lowQualScore : 11 11111 111111111111111111111111 333333333333333333333333333333 222222222222222
lowQualScore : 44 11111 222222222222222222222222 2 444 666666666666666666666666666666 555555 2 888888888888888 5555 4 999999 4444
lowQualScore : .. ..... ........................ . ... .............................. ...... . ............... .... . ...... ....
lowQualScore : 99 33333 222222222222222222222222 5 444 333333333333333333333333333333 111111 2 777777777777777 2222 2 666666 7777
consensus : TAATTAAC-AAT-----AA---------TC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTCT----G--G----CAATC----A-AA-AA-NCA-AG-TCA-GA-TT---CTGTCAGGAGAGCGCG--TCA----AGGTCATGGACCTC
Reference ( gi|14 ) : TAATTAAA-AAT-----AA---------TC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTCT----G--A----CAATC----A-AA-AA-GCA-AG-TCA-GA-TT---TTATCAGGAGAGCATG--TCA----AGGTCATGGACCTC
gi|8 : TAATTAAC-AAT-----GA---------TT-----C-------T-TTG---TT---GA----T----GCCT----G--GTTGGCAATT----A-AAGAA-ACA----CCGCGG-TT---CTGTCAGGAGAACGCG--TCA----AGGTCGTGCACCTC
gi|5 : gTAGTTAAC-AAT-----AA---------TC-----T-------T-TTG---CTAAATG----T----ATCTATATG--G----TAACC----A-AA-AA-CCA--G-CCA-T--TT---TTGTCGGAAGAGTGCA--CCA----AGGTCATGGACCTCt
gi|2 : aaaTAATTAAC-AAT-----AA---------TTATTATC-------TATTG---CT---TA----TT---ATCT----G--TTTTTCAATA----A-AA-AA-TCA--G-TCA-GAATC---TTATATGGAGAGCGCA--TCA----GGATCACGGATCTC
gi|18 : tTAATTAAT-GAT-----AA---------TT-----C-------T-TTG---TT---TATTTCT----GTCT----G--G----CAGGT----A-AA-CA-CCA-A--TCA-AA-TT---CTGTTAGGAAAGtt
gi|3 : aaTAACTAAC-TAC-----AA---------TC-----C-------T-C-G---CT---TA----TTTCTATCT----G--G----CAGTA----A-AA-AA-CCA-A-------A-TT---CTGTTGGGAGAA-ATA--AAA----AAATTATGGACCTCtg
gi|12 : aaaTAATTAAT-AAT-----AA---------TT-----CATAATAAT-TTC---TT---TCT---T----TTCT----G--G----CCAAC------AA-AA-TCT-AT-TCA-GA-AT---ATATCGGGAGAGTACA--CCA----AGGTtagttttag
gi|11 : ggaaaaAATTAAC-ACT-----AA---------TT-----C-------T-TTG---CT---TATTTCT----GTCT----G--C----TAATC----A-AA-AA--C----------A-TT---CTGTCAGAAGAGCACA--TCA----AAGCTATTGACCTC
gi|1 : aacAATCAAC-AATTTT--AA---------TC-----CA------T-TTG---TTA--TA----T----ATCT----GTGG----CAATC----A-AA-AA-ACA------------T---TTGTCTGGAGAGAGTGCATTA----AGGTCATGAACCTCttgttt
gi|9 : attaaaaaaaaaaaAATTGAA-AAT-----AATTTACATACTC-----C-------T-TTGAATTT---TT----T----GTTT----G--G----CAATT----A-A-------A-AG-TTT-TA-TT---TTTTCAGGAAAGGTTA--TCA----AGGTCATGGACc
gi|7 : gaaAATTAAC-AAT-----TA---------TC-----G-------T-TTG---CA---TA----T----TTCTCTTTG-------CAATA----A-AA-AAAGCA-AC-CCA-G--TT---CTGTCAGGAGAGCCCA--TTC----GGATCATGAGCCTC
gi|10 : atcAATTAATTAAC-----AA---------TC-----A-------T-TTG---CT---TG----TGTCGGTCT----G--G----CAATC----GTAA-AA-TCACA---CA-TA-TT---CTGTCAGGAAAG--TG--TCACTTTAGGTTGTGAACTTtt
gi|16 : ATTAAC-AAT-----AA---------AC-----C-------T-TTG---CC---TA----T----TTCT--------------ATCTGGTG-AA-AA--CA--G-TGA-TA-TT---CTGTCAGGAGAGCATG--TCG----CGGTCATGTACCTC
gi|15 : ATTAAC-AGT-----AA---------AC-----C-------T-TTG---CTGC-TGCC--T----GTCT----G--G----CAACC----A-AA-TA--TA-TG-TCT-GA-TT---CTGTCAGGAAAGCACT--TTA----ATGTTCTGGACCTt
gi|17 : ATTAAC-AAC-----AA---------TC-----C-------T-----------------------GTTG----G--G----CAATC----A-AA-A--GCC-AG-TCT-GA-TT---CTGGCAGGAGAGTGAA--TCA----AGGTCATGGA
gi|6 : aattcAAA-AATCTGTAAA---------TC-----C-------T-TTA---CC---TA----T----TTCTTCCTG--G----CAATC----A-AA-AA-CCA--G-TCA-GA-TT---GTGTTAAGAGAGCGCA--GTA----AGGTCATAGAACTC
gi|4 : aaa-------T-TTG---CT---TATTTTT----ATCT----G--G----CAATC-------A-TA-GTA-CGTTCT-GA-TT---TTGTCAGAAGAGTGCA--TCA----GTTTTATAGACCTCt
gi|13 : gaaaataagtaattatgatg----T----GTCT----G--C----CAATC----A-AA-AT-ACC-AG-TCG-GA-TT---TTGCCAGGAGAGCGTA--TTG----AGGACAt
gi|19 : gaaataattaacgattatt----A-AA-AA---A-AG-TCA-GA-TT---CTGCCAGGAGAGCATG--TCA----AGGTGGTGGACCTCagatgctcttctttg
gi|20 : tgat-AG-GCA-GA-TTCTGTTATCAGGAGAGTATA--TTC----AGGCCATGGACCTC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAACCTGTTTGACAACAATCCATTGTTTACATCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 222222222222222 1111111111111 22222222
lowQualScore : 333 4444444444444 4 333 333333333333333 4444 6666666666666 4444 2 2 33333333 33 333 2 333 2 4444
lowQualScore : ... ............. . ... ............... .... ............. .... . . ........ .. ... . ... . ....
lowQualScore : 999 2222222222222 4 999 222222222222222 7777 4444444444444 5555 1 1 00000000 33 555 0 333 3 5555
consensus : TAATTAACAAT---AATC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTC----T----G---G----CAATC----A-AA-AAN-CA-AG-TCA-GATTCTGT---CA-GGAGAG--CGCGTCA----AGGTCATGGACCTC
Reference ( family-8011 ) : TAATTAACAAT---AATC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTC----T----G---G----CAATC----A-AA-AAN-CA-AG-TCA-GATTCTGT---CA-GGAGAG--CGCGTCA----AGGTCATGGACCTC
gi|1 : AATCAACAATTTTAATC-----CA------T-TTG---TTA--TA----T----ATC----T----GTG-G----CAATC----A-AA-AAA-CA-----------TTTGT---CT-GGAGAGAGTGCATTA----AGGTCATGAACCTC
gi|10 : attaaaaaaaaaaaTAATTAACAAT------C-----A-------T-TTG---CT---TG----T----GTCGGTCT----G---G----CAATC----GTAA-AAT-CACA---CA-TATTCTGT---CA-GGAAA----GTGTCACTTTAGGTTGTGAACTTc
gi|11 : aatAATTAACACT---AATT-----C-------T-TTG---CT---TA----TTTCTGTC----T----G---C----TAATC----A-AA-AAC------------ATTCTGT---CA-GAAGAG--CACATCA----AAGCTATTGACCTC
gi|12 : aacTAATTAATAAT---AATT-----CATAATAAT-TTC---TT---TCT---T----TTC----T----G---G----CCAAC------AA-AAT-CT-AT-TCA-GAATATAT---CG-GGAGAG--TACACCA----AGGTttgttt
gi|13 : ggaaaaTAATTAACGAT---TATT--------------------------------T----GTC----T----G---C----CAATC----A-AA-ATA-CC-AG-TCG-GATTTTGC---CA-GGAGAG--CGTATTG----AGGACA
gi|14 : gaaaTAATTAAAAAT---AATC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTC----T----G---A----CAATC----A-AA-AAG-CA-AG-TCA-GATTTTAT---CA-GGAGAG--CATGTCA----AGGTCATGGACCTCagatgctcttctttg
gi|15 : ATTAACAGT---AAAC-----C-------T-TTG---CTGC-TGCC--T----GTC----T----G---G----CAACC----A-AA-TAT--A-TG-TCT-GATTCTGT---CA-GGAAAG--CACTTTA----ATGTTCTGGACCT
gi|16 : ATTAACAAT---AAAC-----C-------T-TTG---CC---TA----T----TTC----T---------------ATCTGGTG-AA-AAC----AG-TGA-TATTCTGT---CA-GGAGAG--CATGTCG----CGGTCATGTACCTC
gi|17 : ATTAACAAC---AATC-----C-------TGTTG-------------------------------G---G----CAATC----A-AA-AGC-CA--G-TCT-GATTCTGG---CA-GGAGAG--TGAATCA----AGGTCATGGAt
gi|18 : aattcTAATTAATGAT---AATT-----C-------T-TTG---TT---TATTTCT----GTC----T----G---G----CAGGT----A-AA-CAC-CA-A--TCA-AATTCTGT---TA-GGAAAG--TG
gi|19 : aa----A-AA-AA---A-AG-TCA-GATTCTGC---CA-GGAGAG--CATGTCA----AGGTGGTGGACCTC
gi|2 : tgatTAATTAACAAT---AATTATTATC-------TATTG---CT---TA----TT---ATC----T----G---TTTTTCAATA----A-AA-AAT-CA--G-TCA-GAATCTTA---TATGGAGAG--CGCATCA----GGATCACGGATCTC
gi|20 : t-AG-GCA-GATTCTGTTATCA-GGAGAG--TATATTC----AGGCCATGGACCTCtt
gi|3 : TAACTAACTAC---AATC-----C-------T-C-G---CT---TA----TTTCTATC----T----G---G----CAGTA----A-AA-AAC-CA-A-------ATTCTGT---TG-GGAGAA---ATAAAA----AAATTATGGACCTCttgat
gi|4 : aaaTAAGTAATTAT---GATG-------------T-TTG---CT---TA----TTTTTATC----T----G---G----CAATC-------A-TAG-TA-CGTTCT-GATTTTGT---CA-GAAGAG--TGCATCA----GTTTTATAGACCTCtagttttag
gi|5 : gaaaaTAGTTAACAAT---AATC-----T-------T-TTG---CTAAATG----T----ATC----TATATG---G----TAACC----A-AA-AAC-CA--G-CCA-T-TTTTGT---CG-GAAGAG--TGCACCA----AGGTCATGGACCTCt
gi|6 : aaa---AATC-----C-------T-TTA---CC---TA----T----TTC----TTCCTG---G----CAATC----A-AA-AAC-CA--G-TCA-GATTGTGT---TA-AGAGAG--CGCAGTA----AGGTCATAGAACTC
gi|7 : aaaaaaaatctgtaAATTAACAAT---TATC-----G-------T-TTG---CA---TA----T----TTC----T----CTTTG----CAATA----A-AA-AAAGCA-AC-CCA-G-TTCTGT---CA-GGAGAG--CCCATTC----GGATCATGAGCCTCt
gi|8 : atcTAATTAACAAT---GATT-----C-------T-TTG---TT---GA----T----GCC----T----G---GTTGGCAATT----A-AAGAAA-CA----CCGCGGTTCTGT---CA-GGAGAA--CGCGTCA----AGGTCGTGCACCTCtt
gi|9 : gTAATTTACA-T---ACTC-----C-------T-TTGAATTT---TT----T----GTT----T----G---G----CAATT----A-AA-A-------G-TTT-TATTTTTT---CA-GGAAAG--GTTATCA----AGGTCATGGACt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAACCTGTTTGACAACAATCCATTGTTTACATCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 222222222222222 1111111111111 22222222
lowQualScore : 333 4444444444444 4 333 333333333333333 4444 6666666666666 4444 2 2 33333333 33 333 2 333 2 4444
lowQualScore : ... ............. . ... ............... .... ............. .... . . ........ .. ... . ... . ....
lowQualScore : 999 2222222222222 4 999 222222222222222 7777 4444444444444 5555 1 1 00000000 33 555 0 333 3 5555
consensus : TAATTAACAAT---AATC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTC----T----G---G----CAATC----A-AA-AAN-CA-AG-TCA-GATTCTGT---CA-GGAGAG--CGCGTCA----AGGTCATGGACCTC
Reference ( family-8011 ) : TAATTAACAAT---AATC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTC----T----G---G----CAATC----A-AA-AAN-CA-AG-TCA-GATTCTGT---CA-GGAGAG--CGCGTCA----AGGTCATGGACCTC
gi|1 : AATCAACAATTTTAATC-----CA------T-TTG---TTA--TA----T----ATC----T----GTG-G----CAATC----A-AA-AAA-CA-----------TTTGT---CT-GGAGAGAGTGCATTA----AGGTCATGAACCTC
gi|10 : attaaaaaaaaaaaTAATTAACAAT------C-----A-------T-TTG---CT---TG----T----GTCGGTCT----G---G----CAATC----GTAA-AAT-CACA---CA-TATTCTGT---CA-GGAAA----GTGTCACTTTAGGTTGTGAACTTc
gi|11 : aatAATTAACACT---AATT-----C-------T-TTG---CT---TA----TTTCTGTC----T----G---C----TAATC----A-AA-AAC------------ATTCTGT---CA-GAAGAG--CACATCA----AAGCTATTGACCTC
gi|12 : aacTAATTAATAAT---AATT-----CATAATAAT-TTC---TT---TCT---T----TTC----T----G---G----CCAAC------AA-AAT-CT-AT-TCA-GAATATAT---CG-GGAGAG--TACACCA----AGGTttgttt
gi|13 : ggaaaaTAATTAACGAT---TATT--------------------------------T----GTC----T----G---C----CAATC----A-AA-ATA-CC-AG-TCG-GATTTTGC---CA-GGAGAG--CGTATTG----AGGACA
gi|14 : gaaaTAATTAAAAAT---AATC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTC----T----G---A----CAATC----A-AA-AAG-CA-AG-TCA-GATTTTAT---CA-GGAGAG--CATGTCA----AGGTCATGGACCTCagatgctcttctttg
gi|15 : ATTAACAGT---AAAC-----C-------T-TTG---CTGC-TGCC--T----GTC----T----G---G----CAACC----A-AA-TAT--A-TG-TCT-GATTCTGT---CA-GGAAAG--CACTTTA----ATGTTCTGGACCT
gi|16 : ATTAACAAT---AAAC-----C-------T-TTG---CC---TA----T----TTC----T---------------ATCTGGTG-AA-AAC----AG-TGA-TATTCTGT---CA-GGAGAG--CATGTCG----CGGTCATGTACCTC
gi|17 : ATTAACAAC---AATC-----C-------TGTTG-------------------------------G---G----CAATC----A-AA-AGC-CA--G-TCT-GATTCTGG---CA-GGAGAG--TGAATCA----AGGTCATGGAt
gi|18 : aattcTAATTAATGAT---AATT-----C-------T-TTG---TT---TATTTCT----GTC----T----G---G----CAGGT----A-AA-CAC-CA-A--TCA-AATTCTGT---TA-GGAAAG--TG
gi|19 : aa----A-AA-AA---A-AG-TCA-GATTCTGC---CA-GGAGAG--CATGTCA----AGGTGGTGGACCTC
gi|2 : tgatTAATTAACAAT---AATTATTATC-------TATTG---CT---TA----TT---ATC----T----G---TTTTTCAATA----A-AA-AAT-CA--G-TCA-GAATCTTA---TATGGAGAG--CGCATCA----GGATCACGGATCTC
gi|20 : t-AG-GCA-GATTCTGTTATCA-GGAGAG--TATATTC----AGGCCATGGACCTCtt
gi|3 : TAACTAACTAC---AATC-----C-------T-C-G---CT---TA----TTTCTATC----T----G---G----CAGTA----A-AA-AAC-CA-A-------ATTCTGT---TG-GGAGAA---ATAAAA----AAATTATGGACCTCttgat
gi|4 : aaaTAAGTAATTAT---GATG-------------T-TTG---CT---TA----TTTTTATC----T----G---G----CAATC-------A-TAG-TA-CGTTCT-GATTTTGT---CA-GAAGAG--TGCATCA----GTTTTATAGACCTCtagttttag
gi|5 : gaaaaTAGTTAACAAT---AATC-----T-------T-TTG---CTAAATG----T----ATC----TATATG---G----TAACC----A-AA-AAC-CA--G-CCA-T-TTTTGT---CG-GAAGAG--TGCACCA----AGGTCATGGACCTCt
gi|6 : aaa---AATC-----C-------T-TTA---CC---TA----T----TTC----TTCCTG---G----CAATC----A-AA-AAC-CA--G-TCA-GATTGTGT---TA-AGAGAG--CGCAGTA----AGGTCATAGAACTC
gi|7 : aaaaaaaatctgtaAATTAACAAT---TATC-----G-------T-TTG---CA---TA----T----TTC----T----CTTTG----CAATA----A-AA-AAAGCA-AC-CCA-G-TTCTGT---CA-GGAGAG--CCCATTC----GGATCATGAGCCTCt
gi|8 : atcTAATTAACAAT---GATT-----C-------T-TTG---TT---GA----T----GCC----T----G---GTTGGCAATT----A-AAGAAA-CA----CCGCGGTTCTGT---CA-GGAGAA--CGCGTCA----AGGTCGTGCACCTCtt
gi|9 : gTAATTTACA-T---ACTC-----C-------T-TTGAATTT---TT----T----GTT----T----G---G----CAATT----A-AA-A-------G-TTT-TATTTTTT---CA-GGAAAG--GTTATCA----AGGTCATGGACt
blockSeqs : . CATAATAA G AAT TATTTCTG GGTC GTTTTT TGGT T G GTACGT GC TAT T C G CTTT
blockSeqs : . ATTATC A . GCTGCCTG . ATATGG . . . AGCAAC A . . T A .
blockSeqs : . A . . TATTTCTG . TCCTGG . . . TCACA A . . C A .
blockSeqs : . C . . TATTTCTA . GGTTGG . . . TCTAT G . . C A .
blockSeqs : . C . . TATTTTTA . CTTTG . . . ACCAG A . . C G .
blockSeqs : . C . . AAATGTA . GG . . . GCAAG T . . C T .
blockSeqs : . C . . TCTTT . GC . . . TATG A . . T G .
blockSeqs : . C . . TATTA . GG . . . CCAG T . . T A .
blockSeqs : . C . . TGTG . GC . . . CCAA A . . C G .
blockSeqs : . C . . TATG . GA . . . TCAG A . . C A .
blockSeqs : . T . . TATT . GG . . . CCAA A . . T A .
blockSeqs : . C . . TATT . GG . . . CCAG A . . T A .
blockSeqs : . G . . TATT . GG . . . CCAG T . . T A .
blockSeqs : . C . . GATG . GG . . . CAG A . . C A .
blockSeqs : . C . . TTTG . GG . . . AAG A . . C A .
blockSeqs : . . . . TG . GG . . . ACA A . . C A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C T . . G G .
blockSeqs : . . . G . . . . A .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : *** C************ TATTTG********* GG*********** CCAG**** A* C**
originalCons : TAATTAACAAT---AATC-----C-------T-TTG---CT---TA----T----GTC----T----G---G----CAATC----A-AA-AAN-CA-AG-TCA-GATTCTGT---CA-GGAGAG--CGCGTCA----AGGTCATGGACCTC
finalCons : TAATTAACAAT---AATCC------------T-TTG---CTTATTTG---------TC----TGG-----------CAATC----A-AA-AACCAG----TCA-GATTCTGT---CA-GGAGAGC--GCGTCA----AGGTCATGGACCTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAACCTGTTTGACAACAATCCATTGTTTACATCT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 2222222222
lowQualScore : 333 2222222222222 4 33 88888 0000000000 33 55 2 2 999999999 0 333 2 333 2 4444
lowQualScore : ... ............. . .. ..... .......... .. .. . . ......... . ... . ... . ....
lowQualScore : 999 8888888888888 4 22 66666 7777777777 11 33 1 1 888888888 6 555 0 333 3 5555
consensus : TAATTAACAAT---AATC-----C-------T-TTGC-T-----TAT--T---T--GT--CTG--GCAATCA-AA-A-A--CCA-GTCAGATTCTGT---CA-GGAGAG--CGCGTCA----AGGTCATGGACCTC
Reference ( family-8011 ) : TAATTAACAAT---AATC-----C-------T-TTGC-T-----TAT--T---T--GT--CTG--GCAATCA-AA-A-A--CCA-GTCAGATTCTGT---CA-GGAGAG--CGCGTCA----AGGTCATGGACCTC
gi|1 : AATCAACAATTTTAATC-----CA------T-TTG--T-----TAT--A---T--AT--CTGTGGCAATCA-AA-A-A--ACA--------TTTGT---CT-GGAGAGAGTGCATTA----AGGTCATGAACCTC
gi|10 : attaaaaaaaaaaaTAATTAACAAT------C-----A-------T-TTGC-T-----TGT--G---TCGGT--CTG--GCAATCGTAA-A-A--TCA-CACATATTCTGT---CA-GGAAA----GTGTCACTTTAGGTTGTGAACTTc
gi|11 : aatAATTAACACT---AATT-----C-------T-TTGC-T-----TAT--T---TCTGT--CTG--CTAATCA-AA-A-A--C--------ATTCTGT---CA-GAAGAG--CACATCA----AAGCTATTGACCTC
gi|12 : aacTAATTAATAAT---AATT-----CATAATAAT-TTCT-T-----TCT--T---T---T--CTG--GCCAACA-AA-A-T--CTA-TTCAGAATATAT---CG-GGAGAG--TACACCA----AGGTttgttt
gi|13 : ggaaaaTAATTAACGAT---------------------------------TAT--T---T--GT--CTG--CCAATCA-AA-ATA--CCA-GTCGGATTTTGC---CA-GGAGAG--CGTATTG----AGGACA
gi|14 : gaaaTAATTAAAAAT---AATC-----C-------T-TTGC-T-----TAT---------GT--CTG--ACAATCA-AA-A-A--GCAAGTCAGATTTTAT---CA-GGAGAG--CATGTCA----AGGTCATGGACCTCagatgctcttctttg
gi|15 : ATTAACAGT---AAAC-----C-------T-TTGC-TGC---TGC--C---T--GT--CTG--GCAACCA-AA-T-A--TAT-GTCTGATTCTGT---CA-GGAAAG--CACTTTA----ATGTTCTGGACCT
gi|16 : ATTAACAAT---AAAC-----C-------T-TTGC-C-----TAT--T---TCTAT--CTG--G---TGA-AA-A-----CA-GTGATATTCTGT---CA-GGAGAG--CATGTCG----CGGTCATGTACCTC
gi|17 : ATTAACAAC---AATC-----C-------TGTTG--------------------------G--GCAATCA-AA-A-G--CCA-GTCTGATTCTGG---CA-GGAGAG--TGAATCA----AGGTCATGGAt
gi|18 : aattcTAATTAATGAT---AATT-----C-------T-TTGT-T-----TAT--T---TCTGT--CTG--GCAGGTA-AA-C-A--CCA-ATCAAATTCTGT---TA-GGAAAG--TG
gi|19 : aaATAA-AA-A-A----A-GTCAGATTCTGC---CA-GGAGAG--CATGTCA----AGGTGGTGGACCTC
gi|2 : tgTAATTAACAAT---AATTATTATC-------TATTGC-T-----TAT--TATCT--GT--TTT--TCAATAA-AA-A-A--TCA-GTCAGAATCTTA---TATGGAGAG--CGCATCA----GGATCACGGATCTC
gi|20 : tA-GGCAGATTCTGTTATCA-GGAGAG--TATATTC----AGGCCATGGACCTCtt
gi|3 : TAACTAACTAC---AATC-----C-------T-C-GC-T-----TAT--T---TCTAT--CTG--GCAGTAA-AA-A-A--C-----CAAATTCTGT---TG-GGAGAA---ATAAAA----AAATTATGGACCTCttgat
gi|4 : aaaTAAGTAATTAT---GATG-------------T-TTGC-T-----TAT--T---TTTAT--CTG--GCAATCA-TA-G-T--ACG-TTCTGATTTTGT---CA-GAAGAG--TGCATCA----GTTTTATAGACCTCtagttttag
gi|5 : gaaaaTAGTTAACAAT---AATC-----T-------T-TTGC-TAAATGTAT--C---T--AT--ATG--GTAACCA-AA-A-A--CCA-GCCAT-TTTTGT---CG-GAAGAG--TGCACCA----AGGTCATGGACCTCt
gi|6 : aaa---AATC-----C-------T-TTAC-C-----TAT--T---T--CTTCCTG--GCAATCA-AA-A-A--CCA-GTCAGATTGTGT---TA-AGAGAG--CGCAGTA----AGGTCATAGAACTC
gi|7 : aaaaaaaatctgtaAATTAACAAT---TATC-----G-------T-TTGC-A-----TAT--T---T--CT--CTTT-GCAATAA-AA-A-AAGCAA-CCCAG-TTCTGT---CA-GGAGAG--CCCATTC----GGATCATGAGCCTCt
gi|8 : atcTAATTAACAAT---GATT-----C-------T-TTGT-T-----GATGCC---T--GG--TTG--GCAATTA-AAGA-A--ACA-CCGCGGTTCTGT---CA-GGAGAA--CGCGTCA----AGGTCGTGCACCTCtt
gi|9 : gTAATTTACA-T---ACTC-----C-------T-TTGAAT-----TTT--T---T--GT--TTG--GCAATTA-AA-A--------GTTTTATTTTTT---CA-GGAAAG--GTTATCA----AGGTCATGGACt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGAACCTGTTTGACAACAATCCATTGTTTACATCT