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Reference ( gi|1 )            : TTATGAAATTGTTCTGATATTGAAGACGAGTATCATTTTGTAATTGTTCGTCCTGTATATATACAAATCC----------------GT---------------TCATTTTTCTATAAGAAACCAAGTGTTTATAAATATATCCTACTGATGCAAACAAATAAAGTCAGTGTACTCAGAAACTTAGGTAACTATGTTTACGAATATTTTACCTTACGCAA-AAG-----TT--C------TCAACATAT--TA--TATAGATTTAGA--A--ATAAAAGTATTTATTTTCAAGTTCAAACTCATTAGAAAGT-----TT-----TATAGTTTGAATCGGCTAT-ATTTTGGTAAAAAAAAAACA-ATGTAACTTTTATAAATGCC-AGTTAAATCGTG-TTTTGTATGTTTGATTTAGAAATTATACGAATTATATAT-TAAATTTT-TTTCA-AT---TG-GTTATGTAATGTATATTTCAGGTGTCATTTTGATT---GTTAATAA-ATTATGTTA-GAT--AAAAAAACTGTATAGTTTACGTCTCAATAAAAAAATATGTATTCTGTA
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gi|4                          :                                                           ATATGTAAGTTC----------------GT---------------TTTTTTTTCAATAAGAAAGCAAGTGTTTATAAACATATCATATTGATGCAAACAAATAAAGTCAGTGTACTCAGAAACTAAGATAATTATGTTTACGAATGTTTTGCTCTACGCAACAAAATACTTT--A------TCAGCATAT--AC--TATAGATATAGA--C--ATAAAAGTATTTATTTT-AAGTTTAAACTCAGTAGAAAGT-----TT-----TATGGTTTGAATTGGCTAC-TTTTTGGT---AAAAAAACA-ATGTAACTTTTATAAATGCTAAATTAAATCATG-TTTTGTATGTTTGATGTAG---TTCTACAAATTATATATATAAATTCC-GTTTA-AT---GT-GTTATATAATGTATCTTTCATGTGAAATTTTGATT---ATTAtt
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gi|5                          :                                                                                                                                         aatacgttagttcttttAACAAATAAAGTCAGTGTACTCATAAACTTAG--------------GAATATTTTACCCTACGCAC-ACA-----TTTAC------TCAACATAT--AA--TATAGATATAGA--C--ATAAAAGTATTTATTTTCAAGTTTAAACTCTTTAGAAGGT-----TT-----AATAGTTTGAATTGCCTAC-ATTTTGGT---GAAAAAACA-ATGTAATTTTTATAAACGCCAAATTAAATTGTG-TTTTGTATGTTTGATTTAGAAATTATACGAATTATTTA--TAAATTGC-TTAAA-AT---GT-GTTATATAATGTCTATTTCATGTGACATTTTGATT---GTTAATAA-CTTATGTTA-GAC---AAAAAACTGTATAGTTTACGTCTCAATAAAGAGTTCTGTAaagat
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                            ctattatttgaatagaatacataatacagaattt--ATAAAAATATTAATTGTCAAGTTTAAACTCATAAGAAAGT-----TTATATTTATAGTTTGAATTGGCTAC-ATTTTTG---ATAAAATACA-ATGTAACTTTTATGAATGCTAAAATAAATCATG-ACTTGGTTGTTAGATCTCGAAATGCTAAGAAATGTATGT-T-TATTCC-ATTCC-AT---GT-GTTATATAATGTATCTTTCATGTGGCATTTTGAAT---GTTAATAA-CATGTGTTA-GATAAAAAAAAACTGTATAGTTTACATCTCAATACAAc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                        gactagcTTCAAGTTTAAATACATTAGAAAGT-----TT-----TATTGTTTGAATGGGCTAC-ATTTTGATAAAACA----CA-ATGAAACGTTCATGAATGCC-AAATAAATCATG-TTTTGTATGTTTGGTCTAGAAATTCTACAAATTATATA--TAAATTTC-TGTTA-AT---GT-TTTACATAATATATCTGTCAGGTGACAATTTAATT---GTTAATGG-TATATGTAATGAC---AAAACACTGTATAGTTTACGTCTCAAT---TAAATCTGTATTtctgttatc
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-6991 )     : NTATGTAATTGTTCAGATATTGAGGATGAGTTTCATTTTGTACTTGTTTGTCCTGTATATAGGCAAATCC----------------GT---------------TCGTTTTTCTTTAAGAAACCAAGCGTTTATAAATATATCATATTGATGCAAACAAATAAAGTCAGTGTACTCAGAAACTTAGATAACTATGTTTACGAATCTTTTGCCCTACGCAA-AAA----TTTAC----TCAACATATAA----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TTCAAGTTTAAACTCATTAGAAAGT-----TT-----TATAGTTTGAATTGGCTAC-ATTTTGGT--ANAAAAAACAATGTAACTTTTATAAATGCCAAANTAAATCATG-TTTTGTATGTTTGATCTAGAAATTCTACGAAT--TATATG-TANATTCCNTTCAATGTGTTATATAATGTATCTTTCATGTGACATTTTGATT---GTTAATAACAT-ATGTTA-GAC---AAAAAACTGTATAGTTTACGTCTCAATAAAAAAATCTGTATTCTGTA
gi|1                          :  TATGAAATTGTTCTGATATTGAAGACGAGTATCATTTTGTAATTGTTCGTCCTGTATATATACAAATCC----------------GT---------------TCATTTTTCTATAAGAAACCAAGTGTTTATAAATATATCCTACTGATGCAAACAAATAAAGTCAGTGTACTCAGAAACTTAGGTAACTATGTTTACGAATATTTTACCTTACGCAA-AAG----TT--C----TCAACATATTA----TATAGATTTAGA----AATAAAAGTATTTATT----------TTCAAGTTCAAACTCATTAGAAAGT-----TT-----TATAGTTTGAATCGGCTAT-ATTTTGGTAAAAAAAAAACAATGTAACTTTTATAAATGCC-AGTTAAATCGTG-TTTTGTATGTTTGATTTAGAAATTATACGAAT--TATATATTAAATTTTTTTCAATTGGTTATGTAATGTATATTTCAGGTGTCATTTTGATT---GTTAATAAATT-ATGTTA-GATA--AAAAAACTGTATAGTTTACGTCTCAATAAAAAAATATGTATTCTGTA
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Reference ( family-6991 )     : NTATGNAATTGTTCNGATATTGAGGACGAGTNTCATTTTGTANTTGTTCGTCCTGTATATANGCAAATCC----------------GT---------------TCGTTTTTCTTTAAGAAACCAAGTGTTTATAAATATATCATATTGATGCAAACAAATAAAGTCAGTGTACTCAGAAACTTAGGTAACTATGTTTACGAATNTTTTGCCCTACGCAA-AAA----TTTAC----TCAACATATAA----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TTCAAGTTTAAACTCATTAGAAAGT-----TT-----TATAGTTTGAATTGGCTAC-ATTTTGGT--ATAAAANACAATGTAACTTTTATAAATGCCAAATTAAATCGTG-TTTTGTATGTTTGATCTAGAAATTCTACGAAT--TATATA-TAAATTCCNTTCAATGTGTTATATAATGTATCTTTCATGTGACATTTTGATT---GTTAATAACAT-ATGTTA-GAC---AAAAAACTGTATAGTTTACGTCT-CAAT-AAAAAA-TCTGTATTCTGTA
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gi|2                          :                                            TTGTTTGTCCTGTATATAGACAAATCCTTAAAACATAATGTAAGC---------------TCGATTTTCTTTAAGAAACCATGCATTTATAAATATATCCTATTGATGCAAATACATAAAATCAGTGTTCTTAGAAACTTAGGTAACTATGTTAATGAATCTTATGCACTACACAA-CAA----TTTAC----TTAACATGTAATATCTATAGACACAGA----CATAAAAATATTTA-T----------TTCAAGTTTTAATTCATTAGAAAGT-----TT-----AATAAT-----TTGGCTACAATTTTGG----TAAAAAACAATGTAACTTTTATAACTGCCAAATTAAATCATGTTTTTGTATGTTTGATCAAG-AATTCTGTGGAT--AATACC-TATATTCCATTTCACATACTATATAATGTATCTTTCATGTGAAATTTTGATT---GTTAGTGACATAATGTTT-GAC---AAAAATTTGAATAGTTTTCGTCT-CAAT---AAAA-TCTGTATTCTGTA
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Reference ( family-6991 )     : NTATGNAATTGTTCNGATATTGAGGACGAGTNTCATTTTGTANTTGTTCGTCCTGTATATANGCAAATCC----------------GT---------------TCGTTTTTCTTTAAGAAACCAAGTGTTTATAAATATATCATATTGATGCAAACAAATAAAGTCAGTGTACTCAGAAACTTAGGTAACTATGTTTACGAATNTTTTGCCCTACGCAA-AAA----TTTAC----TCAACATATAA----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TTCAAGTTTAAACTCATTAGAAAGT-----TT-----TATAGTTTGAATTGGCTAC-ATTTTGGT--ATAAAANACAATGTAACTTTTATAAATGCCAAATTAAATCGTG-TTTTGTATGTTTGATCTAGAAATTCTACGAAT--TATATA-TAAATTCCNTTCAATGTGTTATATAATGTATCTTTCATGTGACATTTTGATT---GTTAATAACAT-ATGTTA-GAC---AAAAAACTGTATAGTTTACGTCT-CAAT-AAAAAA-TCTGTATTCTGTA
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gi|2                          :                                            TTGTTTGTCCTGTATATAGACAAATCCTTAAAACATAATGTAAGC---------------TCGATTTTCTTTAAGAAACCATGCATTTATAAATATATCCTATTGATGCAAATACATAAAATCAGTGTTCTTAGAAACTTAGGTAACTATGTTAATGAATCTTATGCACTACACAA-CAA----TTTAC----TTAACATGTAATATCTATAGACACAGA----CATAAAAATATTTA-T----------TTCAAGTTTTAATTCATTAGAAAGT-----TT-----AATAAT-----TTGGCTACAATTTTGG----TAAAAAACAATGTAACTTTTATAACTGCCAAATTAAATCATGTTTTTGTATGTTTGATCAAG-AATTCTGTGGAT--AATACC-TATATTCCATTTCACATACTATATAATGTATCTTTCATGTGAAATTTTGATT---GTTAGTGACATAATGTTT-GAC---AAAAATTTGAATAGTTTTCGTCT-CAAT---AAAA-TCTGTATTCTGTA
gi|3                          :  TATGTAATTGTTCAGATATTGAGGATGAGTTTCATTTTGTACTTGTTTGTCCTGTATATAGGCAAATCC----------------GTAAAAAATACGTTAGTTCATTTTTCTTTAAGAAACCAAGTGTTTATAAATATATCATATTGATGCAAACAAATAAAGTCAAGGAACTCAGAAACTTAGGTAACTATGTTTACGAATCTTTTTCCCTACGCAA-AAA----TTTACTTAATCAACATATAA----TACAAATATAGACTAGCATAAAATTATTAATT----------GTTAAGTTTAAACTCATAAGAAAGTTTATATT-----TATAGTTTGAATTGGCTAC-ATTTTTG---ATAAAATACAATGAAACTTTTATAAATGCTAAAATAAATTATG-ATTTGTATGTTAGATCTCGAAATGCTAAGACT--TGTATG-TATATTCCATTCCATGTGTTAtt
gi|4                          :                                                           ATATGTAAGTTC----------------GT---------------TTTTTTTTCAATAAGAAAGCAAGTGTTTATAAACATATCATATTGATGCAAACAAATAAAGTCAGTGTACTCAGAAACTAAGATAATTATGTTTACGAATGTTTTGCTCTACGCAACAAAATACTTTA-----TCAGCATATAC----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TT-AAGTTTAAACTCAGTAGAAAGT-----TT-----TATGGTTTGAATTGGCTAC-TTTTTGGT--A-AAAAAACAATGTAACTTTTATAAATGCTAAATTAAATCATG-TTTTGTATGTTTGATGTAG---TTCTACAAATTATATATA-TAAATTCCGTTTAATGTGTTATATAATGTATCTTTCATGTGAAATTTTGATT---ATTA
gi|5                          :                                                                                                                                            caaatccgcaaaaaAACAAATAAAGTCAGTGTACTCATAAACTTAG--------------GAATATTTTACCCTACGCAC-ACA----TTTAC----TCAACATATAA----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TTCAAGTTTAAACTCTTTAGAAGGT-----TT-----AATAGTTTGAATTGCCTAC-ATTTTGGT--G-AAAAAACAATGTAATTTTTATAAACGCCAAATTAAATTGTG-TTTTGTATGTTTGATTTAGAAATTATACGAAT--TATTTA-TAAATTGCTTAAAATGTGTTATATAATGTCTATTTCATGTGACATTTTGATT---GTTAATAACTT-ATGTTA-GAC---AAAAAACTGTATAGTTTACGTCT-CAAT-AAAGAGTTCTGTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                              TCAGAAACTCATA-AACTATGTTTACAAATCTTTTGTCCTACGCAA-AAA----TTTAC----TTAACATATA-----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TCCAAGTCTAAACTCGTTAGAAAGT-----TT-----GATAATTAAAATTGGCTAC-ATTTTGGT--A-AAAAAACAATTTAACTTTTATAAATGCCAAATTAAATCATG-TTTT---------ATCTAGAAA--CTATGAAT--TATATT-CAAATTCCAATAAATGTGTTATATAATATATCTTTCATGTGACATTTAAATT---GTTAATAACAT-ATGTTT-GAC----AAAAACTGTATAGTTAACgaattc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                           A-GAA----TTTAC---------ATATAA----TATAGATATAAA----CATAAAAGTATTTATT----------TTCAAGTTTAAAATCAT-AGACCGT-----TT-----TAAAGCTTGAATTGGCTAC-ATTTTGGT--A--AATTACGAT--------CATATGCACCAAATTAAATCGTG-TGTTGTAAATTTGATTTGGAAATTATACGAAA--TATATA-TAAATTGCTTATAATGTGTTATATAATTTATATTTAATGGGACATTCTGATT---GTTAATAA-----------------AAGAAACAGTTTAGTTTACGTCT-CAGT-AAAAAACTCTGTACTCTGTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                  ctattatttgaatagaatacataatacTTTTGCTCTACGCCA-AAA----TTTAC----TTA-C------------------TCGA----CATACAAGT--TTATGAGGGGGAGGGTTCAAGTTTAAATACATTAGAAAGT-----TT-----TATTGTTTGAATGGGCTAC-ATTTTG----ATAAAACACAATGAAACGTTCATGAATGCCAAAT-AAATCATG-TTTTGTATGTTTGGTCTAGAAATTCTACAAAT--TATATA-TAAATTTCTGTTAATGTTTTACATAATATATCTGTCAGGTGACAATTTAATT---GTTAATGGTAT-ATGTAATGAC---AAAACACTGTATAGTTTACGTCT-CAAT---TAAA-TCTGTATTc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                    TAG-----CATAAAAATATTAATT----------GTCAAGTTTAAACTCATAAGAAAGT-----TTATATTTATAGTTTGAATTGGCTAC-ATTTTTG---ATAAAATACAATGTAACTTTTATGAATGCTAAAATAAATCATG-ACTTGGTTGTTAGATCTCGAAATGCTAAGAAA--TGTATG-TTTATTCCATTCCATGTGTTATATAATGTATCTTTCATGTGGCATTTTGAAT---GTTAATAACAT-GTGTTA-GATAAAAAAAAACTGTATAGTTTACATCT-CAAT---ACAA-TCTGTt


blockSeqs                     :      T        A                T          C                  G        TTAAAACATAATGTAAGC                 G       T                                                     G                 GTA               T               C   ATAC     TTAA          ATATC            CTAG                AGGGGGAGGG                 T       TCATA  ATATT                   A       AT       T                                 A  T           A                    TA      .        A  CC                                       TTA           A      T   AAA                       A    AA     T
blockSeqs                     :                                                              G        GTAAAAAATACGTTAGT                  A       T                                                     A                 GTA               C               .   .        TTAA          A                CTAG                .                          T       TTATA  .                       .       TA       A                                 A  .           T                    .       .        T  CC                                       .             .      .   A                         .    AA     C
blockSeqs                     :                                                              T        GT                                 T       T                                                     G                 ATA               C               .   .        .             A                .                   .                          A       .      .                       .       TG       T                                 A  .           A                    .       .        A  TC                                       .             .      .   .                         .    AA     .
blockSeqs                     :                                                                       GT                                 .       A                                                     G                 AT                G               .   .        .             C                .                   .                          T       .      .                       .       TA       A                                 A  .           T                    .       .        A  CC                                       .             .      .   .                         .    AA     .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                        .                 AA                A               .   .        .             A                .                   .                          T       .      .                       .       TA       A                                 G  .           T                    .       .        G  TA                                       .             .      .   .                         .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                          .                 C               .   .        .             A                .                   .                          T       .      .                       .       AT       A                                 A  .           T                    .       .        T  AA                                       .             .      .   .                         .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .   .        .             .                .                   .                          T       .      .                       .       AT       T                                 G  .           T                    .       .        A  AA                                       .             .      .   .                         .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .   .        .             .                .                   .                          A       .      .                       .       T        C                                 A  .           A                    .       .        T  TA                                       .             .      .   .                         .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                        .                   .                          .       .      .                                        T                                 A  .           .                    .       .        T  TA                                       .             .      .   .                         .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .       .        A  CC                                       .             .      .   .                         .    .       
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTACATAT--TATATA-TAAATTGCTAT-AATGTGTTATATAATGTATATTTTATGTGAAATTT
gi|2                          :                                            TTGTTTGTCCTGTATATAGACAAATCCTTAAAACATAATGTAAGC---------------TCGATTTTCTTTAAGAAACCATGCATTTATAAATATATCCTATTGATGCAAATACATAAAATCAGTGTTCTTAGAAACTTAGGTAACTATGTTAATGAATCTTATGCACTACACAA-CAA----TTTAC----TTAACATGTAATATCTATAGACACAGA----CATAAAAATATTTA-T----------TTCAAGTTTTAATTCATTAGAAAGT-----TT-----AATAAT-----TTGGCTACAATTTTGG----TAAAAAACAATGTAACTTTTATAACTGCCAAATTAAATCATGTTTTTGTATGTTTGATCAAG-AATTCTGTGGAT--AATACC-TATATTCCATTTCACATACTATATAATGTATCTTTCATGTGAAATTTTGATT---GTTAGTGACATAATGTTT-GAC---AAAAATTTGAATAGTTTTCGTCT-CAAT---AAAA---TCTGTATTCTGTA
gi|3                          :  TATGTAATTGTTCAGATATTGAGGATGAGTTTCATTTTGTACTTGTTTGTCCTGTATATAGGCAAATCC----------------GTAAAAAATACGTTAGTTCATTTTTCTTTAAGAAACCAAGTGTTTATAAATATATCATATTGATGCAAACAAATAAAGTCAAGGAACTCAGAAACTTAGGTAACTATGTTTACGAATCTTTTTCCCTACGCAA-AAA----TTTACTTAATCAACATATAA----TACAAATATAGACTAGCATAAAATTATTAATT----------GTTAAGTTTAAACTCATAAGAAAGTTTATATT-----TATAGTTTGAATTGGCTAC-ATTTTTG---ATAAAATACAATGAAACTTTTATAAATGCTAAAATAAATTATG-ATTTGTATGTTAGATCTCGAAATGCTAAGACT--TGTATG-TATATTCCATTCCATGTGTTAtt
gi|4                          :                                                           ATATGTAAGTTC----------------GT---------------TTTTTTTTCAATAAGAAAGCAAGTGTTTATAAACATATCATATTGATGCAAACAAATAAAGTCAGTGTACTCAGAAACTAAGATAATTATGTTTACGAATGTTTTGCTCTACGCAACAAAATACTTTA-----TCAGCATATAC----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TT-AAGTTTAAACTCAGTAGAAAGT-----TT-----TATGGTTTGAATTGGCTAC-TTTTTGG---TAAAAAAACAATGTAACTTTTATAAATGCTAAATTAAATCATG-TTTTGTATGTTTGATGTAG---TTCTACAAATTATATATA-TAAATTCCGTTTAATGTGTTATATAATGTATCTTTCATGTGAAATTTTGATT---ATTA
gi|5                          :                                                                                                                                            caaatccgcaaaaaAACAAATAAAGTCAGTGTACTCATAAACTTAG--------------GAATATTTTACCCTACGCAC-ACA----TTTAC----TCAACATATAA----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TTCAAGTTTAAACTCTTTAGAAGGT-----TT-----AATAGTTTGAATTGCCTAC-ATTTTGG---TGAAAAAACAATGTAATTTTTATAAACGCCAAATTAAATTGTG-TTTTGTATGTTTGATTTAGAAATTATACGAAT--TATTTA-TAAATTGCTTAAAATGTGTTATATAATGTCTATTTCATGTGACATTTTGATT---GTTAATAACTT-ATGTTA-GAC---AAAAAACTGTATAGTTTACGTCT-CAAT---AAAGAGTTCTGTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                              TCAGAAACTCATA-AACTATGTTTACAAATCTTTTGTCCTACGCAA-AAA----TTTAC----TTAACATATA-----TATAGATATAGA----CATAAAAGTATTTATT----------TCCAAGTCTAAACTCGTTAGAAAGT-----TT-----GATAATTAAAATTGGCTAC-ATTTTGG---TAAAAAAACAATTTAACTTTTATAAATGCCAAATTAAATCATG-TTTT---------ATCTAGAAA--CTATGAAT--TATATT-CAAATTCCAATAAATGTGTTATATAATATATCTTTCATGTGACATTTAAATT---GTTAATAACAT-ATGTTT-GAC----AAAAACTGTATAGTTAACgaattc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                           A-GAA----TTTAC---------ATATAA----TATAGATATAAA----CATAAAAGTATTTATT----------TTCAAGTTTAAAATCAT-AGACCGT-----TT-----TAAAGCTTGAATTGGCTAC-ATTTTGG---T-AAATTACGAT--------CATATGCACCAAATTAAATCGTG-TGTTGTAAATTTGATTTGGAAATTATACGAAA--TATATA-TAAATTGCTTATAATGTGTTATATAATTTATATTTAATGGGACATTCTGATT---GTTAATAA-----------------AAGAAACAGTTTAGTTTACGTCT-CAGT---AAAAAACTCTGTACTCTGTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                  ctattatttgaatagaatacataatacTTTTGCTCTACGCCA-AAA----TTTAC----TTA-C------------------TCGA----CATACAAGT--TTATGAGGGGGAGGGTTCAAGTTTAAATACATTAGAAAGT-----TT-----TATTGTTTGAATGGGCTAC-ATTTTG----ATAAAACACAATGAAACGTTCATGAATGCCAAAT-AAATCATG-TTTTGTATGTTTGGTCTAGAAATTCTACAAAT--TATATA-TAAATTTCTGTTAATGTTTTACATAATATATCTGTCAGGTGACAATTTAATT---GTTAATGGTAT-ATGTAATGAC---AAAACACTGTATAGTTTACGTCT-CAAT---TAAA---TCTGTATc
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