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lowQualScore                  :      .     .   ..    .  ........................................................................................................................................................................................................................................................................................ ...  ...     .  .....       .  ..   ..... . .... .   .      .            .   
lowQualScore                  :      0     5   55    5  9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111  111     0  44444       5  44   88888 5 4444 5   7      7            4   
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Reference ( gi|4 )            : TTATAGATTTAGATA-ATATAGAT---TAT--AT---TA--CTT-ATAACCCCTGTCCTTATT----------TTTTATA--C-TTGTGA-ATATA-ACATT--CAT-TATTCATA-----TG-TA-----A---TAAC-A--T-GAA--ACG--T--CAA-T--TTTTATTTATTT--AAAA-------AAAGA----A-G--A-------AGAAAGAATT---GGGT-G-----GAATGG-G---T-GGGG-CA-A------T-A-TTTT---------T----------C-----------T---TT---GCTTT-TG-----GAGGTCACGT--AAAGTT--G-G----TGGTC-TAAACATCGATACTGTCGCTTGT
gi|2                          : TTATGCATTTAGATATATATATATAAACATGAATCCATAACCCT-GTAACCTCTATCCTAATTAAAAAAAAAATCACATA--T-T----A-ATATATAGAGT--TAT-AAT--A-A-----TGATA-----A---TAAT-A--A-TAA--ACA--TA-TAA-TCTTTTTAATTATTT--TATT-------TAAGA----C-T--A-------TTACAAAA-------GT----------TGG-G---T-GGGG-TA-AATT---T-G-TTTT---------T----------T-----------T---TTATTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTG--G-G----TTGTC-TAAACAATGACACTTTCGCCTG
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gi|7                          :                                                                                        aaA-ACAAA-ACATCAACATATATTCATAAGTTATG-TA-----A---TCAT-A--T-AAA--ATAAAT--CAA-A--TTTTATTT--TT--AGGA----------GA----A-A--A-------AAAGAGA------------------------------------A-G------T-A-TTTA---------T---------------------------------TAT-TA-----TAGGTCGGGT--AAC-TC--G-GA---TTGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGTccatgt
gi|5                          :                                                                           acctctacccttatttaaaacaaaacaa--CATATATTCATA-----TA-TAATCATA---TAAC-A--CAGAT--ACT--T--T---T--TTTTATTTATTT--AACA-------AAATA----GCG--G-------GG-------T---GGG--G-----GGCTGG-A---T-GGGG-TA-A------G-AGTTTT---------T----------CAAGTTGTATTGT---TT---GCTTT-TG-----GAGGTCA-------------G-G--------C-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAA-TT--G-GCCATTGGTC-TAAACACAGATACTGTCACC
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tTTTATA-----GAGGTCAGGC--AAA-TT--G-AA---TTATC-TAAACACCAATACTATCACCTG
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|9 ): TCATATCTATATATCTAAATCTATAATCCCTACCCTTATGTTCATAAAATAACATTTATTCCTATAAAACGATGTAAAACATATCAAATTTTCTTTTTATTTTAAAAATAATTGGATGGGGGTATTTTATTCATTTATTTATTTTGTTGGGTTCATT
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Reference ( family-802 )      : TTATGCGTCTANATATATATANATNAACATGAATCCATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCATT----------TCG--CANAN-----TTA--A-ATATA-ACANT--CAT-ATATTCATA-----TGTAA---TAAC-A--TGAA--ACA--T--CAA-------T-TTTTATTTATTT--AAA-------NAAAGA----AG--A-------AGANAGAA----TT---GGGT-GG--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---TATTT-T---------T-------T------------T---TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGG--TAAATTNGG---TGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
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gi|11                         :                                                                                                                                  aA---CAAC-A--TGG----CA--G--CCA-------T-TTT-ATTTATTTTTAAA-------CAAAAATTTCAGTGA-------AGAGGGGC----TG---GGGT-GT--TG---TTGAAAGG---TGTTAGA-TT-G---TGTTT-T---------T-------AA-----------T---TTGCTTT-TT-----GAGGTCAGA--TATATTGGG---CGGTC-TAAACACCGATGCTGTCACCT
gi|12                         :                                                                                                                   ATTCATA-----TGTAAACGTATC-AATTGAA---TA--T--CAA-------TATTTGATTT--TT--GAA-------AAAAAA----AA--A-------AAAAA-AA----TT---GTGT-GG--AA---A----GGG---TG--GGG-T-------------------------------------------T---TT-CTTT-TA-----AAGATCAGT--TAAACTGGT---TGGTC-TTAACACCGATAATGTCGCATGT
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                    AGG----GG--A-------AGAGGGAG----GA---GGGT-GG--GG---T----GGG---T--------A-A---T-TTT-T---------T-------G------------T---GTGCTTT-TGTT---G-GGTCAGA--TAAATTGGG---TGGTC-TAAACGCTGACACTGTTGCCTATaaagtggccag
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                      aaaataGG---TG--GGGGTA-A---TTTTT-TGTTTTTATTT-------T------------T---TTACTTC-TG-----GAGATTATG--TAATTCGGG---TTGTC-GTTACACTGATACTGTCGCactg
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ------------T---TTGCTTT-TG-----GAGGACCAG--TAAATTGGA---TGGTC-TAAACACCAATACTGTCgg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTT-TG-----GAGGTCAGG--TAAATTGGCCATTGGTC-TAAACACAGATACTGTCACCTtgtct
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tTTTATA-----GAGGTCAGG--CAAATTGAA---TTATC-TAAACACCAATACTATCACCTG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 at-----GAGGTCAGG--TACATTGAG---TGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tT-TG-----GAG-TAATG--TAAATTGGG---TGGTC-TAAACACCGATATTGTCGCCT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AGGTCAGG--TAAATTGGG---TGGGC-TAAACACAGATACTGTTGCCTG
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gi|3                          :        atTATATGTCTATATAT----ATAAATCTATAACC-TCATAAAGCCTACCCTCATCA---------TTA--CA----------A--A-AAGTA-A------CAT-ATACTCGTA-----TATAA---T--C-C--TGTAGTACA--T----A-------T-CTTT-TTT-TTT--AAATTTTTTTTAAAGA----AA--ATGTGTTTAAAAAGGATTTGTT---GGGTAGG--GG---T----AAG---TG--TTT-TG-A---TTTTTGT---------TGGGTTTAT------------T---TTGCTTT-TA-----GAAGTCAAATTTAAATTGAG---TTATC-CAAACATCGATATTGCCGCCTGT
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gi|4                          :             ATAGATTTAGAT-AATATAGATT-ATATTACTTATAACCCCTGTCCTTATT----------TTT--TATAC-----TTGTGA-ATATA-ACATT--CAT--TATTCATA-----TGTAA---TAAC-A--TGAA--ACG--T--CAA-------T-TTTTATTTATTT--AAA-------AAAAGA----AG--A-------AGAAAGAA----TT---GGGT-GG--AA---T----GGG---TG--GGG-CA-A---TATTT-T---------T-------C------------T---TTGCTTT-TG-----GAGGTCACG--TAAAGTTGG---TGGTC-TAAACATCGATACTGTCGCTTGT
gi|5                          :                                               ttATCCCCACCCTCATT----------T-----AAAA-------A--A-AT-----CAAA--CAT-ATATTCATA-----TATAA---TCAT-A--T--A--ACA-----CAGATACTTTT-TTTTATTTATTT---AA-------CAAA--------------------ATAG------CG---GGGT-GG--GGGGCT----GGA---TG--GGG-TA-A---GAGTT-T---------T-------TCAAGTTGTATTGT---TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGG------------------C-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|6                          :                                                  CCCCTACCCTCATT----------TA----AAAA-----TGA--A-ATATA-ACTAG--CAT-GTATGCATA------ATAA---TCAT-A--TAAA--ACA--TATCAAA------T-GTGTATTAGTGT--AAA-------CAAA-------------------------------T---GGTC-AG--GG-------------------GA-TACA---TTTTT-A---------T-------T------------T---TTGCTTT-TG-----GAAGTCAGG--TTAATTTGG---TTGCC-GAAGCACCGATACTGCCGTTTGT
gi|7                          :                                                 ACCTCTACCCTTATT----------TAAAACAAAA-----CAA--A-ACAAA-ACATCAACAT-ATATTCATAAGTTATGTAA---TCAT-A--TAAA--ATAAAT--CAA-------A-TTTTATTT--TT--AGG----------AGA----AA--A-------AAAGAGAA----------------------------------------G-TA------------------------------------------T---TTATTAT-TA-----TAGGTCGGG--TAACTCGGA---TTGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGGCGTACCCGGCGAGCTCAGGGTCGTTAACGTGTCTGATCTGGAGTTCGAATCCCGGCTTGCCCACAATCTCTGTATCATGATTATTTTACTATA
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consensus                     :    TTATGCATTTANATATATNTATATAA-CATAAATCTATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT-T-T--NATAAA---A------T-AA-ATATAACA--AAC--ATATAT----TCA-----TA----TG-TAA---TAAT-A--TGAA--AC--AT--CAA-------T--TTTTATTTATTT--AAAN-------AAAGA----AG--A-------AGANAGAA-TT----GGGT-GG--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
Reference ( family-802 )      :    TTATGCATTTANATATATATATATAA-CATAAATCCATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT-T-T--NACAAA---A------T-AA-ATATAACA--NNC--ATATAT----TCA-----TA----TG-TAA---TAAC-A--TGAA--AC--AT--CAA-------T--TTTTATTTATTT--AAAN-------AAAGA----AG--A-------AGANAGAA-TT----GGGT-GG--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                           aaaataGG---TG--GGGGTA-A---T-TTTT--------TGTTTTTATTTT------T--TTACTTC-TG-----GAGATTATGT--AATTCGG---GTTGTC-GTTACACTGATACTGTCGCactg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           gttgtat---T-TTTC--------TA---------T------T--TTGCTTT-TT-----GACGTCAGGT--AAATTAG---GTTGTCTTAAATACCTATGATGCCGCCTG
gi|2                          : tgtTTATGCATTTAGATATATATATATAAACATGAATCCATAACCCT-GTAACCTCTATCCTAAT-T-------AAA---A------A-AA-AAATCACA--TATTAATATATAGAGTTA-----TAATAATGATAA---TAAT-A--ATAA--AC--ATA-TAA-------TCTTTTTAATTATTT--TATT-------TAAGA----CT--A-------TTACAAAAGTT----GGGT-GG--GG---T----AAA---TT--TGT-T------T-TTTT--------T----------T------A--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTTGTC-TAAACAATGACACTTTCGCCTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         gT--------T----------T------T--TTGCTTT-TGTTTTTGAAGTCAAGT--AAAGGAG---GTAATA-TAAATATCAATACTGTCACATGT
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tTTTATA-----GAGGTCAGGC--AAATTGA---ATTATC-TAAACACCAATACTATCACCTG
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gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tT-TG-----GAG-TAATGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATATTGTCGCCT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGGC-TAAACACAGATACTGTTGCCTG
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gi|3                          :           atTATATGTCTATATATA----TAAATCTATAACC-TCATAAAGCCTACCCTCAT-CAT--TACAAA---A---------A-GTA--------AC--ATATAC----TCG-----TA----TA-TAA---T--C-C--TGTAGTAC--AT----A-------T--CTTT-TTT-TTT--AAATTTTTTTTAAAGA----AA--ATGTGTTTAAAAAGGA-TTTGTTGGGTAGG--GG---T----AAG---TG--TTT-TG-A---T-TTTTGTTGGGTTTA---------T------T--TTGCTTT-TA-----GAAGTCAAATTTAAATTGA---GTTATC-CAAACATCGATATTGCCGCCTGT
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gi|4                          :                ATAGATTTAGATAA-TATAGATT-ATATTACTTATAACCCCTGTCCTTAT-T-T--TTTATACTTG------T-GA-ATATAACA--TTC--AT-TAT----TCA-----TA----TG-TAA---TAAC-A--TGAA--AC--GT--CAA-------T--TTTTATTTATTT--AAAA-------AAAGA----AG--A-------AGAAAGAA-TT----GGGT-GG--AA---T----GGG---TG--GGG-CA-A---TATTTT--------T----------C------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCACGT--AAAGTTG---GTGGTC-TAAACATCGATACTGTCGCTTGT
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gi|6                          :                                                     CCCCTACCCTCAT-T-T--AA--AA---A------TGAA-ATATAACT--AGC--ATGTAT----GCA-----TA-----A-TAA---TCAT-A--TAAA--AC--ATATCAAA------T--GTGTATTAGTGT--AAAC-------AAA----------------------------T----GGTC-AG--GG-------------------GA-TACA---T-TTTTA-------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAAGTCAGGT--TAATTTG---GTTGCC-GAAGCACCGATACTGCCGTTTGT
gi|7                          :                                                    ACCTCTACCCTTAT-T-TAAAACAAA---A------CAAA-ACAAAACATCAAC--ATATAT----TCATAAGTTA----TG-TAA---TCAT-A--TAAA--ATAAAT--CAA-------A--TTTTATT--TTT--A----------GGAGA----AA--A-------AAAGAGAA--------------------------------------G-TA-------------------------------------T--TTATTAT-TA-----TAGGTCGGGT--AACTCGG---ATTGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|8                          :                                                      CCCGACCCTTAT-T-T--TGTAAA---AACATTTT-AAGATATATCA--ATA--ATATGT----T--------A----TC-TTA---TA-------GAGC-AG--AT--TAA-------A--TTTTATTT--TT--AAA----------AGG----GG--T-------GGAGGGA---T----GGTT-GT-------T----GGG---TG--GG----------------------------------------------------TG-----GAAATCAGGT--TAATTGG---GTGGCC-T-AACACCGATACTGTCGCC
gi|9                          :                aaATATCTATATAT-C-TAAATCTATAATCC---------CTACCCTTATGT-T--CATAAA---A------T-AA-------------C--ATTTAT----TCC-----TA----TA-AAA---CGAT-G--TAAA--ACATAT--CAAAT-----T--TTCTTTTTATTT--TAA-------------------------------AAATAA-TT----GGAT-GG--GG---catgt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGGCGTACCCGGCGAGCTCAGGGTCGTTAACGTGTCTGATCTGGAGTTCGAATCCCGGCTTGCCCACAATCTCTGTATCATGATTATTTTACTATA
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consensus                     :    TTATGCATTTAGATATATCTATATAA-CATAAATCTATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT-T-TNA--TAAA---AT-AAA-TAT-ACA----AACATAT-AT--TCA-----TA----TG-TAATCAT-ATAAA----AC--A--T--CAA-------T--TTTTATTTATTT--AAAN-------AAAGA----AG--A-------AGANAGAA-TT----GGGT-GG--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
Reference ( family-802 )      :    TTATGCATTTANATATATNTATATAA-CATAAATCTATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT-T-TNA--TAAA---AT-AAA-TATAACA----AACATAT-AT--TCA-----TA----TG-TAATAAT-ATGAA----AC--A--T--CAA-------T--TTTTATTTATTT--AAAN-------AAAGA----AG--A-------AGANAGAA-TT----GGGT-GG--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|10                         :                                                                                                                                 AATAATTATGAA----AC--A--T----A-------T--TGCTATATAATC--ATAT-------AAAAT----AT--A-------TAATGGGG-TT----GGGT-TGTTGG---TT---GGG---TG--GGG-TA-AGATT-TTTTCTTTC---T----------T------T--TTGCATT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATATG---GTGGTC-TAAACAACAATACTGTCACCTG
gi|11                         :                                                                                                                                                                     a--TTTTATTTATTTTTAAAC-------AAAAATTTCAGTGA-------AGAGGGGC-TG----GGGT-GT--TG---TTGAAAGG---TGTTAGA-TT-G---T-GTTT--------T----------TAA----T--TTGCTTT-TT-----GAGGTCAGAT--ATATTGG---GCGGTC-TAAACACCGATGCTGTCACCT
gi|12                         :                                                                                           acaacatggcagcca-AT--TCA-----TA----TG-TAAACGT-ATCAATTGAAT--A--T--CAA-------TA-TTTGATTT--TT--GAAA-------AAAAA----AA--A-------AAAAA-AA-TT----GTGT-GG--AA---A----GGG---TG--GGG-T--------------------------------------T--TT-CTTT-TA-----AAGATCAGTT--AAACTGG---TTGGTC-TTAACACCGATAATGTCGCATGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                    --AAAA-------ACAAA----AC--A-------AGATATAA-TT----CTGT-GG--AG--------GGG---TG--GGGGTA-A---T-TTTT--------T----------T------TATTTGCTTT-TA-----GAGGCGGGGT--TAATTGG---GTGATC-TAAATATCGATA-TGTg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                   AGG----GG--A-------AGAGGGAG-GA----GGGT-GG--GG---T----GGG---T--------A-A---T-TTTT--------T----------G------T--GTGCTTT-TGTT---G-GGTCAGAT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACGCTGACACTGTTGCCTATaaagtggccag
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                     aacAAACAA-TTTGG-GGGT-GG--GG---T----GGGAGATG--GGG-T-----------------------------------------TTGCTTT-TG-----TCGATCTGGT--GAATTGG---TTGGTA-TAAACACGGATAATGTTACCTGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                   aaaataGG---TG--GGGGTA-A---T-TTTT--------TGTTTTTATTTT------T--TTACTTC-TG-----GAGATTATGT--AATTCGG---GTTGTC-GTTACACTGATACTGTCGCactg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   gttgtat---T-TTTC--------TA---------T------T--TTGCTTT-TT-----GACGTCAGGT--AAATTAG---GTTGTCTTAAATACCTATGATGCCGCCTG
gi|2                          : tgtTTATGCATTTAGATATATATATATAAACATGAATCCATAACCCT-GTAACCTCTATCCTAAT-T-------AAA---AA-AAA-AATCACATATTAATATAT-AGAGTTA-----TAATAATGATAATAAT-AATAA----AC--A--TA-TAA-------TCTTTTTAATTATTT--TATT-------TAAGA----CT--A-------TTACAAAAGTT----GGGT-GG--GG---T----AAA---TT--TGT-T------T-TTTT--------T----------T------A--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTTGTC-TAAACAATGACACTTTCGCCTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 gT--------T----------T------T--TTGCTTT-TGTTTTTGAAGTCAAGT--AAAGGAG---GTAATA-TAAATATCAATACTGTCACATGT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ------T--TTGCTTT-TG-----GAGGACCAGT--AAATTGG---ATGGTC-TAAACACCAATACTGTCgg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGGCCATTGGTC-TAAACACAGATACTGTCACCTtgtct
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTTTATA-----GAGGTCAGGC--AAATTGA---ATTATC-TAAACACCAATACTATCACCTG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        at-----GAGGTCAGGT--ACATTGA---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tT-TG-----GAG-TAATGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATATTGTCGCCT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGGC-TAAACACAGATACTGTTGCCTG
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gcGGTCAGGT--AACTTGG---GTGGTC-TGAACATCGATACTATCGCCTG
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtTCAGGT--AAATTGG---GTGGTT-TAACCACCGATATTGTCGCCTGT
gi|3                          :              atATATGTCTATATA--TATAAATCTATAACC-TCATAAAGCCTACCCTCAT-CATTA--CAAA---A---AG-TA----------ACATAT-AC--TCG-----TA----TA-TAATCCT-GTAGT----AC--A--T----A-------T--CTTT-TTT-TTT--AAATTTTTTTTAAAGA----AA--ATGTGTTTAAAAAGGA-TTTGTTGGGTAGG--GG---T----AAG---TG--TTT-TG-A---T-TTTTGTTGGGTTTA---------T------T--TTGCTTT-TA-----GAAGTCAAATTTAAATTGA---GTTATC-CAAACATCGATATTGCCGCCTGT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      t------T--TTGCTTT-TG-----AAGGTTAGG--------------------TAAACAGCGACACTGCCGCCTG
gi|4                          :                ATAGATTTAGATAA-TATAGAT-TATATTACTTATAACCCCTGTCCTTAT-T-TTT--TATACTTGT-GAA-TATAACA----TTCAT-T-AT--TCA-----TA----TG-TAATAAC-ATGAA----AC--G--T--CAA-------T--TTTTATTTATTT--AAAA-------AAAGA----AG--A-------AGAAAGAA-TT----GGGT-GG--AA---T----GGG---TG--GGG-CA-A---TATTTT--------T----------C------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCACGT--AAAGTTG---GTGGTC-TAAACATCGATACTGTCGCTTGT
gi|5                          :                                                  ttATCCCCACCCTCAT-T-TAA--AAAA---AT----------CA----AACATAT-AT--TCA-----TA----TA-TAATCAT-AT--A----AC--A-----CAGATACTTTT--TTTTATTTATTT---AAC-------AAA--------------------ATAG---CG----GGGT-GG--GGGGCT----GGA---TG--GGG-TA-AGAGT-TTTTCAAG----T----------TGTATTGT--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGG------------------C-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|6                          :                                                     CCCCTACCCTCAT-T-TAA----AA---ATGAAA-TATAACT----AGCATGT-AT--GCA-----TA-----A-TAATCAT-ATAAA----AC--A--TATCAAA------T--GTGTATTAGTGT--AAAC-------AAA----------------------------T----GGTC-AG--GG-------------------GA-TACA---T-TTTTA-------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAAGTCAGGT--TAATTTG---GTTGCC-GAAGCACCGATACTGCCGTTTGT
gi|7                          :                                                    ACCTCTACCCTTAT-T-TAAAACAAA---AC-AAAACAAAACATC--AACATAT-AT--TCATAAGTTA----TG-TAATCAT-ATAAA----ATAAA--T--CAA-------A--TTTTATT--TTT--A----------GGAGA----AA--A-------AAAGAGAA--------------------------------------G-TA-------------------------------------T--TTATTAT-TA-----TAGGTCGGGT--AACTCGG---ATTGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|8                          :                                                      CCCGACCCTTAT-T-TTG--TAAA---A--ACA-TTTTA-A----GATATATCAA--TAA-----TA----TG-TTATCTT-ATAGA----GC--AGAT--TAA-------A--TTTTATTT--TT--AAA----------AGG----GG--T-------GGAGGGA---T----GGTT-GT-------T----GGG---TG--GG----------------------------------------------------TG-----GAAATCAGGT--TAATTGG---GTGGCC-T-AACACCGATACTGTCGCC
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5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|9                          :                aaATATCTATATAT-C-TAAATCTATAATCC---------CTACCCTTATGT-TCA--TAAA---AT-AA---------------CATTTAT---TCCTA-----TA-AAACGATGT-AA---AACATA--T--CAAAT----T--TTCTTTTTATTT--TAA-------------------------------AAATAA----TT---GGAT-GG--GG---catgt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-802 )      :    TTATGCATTTAGATATATCTATATAA-CATAAATCTATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT-T-TNANA-------AA---AT-AAAT---ATA-CNAACAT--AT-AT---TCATA-----TG-TAATCATAT-AA---AAC--A--T--CAA------T--TTTTATTTATTT--AAAN-------AAAGA----AG--A-------AGANAGAA-TT----GGGT-GG--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tTTTATA-----GAGGTCAGGC--AAATTGA---ATTATC-TAAACACCAATACTATCACCTG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        at-----GAGGTCAGGT--ACATTGA---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tT-TG-----GAG-TAATGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATATTGTCGCCT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGGC-TAAACACAGATACTGTTGCCTG
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gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtTCAGGT--AAATTGG---GTGGTT-TAACCACCGATATTGTCGCCTGT
gi|3                          :              atATATGTCTATATA--TATAAATCTATAACC-TCATAAAGCCTACCCTCAT-CATTACA-------AA---A-----------A-GTAACAT--AT-AC---TCGTA-----TA-TAATCCTGT-AG---TAC--A--T----A------T--CTTT-TTT-TTT--AAATTTTTTTTAAAGA----AA--ATGTGTTTAAAAAGGA-TTTGTTGGGTAGG--GG---T----AAG---TG--TTT-TG-A---T-TTTTGTTGGGTTTA---------T------T--TTGCTTT-TA-----GAAGTCAAATTTAAATTGA---GTTATC-CAAACATCGATATTGCCGCCTGT
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gi|4                          :                ATAGATTTAGATAA-TATAGAT-TATATTACTTATAACCCCTGTCCTTAT-T-TTTTA-------TACTTGT-GAAT---ATA----ACATTCATTAT---TCATA-----TG-TAATAACAT-GA---AAC--G--T--CAA------T--TTTTATTTATTT--AAAA-------AAAGA----AG--A-------AGAAAGAA-TT----GGGT-GG--AA---T----GGG---TG--GGG-CA-A---TATTTT--------T----------C------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCACGT--AAAGTTG---GTGGTC-TAAACATCGATACTGTCGCTTGT
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gi|6                          :                                                     CCCCTACCCTCAT-T-TAA---------AA---ATGAAAT---ATAACTAGCAT--GT-AT---GCATA------A-TAATCATAT-AA---AAC--A--TATCAAA-----T--GTGTATTAGTGT--AAAC-------AAA----------------------------T----GGTC-AG--GG-------------------GA-TACA---T-TTTTA-------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAAGTCAGGT--TAATTTG---GTTGCC-GAAGCACCGATACTGCCGTTTGT
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gi|9                          :                aaATATCTATATAT-C-TAAATCTATAATCC---------CTACCCTTATGT-TCATA-------AA---AT-AA-------------CAT--TT-AT---TCCTA-----TA-AAACGATGT-AA---AACATA--T--CAAAT----T--TTCTTTTTATTT--TAA-------------------------------AAATAA-TT----GGAT-GG--GG---catgt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGGCGTACCCGGCGAGCTCAGGGTCGTTAACGTGTCTGATCTGGAGTTCGAATCCCGGCTTGCCCACAATCTCTGTATCATGATTATTTTACTATA
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consensus                     :    TTATGCATTTAGATATATCTATAT-AACATAAATCTATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT-T-TNANA-------AA---AT-AAAT---ATA---TTAACATAT--AT---TCAT----A-----TG-TAATCATAT-AA---AAC--A--T--CAA------T-TTTTATTTATTT--AAAN-------AAAGA----AG--A-------AGANAGAA-TT----GGGT-G--G--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
Reference ( family-802 )      :    TTATGCATTTAGATATATCTATAT-AACATAAATCTATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT-T-TNANA-------AA---AT-AAAT---ATA---TTAACATAT--AT---TCAT----A-----TG-TAATCATAT-AA---AAC--A--T--CAA------T-TTTTATTTATTT--AAAN-------AAAGA----AG--A-------AGANAGAA-TT----GGGT-G--G--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                         aaaataGG---TG--GGGGTA-A---T-TTTT--------TGTTTTTATTTT------T--TTACTTC-TG-----GAGATTATGT--AATTCGG---GTTGTC-GTTACACTGATACTGTCGCactg
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         gttgtat---T-TTTC--------TA---------T------T--TTGCTTT-TT-----GACGTCAGGT--AAATTAG---GTTGTCTTAAATACCTATGATGCCGCCTG
gi|2                          : tgtTTATGCATTTAGATATATATATATAAACATGAATCCATAACCCT-GTAACCTCTATCCTAAT-T---AAA-------AA---AA-AAATCACATA---TTAATATATAGAG---TTATAATAA-----TGATAATAATAA-TA---AAC--A--TA-TAATC----T-TTTTAATTATTT--TATT-------TAAGA----CT--A-------TTACAAAAGTT----GGGT-G--G--GG---T----AAA---TT--TGT-T------T-TTTT--------T----------T------A--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTTGTC-TAAACAATGACACTTTCGCCTG
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       gT--------T----------T------T--TTGCTTT-TGTTTTTGAAGTCAAGT--AAAGGAG---GTAATA-TAAATATCAATACTGTCACATGT
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ------T--TTGCTTT-TG-----GAGGACCAGT--AAATTGG---ATGGTC-TAAACACCAATACTGTCgg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGGCCATTGGTC-TAAACACAGATACTGTCACCTtgtct
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tTTTATA-----GAGGTCAGGC--AAATTGA---ATTATC-TAAACACCAATACTATCACCTG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              at-----GAGGTCAGGT--ACATTGA---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tT-TG-----GAG-TAATGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATATTGTCGCCT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGGC-TAAACACAGATACTGTTGCCTG
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gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtTCAGGT--AAATTGG---GTGGTT-TAACCACCGATATTGTCGCCTGT
gi|3                          :              atATATGTCTATAT-A-TATAAATCTATAACC-TCATAAAGCCTACCCTCAT-CATTACA-------AA---A-----------A---GTAACATAT--AC---TCGT----A-----TA-TAATCCTGT-AG---TAC--A--T----A------T-CTTT-TTT-TTT--AAATTTTTTTTAAAGA----AA--ATGTGTTTAAAAAGGA-TTTGTTGGGTAG--G--GG---T----AAG---TG--TTT-TG-A---T-TTTTGTTGGGTTTA---------T------T--TTGCTTT-TA-----GAAGTCAAATTTAAATTGA---GTTATC-CAAACATCGATATTGCCGCCTGT
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gi|4                          :                ATAGATTTAGAT-AATATAGAT-TATATTACTTATAACCCCTGTCCTTAT-T-TTTTA-------TACTTGT-GAAT---ATAACATT--CAT-T--AT---TCAT----A-----TG-TAATAACAT-GA---AAC--G--T--CAA------T-TTTTATTTATTT--AAAA-------AAAGA----AG--A-------AGAAAGAA-TT----GGGT-G--G--AA---T----GGG---TG--GGG-CA-A---TATTTT--------T----------C------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCACGT--AAAGTTG---GTGGTC-TAAACATCGATACTGTCGCTTGT
gi|5                          :                                                  ttATCCCCACCCTCAT-T-TAAAA-------AA---AT-CAA-------------ACATAT--AT---TCAT----A-----TA-TAATCATAT-AA---CAC--A------GATACTTTT-TTTTATTTATTT---AAC-------AAA--------------------ATAG---CG----GGGT-G--G--GGGGCT----GGA---TG--GGG-TA-AGAGT-TTTTCAAG----T----------TGTATTGT--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGG------------------C-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|6                          :                                                     CCCCTACCCTCAT-T-TAA---------AA---ATGAAAT---ATAA--CTAGCATGT--AT---GCAT----A------A-TAATCATAT-AA---AAC--A--TATCAAA-----T-GTGTATTAGTGT--AAAC-------AAA----------------------------T----GGTC-A--G--GG-------------------GA-TACA---T-TTTTA-------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAAGTCAGGT--TAATTTG---GTTGCC-GAAGCACCGATACTGCCGTTTGT
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gi|8                          :                                                      CCCGACCCTTAT-T-TTGTA-------AA---A----AC---ATT---TTAAGATAT--ATCAATAAT----A-----TG-TTATCTTAT-AG---AGC--AGAT--TAA------A-TTTTATTT--TT--AAA----------AGG----GG--T-------GGAGGGA---T----GGTT-GTTG--GG---T----GGG-------------------------------------------------------------TG-----GAAATCAGGT--TAATTGG---GTGGCC-T-AACACCGATACTGTCGCC
gi|9                          :                aaATATCTATAT-ATC-TAAATCTATAATCC---------CTACCCTTATGT-TCATA-------AA---AT-AA---------------CATTT--AT---TCCT----A-----TA-AAACGATGT-AA---AACATA--T--CAAAT----T-TTCTTTTTATTT--TAA-------------------------------AAATAA-TT----GGAT-G--G--GG---catgt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TCTTTGATTGAGCATGGAAAAATAGTTTTATAACCTGGAAACTTTGGTGTGATCGCGTATTCTAAATGTTGTTCCAATACCATTTGCCGGGCCCGATTAACTCAGTCGGTAACGCGTGTGACTATCAATCCAGGGGTCCTGAGTTCGAATCCCGGCCCGGCAACAGTTTCCGTGATGATTGATATACGACAACGTGTCTCATCATCAGAATCCAAAAACCAGTGGCTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGTCATCGATGGCATAAAATGACGCTAAATATTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTA
Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGGCGTACCCGGCGAGCTCAGGGTCGTTAACGTGTCTGATCTGGAGTTCGAATCCCGGCTTGCCCACAATCTCTGTATCATGATTATTTTACTATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATGATTGACATACAACATTGTGTCTCATCCAGAATATATCCAAAAACAAACATGTTTAACTCAACTTTATTGGTCA
Unaligned ( gi|24 ): TGCAATATGTTTGGCCGGGCCCGACTATTTCAGACGGTAACGCATGTGA
Unaligned ( gi|30 ): GGTTATAGGATTATATATTAATTAGACAAATCTGTAACTCTAT






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Reference ( family-802 )      :    TTATGCATTTAGATATATCTATAT-AACATAAATCTATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT-T-TNANA-------AA---AT-AAAT---ATA---TTAACATAT--AT---TCAT----A-----TG-TAATCATAT-AA---AAC--A--T--CAA------T-TTTTATTTATTT--AAAN-------AAAGA----AG--A-------AGANAGAA-TT----GGGT-G--G--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
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gi|2                          : tgtTTATGCATTTAGATATATATATATAAACATGAATCCATAACCCT-GTAACCTCTATCCTAAT-T---AAA-------AA---AA-AAATCACATA---TTAATATATAGAG---TTATAATAA-----TGATAATAATAA-TA---AAC--A--TA-TAATC----T-TTTTAATTATTT--TATT-------TAAGA----CT--A-------TTACAAAAGTT----GGGT-G--G--GG---T----AAA---TT--TGT-T------T-TTTT--------T----------T------A--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTTGTC-TAAACAATGACACTTTCGCCTG
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gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGGCCATTGGTC-TAAACACAGATACTGTCACCTtgtct
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tTTTATA-----GAGGTCAGGC--AAATTGA---ATTATC-TAAACACCAATACTATCACCTG
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gi|6                          :                                                     CCCCTACCCTCAT-T-TAA---------AA---ATGAAAT---ATAA--CTAGCATGT--AT---GCAT----A------A-TAATCATAT-AA---AAC--A--TATCAAA-----T-GTGTATTAGTGT--AAAC-------AAA----------------------------T----GGTC-A--G--GG-------------------GA-TACA---T-TTTTA-------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAAGTCAGGT--TAATTTG---GTTGCC-GAAGCACCGATACTGCCGTTTGT
gi|7                          :                                                    ACCTCTACCCTTAT-T-TAAAACAAAACAAA---AC-AAA----ACA---TCAACATAT--AT---TCAT----AAGTTATG-TAATCATAT-AA---AATAAA--T--CAA------A-TTTTATT--TTT--A----------GGAGA----AA--A-------AAAGAGAA----------------------------------------G-TA-------------------------------------T--TTATTAT-TA-----TAGGTCGGGT--AACTCGG---ATTGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|8                          :                                                      CCCGACCCTTAT-T-TTGTA-------AA---A----AC---ATT---TTAAGATAT--ATCAATAAT----A-----TG-TTATCTTAT-AG---AGC--AGAT--TAA------A-TTTTATTT--TT--AAA----------AGG----GG--T-------GGAGGGA---T----GGTT-GTTG--GG---T----GGG-------------------------------------------------------------TG-----GAAATCAGGT--TAATTGG---GTGGCC-T-AACACCGATACTGTCGCC
gi|9                          :                aaATATCTATAT-ATC-TAAATCTATAATCC---------CTACCCTTATGT-TCATA-------AA---AT-AA---------------CATTT--AT---TCCT----A-----TA-AAACGATGT-AA---AACATA--T--CAAAT----T-TTCTTTTTATTT--TAA-------------------------------AAATAA-TT----GGAT-G--G--GG---catgt


blockSeqs                     :                            AATA      C       CTTA             C  G TAAAACAAAACAAAACAAAACATCA                A AG  CAA    AAGTTA      A    C    C  TTG   AGATACTTT         A        A   TTA  TTTTTTTTAAAGAAAATGTGTTTAAAAAGGATTTGTTGGGTAGGGGTAAGTGTTTTGATTTTTGTTGGGTTTAT                                             AT       A  TTTTT          TT       CCA      T
blockSeqs                     :                            ATA       C       TCA              T  . TTTTATACTTGTGAATATAACATT                 A .   .      AATAA       .    A    .  .     ATATCAAAT         .        A   G    CAAAAATTTCAGTGAAGAGGGGCTGGGGTGTTGTTGAAAGGTGTTAGATTGTGTTTTTAA                                                           .        .  TT             .        .        .
blockSeqs                     :                            ATC       .       C                C  . TAAAAATGAAATATAACTA                      G .   .      A           .    C    .  .     ATATAATC          .        A   A    CAAAATAGCGGGGTGGGGGGCTGGATGGGGTAAGAGTTTTTCAAGTTGTATTG                                                                  .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                               C  . TTGTAAAAACATTTTA                         A .   .      A           .    A    .  .     ATATCAAA          .        A   T    AAAAGAAGAAGAAAGAATTGGGTGGAATGGGTGGGGCAATATTTTTC                                                                        .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                               T  . ATTACAAAAAGTA                            A .   .      A           .    C    .  .     AAATCAA           .        G   A    AACAAAACAAGATATAATTCTGTGGAGGGGTGGGGGTAATTTTTTT                                                                         .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                               T  . TAAAAAAATCAA                             T .   .      A           .    C    .  .     AGATTAA           .        A   A    TTAAGACTATTACAAAAGTTGGGTGGGGTAAATTTGTTTTTTTTT                                                                          .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                               T  . TCATAAAATAA                              . .   .      A           .    C    .  .     ATCAA             .        .   A    AAAAAAAAAAAAAAAATTGTGTGGAAAGGGTGGGGT                                                                                   .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                               .   .      A           .    C    .  .     GTCAA             .        .   A    AGGGGTGGAGGGATGGTTGTTGGGTGGG                                                                                           .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .    G    .  .     ATA               .        .   A    CAAATGGTCAGGGGATACATTTTTATT                                                                                            .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                           .        .   T    GGAGAAAAAAAGAGAAGTA                                                                                                    .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .                                                                                                                           .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .        .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .  .              .        .        .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .  .              .        .        .
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Reference ( family-802 )      :    TTATGCATTTAGATATATCTATAT-AACATAAATCTATAACCCTCGTAACCCCTACCCTCAT--TT---AAAA----ACG-AAATA-A---A---CTAACAT--AT--AT---TCAT----A-----TG-TAATCAT-ATAAA---AC-A-ATC-AA----T-TTTTATTTA-------TTT--AAANAAAGA----AG-----AAGANAGA---A-TT---GGGT-GG--GG---T----GGG---TG--GGG-TA-A---T-TTTT--------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
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gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ------T--TTGCTTT-TG-----GAGGACCAGT--AAATTGG---ATGGTC-TAAACACCAATACTGTCgg
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTT-TG-----GAGGTCAGGT--AAATTGGCCATTGGTC-TAAACACAGATACTGTCACCTtgtct
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tTTTATA-----GAGGTCAGGC--AAATTGA---ATTATC-TAAACACCAATACTATCACCTG
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     at-----GAGGTCAGGT--ACATTGA---GTGGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTG
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tT-TG-----GAG-TAATGT--AAATTGG---GTGGTC-TAAACACCGATATTGTCGCCT
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AGGTCAGGT--AAATTGG---GTGGGC-TAAACACAGATACTGTTGCCTG
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gcGGTCAGGT--AACTTGG---GTGGTC-TGAACATCGATACTATCGCCTG
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtTCAGGT--AAATTGG---GTGGTT-TAACCACCGATATTGTCGCCTGT
gi|3                          :              atATATGTCTATAT-A-TATAAATCTATAACC-TCATAAAGCCTACCCTCATCATT---ACAA----A---------A---A---GTAACAT--AT--AC---TCGT----A-----TA-TAATCCT-GTAGT---AC-ATATC-------T-TTTTTTTTAAATTTTTTTT--AAAGAAA-A----TGTGTTTAAAAAGGATTTG-TT---GGGTAGG--GG---T----AAG---TG--TTT-TG-A---T-TTTTGTTGGGTTTA---------T------T--TTGCTTT-TA-----GAAGTCAAATTTAAATTGA---GTTATC-CAAACATCGATATTGCCGCCTGT
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                   t------T--TTGCTTT-TG-----AAGGTTAGG--------------------TAAACAGCGACACTGCCGCCTG
gi|4                          :                ATAGATTTAGAT-AATATAGAT-TATATTACTTATAACCCCTGTCCTTAT--TTTTTATAC----TTGTGAATA----------TAACATTCATT-AT---TCAT----A-----TG-TAATAAC-ATGAA---AC-G--TC-AA----T-TTTTATTTA-------TTT--AAAAAAAGA----AG-----AAGAAAGA---A-TT---GGGT-GG--AA---T----GGG---TG--GGG-CA-A---TATTTT--------T----------C------T--TTGCTTT-TG-----GAGGTCACGT--AAAGTTG---GTGGTC-TAAACATCGATACTGTCGCTTGT
gi|5                          :                                                  ttATCCCCACCCTCAT--TT---AAAA----A----AATC-A---A------ACAT--AT--AT---TCAT----A-----TA-TAATCAT-ATAAC---AC-AGAT---ACTTTT-TTTTATTTA-------TTT--AA-CAAA----------------ATAGC---G------GGGT-GG--GGGGCT----GGA---TG--GGG-TA-AGAGT-TTTTCAAG----T----------TGTATTGT--TTGCTTT-TG-----GAGGTCAGG------------------C-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|6                          :                                                     CCCCTACCCTCAT--TT---AAAA----ATG-AAATATA---A---CTAGCAT--GT--AT---GCAT----A------A-TAATCAT-ATAAA---AC-ATATCAAA----T-GTGTATTAG-------TGT--AAACAAA---------------------------T---GGTC-AG-------------------G--GGA-TACA---T-TTTTA-------T----------T------T--TTGCTTT-TG-----GAAGTCAGGT--TAATTTG---GTTGCC-GAAGCACCGATACTGCCGTTTGT
gi|7                          :                                                    ACCTCTACCCTTAT--TT---AAAACAAAACA-AAACA-A---AACATCAACAT--AT--AT---TCAT----AAGTTATG-TAATCAT-ATAAA---ATAA-ATC-AA----A-TTTTATT---------TTT--A---GGAGA----AA-----AAAAGAGA---A-------------------------------------G-TA-------------------------------------T--TTATTAT-TA-----TAGGTCGGGT--AACTCGG---ATTGTC-TAAACACCGATACTGTCGCCTGT
gi|8                          :                                                      CCCGACCCTTAT--TTTGTAAAA----AC----ATT---------TTAAGAT--AT--ATCAATAAT----A-----TG-TTATCTT-ATAGA---GC-AGATT-AA----A-TTTTATTT---------TT--AAA---AGG----GG-----TGGAGGGA------T---GGTT-GT-------T----GGG---TG--GG----------------------------------------------------TG-----GAAATCAGGT--TAATTGG---GTGGCC-T-AACACCGATACTGTCGCC
gi|9                          :                aaATATCTATAT-ATC-TAAATCTATAATCC---------CTACCCTTATG-TT------------C----ATA-A---A---ATAACAT--TT--AT---TCCT----A-----TA-AAACGAT-GTAAA---AC-ATATC-AAAT--T-TTCTTTTTA-------TTT--TAA--------------------AAATA---A-TT---GGAT-GG--GG---catgt
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): TCTTTGATTGAGCATGGAAAAATAGTTTTATAACCTGGAAACTTTGGTGTGATCGCGTATTCTAAATGTTGTTCCAATACCATTTGCCGGGCCCGATTAACTCAGTCGGTAACGCGTGTGACTATCAATCCAGGGGTCCTGAGTTCGAATCCCGGCCCGGCAACAGTTTCCGTGATGATTGATATACGACAACGTGTCTCATCATCAGAATCCAAAAACCAGTGGCTAGGTTAACTGATCGTCTGTTAGTCATCGATGGCATAAAATGACGCTAAATATTCATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTA
Unaligned ( gi|14 ): CGTTTGGCGTACCCGGCGAGCTCAGGGTCGTTAACGTGTCTGATCTGGAGTTCGAATCCCGGCTTGCCCACAATCTCTGTATCATGATTATTTTACTATA
Unaligned ( gi|18 ): TGATGATTGACATACAACATTGTGTCTCATCCAGAATATATCCAAAAACAAACATGTTTAACTCAACTTTATTGGTCA
Unaligned ( gi|24 ): TGCAATATGTTTGGCCGGGCCCGACTATTTCAGACGGTAACGCATGTGA
Unaligned ( gi|30 ): GGTTATAGGATTATATATTAATTAGACAAATCTGTAACTCTAT