lowQualScore : 222 1 66666666666666666666 11 11 1 222222 1 1 1 1 11111 11111 11 22 1111 1111 111 77777777777777777777777777777777 5555555555555 1 1 1111 1
lowQualScore : 2 7 1 5 0 5 5 5 111 7 3 0 66666666666666666666 8 77 6 7 0 0 7 2 2 6 0 6 1 33 5 666666 44 3 3 0 9 6 3 66666 66666 6 11 00 7777 3 0000 000 2 6 888 44444444444444444444444444444444 1 77 3 6 6 888 4 2 2222222222222 0 3 7 4 5 7 8 8 7777 0
lowQualScore : . . . . . . . . ... . . . .................... . .. . . . . . . . . . . . .. . ...... .. . . . . . . ..... ..... . .. .. .... . .... ... . . ... ................................ . .. . . . ... . . ............. . . . . . . . . .... .
lowQualScore : 7 0 9 0 1 0 7 7 000 0 3 3 88888888888888888888 0 88 7 5 8 8 2 5 5 7 8 0 8 44 0 444444 88 2 2 6 8 6 2 77777 77777 0 00 00 0000 5 6666 888 0 0 888 88888888888888888888888888888888 7 99 7 7 0 333 0 2 8888888888888 9 9 3 9 7 0 0 0 8888 6
consensus : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATTCCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TC-C-TAACAAAC-NTATTGAATATATTAAATGAG----TGT-TTTTTT---A-AA-TTATTAAAA-CGGATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGAT-GAACACAAATGTAAG-GCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTA--AACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGAT---AG-------ATCT-C------A--T-TATTTC--TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAATAG--CTACNATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGCAGATGTCGCAGGAATGATCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
Reference ( gi|3 ) : AAACTGTCGATGTCAATGTCCATATTCTAATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TC-C-TAACAAAA-ATATAGAATGTATTAAATGAG--GGTGT-TTTTTT---ACAA-TTATCCAAA-CGGGTCTCTGAGACTGATGAAAACGAGGTTAA-TATATTCAATAATAAAT-TAACATAAAT-TAAT-GCTCTATTTATATCATTTAGTATAAGGCACATTTTTCTATCGCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATGGTA--AACGAAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAACGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTGGGAT---AG-------ATTT-T------A--T-TATATC--TCGCCT--TCAATGTGC-AATATTCCTAACGAAGAAATTCTGTCGCTGATCATGGTGTTACAAAGATGATAGGCCTACAATGCTTTAAGCCTTCTCATGTTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCTGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-ACAACAACAGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
gi|6 : AAACTGTCGATATTAATGTCCATATTTAGATGAATGTGTAACTGCAATCAT-GTTTATATATCACATATTGAAACACATTAAACATATCAAATGAG------T-TGTTTT---AAAAAGTATCAAAAACGGATCTTTGAGACTGA---------GGTTGA-TATATTCAATAATAGAT-GAACACAGAG-TTAG-GCTCTATTTGTATCATTTAGTATAATGCACATTTTCC-ATCTGTAAGCAG-----TA-----ATTGCTGTCATAGTA--ACCGCAA----TTATGAGTTATAACAGTAAG----AACTGACAAATTGCTTTATTCCAGCGATATCGGCAAGGAT---AG-------ATTT-T------CTTT-TATTTC--TCACAT--TCAATGTGCAAATATTCCTAACGAGGGAATTATATCGCTGATCATGGTGATACGCATATAATAGGGATACTGTGTTTTGGGCCTACTCATGCTTCAGAAAGACCGAACG-ATGTATATGCCGCAGG
gi|9 : cAAACTGTTGGCTTCAATGTCCATATTCTGATGTATGTGTAGCTTTAATCAT-GGCTATAT-TC-C-TAACAAAC-ATATTGAATATATTAGATGAG--T-TGTCTTTTTT---A-AA-TTATTAAAA-CGGTTCTCTGAGACTGGTGAAAGCTAGGTAAA-TATCTTCAATAATAGAT-GAATACAACTGTAAG-GCTTTATT------ATTTGGTATAATGCACATTTC-CTGTCACTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTTATAATA--TACTCAA----TTATGAGTTAATACATTAAG----AACTGTCGAATAGCATTATTTCAGCGATGTCAGTTACGAT---AG-------A
gi|2 : AAATTGTCGACGTCAATGTCGA-ATTCTGATGCATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TC-C-TAACAAA
gi|5 : cAAATTGTCGACGTCAATGTTCATATTCTGATGCATGTGTAACTGTTATCAT-GGT-----------TAACAGAC-ATATTAAATGTTACAAATGccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|4 : cAAACTGCCGACGTCAATGTCCAT--------GAATGTGTAGCTGTAATCAT-GGTTATAT-TC-C-TAATAAAC-CTATTGAATATATTATATGA------GT-TCCATT--------TTATTGAAA-CGGATCtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|11 : cAAACTGTCGACGTCAATGTCCATATTCTGATGAATGTGTAATATTAATCAT-GGTTATAT-TC-C-TAACAAAT-CTATTGAATATATAAAATGA----GT-T-TTTCTT---A-AA-TTACTAAAA-AGGATCTCTGAGACTGATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|10 : cAAACTGCCGACGTCAATGTCCATATTCTGA------TGTAACTGTAATCAT-GGTTACAT-
gi|1 : cAACTGCCGACGTCAATGTCCATATTCCGATGAATGTATAATTGTAAGTATAGGTT-TGT-TC-C-TAACAACC-CTATTGAATATATTAAATGAGTTGAT-T-TTTTTTCAAATAA-TAATTAAAA-CGGATCTCTGAGGCTAATGAAAACGAGCTTAATTATATTCAATAATAAAT-GATCAAAAAT-GAACGGCTACATATTTATTATTTTGTATAAAGCACA-TTTTCCACCTCGAAGCAG-----TA-----AAAGCTGACATAGTAATAAC--AA----TTACAAGTTATTGTTGTAAGAACAAACTGTCGAATGGCGTTATTCTATTGATGTCAGTTAGGAT---AGAAAAAAAATCT-CGAGGCAA--A-TACACTGATCACTTAGTCAATAT-C-CATA-TCCTAACTAGGAAATAATATCGGTTGCCATGGTGTTTCAAAGATAA-A-----ACTATGTTTTGAGCATTTTCATGCTTGAGAAAGACCACACG-AGGTAGATGTCGCAAGAACGATTAA-AAGGGTT-T-GCAACAACCGCTTGTTACATGGATATGCATCCAGATTATAATCattgaatgtagcacaaacgtaaggctctatttatatcatttagtataatgcacatttcccatctctaagcagaaggctaatagcagtcatagt
gi|8 : CAATGTCAACGTCCTTATACCGATGAACGTGCAAaagtgtgtccgtcaataccgtcggtgccacaaggttgttgcatttttcgaaaagatttgtaggcccgggtcttacacggcataatggcagctaaacct
gi|4 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcaA-CGGATCTCTGAGACTGATGGAATCGAG--TAA-TACAggaaatgctatcgctagccatggtgttacaaagataatactatatgtttaagccttaacaagcttgagaaagaccgccctaggcagatttcgcaggaatggtcagcagggtgtgcaacaaccgcttgatatatggatatgcatccagattctaatctagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
gi|5 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGTTAA-CAGAC---ATATTAAATGTTACA--AATGTAAC-GCTCTATTTATGTAATTTAGTATAACGCATATGTCCC-ATCTCTGAGCAG-----TAGGATAATAGCTGTCATAGTA--AACGCAACATTTTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGCCATATGACGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGAT---AGAAA----A-----------A--A-TATTTC--TCACCT--CCAACGgtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|10 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatGGTTA--CATATTGAATG-------TAGCACAAACGTAAG-GCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACA-TTTCCCATCTCTAAGCAGAAGGCTA-----ATAGCAGTCATAGTaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|2 : caaactgccgacgtcaatgtccatattctgatgtaactgtaatcatCTAAGCAG-----TA-----ATAATTGTCATAGTA--AACGCAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATTGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTAGGAT---AGAAAA---AAAT-C------A--T-TA---C--TCGCTT--TCA
gi|4 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGAGTAAT-ACAGTAAG----AACTGTCGA--------ATCCCAGCGATGTCAGTTAGGAT---CG-------ACCTAC------A--T-CATTTC--TCGCCT--TCAACGgcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|12 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcAGTAAG----AACTGTCAAGTGAGGTTATTTCAGTGATGTCAGTTAGGAT---GG-------Aaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|13 : ttatgAGTTAG----AACTGTTAATTGGGGTTATTCCAGCGATGTCATTTAGGATTGAAA-------A-----------A--T-AATTTC--ACGCCT--TTAACGaaaaagaatttcgcgcctttaacgaggcaaacacattgatcacct
gi|7 : tatg-------ATTT-A------A--TGTCTATA--TCGTGA--TGAATGTGC-AATATTCCTAATGAGGAAA----ATCGCTGGTCACGGTATTACCAAGATAATA---CTAC---GTTTTGAGTCTTCTCAT-----------ACCGCATG-AGGTAGATATGGCAGGACTGATCAA-CAGGG-T-TTGCAACAACTGCTTGATACATTGGTATGCATTCAGATTCTAATCaggcaaatacattgatcacct
gi|2 : acattgatcgccaaattgaAATGTAC-ACTATCCCTAACGAGTAACTTCTATCGCTAGTCATGGTGTTACAAAGAT---AG---TATGATGTTTTGAGCCGTCTCAAGCTTGAGAAAGACCGCCCC-AGGCAGATATCACAGGAATGGTCAG-CAGGT-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCATATTCTAATCtagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataAACGTAC-ACTGTTCCTTACAAGGAAACTTTATCGCTGGGCATGGTGTTACAAAGATAATA---CT---ATGTTTTGAGCCTTGTCATGCTTGAGAAATACCGC-CGTAAGCAGCTGTCGCAAGAATGACCAGACAGGT-T-G-GCAACAACAGCTTGGTACATAGaatgtc
gi|4 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgAATGTGC-AATATTCCTAACGTGGAAATTATATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAA------TACAATGTTTTGGGCCTTCTCATGCTTGAGTAAGACCGCACG-AGGTAGGTGTCGCAGG
gi|8 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgCAAGGAAATGCTATCGCTAGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTATA-TG-TTTAAGCCTTAACAAGCTTGAGAAAGACCGCCCT-AGGCAGATTTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-TGT-GCAACAACCGCTTGATATATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
gi|14 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcacaatgtcaacgtccttataccgatgaacgtgTGTGGCTGATCATGGTGTTACAAAGATAATAGGCCTGCTATGtagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
gi|15 : aacaaagataataggtctgctaTAGATATGCATCCCGATTCTAATC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCGGGCCTACACAGCCTAAAGGTAGCTACGCATTT
Unaligned ( gi|17 ): CCCGGGTCCACACGGCTTAAAGGCAGCTACGCCTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 1111111111 11 11111 11111 11111 1111 666666666666666666666666666 444444
lowQualScore : 555 2 4 4 5 66 1 5 2222222222 5 3 555 8888 5 5 3333333333 1 3 1 0 5 4 1 1 00 77 0 00000 0 1 88 3 44444 44444 4444 1 9999 2 777 444444444444444444444444444 66 1 5 2 1 1 222222 5 3 5 6 6 888 1
lowQualScore : ... . . . . .. . . .......... . . ... .... . . .......... . . . . . . . . .. .. . ..... . . .. . ..... ..... .... . .... . ... ........................... .. . . . . . ...... . . . . . ... .
lowQualScore : 000 7 4 4 0 99 0 7 6666666666 7 9 777 0000 7 0 1111111111 8 3 0 7 7 3 7 7 99 99 1 44444 3 8 33 7 33333 33333 2222 7 4444 9 888 555555555555555555555555555 11 7 7 6 7 9 888888 3 1 0 7 7 333 0
consensus : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGAT---AG-------A---NNT-C-------AT-TATTTCTCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA-----CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
Reference ( family-74 ) : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACNTATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGAT---AG-------A---TCT-C-------AT-TATTTCTCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAATA--G--CTACNATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGCAGATGTCGCAGGAATGATCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
gi|1 : AACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTATAATTGTAAGTATAGGTT-TGT-TCCTA-AC--AACCCTATTGAATATATTAAATG-AGT-T-GATTT-TTT-TTCA---AA-TAATAATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGGCTAATGAAAACGAGCTTAATTATATTCAATAATAAATGAT-CAAA--AATGA-A---CGGCTACATATTTATTATTTTGTATAAAGCACATTTT-CCACCTCGAAGCAG-----TA-----AAAGCTGACATAGTAATAACAA----TTACAAGTTATTGTTGTAAGAACAAACTGTCGAATGGCGTTATTCTATTGATGTCAGTTAGGAT---AGAAAAAAAA---TCT-CGAGGCAAATACACTGATCACTTAGTCAATAT-C-CATA-TCCTAACTAGGAAATAATATCGGTTGCCATGGTGTTTCAAAGATAA-A-------ACTATGTTTTGAGCATTTTCATGCTTGAGAAAGACCACACG-AGGTAGATGTCGCAAGAACGATTAA-AAGGGTT-T-GCAACAACCGCTTGTTACATGGATATGCATCCAGATTATAATC
gi|10 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CTGA------TGTAACTGTAATCAT-GGTTACAT-aagtgtgtccgtcaataccgtcggtgccacaaggttgttgcatttttcgaaaagatttgtaggcccgggtcttacacggcataatggcagctaaacct
gi|10 : cTGTAATCATGGTTA--CATATTGAATG-TAG------CACA--AACGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACA-TTTCCCATCTCTAAGCAGAAGGCTA-----ATAGCAGTCATAGTattgaatgtagcacaaacgtaaggctctatttatatcatttagtataatgcacatttcccatctctaagcagaaggctaatagcagtcatagt
gi|11 : caaactgccgacgtcaatgtccatattctgatgtaacAAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CTGATGAATGTGTAATATTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAATCTATTGAATATATAAAATG-AG--T-----T-TTT-CTTA---AA-T--T-ACTAAAA-AG-----G----ATCTCTGAGACTGAT
gi|12 : cAGTAAG----AACTGTCAAGTGAGGTTATTTCAGTGATGTCAGTTAGGAT---GG-------A---AAA-A-------AG-AATTTCGCGCCT--TTAACG
gi|13 : ttatgAGTTAG----AACTGTTAATTGGGGTTATTCCAGCGATGTCATTTAGGATTGAAA-------A---------------AT-AATTTCACGCCT--TTAACGaggcaaacacattgatcacct
gi|14 : tatgTATGTGGCTGATCATGGTGTTACAAAGATAATA--GGCCTGCTATGaggcaaatacattgatcacct
gi|15 : aacaaagataataggtctgcTAGATATGCATCCCGATTCTAATC
gi|2 : AAATTGTCGACGTCAATGTCGA-ATT---CTGATGCATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACtagtgtgtccgccaatgccgtcggtatcacaag
gi|2 : cCTAAGCAG-----TA-----ATAATTGTCATAGTAAACGCAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATTGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTAGGAT---AGAAAA---A---AAT-C-------AT-TA---CTCGCTT--TCAGCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGGACGTCAATGTCCGTATC---CCGATAAATGTaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaaAATGTAC-ACTATCCCTAACGAGTAACTTCTATCGCTAGTCATGGTGTTACAAAGATAGTA--------TGATGTTTTGAGCCGTCTCAAGCTTGAGAAAGACCGCCCC-AGGCAGATATCACAGGAATGGTCAG-CAGGT-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCATATTCTAATCacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|3 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataAAACTGTCGATGTCAATGTCCATATT---CTAATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAAAATATAGAATGTATTAAATG-AGGGT-G---T-TTT-TTTAC--AA-T--T-ATCCAAA-CG-----G----GTCTCTGAGACTGATGAAAACGAGGTTAA-TATATTCAATAATAAATTAA-CATA--AAT-T-A---ATGCTCTATTTATATCATTTAGTATAAGGCACATTTTTCTATCGCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATGGTAAACGAAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAACGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTGGGAT---AG-------A---TTT-T-------AT-TATATCTCGCCT--TCAATGTGC-AATATTCCTAACGAAGAAATTCTGTCGCTGATCATGGTGTTACAAAGATGATA--GGCCTACAATGCTTTAAGCCTTCTCATGTTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCTGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-ACAACAACAGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATCaatgtc
gi|4 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCAT-----------GAATGTGTAGCTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AT--AAACCTATTGAATATATTATATG-AG--T-----T-CCA-TT--------T--T-ATTGAAA-CG-----G----ATC
gi|4 : cA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGGAATCGAG--TAA-TACAGT-AAGAACTGTCGAATCCCAGCGATGTCAGTTAGGATCGACCTACATCATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGAGTAAT-ACAGTAAG----AACTGTCGAAT--------CCCAGCGATGTCAGTTAGGAT---CG-------A---CCTAC-------AT-CATTTCTCGCCT--TCAACGctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatGTCGGCGTGAATGTGCATATC---CTGATGAATGTGCAAaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaaAATGTGC-AATATTCCTAACGTGGAAATTATATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAA--------TACAATGTTTTGGGCCTTCTCATGCTTGAGTAAGACCGCACG-AGGTAGGTGTCGCAGGtattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|5 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgAAATTGTCGACGTCAATGTTCATATT---CTGATGCATGTGTAACTGTTATCAT-GGT---------TA-AC--AGACATATTAAATGTTACAAATGTAA--C-G---C-TCTATTTATGTAATT--T-AGTATAA-CGCATATGTCCCATCTCTGAG
gi|5 : cGGTTAA-CAGAC---ATATTAAATGT--TACA--AATGT-A---ACGCTCTATTTATGTAATTTAGTATAACGCATATGT-CCCATCTCTGAGCAG-----TAGGATAATAGCTGTCATAGTAAACGCAACATTTTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGCCATATGACGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGAT---AG-------A----AA-A-------AA-TATTTCTCACCT--CCAACGcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatGTCGACGTCAATGTCCATATTCTCCCGATGAACGTAC-ACTGTaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaaTTCTCCCGA--TGAACGTAC-ACTGTTCCTTACAAGGAAACTTTATCGCTGGGCATGGTGTTACAAAGATAATA--------CTATGTTTTGAGCCTTGTCATGCTTGAGAAATACCGC-CGTAAGCAGCTGTCGCAAGAATGACCAGACAGGT-T-G-GCAACAACAGCTTGGTACATAGtccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|6 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccataAAACTGTCGATATTAATGTCCATATT---TAGATGAATGTGTAACTGCAATCAT-GTTTATATATCACATATTGAAACACATTAAACATATCAAATG-AG--T-T---G-TTT-TAAA---AA-G--T-ATCAAAAACG-----G----ATCTTTGAGACTGA---------GGTTGA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--GA-GT-T---AGGCTCTATTTGTATCATTTAGTATAATGCACATTTTCC-ATCTGTAAGCAG-----TA-----ATTGCTGTCATAGTAACCGCAA----TTATGAGTTATAACAGTAAG----AACTGACAAATTGCTTTATTCCAGCGATATCGGCAAGGAT---AG-------ATTTTCT-T--------T-TATTTCTCACAT--TCAATGTGCAAATATTCCTAACGAGGGAATTATATCGCTGATCATGGTGATACGCATATAATAGGG--ATACTGTGTTTTGGGCCTACTCATGCTTCAGAAAGACCGAACG-ATGTATATGCCGCAGG
gi|7 : cTTAATGTCTATATC---GTGATGAATGTGCAA
gi|7 : acattgatcgccaaattgaatAATGTGC-AATATTCCTAATGAGGAAA----ATCGCTGGTCACGGTATTACCAAGATAATA-----CTAC---GTTTTGAGTCTTCTCAT-----------ACCGCATG-AGGTAGATATGGCAGGACTGATCAA-CAGGG-T-TTGCAACAACTGCTTGATACATTGGTATGCATTCAGATTCTAATCtattcctaatgaggaaaatcgctggtcacggtattaccaagataatactacgttttgagtcttctcataccgcatgaggtagatatggcaggactgatcaacagggtttgcaacaactgcttgatacattggtatgcattcagattctaatctagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : acattgatcgccaaattgaatttaatgtctatatcgtgatgCAATGTCAACGTCCTTATA---CCGATGAACGTGCAAtagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcaCAAGGAAATGCTATCGCTAGCCATGGTGTTACAAAGATAATA-----CTA-TATGTTT-AAGCCTTAACAAGCTTGAGAAAGACCGCCCT-AGGCAGATTTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-TGT-GCAACAACCGCTTGATATATGGATATGCATCCAGATTCTAATCggaaatgctatcgctagccatggtgttacaaagataatactatatgtttaagccttaacaagcttgagaaagaccgccctaggcagatttcgcaggaatggtcagcagggtgtgcaacaaccgcttgatatatggatatgcatccagattctaatctagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
gi|9 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcacaatgtcaacgtccttataccgatgaacgtgAAACTGTTGGCTTCAATGTCCATATT---CTGATGTATGTGTAGCTTTAATCAT-GGCTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAGATG-AG--TTG---TCTTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----TTCTCTGAGACTGGTGAAAGCTAGGTAAA-TATCTTCAATAATAGATGAA-TACA--ACTGT-A---AGGCTTTATT------ATTTGGTATAATGCACATTT-CCTGTCACTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTTATAATATACTCAA----TTATGAGTTAATACATTAAG----AACTGTCGAATAGCATTATTTCAGCGATGTCAGTTACGAT---AG-------A---tagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCGGGCCTACACAGCCTAAAGGTAGCTACGCATTT
Unaligned ( gi|17 ): CCCGGGTCCACACGGCTTAAAGGCAGCTACGCCTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 1111111111 11 11111 11111 11111 1111 55555555555555555555555555 44444444
lowQualScore : 555 2 4 4 4 4 66 5 2222222222 5 3 555 8888 5 5 3333333333 1 3 1 0 5 4 1 1 00 77 0 00000 0 1 88 3 44444 44444 4444 1 9999 2 22222222222222222222222222 66 1 5 2 22222222 3 5 6 6 888 1
lowQualScore : ... . . . . . .. . .......... . . ... .... . . .......... . . . . . . . . .. .. . ..... . . .. . ..... ..... .... . .... . .......................... .. . . . ........ . . . . ... .
lowQualScore : 000 7 4 6 4 4 11 7 6666666666 7 9 777 0000 7 0 1111111111 8 3 0 7 7 3 7 7 99 99 1 44444 3 0 33 7 33333 33333 2222 7 4444 9 88888888888888888888888888 11 7 7 6 99999999 1 0 7 7 333 0
consensus : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG-----AAAT-N---------A--T-TATTTCTCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
Reference ( family-74 ) : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG-----ANNT-C---------A--T-TATTTCTCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
gi|1 : AACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTATAATTGTAAGTATAGGTT-TGT-TCCTA-AC--AACCCTATTGAATATATTAAATG-AGT-T-GATTT-TTT-TTCA---AA-TAATAATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGGCTAATGAAAACGAGCTTAATTATATTCAATAATAAATGAT-CAAA--AATGA-A---CGGCTACATATTTATTATTTTGTATAAAGCACATTTT-CCACCTCGAAGCAG-----TA-----AAAGCTGACATAGTAATAACAA----TTACAAGTTATTGTTGTAAGAACAAACTGTCGAATGGCGTTATTCTATTGATGTCAGTTAGGATAGAAAAAAAAT-CTCGAGGCAAA--TACACTGATCACTTAGTCAATAT-C-CATA-TCCTAACTAGGAAATAATATCGGTTGCCATGGTGTTTCAAAGATAA-A-----ACTATGTTTTGAGCATTTTCATGCTTGAGAAAGACCACACG-AGGTAGATGTCGCAAGAACGATTAA-AAGGGTT-T-GCAACAACCGCTTGTTACATGGATATGCATCCAGATTATAATC
gi|10 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CTGA------TGTAACTGTAATCAT-GGTT-----------------ACATATTGAATGTAaagtgtgtccgtcaataccgtcggtgccacaaggttgttgcatttttcgaaaagatttgtaggcccgggtcttacacggcataatggcagctaaacct
gi|10 : cTGTAATCATGGTTA--CATATTGAATG-TAG------CACA--AACGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACA-TTTCCCATCTCTAAGCAGAAGGCTA-----ATAGCAGTCATAGTgcacaaacgtaaggctctatttatatcatttagtataatgcacatttcccatctctaagcagaaggctaatagcagtcatagt
gi|11 : caaactgccgacgtcaatgtccatattctgatgtaacAAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CTGATGAATGTGTAATATTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAATCTATTGAATATATAAAATG-AG--T-----T-TTT-CTTA---AA-T--T-ACTAAAA-AG-----G----ATCTCTGAGACTGAT
gi|12 : cAGTAAG----AACTGTCAAGTGAGGTTATTTCAGTGATGTCAGTTAGGATGG-----AAAA-A---------A--G-AATTTCGCGCCT--TTAACG
gi|13 : ttatgAGTTAG----AACTGTTAATTGGGGTTATTCCAGCGATGTCATTTAGGATTG-----AAA--A---------A--T-AATTTCACGCCT--TTAACGaggcaaacacattgatcacct
gi|14 : tatgTATGTGGCTGATCATGGTGTTACAAAGATAATAGGCCTGCTATGaggcaaatacattgatcacct
gi|15 : aacaaagataataggtctgcTAGATATGCATCCCGATTCTAATC
gi|2 : AAATTGTCGACGTCAATGTCGA-ATT---CTGATGCATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACtagtgtgtccgccaatgccgtcggtatcacaag
gi|2 : cCTAAGCAG-----TA-----ATAATTGTCATAGTAAACGCAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATTGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTAGGATAGAAAA-AAAT-C---------A--T-TA---CTCGCTT--TCAGCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGGACGTCAATGTCCGTATC---CCGATAAATGTaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaaAATGTAC-ACTATCCCTAACGAGTAACTTCTATCGCTAGTCATGGTGTTACAAAGATAGTA----TG--ATGTTTTGAGCCGTCTCAAGCTTGAGAAAGACCGCCCC-AGGCAGATATCACAGGAATGGTCAG-CAGGT-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCATATTCTAATCacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|3 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataAAACTGTCGATGTCAATGTCCATATT---CTAATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAAAATATAGAATGTATTAAATG-AGGGT-G---T-TTT-TTTAC--AA-T--T-ATCCAAA-CG-----G----GTCTCTGAGACTGATGAAAACGAGGTTAA-TATATTCAATAATAAATTAA-CATA--AAT-T-A---ATGCTCTATTTATATCATTTAGTATAAGGCACATTTTTCTATCGCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATGGTAAACGAAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAACGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTGGGATAG-----ATTT-T---------A--T-TATATCTCGCCT--TCAATGTGC-AATATTCCTAACGAAGAAATTCTGTCGCTGATCATGGTGTTACAAAGATGATAGGCCTACAATGCTTTAAGCCTTCTCATGTTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCTGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-ACAACAACAGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATCaatgtc
gi|4 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCAT-----------GAATGTGTAGCTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AT--AAACCTATTGAATATATTATATG-AG--T-----T-CCA-TT--------T--T-ATTGAAA-CG-----G----ATC
gi|4 : cA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGGAATCGAG--TAA-TACAGT-AAGAACTGTCGAATCCCAGCGATGTCAGTTAGGATCGACCTACATCATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGAGTAAT-ACAGTAAG----AACTGTCGAAT--------CCCAGCGATGTCAGTTAGGATCG-----ACCTAC---------A--T-CATTTCTCGCCT--TCAACGctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatGTCGGCGTGAATGTGCATATC---CTGATGAATGTGCAAaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaaAATGTGC-AATATTCCTAACGTGGAAATTATATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---C-A--ATGTTTTGGGCCTTCTCATGCTTGAGTAAGACCGCACG-AGGTAGGTGTCGCAGGtattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|5 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgAAATTGTCGACGTCAATGTTCATATT---CTGATGCATGTGTAACTGTTATCAT-GGT---------TA-AC--AGACATATTAAATGTTACAAATGTAA--C-G---C-TCTATTTATGTAATT--T-AGTATAA-CGCATATGTCCCATCTCTGAG
gi|5 : cGGTTAA-CAGAC---ATATTAAATGT--TACA--AATGT-A---ACGCTCTATTTATGTAATTTAGTATAACGCATATGT-CCCATCTCTGAGCAG-----TAGGATAATAGCTGTCATAGTAAACGCAACATTTTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGCCATATGACGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG-----AAA--A---------A--A-TATTTCTCACCT--CCAACGcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatGTCGACGTCAATGTCCATATTCTCCCGATGAACGTAC-ACTGTaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaaTTCTCCCGA--TGAACGTAC-ACTGTTCCTTACAAGGAAACTTTATCGCTGGGCATGGTGTTACAAAGATAATA---CT---ATGTTTTGAGCCTTGTCATGCTTGAGAAATACCGC-CGTAAGCAGCTGTCGCAAGAATGACCAGACAGGT-T-G-GCAACAACAGCTTGGTACATAGtccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|6 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccataAAACTGTCGATATTAATGTCCATATT---TAGATGAATGTGTAACTGCAATCAT-GTTTATATATCACATATTGAAACACATTAAACATATCAAATG-AG--T-T---G-TTT-TAAA---AA-G--T-ATCAAAAACG-----G----ATCTTTGAGACTGA---------GGTTGA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--GA-GT-T---AGGCTCTATTTGTATCATTTAGTATAATGCACATTTTCC-ATCTGTAAGCAG-----TA-----ATTGCTGTCATAGTAACCGCAA----TTATGAGTTATAACAGTAAG----AACTGACAAATTGCTTTATTCCAGCGATATCGGCAAGGATAG-----ATTT-T---------CTTT-TATTTCTCACAT--TCAATGTGCAAATATTCCTAACGAGGGAATTATATCGCTGATCATGGTGATACGCATATAATAGGGATACTGTGTTTTGGGCCTACTCATGCTTCAGAAAGACCGAACG-ATGTATATGCCGCAGG
gi|7 : cTTAATGTCTATATC---GTGATGAATGTGCAA
gi|7 : acattgatcgccaaattgaatAATGTGC-AATATTCCTAATGAGGAAA----ATCGCTGGTCACGGTATTACCAAGATAATA---CTAC---GTTTTGAGTCTTCTCAT-----------ACCGCATG-AGGTAGATATGGCAGGACTGATCAA-CAGGG-T-TTGCAACAACTGCTTGATACATTGGTATGCATTCAGATTCTAATCtattcctaatgaggaaaatcgctggtcacggtattaccaagataatactacgttttgagtcttctcataccgcatgaggtagatatggcaggactgatcaacagggtttgcaacaactgcttgatacattggtatgcattcagattctaatctagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : acattgatcgccaaattgaatttaatgtctatatcgtgatgCAATGTCAACGTCCTTATA---CCGATGAACGTGCAAtagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcaCAAGGAAATGCTATCGCTAGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTA-TATGTTT-AAGCCTTAACAAGCTTGAGAAAGACCGCCCT-AGGCAGATTTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-TGT-GCAACAACCGCTTGATATATGGATATGCATCCAGATTCTAATCggaaatgctatcgctagccatggtgttacaaagataatactatatgtttaagccttaacaagcttgagaaagaccgccctaggcagatttcgcaggaatggtcagcagggtgtgcaacaaccgcttgatatatggatatgcatccagattctaatctagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
gi|9 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcacaatgtcaacgtccttataccgatgaacgtgAAACTGTTGGCTTCAATGTCCATATT---CTGATGTATGTGTAGCTTTAATCAT-GGCTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAGATG-AG--TTG---TCTTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----TTCTCTGAGACTGGTGAAAGCTAGGTAAA-TATCTTCAATAATAGATGAA-TACA--ACTGT-A---AGGCTTTATT------ATTTGGTATAATGCACATTT-CCTGTCACTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTTATAATATACTCAA----TTATGAGTTAATACATTAAG----AACTGTCGAATAGCATTATTTCAGCGATGTCAGTTACGATAG-----Atagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCGGGCCTACACAGCCTAAAGGTAGCTACGCATTT
Unaligned ( gi|17 ): CCCGGGTCCACACGGCTTAAAGGCAGCTACGCCTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 1111111111 11 11111 11111 11111 1111 2222222222 2222222222222222 33333333
lowQualScore : 555 2 4 4 4 4 66 5 2222222222 5 3 555 8888 5 5 3333333333 1 3 1 0 5 4 1 1 00 77 0 00000 0 1 88 3 44444 44444 4444 1 9999 2 4 8888888888 9999999999999999 66 1 5 2 1 44444444 3 5 6 6 888 1
lowQualScore : ... . . . . . .. . .......... . . ... .... . . .......... . . . . . . . . .. .. . ..... . . .. . ..... ..... .... . .... . . .......... ................ .. . . . . ........ . . . . ... .
lowQualScore : 000 7 4 6 4 4 11 7 6666666666 7 9 777 0000 7 0 1111111111 8 3 0 7 7 3 7 7 99 99 1 44444 3 0 33 7 33333 33333 2222 7 4444 9 4 8888888888 4444444444444444 11 7 7 6 9 88888888 1 0 7 7 333 0
consensus : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG-AAA--AA--TNATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
Reference ( family-74 ) : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG-AAAT-NA--TTATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
gi|1 : AACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTATAATTGTAAGTATAGGTT-TGT-TCCTA-AC--AACCCTATTGAATATATTAAATG-AGT-T-GATTT-TTT-TTCA---AA-TAATAATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGGCTAATGAAAACGAGCTTAATTATATTCAATAATAAATGAT-CAAA--AATGA-A---CGGCTACATATTTATTATTTTGTATAAAGCACATTTT-CCACCTCGAAGCAG-----TA-----AAAGCTGACATAGTAATAACAA----TTACAAGTTATTGTTGTAAGAACAAACTGTCGAATGGCGTTATTCTATTGATGTCAGTTAGGATAG-AAA--AA--AAATCTCGAGGCAAATACACTGATCACTTAGTCAATAT-C-CATA-TCCTAACTAGGAAATAATATCGGTTGCCATGGTGTTTCAAAGATAA-A-----ACTATGTTTTGAGCATTTTCATGCTTGAGAAAGACCACACG-AGGTAGATGTCGCAAGAACGATTAA-AAGGGTT-T-GCAACAACCGCTTGTTACATGGATATGCATCCAGATTATAATC
gi|10 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CTGA------TGTAACTGTAATCAT-GGTT-----------------ACATATTGAATGTAaagtgtgtccgtcaataccgtcggtgccacaaggttgttgcatttttcgaaaagatttgtaggcccgggtcttacacggcataatggcagctaaacct
gi|10 : cTGTAATCATGGTTA--CATATTGAATG-TAG------CACA--AACGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACA-TTTCCCATCTCTAAGCAGAAGGCTA-----ATAGCAGTCATAGTgcacaaacgtaaggctctatttatatcatttagtataatgcacatttcccatctctaagcagaaggctaatagcagtcatagt
gi|11 : caaactgccgacgtcaatgtccatattctgatgtaacAAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CTGATGAATGTGTAATATTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAATCTATTGAATATATAAAATG-AG--T-----T-TTT-CTTA---AA-T--T-ACTAAAA-AG-----G----ATCTCTGAGACTGAT
gi|12 : cAGTAAG----AACTGTCAAGTGAGGTTATTTCAGTGATGTCAGTTAGGATGG-AAAA-AA--GAATTTC----------------GCGCCT--TTAACG
gi|13 : ttatgAGTTAG----AACTGTTAATTGGGGTTATTCCAGCGATGTCATTTAGGATTG-AAA--AA--TAATTTC----------------ACGCCT--TTAACGaggcaaacacattgatcacct
gi|14 : tatgTATGTGGCTGATCATGGTGTTACAAAGATAATAGGCCTGCTATGaggcaaatacattgatcacct
gi|15 : aacaaagataataggtctgcTAGATATGCATCCCGATTCTAATC
gi|2 : AAATTGTCGACGTCAATGTCGA-ATT---CTGATGCATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACtagtgtgtccgccaatgccgtcggtatcacaag
gi|2 : cCTAAGCAG-----TA-----ATAATTGTCATAGTAAACGCAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATTGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTAGGATAGAAAAA-AA--TCATTAC----------------TCGCTT--TCAGCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGGACGTCAATGTCCGTATC---CCGATAAATGTaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaaAATGTAC-ACTATCCCTAACGAGTAACTTCTATCGCTAGTCATGGTGTTACAAAGATAGTA----TG--ATGTTTTGAGCCGTCTCAAGCTTGAGAAAGACCGCCCC-AGGCAGATATCACAGGAATGGTCAG-CAGGT-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCATATTCTAATCacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|3 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataAAACTGTCGATGTCAATGTCCATATT---CTAATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAAAATATAGAATGTATTAAATG-AGGGT-G---T-TTT-TTTAC--AA-T--T-ATCCAAA-CG-----G----GTCTCTGAGACTGATGAAAACGAGGTTAA-TATATTCAATAATAAATTAA-CATA--AAT-T-A---ATGCTCTATTTATATCATTTAGTATAAGGCACATTTTTCTATCGCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATGGTAAACGAAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAACGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTGGGATAG-ATTT-TA--TTATATC----------------TCGCCT--TCAATGTGC-AATATTCCTAACGAAGAAATTCTGTCGCTGATCATGGTGTTACAAAGATGATAGGCCTACAATGCTTTAAGCCTTCTCATGTTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCTGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-ACAACAACAGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATCaatgtc
gi|4 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCAT-----------GAATGTGTAGCTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AT--AAACCTATTGAATATATTATATG-AG--T-----T-CCA-TT--------T--T-ATTGAAA-CG-----G----ATC
gi|4 : cA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGGAATCGAG--TAA-TACAGT-AAGAACTGTCGAATCCCAGCGATGTCAGTTAGGATCGACCTACATCATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGAGTAAT-ACAGTAAG----AACTGTCGAAT--------CCCAGCGATGTCAGTTAGGATCG-ACCTACA--TCATTTC----------------TCGCCT--TCAACGctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatGTCGGCGTGAATGTGCATATC---CTGATGAATGTGCAAaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaaAATGTGC-AATATTCCTAACGTGGAAATTATATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---C-A--ATGTTTTGGGCCTTCTCATGCTTGAGTAAGACCGCACG-AGGTAGGTGTCGCAGGtattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|5 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgAAATTGTCGACGTCAATGTTCATATT---CTGATGCATGTGTAACTGTTATCAT-GGT---------TA-AC--AGACATATTAAATGTTACAAATGTAA--C-G---C-TCTATTTATGTAATT--T-AGTATAA-CGCATATGTCCCATCTCTGAG
gi|5 : cGGTTAA-CAGAC---ATATTAAATGT--TACA--AATGT-A---ACGCTCTATTTATGTAATTTAGTATAACGCATATGT-CCCATCTCTGAGCAG-----TAGGATAATAGCTGTCATAGTAAACGCAACATTTTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGCCATATGACGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG-AAA--AA--ATATTTC----------------TCACCT--CCAACGcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatGTCGACGTCAATGTCCATATTCTCCCGATGAACGTAC-ACTGTaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaaTTC----------------TCCCGA--TGAACGTAC-ACTGTTCCTTACAAGGAAACTTTATCGCTGGGCATGGTGTTACAAAGATAA------TACTATGTTTTGAGCCTTGTCATGCTTGAGAAATACCGC-CGTAAGCAGCTGTCGCAAGAATGACCAGACAGGT-T-G-GCAACAACAGCTTGGTACATAGtccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|6 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccataAAACTGTCGATATTAATGTCCATATT---TAGATGAATGTGTAACTGCAATCAT-GTTTATATATCACATATTGAAACACATTAAACATATCAAATG-AG--T-T---G-TTT-TAAA---AA-G--T-ATCAAAAACG-----G----ATCTTTGAGACTGA---------GGTTGA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--GA-GT-T---AGGCTCTATTTGTATCATTTAGTATAATGCACATTTTCC-ATCTGTAAGCAG-----TA-----ATTGCTGTCATAGTAACCGCAA----TTATGAGTTATAACAGTAAG----AACTGACAAATTGCTTTATTCCAGCGATATCGGCAAGGATAG-ATTT-TCTTTTATTTC----------------TCACAT--TCAATGTGCAAATATTCCTAACGAGGGAATTATATCGCTGATCATGGTGATACGCATATAATAGGGATACTGTGTTTTGGGCCTACTCATGCTTCAGAAAGACCGAACG-ATGTATATGCCGCAGG
gi|7 : cTTAATGTCTATATC---GTGATGAATGTGCAA
gi|7 : acattgatcgccaaattgaatAATGTGC-AATATTCCTAATGAGGAAA----ATCGCTGGTCACGGTATTACCAAGATAATA---CTAC---GTTTTGAGTCTTCTCAT-----------ACCGCATG-AGGTAGATATGGCAGGACTGATCAA-CAGGG-T-TTGCAACAACTGCTTGATACATTGGTATGCATTCAGATTCTAATCtattcctaatgaggaaaatcgctggtcacggtattaccaagataatactacgttttgagtcttctcataccgcatgaggtagatatggcaggactgatcaacagggtttgcaacaactgcttgatacattggtatgcattcagattctaatctagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : acattgatcgccaaattgaatttaatgtctatatcgtgatgCAATGTCAACGTCCTTATA---CCGATGAACGTGCAAtagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcaCAAGGAAATGCTATCGCTAGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTA-TATGTTT-AAGCCTTAACAAGCTTGAGAAAGACCGCCCT-AGGCAGATTTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-TGT-GCAACAACCGCTTGATATATGGATATGCATCCAGATTCTAATCggaaatgctatcgctagccatggtgttacaaagataatactatatgtttaagccttaacaagcttgagaaagaccgccctaggcagatttcgcaggaatggtcagcagggtgtgcaacaaccgcttgatatatggatatgcatccagattctaatctagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
gi|9 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcacaatgtcaacgtccttataccgatgaacgtgAAACTGTTGGCTTCAATGTCCATATT---CTGATGTATGTGTAGCTTTAATCAT-GGCTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAGATG-AG--TTG---TCTTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----TTCTCTGAGACTGGTGAAAGCTAGGTAAA-TATCTTCAATAATAGATGAA-TACA--ACTGT-A---AGGCTTTATT------ATTTGGTATAATGCACATTT-CCTGTCACTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTTATAATATACTCAA----TTATGAGTTAATACATTAAG----AACTGTCGAATAGCATTATTTCAGCGATGTCAGTTACGATAG-Atagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCGGGCCTACACAGCCTAAAGGTAGCTACGCATTT
Unaligned ( gi|17 ): CCCGGGTCCACACGGCTTAAAGGCAGCTACGCCTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 1111111111 11 11111 11111 11111 1111 3333333333333333333333 2222222222222222 44444444
lowQualScore : 555 2 4 4 4 4 66 5 2222222222 5 3 555 8888 5 5 3333333333 1 3 1 0 5 4 1 1 00 77 0 00000 0 1 88 3 44444 44444 4444 1 9999 2 2222222222222222222222 9999999999999999 66 1 5 2 22222222 3 5 6 6 888 1
lowQualScore : ... . . . . . .. . .......... . . ... .... . . .......... . . . . . . . . .. .. . ..... . . .. . ..... ..... .... . .... . ...................... ................ .. . . . ........ . . . . ... .
lowQualScore : 000 7 4 6 4 4 11 7 6666666666 7 9 777 0000 7 0 1111111111 8 3 0 7 7 3 7 7 99 99 1 44444 3 0 33 7 33333 33333 2222 7 4444 9 7777777777777777777777 4444444444444444 11 7 7 6 99999999 1 0 7 7 333 0
consensus : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------TNATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
Reference ( family-74 ) : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------TNATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
gi|1 : AACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTATAATTGTAAGTATAGGTT-TGT-TCCTA-AC--AACCCTATTGAATATATTAAATG-AGT-T-GATTT-TTT-TTCA---AA-TAATAATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGGCTAATGAAAACGAGCTTAATTATATTCAATAATAAATGAT-CAAA--AATGA-A---CGGCTACATATTTATTATTTTGTATAAAGCACATTTT-CCACCTCGAAGCAG-----TA-----AAAGCTGACATAGTAATAACAA----TTACAAGTTATTGTTGTAAGAACAAACTGTCGAATGGCGTTATTCTATTGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------AAATCTCGAGGCAAATACACTGATCACTTAGTCAATAT-C-CATA-TCCTAACTAGGAAATAATATCGGTTGCCATGGTGTTTCAAAGATAA-A-----ACTATGTTTTGAGCATTTTCATGCTTGAGAAAGACCACACG-AGGTAGATGTCGCAAGAACGATTAA-AAGGGTT-T-GCAACAACCGCTTGTTACATGGATATGCATCCAGATTATAATC
gi|10 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CTGA------TGTAACTGTAATCAT-GGTT-----------------ACATATTGAATGTAaagtgtgtccgtcaataccgtcggtgccacaaggttgttgcatttttcgaaaagatttgtaggcccgggtcttacacggcataatggcagctaaacct
gi|10 : cTGTAATCATGGTTA--CATATTGAATG-TAG------CACA--AACGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACA-TTTCCCATCTCTAAGCAGAAGGCTA-----ATAGCAGTCATAGTgcacaaacgtaaggctctatttatatcatttagtataatgcacatttcccatctctaagcagaaggctaatagcagtcatagt
gi|11 : caaactgccgacgtcaatgtccatattctgatgtaacAAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CTGATGAATGTGTAATATTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAATCTATTGAATATATAAAATG-AG--T-----T-TTT-CTTA---AA-T--T-ACTAAAA-AG-----G----ATCTCTGAGACTGAT
gi|12 : cAGTAAG----AACTGTCAAGTGAGGTTATTTCAGTGATGTCAGTTAGGATGGA-AA--AA----A-------GAATTTC----------------GCGCCT--TTAACG
gi|13 : ttatgAGTTAG----AACTGTTAATTGGGGTTATTCCAGCGATGTCATTTAGGATTG--AA--AA----A-------TAATTTC----------------ACGCCT--TTAACGaggcaaacacattgatcacct
gi|14 : tatgTATGTGGCTGATCATGGTGTTACAAAGATAATAGGCCTGCTATGaggcaaatacattgatcacct
gi|15 : aacaaagataataggtctgcTAGATATGCATCCCGATTCTAATC
gi|2 : AAATTGTCGACGTCAATGTCGA-ATT---CTGATGCATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACtagtgtgtccgccaatgccgtcggtatcacaag
gi|2 : cCTAAGCAG-----TA-----ATAATTGTCATAGTAAACGCAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATTGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTAGGATAGAAAA--AA----A-------TCATTAC----------------TCGCTT--TCAGCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGGACGTCAATGTCCGTATC---CCGATAAATGTaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaaAATGTAC-ACTATCCCTAACGAGTAACTTCTATCGCTAGTCATGGTGTTACAAAGATAGTA----TG--ATGTTTTGAGCCGTCTCAAGCTTGAGAAAGACCGCCCC-AGGCAGATATCACAGGAATGGTCAG-CAGGT-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCATATTCTAATCacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|3 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataAAACTGTCGATGTCAATGTCCATATT---CTAATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAAAATATAGAATGTATTAAATG-AGGGT-G---T-TTT-TTTAC--AA-T--T-ATCCAAA-CG-----G----GTCTCTGAGACTGATGAAAACGAGGTTAA-TATATTCAATAATAAATTAA-CATA--AAT-T-A---ATGCTCTATTTATATCATTTAGTATAAGGCACATTTTTCTATCGCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATGGTAAACGAAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAACGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTGGGATAG-------ATTTTA-------TTATATC----------------TCGCCT--TCAATGTGC-AATATTCCTAACGAAGAAATTCTGTCGCTGATCATGGTGTTACAAAGATGATAGGCCTACAATGCTTTAAGCCTTCTCATGTTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCTGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-ACAACAACAGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATCaatgtc
gi|4 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCAT-----------GAATGTGTAGCTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AT--AAACCTATTGAATATATTATATG-AG--T-----T-CCA-TT--------T--T-ATTGAAA-CG-----G----ATC
gi|4 : cA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGGAATCGAG--TAA-TACAGT-AAGAACTGTCGAATCCCAGCGATGTCAGTTAGGATCGACCTACATCATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGAGTAAT-ACAGTAAG----AACTGTCGAAT--------CCCAGCGATGTCAGTTAGGATCG--ACCTAC----A-------TCATTTC----------------TCGCCT--TCAACGctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatGTCGGCGTGAATGTGCATATC---CTGATGAATGTGCAAaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaaAATGTGC-AATATTCCTAACGTGGAAATTATATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---C-A--ATGTTTTGGGCCTTCTCATGCTTGAGTAAGACCGCACG-AGGTAGGTGTCGCAGGtattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|5 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgAAATTGTCGACGTCAATGTTCATATT---CTGATGCATGTGTAACTGTTATCAT-GGT---------TA-AC--AGACATATTAAATGTTACAAATGTAA--C-G---C-TCTATTTATGTAATT--T-AGTATAA-CGCATATGTCCCATCTCTGAG
gi|5 : cGGTTAA-CAGAC---ATATTAAATGT--TACA--AATGT-A---ACGCTCTATTTATGTAATTTAGTATAACGCATATGT-CCCATCTCTGAGCAG-----TAGGATAATAGCTGTCATAGTAAACGCAACATTTTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGCCATATGACGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------ATATTTC----------------TCACCT--CCAACGcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatGTCGACGTCAATGTCCATATTCTCCCGATGAACGTAC-ACTGTaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaaTTC----------------TCCCGA--TGAACGTAC-ACTGTTCCTTACAAGGAAACTTTATCGCTGGGCATGGTGTTACAAAGATAATA---CT---ATGTTTTGAGCCTTGTCATGCTTGAGAAATACCGC-CGTAAGCAGCTGTCGCAAGAATGACCAGACAGGT-T-G-GCAACAACAGCTTGGTACATAGtccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|6 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccataAAACTGTCGATATTAATGTCCATATT---TAGATGAATGTGTAACTGCAATCAT-GTTTATATATCACATATTGAAACACATTAAACATATCAAATG-AG--T-T---G-TTT-TAAA---AA-G--T-ATCAAAAACG-----G----ATCTTTGAGACTGA---------GGTTGA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--GA-GT-T---AGGCTCTATTTGTATCATTTAGTATAATGCACATTTTCC-ATCTGTAAGCAG-----TA-----ATTGCTGTCATAGTAACCGCAA----TTATGAGTTATAACAGTAAG----AACTGACAAATTGCTTTATTCCAGCGATATCGGCAAGGATAG------------ATTTTCTTTTATTTC----------------TCACAT--TCAATGTGCAAATATTCCTAACGAGGGAATTATATCGCTGATCATGGTGATACGCATATAATAGGGATACTGTGTTTTGGGCCTACTCATGCTTCAGAAAGACCGAACG-ATGTATATGCCGCAGG
gi|7 : cTTAATGTCTATATC---GTGATGAATGTGCAA
gi|7 : acattgatcgccaaattgaatAATGTGC-AATATTCCTAATGAGGAAA----ATCGCTGGTCACGGTATTACCAAGATAATA---CTAC---GTTTTGAGTCTTCTCAT-----------ACCGCATG-AGGTAGATATGGCAGGACTGATCAA-CAGGG-T-TTGCAACAACTGCTTGATACATTGGTATGCATTCAGATTCTAATCtattcctaatgaggaaaatcgctggtcacggtattaccaagataatactacgttttgagtcttctcataccgcatgaggtagatatggcaggactgatcaacagggtttgcaacaactgcttgatacattggtatgcattcagattctaatctagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : acattgatcgccaaattgaatttaatgtctatatcgtgatgCAATGTCAACGTCCTTATA---CCGATGAACGTGCAAtagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcaCAAGGAAATGCTATCGCTAGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTA-TATGTTT-AAGCCTTAACAAGCTTGAGAAAGACCGCCCT-AGGCAGATTTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-TGT-GCAACAACCGCTTGATATATGGATATGCATCCAGATTCTAATCggaaatgctatcgctagccatggtgttacaaagataatactatatgtttaagccttaacaagcttgagaaagaccgccctaggcagatttcgcaggaatggtcagcagggtgtgcaacaaccgcttgatatatggatatgcatccagattctaatctagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
gi|9 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcacaatgtcaacgtccttataccgatgaacgtgAAACTGTTGGCTTCAATGTCCATATT---CTGATGTATGTGTAGCTTTAATCAT-GGCTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAGATG-AG--TTG---TCTTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----TTCTCTGAGACTGGTGAAAGCTAGGTAAA-TATCTTCAATAATAGATGAA-TACA--ACTGT-A---AGGCTTTATT------ATTTGGTATAATGCACATTT-CCTGTCACTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTTATAATATACTCAA----TTATGAGTTAATACATTAAG----AACTGTCGAATAGCATTATTTCAGCGATGTCAGTTACGATAG--Atagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCGGGCCTACACAGCCTAAAGGTAGCTACGCATTT
Unaligned ( gi|17 ): CCCGGGTCCACACGGCTTAAAGGCAGCTACGCCTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111 1111111111 11 11111 11111 11111 1111 3333333333333333333333 2222222222222222 44444444
lowQualScore : 555 2 4 4 4 4 66 5 2222222222 5 3 555 8888 5 5 3333333333 1 3 1 0 5 4 1 1 00 77 0 00000 0 1 88 3 44444 44444 4444 1 9999 2 2222222222222222222222 9999999999999999 66 1 5 2 22222222 3 5 6 6 888 1
lowQualScore : ... . . . . . .. . .......... . . ... .... . . .......... . . . . . . . . .. .. . ..... . . .. . ..... ..... .... . .... . ...................... ................ .. . . . ........ . . . . ... .
lowQualScore : 000 7 4 6 4 4 11 7 6666666666 7 9 777 0000 7 0 1111111111 8 3 0 7 7 3 7 7 99 99 1 44444 3 0 33 7 33333 33333 2222 7 4444 9 7777777777777777777777 4444444444444444 11 7 7 6 99999999 1 0 7 7 333 0
consensus : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------TNATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
Reference ( family-74 ) : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------TNATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
gi|1 : AACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTATAATTGTAAGTATAGGTT-TGT-TCCTA-AC--AACCCTATTGAATATATTAAATG-AGT-T-GATTT-TTT-TTCA---AA-TAATAATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGGCTAATGAAAACGAGCTTAATTATATTCAATAATAAATGAT-CAAA--AATGA-A---CGGCTACATATTTATTATTTTGTATAAAGCACATTTT-CCACCTCGAAGCAG-----TA-----AAAGCTGACATAGTAATAACAA----TTACAAGTTATTGTTGTAAGAACAAACTGTCGAATGGCGTTATTCTATTGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------AAATCTCGAGGCAAATACACTGATCACTTAGTCAATAT-C-CATA-TCCTAACTAGGAAATAATATCGGTTGCCATGGTGTTTCAAAGATAA-A-----ACTATGTTTTGAGCATTTTCATGCTTGAGAAAGACCACACG-AGGTAGATGTCGCAAGAACGATTAA-AAGGGTT-T-GCAACAACCGCTTGTTACATGGATATGCATCCAGATTATAATC
gi|10 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CTGA------TGTAACTGTAATCAT-GGTT-----------------ACATATTGAATGTAaagtgtgtccgtcaataccgtcggtgccacaaggttgttgcatttttcgaaaagatttgtaggcccgggtcttacacggcataatggcagctaaacct
gi|10 : cTGTAATCATGGTTA--CATATTGAATG-TAG------CACA--AACGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACA-TTTCCCATCTCTAAGCAGAAGGCTA-----ATAGCAGTCATAGTgcacaaacgtaaggctctatttatatcatttagtataatgcacatttcccatctctaagcagaaggctaatagcagtcatagt
gi|11 : caaactgccgacgtcaatgtccatattctgatgtaacAAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CTGATGAATGTGTAATATTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAATCTATTGAATATATAAAATG-AG--T-----T-TTT-CTTA---AA-T--T-ACTAAAA-AG-----G----ATCTCTGAGACTGAT
gi|12 : cAGTAAG----AACTGTCAAGTGAGGTTATTTCAGTGATGTCAGTTAGGATGGA-AA--AA----A-------GAATTTC----------------GCGCCT--TTAACG
gi|13 : ttatgAGTTAG----AACTGTTAATTGGGGTTATTCCAGCGATGTCATTTAGGATTG--AA--AA----A-------TAATTTC----------------ACGCCT--TTAACGaggcaaacacattgatcacct
gi|14 : tatgTATGTGGCTGATCATGGTGTTACAAAGATAATAGGCCTGCTATGaggcaaatacattgatcacct
gi|15 : aacaaagataataggtctgcTAGATATGCATCCCGATTCTAATC
gi|2 : AAATTGTCGACGTCAATGTCGA-ATT---CTGATGCATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACtagtgtgtccgccaatgccgtcggtatcacaag
gi|2 : cCTAAGCAG-----TA-----ATAATTGTCATAGTAAACGCAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATTGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTAGGATAGAAAA--AA----A-------TCATTAC----------------TCGCTT--TCAGCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGGACGTCAATGTCCGTATC---CCGATAAATGTaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaaAATGTAC-ACTATCCCTAACGAGTAACTTCTATCGCTAGTCATGGTGTTACAAAGATAGTA----TG--ATGTTTTGAGCCGTCTCAAGCTTGAGAAAGACCGCCCC-AGGCAGATATCACAGGAATGGTCAG-CAGGT-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCATATTCTAATCacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|3 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataAAACTGTCGATGTCAATGTCCATATT---CTAATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAAAATATAGAATGTATTAAATG-AGGGT-G---T-TTT-TTTAC--AA-T--T-ATCCAAA-CG-----G----GTCTCTGAGACTGATGAAAACGAGGTTAA-TATATTCAATAATAAATTAA-CATA--AAT-T-A---ATGCTCTATTTATATCATTTAGTATAAGGCACATTTTTCTATCGCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATGGTAAACGAAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAACGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTGGGATAG-------ATTTTA-------TTATATC----------------TCGCCT--TCAATGTGC-AATATTCCTAACGAAGAAATTCTGTCGCTGATCATGGTGTTACAAAGATGATAGGCCTACAATGCTTTAAGCCTTCTCATGTTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCTGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-ACAACAACAGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATCaatgtc
gi|4 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCAT-----------GAATGTGTAGCTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AT--AAACCTATTGAATATATTATATG-AG--T-----T-CCA-TT--------T--T-ATTGAAA-CG-----G----ATC
gi|4 : cA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGGAATCGAG--TAA-TACAGT-AAGAACTGTCGAATCCCAGCGATGTCAGTTAGGATCGACCTACATCATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGAGTAAT-ACAGTAAG----AACTGTCGAAT--------CCCAGCGATGTCAGTTAGGATCG--ACCTAC----A-------TCATTTC----------------TCGCCT--TCAACGctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatGTCGGCGTGAATGTGCATATC---CTGATGAATGTGCAAaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaaAATGTGC-AATATTCCTAACGTGGAAATTATATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---C-A--ATGTTTTGGGCCTTCTCATGCTTGAGTAAGACCGCACG-AGGTAGGTGTCGCAGGtattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|5 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgAAATTGTCGACGTCAATGTTCATATT---CTGATGCATGTGTAACTGTTATCAT-GGT---------TA-AC--AGACATATTAAATGTTACAAATGTAA--C-G---C-TCTATTTATGTAATT--T-AGTATAA-CGCATATGTCCCATCTCTGAG
gi|5 : cGGTTAA-CAGAC---ATATTAAATGT--TACA--AATGT-A---ACGCTCTATTTATGTAATTTAGTATAACGCATATGT-CCCATCTCTGAGCAG-----TAGGATAATAGCTGTCATAGTAAACGCAACATTTTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGCCATATGACGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------ATATTTC----------------TCACCT--CCAACGcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatGTCGACGTCAATGTCCATATTCTCCCGATGAACGTAC-ACTGTaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaaTTC----------------TCCCGA--TGAACGTAC-ACTGTTCCTTACAAGGAAACTTTATCGCTGGGCATGGTGTTACAAAGATAATA---CT---ATGTTTTGAGCCTTGTCATGCTTGAGAAATACCGC-CGTAAGCAGCTGTCGCAAGAATGACCAGACAGGT-T-G-GCAACAACAGCTTGGTACATAGtccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|6 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccataAAACTGTCGATATTAATGTCCATATT---TAGATGAATGTGTAACTGCAATCAT-GTTTATATATCACATATTGAAACACATTAAACATATCAAATG-AG--T-T---G-TTT-TAAA---AA-G--T-ATCAAAAACG-----G----ATCTTTGAGACTGA---------GGTTGA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--GA-GT-T---AGGCTCTATTTGTATCATTTAGTATAATGCACATTTTCC-ATCTGTAAGCAG-----TA-----ATTGCTGTCATAGTAACCGCAA----TTATGAGTTATAACAGTAAG----AACTGACAAATTGCTTTATTCCAGCGATATCGGCAAGGATAG------------ATTTTCTTTTATTTC----------------TCACAT--TCAATGTGCAAATATTCCTAACGAGGGAATTATATCGCTGATCATGGTGATACGCATATAATAGGGATACTGTGTTTTGGGCCTACTCATGCTTCAGAAAGACCGAACG-ATGTATATGCCGCAGG
gi|7 : cTTAATGTCTATATC---GTGATGAATGTGCAA
gi|7 : acattgatcgccaaattgaatAATGTGC-AATATTCCTAATGAGGAAA----ATCGCTGGTCACGGTATTACCAAGATAATA---CTAC---GTTTTGAGTCTTCTCAT-----------ACCGCATG-AGGTAGATATGGCAGGACTGATCAA-CAGGG-T-TTGCAACAACTGCTTGATACATTGGTATGCATTCAGATTCTAATCtattcctaatgaggaaaatcgctggtcacggtattaccaagataatactacgttttgagtcttctcataccgcatgaggtagatatggcaggactgatcaacagggtttgcaacaactgcttgatacattggtatgcattcagattctaatctagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : acattgatcgccaaattgaatttaatgtctatatcgtgatgCAATGTCAACGTCCTTATA---CCGATGAACGTGCAAtagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcaCAAGGAAATGCTATCGCTAGCCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTA-TATGTTT-AAGCCTTAACAAGCTTGAGAAAGACCGCCCT-AGGCAGATTTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-TGT-GCAACAACCGCTTGATATATGGATATGCATCCAGATTCTAATCggaaatgctatcgctagccatggtgttacaaagataatactatatgtttaagccttaacaagcttgagaaagaccgccctaggcagatttcgcaggaatggtcagcagggtgtgcaacaaccgcttgatatatggatatgcatccagattctaatctagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
gi|9 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcacaatgtcaacgtccttataccgatgaacgtgAAACTGTTGGCTTCAATGTCCATATT---CTGATGTATGTGTAGCTTTAATCAT-GGCTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAGATG-AG--TTG---TCTTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----TTCTCTGAGACTGGTGAAAGCTAGGTAAA-TATCTTCAATAATAGATGAA-TACA--ACTGT-A---AGGCTTTATT------ATTTGGTATAATGCACATTT-CCTGTCACTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTTATAATATACTCAA----TTATGAGTTAATACATTAAG----AACTGTCGAATAGCATTATTTCAGCGATGTCAGTTACGATAG--Atagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
blockSeqs : CTC T . A A T TG T GGTGT A T TGT TT . A CATATGTCCC T T A . G A A AT GC CAGTT T TC C AAGGC GGATA CATT T . G ATTTTCTTTT . . A A A GGCCTGCT C T A . TT C
blockSeqs : . T . A . . . . TTGTC . T C T . . G A A G . C A T A . A G TT T . . . T . G AAAAAAATC . . G . C GGCCTACA A . . . GT A
blockSeqs : . T . A . . . . CGC . T . T . . G G T G . C T A A . A C TC C . . . T . T ACCTACATC . . G . C GGGATACT A . . . T A
blockSeqs : . C . A . . . . TTG . A . T . . G A G T . C A A A . A T C T . . . A . G AAAAAAGA . . A . A CTAC A . . . T T
blockSeqs : . T . A . . . . TT . T . G . . G . . . . . A A . . T T C . . . . T . G ATTTTATT . . G . T CTAT A . . . G C
blockSeqs : . T . A . . . . TT . . . T . . G . . . . . . A . . . . T AAAAATA . . G . A TG C .
blockSeqs : . T . . . . . . G . A AAAAAAT . . C CA . .
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . CT
blockSeqs : . A
blockSeqs : . T
blockSeqs : . C
blockSeqs : . T
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TGTG****** T*** TC **** AAAAATN*************** **************** ** GCTAC***
originalCons : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AG--T-G---T-TTT-TTTA---AA-T--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------TNATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA---CTACTATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
finalCons : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AGTGTG------TTT-TTTA---AAT---T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAGAAAAATN---------------ATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATAGCTAC---ATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCGGGCCTACACAGCCTAAAGGTAGCTACGCATTT
Unaligned ( gi|17 ): CCCGGGTCCACACGGCTTAAAGGCAGCTACGCCTT
Alignments
lowQualScore : 44444444444 1111111111 11 11111 11111 11111 1111 3333333333333333333333 2222222222222222 4444444444
lowQualScore : 555 2 4 4 4 4 66 5 77777777777 5 999 77 5 5 3333333333 1 3 1 0 5 4 1 1 00 77 0 00000 0 1 88 3 44444 44444 4444 1 9999 2 2222222222222222222222 9999999999999999 66 1 5 2 9999999999 3 5 6 6 888 1
lowQualScore : ... . . . . . .. . ........... . ... .. . . .......... . . . . . . . . .. .. . ..... . . .. . ..... ..... .... . .... . ...................... ................ .. . . . .......... . . . . ... .
lowQualScore : 000 7 4 6 4 4 11 7 44444444444 7 444 99 7 0 1111111111 8 3 0 7 7 3 7 7 99 99 1 44444 3 0 33 7 33333 33333 2222 7 4444 9 7777777777777777777777 4444444444444444 11 7 7 6 9999999999 1 0 7 7 333 0
consensus : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AGT-G---TG----TTT-TTT-A-AAT--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------TNATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA--G--CTAC-ATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
Reference ( family-74 ) : AAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAAATG-AGT-G---TG----TTT-TTT-A-AAT--T-ATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGAAANCGAGGTTAA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--AATGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAANGCACATTTTCCCATCTCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATAGTAAACGCAA----TTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------TNATTTC----------------TCGCCT--TCAACGTGC-AATATTCCTAACGAGGAAATTNTATCGCTGGTCATGGTGTTACAAAGATAATA--G--CTAC-ATGTTTTGAGCCTTCTCATGCTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATC
gi|1 : AACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CCGATGAATGTATAATTGTAAGTATAGGTT-TGT-TCCTA-AC--AACCCTATTGAATATATTAAATG-AGT-----TGATTTTTT-TTC-A-AATAATAATTAAAA-CG-----G----ATCTCTGAGGCTAATGAAAACGAGCTTAATTATATTCAATAATAAATGAT-CAAA--AATGA-A---CGGCTACATATTTATTATTTTGTATAAAGCACATTTT-CCACCTCGAAGCAG-----TA-----AAAGCTGACATAGTAATAACAA----TTACAAGTTATTGTTGTAAGAACAAACTGTCGAATGGCGTTATTCTATTGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------AAATCTCGAGGCAAATACACTGATCACTTAGTCAATAT-C-CATA-TCCTAACTAGGAAATAATATCGGTTGCCATGGTGTTTCAAAGATAA-A--A--CT---ATGTTTTGAGCATTTTCATGCTTGAGAAAGACCACACG-AGGTAGATGTCGCAAGAACGATTAA-AAGGGTT-T-GCAACAACCGCTTGTTACATGGATATGCATCCAGATTATAATC
gi|10 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCATATT---CTGA------TGTAACTGTAATCAT-GGTT-----------------ACATATTGAATGTAaagtgtgtccgtcaataccgtcggtgccacaaggttgttgcatttttcgaaaagatttgtaggcccgggtcttacacggcataatggcagctaaacct
gi|10 : cTGTAATCATGGTTA--CATATTGAATG-TAG------CACA--AACGT-A---AGGCTCTATTTATATCATTTAGTATAATGCACA-TTTCCCATCTCTAAGCAGAAGGCTA-----ATAGCAGTCATAGTgcacaaacgtaaggctctatttatatcatttagtataatgcacatttcccatctctaagcagaaggctaatagcagtcatagt
gi|11 : caaactgccgacgtcaatgtccatattctgatgtaacAAACTGTCGACGTCAATGTCCATATT---CTGATGAATGTGTAATATTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAATCTATTGAATATATAAAATG-AGT-----T-----TTT-CTT-A-AAT--T-ACTAAAA-AG-----G----ATCTCTGAGACTGAT
gi|12 : cAGTAAG----AACTGTCAAGTGAGGTTATTTCAGTGATGTCAGTTAGGATGGA-AA--AA----A-------GAATTTC----------------GCGCCT--TTAACG
gi|13 : ttatgAGTTAG----AACTGTTAATTGGGGTTATTCCAGCGATGTCATTTAGGATTG--AA--AA----A-------TAATTTC----------------ACGCCT--TTAACGaggcaaacacattgatcacct
gi|14 : tatgTATGTGGCTGATCATGGTGTTACAAAGATAATA--G--aggcaaatacattgatcacct
gi|15 : aacaaagataataggtctgcTAGATATGCATCCCGATTCTAATCgcctgctatg
gi|2 : AAATTGTCGACGTCAATGTCGA-ATT---CTGATGCATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAACtagtgtgtccgccaatgccgtcggtatcacaag
gi|2 : cCTAAGCAG-----TA-----ATAATTGTCATAGTAAACGCAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAATTGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTAGGATAGAAAA--AA----A-------TCATTAC----------------TCGCTT--TCAGCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGGACGTCAATGTCCGTATC---CCGATAAATGTaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataaatgtacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|2 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaaAATGTAC-ACTATCCCTAACGAGTAACTTCTATCGCTAGTCATGGTGTTACAAAGATAGTA------TG--ATGTTTTGAGCCGTCTCAAGCTTGAGAAAGACCGCCCC-AGGCAGATATCACAGGAATGGTCAG-CAGGT-T-T-GCAACAACCGCTTGATACATGGATATGCATCCATATTCTAATCacactatccctaacgagtaacttctatcgctagtcatggtgttacaaagatagtatgatgttttgagccgtctcaagcttgagaaagaccgccccaggcagatatcacaggaatggtcagcaggtttgcaacaaccgcttgatacatggatatgcatccatattctaatcaatgtc
gi|3 : caaattgtcgacgtcaatgtcgaattctgatgcatgtgtaactgtaatcatggttatattcctaacaaaccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctaagcagtaataattgtcatagtaaacgcaattatgagttattacagtaagaactgtcgaattgcgttattccagcgatgtcagctaggatagaaaaaaatcattactcgctttcagcgaggtcaacacattgatcaccaagtggacgtcaatgtccgtatcccgataAAACTGTCGATGTCAATGTCCATATT---CTAATGAATGTGTAACTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AC--AAAAATATAGAATGTATTAAATG-AGG-G---TG----TTT-TTTTACAAT--T-ATCCAAA-CG-----G----GTCTCTGAGACTGATGAAAACGAGGTTAA-TATATTCAATAATAAATTAA-CATA--AAT-T-A---ATGCTCTATTTATATCATTTAGTATAAGGCACATTTTTCTATCGCTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTCATGGTAAACGAAA----TTATGAGTTATTACAGTAAG----AACTGTCGAACGGCGTTATTCCAGCGATGTCAGCTGGGATAG-------ATTTTA-------TTATATC----------------TCGCCT--TCAATGTGC-AATATTCCTAACGAAGAAATTCTGTCGCTGATCATGGTGTTACAAAGATGATA--GGCCTACAATGCTTTAAGCCTTCTCATGTTTGAGAAAGACCGCACG-AGGTAGATGTCGCTGGAATGGTCAG-CAGGG-T-T-ACAACAACAGCTTGATACATGGATATGCATCCAGATTCTAATCaatgtc
gi|4 : AAACTGCCGACGTCAATGTCCAT-----------GAATGTGTAGCTGTAATCAT-GGTTATAT-TCCTA-AT--AAACCTATTGAATATATTATATG-AGT-----------TCC-ATT-----T--T-ATTGAAA-CG-----G----ATC
gi|4 : cA-CG-----G----ATCTCTGAGACTGATGGAATCGAG--TAA-TACAGT-AAGAACTGTCGAATCCCAGCGATGTCAGTTAGGATCGACCTACATCATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGAGTAAT-ACAGTAAG----AACTGTCGAAT--------CCCAGCGATGTCAGTTAGGATCG--ACCTAC----A-------TCATTTC----------------TCGCCT--TCAACGctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatGTCGGCGTGAATGTGCATATC---CTGATGAATGTGCAAaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgaatgtgcaatattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|4 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaaAATGTGC-AATATTCCTAACGTGGAAATTATATCGCTGGCCATGGTGTTACAAAGATAATA------CA--ATGTTTTGGGCCTTCTCATGCTTGAGTAAGACCGCACG-AGGTAGGTGTCGCAGGtattcctaacgtggaaattatatcgctggccatggtgttacaaagataatacaatgttttgggccttctcatgcttgagtaagaccgcacgaggtaggtgtcgcagg
gi|5 : caaactgccgacgtcaatgtccatgaatgtgtagctgtaatcatggttatattcctaataaacctattgaatatattatatgagttccattttattgaaacggatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacggatctctgagactgatggaatcgagtaatacagtaagaactgtcgaatcccagcgatgtcagttaggatcgacctacatcatttctcgccttcaacgaggcaaacattgatcaccaagtcggcgtgaatgtgcatatcctgatgAAATTGTCGACGTCAATGTTCATATT---CTGATGCATGTGTAACTGTTATCAT-GGT---------TA-AC--AGACATATTAAATGTTACAAATGTAAC-GCTCTA----TTTATGT-A-ATT--T-AGTATAA-CGCATATGTCCCATCTCTGAG
gi|5 : cGGTTAA-CAGAC---ATATTAAATGT--TACA--AATGT-A---ACGCTCTATTTATGTAATTTAGTATAACGCATATGT-CCCATCTCTGAGCAG-----TAGGATAATAGCTGTCATAGTAAACGCAACATTTTACGAGTTATTACAGTAAG----AACTGCCATATGACGTTATTCCAGCGATGTCAGTTAGGATAG--AA--AA----A-------ATATTTC----------------TCACCT--CCAACGcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatGTCGACGTCAATGTCCATATTCTCCCGATGAACGTAC-ACTGTaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccatattctcccgatgaacgtacactgttccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|5 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaaTTC----------------TCCCGA--TGAACGTAC-ACTGTTCCTTACAAGGAAACTTTATCGCTGGGCATGGTGTTACAAAGATAATA-----CT---ATGTTTTGAGCCTTGTCATGCTTGAGAAATACCGC-CGTAAGCAGCTGTCGCAAGAATGACCAGACAGGT-T-G-GCAACAACAGCTTGGTACATAGtccttacaaggaaactttatcgctgggcatggtgttacaaagataatactatgttttgagccttgtcatgcttgagaaataccgccgtaagcagctgtcgcaagaatgaccagacaggttggcaacaacagcttggtacatag
gi|6 : caaattgtcgacgtcaatgttcatattctgatgcatgtgtaactgttatcatggttaacagacatattaaatgttacaaatgtaacgctctatttatgtaatttagtataacgcatatgtcccatctctgagcagtaggataatagctgtcatagtaaacgcaacattttacgagttattacagtaagaactgccatatgacgttattccagcgatgtcagttaggatagaaaaaatatttctcacctccaacgaggcgaacacattgatcaccaagtcgacgtcaatgtccataAAACTGTCGATATTAATGTCCATATT---TAGATGAATGTGTAACTGCAATCAT-GTTTATATATCACATATTGAAACACATTAAACATATCAAATG-AGT-----TG----TTT-TAA-A-AAG--T-ATCAAAAACG-----G----ATCTTTGAGACTGA---------GGTTGA-TATATTCAATAATAGATGAA-CACA--GA-GT-T---AGGCTCTATTTGTATCATTTAGTATAATGCACATTTTCC-ATCTGTAAGCAG-----TA-----ATTGCTGTCATAGTAACCGCAA----TTATGAGTTATAACAGTAAG----AACTGACAAATTGCTTTATTCCAGCGATATCGGCAAGGATAG------------ATTTTCTTTTATTTC----------------TCACAT--TCAATGTGCAAATATTCCTAACGAGGGAATTATATCGCTGATCATGGTGATACGCATATAATAGGG--ATACTGTGTTTTGGGCCTACTCATGCTTCAGAAAGACCGAACG-ATGTATATGCCGCAGG
gi|7 : cTTAATGTCTATATC---GTGATGAATGTGCAA
gi|7 : acattgatcgccaaattgaatAATGTGC-AATATTCCTAATGAGGAAA----ATCGCTGGTCACGGTATTACCAAGATAATA-----CTAC---GTTTTGAGTCTTCTCAT-----------ACCGCATG-AGGTAGATATGGCAGGACTGATCAA-CAGGG-T-TTGCAACAACTGCTTGATACATTGGTATGCATTCAGATTCTAATCtattcctaatgaggaaaatcgctggtcacggtattaccaagataatactacgttttgagtcttctcataccgcatgaggtagatatggcaggactgatcaacagggtttgcaacaactgcttgatacattggtatgcattcagattctaatctagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : acattgatcgccaaattgaatttaatgtctatatcgtgatgCAATGTCAACGTCCTTATA---CCGATGAACGTGCAAtagtgtgtccttcagtgctgccggtatcacaaggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggcactgcgcctctgtgaacatt
gi|8 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcaCAAGGAAATGCTATCGCTAGCCATGGTGTTACAAAGATAATA-----CTAT-ATGTTT-AAGCCTTAACAAGCTTGAGAAAGACCGCCCT-AGGCAGATTTCGCAGGAATGGTCAG-CAGGG-TGT-GCAACAACCGCTTGATATATGGATATGCATCCAGATTCTAATCggaaatgctatcgctagccatggtgttacaaagataatactatatgtttaagccttaacaagcttgagaaagaccgccctaggcagatttcgcaggaatggtcagcagggtgtgcaacaaccgcttgatatatggatatgcatccagattctaatctagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
gi|9 : gctatcaacgaggcaaacacattgatcacaatgtcaacgtccttataccgatgaacgtgAAACTGTTGGCTTCAATGTCCATATT---CTGATGTATGTGTAGCTTTAATCAT-GGCTATAT-TCCTA-AC--AAACATATTGAATATATTAGATG-AGTTG---TC----TTT-TTT-A-AAT--T-ATTAAAA-CG-----G----TTCTCTGAGACTGGTGAAAGCTAGGTAAA-TATCTTCAATAATAGATGAA-TACA--ACTGT-A---AGGCTTTATT------ATTTGGTATAATGCACATTT-CCTGTCACTAAGCAG-----TA-----ATAGCTGTTATAATATACTCAA----TTATGAGTTAATACATTAAG----AACTGTCGAATAGCATTATTTCAGCGATGTCAGTTACGATAG--Atagtgtgtccgtccggcaataccatattttttttttcattgttctgagagagttcttatcccgggcctacatggcctaaaggcagctacgcctctgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GGTCCGGGCCTACACAGCCTAAAGGTAGCTACGCATTT
Unaligned ( gi|17 ): CCCGGGTCCACACGGCTTAAAGGCAGCTACGCCTT