lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 1 1 33 1 1111111111111 1 2 3333 111 1 1 44444444444 888888888888888888888888 22222 1 33333333 11 99999999 11 3333333333 1 7777777777777777777777777777777777777777 111 111 111 11 1 111111111 111 1111 1 1111 11111 222222
lowQualScore : 7 6 7 00 6 7 6 6 6666666666666 5 0 7777 2 0000 2 4 2 777 4 3 7 3 3 00000000000 7 000000000000000000000000 6 33333 4 4 5 99999999 1 55 3 2 4 77777777 3 8 2 33 3 2 3 5555555555 7 8888888888888888888888888888888888888888 0 000 99 3 555 1 999 000 88 11 5 4 3 6 9 666666666 0 7 333 5 0 4 1111 9 2 4 3 4 2222 5 4 44444 3 4 55 4 4 8 4 555 7777 7 666 111111 11
lowQualScore : . . . .. . . . . ............. . . .... . .... . . . ... . . . . . ........... . ........................ . ..... . . . ........ . .. . . . ........ . . . .. . . . .......... . ........................................ . ... .. . ... . ... ... .. .. . . . . . ......... . . ... . . . .... . . . . . .... . . ..... . . .. . . . . ... .... . ... ...... ..
lowQualScore : 0 0 0 00 0 0 0 0 0000000000000 0 0 5555 5 5555 5 0 5 000 0 3 3 3 7 77777777777 3 000000000000000000000000 0 55555 0 0 0 33333333 0 77 0 5 0 55555555 7 3 5 88 2 5 0 0000000000 0 0000000000000000000000000000000000000000 8 000 22 2 555 0 222 222 44 00 0 6 7 7 3 555555555 7 5 000 9 4 4 2222 0 4 4 3 9 3333 3 0 00000 5 0 55 0 8 9 0 444 1111 0 444 444444 44
consensus : TCTCCCTTACTTTGACAAGGAAACCGTTTATCACTATTAGCCAATGGGCACAA--TGTGTTTATTAAATAATTGCTGAAGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGATGTGCTCGNNTTNANCGTTCCGTANCTCNTTTATTTNNNANCCGATT-TTAATTT-TNTTT-TA-TC-CA-AAAACTACAN-A-GCTTNTAAGACNCTNCAATCGTATAAANNTTNTTANAATCAGNTAATGAATGAAGATGTT-A-TAGGTACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTCTNAGTACNTATTTTGNAACA-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT----ACT-TACATA--GACATA-TAANAAATTA-AATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAAGT-NAAAGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATCGTGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTTCATTTTAACTGTCCGTATCTCATTCATTTGATAATNNATTTTANTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAG---ATATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATAAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT---AAAAANC---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
Reference ( gi|1 ) : TCTCCCTAACCTTGACATGGAACACGTTTACCACAATTAGCCGACGGGCACACGTTGTG---GTAAAATAATTGCTCAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAAT-TGCTCAAGTTCATCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTTATCCGATT-TTAATTT-TCTTTATA-TCACAGAAAACTACAG-A-GCTTC--AG-CATTACAATCATGTAAAGCTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTT-A-TGGATACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGTAAGAGTATATCTTCCGTAATACTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACAACATTATGTT----ACT-TACATA--GATGTA-TAACAAATTG-AATTTCCAATAAT--AA--ATAAAAAAGT-TGAAGGGTACCGCCAGTTTTTT-CAAGTGAAAAA--TATGGCGTAAATTTAATCGCCATGATGTGTTTATTTTAACTGTCCGTACCTCATTCATTTGATAATGGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAA---ACATTCTAAGCT-TT-TAAATGG-TATAAGCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT---AAAAATC---TTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|2 : TCTCCCTTACTTTGACAAGGAAACCGTTTATCACTATTAGCCAATGGGCACAA--TGTGTTTATTAAATAATTGCTGAAGTTC
gi|2 : AAATAAT-TGCTGAAGTTCAATATTTAATAATTTCTTTATTTCTGATCCAATT-TTAATTT-TGTTTATA-TCACACAAAACTACAG-A-ACaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgatttcagtacctattttgaaacattatcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|3 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattAATGATGTGTTCGTTTTAACCG-TCCGTATCTCATTTATTTGACAATGGATT-TT--TTTATCTTTTTAGTTTCAGAAA-CTATAT-A---TTCTAAG-CTTTTTAATGGTATAAACATTTTTAAAATCAGTTAATGAATAAAGAAGTG-AGTAGGCACCACCAGatatatgatttcagtacctattttgaaacattatcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|12 : atttaggtacaagtaagaattatttttagatacataggtttttccgtcagcaaaatttattgcgaaatattacattctaagtacgtattttgtatcttccataatacttgatcgattttttataactttagcttttctaaaactacattgtgttacttacatagacatattaaaaaattgaatttccaatgataaataaaaaagtaaatgggtaccgccaggtttttcaagcaaaaaatatggcgtaaatttagtcgcCGATTATTAACTT-TTTT-----------AAAACTGCAATATGTTTA--AAACAC-ACA--CATATAAAACT-ATTATAATCAAATAATAAATGAAAATGGTAA-AGGGTACTGCCActactccttctaaaaatcctaaatttaacactaccgccaggttttacacctgt
gi|3 : cttgatATTTT---TAGATACA--TAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTCTAAGTACGTATTTTGTA--------TCTTCCATAATACTTGATCGATTTTT--TATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTGTGTT----ACT-TACATA--GACATATTAAAAAATTG-AATTTCCAATGAT--AA--ATAAAAAAGT-AAATGGGTACCGCCAGGTTTTT-CAAGCAAAAAA--TATGGCGTAAATTTAGTCGCAATGATGTGTTCGTTTTAACCGTCCGTATCTCATTTATTTGACAATGGATTTT-TTTATCTTTTTAGTTTCAGAAAC-TAT---ATATTCTAAGCT-TT-TTAATGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCAGTTAATGAATAA-AGAAGTGAG--TAGGCACCACCAGC----TACTCCTTCT---AAAAATC---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTatagtat
gi|2 : atttaggtacaagtaagaattTTTCAGTACCTATTTTGAAACA-T-TATCTTCCTTAATTCTTGATCGATTTTTTCAATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT----TCT-TACATATAAATATA-AAATATATTA-AATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAACT-AAAAGGTTACCACCA--------C--GTGAAAAA--TATTGTGTAAACTTAATTGCAATTACCTGGTCATTTCAGCTGTCTGTAGCTCATTCATTTAATAG-AAATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAG---ATATTCTAAGCT-TTCTAAA-GG-TAAAAACA-T-----TTG-TA--AA-ATCGGTCGATAAATAA-AGAAGTTGG--TATACATCACTATC----TACTCTATCT---AAAA----------------CACTACCGCCAAGTTTTACACCTgt
gi|4 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattaaataattgctgaagttcaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgaTCCCGTAATTCTTGGTC--TTTCC--AATAAATGTAGCAAAAATAACTTTTTCTAAAACTACATTGTGT---------------------TA-TAA----------------ATAA---AA--GGAAAAACGT-TTAATGGTAT-----GTTTTTT-TTAGCGAAAAAAATATTGTGTACATTTTA----CATTATTT-TATATTTT---TGTCTTTATTTCATTCACCTGATAAGCCATTTTAATTATCTTTTTAGTTTCAAAAGC-TAG---ATA---TAAGCT-TT-CCATCTA-TATAAA-A-TA----TGT-CA--AA-ATCCGCTAAT------------TTAG---GTGCACCGTCAAC----TACTC--TTT---AAAAAACACACTAAATAAACCACCACCGCCAGATGATACACCTg
gi|12 : CTTGATCGATTATT--AA---------C----------TTTTTTAAAACTGCAATATGTTTAAAAC---ACACA--CATATA-AAACTA-TTATAAT--CAAATAAT--AA--ATGAAAATGG-TAAAGGGTACTGCCAATgt
gi|5 : TAG-----------TTTCCTAGAATTGTATTATGTT----ACCATA-ATA--GTCATA-TAAAGAAT----ATT--CAA-AATGGAATTATGGACAAATATAAGGGGTACCGTCAGTTTTTTTCGAGAGAAAAA--CATCGTGTAAATTTAATTGCAGTGAC-CGTT----------GTCTGTATTTCATTTGTTTGGTTTTGTATTTTAATAATCTCTTCAGTTTC-GAAAA-TAAGATACATTC--AGCTATC-TAAACAT-T-TAAACA-T-----TAT-TA--CA-ATCAGTTGACTAATAA-AAAGGTTAagtat
gi|6 : ttctataattcttgacc--AA--A-AAAAGAAC-AGGAAGGTACCGCCACGATTTC-CAAAC-AAAAA--TAT-----AAGTTTAATGATCA-GCTAAGTTGA----AATTATATATTTCACATTCATTTGATAACCAAATTCAATTATCTATTCAGTTTCAGAAAC-TAG---AAATTCCAAGCT-TT-T-TATTG-TAAAAACA-TACATGTTT-CACTAT-ATTAACTAATAATTAACAGAGGT-------TGTCCCG-CAGC----TAa
gi|7 : aaatcaataacataacgaaaggTCGCAGTGATGTGTTCATTTTAACTGTCCGTATCTCATTCATTTGATAATAGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAT-AAA---ATATTCTAAGCT-CT-TTAATGG-TATAAACATT-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAACGAATAA-AGAAATTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT---AAAAATC---CTGAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTaacttacttcaaa
gi|13 : TTATT-ATTATTTCCGCGTCGGAAAT-TAT---ATAGTCCAATCT-TTCTAAACA--TATAAAGA-T-----TAT-CA--AA-ATAGGTAAATAAACAA-AGAATGCAG--TATGCgt
gi|9 : TATCTTTTCTGTTTCAGAAAC-TAG---ATATTCTAAACT-TTCTAAACG--TATAACCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTTATAAATAA-AGTAGTTAG--TATGTACCACCAGC----TACCCTTTCTAAAAAAAAAC---TTAAATCTAACGCTACCTTTAGATTTTttcg
gi|10 : tttgaagATATTCTTAGTTCCAGAAACCTAA---A-ATT----G---TT-TAATTTA-TATGGGGG-T-----C-------AC-ATTCGTTAATTGATAA-AGAAGTTAG--C--GCAACGTCAGT----TTTTCTTTCT---TTAAAAC---CTAAATTTTACGCAAGCGCCAGGAAATACACCTtc
gi|8 : AATGGACATAAACG-C-----TTTCTA--AACATC--------AATAA-GGATATTGA--TATGCACCATCAGC----T-CCATTTCT---AAAA--C---TTTAATTAATCAGTACCGCCATGTTTTGCACCTgt
gi|14 : GAGGTTAA--CATGCACCGCCATC----TATCATTTCT---ATAAA-------AAAAGTAACAGTACCGCCATGTTTTACACCTatcacttattcgacacaattgtatacttttacgcataaacttttgttgaatttaaaatggttcattaagattta
gi|15 : GAAGTTAAAATATG----GCCAGC----TACTCGTTCT---AAATAAA---TTGAATTTAAGACC-TCGCCATGTTTTACACCtt
gi|16 : GCACCGCCAGCCGGCTACTCTTTCT---TAAAAT-----TAAA-----CATTGTCGCCAGGTTTTATACCT
gi|11 : CACCGCCAGC----TGCCCTTTCT---GAAAATC---CTAAATTTAACAGTACCACCAAGTTTTATACCTgt
Alignments
lowQualScore : 333 222 33333333333333333333333333333333 4 1111 666666666 6666666666666666666666666 1 1 44444444 2222222222 2222222 2222222222222222 111 1111 1 11 1 11111 111111
lowQualScore : 4 4 55 4 000 111 4 2 22222222222222222222222222222222 6 0 0000 1 1 88 1 77 333 1 1 444444444 1 4 4444444444444444444444444 22 1 1 77 5 6 5 6 6 0 1 1 33333333 1 1 6 99 555555 9999999999 1111111 2 222 6 8888888888888888 333 77 88888 2222 44 6 2 1 99 2 8 0 99 77 222 77 555 5 4 66666 4 2 3 7777 3 22222 3 55 3 3 6 3 44 6666 555 555555
lowQualScore : . . .. . ... ... . . ................................ . . .... . . .. . .. ... . . ......... . . ......................... .. . . .. . . . . . . . . ........ . . . .. ...... .......... ....... . ... . ................ ... .. ..... .... .. . . . .. . . . .. .. ... .. ... . . ..... . . . .... . ..... . .. . . . . .. .... ... ......
lowQualScore : 0 0 55 0 555 555 0 5 00000000000000000000000000000000 0 0 5555 0 0 55 0 00 000 0 0 000000000 0 0 0000000000000000000000000 00 0 0 00 0 0 0 0 0 7 0 0 33333333 4 4 7 22 777777 2222222222 7777777 5 888 7 0000000000000000 777 99 77777 1111 33 7 2 0 22 0 9 7 00 44 111 99 666 3 0 11111 0 0 5 2222 6 77777 6 00 6 5 5 6 66 5555 888 666666
consensus : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAAT-TGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGACATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTG-AA-A-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT---AAAAA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
Reference ( family-75 ) : TCTCCCTTACTTTGACAAGGAAACCGTTTATCACTATTAGCCAATGGGCACAA--TGTGTTTATTAAATAATTGCTGAAGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAATGATGTGCTCGNNTTNANCGTTCCGTANCTCNTTTATTTNNNANCCGATTTTAATTTTNTTT-TATC-CA-AAAACTACANAGCTTNTAAGACNCTNCAAT-CGTAT----AAANNTTNTTANAATCAGNTAATGAATGAAGATGTTATAGGTACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTCTNAGTACNTATTTTGNAACA-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AANA-A-ATTAAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATCGTGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATNNATTTTANTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATAAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT---AAAAANC---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|1 : TCTCCCTAACCTTGACATGGAACACGTTTACCACAATTAGCCGACGGGCACACGTTGTG---GTAAAATAATTGCTCAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAAT-TGCTCAAGTTCATCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTTATCCGATTTTAATTTTCTTTATATCACAGAAAACTACAGAGCTTC--AG-CATTACAAT-CATGT----AAAGCTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGTAAGAGTATATCTTCCGTAATACTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACAACATTATGTT---ACT-TACATAGATGTAT-AACA-A-ATTGAATTTCCAATAAT--AA--ATAAAAAA-GTT-GA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CAAGTGAAAAA--TATGGCGTAAATTTAATCGCCATGATGTGTT-TATTTTAACTGTCCGTACCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAAA--C--ATTCTAAGCT-TT-TAAATGG-TATAAGCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT---AAAAATC---TTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|10 : ATATTCTTAGTTCCAGAAACCTAAAATT--GTT-TAA----TT-TATATGG-GGGTCACA-T-----TC-------------GTTAATTGATAA-AGAAGTTAG--C--GCAACGTCAGT----TTTTCTTTCT---TTAAAAC---CTAAATTTTACGCAAGCGCCAGGAAATACACCT
gi|11 : CACCGCCAGC----TGCCCTTTCT---GAAAATC---CTAAATTTAACAGTACCACCAAGTTTTATACCTgt
gi|12 : CTTGATCGATTATT--AA---------C----------TTTTTTAAAACTGCAATATGTTTAAA----ACACACACATAT-AAAA-CTATTATAAT-CAAATAAT--AA--ATGAAAAT-GGT-AA----AGGGTACTGCCAATgtcccttctttgccacaattttgtatacataacttttacacagtgaatatatgttac
gi|13 : TTA-TTATTATTTCCGCGTCGGAAAT-TATA--T--AGTCCAATCT-TTCTAAACA--TATAAAGA-T-----TAT-CA--AA-ATAGGTAAATAAACAA-AGAATGCAG--TATGCagtat
gi|14 : GAGGTTAA--CATGCACCGCCATC----TATCATTTCT---ATAAA-------AAAAGTAACAGTACCGCCATGTTTTACACCTttcg
gi|15 : GAAGTTAAAATATG----GCCAGC----TACTCGTTCT---AAATAAA---TTGAATTTAAGACC-TCGCCATGTTTTACACCtt
gi|16 : GCACCGCCAGCCGGCTACTCTTTCT---TAAAA----------TTAAACATTGTCGCCAGGTTTTATACCT
gi|2 : TCTCCCTTACTTTGACAAGGAAACCGTTTATCACTATTAGCCAATGGGCACAA--TGTGTTTATTAAATAATTGCTGAAGTTCgt
gi|2 : AAATAAT-TGCTGAAGTTCAATATTTAATAATTTCTTTATTTCTGATCCAATTTTAATTTTGTTTATATCACACAAAACTACAGAACATATATGA--TTTCAGTACCTATTTTGAAACATTATaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgatttcagtacctattttgaaacattatcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|2 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattTTTCAGTACCTATTTTGAAACA-T-TATCTTCCTTAATTCTTGATCGATTTTTTCAATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---TCT-TACATATAAATAT-AAAATATATTAAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-CTA-AA----AGGTTACCACCA--------CG--TGAAAAA--TATTGTGTAAACTTAATTGCAATTACCTGGT-CATTTCAGCTGTCTGTAGCTCA--TTCATTTAATAG-AAATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TTCTAAA-GG-TAAAAACA-T-----TTG-TA--AA-ATCGGTCGATAAATAA-AGAAGTTGG--TATACATCACTATC----TACTCTATCT---AAAA----------------CACTACCGCCAAGTTTTACACCTcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|3 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattaaataattgctgaagttcaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgaAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTCTAAGTACGTATTTTG--------TATCTTCCATAATACTTGATCGATTTTT--TATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTGTGTT---ACT-TACATAGACATATTAAAA-A-ATTGAATTTCCAATGAT--AA--ATAAAAAA-GTA-AA----TGGGTACCGCCAGGTTTTT-CAAGCAAAAAA--TATGGCGTAAATTTAGTCGCAATGATGTGTT-CGTTTTAACCGTCCGTATCTCA--TTTATTTGACAATGGATTTT-TTTATCTTTTTAGTTTCAGAAAC-TATA--T--ATTCTAAGCT-TT-TTAATGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCAGTTAATGAATAA-AGAAGTGAG--TAGGCACCACCAGC----TACTCCTTCT---AAAAATC---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTg
gi|4 : atttaggtacaagtaagaattatttttagatacatTCCCGTAATTCTTGGTC--TTTCC--AATAAATGTAGCAAAAATAACTTTTTCTAAAACTACATTGTGT------------------TAT-AA-----------------ATAA----A--AGGAAAAACGTT-TA----ATGGTAT-----GTTTTTT-TTAGCGAAAAAAATATTGTGTACATTTTAC----ATTA--TTTTATATTTT---TGTCTTTATTTCA--TTCACCTGATAAGCCATTTTAATTATCTTTTTAGTTTCAAAAGC-TAGA--T--A---TAAGCT-TT-CCATCTA-TATAAA-A-TA----TGT-CA--AA-ATCCGCTAAT------------TTAG---GTGCACCGTCAAC----TACTCTT--T---AAAAAACACACTAAATAAACCACCACCGCCAGATGATACACCTgt
gi|5 : TTCTATAATTCTTGACC-----------------TAG-----------TTTCCTAGAATTGTATTATGTT---ACCATA-ATAGTCATAT-AAAG-A-AT---ATT-C-AA-AATGGAATTATGGACAA-ATATAA----GGGGTACCGTCAGTTTTTTTCGAGAGAAAAA--CATCGTGTAAATTTAATTGCAGTGAC-CGT-----------TGTCTGTATTTCA--TTTGTTTGGTTTTGTATTTTAATAATCTCTTCAGTTTCGAAAAT-AAGA--TACATTC--AGCTATC-TAAACAT-T-TAAACA-T-----TAT-TA--CA-ATCAGTTGACTAATAA-AAAGGTTAgt
gi|6 : ATAACG-AA--AGGAAAAA-AAG-AACAGGAAGGTACCGCCACGATTTC-CAAAC-AAAAA--TAT-----AAGTTTAAT---GATCA---GCT-AAGTTGAAAT-TATATATTTCACATTCATTTGATAACCAAATTCAATTATCTATTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--A--ATTCCAAGCT-TT-T-TATTG-TAAAAACA-TACATGTTT-CACTAT-ATTAACTAATAATTAACAGAGGT-------TGTCCCG-CAGC----TAa
gi|7 : aaatcaataacTCGCAGTGATGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATAGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAT-AAAA--T--ATTCTAAGCT-CT-TTAATGG-TATAAACATT-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAACGAATAA-AGAAATTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT---AAAAATC---CTGAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTaacttacttcaaa
gi|8 : AATGGACATAAACG-C-----TTTCTA--AACATC--------AATAA-GGATATTGA--TATGCACCATCAGC----T-CCATTTCT---AAAA--C---TTTAATTAATCAGTACCGCCATGTTTTGCACCTgt
gi|9 : TTTGAAGTATCTTTTCTGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAACT-TTCTAAAC-G-TATAACCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTTATAAATAA-AGTAGTTAG--TATGTACCACCAGC----TACCCTTTCTAAAAAAAAAC---TTAAATCTAACGCTACCTTTAGATTTTatcacttattcgacacaattgtatacttttacgcataaacttttgttgaatttaaaatggttcattaagattta
Alignments
lowQualScore : 111 222 5555555 1 2222 1 222 66666666 2222222222 2222222 222222222222222 111 1111 11 1 11111 222222
lowQualScore : 1 1 22 1 999 111 1 1 1 1 2 1 1 1 1 3333333 1 5 1 4444 22 5 000 88888888 1 1 6 99 555555 9999999999 1111111 2 222 6 444444444444444 333 77 88888 2222 44 6 2 1 99 7 2 8 0 99 77 222 77 777 2 4 66666 4 2 3 7777 3 22222 3 55 3 3 7 3 44 6666 7777 3 3 333333
lowQualScore : . . .. . ... ... . . . . . . . . . ....... . . . .... .. . ... ........ . . . .. ...... .......... ....... . ... . ............... ... .. ..... .... .. . . . .. . . . . .. .. ... .. ... . . ..... . . . .... . ..... . .. . . . . .. .... .... . . ......
lowQualScore : 0 0 00 0 000 555 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0000000 0 5 0 0000 00 5 000 00000000 4 4 7 22 777777 2222222222 7777777 5 888 7 333333333333333 777 99 77777 1111 33 7 2 0 22 5 2 9 7 00 44 111 99 000 2 0 11111 0 0 5 2222 6 77777 6 00 6 5 2 6 66 5555 1111 3 3 333333
consensus : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANG-CATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTG-AA-A-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
Reference ( family-75 ) : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGACATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGAAA---T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|1 : TCTCCCTAACCTTGACATGGAACACGTTTACCACAATTAGCCGACGGGCACACGTTGTG---GTAAAATAATTGCTCAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTCAAGTTCATCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTTATCCGATTTTAATTTTCTTTATATCACAGAAAACTACAGAGCTTC--AG-CATTACAAT-CATGT----AAAGCTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGTAAGAGTATATCTTCCGTAATACTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACAACATTATGTT---ACT-TACATAGATGTAT-AACA-A-ATTGAATTTCCAATAAT--AA--ATAAAAAA-GTT-GA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CAAGTGAAAAA--TATGGCGTAAATTTAATCGCCATGATGTGTT-TATTTTAACTGTCCGTACCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAAA--C--ATTCTAAGCT-TT-TAAATGG-TATAAGCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---TTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|10 : ATATTCTTAGTTCCAGAAACCTAAAATT--GTT-TAA----TT-TATATGG-GGGTCACA-T-----TC-------------GTTAATTGATAA-AGAAGTTAG--C--GCAACGTCAGT----TTTTCTTTCT----TTAA-AA-C---CTAAATTTTACGCAAGCGCCAGGAAATACACCT
gi|11 : CACCGCCAGC----TGCCCTTTCT----G-AA-AATC---CTAAATTTAACAGTACCACCAAGTTTTATACCTgt
gi|12 : CTTGATCGATTATT--AA---------C----------TTTTTTAAAACTGCAATATGTTTAAA----ACACACACATAT-AAAA-CTATTATAAT-CAAATAAT--AA--ATGAAAAT-GGT-AA----AGGGTACTGCCAATgtcccttctttgccacaattttgtatacataacttttacacagtgaatatatgttac
gi|13 : ATTATTATTTCCGCGTCGGAAAT-TATA--T--AGTCCAATCT-TTCTAAACA--TATAAAGA-T-----TAT-CA--AA-ATAGGTAAATAAACAA-AGAATGCAG--TATGCagtat
gi|14 : ttGAGGTTAA--CATGCACCGCCATC----TATCATTTCT----A-TA-AA-------AAAAGTAACAGTACCGCCATGTTTTACACCTttcg
gi|15 : GAAGTTAAAATATG----GCCAGC----TACTCGTTCT----A-AATAA-A---TTGAATTTAAGACC-TCGCCATGTTTTACACCtt
gi|16 : GCACCGCCAGCCGGCTACTCTTTCT----T-AA-AA----------TTAAACATTGTCGCCAGGTTTTATACCT
gi|2 : TCTCCCTTACTTTGACAAGGAAACCGTTTATCACTATTAGCCAATGGGCACAA--TGTGTTTATTAAATAATTGCTGAAGTTCgt
gi|2 : AAATAATTGCTGAAGTTCAATATTTAATAATTTCTTTATTTCTGATCCAATTTTAATTTTGTTTATATCACACAAAACTACAGAACATATATG--ATTTCAGTACCTATTTTGAAACATTATaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgatttcagtacctattttgaaacattatcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|2 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattTTTCAGTACCTATTTTGAAACA-T-TATCTTCCTTAATTCTTGATCGATTTTTTCAATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---TCT-TACATATAAATAT-AAAATATATTAAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-CTA-AA----AGGTTACCACCA--------CG--TGAAAAA--TATTGTGTAAACTTAATTGCAATTACCTGGT-CATTTCAGCTGTCTGTAGCTCA--TTCATTTAATAG-AAATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TTCTAAA-GG-TAAAAACA-T-----TTG-TA--AA-ATCGGTCGATAAATAA-AGAAGTTGG--TATACATCACTATC----TACTCTATCT----A-AA-A----------------CACTACCGCCAAGTTTTACACCTcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|3 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattaaataattgctgaagttcaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgaATTTT-TAGATACA--TAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTCTAAGTACGTATTTTG--------TATCTTCCATAATACTTGATCGATTTTT--TATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTGTGTT---ACT-TACATAGACATATTAAAA-A-ATTGAATTTCCAATGAT--AA--ATAAAAAA-GTA-AA----TGGGTACCGCCAGGTTTTT-CAAGCAAAAAA--TATGGCGTAAATTTAGTCGCAATGATGTGTT-CGTTTTAACCGTCCGTATCTCA--TTTATTTGACAATGGATTTTT-TTATCTTTTTAGTTTCAGAAAC-TATA--T--ATTCTAAGCT-TT-TTAATGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCAGTTAATGAATAA-AGAAGTGAG--TAGGCACCACCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTg
gi|4 : atttaggtacaagtaagaattTCCCGTAATTCTTGGTC--TTTCC--AATAAATGTAGCAAAAATAACTTTTTCTAAAACTACATTGTGT------------------TAT-AAA-----------------TAA----A--AGGAAAAACGTT-TA----ATGGTAT-----GTTTTTT-TTAGCGAAAAAAATATTGTGTACATTTTAC----ATTA--TTTTATATTTT---TGTCTTTATTTCA--TTCACCTGATAAGCCATTTTAATTATCTTTTTAGTTTCAAAAGC-TAGA--T--A---TAAGCT-TT-CCATCTA-TATAAA-A-TA----TGT-CA--AA-ATCCGCTAAT------------TTAG---GTGCACCGTCAAC----TACTCTTTA-----A-AA-AA-CACACTAAATAAACCACCACCGCCAGATGATACACCTgt
gi|5 : TTCTATAATTCTTGACC-----------------TAG-----------TTTCCTAGAATTGTATTATGTT---ACCATA-ATAGTCATAT-AAAG-A-AT---ATT-C-AA-AATGGAATTATGGACAA-ATATAA----GGGGTACCGTCAGTTTTTTTCGAGAGAAAAA--CATCGTGTAAATTTAATTGCAGTGAC-CGT-----------TGTCTGTATTTCA--TTTGTTTGGTTTTGTATTTTAATAATCTCTTCAGTTTCGAAAAT-AAGA--TACATTC--AGCTATC-TAAACAT-T-TAAACA-T-----TAT-TA--CA-ATCAGTTGACTAATAA-AAAGGTTAgt
gi|6 : ATAACG-AA--AGGAAAAA-AAG-AACAGGAAGGTACCGCCACGATTTC-CAAAC-AAAAA--TAT-----AAGTTTAAT---GATCA---GCT-AAGTTGAAAT-TATATATTTCACATTCATTTGATAACCAAATTCAATTATCTATTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--A--ATTCCAAGCT-TT-T-TATTG-TAAAAACA-TACATGTTT-CACTAT-ATTAACTAATAATTAACAGAGGT-------TGTCCCG-CAGC----TAa
gi|7 : aaatcaataacTCGCAGTGATGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATAGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAT-AAAA--T--ATTCTAAGCT-CT-TTAATGG-TATAAACATT-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAACGAATAA-AGAAATTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---CTGAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTaacttacttcaaa
gi|8 : AATGGACATAAACG-C-----TTTCTA--AACATC--------AATAA-GGATATTGA--TATGCACCATCAGC----T-CCATTTCT----A-AA-A--C---TTTAATTAATCAGTACCGCCATGTTTTGCACCTgt
gi|9 : TTTGAAGTATCTTTTCTGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAACT-TTCTAAAC-G-TATAACCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTTATAAATAA-AGTAGTTAG--TATGTACCACCAGC----TACCCTTTCTAAAAA-AA-AA-C---TTAAATCTAACGCTACCTTTAGATTTTatcacttattcgacacaattgtatacttttacgcataaacttttgttgaatttaaaatggttcattaagattta
Alignments
lowQualScore : 111 222 222222 1 2222 1 111 66666666 2222222222 2222222 222222222222222 111 1111 11 1 11111 222222
lowQualScore : 1 1 22 1 999 111 1 1 1 1 2 1 1 1 1 555555 1 5 1 4444 22 5 888 88888888 1 1 6 99 555555 9999999999 1111111 2 222 6 444444444444444 333 77 88888 2222 44 6 2 1 99 7 2 8 0 99 77 222 77 777 2 4 66666 4 2 3 7777 3 22222 3 55 3 3 7 3 44 6666 7777 3 3 333333
lowQualScore : . . .. . ... ... . . . . . . . . . ...... . . . .... .. . ... ........ . . . .. ...... .......... ....... . ... . ............... ... .. ..... .... .. . . . .. . . . . .. .. ... .. ... . . ..... . . . .... . ..... . .. . . . . .. .... .... . . ......
lowQualScore : 0 0 00 0 000 555 0 0 0 0 5 0 0 0 0 555555 0 5 0 0000 00 5 555 00000000 4 4 7 22 777777 2222222222 7777777 5 888 7 333333333333333 777 99 77777 1111 33 7 2 0 22 5 2 9 7 00 44 111 99 000 2 0 11111 0 0 5 2222 6 77777 6 00 6 5 2 6 66 5555 1111 3 3 333333
consensus : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGCATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTG-AA-A-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
Reference ( family-75 ) : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGCATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGAAA---T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|1 : TCTCCCTAACCTTGACATGGAACACGTTTACCACAATTAGCCGACGGGCACACGTTGTG---GTAAAATAATTGCTCAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTCAAGTTCATCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTTATCCGATTTTAATTTTCTTTATATCACAGAAAACTACAGAGCTTC--AGCATTACAAT-CATGT----AAAGCTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGTAAGAGTATATCTTCCGTAATACTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACAACATTATGTT---ACT-TACATAGATGTAT-AACA-A-ATTGAATTTCCAATAAT--AA--ATAAAAAA-GTT-GA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CAAGTGAAAAA--TATGGCGTAAATTTAATCGCCATGATGTGTT-TATTTTAACTGTCCGTACCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAAA--C--ATTCTAAGCT-TT-TAAATGG-TATAAGCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---TTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|10 : ATATTCTTAGTTCCAGAAACCTAAAATT--GTT-TAA----TT-TATATGG-GGGTCACA-T-----TC-------------GTTAATTGATAA-AGAAGTTAG--C--GCAACGTCAGT----TTTTCTTTCT----TTAA-AA-C---CTAAATTTTACGCAAGCGCCAGGAAATACACCT
gi|11 : CACCGCCAGC----TGCCCTTTCT----G-AA-AATC---CTAAATTTAACAGTACCACCAAGTTTTATACCTgt
gi|12 : CTTGATCGATTATT--AA---------C----------TTTTTTAAAACTGCAATATGTTTAAA----ACACACACATAT-AAAA-CTATTATAAT-CAAATAAT--AA--ATGAAAAT-GGT-AA----AGGGTACTGCCAATgtcccttctttgccacaattttgtatacataacttttacacagtgaatatatgttac
gi|13 : ATTATTATTTCCGCGTCGGAAAT-TATA--T--AGTCCAATCT-TTCTAAACA--TATAAAGA-T-----TAT-CA--AA-ATAGGTAAATAAACAA-AGAATGCAG--TATGCagtat
gi|14 : ttGAGGTTAA--CATGCACCGCCATC----TATCATTTCT----A-TA-AA-------AAAAGTAACAGTACCGCCATGTTTTACACCTttcg
gi|15 : GAAGTTAAAATATG----GCCAGC----TACTCGTTCT----A-AATAA-A---TTGAATTTAAGACC-TCGCCATGTTTTACACCtt
gi|16 : GCACCGCCAGCCGGCTACTCTTTCT----T-AA-AA----------TTAAACATTGTCGCCAGGTTTTATACCT
gi|2 : TCTCCCTTACTTTGACAAGGAAACCGTTTATCACTATTAGCCAATGGGCACAA--TGTGTTTATTAAATAATTGCTGAAGTTCgt
gi|2 : AAATAATTGCTGAAGTTCAATATTTAATAATTTCTTTATTTCTGATCCAATTTTAATTTTGTTTATATCACACAAAACTACAGAACATATATG-ATTTCAGTACCTATTTTGAAACATTATaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgatttcagtacctattttgaaacattatcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|2 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattTTTCAGTACCTATTTTGAAACA-T-TATCTTCCTTAATTCTTGATCGATTTTTTCAATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---TCT-TACATATAAATAT-AAAATATATTAAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-CTA-AA----AGGTTACCACCA--------CG--TGAAAAA--TATTGTGTAAACTTAATTGCAATTACCTGGT-CATTTCAGCTGTCTGTAGCTCA--TTCATTTAATAG-AAATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TTCTAAA-GG-TAAAAACA-T-----TTG-TA--AA-ATCGGTCGATAAATAA-AGAAGTTGG--TATACATCACTATC----TACTCTATCT----A-AA-A----------------CACTACCGCCAAGTTTTACACCTcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|3 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattaaataattgctgaagttcaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgaATTTT-TAGATACA--TAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTCTAAGTACGTATTTTG--------TATCTTCCATAATACTTGATCGATTTTT--TATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTGTGTT---ACT-TACATAGACATATTAAAA-A-ATTGAATTTCCAATGAT--AA--ATAAAAAA-GTA-AA----TGGGTACCGCCAGGTTTTT-CAAGCAAAAAA--TATGGCGTAAATTTAGTCGCAATGATGTGTT-CGTTTTAACCGTCCGTATCTCA--TTTATTTGACAATGGATTTTT-TTATCTTTTTAGTTTCAGAAAC-TATA--T--ATTCTAAGCT-TT-TTAATGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCAGTTAATGAATAA-AGAAGTGAG--TAGGCACCACCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTg
gi|4 : atttaggtacaagtaagaattTCCCGTAATTCTTGGTC--TTTCC--AATAAATGTAGCAAAAATAACTTTTTCTAAAACTACATTGTGT------------------TAT-AAA-----------------TAA----A--AGGAAAAACGTT-TA----ATGGTAT-----GTTTTTT-TTAGCGAAAAAAATATTGTGTACATTTTAC----ATTA--TTTTATATTTT---TGTCTTTATTTCA--TTCACCTGATAAGCCATTTTAATTATCTTTTTAGTTTCAAAAGC-TAGA--T--A---TAAGCT-TT-CCATCTA-TATAAA-A-TA----TGT-CA--AA-ATCCGCTAAT------------TTAG---GTGCACCGTCAAC----TACTCTTTA-----A-AA-AA-CACACTAAATAAACCACCACCGCCAGATGATACACCTgt
gi|5 : TTCTATAATTCTTGACC-----------------TAG-----------TTTCCTAGAATTGTATTATGTT---ACCATA-ATAGTCATAT-AAAG-A-AT---ATT-C-AA-AATGGAATTATGGACAA-ATATAA----GGGGTACCGTCAGTTTTTTTCGAGAGAAAAA--CATCGTGTAAATTTAATTGCAGTGAC-CGT-----------TGTCTGTATTTCA--TTTGTTTGGTTTTGTATTTTAATAATCTCTTCAGTTTCGAAAAT-AAGA--TACATTC--AGCTATC-TAAACAT-T-TAAACA-T-----TAT-TA--CA-ATCAGTTGACTAATAA-AAAGGTTAgt
gi|6 : ATAACG-AA--AGGAAAAA-AAG-AACAGGAAGGTACCGCCACGATTTC-CAAAC-AAAAA--TAT-----AAGTTTAAT---GATCA---GCT-AAGTTGAAAT-TATATATTTCACATTCATTTGATAACCAAATTCAATTATCTATTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--A--ATTCCAAGCT-TT-T-TATTG-TAAAAACA-TACATGTTT-CACTAT-ATTAACTAATAATTAACAGAGGT-------TGTCCCG-CAGC----TAa
gi|7 : aaatcaataacTCGCAGTGATGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATAGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAT-AAAA--T--ATTCTAAGCT-CT-TTAATGG-TATAAACATT-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAACGAATAA-AGAAATTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---CTGAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTaacttacttcaaa
gi|8 : AATGGACATAAACG-C-----TTTCTA--AACATC--------AATAA-GGATATTGA--TATGCACCATCAGC----T-CCATTTCT----A-AA-A--C---TTTAATTAATCAGTACCGCCATGTTTTGCACCTgt
gi|9 : TTTGAAGTATCTTTTCTGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAACT-TTCTAAAC-G-TATAACCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTTATAAATAA-AGTAGTTAG--TATGTACCACCAGC----TACCCTTTCTAAAAA-AA-AA-C---TTAAATCTAACGCTACCTTTAGATTTTatcacttattcgacacaattgtatacttttacgcataaacttttgttgaatttaaaatggttcattaagattta
Alignments
lowQualScore : 111 222 222222 1 2222 1 111 66666666 2222222222 2222222 222222222222222 111 1111 11 1 11111 222222
lowQualScore : 1 1 22 1 999 111 1 1 1 1 2 1 1 1 1 555555 1 5 1 4444 22 5 888 88888888 1 1 6 99 555555 9999999999 1111111 2 222 6 444444444444444 333 77 88888 2222 44 6 2 1 99 7 2 8 0 99 77 222 77 777 2 4 66666 4 2 3 7777 3 22222 3 55 3 3 7 3 44 6666 7777 3 3 333333
lowQualScore : . . .. . ... ... . . . . . . . . . ...... . . . .... .. . ... ........ . . . .. ...... .......... ....... . ... . ............... ... .. ..... .... .. . . . .. . . . . .. .. ... .. ... . . ..... . . . .... . ..... . .. . . . . .. .... .... . . ......
lowQualScore : 0 0 00 0 000 555 0 0 0 0 5 0 0 0 0 555555 0 5 0 0000 00 5 555 00000000 4 4 7 22 777777 2222222222 7777777 5 888 7 333333333333333 777 99 77777 1111 33 7 2 0 22 5 2 9 7 00 44 111 99 000 2 0 11111 0 0 5 2222 6 77777 6 00 6 5 2 6 66 5555 1111 3 3 333333
consensus : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGCATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTG-AA-A-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
Reference ( family-75 ) : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGCATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGAAA---T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|1 : TCTCCCTAACCTTGACATGGAACACGTTTACCACAATTAGCCGACGGGCACACGTTGTG---GTAAAATAATTGCTCAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTCAAGTTCATCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTTATCCGATTTTAATTTTCTTTATATCACAGAAAACTACAGAGCTTC--AGCATTACAAT-CATGT----AAAGCTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGTAAGAGTATATCTTCCGTAATACTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACAACATTATGTT---ACT-TACATAGATGTAT-AACA-A-ATTGAATTTCCAATAAT--AA--ATAAAAAA-GTT-GA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CAAGTGAAAAA--TATGGCGTAAATTTAATCGCCATGATGTGTT-TATTTTAACTGTCCGTACCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAAA--C--ATTCTAAGCT-TT-TAAATGG-TATAAGCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---TTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|10 : ATATTCTTAGTTCCAGAAACCTAAAATT--GTT-TAA----TT-TATATGG-GGGTCACA-T-----TC-------------GTTAATTGATAA-AGAAGTTAG--C--GCAACGTCAGT----TTTTCTTTCT----TTAA-AA-C---CTAAATTTTACGCAAGCGCCAGGAAATACACCT
gi|11 : CACCGCCAGC----TGCCCTTTCT----G-AA-AATC---CTAAATTTAACAGTACCACCAAGTTTTATACCTgt
gi|12 : CTTGATCGATTATT--AA---------C----------TTTTTTAAAACTGCAATATGTTTAAA----ACACACACATAT-AAAA-CTATTATAAT-CAAATAAT--AA--ATGAAAAT-GGT-AA----AGGGTACTGCCAATgtcccttctttgccacaattttgtatacataacttttacacagtgaatatatgttac
gi|13 : ATTATTATTTCCGCGTCGGAAAT-TATA--T--AGTCCAATCT-TTCTAAACA--TATAAAGA-T-----TAT-CA--AA-ATAGGTAAATAAACAA-AGAATGCAG--TATGCagtat
gi|14 : ttGAGGTTAA--CATGCACCGCCATC----TATCATTTCT----A-TA-AA-------AAAAGTAACAGTACCGCCATGTTTTACACCTttcg
gi|15 : GAAGTTAAAATATG----GCCAGC----TACTCGTTCT----A-AATAA-A---TTGAATTTAAGACC-TCGCCATGTTTTACACCtt
gi|16 : GCACCGCCAGCCGGCTACTCTTTCT----T-AA-AA----------TTAAACATTGTCGCCAGGTTTTATACCT
gi|2 : TCTCCCTTACTTTGACAAGGAAACCGTTTATCACTATTAGCCAATGGGCACAA--TGTGTTTATTAAATAATTGCTGAAGTTCgt
gi|2 : AAATAATTGCTGAAGTTCAATATTTAATAATTTCTTTATTTCTGATCCAATTTTAATTTTGTTTATATCACACAAAACTACAGAACATATATG-ATTTCAGTACCTATTTTGAAACATTATaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgatttcagtacctattttgaaacattatcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|2 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattTTTCAGTACCTATTTTGAAACA-T-TATCTTCCTTAATTCTTGATCGATTTTTTCAATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---TCT-TACATATAAATAT-AAAATATATTAAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-CTA-AA----AGGTTACCACCA--------CG--TGAAAAA--TATTGTGTAAACTTAATTGCAATTACCTGGT-CATTTCAGCTGTCTGTAGCTCA--TTCATTTAATAG-AAATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TTCTAAA-GG-TAAAAACA-T-----TTG-TA--AA-ATCGGTCGATAAATAA-AGAAGTTGG--TATACATCACTATC----TACTCTATCT----A-AA-A----------------CACTACCGCCAAGTTTTACACCTcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|3 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattaaataattgctgaagttcaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgaATTTT-TAGATACA--TAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTCTAAGTACGTATTTTG--------TATCTTCCATAATACTTGATCGATTTTT--TATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTGTGTT---ACT-TACATAGACATATTAAAA-A-ATTGAATTTCCAATGAT--AA--ATAAAAAA-GTA-AA----TGGGTACCGCCAGGTTTTT-CAAGCAAAAAA--TATGGCGTAAATTTAGTCGCAATGATGTGTT-CGTTTTAACCGTCCGTATCTCA--TTTATTTGACAATGGATTTTT-TTATCTTTTTAGTTTCAGAAAC-TATA--T--ATTCTAAGCT-TT-TTAATGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCAGTTAATGAATAA-AGAAGTGAG--TAGGCACCACCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTg
gi|4 : atttaggtacaagtaagaattTCCCGTAATTCTTGGTC--TTTCC--AATAAATGTAGCAAAAATAACTTTTTCTAAAACTACATTGTGT------------------TAT-AAA-----------------TAA----A--AGGAAAAACGTT-TA----ATGGTAT-----GTTTTTT-TTAGCGAAAAAAATATTGTGTACATTTTAC----ATTA--TTTTATATTTT---TGTCTTTATTTCA--TTCACCTGATAAGCCATTTTAATTATCTTTTTAGTTTCAAAAGC-TAGA--T--A---TAAGCT-TT-CCATCTA-TATAAA-A-TA----TGT-CA--AA-ATCCGCTAAT------------TTAG---GTGCACCGTCAAC----TACTCTTTA-----A-AA-AA-CACACTAAATAAACCACCACCGCCAGATGATACACCTgt
gi|5 : TTCTATAATTCTTGACC-----------------TAG-----------TTTCCTAGAATTGTATTATGTT---ACCATA-ATAGTCATAT-AAAG-A-AT---ATT-C-AA-AATGGAATTATGGACAA-ATATAA----GGGGTACCGTCAGTTTTTTTCGAGAGAAAAA--CATCGTGTAAATTTAATTGCAGTGAC-CGT-----------TGTCTGTATTTCA--TTTGTTTGGTTTTGTATTTTAATAATCTCTTCAGTTTCGAAAAT-AAGA--TACATTC--AGCTATC-TAAACAT-T-TAAACA-T-----TAT-TA--CA-ATCAGTTGACTAATAA-AAAGGTTAgt
gi|6 : ATAACG-AA--AGGAAAAA-AAG-AACAGGAAGGTACCGCCACGATTTC-CAAAC-AAAAA--TAT-----AAGTTTAAT---GATCA---GCT-AAGTTGAAAT-TATATATTTCACATTCATTTGATAACCAAATTCAATTATCTATTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--A--ATTCCAAGCT-TT-T-TATTG-TAAAAACA-TACATGTTT-CACTAT-ATTAACTAATAATTAACAGAGGT-------TGTCCCG-CAGC----TAa
gi|7 : aaatcaataacTCGCAGTGATGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATAGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAT-AAAA--T--ATTCTAAGCT-CT-TTAATGG-TATAAACATT-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAACGAATAA-AGAAATTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---CTGAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTaacttacttcaaa
gi|8 : AATGGACATAAACG-C-----TTTCTA--AACATC--------AATAA-GGATATTGA--TATGCACCATCAGC----T-CCATTTCT----A-AA-A--C---TTTAATTAATCAGTACCGCCATGTTTTGCACCTgt
gi|9 : TTTGAAGTATCTTTTCTGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAACT-TTCTAAAC-G-TATAACCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTTATAAATAA-AGTAGTTAG--TATGTACCACCAGC----TACCCTTTCTAAAAA-AA-AA-C---TTAAATCTAACGCTACCTTTAGATTTTatcacttattcgacacaattgtatacttttacgcataaacttttgttgaatttaaaatggttcattaagattta
blockSeqs : T A AC T A TTT T G G A A G G C A ATATG T A C TTTG CA . A AAACAT T T G TC TAACTT AAAAATAACT TAAA C CAC T ATATATTAAATTCC TGG TT CGTT CAGG AT T G G AA T T T CC AT AGC CA TGG A C ATT A C A TGGA T ACATG C CT C G T C AA CGGC AAAA T T CACAC
blockSeqs : . A A G . TAACTT . ACCA C TAA . ACTATTATAATCA CG . ATAT . GG . A A . G C C TG C AAC . GCC A . TAC . C A TGG . A . . . G A . . . . . . TCC
blockSeqs : G T G . TAAATG . TCT C GAC . AAATTGAATTTCC T . GGT . GT . T G . T T T TG C AAA . TGT A . T . C A TGG . . . . . A A . . . . . . TCC
blockSeqs : A T . . . . ACT . GTC . GAATATTC T . CTA . GT . G G . C T C C A AAC . CCA A . T . . T CTA . . . . . C G . . . . . . TCC
blockSeqs : . . . . . . . . . T . GTA . CG . A . . . . . . C . . TAG A . T . . C CAT . . . . . A T . . . . . . CC
blockSeqs : . . AAG . . . . . . . AA T . T . . A TTG . . . . . A A . . . . . . AT
blockSeqs : A . A . . T TGG . . . . . G G . . . . . . CT
blockSeqs : . . T . . A CA . . . . . G A . . . . . . CT
blockSeqs : . T . . . GG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : CG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ACN**** CC****
originalCons : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGCATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTG-AA-A-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTT---ACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
finalCons : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGCATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTG-AA-A-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTTACN----TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AACC----TAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
Alignments
lowQualScore : 111 222 222222 1 2222 1 111 66666666 2222222222 1111 222222222222222 111 1111 11 1 11111 222222
lowQualScore : 1 1 22 1 999 111 1 1 1 1 2 1 1 1 1 555555 1 5 1 4444 22 5 888 88888888 1 1 6 99 555555 9999999999 2222 2 222 6 444444444444444 333 77 88888 2222 44 6 2 1 99 7 2 8 0 99 77 222 77 777 2 4 66666 4 2 3 7777 3 22222 3 55 3 3 7 3 44 6666 7777 3 3 333333
lowQualScore : . . .. . ... ... . . . . . . . . . ...... . . . .... .. . ... ........ . . . .. ...... .......... .... . ... . ............... ... .. ..... .... .. . . . .. . . . . .. .. ... .. ... . . ..... . . . .... . ..... . .. . . . . .. .... .... . . ......
lowQualScore : 0 0 00 0 000 555 0 0 0 0 5 0 0 0 0 555555 0 5 0 0000 00 5 555 00000000 4 4 7 22 777777 2222222222 0000 5 888 7 333333333333333 777 99 77777 1111 33 7 2 0 22 5 2 9 7 00 44 111 99 000 2 0 11111 0 0 5 2222 6 77777 6 00 6 5 2 6 66 5555 1111 3 3 333333
consensus : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGCATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTG-AA-A-T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTTACT-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
Reference ( family-75 ) : TCTCCCTNACCTTGACANGGAANNCGTTTACCACNATTAGCCGACGGGCACANGTTGTGTTTGTNAAATAATTGCTNAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTNAAGTTCANCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTNATCCGATTTTAATTTTNTTTATATCACANAAAACTACAGAGCNTNTANGCATTNCAGTACNTGTTTTGAAANNTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACNGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGAAA---T-TATCTTCCGTAATTCTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTTACN-TACATAGACATAT-AAAA-A-ATTGAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-GTN-AA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CGAGCGAAAAA--TATNGCGTAAATTTAATCGCAATGACGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TT-TAAACGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCTTTCT----A-AA-AA-C---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|1 : TCTCCCTAACCTTGACATGGAACACGTTTACCACAATTAGCCGACGGGCACACGTTGTG---GTAAAATAATTGCTCAAGTTCGCTGCAACGTTTTTTGACACATTTTTGTGCTAAAATAATTGCTCAAGTTCATCGCTTCGTAACTTCTTTATTTCTTATCCGATTTTAATTTTCTTTATATCACAGAAAACTACAGAGCTTC--AGCATTACAAT-CATGT----AAAGCTTATTAAAATCAAATAATCAATAAAGATTTTATGGATACCGCCAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTTTAAGTACGTATTTTGTAAGAGTATATCTTCCGTAATACTTGATCGATTTTT--AATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACAACATTATGTTACT-TACATAGATGTAT-AACA-A-ATTGAATTTCCAATAAT--AA--ATAAAAAA-GTT-GA----AGGGTACCGCCAGTTTTTT-CAAGTGAAAAA--TATGGCGTAAATTTAATCGCCATGATGTGTT-TATTTTAACTGTCCGTACCTCA--TTCATTTGATAATGGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAAA--C--ATTCTAAGCT-TT-TAAATGG-TATAAGCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAATGAATAA-AGAAGTTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---TTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCT
gi|10 : ATATTCTTAGTTCCAGAAACCTAAAATT--GTT-TAA----TT-TATATGG-GGGTCACA-T-----TC-------------GTTAATTGATAA-AGAAGTTAG--C--GCAACGTCAGT----TTTTCTTTCT----TTAA-AA-C---CTAAATTTTACGCAAGCGCCAGGAAATACACCT
gi|11 : CACCGCCAGC----TGCCCTTTCT----G-AA-AATC---CTAAATTTAACAGTACCACCAAGTTTTATACCTgt
gi|12 : CTTGATCGATTATT--AA---------C----------TTTTTTAAAACTGCAATATGTTTAA-AACACACACATAT-AAAA-CTATTATAAT-CAAATAAT--AA--ATGAAAAT-GGT-AA----AGGGTACTGCCAATgtcccttctttgccacaattttgtatacataacttttacacagtgaatatatgttac
gi|13 : ATTATTATTTCCGCGTCGGAAAT-TATA--T--AGTCCAATCT-TTCTAAACA--TATAAAGA-T-----TAT-CA--AA-ATAGGTAAATAAACAA-AGAATGCAG--TATGCagtat
gi|14 : ttGAGGTTAA--CATGCACCGCCATC----TATCATTTCT----A-TA-AA-------AAAAGTAACAGTACCGCCATGTTTTACACCTttcg
gi|15 : GAAGTTAAAATATG----GCCAGC----TACTCGTTCT----A-AATAA-A---TTGAATTTAAGACC-TCGCCATGTTTTACACCtt
gi|16 : GCACCGCCAGCCGGCTACTCTTTCT----T-AA-AA----------TTAAACATTGTCGCCAGGTTTTATACCT
gi|2 : TCTCCCTTACTTTGACAAGGAAACCGTTTATCACTATTAGCCAATGGGCACAA--TGTGTTTATTAAATAATTGCTGAAGTTCgt
gi|2 : AAATAATTGCTGAAGTTCAATATTTAATAATTTCTTTATTTCTGATCCAATTTTAATTTTGTTTATATCACACAAAACTACAGAACATATATG-ATTTCAGTACCTATTTTGAAACATTATaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgatttcagtacctattttgaaacattatcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|2 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattTTTCAGTACCTATTTTGAAACA-T-TATCTTCCTTAATTCTTGATCGATTTTTTCAATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTATGTTTCT-TACATATAAATAT-AAAATATATTAAATT-CCAATAAT--AA--ATGAAAAA-CTA-AA----AGGTTACCACCA--------CG--TGAAAAA--TATTGTGTAAACTTAATTGCAATTACCTGGT-CATTTCAGCTGTCTGTAGCTCA--TTCATTTAATAG-AAATTTTAATTATCTTTTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAGCT-TTCTAAA-GG-TAAAAACA-T-----TTG-TA--AA-ATCGGTCGATAAATAA-AGAAGTTGG--TATACATCACTATC----TACTCTATCT----A-AA-A----------------CACTACCGCCAAGTTTTACACCTcttccttaattcttgatcgattttttcaataactttagcttttctaaaactacattatgtttcttacatataaatataaaatatattaaattccaataataaatgaaaaactaaaaggttaccaccacgtgaaaaatattgtgtaaacttaattgcaattacctggtcatttcagctgtctgtagctcattcatttaatagaaattttaattatcttttcagtttcagaaactagatattctaagctttctaaaggtaaaaacatttgtaaaatcggtcgataaataaagaagttggtatacatcactatctactctatctaaaacactaccgccaagttttacacctg
gi|3 : tctcccttactttgacaaggaaaccgtttatcactattagccaatgggcacaatgtgtttattaaataattgctgaagttcaatatttaataatttctttatttctgatccaattttaattttgtttatatcacacaaaactacagaacatatatgaATTTT-TAGATACA--TAGGTTTTTCCGTCAGCAAAATTTATTGCGAAATATTACATTCTAAGTACGTATTTTG--------TATCTTCCATAATACTTGATCGATTTTT--TATAACTTTAGC----------TTTTCTAAAACTACATTGTGTTACT-TACATAGACATATTAAAA-A-ATTGAATTTCCAATGAT--AA--ATAAAAAA-GTA-AA----TGGGTACCGCCAGGTTTTT-CAAGCAAAAAA--TATGGCGTAAATTTAGTCGCAATGATGTGTT-CGTTTTAACCGTCCGTATCTCA--TTTATTTGACAATGGATTTTT-TTATCTTTTTAGTTTCAGAAAC-TATA--T--ATTCTAAGCT-TT-TTAATGG-TATAAACA-T-----TTT-TA--AA-ATCAGTTAATGAATAA-AGAAGTGAG--TAGGCACCACCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---CTAAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTg
gi|4 : atttaggtacaagtaagaattTCCCGTAATTCTTGGTC--TTTCC--AATAAATGTAGCAAAAATAACTTTTTCTAAAACTACATTGTGT---------------TAT-AAA-----------------TAA----A--AGGAAAAACGTT-TA----ATGGTAT-----GTTTTTT-TTAGCGAAAAAAATATTGTGTACATTTTAC----ATTA--TTTTATATTTT---TGTCTTTATTTCA--TTCACCTGATAAGCCATTTTAATTATCTTTTTAGTTTCAAAAGC-TAGA--T--A---TAAGCT-TT-CCATCTA-TATAAA-A-TA----TGT-CA--AA-ATCCGCTAAT------------TTAG---GTGCACCGTCAAC----TACTCTTTA-----A-AA-AA-CACACTAAATAAACCACCACCGCCAGATGATACACCTgt
gi|5 : TTCTATAATTCTTGACC-----------------TAG-----------TTTCCTAGAATTGTATTATGTTACCATA-ATAGTCATAT-AAAG-A-AT---ATT-C-AA-AATGGAATTATGGACAA-ATATAA----GGGGTACCGTCAGTTTTTTTCGAGAGAAAAA--CATCGTGTAAATTTAATTGCAGTGAC-CGT-----------TGTCTGTATTTCA--TTTGTTTGGTTTTGTATTTTAATAATCTCTTCAGTTTCGAAAAT-AAGA--TACATTC--AGCTATC-TAAACAT-T-TAAACA-T-----TAT-TA--CA-ATCAGTTGACTAATAA-AAAGGTTAgt
gi|6 : ATAACG-AA--AGGAAAAA-AAG-AACAGGAAGGTACCGCCACGATTTC-CAAAC-AAAAA--TAT-----AAGTTTAAT---GATCA---GCT-AAGTTGAAAT-TATATATTTCACATTCATTTGATAACCAAATTCAATTATCTATTCAGTTTCAGAAAC-TAGA--A--ATTCCAAGCT-TT-T-TATTG-TAAAAACA-TACATGTTT-CACTAT-ATTAACTAATAATTAACAGAGGT-------TGTCCCG-CAGC----TAa
gi|7 : aaatcaataacTCGCAGTGATGTGTT-CATTTTAACTGTCCGTATCTCA--TTCATTTGATAATAGATTTTATTTATCTTTTCAGTTTCAGAAAT-AAAA--T--ATTCTAAGCT-CT-TTAATGG-TATAAACATT-----TTT-TA--AA-ATCGGTTAACGAATAA-AGAAATTAG--TATGCACCGCCAGC----TACTCCTTCT----A-AA-AATC---CTGAATTTAACACTACCGCCAGGTTTTACACCTaacttacttcaaa
gi|8 : AATGGACATAAACG-C-----TTTCTA--AACATC--------AATAA-GGATATTGA--TATGCACCATCAGC----T-CCATTTCT----A-AA-A--C---TTTAATTAATCAGTACCGCCATGTTTTGCACCTgt
gi|9 : TTTGAAGTATCTTTTCTGTTTCAGAAAC-TAGA--T--ATTCTAAACT-TTCTAAAC-G-TATAACCA-T-----TTT-TA--AA-ATCGGTTTATAAATAA-AGTAGTTAG--TATGTACCACCAGC----TACCCTTTCTAAAAA-AA-AA-C---TTAAATCTAACGCTACCTTTAGATTTTatcacttattcgacacaattgtatacttttacgcataaacttttgttgaatttaaaatggttcattaagattta