCCCTGGTAAATAATATTATGCACATCCAG-------------AT----------------GAAATAGTCTGGTTTGAAACAGG-----------CCAT-----TTTTGATTCAGTTTTT-CTTAATTTAAATA-AAAGTGGAATTCATAATGAATATATTT--TTAAATAAAAACACTGTTTTATTAAGCTATTCAGACTTTCTCATGG-TTGATT-GCTTAATTACAATTTAAACT-GTATTTTAAA--GCAAGTTGTTTATGCAGAGAGT---ATGGCATTTGTGTG-------------CACACTA-TGCAGCAAGGTACTGAATTCATCATTCAAG-----AC--TAG------TTCAGAA-AGCAGGGGGATGCTGGCATGCTGAGAAACCAAGGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAG-AAAAAATAAATAAAATGATATACAATTTACATGATGCTATTTACACCT-AATA-AT-GACAATAAAAGTCAAAT
gi|5                          :                                                                                                                       AATCGTGGCTATATACACTTTGATGT--AACGTACAT----C--T--TAAGCCCTGGAAAATA------TGCACATTCAT-------------AG----------------GGAATA--------------TGGAATACTTTTTTTTGT-----TTCTG------AATTT-CTTAATTTAAA---AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TC-AATTAAAATACCGTTTTATTAAG-TTTTCAAAACTTCCCATGG-TTGATT-GCTTAATT---------ACT----TTTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAATACGATGGCACTTGAGTGTTTATATTTGGTACACAATA-Taa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTCAGACTT------GGCTTAATTAG--TATTTTA-------GCT-GTATCTTGAA--CAA-GTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGACACTTGTGTGTACTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATACATGTGTATTTAGTACACGTTTATGCAAGGTATTTAGTCCCGTG-TACACATAAAATGGC-TCTATTTTAAGTTGAAAA-----ATGGAG--AGAAAA-A---TCAAAAGCTGAA------AGA----GGCACACACCC-----CACCC-CTCCACCTG------GT-AT--TTACCCCAGTGCCTGA--tctaaaacatacatgtgtatttagtacacgtttatgcaaggtatttagtcccgtgtacacataaaatggctctattttaagttgaaaaatggagagaaaaatcaaaagctgaaagaggcacacaccccacccctccacctggtatttaccccagtgcctgatattaaata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttcagacttggcttaattagtattttagctgtatcttgaacaagttgtttatgcaaagaatatgacacttgtgtgtactttctaaaacTATTTAGTCCATATACAATTTTAAATAGTATCATATAG-GTTGAAAAATGATC-GAAAAAAGTCAATTATAATGCATGtattaaata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttagcagtaatattCATGATGCACCTAAAATGGC-TCCATTT--------AAA-----A-------AAAAAATAAGGCT-------GAA------GGG----GGTACAC----------ACAC-CCCA-ATTAT-G-CTA--ATTATTATCCCAGCGCCTGA--AAAAAATTCTGGATATGGGCCTGatgcacctaaaatggctccatttaaaaaaaaaataaggctgaagggggtacacacaccccaattatgctaattattatcccagcgcctgaaaaaaattctggatatgggcctga
gi|9                          :                                tttagcagtaatatttatttagtccatatacaattttaaatagtatcatataggttgaaaaatgatcgaaaaaagtcaattataatgAATTGTGGCTA----CACTCTGATGT--AAC----ATGTCAC--T--TGAGCCCTGGAAAATA------TGTACATCCAG-------------AT----------------GAAATAT-------------AGG-----------CCGT-----CTTTG------TTTCT-GT------AAATT-AAAGAAGTATTCATAACGAATAT-TTT--T-AAATAAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTATCCCATGG-TTGa


blockSeqs                     :                                                                                                                                  TATA      GA   TA   ATATCAA       CA                ATATTA           AGATGAAAATGGTCTGGCTGGAAATAGA                                         TATTG     ATTCAG     G    A        .                       A   TT T                                      T     C      A        ACAATTTAA   A  A       CT   A                  ACG                                  .  C                A      T           G   CAAACT       T                                                                  A       A                                        A  G .  A     T              A               T   T   .                                            A           A  A      A                  GTA        ATTTTA      GG G            A               A  C    G          ACAATATA           T TCAAAAGCT      .        ACAT       C   TCACAG    A    A    CTGTTTGCT  TC   C            AC      T
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .         CA   TA   ATATACC       .                 .                CTGAAAATGGTTGTGTTGGAAACAGGC                                          .         .          .    A        .                       .   .  T                                      C     .      .        TA          .  A       .    A                  .                                    .  C                A      C           G   .            .                                                                  A       A                                        .  A .  .     T              .               .   .   .                                            A           A  .      T                  .          ACGTTT      .  A            .               .  T    T          ATGGAG             T TCAAAGTG       .        .          C   TCCTGT    .    .    TGCTGC     TA   C            .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .         GT   .    GTACATC       .                 .                ATGAAATAGTCTGGTTTGAAACAGG                                            .         .          .    T        .                       .   .  T                                      T     .      .        .           .  A       .    A                  .                                    .  C                C      C           A   .            .                                                                  .       G                                        .  T .  .     T                                                                                   .           T  .      T                  .          T           .  A            .               .  C    T          AGAA               C AGGCT          .        .          A   C         .    .    TGCTA      .    T            .       .
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .         GA   .    ATGTCAC       .                 .                AGGGAATATGGAATACTTTTTT                                               .         .          .    A        .                       .   .  T                                      C     .      .        .           .  A       .    A                  .                                    .  C                C      C           C   .            .                                                                  .       .                                                                                                                                                      A  .      A                  .          A           .  .            .               .  .    T          CTG                T AA             .        .          .   .         .    .    GT         .    .            .        
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .         GA   .    ATCCC         .                 .                ATGGAATATAGG                                                         .         .          .    A        .                       .   .  C                                      T     .      .        .           .  .       .    .                  .                                    .  .                C      .           .   .            .                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                       .          A                  . TC             .                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .         GA   .    ATC           .                 .                ATGAAATATAGG                                                         .         .          .    A        .                       .   .  .                                      C     .      .        .           .  .       .    .                  .                                    .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
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Reference ( family-812 )      :                                                                                                                       AATTGTGGCTA----CACTTTGATGT--AAC----AT----C--T--TGGGCCCTGGAAAATA------TGCACATCCAG-------------CT----------------GAAATA--------------AGG-----------CCGT-----TTCTG------TTTTT-CTTTATTTAAATT-AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TTAAATTAAAATACCGTTTTATTAAGCTTTTCAGACTTTCCCATGG-TTGATT-GCCTAATT---------ACT-GTATCTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGGCACTTGTGTGTATTTATTTGGTACACAATA-TGCAATAAGATACTAAATTNATCATTCAAGGTCCAACAGCAG------TTCAGAA-AGCAGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGAGGGTGCTGTTTAGTTGATGTTCGTTAATGAGAAAAAAATAAAATAAATGACATACACTTTAAATGGTGCTATTTAAACCT-AAAA-AT-GACAATAAAAGTCAAATCAAATTTCTTTTTTGTTTGTTTATTTA-CATCAATATTTAGTCCATAAACAATTTTAAATGGCACCATGTAAAGTTGAAAAATGACC-AAAAAATGTCAATTACAATGCATGT---TTTATTTTATTTTTGTGCAA--TATTTAGTCCCATG-TACACCTAAAATGGC-TCCATTTTAAGTTAAAAA-----AT---G--AAAAAATA---TC-------GAA------GGG----GGTACACCCCCTCCCGCACCC-CCCC-CCTATG-CTGCATT-TTACCCCAGCGCCTGA--AAAAAA-TCTGGGGAAGGGCCTG
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gi|5                          :                                                                                                                       AATCGTGGCTATATACACTTTGATGT--AACGTACAT----C--T--TAAGCCCTGGAAAATA------TGCACATTCAT-------------AG----------------GGAATA--------------TGGAATACTTTTTTTTGT-----TTCTG------AATTT-CTTAATTTAAA---AAAGTGGAATTCATAATGAATAT-TTT--TC-AATTAAAATACCGTTTTATTAAG-TTTTCAAAACTTCCCATGG-TTGATT-GCTTAATT---------ACT----TTTTAAA--GAAAGTTGTTTATGCAAAGAATACGATGGCACTTGAGTGTTTATATTTGGTACACAATA-Taa
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    GGTACACAACA-TG--------TACTGAATTCACCATTCAAGGTCCAACAACAGCAAACTTTCAGAA-AGCTGGGGAATACTGGCATGCTGAGAAACCAAAGcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaggtacacaacatgtactgaattcaccattcaaggtccaacaacagcaaactttcagaaagctggggaatactggcatgctgagaaaccaaag
gi|6                          : aatcgtggctatatacactttgatgtaacgtacatcttaagccctggaaaatatgcacattcatagggaatatggaatacttttttttgtttctgaatttcttaatttaaaaaagtggaattcataatgaatatttttcaattaaaataccgttttattaagttttcaaaacttcccatggttgattgcttaattactttttaaagaaagttgtttatgcaaagaatacgatggcacttgagtgtttatatttggtacacaatatcgaggaattatatagagatatatattctatacaagtctttgacagtatgaaacaaGAATAT-TTT--T-AAATTAAAATATCGTTTTATTAAGTTTTTCAGATTTTCTCATGG-TTGATT-GCTAAACT---------ATTAGT----TAAACTGTA---TCTTTAAGCAAAGAAT---ATGGCACTTTTGTGTATTTATTTGGTACA--------CAATAAAATACTAAATTCATCATTCAA-GTCCGACACTAG--------CAGACTAGCAAGGTAATATTGACATGCTGAAAAACCAATGAG---GCTGTTTAGTTGATGTTCATTGATGAGAAAAAAATGAAATGA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTCAGACTT------GGCTTAATTAG--TATTTTA-------GCT-GTATCTTGAA--CAA-GTTGTTTATGCAAAGAAT---ATGACACTTGTGTGTACTT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATACATGTGTATTTAGTACACGTTTATGCAAGGTATTTAGTCCCGTG-TACACATAAAATGGC-TCTATTTTAAGTTGAAAA-----ATGGAG--AGAAAA-A---TCAAAAGCTGAA------AGA----GGCACACACCC-----CACCC-CTCCACCTG-----GTA-T-TTACCCCAGTGCCTGA--tctaaaacatacatgtgtatttagtacacgtttatgcaaggtatttagtcccgtgtacacataaaatggctctattttaagttgaaaaatggagagaaaaatcaaaagctgaaagaggcacacaccccacccctccacctggtatttaccccagtgcctgatattaaata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ttcagacttggcttaattagtattttagctgtatcttgaacaagttgtttatgcaaagaatatgacacttgtgtgtactttctaaaacTATTTAGTCCATATACAATTTTAAATAGTATCATATAG-GTTGAAAAATGATC-GAAAAAAGTCAATTATAATGCATGtattaaata
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tttagcagtaatattCATGATGCACCTAAAATGGC-TCCATTT--------AAA-----A-------AAAAAATAAGGCT-------GAA------GGG----GGTACAC----------ACAC-CCCA-ATTATG-CTA-ATTATTATCCCAGCGCCTGA--AAAAAATTCTGGATATGGGCCTGatgcacctaaaatggctccatttaaaaaaaaaataaggctgaagggggtacacacaccccaattatgctaattattatcccagcgcctgaaaaaaattctggatatgggcctga
gi|9                          :                                tttagcagtaatatttatttagtccatatacaattttaaatagtatcatataggttgaaaaatgatcgaaaaaagtcaattataatgAATTGTGGCTA----CACTCTGATGT--AAC----ATGTCAC--T--TGAGCCCTGGAAAATA------TGTACATCCAG-------------AT----------------GAAATAT-------------AGG-----------CCGT-----CTTTG------TTTCT-GT------AAATT-AAAGAAGTATTCATAACGAATAT-TTT--T-AAATAAAAATACCATTTTATTAAGCTTTTCAGACTATCCCATGG-TTGa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): CGAAAGAGGCAGGTTGGAATAGGCCATCTTTAATAAGAGTTGAGTTTGTTACAATTATTTGTTTTTTTGTATTGAAAGACCATTTTATTAAG