lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                                                                                   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                        22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                    1        111                    1111              55555555          222222222222222222222222     7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777              7777777777777777777777777777777777777777777777777777                             1        1111                6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666  1111111     11               111            1       1      555555555555555                       888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888              11111111     22     1        1                  2                      11111              11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111  11111111111   1                             11      333333       
lowQualScore                  :                                                                                                    0   99   111     99    1        8888     1   555  11111111  0       666666666666666666666666     8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888              3333333333333333333333333333333333333333333333333333  1 77    66                 3        7777    8    7 4 5  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555  5555555     88    8    3 7   111   7    1   6       0   8  888888888888888   8     2  6  4       777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 0  8       88888888     33     1     44 2          7  4    1         4 0          55555            0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333  44444444444   7    99       6         3 3   44 1  6 333333       
lowQualScore                  :                                                                                                    .   ..   ...     ..    .        ....     .   ...  ........  .       ........................     ................................................................              ....................................................  . ..    ..                 .        ....    .    . . .  ..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................  .......     ..    .    . .   ...   .    .   .       .   .  ...............   .     .  .  .       .............................................................................. . .  .       ........     ..     .     .. .          .  .    .         . .          .....            . .........................................................................................  ...........   .    ..       .         . .   .. .  . ......       
lowQualScore                  :                                                                                                    0   22   777     22    0        7777     3   555  44444444  4       444444444444444444444444     8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888              7777777777777777777777777777777777777777777777777777  4 99    44                 3        0000    0    2 0 6  7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  2222222     44    0    0 0   777   3    0   6       2   0  444444444444444   0     8  0  8       555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 6  6       22222222     11     9     88 3          4  0    9         4 1          22222            5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000  00000000000   3    22       7         2 0   22 0  0 444444       
consensus                     :                                                                                       ACCCGAAGTCATTTTCTN-GTT---TCAAC--AAAGCCATTTCTGNTCTTTGGCAAAAAAATTAT--T--ATTCTCGATTT--GGGT------TAA-------ANGTATA-----------A---GAT-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTC--N--A--TTCAC-AAAAA-GTGCANATTTAAA-TT-TTGT-TCT------TTTC--TTTTAAAAAGTGATATTAAATAA-GTTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T-----------T-------TT--TAATG-CAATNGTGTTT-A-AA-ACGTCCAATTAACGTCAATTAAAA--------A---------CG----------T---------CAACCTTAA------CGNTN---------AAAT-TTA--TC--TT---AAA-AN--A----G-TG------------GAAAG---------ATTTGA--TTTTTTAATATNAAT------AATTTGTG--CATA----A------------AGCAT-------------GT---N---AN----AG--T-AC-TGAATN-TTTA-AAATGACGTA---AAAACTGTGTTTATTGTATCCATT-TAC----GTTTT--TATGTT-GTTTTATCGACCATACCATT---ACTTAC-----A-TTAT--TTGACN-------AAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAAA--------CATGACTAAATTGAAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAAAAAA--TCGATNATGAAA---GA-----ATTC----T---------AA--A-A-------------CG---------GC----A--ACG--GT---TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTATTGA-GTGCCGA
Reference ( gi|3 )            :                                                                                       ACCCGAAGTCATTGTTTG-GTT---TCAAC--AAAGTCATTTCTGGTCATTGGCAAAAAAATTATGGT--ATTTTCGATTT--GGGT------TAA-------AAGTATA-----------A---AAT-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTT--T--A--TTCACTCAAAA-GGGCATATTTAAAGTTTTTGTTTCT------TTTC--TTTTAAAAAGTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTTAATT---T-----------T-------TT--TAATG-CAGTGATGTTT-A-AA-ATGTTCAATTGACGTCAATTAAAA--------A---------CG----------T---------CAACCGTAA------CAGTA---------AAAT-TTA--TC--TT---AAA-AA--A----G-TA------------GAAAG---------ATTTGA-CTTTTTTAATATAAA-------AATTTCTG--CATA----A------------AGCAT-------------GT---C---AC----AG--T-AC-TGAACA-TTTA-AAATAAAGTA---AAAACTGTATTTTTTGTATCAATT-TA-----ATTTT--TACGTT-GTTTTGTCAACTATACCAT----ACCAAC----AAGTCAT--TTGACA-------AAAAGCTACATTTTGTTTTGTCGAAAAAAACAACAACACACAACTAAACTGAAAAA---G----TATACC-TTTTAGGTTACGCTATAATAAATATGTTATGGTAGATTAATTT-TGAAATTTAAAAGC---TGATTATTGAAAAAAAAGTCAATTATAAAA--TGA-----ATTC----T---------AA--A---------------CG---------GC----A--A----GT---TTT-TTT-TTTCATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCATTTTCAAATATCCTGATGTGCCGA
gi|14                         :                                                                                       ACCCAAAGTCATTGTTTT-GGT---TCAAC--AAAGTCATTTCTGGTCATTAG--------TTATGCT--ATTTTCGATTT--GGGT------TAA-------AAGTATA-----------A---AAT-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTT--T--A--TTCACTAAAAA-GGGCATATTTAAAGTTTTTGTTTCT------TTTC--TTTTAAAAAGTAAT
gi|13                         :                                     aagtacatataaaaccgcacaagtttgtaaaactaatcaaatgtgctccatgagGAAGTCATTTTCTG-GTT---ATATC--AAAGCCATTTCTG----TTGGTAAAAAAA-CAT--T--ATTCTCGATTT---GGT------TCA-------AAGTATA-----------AG--AGTTTTCTTTTTAAT---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTC--A--AAGTTCACTAAAAC-GGGCATATTCAAA
gi|1                          : atgcgatttatttcctacactaagtacatctaaaaacgcgcacgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtgAAGTCATCTTTTCTATT---TCAAC--AAAGCCATTTCTATTCTTTGTCAAAATAATTAT-------TCTCGATTT--GGTTACATTGTAA-------ATGTATG-----------A---GAT-----------T---------------T------------------ATTACCATCAAAGT-----------CAT--AAAA-----------AAAGTT---------------TTTC--TTTTAAAAAGTGATGTTAAATAA-ACTTTACA----AAGA-ATATGTCAATTGTGT-----------TCAAAATATT--TAATG-CAATGGTATTGAA-AA-ATGTCCAATTAACTTTAATTAAAA--------ATGTTATTTGTG----------T---------CAACCTTAA------AGGTA---------AAAT-TTA--TT--TT---AAA-AAGCA----G-TG------------TAAAG-------------GA----TTTTAA-ATAAAGCTGAATAATTAGTGAAAATA----A------------AGCGT-------------GT--------T----AG--T--C-TCAACAGTGTGTGCATAAAGCGTGCAAAACTGTATaaagtattcttttaaaacg
gi|8                          :            cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaAAGTCATTTTCAT-GTT---TCAAC--AAAACCATTTCTGATCTTGGGCCAAAACATT----T---TTCTCGACTT--GG-T------TAA-------A-GTATACTTTTTTTTTAA---GAA-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAA--A--TTCATACAAAA---ATACATTCA---TTATTATATCTAAATCATTTCATTTTT---AAGTAATATTAAACAGTGTTTTAAA----AAGG-ACAA---A------------------------------TAACGTCAA------TT-A-AA-A----------ACGTT-ATT---A--------A---------CG----------T---------CAGCCTTAA------CGTTA---------AAAC-GTA--TC--T------A-AA--A----A-TA------------G--------------TTTAATTTTTTTTAATAacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatactttgccaaaagctatcattgaattgaaaaagtaaacgttttacgttacgttctaatagataagttatgagcgattaaatttgaaaattaaaaaaaaatgattatttaaatcaatcgatgataaaatgattttaatgtaaagaatattgtcggcaacactgtttttattttagtttacaaaaataaaattgtgcgttaataaatgtactgagt
gi|7                          :                                            tggcaaaacttatgtattgtgttaaattgtcaatattattacaccggaAAGTCATTTTCCG-GTT---ACAAC--AGAGCCATTTCCGTTCTTTGGCCAAAAAATTA-GTT--GTTT----------GGT------TAA-------TCGTATA-----------A---GAT-----------TGTTTATAAAAAAAGGTT-------GAT-------ACGACTCTCAAAATC--TAAA--GTCAC-AAAAA-GTGCAAATCTAAA---------TCT------TT--------------TGATATTGAATAA-GTTTTACT----AAAA-ATAATTGACTT---T-------------------------------GTTATATTT----A-ACGTCCACTT----TCAATT--------------------------------------------------TTA------CAGTT---------ATAT-TTA--CC--TT---AAA-AG--ATACTG-T--------------AAAT---------ATTTG---TT-----ATATAAA-------a
gi|10                         :                             gtacatttaaatacgtacgcgttggtaaaactaaattaaaagcaatttgttaatttttcaatagtattagacggaG-GTTAGATCAACGCAATGTCTTTTCT-----TTGGCAAAACATTTA--GTTCAGTCTCGATTT--AG-T------TAAGATAATGAAAAATA-----------ACTAAAT-----------T---------------T---------AT-------ATGACCCTC-AATTT--T-----TTAAATCAAgctggatagttagtcaatat
gi|6                          :                    aaatgcattcaagctttcacacttagtacatttaaaaacgcacacgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaaaaccacgttccTTTCTGATTACAAGCAAAAA--CT----T--ATTCTCGATTT--GG-T------TAA-------AGGTATA-----------A---GAC-----------T---------------TTTTTTCGAAATATTTCAAATGACACTCAAATTCAAA--A--GTCA--CAAAATGTGCAAATTTAAATCTTTTG-------------------TTAAAAAATGACA--AAGCAATGTTTTAtgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|2                          :                                                                         ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacatAAAGTCAT------TTTTCGGTTTCAAGAT------T-----------GTTTA-----------A---GAC-----------T---------------TT-------GAT-------ATGGACCTCAAATTC--A--AAAGTCACAAACAA-GTGCATATTTA---------TTCTT------TTTC--TTTTATAAAATGATATTTAATCA-ATTTCACATTAGAAGACATGATTCAATT---T-----------A-------TTGGTAA---CATTTATA-TT-A-AA-A---TCAGT----GTTAAATAAAA--------aagcgtcaaattaacgtaaattataaacggtaccaacgtcagctctaacgtttatatttatcattaaaaaggtaacgtttttttaagcttaataagccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacagttactgtaataaacattgattaattttcaaatttaaaaactgattattgaataaat
gi|20                         :                                                                                                                                                                                          cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacgg------TTTC--TTTTACAAAGTGATATTAAATAC-ATTTTAAA----AAGA-ATAAGTTctggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttttaaaatttgttgtttgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ATTTAATT---TGGTTGAAAATGT-------TA--TAA-G-CAATAGCGTTT-T-TATACGTTCTATGAACGTCAATTAAAA--------A---------CG----------TTATAAACACCAACCTGAA------TGTTT---------AAAT-CTA--TC--TT---AAA-AT--A----G-TG------------TAAAG----------TTT---CTTT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               at---T-----------T-------GT--TAATA-CAATAGTGTTT-TTAA-ACGTCCAATTAACGTCAGTTAAAA--------A---------CGCTATTAAACGT---------CAACCTTAA------CTGTT---------GATT-TTA--TC--TTTAAAAA-AT--A----A-TACTTAGTCAACATGAAAT---------A---GA--TATTTTAATCTCAAT------GATGTGTG--CATA----AAGCCTGTAATTGAGCATAAATTAGCTTAGCGT---G---AA----AA--TTAT-TGAATC-TTTC-AAATGACGTA---AAAACTTTGTTTATTGTATCCATT-TATTTATATTTTGTTATTTTTGTTTTATCGACGATAACAT----ACTTAC----TAATGATACTTGACC-------AAAAGTTACTTTTTGTTAT-TTGAAAAAAA----AA-ACACAAATTAATTAAAAAA---G----TATAC--------GCTCCGCTCTAA-AAATATATTGTGGTTGATTAATTT-TAAGATTTAAAAAC---TGATTATTGAAAAA---------TGCGAGA--AAA-----ATTG----T-----------------------------CG---------AC----A--ACACTGT---TAT-TAT-TTTTATTT--TACAAAA-CAAAATTGTGCGTTTTTATATGTATTGA-GTGaaaaaagcttgatcattagtcaacattaaacggacgttttaatcgcaataacgtgtttataaag
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taatcttgttcaaa--TAATA-AAATAATGTTTCA-AA-ACCTCCGATTAACGTCAATTAAAACTTAATTAA---------CG----------T---------CAACCTCAATGATTGCATTATTCTTTTATAAATGTTAAGTCGTTT---AAATAC--A----GCTG------------GAGAGTCAACACAAATTGGA--TGCCTCAATATCAAT------AATTTGTG--CATATGATA------------ATCAT-------------GTAGGCTTAACGTGAAGACT-AT-TGAATA-TTTA-AAATGGCGTA---AAAACTGTATATATTGTATCAATA-TAC----GTGTT--T--GTT-GTTTTACTGACCATACAAT----ACTTAC-------TTAT----GATACACGTCCAAATGTTACATTTAATTTT-TTGAACAAAA---------ATAACTAAATTGAAAA----G----TATACG-TTTTACGTAACGCTCCAATAAAAATGTTATGGTTGATTAATTTGCGAAAta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           GCAT-------------G----A---AA----AG--T-AC-GGAATC-TTTA-AAATGACGTA---CAA-CTGTGTTTAATGTATCCATT-TA-----TTTTT--T-TGCT-ATTTTGTCGACTATGCCAA----ACTGACTTATAA--TAT--GTGACT-------TAATGTTACATT-----TTGT-----------------------TAAG-TGAAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGATCTTATAAATATGTTGTGGTTTATTAACCT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTACTGAAAAACA--TTGACTATGAAA---GA-----ATTC----T---------AA--ATGCGTGAAAAAATGTCG---------AC----A--ACG--GT---ATT-ATT-ATTTATTTTATACAAAA-TAAAATTGT-TGTTTTTAAATGTcaaaattgccagcaacagttttattgttttattttaccaaataaaa
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----AG--T-ACATGATC--TTTA-AAATGACGCT---AAAACTGTGTTAGTTGTATCCACTATG-----GTTTT-----GTC-GTTTTATCGATCATACCATTTGTACCTAT----GA--TAC--TTGGCA-------TAAAGTTACATTTTACTAT-TTGAAAGAGACAA----ACA-GATTAAACTGAAAAAAA-G-----ATACA-GTTTACGTTACACTGCAATAAATAacaga
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          catgaaatggacgtctcgatctcaataacgtttgcataaagcttttaaataaccatacagacgtctaacataaaaAAGTA---CAA-TTGTGATTATTGTAACCATT-TAT----GTTGT--TA--TT-GTTTTATCGACCATACCATT---ACTTAT------GCTAC--TTGACC-------AAAGGTTGGA---------GCCAAAAAA----------CATGACTTAATTGAAAAA---AACTATATACG-TTTTGCGCTACGCTCTTATAAATATATTATGGTTGATTAATTT-TTAAATTTTAAACC---TGATTATTGACACACA--TCCATTATGAAA---GA-----ATTC----T---------AAGTA---------------CGAAAAATACTGCCGATA--A----ATGTGTTA-TTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAAGTGTGCGTGTATAAATGTATTGA-GTGCaaaatatcggttatgaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aatcgTTTGTTGT-TTGAAAAAAA---------ATGACTAAATTGAAAAAAATG----TATACAATTTTAGTTTACGCTCTTATAAATATGTTCCGGTTGAATAATTT-TGAAATTAAAAAA-----AA--AATGAAATAAAA--TGATAATGAAA--T-A-----ATTC----TTAATGCGAGAA--AAACTGT---------CG---------GC----AACA----GT---TTTATTA-TTT--TTT--TATATAA-TAAgta
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttttaaaaATTGAATTGAAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGTTCTAATAGATAAGTTATGAGCGATTAAATT-TGAAAATTAAAAAAAAATGATTATTTAAATCAA--TCGATGATAAAA--TGA-----TTTTAATGT---------AA--AGAATATTGT------CG---------GC----A--ACACTGT---TTT-TAT-TTT-AGTT--TACAAAAATAAAATTGTGCGTTAATAAATGTACTGA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaaagtcatcttttctatttcaacaaagccatttctattctttgtcaaaataattattctcgatttggttacattgtaaatgtatgagatttattaccatcaaagtcataaaaaaagtttttcttttaaaaagtgatgttaaataaactttacaaagaatatgtcaattgtgttcaaaatatttaatgcaatggtattgaaaaatgtccaattaactttaattaaaaatgttatttgtgtcaaccttaaaggtaaaatttattttaaaaagcagtgtaaaggattttaaataaagctgaataattagtgaaaataaagcgtgttagtctcaacagtgtgtgcataaagcgtgcaaaactgtatacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatactttgccaaaagctatcAAAA---G----TATACA-TTTTACGTTACAATCCAATAAATATTTCGTGATTGTTTAGATT-TGAAATTTAAAAAC---TAGTT-TTGGAAAgt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTAC--TGTAATAAACAT-------T-GATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAATAAA---TTGATAATAAAAGACGAGAAAAATTG----T-----------------------------CG---------GC----T--ACG--GT---GTT-ATTATTTTATTT--TACAAAA-TAGAATTGTACATTTT----TGT----ATGTACCGAttaaatgcgagaaagattgtcggcaaca
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GTTAC--TGTAATAAACAT-------T-GATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAATAAAg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGTGTTAAATTTTCAATACGATCAGACGGAAAGTCATTTTCCGGTTTAAAACTCGCCATTTATATGCTATTTTCGATTTGGTTATAAATAC
Unaligned ( gi|19 ): GTTAATGTGTATAAGATTGTTTTAAAGAATTGTTTTGACCCTCAGATTCAAAAGTCACAAAAGTGCATTTTTTTTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  11111111111111111111111111111111111111                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           111                                1111111111            22222222222222222222         22222222222     66666666666666666666666666666666666666     1111111             44444444444444          55555555555555555555555                              111      111111         44444444444444444444444444444           111                           6666666666666666666666666666666666666666666666666             3333333333333333            11        11      666666666666666666666666666666666666         11111             11    88888888888888888888888888888888888888888888888888888888                                                      222222    222222222                       33333333      33333333       2222222                   111       1111  33333333333333333                                                                                                        1111      11                  11111111111111111111111111111111111111      222222222222222222222  1                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                77     1   000                  5  3     6    8888888888 1          11111111111111111111   777   44444444444     11111111111111111111111111111111111111     3333333             00000000000000  4    2  66666666666666666666666 1  0 66    99     0          222      222222    5    33333333333333333333333333333    99 3   555  55                   66  4444444444444444444444444444444444444444444444444           1 2222222222222222    5   66  11  888   11 777  333333333333333333333333333333333333  0  11  33333 1           33    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   5 66   0 1              5                    0     666666    555555555 0  5                  33333333      33333333   3   1111111 1   1      1      444       0000  33333333333333333 0 2     66     777 9999      4           22            5  3              4              777         3  0000   66 00  99      77      55555555555555555555555555555555555555      000000000000000000000  0  55        66       5                        1   6       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ..     .   ...                  .  .     .    .......... .          ....................   ...   ...........     ......................................     .......             ..............  .    .  ....................... .  . ..    ..     .          ...      ......    .    .............................    .. .   ...  ..                   ..  .................................................           . ................    .   ..  ..  ...   .. ...  ....................................  .  ..  ..... .           ..    ........................................................   . ..   . .              .                    .     ......    ......... .  .                  ........      ........   .   ....... .   .      .      ...       ....  ................. . .     ..     ... ....      .           ..            .  .              .              ...         .  ....   .. ..  ..      ..      ......................................      .....................  .  ..        ..       .                        .   .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                99     0   000                  9  8     1    9999999999 0          33333333333333333333   888   55555555555     88888888888888888888888888888888888888     0000000             88888888888888  4    9  00000000000000000000000 7  1 99    44     2          000      666666    7    77777777777777777777777777777    33 7   666  22                   33  0000000000000000000000000000000000000000000000000           0 2222222222222222    0   99  99  888   99 999  555555555555555555555555555555555555  1  77  44444 0           88    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   7 11   1 0              7                    7     000000    333333333 7  7                  88888888      88888888   2   7777777 0   0      7      111       6666  55555555555555555 2 4     99     888 4444      4           55            7  9              0              000         6  0000   99 22  66      55      22222222222222222222222222222222222222      666666666666666666666  0  55        99       0                        0   7       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT--TTTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GATAT-------GACCCTCAAATTC--AA--TTCAC-A-AA-AAGTGCA--TAT--TTAAA--TTTTG-TT-CTTTTC--TTTTA-AAAGTGATATTAAATAA-ATTTTAC-A----AAGA-ATAATTCAATT---TT-------TT--TAATG-CAATAGTGTTT-A-AA-ACGTCCAATTAACGTCAATTA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-TG------------NAAAG---------ATTTGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC--G--N--TACTTGA-------CCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAA----AA--------A---C-ACGACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
Reference ( family-6983 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT--TTTCTNGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCTTTGGCAAAAAAATTA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GATAT-------GACCCTCAAATTC--NA--TTCAC-A-AA-AAGTGCA--NAT--TTAAA--TTTTG-TT-CTTTTC--TTTTAAAAAGTGATATTAAATAA-GTTTTAC-A----AAGA-ATAATTCAATT---TT-------TT--TAATG-CAATNGTGTTT-A-AA-ACGTCCAATTAACGTCAATTA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGNTN---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--NAG-TG------------GAAAG---------ATTTGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAC----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC--A--T--TATTTGA-------CNAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAA----AA--------A---C-ATGACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTATTGA-GTGCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGTCATCTTTTCTA-TT---TCAACAAAGCCATTTCTATTCTTTGTC---AAAATAA--T--TATTCTCGATTT--GG--------TTACATTGTAA-ATGTA-----------TGAGA-T-----------T--------------------------TAT-------TACCATCAAAGTC---A--T--AA-A-AA-AAGT---------------------------TTTTC--TTTTAAAAAGTGATGTTAAATAA-ACTTTAC-A----AAGA-ATATGTCAATTGTGTTCAAAATATT--TAATG-CAATGGTATTGAA-AA-ATGTCCAATTAACTTTAATTA-AA--------A--------ATGTTATTTGTG----------T---------CAACCTTAAAGGTA---------------AAAT-TTA--TT--TT---AAA--AAGCAG-TG------------TAAAG-------------GA--TTTTAAATAAAGCTGAATAATTAGTGAAAATA----AA------------GCGT-------------GTT------------AGTCTCAAC-AG-TGTGTGCATAAA---GCGTGCAAAACTGTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaT-TTGCCAA----AA--------G---CTATCATTGAATTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGTTCTAATAGATAAGTTATGAGCGATTAAATT-TGAAAATTAAAAAAAAATGATTATTTAAA-T--CAA--T-CGATGATAAAA-TGATTTT---------AATGTAAAGA-----------ATATTGT-CGGCAA-------CA--CT-------GTT-TTTATTTTAGTT--TACAAAAATAAAATTGTGCGTTAATAAATGTACTGA-GTacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatactttgccaaaagctatcattgaattgaaaaagtaaacgttttacgttacgttctaatagataagttatgagcgattaaatttgaaaattaaaaaaaaatgattatttaaatcaatcgatgataaaatgattttaatgtaaagaatattgtcggcaacactgtttttattttagtttacaaaaataaaattgtgcgttaataaatgtactgagt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaaagtcatcttttctatttcaacaaagccatttctattctttgtcaaaataattattctcgatttggttacattgtaaatgtatgagatttattaccatcaaagtcataaaaaaagtttttcttttaaaaagtgatgttaaataaactttacaaagaatatgtcaattgtgttcaaaatatttaatgcaatggtattgaaaaatgtccaattaactttaattaaaaatgttatttgtgtcaaccttaaaggtaaaatttattttaaaaagcagtgtaaaggattttaaataaagctgaataattagtgaaaataaagcgtgttagtctcaacagtgtgtgcataaagcgtgcaaaactgtatacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatacTGTGCGTTTTTAAATGTACTAA-GTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaatgcattcaagctttcaAAACCAC--GTTCCGGTTAGATCAAC---GCAATGTCTTTTCTTTGGCAAAACATTTAGTT--CAGTCTCGATTT--AGTTAAGATAAT------GAA-AAATAAC---------TAA-A-T-----------T---------------T---------ATAT-------GACCCTCAATTTcgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaaaaccacgttccggttagatcaacgcaatgtcttttctttggcaaaacatttagttcagtctcgatttagttaagataatgaaaaataactaaatttatatgaccctcaattttttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaatgcattcaagctttcacacttagtacatttaaaaacgcacacgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaAATTGTGATTATTGTAACCATTTAT----GTTGT--TA-----T--T-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAT--G--C--TACTTGA-------CCAAAGGTTGGA----GCC-------AAA----AA--------A---C-ATGACTTAATTG--AAAAA---AACTATATACG-TTTTGCGCTACGCTCTTATAAATATATTATGGTTGATTAATTT-TTAAATTTTAAACC---TGATTATTGACA-C--ACA--T-CCATTATGAAA-GAATTCT---------AA-------GT----------A-------CGAAAAATACTGCCG--ATAAATGTGTTA-TTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAAGTGTGCGTGTATAAATGTATTGA-GTGCtttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aatcgaagtac------------A----AAGT-ACATGA-TCTTTAAAATGACGCT-AAAACTGTGTTAGTTGTATCCA-CTAT----GGTTT---------TGTC-GTTTTATCGATCATACCA---TTTGTACCTAT--G--A--TACTTGG-------CATAAAGTTACATTTTACTAT-TTGAAAGAGACAA--------A---C-A-GATTAAACTGAAAAAAA---G-----ATACA-GTTTACGTTACACTGCAATAAATAgta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               catgaaatggacgtctcgatctcaataacgtttgcataaagcttttaaataaccatacagacgtctaacataaGAAGTCAT--TTTCTGGTT---ATATCAAAGCCATTTCTG----TTGGTAAAAAAA-CA--T--TATTCTCGATTT---G--------GT------TCA-AAGTA-----------TAAGAGTTTTCTTTTTAAT---------------TT-------GATAT-------GACCCTCAAATTC--AAAGTTCACTA-AA-ACGGGCA--TAT--TCAAA--aaaatatcggttatgaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcgatttatttcctacactaagtacatctaaaaacgcgcacgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtgACCCAAAGTCAT--TGTTTTGGT---TCAACAAAGTCATTTCTGGTCATTAG--------TTA--TGCTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA-----------TAAAA-T-----------T---------------TT-------GATAT-------GACCCTCAAATTT--TA--TTCACTA-AA-AAGGGCA--TAT--TTAAAGTTTTTGTTT-CTTTTC--TTTTAAAAAGTAATaaagtattcttttaaaacg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aagtacatataaaaccgcacaagtttgtaaaactaatcaaatgtgctccatgagT-------TA--TAA-G-CAATAGCGTTT-T-TATACGTTCTATGAACGTCAATTA-AA--------A--------A---------CG----------TTATAAACACCAACCTGAATGTTT---------------AAAT-CTA--TC--TT---AAA--A--TAG-TG------------TAAAG----------TTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atatttaatttggttgaaaatgGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTG-AA-T--AAA--T-TGATAATAAAA-GA---CG---------AG-------A-----------AAAATTGTCGGCTA-------CG--GT-------GTTATTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAGAATTGTACATTTTTGTATGTACCGA-ctttaaaaaagcttgatcattagtcaacattaaacggacgttttaatcgcaataacgtgtttataaag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAAA---G----TATACA-TTTTACGTTACAATCCAATAAATATTTCGTGATTGTTTAGATT-TGAAATTTAAAAAC---TAGTT-TTGGAA-ATTAAA--TGCGA----GAAA-G-ATTGT--------------------------------------CGGCAA-------C
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --------GT------TAATGTGTA-----------TAAGA-T-----------TGTTTTAAAGAA----TT-------GTTTT-------GACCCTCAGATTCAAAA--GTCAC---AA-AAGTGCA--TTT--TT-----TTTTa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAAGTCA--T--T--TTTCGGTTTCAAG--------AT------T-----GTT-----------TAAGA-C-----------T---------------TT-------GATAT-------GGACCTCAAATTC--AAAAGTCAC-A-AACAAGTGCA--TAT--TTA----TTCT------TTTTC--TTTTATAAAATGATATTTAATCA-ATTTCAC-ATTAGAAGACATGATTCAATT---TA-------TTGGTAA---CATTTATA-TT-A-A--------AATCAGTGTTAAATA-AA--------A--------
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggAT-------------G-A------------A----CAGT-AT-TGCATATTTAAGATAACGTA-AACATTGTAATTATTGTATAAATTCAT----ATTTT--TAAAATTTGTT-GTTTctggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttttaaaatttgttgtttgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaTTAAAATTTGTTGT-TTGAAAA----AA--------A-----ATGACTAAATTG--AAAAAAATG----TATACAATTTTAGTTTACGCTCTTATAAATATGTTCCGGTTGAATAATTT-TGAAATTAAAAAA-----AA--AATGAAATA--AAA--T--GATAATGAAA-TAATTCTTAATGCGAGAA-------A-----------AACTGT--CGGCAA-------CA--GT-------TTT-ATT-ATTT-TTT--TATATAA-TAAgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|20                         :                                                                                                                                          cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttTTTC--TTTTACAAAGTGATATTAAATAC-ATTTTAA-A----AAGA-ATAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT--TGTTTGGTT---TCAACAAAGTCATTTCTGGTCATTGGCAAAAAAATTA--TGGTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA-----------TAAAA-T-----------T---------------TT-------GATAT-------GACCCTCAAATTT--TA--TTCACTC-AA-AAGGGCA--TAT--TTAAAGTTTTTG-TTTCTTTTC--TTTTAAAAAGTGATATTAAATAA-ATTTTAC-A----AAGA-ATAATTTAATT---TT-------TT--TAATG-CAGTGATGTTT-A-AA-ATGTTCAATTGACGTCAATTA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCGTAACAGTA---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--AAG-TA------------GAAAG---------ATTTGACTTTTTTAATA----TAAA-AATTTCTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTC------------A----CAGT-AC-TGAACATTTAAAATAAAGTA-AAAACTGTATTTTTTGTATCAATTTA-----ATTTT--TA-----CGTT-GTTTTGTCAACTATACCA-------TACCAAC--AAGT--CATTTGA-------CAAAAAGCTACATTTTGTTTTGTCGAAAA----AAACAACAACA---C-ACAACTAAACTG--AAAAA---G----TATACC-TTTTAGGTTACGCTATAATAAATATGTTATGGTAGATTAATTT-TGAAATTTAAAAGC---TGATTATTGAAA-A--AAAAGT-CAATTATAAAATGAATTCT----------A-------A-----------A-------CGGCAA-----------GT-------TTT-TTT-TTTCATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCATTTTCAAATATCCTGATGTGCCGAgtt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTCAAAT---TG-------TT---AATA-CAATAGTGTTT-TTAA-ACGTCCAATTAACGTCAGTTA-AA--------A--------A---------CGCTATTAAACGT---------CAACCTTAACTGTT---------------GATT-TTA--TC--TTTAAAAA--A--TAA-TACTTAGTCAACATGAAAT---------A---GA-TATTTTAATC----TCAATGATGTGTG--CATA----AAGCCTGTAATTGAGCATAAATTAGCTTAGCGTG------------A----AAATTAT-TGAATCTTTCAAATGACGTA-AAAACTTTGTTTATTGTATCCATTTATTTATATTTTGTTA-----TTTTTGTTTTATCGACGATAACA---T----ACTTACTAA--TGATACTTGA-------CCAAAAGTTACTTTTTGTTAT-TTGAAAA----AA--------AAAAC-ACAAATTAATTA--AAAAA---G----TATACG-CTC-------CGCTCTAA-AAATATATTGTGGTTGATTAATTT-TAAGATTTAAAAAC---TGATTATTG--A-A--AAA--TGCGA----GAAA--AATTGT--------------------------------------CGACAA-------CACTGT-------TAT-TAT-TTTTATTT--TACAAAA-CAAAATTGTGCGTTTTTATATGTATTGA-GTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taatcttg--TAATA-AAATAATGTTTCA-AA-ACCTCCGATTAACGTCAATTA-AA--------ACTTAATTAA---------CG----------T---------CAACCTCAATGATTGCATTATTCTTTTATAAATGTTAAGTCGTTT---AAAT-A--CAGCTG------------GAGAGTCAACACAAATTGGA-TGCCTCAATA----TCAATAATTTGTG--CATATGATAA------------TCAT-------------GTAGGCTTAACGTGAA----GACT-AT-TGAATATTTAAAATGGCGTA-AAAACTGTATATATTGTATCAATATAC----GTGTT--T-------GTT-GTTTTACTGACCATACAA---T----ACTTAC-----T--TAT--GATACACGTCCAAATGTTACATTTAATTTT-TTGAACA----AA--------A-----ATAACTAAATTG--AAAA----G----TATACG-TTTTACGTAACGCTCCAATAAAAATGTTATGGTTGATTAATTTGCGAAAC---AAAAT---TGta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -------CAGCAA-------CA--GT-------TTTATTG-TTTTATTT--TACCAAA-TAAAAccagcaacagttttattgttttattttaccaaataaaa
gi|6                          :             taataaaataatgtttcaaaacctccgattaacgtcaattaaaacttaattaacgtcaacctcaatgattgcattattcttttataaatgttaagtcgtttaaatacagctggagagtcaacacaaattggatgcctcaatatcaataatttgtgcatatgataatcatgtaggcttaacgtgaagactattgaatatttaaaatggcgtaaaaactgtatatattgtatcaatatacgtgtttgttgttttactgaccatacaatacttacttatgatacacgtccaaatgttacatttaattttttgaacaaaaataactaaattgaaaagtatacgttttacgtaacgctccaataaaaatgttatggttgattaatttgcgaaacaaaattgcTTTCTGATTACAAGCAAAAAC------T--TATTCTCGATTT--GG---------T------TAA-AGGTA-----------TAAGA-C-----------T---------------TTTTTTCGAAATATTTCAAATGACACTCAAATTC--------------AA-AAGT-CA--CA-----AAA--T---G-TG-C--------------AAAT----TTAAATC---TTTTGTTA----AAAA-ATGA--CAA--------------------A-G-CAAT-GT-TTT-A-AA-GCGTCAAATTAACGTAAATTATAAACGGTACCA--------A---------CG----------T---------CAGCTCTAACGTTT---------------ATAT-TTA--TCA-TT---AAA--A--AGG-T---------------AAC---------GT-----TTTTTTAAGC----TTAATAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacatGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAT-A--AAgccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacagttactgtaataaacattgattaattttcaaatttaaaaactgattattgaataaat
gi|7                          : ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacattttctgattacaagcaaaaacttattctcgatttggttaaaggtataagactttttttcgaaatatttcaaatgacactcaaattcaaaagtcacaaaatgtgcaaatttaaatcttttgttaaaaaatgacaaagcaatgttttaaagcgtcaaattaacgtaaattataaacggtaccaacgtcagctctaacgtttatatttatcattaaaaaggtaacgtttttttaagcttaataagccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacaAAGTCAT--TTTCCGGTT---ACAACAGAGCCATTTCCGTTCTTTGGCCAAAAAATTAG-T--TGTTT----------G--------GT------TAA-TCGTA-----------TAAGA-T-----------TGTTTATAAAAAAAGGTT-------GATAC-------GACTCTCAAAATCTAAA--GTCAC-A-AA-AAGTGCA--AAT--CTAAA---------T-CTTT--------------TGATATTGAATAA-GTTTTAC-T----AAAA-ATAATT-GACT---TT-------GT--TA----------TATTT----A-ACGTCCACTT----TCAATT----------------------------------------------------------TT-ACAGTT---------------ATAT-TTA--CC--TT---AAAAGA--TAC-TG------------TAAAT---------ATTTG--TT-----ATA----TAAAt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtacatttaaatacgtacgcgttggtaaaactaaattaaaagcaatttgttaatttttcaatagtattagacggaAAGTCAT--TTTCATGTT---TCAACAAAACCATTTCTGATCTTGGGCCAAAA---CA--T--TTTTCTCGACTT---G--------GT------TAA-A-GTATACTTTTTTTTTAAGA-A-----------T---------------TT-------GATAT-------GACCCTCAAATTCAAAA--TTCAT-ACAA-AAATACATTCATTATTATA--TCTAA-AT-CATTTCATTTTT---AAGTAATATTAAACAGTGTTTTAA-A----AAGG-ACAA---A-------------------TAACGTCAA------TT-A-AA-----------AACGTT-ATT------------A--------A---------CG----------T---------CAGCCTTAACGTTA---------------AAAC-GTA--TC--TA---AAA--A--TAG------------------------------TTTAA-TTTTTT--------TTAATAAgctggatagttagtcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tggcaaaacttatgtattgtgttaaattgtcaatattattacaccgga------------GCAT-------------G-A------------A----AAGT-AC-GGAATCTTTAAAATGACGTA-CAA-CTGTGTTTAATGTATCCATTTA------TTTT--TT-----TGCT-ATTTTGTCGACTATGCCAAACT---GACTTAT--A--A--TATGTGA-------CTTAATGTTACATTTTGTT-------------------------------------AAGTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGATCTTATAAATATGTTGTGGTTTATTAACCT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTACTGAAA-A--ACA--T-TGACTATGAAA-GAATTCT---------AA-------ATGCGTGAAAAAATGT----CGACAA-------CG--GT-------ATT-ATT-ATTTATTTTATACAAAA-TAAAATTGT-TGTTTTTAAATGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGTGTTAAATTTTCAATACGATCAGACGGAAAGTCATTTTCCGGTTTAAAACTCGCCATTTATATGCTATTTTCGATTTGGTTATAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  11111111111111111111111111111111111111                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                               2222222222            22222222222222222222         22222222222     66666666666666666666666666666666666666   1111111               3333333    111                   55555555555555          2222                          1111              444444444444444444444444      11111111      1111111                             6666666666666666666666666666666666666666666666666             3333333333333333            11        111111  444444444444444444444444444444444          1111             11    88888888888888888888888888888888888888888888888888888888                                                      111111    222222222                       33333333     22222                            111         4444444444444444444                                                                                                        1111      11                  11111111111111111111111111111111111111      222222222222222222222  1                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                555   0    5555                 5  2     6    0000000000 1          11111111111111111111   777   44444444444     11111111111111111111111111111111111111   3333333               4444444    666  4        66  66  66666666666666    3 0   0000  5           0  5 0      2222   55    555  444444444444444444444444  4   33333333      8888888  9999  1 22           4 66  3333333333333333333333333333333333333333333333333           1 2222222222222222    5   66  11  888   333333  999999999999999999999999999999999  0  0    2222 1  0        33    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   5 66   0 1              5                    0     666666    888888888 0  5                  77777777     44444 1        1   1      1      444         2222222222222222222 0 2     66     777 9999      4           22            5  3              4              777         3  0000   66 00  99      77      55555555555555555555555555555555555555      000000000000000000000  0  55        66       5                            5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ...   .    ....                 .  .     .    .......... .          ....................   ...   ...........     ......................................   .......               .......    ...  .        ..  ..  ..............    . .   ....  .           .  . .      ....   ..    ...  ........................  .   ........      .......  ....  . ..           . ..  .................................................           . ................    .   ..  ..  ...   ......  .................................  .  .    .... .  .        ..    ........................................................   . ..   . .              .                    .     ......    ......... .  .                  ........     ..... .        .   .      .      ...         ................... . .     ..     ... ....      .           ..            .  .              .              ...         .  ....   .. ..  ..      ..      ......................................      .....................  .  ..        ..       .                            .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                999   4    4444                 9  8     1    0000000000 0          33333333333333333333   888   55555555555     88888888888888888888888888888888888888   0000000               2222222    999  4        11  11  11111111111111    2 2   5555  0           1  7 1      1111   99    777  777777777777777777777777  4   22222222      7777777  9999  9 88           4 33  3333333333333333333333333333333333333333333333333           4 0000000000000000    0   99  99  888   999999  999999999999999999999999999999999  1  3    1111 0  8        88    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   7 11   1 0              7                    7     333333    666666666 7  7                  33333333     00000 0        0   0      7      111         6666666666666666666 2 4     99     888 4444      4           55            7  9              0              000         6  0000   99 22  66      55      22222222222222222222222222222222222222      666666666666666666666  0  55        99       0                            0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAA--NTCAC-A-AA-AAGTGCAT--AT--TTAAA--TTTT---T-CTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------AT----TNGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GATACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
Reference ( family-6983 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTC--AA--TTCAC-A-AA-AAGTGCAT--AT--TTAAA--TTTTG-TT-CTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GNAAAG---------AT----TTGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GNTACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGTCATCT-TTTCTATT---TCAACAAAGCCATTTCTATTCTTTGTC---AAAATAA--T--TATTCTCGATTT--GG--------TTACATTGTAA-ATGTA-----------TGAGA-T-----------T--------------------------T-------ATTACCATCAAAGTC--A-----TAA-A-AA-AAGT---------------------------TTTTCTTTTAA-AAA-GTGATGTTAAATAA-ACTTTACA----AAGA-ATATGTCAATTGTGT----------TCAAAATATT-TAATG-CAAT-GGTATT---GAA-AA-AT-GTCCAATTAACTTTAAT-TA-AA--------A--------ATGTTATTTGTG----------T---------CAACCTTAAAGGTA---------------AAAT-TTA--TT--TT---AAA--AAGCAG-T-----GTAAAG-----------------GA--TTTTAAATAAAGCTGAATAATTAGTGAAAATA----AA------------GCGT-------------GTT------------AGTCTCAAC-AG-TGTGTGCATAAA---GCGTGCAAAACTGTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaT-TTGCCAAAA--------G---CT-AT-CATTGAATTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGTTCTAATAGATAAGTTATGAGCGATTAAATT-TGAAAATTAAAAAAAAATGATTATTTAAA-T--CAA--T-CGATGATAAAA-TGATTTT---------AATGTAAAGA-----------ATATTGT-CGGCAA-------CA--CT-------GTT-TTTATTTTAGTT--TACAAAAATAAAATTGTGCGTTAATAAATGTACTGA-GTacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatactttgccaaaagctatcattgaattgaaaaagtaaacgttttacgttacgttctaatagataagttatgagcgattaaatttgaaaattaaaaaaaaatgattatttaaatcaatcgatgataaaatgattttaatgtaaagaatattgtcggcaacactgtttttattttagtttacaaaaataaaattgtgcgttaataaatgtactgagt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaaagtcatcttttctatttcaacaaagccatttctattctttgtcaaaataattattctcgatttggttacattgtaaatgtatgagatttattaccatcaaagtcataaaaaaagtttttcttttaaaaagtgatgttaaataaactttacaaagaatatgtcaattgtgttcaaaatatttaatgcaatggtattgaaaaatgtccaattaactttaattaaaaatgttatttgtgtcaaccttaaaggtaaaatttattttaaaaagcagtgtaaaggattttaaataaagctgaataattagtgaaaataaagcgtgttagtctcaacagtgtgtgcataaagcgtgcaaaactgtatacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatacTGTGCGTTTTTAAATGTACTAA-GTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaatgcattcaagctttcaAAACCAC-G-TTCCGGTTAGATCAAC---GCAATGTCTTTTCTTTGGCAAAACATTTAGTT--CAGTCTCGATTT--AGTTAAGATAAT------GAA-AAATAAC---------TAA-A-T-----------T---------------T---------AT-------ATGACCCTCAATTTcgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaaaaccacgttccggttagatcaacgcaatgtcttttctttggcaaaacatttagttcagtctcgatttagttaagataatgaaaaataactaaatttatatgaccctcaattttttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aaatgcattcaagctttcacacttagtacatttaaaaacgcacacgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaAATTGTGATTATTGTAACCATTTAT----GTTGT--TA-----T--T-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAT----GCTACTTGACCAAAGGTTGGA----GCC-------AAAAA--------A---C--AT-GACTTAATTG--AAAAA---AACTATATACG-TTTTGCGCTACGCTCTTATAAATATATTATGGTTGATTAATTT-TTAAATTTTAAACC---TGATTATTGACA-C--ACA--T-CCATTATGAAA-GAATTCT---------AA-------GT----------A-------CGAAAAATACTGCCG--ATAAATGTGTTA-TTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAAGTGTGCGTGTATAAATGTATTGA-GTGCtttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aatcgaagtac------------A----AAGT-ACATGA-TCTTTAAAATGACGCT-AAAACTGTGTTAGTTGTATCCA-CTAT----GGTTT---------TGTC-GTTTTATCGATCATACCA---TTTGTACCTAT----GATACTTGGCATAAAGTTACATTTTACTAT-TTGAAAGAG--------A---CAAACAGATTAAACTGAAAAAAA---G-----ATACA-GTTTACGTTACACTGCAATAAATAgta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         catgaaatggacgtctcgatctcaataacgtttgcataaagcttttaaataaccatacagacgtctaacataaTGCGCGTTTTTAGATGTACTTA-GTGaaaatatcggttatgaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atgcgatttatttcctaGAAGTCAT-T-TTCTGGTT---ATATCAAAGCCATTTCTG----TTGGTAAAAAAA-CA--T--TATTCTCGATTT---G--------GT------TCA-AAGTA-----------TAAGAGTTTTCTTTTTAAT---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTC--AAAGTTCACTA-AA-ACGGGCAT--AT--TCAAA--cgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtggaagtcattttctggttatatcaaagccatttctgttggtaaaaaaacattattctcgatttggttcaaagtataagagttttctttttaatttgatatgaccctcaaattcaaagttcactaaaacgggcatattcaaaaaagtattcttttaaaacg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcgatttatttcctacactaagtacatctaaaaacgcgcacgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtgACCCAAAGTCAT-TGTTTTGGTT----CAACAAAGTCATTTCTGGTCATTAG--------TTA--TGCTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA-----------TAAAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTT--TA--TTCACTA-AA-AAGGGCAT--AT--TTAAAGTTTTTGTTT-CTTTTCTTTTAA-AAA-GTAATaaagtattcttttaaaacg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aagtacatataaaaccgcacaagtttgtaaaactaatcaaatgtgctccatgag----------T-------TA-TAA-G-CAAT-AGCGTT---T-T-TATAC-GTTCTATGAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------TTATAAACACCAACCTGAATGTTT---------------AAAT-CTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG----------T----TT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atatttaatttggttgaaaatgGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTG-AA-T--AAA--T-TGATAATAAAA-GA---CG---------AG-------A-----------AAAATTGTCGGCTA-------CG--GT-------GTTATTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAGAATTGTACATTTTTGTATGTACCGA-ctttaaaaaagcttgatcattagtcaacattaaacggacgttttaatcgcaataacgtgtttataaag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AAAA---G----TATACA-TTTTACGTTACAATCCAATAAATATTTCGTGATTGTTTAGATT-TGAAATTTAAAAAC---TAGTT-TTGGAA-ATTAAA--TGCGA----GAAA-G-ATTGT--------------------------------------CGGCAA-------C
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --------GT------TAATGTGTA-----------TAAGA-T-----------TGTTTTAAAGAA----TT-------GTT-------TTGACCCTCAGATTCAAAA--GTCAC---AA-AAGTGCAT--TT--TT-----TTTTa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAAGTCA--T--T--TTTCGGTTTCAAG--------AT------T-----GTT-----------TAAGA-C-----------T---------------TT-------GAT-------ATGGACCTCAAATTCAAAA--GTCAC-A-AACAAGTGCAT--AT--TT--A--TTCT------TTTTCTTTT-ATAAA-ATGATATTTAATCA-ATTTCACATTAGAAGACATGATTCAATT---TATTGGTAACAT-------TTATATTA-AAATCAGTGTTAAAT-A-AA-ACTGGATATTTA--GTCAACATA-AA--------ATAG-----A---------CG----------T---------TAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggAT-------------G-A------------A----CAGT-AT-TGCATATTTAAGATAACGTA-AACATTGTAATTATTGTATAAATTCAT----ATTTT--TAAAATTTGTT-GTTTatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttttaaaatttgttgtttgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaTTAAAATTTGTTGT-TTGAAAAAA--------A------AT-GACTAAATTG--AAAAAAATG----TATACAATTTTAGTTTACGCTCTTATAAATATGTTCCGGTTGAATAATTT-TGAAATTAAAAAA-----AA--AATGAAATA--AAA--T--GATAATGAAA-TAATTCTTAATGCGAGAA-------A-----------AACTGT--CGGCAA-------CA--GT-------TTT-ATT-ATTT-TTT--TATATAA-TAAgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|20                         :                                                                                                                                          cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttTTTCTTTT-ACAAA-GTGATATTAAATAC-ATTTTAAA----AAGA-ATAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-GTTTGGTT---TCAACAAAGTCATTTCTGGTCATTGGCAAAAAAATTA--TGGTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA-----------TAAAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTT--TA--TTCACTC-AA-AAGGGCAT--AT--TTAAAGTTTTTG-TTTCTTTTCTTTT-A-AAAAGTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTTAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAGT-GATGTT---T-A-AA-AT-GTTCAATTGACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCGTAACAGTA---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--AAG-T-----AGAAAG---------AT----TTGACTTTTTTAATA----TAAA-AATTTCTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTC------------A----CAGT-AC-TGAACATTTAAAATAAAGTA-AAAACTGTATTTTTTGTATCAATTTA-----ATTTT--TA-----CGTT-GTTTTGTCAACTATACCA-------TACCAACAA--GTCATTTGACAAAAAGCTACATTTTGTTTTGTCGAAAAAAACAACAACA---C--AC-AACTAAACTG--AAAAA---G----TATACC-TTTTAGGTTACGCTATAATAAATATGTTATGGTAGATTAATTT-TGAAATTTAAAAGC---TGATTATTGAAA-A--AAAAGT-CAATTATAAAATGAATTCT----------A-------A-----------A-------CGGCAA-----------GT-------TTT-TTT-TTTCATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCATTTTCAAATATCCTGATGTGCCGAgtt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTCAAAT---T----------G-------TT--AATA-CAAT-AGTGTT---T-TTAA-AC-GTCCAATTAACGTCAGT-TA-AA--------A--------A---------CGCTATTAAACGT---------CAACCTTAACTGTT---------------GATT-TTA--TC--TTTAAAAA--A--TAA-TACTTAGTCAAC---------ATGAAATAGA-TATTTTAATC----TCAATGATGTGTG--CATA----AAGCCTGTAATTGAGCATAAATTAGCTTAGCGTG------------A----AAATTAT-TGAATCTTTCAAATGACGTA-AAAACTTTGTTTATTGTATCCATTTATTTATATTTTGTTA-----TTTTTGTTTTATCGACGATAACA---T----ACTTACTAATGATACTTGACCAAAAGTTACTTTTTGTTAT-TTGAAAAAA--------AAAAC--AC-AAATTAATTA--AAAAA---G----TATACG-CTC-------CGCTCTAA-AAATATATTGTGGTTGATTAATTT-TAAGATTTAAAAAC---TGATTATTG--A-A--AAA--TGCGA----GAAA--AATTGT--------------------------------------CGACAA-------CACTGT-------TAT-TAT-TTTTATTT--TACAAAA-CAAAATTGTGCGTTTTTATATGTATTGA-GTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           taatcttg-TAATA-AAAT-AATGTT---TCA-AA-AC-CTCCGATTAACGTCAAT-TA-AA--------ACTTAATTAA---------CG----------T---------CAACCTCAATGATTGCATTATTCTTTTATAAATGTTAAGTCGTTT---AAAT-A--CAGCT-----GGAGAGTCAACACAAAT----TGGA-TGCCTCAATA----TCAATAATTTGTG--CATATGATAA------------TCAT-------------GTAGGCTTAACGTGAA----GACT-AT-TGAATATTTAAAATGGCGTA-AAAACTGTATATATTGTATCAATATAC----GTGTT--T-------GTT-GTTTTACTGACCATACAA---TACTTACTTAT----GATACACGTCCAAATGTTACATTTAATTTT-TTGAACAAA--------A------AT-AACTAAATTG--AAAA----G----TATACG-TTTTACGTAACGCTCCAATAAAAATGTTATGGTTGATTAATTTGCGAAAC---AAAAT---TGta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 -------CAGCAA-------CA--GT-------TTTATTG-TTTTATTT--TACCAAA-TAAAAccagcaacagttttattgttttattttaccaaataaaa
gi|6                          :             taataaaataatgtttcaaaacctccgattaacgtcaattaaaacttaattaacgtcaacctcaatgattgcattattcttttataaatgttaagtcgtttaaatacagctggagagtcaacacaaattggatgcctcaatatcaataatttgtgcatatgataatcatgtaggcttaacgtgaagactattgaatatttaaaatggcgtaaaaactgtatatattgtatcaatatacgtgtttgttgttttactgaccatacaatacttacttatgatacacgtccaaatgttacatttaattttttgaacaaaaataactaaattgaaaagtatacgttttacgtaacgctccaataaaaatgttatggttgattaatttgcgaaacaaaattgcTTTCTGATTACAAGCAAAAA---C---T--TATTCTCGATTT--GG---------T------TAA-AGGTA-----------TAAGA-C-----------T---------------TTTTTTCGAAATATTTCAAATGACACTCAAATTCAAAA--GTCAC-A-AA-ATGTGCAA--AT--TTAAA---------T-CTTT-----------------TGTTAAA-AA-A--TGACA----AAG--------CAA-T---G----------T-------TT-TAA--------AGCG-T---C-A-AA----------TTAACGTAAAT-TATAAACGGTACCA--------A---------CG----------T---------CAGCTCTAACGTTT---------------ATAT-TTA--TCA-TT---AAA--A---AG-------GTAA------------------CGT-TTTTTTAAGC----TTAATAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacatGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAT-A--AAgccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacagttactgtaataaacattgattaattttcaaatttaaaaactgattattgaataaat
gi|7                          : ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacattttctgattacaagcaaaaacttattctcgatttggttaaaggtataagactttttttcgaaatatttcaaatgacactcaaattcaaaagtcacaaaatgtgcaaatttaaatcttttgttaaaaaatgacaaagcaatgttttaaagcgtcaaattaacgtaaattataaacggtaccaacgtcagctctaacgtttatatttatcattaaaaaggtaacgtttttttaagcttaataagccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacaAAGTCAT-T-TTCCGGTT---ACAACAGAGCCATTTCCGTTCTTTGGCCAAAAAATTAG-T--TGTTT----------G--------GT------TAA-TCGTA-----------TAAGA-T-----------TGTTTATAAAAAAAGGTT-------GAT-------ACGACTCTCAAAATCTAAA--GTCAC-A-AA-AAGTGCAA--AT--CTAAA---------T-CTTT--------------TGATATTGAATAA-GTTTTACT----AAAA-ATAATT-GACT---T----------T-------GT-TA-----------TATT---T----A-AC-GTCCACTT----TCAAT-T----------------------------------------------------------TT-ACAGTT---------------ATAT-TTA--CC--TT---AAAAGA--TAC-T-----GTAAAT---------AT----TTG--TT-----ATA----TAAAt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtacatttaaatacgtacgcgttggtaaaactaaattaaaagcaatttgttaatttttcaatagtattagacggaAAGTCAT-T-TTCATGTT---TCAACAAAACCATTTCTGATCTTGGGCCAAAA---CA--T--TTTTCTCGACTT---G--------GT------TAA-A-GTATACTTTTTTTTTAAGA-A-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAA--TTCAT-ACAA-AAATACATTCATTATTATA--TCTAA-AT-CATTTCATTT-T-TAA-GTAATATTAAACAGTGTTTTAAA----AAGG-ACAA---A----------------------------TAACGTCAA-------T---T-A-AA------------AACGTT-AT-T------------A--------A---------CG----------T---------CAGCCTTAACGTTA---------------AAAC-GTA--TC--TA---AAA--A--TAG-T-----TTA------------AT----T----TTTTTTAATA----gctggatagttagtcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tggcaaaacttatgtattgtgttaaattgtcaatattattacaccgga------------GCAT-------------G-A------------A----AAGT-AC-GGAATCTTTAAAATGACGTA-CAA-CTGTGTTTAATGTATCCATTTAT-----TTTT--T------TGCT-ATTTTGTCGACTATGCCAAACT---GACTTAT----AATATGTGACTTAATGTTACATTTTGTT-----------------------------------AAGTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGATCTTATAAATATGTTGTGGTTTATTAACCT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTACTGAAA-A--ACA--T-TGACTATGAAA-GAATTCT---------AA-------ATGCGTGAAAAAATGT----CGACAA-------CG--GT-------ATT-ATT-ATTTATTTTATACAAAA-TAAAATTGT-TGTTTTTAAATGTACAGA-a
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGTGTTAAATTTTCAATACGATCAGACGGAAAGTCATTTTCCGGTTTAAAACTCGCCATTTATATGCTATTTTCGATTTGGTTATAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               11111111111111111111111111111111111111                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                               2222222222                2222222222222222             11111111111   66666666666666666666666666666666666666   1111111                        111         1111111111      2222222222222222        33333333                           1111                5555555555555555555555555555555555555555555555555                             6666666666666666666666666666666666666666666666666             3333333333333333            11        111111  1111111    4444444444444444444444          1111             11    88888888888888888888888888888888888888888888888888888888                                                      111111    222222222                       33333333     11111                              111         4444444444444444444                                                                                                        1111      11                  11111111111111111111111111111111111111      222222222222222222222  1                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                555   0    5555                 5  2     6    0000000000 1          888 2222222222222222   777   55  99999999999   11111111111111111111111111111111111111   3333333               6   1    666  4   1  9999999999      8888888888888888   44   11111111   5           0  5 0      2222   55    555  0 7777777777777777777777777777777777777777777777777  4  4                 4 66  3333333333333333333333333333333333333333333333333           1 2222222222222222    5   66  11  888   333333  4444444    3333333333333333333333  0  0    2222 1  0        33    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   5 66   0 1              5                    0     666666    888888888 0  5                  77777777     44444  99        1   1      1      444         2222222222222222222 0 2     66     777 9999      4           22            5  3              4              777         3  0000   66 00  99      77      55555555555555555555555555555555555555      000000000000000000000  0  55        66       5                            5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ...   .    ....                 .  .     .    .......... .          ... ................   ...   ..  ...........   ......................................   .......               .   .    ...  .   .  ..........      ................   ..   ........   .           .  . .      ....   ..    ...  . .................................................  .  .                 . ..  .................................................           . ................    .   ..  ..  ...   ......  .......    ......................  .  .    .... .  .        ..    ........................................................   . ..   . .              .                    .     ......    ......... .  .                  ........     .....  ..        .   .      .      ...         ................... . .     ..     ... ....      .           ..            .  .              .              ...         .  ....   .. ..  ..      ..      ......................................      .....................  .  ..        ..       .                            .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                999   4    4444                 9  8     1    0000000000 0          000 7777777777777777   888   55  00000000000   88888888888888888888888888888888888888   0000000               1   0    999  4   7  4444444444      6666666666666666   88   66666666   0           1  7 1      1111   99    777  3 2222222222222222222222222222222222222222222222222  4  4                 4 33  3333333333333333333333333333333333333333333333333           4 0000000000000000    0   99  99  888   999999  6666666    6666666666666666666666  1  3    1111 0  8        88    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   7 11   1 0              7                    7     333333    666666666 7  7                  33333333     88888  22        0   0      7      111         6666666666666666666 2 4     99     888 4444      4           55            7  9              0              000         6  0000   99 22  66      55      22222222222222222222222222222222222222      666666666666666666666  0  55        99       0                            0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA--TA-----------AGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------AT----TNGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GA--TACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
Reference ( family-6983 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA--TA-----------AGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAANTCAC-A-AA-AAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------AT----TNGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GA--TACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGTCATCT-TTTCTATT---TCAACAAAGCCATTTCTATTCTTTGTC---AAAATAA--T--TATTCTCGATTT--GG--------TTACATTGTAA-ATGTA--TG-----------AGA-T-----------T--------------------------T-------ATTACCATC-------AAAGTCAT-A-AA-AA-----------------------AAG----TT----TTTCTTTTA-----A-AAA-GTGATGTTAAATAA-ACTTTACA----AAGA-ATATGTCAATTGTGT----------TCAAAATATT-TAATG-CAAT-GGTATT---GAA-AA-AT-GTCCAATTAACTTTAAT-TA-AA--------A--------ATGTTATTTGTG----------T---------CAACCTTAAAGGTA---------------AAAT-TTA--TT--TT---AAA--AAGCAG-T-----GTAAAG-----------------GA--TTTTAAATAAAGCTGAATAATTAGTGAAAATA----AA------------GCGT-------------GTT------------AGTCTCAAC-AG-TGTGTGCATAAA---GCGTGCAAAACTGTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaT-TTGCCAAAA--------G---CT-AT-CATTGAATTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGTTCTAATAGATAAGTTATGAGCGATTAAATT-TGAAAATTAAAAAAAAATGATTATTTAAA-T--CAA--T-CGATGATAAAA-TGATTTT---------AATGTAAAGA-----------ATATTGT-CGGCAA-------CA--CT-------GTT-TTTATTTTAGTT--TACAAAAATAAAATTGTGCGTTAATAAATGTACTGA-GTacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatactttgccaaaagctatcattgaattgaaaaagtaaacgttttacgttacgttctaatagataagttatgagcgattaaatttgaaaattaaaaaaaaatgattatttaaatcaatcgatgataaaatgattttaatgtaaagaatattgtcggcaacactgtttttattttagtttacaaaaataaaattgtgcgttaataaatgtactgagt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaaagtcatcttttctatttcaacaaagccatttctattctttgtcaaaataattattctcgatttggttacattgtaaatgtatgagatttattaccatcaaagtcataaaaaaagtttttcttttaaaaagtgatgttaaataaactttacaaagaatatgtcaattgtgttcaaaatatttaatgcaatggtattgaaaaatgtccaattaactttaattaaaaatgttatttgtgtcaaccttaaaggtaaaatttattttaaaaagcagtgtaaaggattttaaataaagctgaataattagtgaaaataaagcgtgttagtctcaacagtgtgtgcataaagcgtgcaaaactgtatacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatacTGTGCGTTTTTAAATGTACTAA-GTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaatgcattcaagctttcaAAACCAC-G-TTCCGGTTAGATCAAC---GCAATGTCTTTTCTTTGGCAAAACATTTAGTT--CAGTCTCGATTT--AGTTAAGATAAT------GAA-AAATAACTA-----------A-A-T-----------T---------------T---------AT-------ATGACCCTCAATTTTTTAAATCAcgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaaaaccacgttccggttagatcaacgcaatgtcttttctttggcaaaacatttagttcagtctcgatttagttaagataatgaaaaataactaaatttatatgaccctcaattttttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaatgcattcaagctttcacacttagtacatttaaaaacgcacacgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaAATTGTGATTATTGTAACCATTTAT----GTTGT--TA-----T--T-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAT----GC--TACTTGACCAAAGGTTGGA----GCC-------AAAAA--------A---C--AT-GACTTAATTG--AAAAA---AACTATATACG-TTTTGCGCTACGCTCTTATAAATATATTATGGTTGATTAATTT-TTAAATTTTAAACC---TGATTATTGACA-C--ACA--T-CCATTATGAAA-GAATTCT---------AA-------GT----------A-------CGAAAAATACTGCCG--ATAAATGTGTTA-TTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAAGTGTGCGTGTATAAATGTATTGA-GTGCatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aatcgaagtac------------A----AAGT-ACATGA-TCTTTAAAATGACGCT-AAAACTGTGTTAGTTGTATCCA-CTAT----GGTTT---------TGTC-GTTTTATCGATCATACCA---TTTGTACCTAT----GA--TACTTGGCATAAAGTTACATTTTACTAT-TTGAAAGAG--------A---CAAACAGATTAAACTGAAAAAAA---G-----ATACA-GTTTACGTTACACTGCAATAAATAgta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      catgaaatggacgtctcgatctcaataacgtttgcataaagcttttaaataaccatacagacgtctaacataaTGCGCGTTTTTAGATGTACTTA-GTGaaaatatcggttatgaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atgcgatttatttcctaGAAGTCAT-T-TTCTGGTT---ATATCAAAGCCATTTCTG----TTGGTAAAAAAA-CA--T--TATTCTCGATTT---G--------GT------TCA-AAGTA--TA-----------AGAGTTTTCTTTTTAAT---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAGTTCACTA-AA-ACGGGC----------ATATTCAAAAAA----GT----ATTCTTTTcgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtggaagtcattttctggttatatcaaagccatttctgttggtaaaaaaacattattctcgatttggttcaaagtataagagttttctttttaatttgatatgaccctcaaattcaaagttcactaaaacgggcatattcaaaaaagtattcttttaaaacg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcgatttatttcctacactaagtacatctaaaaacgcgcacgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtgACCCAAAGTCAT-TGTTTTGGTT----CAACAAAGTCATTTCTGGTCATTAG--------TTA--TGCTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA--TA-----------AAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTT--TATTCACTA-AA-AAGGGC----------ATATTT---AAAG---TTTTTGTTTCTTTTCTTTTAA-AAA-GTAATaaaacg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aagtacatataaaaccgcacaagtttgtaaaactaatcaaatgtgctccatgag----------T-------TA-TAA-G-CAAT-AGCGTT---T-T-TATAC-GTTCTATGAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------TTATAAACACCAACCTGAATGTTT---------------AAAT-CTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------TT----T
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atatttaatttggttgaaaatgGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTG-AA-T--AAA--T-TGATAATAAAA-GA---CG---------AG-------A-----------AAAATTGTCGGCTA-------CG--GT-------GTTATTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAGAATTGTACATTTTTGTATGTACCGA-ctttaaaaaagcttgatcattagtcaacattaaacggacgttttaatcgcaataacgtgtttataaag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAAA---G----TATACA-TTTTACGTTACAATCCAATAAATATTTCGTGATTGTTTAGATT-TGAAATTTAAAAAC---TAGTT-TTGGAA-ATTAAA--TGCGA----GAAA-G-ATTGT--------------------------------------CGGCAA-------C
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --------GT------TAATGTGTA--TA-----------AGA-T-----------TGTTTTAAAGAA----TT-------GTT-------TTGACCCTCAGATTCAAAAGTCAC---AA-AAGTGC----------AT-TTT----------TT----TTTa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAAGTCA--T--T--TTTCGGTTTCAAG--------AT------T-----GTT--TA-----------AGA-C-----------T---------------TT-------GAT-------ATGGACCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AACAAGTGC----------ATATTT---A------------TTCTTTTTCTTTT-ATAAA-ATGATATTTAATCA-ATTTCACATTAGAAGACATGATTCAATT---TATTGGTAACAT-------TTATATTA-AAATCAGTGTTAAAT-A-AA-ACTGGATATTTA--GTCAACATA-AA--------ATAG-----A---------CG----------T---------TAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggAT-------------G-A------------A----CAGT-AT-TGCATATTTAAGATAACGTA-AACATTGTAATTATTGTATAAATTCAT----ATTTT--TAAAATTTGTT-GTTTatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttttaaaatttgttgtttgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaTTAAAATTTGTTGT-TTGAAAAAA--------A------AT-GACTAAATTG--AAAAAAATG----TATACAATTTTAGTTTACGCTCTTATAAATATGTTCCGGTTGAATAATTT-TGAAATTAAAAAA-----AA--AATGAAATA--AAA--T--GATAATGAAA-TAATTCTTAATGCGAGAA-------A-----------AACTGT--CGGCAA-------CA--GT-------TTT-ATT-ATTT-TTT--TATATAA-TAAgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|20                         :                                                                                                                                                     cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttTTTCTTTT-ACAAA-GTGATATTAAATAC-ATTTTAAA----AAGA-ATAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-GTTTGGTT---TCAACAAAGTCATTTCTGGTCATTGGCAAAAAAATTA--TGGTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA--TA-----------AAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTTTA--TTCACTC-AA-AAGGGC----------ATATTT---AAAGTTTTTG---TTTCTTTTCTTTT-A-AAAAGTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTTAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAGT-GATGTT---T-A-AA-AT-GTTCAATTGACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCGTAACAGTA---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--AAG-T-----AGAAAG---------AT----TTGACTTTTTTAATA----TAAA-AATTTCTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTC------------A----CAGT-AC-TGAACATTTAAAATAAAGTA-AAAACTGTATTTTTTGTATCAATTTA-----ATTTT--TA-----CGTT-GTTTTGTCAACTATACCA-------TACCAAC----AAGTCATTTGACAAAAAGCTACATTTTGTTTTGTCGAAAAAAACAACAACA---C--AC-AACTAAACTG--AAAAA---G----TATACC-TTTTAGGTTACGCTATAATAAATATGTTATGGTAGATTAATTT-TGAAATTTAAAAGC---TGATTATTGAAA-A--AAAAGT-CAATTATAAAATGAATTCT----------A-------A-----------A-------CGGCAA-----------GT-------TTT-TTT-TTTCATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCATTTTCAAATATCCTGATGTGCCGAgtt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTCAAAT---T----------G-------TT--AATA-CAAT-AGTGTT---T-TTAA-AC-GTCCAATTAACGTCAGT-TA-AA--------A--------A---------CGCTATTAAACGT---------CAACCTTAACTGTT---------------GATT-TTA--TC--TTTAAAAA--A--TAA-TACTTAGTCAAC---------ATGAAATAGA-TATTTTAATC----TCAATGATGTGTG--CATA----AAGCCTGTAATTGAGCATAAATTAGCTTAGCGTG------------A----AAATTAT-TGAATCTTTCAAATGACGTA-AAAACTTTGTTTATTGTATCCATTTATTTATATTTTGTTA-----TTTTTGTTTTATCGACGATAACA---T----ACTTACTAATGA--TACTTGACCAAAAGTTACTTTTTGTTAT-TTGAAAAAA--------AAAAC--AC-AAATTAATTA--AAAAA---G----TATACG-CTC-------CGCTCTAA-AAATATATTGTGGTTGATTAATTT-TAAGATTTAAAAAC---TGATTATTG--A-A--AAA--TGCGA----GAAA--AATTGT--------------------------------------CGACAA-------CACTGT-------TAT-TAT-TTTTATTT--TACAAAA-CAAAATTGTGCGTTTTTATATGTATTGA-GTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taatcttg-TAATA-AAAT-AATGTT---TCA-AA-AC-CTCCGATTAACGTCAAT-TA-AA--------ACTTAATTAA---------CG----------T---------CAACCTCAATGATTGCATTATTCTTTTATAAATGTTAAGTCGTTT---AAAT-A--CAGCT-----GGAGAGTCAACACAAAT----TGGA-TGCCTCAATA----TCAATAATTTGTG--CATATGATAA------------TCAT-------------GTAGGCTTAACGTGAA----GACT-AT-TGAATATTTAAAATGGCGTA-AAAACTGTATATATTGTATCAATATAC----GTGTT--T-------GTT-GTTTTACTGACCATACAA---TACTTACTTAT----GA--TACACGTCCAAATGTTACATTTAATTTT-TTGAACAAA--------A------AT-AACTAAATTG--AAAA----G----TATACG-TTTTACGTAACGCTCCAATAAAAATGTTATGGTTGATTAATTTGCGAAAC---AAAAT---TGta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -------CAGCAA-------CA--GT-------TTTATTG-TTTTATTT--TACCAAA-TAAAAccagcaacagttttattgttttattttaccaaataaaa
gi|6                          :             taataaaataatgtttcaaaacctccgattaacgtcaattaaaacttaattaacgtcaacctcaatgattgcattattcttttataaatgttaagtcgtttaaatacagctggagagtcaacacaaattggatgcctcaatatcaataatttgtgcatatgataatcatgtaggcttaacgtgaagactattgaatatttaaaatggcgtaaaaactgtatatattgtatcaatatacgtgtttgttgttttactgaccatacaatacttacttatgatacacgtccaaatgttacatttaattttttgaacaaaaataactaaattgaaaagtatacgttttacgtaacgctccaataaaaatgttatggttgattaatttgcgaaacaaaattgcTTTCTGATTACAAGCAAAAA---C---T--TATTCTCGATTT--GG---------T------TAA-AGGTA--TA-----------AGA-C-----------T---------------TTTTTTCGAAATATTTCAAATGACACTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-ATGTGC----------AAATTT---AAA----TC----TTT---------------------TGTTAAA-AA-A--TGACA----AAG--------CAATG---T----------T-------TT-----------------------A-AA-GC-GTCAAATTAACGTAAAT-TATAAACGGTACCA--------A---------CG----------T---------CAGCTCTAACGTTT---------------ATAT-TTA--TCA-TT---AAA--A---AG-------GTAA------------------CGT-TTTTTTAAGC----TTAATAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacatGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAT-A--AAgccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacagttactgtaataaacattgattaattttcaaatttaaaaactgattattgaataaat
gi|7                          : ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacattttctgattacaagcaaaaacttattctcgatttggttaaaggtataagactttttttcgaaatatttcaaatgacactcaaattcaaaagtcacaaaatgtgcaaatttaaatcttttgttaaaaaatgacaaagcaatgttttaaagcgtcaaattaacgtaaattataaacggtaccaacgtcagctctaacgtttatatttatcattaaaaaggtaacgtttttttaagcttaataagccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacaAAGTCAT-T-TTCCGGTT---ACAACAGAGCCATTTCCGTTCTTTGGCCAAAAAATTAG-T--TGTTT----------G--------GT------TAA-TCGTA--TA-----------AGA-T-----------TGTTTATAAAAAAAGGTT-------GAT-------ACGACTCTCAAAATCTAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------AAATCT---AAA----TC----TTT------------------TGATATTGAATAA-GTTTTACT----AAAA-ATAATT-GACT---T----------T-------GT-TA-----------TATT---T----A-AC-GTCCACTT----TCAAT-T----------------------------------------------------------TT-ACAGTT---------------ATAT-TTA--CC--TT---AAAAGA--TAC-T-----GTAAAT---------AT----TTG--TT-----ATA----TAAAt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtacatttaaatacgtacgcgttggtaaaactaaattaaaagcaatttgttaatttttcaatagtattagacggaAAGTCAT-T-TTCATGTT---TCAACAAAACCATTTCTGATCTTGGGCCAAAA---CA--T--TTTTCTCGACTT--GG---------T------TAA-A-GTA--TACTTTTTTTTTAAGA-A-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAATTCAT-ACAA-AAATACATTCATTATTATATCT---AAA----TCA---TTTCATTTTT-------AA-GTAATATTAAACAGTGTTTTAAA----AAGG-ACAA---A----------------------------TAACGTCAA-------T---T-A-AA------------AACGTT-AT-T------------A--------A---------CG----------T---------CAGCCTTAACGTTA---------------AAAC-GTA--TC--TA---AAA--A--TAG-T-----TTA------------AT----T----TTTTTTAATA----gctggatagttagtcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tggcaaaacttatgtattgtgttaaattgtcaatattattacaccgga------------GCAT-------------G-A------------A----AAGT-AC-GGAATCTTTAAAATGACGTA-CAA-CTGTGTTTAATGTATCCATTTAT-----TTTT--T------TGCT-ATTTTGTCGACTATGCCAAACT---GACTTAT----AA--TATGTGACTTAATGTTACATTTTGTT-----------------------------------AAGTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGATCTTATAAATATGTTGTGGTTTATTAACCT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTACTGAAA-A--ACA--T-TGACTATGAAA-GAATTCT---------AA-------ATGCGTGAAAAAATGT----CGACAA-------CG--GT-------ATT-ATT-ATTTATTTTATACAAAA-TAAAATTGT-TGTTTTTAAATGTACAGA-a
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGTGTTAAATTTTCAATACGATCAGACGGAAAGTCATTTTCCGGTTTAAAACTCGCCATTTATATGCTATTTTCGATTTGGTTATAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             11111111111111111111111111111111111111                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                               2222222222            22222222222222222222         22222222222     66666666666666666666666666666666666666   1111111                        111         1111111111      2222222222222222        33333333                           1111                5555555555555555555555555555555555555555555555555                             6666666666666666666666666666666666666666666666666             3333333333333333            11        111111  1111111    4444444444444444444444          1111             11    88888888888888888888888888888888888888888888888888888888                                                      111111    222222222                       33333333     11111                              111         4444444444444444444                                                                                                        1111      11                  11111111111111111111111111111111111111      222222222222222222222  1                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                555   0    5555                 5  2     6    0000000000 1          11111111111111111111   777   44444444444     11111111111111111111111111111111111111   3333333               4   1    666  4   1  9999999999      8888888888888888   44   11111111   5           0  5 0      2222   55    555  0 7777777777777777777777777777777777777777777777777  4  4                 4 66  3333333333333333333333333333333333333333333333333           1 2222222222222222    5   66  11  888   333333  4444444    3333333333333333333333  0  0    2222 1  0        33    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   5 66   0 1              5                    0     666666    888888888 0  5                  77777777     44444  99        1   1      1      444         2222222222222222222 0 2     66     777 9999      4           22            5  3              4              777         3  0000   66 00  99      77      55555555555555555555555555555555555555      000000000000000000000  0  55        66       5                            5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ...   .    ....                 .  .     .    .......... .          ....................   ...   ...........     ......................................   .......               .   .    ...  .   .  ..........      ................   ..   ........   .           .  . .      ....   ..    ...  . .................................................  .  .                 . ..  .................................................           . ................    .   ..  ..  ...   ......  .......    ......................  .  .    .... .  .        ..    ........................................................   . ..   . .              .                    .     ......    ......... .  .                  ........     .....  ..        .   .      .      ...         ................... . .     ..     ... ....      .           ..            .  .              .              ...         .  ....   .. ..  ..      ..      ......................................      .....................  .  ..        ..       .                            .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                999   4    4444                 9  8     1    0000000000 0          33333333333333333333   888   55555555555     88888888888888888888888888888888888888   0000000               9   1    999  4   7  4444444444      6666666666666666   88   66666666   0           1  7 1      1111   99    777  3 2222222222222222222222222222222222222222222222222  4  4                 4 33  3333333333333333333333333333333333333333333333333           4 0000000000000000    0   99  99  888   999999  6666666    6666666666666666666666  1  3    1111 0  8        88    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   7 11   1 0              7                    7     333333    666666666 7  7                  33333333     88888  22        0   0      7      111         6666666666666666666 2 4     99     888 4444      4           55            7  9              0              000         6  0000   99 22  66      55      22222222222222222222222222222222222222      666666666666666666666  0  55        99       0                            0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------AT----TNGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GA--TACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
Reference ( family-6983 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------AT----TNGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GA--TACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGTCATCT-TTTCTATT---TCAACAAAGCCATTTCTATTCTTTGTC---AAAATAA--T--TATTCTCGATTT--GG--------TTACATTGTAA-ATGTA-----------TGAGA-T-----------T--------------------------T-------ATTACCATC-------AAAGTCAT-A-AA-AA-----------------------AAG----TT----TTTCTTTTA-----A-AAA-GTGATGTTAAATAA-ACTTTACA----AAGA-ATATGTCAATTGTGT----------TCAAAATATT-TAATG-CAAT-GGTATT---GAA-AA-AT-GTCCAATTAACTTTAAT-TA-AA--------A--------ATGTTATTTGTG----------T---------CAACCTTAAAGGTA---------------AAAT-TTA--TT--TT---AAA--AAGCAG-T-----GTAAAG-----------------GA--TTTTAAATAAAGCTGAATAATTAGTGAAAATA----AA------------GCGT-------------GTT------------AGTCTCAAC-AG-TGTGTGCATAAA---GCGTGCAAAACTGTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaT-TTGCCAAAA--------G---CT-AT-CATTGAATTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGTTCTAATAGATAAGTTATGAGCGATTAAATT-TGAAAATTAAAAAAAAATGATTATTTAAA-T--CAA--T-CGATGATAAAA-TGATTTT---------AATGTAAAGA-----------ATATTGT-CGGCAA-------CA--CT-------GTT-TTTATTTTAGTT--TACAAAAATAAAATTGTGCGTTAATAAATGTACTGA-GTacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatactttgccaaaagctatcattgaattgaaaaagtaaacgttttacgttacgttctaatagataagttatgagcgattaaatttgaaaattaaaaaaaaatgattatttaaatcaatcgatgataaaatgattttaatgtaaagaatattgtcggcaacactgtttttattttagtttacaaaaataaaattgtgcgttaataaatgtactgagt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaaagtcatcttttctatttcaacaaagccatttctattctttgtcaaaataattattctcgatttggttacattgtaaatgtatgagatttattaccatcaaagtcataaaaaaagtttttcttttaaaaagtgatgttaaataaactttacaaagaatatgtcaattgtgttcaaaatatttaatgcaatggtattgaaaaatgtccaattaactttaattaaaaatgttatttgtgtcaaccttaaaggtaaaatttattttaaaaagcagtgtaaaggattttaaataaagctgaataattagtgaaaataaagcgtgttagtctcaacagtgtgtgcataaagcgtgcaaaactgtatacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatacTGTGCGTTTTTAAATGTACTAA-GTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaatgcattcaagctttcaAAACCAC-G-TTCCGGTTAGATCAAC---GCAATGTCTTTTCTTTGGCAAAACATTTAGTT--CAGTCTCGATTT--AGTTAAGATAAT------GAA-AAATAAC---------TAA-A-T-----------T---------------T---------AT-------ATGACCCTCAATTTcgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaaaaccacgttccggttagatcaacgcaatgtcttttctttggcaaaacatttagttcagtctcgatttagttaagataatgaaaaataactaaatttatatgaccctcaattttttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaatgcattcaagctttcacacttagtacatttaaaaacgcacacgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaAATTGTGATTATTGTAACCATTTAT----GTTGT--TA-----T--T-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAT----GC--TACTTGACCAAAGGTTGGA----GCC-------AAAAA--------A---C--AT-GACTTAATTG--AAAAA---AACTATATACG-TTTTGCGCTACGCTCTTATAAATATATTATGGTTGATTAATTT-TTAAATTTTAAACC---TGATTATTGACA-C--ACA--T-CCATTATGAAA-GAATTCT---------AA-------GT----------A-------CGAAAAATACTGCCG--ATAAATGTGTTA-TTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAAGTGTGCGTGTATAAATGTATTGA-GTGCtttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aatcgaagtac------------A----AAGT-ACATGA-TCTTTAAAATGACGCT-AAAACTGTGTTAGTTGTATCCA-CTAT----GGTTT---------TGTC-GTTTTATCGATCATACCA---TTTGTACCTAT----GA--TACTTGGCATAAAGTTACATTTTACTAT-TTGAAAGAG--------A---CAAACAGATTAAACTGAAAAAAA---G-----ATACA-GTTTACGTTACACTGCAATAAATAgta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    catgaaatggacgtctcgatctcaataacgtttgcataaagcttttaaataaccatacagacgtctaacataaTGCGCGTTTTTAGATGTACTTA-GTGaaaatatcggttatgaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atgcgatttatttcctaGAAGTCAT-T-TTCTGGTT---ATATCAAAGCCATTTCTG----TTGGTAAAAAAA-CA--T--TATTCTCGATTT---G--------GT------TCA-AAGTA-----------TAAGAGTTTTCTTTTTAAT---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAGTTCACTA-AA-ACGGGC----------ATATTCAAAAAA----GT----ATTCTTTTcgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtggaagtcattttctggttatatcaaagccatttctgttggtaaaaaaacattattctcgatttggttcaaagtataagagttttctttttaatttgatatgaccctcaaattcaaagttcactaaaacgggcatattcaaaaaagtattcttttaaaacg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcgatttatttcctacactaagtacatctaaaaacgcgcacgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtgACCCAAAGTCAT-TGTTTTGGTT----CAACAAAGTCATTTCTGGTCATTAG--------TTA--TGCTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA-----------TAAAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTT--TATTCACTA-AA-AAGGGC----------ATATTT---AAAG---TTTTTGTTTCTTTTCTTTTAA-AAA-GTAATaaaacg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aagtacatataaaaccgcacaagtttgtaaaactaatcaaatgtgctccatgag----------T-------TA-TAA-G-CAAT-AGCGTT---T-T-TATAC-GTTCTATGAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------TTATAAACACCAACCTGAATGTTT---------------AAAT-CTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------TT----T
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atatttaatttggttgaaaatgGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTG-AA-T--AAA--T-TGATAATAAAA-GA---CG---------AG-------A-----------AAAATTGTCGGCTA-------CG--GT-------GTTATTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAGAATTGTACATTTTTGTATGTACCGA-ctttaaaaaagcttgatcattagtcaacattaaacggacgttttaatcgcaataacgtgtttataaag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAAA---G----TATACA-TTTTACGTTACAATCCAATAAATATTTCGTGATTGTTTAGATT-TGAAATTTAAAAAC---TAGTT-TTGGAA-ATTAAA--TGCGA----GAAA-G-ATTGT--------------------------------------CGGCAA-------C
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --------GT------TAATGTGTA-----------TAAGA-T-----------TGTTTTAAAGAA----TT-------GTT-------TTGACCCTCAGATTCAAAAGTCAC---AA-AAGTGC----------AT-TTT----------TT----TTTa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAAGTCA--T--T--TTTCGGTTTCAAG--------AT------T-----GTT-----------TAAGA-C-----------T---------------TT-------GAT-------ATGGACCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AACAAGTGC----------ATATTT---A------------TTCTTTTTCTTTT-ATAAA-ATGATATTTAATCA-ATTTCACATTAGAAGACATGATTCAATT---TATTGGTAACAT-------TTATATTA-AAATCAGTGTTAAAT-A-AA-ACTGGATATTTA--GTCAACATA-AA--------ATAG-----A---------CG----------T---------TAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggAT-------------G-A------------A----CAGT-AT-TGCATATTTAAGATAACGTA-AACATTGTAATTATTGTATAAATTCAT----ATTTT--TAAAATTTGTT-GTTTatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttttaaaatttgttgtttgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaTTAAAATTTGTTGT-TTGAAAAAA--------A------AT-GACTAAATTG--AAAAAAATG----TATACAATTTTAGTTTACGCTCTTATAAATATGTTCCGGTTGAATAATTT-TGAAATTAAAAAA-----AA--AATGAAATA--AAA--T--GATAATGAAA-TAATTCTTAATGCGAGAA-------A-----------AACTGT--CGGCAA-------CA--GT-------TTT-ATT-ATTT-TTT--TATATAA-TAAgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|20                         :                                                                                                                                                   cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttTTTCTTTT-ACAAA-GTGATATTAAATAC-ATTTTAAA----AAGA-ATAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-GTTTGGTT---TCAACAAAGTCATTTCTGGTCATTGGCAAAAAAATTA--TGGTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA-----------TAAAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTTTA--TTCACTC-AA-AAGGGC----------ATATTT---AAAGTTTTTG---TTTCTTTTCTTTT-A-AAAAGTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTTAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAGT-GATGTT---T-A-AA-AT-GTTCAATTGACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCGTAACAGTA---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--AAG-T-----AGAAAG---------AT----TTGACTTTTTTAATA----TAAA-AATTTCTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTC------------A----CAGT-AC-TGAACATTTAAAATAAAGTA-AAAACTGTATTTTTTGTATCAATTTA-----ATTTT--TA-----CGTT-GTTTTGTCAACTATACCA-------TACCAAC----AAGTCATTTGACAAAAAGCTACATTTTGTTTTGTCGAAAAAAACAACAACA---C--AC-AACTAAACTG--AAAAA---G----TATACC-TTTTAGGTTACGCTATAATAAATATGTTATGGTAGATTAATTT-TGAAATTTAAAAGC---TGATTATTGAAA-A--AAAAGT-CAATTATAAAATGAATTCT----------A-------A-----------A-------CGGCAA-----------GT-------TTT-TTT-TTTCATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCATTTTCAAATATCCTGATGTGCCGAgtt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTCAAAT---T----------G-------TT--AATA-CAAT-AGTGTT---T-TTAA-AC-GTCCAATTAACGTCAGT-TA-AA--------A--------A---------CGCTATTAAACGT---------CAACCTTAACTGTT---------------GATT-TTA--TC--TTTAAAAA--A--TAA-TACTTAGTCAAC---------ATGAAATAGA-TATTTTAATC----TCAATGATGTGTG--CATA----AAGCCTGTAATTGAGCATAAATTAGCTTAGCGTG------------A----AAATTAT-TGAATCTTTCAAATGACGTA-AAAACTTTGTTTATTGTATCCATTTATTTATATTTTGTTA-----TTTTTGTTTTATCGACGATAACA---T----ACTTACTAATGA--TACTTGACCAAAAGTTACTTTTTGTTAT-TTGAAAAAA--------AAAAC--AC-AAATTAATTA--AAAAA---G----TATACG-CTC-------CGCTCTAA-AAATATATTGTGGTTGATTAATTT-TAAGATTTAAAAAC---TGATTATTG--A-A--AAA--TGCGA----GAAA--AATTGT--------------------------------------CGACAA-------CACTGT-------TAT-TAT-TTTTATTT--TACAAAA-CAAAATTGTGCGTTTTTATATGTATTGA-GTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taatcttg-TAATA-AAAT-AATGTT---TCA-AA-AC-CTCCGATTAACGTCAAT-TA-AA--------ACTTAATTAA---------CG----------T---------CAACCTCAATGATTGCATTATTCTTTTATAAATGTTAAGTCGTTT---AAAT-A--CAGCT-----GGAGAGTCAACACAAAT----TGGA-TGCCTCAATA----TCAATAATTTGTG--CATATGATAA------------TCAT-------------GTAGGCTTAACGTGAA----GACT-AT-TGAATATTTAAAATGGCGTA-AAAACTGTATATATTGTATCAATATAC----GTGTT--T-------GTT-GTTTTACTGACCATACAA---TACTTACTTAT----GA--TACACGTCCAAATGTTACATTTAATTTT-TTGAACAAA--------A------AT-AACTAAATTG--AAAA----G----TATACG-TTTTACGTAACGCTCCAATAAAAATGTTATGGTTGATTAATTTGCGAAAC---AAAAT---TGta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -------CAGCAA-------CA--GT-------TTTATTG-TTTTATTT--TACCAAA-TAAAAccagcaacagttttattgttttattttaccaaataaaa
gi|6                          :             taataaaataatgtttcaaaacctccgattaacgtcaattaaaacttaattaacgtcaacctcaatgattgcattattcttttataaatgttaagtcgtttaaatacagctggagagtcaacacaaattggatgcctcaatatcaataatttgtgcatatgataatcatgtaggcttaacgtgaagactattgaatatttaaaatggcgtaaaaactgtatatattgtatcaatatacgtgtttgttgttttactgaccatacaatacttacttatgatacacgtccaaatgttacatttaattttttgaacaaaaataactaaattgaaaagtatacgttttacgtaacgctccaataaaaatgttatggttgattaatttgcgaaacaaaattgcTTTCTGATTACAAGCAAAAA---C---T--TATTCTCGATTT--GG---------T------TAA-AGGTA-----------TAAGA-C-----------T---------------TTTTTTCGAAATATTTCAAATGACACTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-ATGTGC----------AAATTT---AAA----TC----TTT---------------------TGTTAAA-AA-A--TGACA----AAG--------CAATG---T----------T-------TT-----------------------A-AA-GC-GTCAAATTAACGTAAAT-TATAAACGGTACCA--------A---------CG----------T---------CAGCTCTAACGTTT---------------ATAT-TTA--TCA-TT---AAA--A---AG-------GTAA------------------CGT-TTTTTTAAGC----TTAATAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacatGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAT-A--AAgccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacagttactgtaataaacattgattaattttcaaatttaaaaactgattattgaataaat
gi|7                          : ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacattttctgattacaagcaaaaacttattctcgatttggttaaaggtataagactttttttcgaaatatttcaaatgacactcaaattcaaaagtcacaaaatgtgcaaatttaaatcttttgttaaaaaatgacaaagcaatgttttaaagcgtcaaattaacgtaaattataaacggtaccaacgtcagctctaacgtttatatttatcattaaaaaggtaacgtttttttaagcttaataagccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacaAAGTCAT-T-TTCCGGTT---ACAACAGAGCCATTTCCGTTCTTTGGCCAAAAAATTAG-T--TGTTT----------G--------GT------TAA-TCGTA-----------TAAGA-T-----------TGTTTATAAAAAAAGGTT-------GAT-------ACGACTCTCAAAATCTAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------AAATCT---AAA----TC----TTT------------------TGATATTGAATAA-GTTTTACT----AAAA-ATAATT-GACT---T----------T-------GT-TA-----------TATT---T----A-AC-GTCCACTT----TCAAT-T----------------------------------------------------------TT-ACAGTT---------------ATAT-TTA--CC--TT---AAAAGA--TAC-T-----GTAAAT---------AT----TTG--TT-----ATA----TAAAt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtacatttaaatacgtacgcgttggtaaaactaaattaaaagcaatttgttaatttttcaatagtattagacggaAAGTCAT-T-TTCATGTT---TCAACAAAACCATTTCTGATCTTGGGCCAAAA---CA--T--TTTTCTCGACTT---G--------GT------TAA-A-GTATACTTTTTTTTTAAGA-A-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAATTCAT-ACAA-AAATACATTCATTATTATATCT---AAA----TCA---TTTCATTTTT-------AA-GTAATATTAAACAGTGTTTTAAA----AAGG-ACAA---A----------------------------TAACGTCAA-------T---T-A-AA------------AACGTT-AT-T------------A--------A---------CG----------T---------CAGCCTTAACGTTA---------------AAAC-GTA--TC--TA---AAA--A--TAG-T-----TTA------------AT----T----TTTTTTAATA----gctggatagttagtcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tggcaaaacttatgtattgtgttaaattgtcaatattattacaccgga------------GCAT-------------G-A------------A----AAGT-AC-GGAATCTTTAAAATGACGTA-CAA-CTGTGTTTAATGTATCCATTTAT-----TTTT--T------TGCT-ATTTTGTCGACTATGCCAAACT---GACTTAT----AA--TATGTGACTTAATGTTACATTTTGTT-----------------------------------AAGTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGATCTTATAAATATGTTGTGGTTTATTAACCT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTACTGAAA-A--ACA--T-TGACTATGAAA-GAATTCT---------AA-------ATGCGTGAAAAAATGT----CGACAA-------CG--GT-------ATT-ATT-ATTTATTTTATACAAAA-TAAAATTGT-TGTTTTTAAATGTACAGA-a
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGTGTTAAATTTTCAATACGATCAGACGGAAAGTCATTTTCCGGTTTAAAACTCGCCATTTATATGCTATTTTCGATTTGGTTATAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             11111111111111111111111111111111111111                                                                                        
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111                               2222222222            22222222222222222222         22222222222     66666666666666666666666666666666666666   1111111                        111         1111111111      2222222222222222        33333333                           1111                5555555555555555555555555555555555555555555555555                             6666666666666666666666666666666666666666666666666             3333333333333333            11        111111  1111111    4444444444444444444444          1111             11    88888888888888888888888888888888888888888888888888888888                                                      111111    222222222                       33333333     11111                              111         4444444444444444444                                                                                                        1111      11                  11111111111111111111111111111111111111      222222222222222222222  1                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                555   0    5555                 5  2     6    0000000000 1          11111111111111111111   777   44444444444     11111111111111111111111111111111111111   3333333               4   1    666  4   1  9999999999      8888888888888888   44   11111111   5           0  5 0      2222   55    555  0 7777777777777777777777777777777777777777777777777  4  4                 4 66  3333333333333333333333333333333333333333333333333           1 2222222222222222    5   66  11  888   333333  4444444    3333333333333333333333  0  0    2222 1  0        33    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   5 66   0 1              5                    0     666666    888888888 0  5                  77777777     44444  99        1   1      1      444         2222222222222222222 0 2     66     777 9999      4           22            5  3              4              777         3  0000   66 00  99      77      55555555555555555555555555555555555555      000000000000000000000  0  55        66       5                            5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ...   .    ....                 .  .     .    .......... .          ....................   ...   ...........     ......................................   .......               .   .    ...  .   .  ..........      ................   ..   ........   .           .  . .      ....   ..    ...  . .................................................  .  .                 . ..  .................................................           . ................    .   ..  ..  ...   ......  .......    ......................  .  .    .... .  .        ..    ........................................................   . ..   . .              .                    .     ......    ......... .  .                  ........     .....  ..        .   .      .      ...         ................... . .     ..     ... ....      .           ..            .  .              .              ...         .  ....   .. ..  ..      ..      ......................................      .....................  .  ..        ..       .                            .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                999   4    4444                 9  8     1    0000000000 0          33333333333333333333   888   55555555555     88888888888888888888888888888888888888   0000000               9   1    999  4   7  4444444444      6666666666666666   88   66666666   0           1  7 1      1111   99    777  3 2222222222222222222222222222222222222222222222222  4  4                 4 33  3333333333333333333333333333333333333333333333333           4 0000000000000000    0   99  99  888   999999  6666666    6666666666666666666666  1  3    1111 0  8        88    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222   7 11   1 0              7                    7     333333    666666666 7  7                  33333333     88888  22        0   0      7      111         6666666666666666666 2 4     99     888 4444      4           55            7  9              0              000         6  0000   99 22  66      55      22222222222222222222222222222222222222      666666666666666666666  0  55        99       0                            0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------AT----TNGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GA--TACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
Reference ( family-6983 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------AT----TNGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GA--TACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGTCATCT-TTTCTATT---TCAACAAAGCCATTTCTATTCTTTGTC---AAAATAA--T--TATTCTCGATTT--GG--------TTACATTGTAA-ATGTA-----------TGAGA-T-----------T--------------------------T-------ATTACCATC-------AAAGTCAT-A-AA-AA-----------------------AAG----TT----TTTCTTTTA-----A-AAA-GTGATGTTAAATAA-ACTTTACA----AAGA-ATATGTCAATTGTGT----------TCAAAATATT-TAATG-CAAT-GGTATT---GAA-AA-AT-GTCCAATTAACTTTAAT-TA-AA--------A--------ATGTTATTTGTG----------T---------CAACCTTAAAGGTA---------------AAAT-TTA--TT--TT---AAA--AAGCAG-T-----GTAAAG-----------------GA--TTTTAAATAAAGCTGAATAATTAGTGAAAATA----AA------------GCGT-------------GTT------------AGTCTCAAC-AG-TGTGTGCATAAA---GCGTGCAAAACTGTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaT-TTGCCAAAA--------G---CT-AT-CATTGAATTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGTTCTAATAGATAAGTTATGAGCGATTAAATT-TGAAAATTAAAAAAAAATGATTATTTAAA-T--CAA--T-CGATGATAAAA-TGATTTT---------AATGTAAAGA-----------ATATTGT-CGGCAA-------CA--CT-------GTT-TTTATTTTAGTT--TACAAAAATAAAATTGTGCGTTAATAAATGTACTGA-GTacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatactttgccaaaagctatcattgaattgaaaaagtaaacgttttacgttacgttctaatagataagttatgagcgattaaatttgaaaattaaaaaaaaatgattatttaaatcaatcgatgataaaatgattttaatgtaaagaatattgtcggcaacactgtttttattttagtttacaaaaataaaattgtgcgttaataaatgtactgagt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaaagtcatcttttctatttcaacaaagccatttctattctttgtcaaaataattattctcgatttggttacattgtaaatgtatgagatttattaccatcaaagtcataaaaaaagtttttcttttaaaaagtgatgttaaataaactttacaaagaatatgtcaattgtgttcaaaatatttaatgcaatggtattgaaaaatgtccaattaactttaattaaaaatgttatttgtgtcaaccttaaaggtaaaatttattttaaaaagcagtgtaaaggattttaaataaagctgaataattagtgaaaataaagcgtgttagtctcaacagtgtgtgcataaagcgtgcaaaactgtatacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatacTGTGCGTTTTTAAATGTACTAA-GTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaatgcattcaagctttcaAAACCAC-G-TTCCGGTTAGATCAAC---GCAATGTCTTTTCTTTGGCAAAACATTTAGTT--CAGTCTCGATTT--AGTTAAGATAAT------GAA-AAATAAC---------TAA-A-T-----------T---------------T---------AT-------ATGACCCTCAATTTcgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaaaaccacgttccggttagatcaacgcaatgtcttttctttggcaaaacatttagttcagtctcgatttagttaagataatgaaaaataactaaatttatatgaccctcaattttttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaatgcattcaagctttcacacttagtacatttaaaaacgcacacgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaAATTGTGATTATTGTAACCATTTAT----GTTGT--TA-----T--T-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAT----GC--TACTTGACCAAAGGTTGGA----GCC-------AAAAA--------A---C--AT-GACTTAATTG--AAAAA---AACTATATACG-TTTTGCGCTACGCTCTTATAAATATATTATGGTTGATTAATTT-TTAAATTTTAAACC---TGATTATTGACA-C--ACA--T-CCATTATGAAA-GAATTCT---------AA-------GT----------A-------CGAAAAATACTGCCG--ATAAATGTGTTA-TTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAAGTGTGCGTGTATAAATGTATTGA-GTGCtttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aatcgaagtac------------A----AAGT-ACATGA-TCTTTAAAATGACGCT-AAAACTGTGTTAGTTGTATCCA-CTAT----GGTTT---------TGTC-GTTTTATCGATCATACCA---TTTGTACCTAT----GA--TACTTGGCATAAAGTTACATTTTACTAT-TTGAAAGAG--------A---CAAACAGATTAAACTGAAAAAAA---G-----ATACA-GTTTACGTTACACTGCAATAAATAgta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    catgaaatggacgtctcgatctcaataacgtttgcataaagcttttaaataaccatacagacgtctaacataaTGCGCGTTTTTAGATGTACTTA-GTGaaaatatcggttatgaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atgcgatttatttcctaGAAGTCAT-T-TTCTGGTT---ATATCAAAGCCATTTCTG----TTGGTAAAAAAA-CA--T--TATTCTCGATTT---G--------GT------TCA-AAGTA-----------TAAGAGTTTTCTTTTTAAT---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAGTTCACTA-AA-ACGGGC----------ATATTCAAAAAA----GT----ATTCTTTTcgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtggaagtcattttctggttatatcaaagccatttctgttggtaaaaaaacattattctcgatttggttcaaagtataagagttttctttttaatttgatatgaccctcaaattcaaagttcactaaaacgggcatattcaaaaaagtattcttttaaaacg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcgatttatttcctacactaagtacatctaaaaacgcgcacgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtgACCCAAAGTCAT-TGTTTTGGTT----CAACAAAGTCATTTCTGGTCATTAG--------TTA--TGCTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA-----------TAAAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTT--TATTCACTA-AA-AAGGGC----------ATATTT---AAAG---TTTTTGTTTCTTTTCTTTTAA-AAA-GTAATaaaacg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aagtacatataaaaccgcacaagtttgtaaaactaatcaaatgtgctccatgag----------T-------TA-TAA-G-CAAT-AGCGTT---T-T-TATAC-GTTCTATGAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------TTATAAACACCAACCTGAATGTTT---------------AAAT-CTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------TT----T
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      atatttaatttggttgaaaatgGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTG-AA-T--AAA--T-TGATAATAAAA-GA---CG---------AG-------A-----------AAAATTGTCGGCTA-------CG--GT-------GTTATTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAGAATTGTACATTTTTGTATGTACCGA-ctttaaaaaagcttgatcattagtcaacattaaacggacgttttaatcgcaataacgtgtttataaag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAAA---G----TATACA-TTTTACGTTACAATCCAATAAATATTTCGTGATTGTTTAGATT-TGAAATTTAAAAAC---TAGTT-TTGGAA-ATTAAA--TGCGA----GAAA-G-ATTGT--------------------------------------CGGCAA-------C
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        --------GT------TAATGTGTA-----------TAAGA-T-----------TGTTTTAAAGAA----TT-------GTT-------TTGACCCTCAGATTCAAAAGTCAC---AA-AAGTGC----------AT-TTT----------TT----TTTa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AAAGTCA--T--T--TTTCGGTTTCAAG--------AT------T-----GTT-----------TAAGA-C-----------T---------------TT-------GAT-------ATGGACCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AACAAGTGC----------ATATTT---A------------TTCTTTTTCTTTT-ATAAA-ATGATATTTAATCA-ATTTCACATTAGAAGACATGATTCAATT---TATTGGTAACAT-------TTATATTA-AAATCAGTGTTAAAT-A-AA-ACTGGATATTTA--GTCAACATA-AA--------ATAG-----A---------CG----------T---------TAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggAT-------------G-A------------A----CAGT-AT-TGCATATTTAAGATAACGTA-AACATTGTAATTATTGTATAAATTCAT----ATTTT--TAAAATTTGTT-GTTTatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttttaaaatttgttgtttgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaTTAAAATTTGTTGT-TTGAAAAAA--------A------AT-GACTAAATTG--AAAAAAATG----TATACAATTTTAGTTTACGCTCTTATAAATATGTTCCGGTTGAATAATTT-TGAAATTAAAAAA-----AA--AATGAAATA--AAA--T--GATAATGAAA-TAATTCTTAATGCGAGAA-------A-----------AACTGT--CGGCAA-------CA--GT-------TTT-ATT-ATTT-TTT--TATATAA-TAAgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|20                         :                                                                                                                                                   cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttTTTCTTTT-ACAAA-GTGATATTAAATAC-ATTTTAAA----AAGA-ATAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-GTTTGGTT---TCAACAAAGTCATTTCTGGTCATTGGCAAAAAAATTA--TGGTATTTTCGATTT--GG--------GT------TAA-AAGTA-----------TAAAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTTTA--TTCACTC-AA-AAGGGC----------ATATTT---AAAGTTTTTG---TTTCTTTTCTTTT-A-AAAAGTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTTAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAGT-GATGTT---T-A-AA-AT-GTTCAATTGACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCGTAACAGTA---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--AAG-T-----AGAAAG---------AT----TTGACTTTTTTAATA----TAAA-AATTTCTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTC------------A----CAGT-AC-TGAACATTTAAAATAAAGTA-AAAACTGTATTTTTTGTATCAATTTA-----ATTTT--TA-----CGTT-GTTTTGTCAACTATACCA-------TACCAAC----AAGTCATTTGACAAAAAGCTACATTTTGTTTTGTCGAAAAAAACAACAACA---C--AC-AACTAAACTG--AAAAA---G----TATACC-TTTTAGGTTACGCTATAATAAATATGTTATGGTAGATTAATTT-TGAAATTTAAAAGC---TGATTATTGAAA-A--AAAAGT-CAATTATAAAATGAATTCT----------A-------A-----------A-------CGGCAA-----------GT-------TTT-TTT-TTTCATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCATTTTCAAATATCCTGATGTGCCGAgtt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTCAAAT---T----------G-------TT--AATA-CAAT-AGTGTT---T-TTAA-AC-GTCCAATTAACGTCAGT-TA-AA--------A--------A---------CGCTATTAAACGT---------CAACCTTAACTGTT---------------GATT-TTA--TC--TTTAAAAA--A--TAA-TACTTAGTCAAC---------ATGAAATAGA-TATTTTAATC----TCAATGATGTGTG--CATA----AAGCCTGTAATTGAGCATAAATTAGCTTAGCGTG------------A----AAATTAT-TGAATCTTTCAAATGACGTA-AAAACTTTGTTTATTGTATCCATTTATTTATATTTTGTTA-----TTTTTGTTTTATCGACGATAACA---T----ACTTACTAATGA--TACTTGACCAAAAGTTACTTTTTGTTAT-TTGAAAAAA--------AAAAC--AC-AAATTAATTA--AAAAA---G----TATACG-CTC-------CGCTCTAA-AAATATATTGTGGTTGATTAATTT-TAAGATTTAAAAAC---TGATTATTG--A-A--AAA--TGCGA----GAAA--AATTGT--------------------------------------CGACAA-------CACTGT-------TAT-TAT-TTTTATTT--TACAAAA-CAAAATTGTGCGTTTTTATATGTATTGA-GTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    taatcttg-TAATA-AAAT-AATGTT---TCA-AA-AC-CTCCGATTAACGTCAAT-TA-AA--------ACTTAATTAA---------CG----------T---------CAACCTCAATGATTGCATTATTCTTTTATAAATGTTAAGTCGTTT---AAAT-A--CAGCT-----GGAGAGTCAACACAAAT----TGGA-TGCCTCAATA----TCAATAATTTGTG--CATATGATAA------------TCAT-------------GTAGGCTTAACGTGAA----GACT-AT-TGAATATTTAAAATGGCGTA-AAAACTGTATATATTGTATCAATATAC----GTGTT--T-------GTT-GTTTTACTGACCATACAA---TACTTACTTAT----GA--TACACGTCCAAATGTTACATTTAATTTT-TTGAACAAA--------A------AT-AACTAAATTG--AAAA----G----TATACG-TTTTACGTAACGCTCCAATAAAAATGTTATGGTTGATTAATTTGCGAAAC---AAAAT---TGta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            -------CAGCAA-------CA--GT-------TTTATTG-TTTTATTT--TACCAAA-TAAAAccagcaacagttttattgttttattttaccaaataaaa
gi|6                          :             taataaaataatgtttcaaaacctccgattaacgtcaattaaaacttaattaacgtcaacctcaatgattgcattattcttttataaatgttaagtcgtttaaatacagctggagagtcaacacaaattggatgcctcaatatcaataatttgtgcatatgataatcatgtaggcttaacgtgaagactattgaatatttaaaatggcgtaaaaactgtatatattgtatcaatatacgtgtttgttgttttactgaccatacaatacttacttatgatacacgtccaaatgttacatttaattttttgaacaaaaataactaaattgaaaagtatacgttttacgtaacgctccaataaaaatgttatggttgattaatttgcgaaacaaaattgcTTTCTGATTACAAGCAAAAA---C---T--TATTCTCGATTT--GG---------T------TAA-AGGTA-----------TAAGA-C-----------T---------------TTTTTTCGAAATATTTCAAATGACACTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-ATGTGC----------AAATTT---AAA----TC----TTT---------------------TGTTAAA-AA-A--TGACA----AAG--------CAATG---T----------T-------TT-----------------------A-AA-GC-GTCAAATTAACGTAAAT-TATAAACGGTACCA--------A---------CG----------T---------CAGCTCTAACGTTT---------------ATAT-TTA--TCA-TT---AAA--A---AG-------GTAA------------------CGT-TTTTTTAAGC----TTAATAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacatGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAT-A--AAgccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacagttactgtaataaacattgattaattttcaaatttaaaaactgattattgaataaat
gi|7                          : ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacattttctgattacaagcaaaaacttattctcgatttggttaaaggtataagactttttttcgaaatatttcaaatgacactcaaattcaaaagtcacaaaatgtgcaaatttaaatcttttgttaaaaaatgacaaagcaatgttttaaagcgtcaaattaacgtaaattataaacggtaccaacgtcagctctaacgtttatatttatcattaaaaaggtaacgtttttttaagcttaataagccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacaAAGTCAT-T-TTCCGGTT---ACAACAGAGCCATTTCCGTTCTTTGGCCAAAAAATTAG-T--TGTTT----------G--------GT------TAA-TCGTA-----------TAAGA-T-----------TGTTTATAAAAAAAGGTT-------GAT-------ACGACTCTCAAAATCTAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------AAATCT---AAA----TC----TTT------------------TGATATTGAATAA-GTTTTACT----AAAA-ATAATT-GACT---T----------T-------GT-TA-----------TATT---T----A-AC-GTCCACTT----TCAAT-T----------------------------------------------------------TT-ACAGTT---------------ATAT-TTA--CC--TT---AAAAGA--TAC-T-----GTAAAT---------AT----TTG--TT-----ATA----TAAAt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtacatttaaatacgtacgcgttggtaaaactaaattaaaagcaatttgttaatttttcaatagtattagacggaAAGTCAT-T-TTCATGTT---TCAACAAAACCATTTCTGATCTTGGGCCAAAA---CA--T--TTTTCTCGACTT---G--------GT------TAA-A-GTATACTTTTTTTTTAAGA-A-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAATTCAT-ACAA-AAATACATTCATTATTATATCT---AAA----TCA---TTTCATTTTT-------AA-GTAATATTAAACAGTGTTTTAAA----AAGG-ACAA---A----------------------------TAACGTCAA-------T---T-A-AA------------AACGTT-AT-T------------A--------A---------CG----------T---------CAGCCTTAACGTTA---------------AAAC-GTA--TC--TA---AAA--A--TAG-T-----TTA------------AT----T----TTTTTTAATA----gctggatagttagtcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tggcaaaacttatgtattgtgttaaattgtcaatattattacaccgga------------GCAT-------------G-A------------A----AAGT-AC-GGAATCTTTAAAATGACGTA-CAA-CTGTGTTTAATGTATCCATTTAT-----TTTT--T------TGCT-ATTTTGTCGACTATGCCAAACT---GACTTAT----AA--TATGTGACTTAATGTTACATTTTGTT-----------------------------------AAGTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGATCTTATAAATATGTTGTGGTTTATTAACCT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTACTGAAA-A--ACA--T-TGACTATGAAA-GAATTCT---------AA-------ATGCGTGAAAAAATGT----CGACAA-------CG--GT-------ATT-ATT-ATTTATTTTATACAAAA-TAAAATTGT-TGTTTTTAAATGTACAGA-a


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TG         AGAT                 T  T     A    ATTTAGTT   A          AGTTAAGATAAT           TGT   TACTTTTTTTT     TTGTTTATAAAAAAAGGTT                      ATTTCAA               A   T    TA   C   G  ATTCATTATT      AAAGTTTTTG         CT   CTTTTAA    A              T        TTAG   AC    TTC    TATTGGTAACATTTATATTAAAATCAGTGTTAAATA               T  T                 A AT  AACGCTATTAAACGT                                             T TGCATTATTCTTTTAT    G   AG  GT  TAA   AGAT    TACTTA     AGTCAACACAAATTGGA               .    A           .     AAGCCTGTAATTGAGCATAAATTAGCTTAGCGTGAA                       T CA     C              .                          TTTATA    TAAAATT      T                  TTTGT        CTAAT  GT        A   A      T      TTG         ACAACAACACACA         T     AA     AAT ACTA      A           GC            A  A              G              .           A  ATT    AG GC  TT      TG      TAATGCGAGAAAAACTGT                          ATACTGCCGATAAATGTGT    A  A         TA       .                            T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                G          A                    G  A     A    AATTATGG   A          CAAGAT                 AA    AC              GTTTTCTTTTTAATTT                         .                     A   T    TA   .   G  .               AAAGTTTTTG         CT   CTTTTAT    .              .        .      A     TTT    TTTTTAATGCAGTGATGTTTA                              .  .                 . A   AACGTTATAAACAC                                              G T                   .   .   A   .     TAC     CT         ACATGAAATAGA                    .    C           .     TGATAATCATGTAGGCTTAACGTGAAG                                . T      A              .                          TG        GTTA         .                  TACTT        T      .         A   A      A      AT          ACAAACAG              A     .      .   .         .           AC            T  G              .              .           G  TA     .  GC  TA      G       AAATGCGTGAAAAAATGT                          CACTGTT                A  A         .        .                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T          T                    G  A     A    AATTAGT    A          GGGT                   AA    .               TTGTTTTAAAGAATT                          .                     A   G    TC   .   T  .               AAAAAAGT           TT   CTTTTAC    .              .        .      A     TTC    TGTTAATACAATAGTGTTTTT                              .  .                 . A   ACTTAATTAACGT                                               G A                   .   .   .   .     AT      T          AGATTTGAC                       .    C           .     AAGCATGTCAC                                                . C      A              .                          TA        TA           .                  AACTG        C      .         C   A      T      GT          AAAACACA              A     .      .   .         .           AA            G  C              .              .           A  C      .  C   TA      G       AGAAAAATTGT                                 CGGTG                  .  T         .        .                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T          A                    A  A     A    TTATGC     A          GGGT                   AA    .               CTTTTTTTCGA                              .                     T   G    AC   .   T  .               AAATCA             CT   CTTTTA     .              .        .      A     TT     TAACGTCAATTA                                       .  .                 . A   ACGGTACCAACGT                                               A T                   .   .   .   .     AA      T          ATATTTG                         .    T                                                                            . T      C              .                          CG        T            .                  T            T      .         C   T      T      AT          ACATG                 A     .      .   .         .           GC            G  A              .              .           A  T      .  T   TT      G       AAGTA                                       CAGTT                  .  T         .        .                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T          T                    T  T     C    AGTCAT     A          GGT                    AA    .               TTTT                                     .                     A   T    A    .   G  .               AAATC              CA   TT         .              .        .      G     C      TTGTTATATTT                                        .  .                 . A   ATAGACGT                                                    T T                   .   .   .   .     AT      T          CGT                             .    A                                                                            . T      A              .                          A         T            .                  T            T      .         T   T      T      TT          AATG                  T     .      .   .         .           GC            A  G              .              .           A  A      .  C   CT      T       AAA                                         CAGTT                  .  T         .        .                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T          .                    A  T     C    AACAT      G          GGT                    AG    .               CTTT                                     .                     T   G    A    .   T  .               AAATC              .    .          .              .        .      .     .      TTTTA                                              .  .                 . A   AACGT                                                       G T                   .   .   .   .     AT      T          ATT                             .                                                                                 . C      C              .                          T         .            .                                                           T      .           AATA                  A     .      .   .         .           GC            G  A              .              .           A  A      .  T   .       G       .                                           CGGTA                  .  G         .        .                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .  .     .    CAT        T          GGT                    TC    .               TTTT                                     .                     A   G    A    .   T  .               TT                 .    .          .                                                                                              .  .                 . .   AACGT                                                       T A                   .   .   .   .     A       .                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                     .     .      .   .         .           GC            G  G              .              .           .  A      .  .   .       .       .                                           GTT                    .  T         .        .                            .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CT         .          GGT                    A     .               ATTT                                     .                     .   T    .    .   T  .               A                                                                                                                                 .  .                 . .   .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    .   .         .           GA            .  .              .              .           .  A                                                                                                                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .     .               TTT                                      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .             .  .              .              .                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                                                                                                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T**                                                                 GGT*****************                         TTTT**********************************                                  TA*                                                 CTTTTA**                                               TNTTAATACAATAATGTTTA*****************************                             AACGTAAACGT**************************************                                                   AT****             ANATTTG***************          ****                                                                                                                                           TA*******                       TACTT***                                        AT*         ACACG**************                                                                                         ***                                          AGAGT*********************************                                T*
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT--GG--------GT------TAA-ANGTA-----------TAAGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AA-AAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT---T----------T-------TT-TAATG-CAAT-AGTGTT---T-A-AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AA--------A--------A---------CG----------T---------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAG-T-----GTAAAG---------AT----TNGA-TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCA---T---TACTTAC----GA--TACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTNT-TTGAAAAAA--------A---C--AC-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT---------AA-------A-----------A-------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCATT--TTCCGGTT---TCAACAAAGCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTTGGT-----------------TAA-ANGTA-----------TAAGATTTT----------------------------------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCACTA-AA-AAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTTA--AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATTTNTTAATACAATAATGTTTA-----------------------------AA-AC-GTCCAATTAACGTCAAT-TA-AAAACGTAAACGT--------------------------------------CAACCTTAACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAAAT----AG-T-----GTAAANATTTG---------------TTTTTTAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GCAT-------------GTN------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTTTA-------TGTT-GTTTTATCGACCATACCATACTT---ACTTAC----GA--TACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTAT-TTGAAAAAAACACG--------------ACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCTAGAGT---------------------------------CGGCAA-------CG--GT-------TTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATGTGTTAAATTTTCAATACGATCAGACGGAAAGTCATTTTCCGGTTTAAAACTCGCCATTTATATGCTATTTTCGATTTGGTTATAAATAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                          11111111111111111111111111111111                                                                            
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           1111       1111                       33333333333                    222222222222222222222       11111111111   55555555555555555555555555555555555555   1111111                       1111        1111111111      2222222222222222        33333333                           1111                44444444444444444444444444444444444444                            55555555555555555555                     222222222222222            1111111   11       55555555555555555555555              1111             11    1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                      111111       22222222                                                                            333333333333333                                                                                                        1111      11                33333333333333333333333333333333         111     1                                                          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                5 5        2222       0000          5555     4   55555555555    1       777  7  555555555555555555555   55  99999999999   99999999999999999999999999999999999999   3333333               4 2 1   2222     1  9999999999      8888888888888888   44   11111111   5           0  5 0      2222   55   66      99999999999999999999999999999999999999            0           1 4 11111111111111111111        9999  4  22  777777777777777    4   66  1111111   00 888   66666666666666666666666  4   888     0000 1       1 0 11    2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222   5 66   0 1              5                    0   0 666666    77 77777777  5                   3 1   1  7          1   1      1      999999999       888888888888888 0 2     66     777 9999      4           22            5  3              4              777         3  0000   66 00  99      77    00000000000000000000000000000000         111  3  5  55        66       5                            5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                . .        ....       ....          ....     .   ...........    .       ...  .  .....................   ..  ...........   ......................................   .......               . . .   ....     .  ..........      ................   ..   ........   .           .  . .      ....   ..   ..      ......................................            .           . . ....................        ....  .  ..  ...............    .   ..  .......   .. ...   .......................  .   ...     .... .       . . ..    ................................................................   . ..   . .              .                    .   . ......    .. ........  .                   . .   .  .          .   .      .      .........       ............... . .     ..     ... ....      .           ..            .  .              .              ...         .  ....   .. ..  ..      ..    ................................         ...  .  .  ..        ..       .                            .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                0 0        4444       6666          9999     4   88888888888    4       000  3  999999999999999999999   00  00000000000   44444444444444444444444444444444444444   0000000               9 0 1   1111     7  4444444444      6666666666666666   88   66666666   0           1  7 1      1111   99   44      55555555555555555555555555555555555555            1           8 4 99999999999999999999        4444  4  00  888888888888888    4   11  3333333   66 888   33333333333333333333333  4   888     6666 0       4 8 00    4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444   7 11   1 0              7                    7   1 333333    99 00000000  7                   5 5   7  5          0   0      7      777777777       000000000000000 2 4     99     888 4444      4           55            7  9              0              000         6  0000   99 22  66      55    66666666666666666666666666666666         111  2  0  55        99       0                            0       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAA----GCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAA-TCA--T--TATTCTCGATTT---GG-TT---------A-------A-AAGTA--TA-----------AGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCACTA-AAAAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT-T----------NTT-AAT-ACAATAATGTTT-A-AA-ACGTCCAATTAACGTCAATTAAAAAC-G----T---A--A---AC---GTCAACCT----TA-ACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAGT------GTAAANAT----TTG--TT-TTT---TAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GC---AT-------------GT-----N------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCATACTTACTTATGATACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTAT-TTG---AAAAAAAC--A--------C-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT-------A-------GAAAAAT--------GTCGGCAACG--GTNTTATTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
Reference ( family-6983 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-TTCCGGTT---TCAACAAA----GCCATTTCTGNTCNTTGGCAAAAAAATCA--T--TATTCTCGATTT---GG-TT---------A-------A-ANGTA--TA-----------AGA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAAGTCACTA-AAAAGTGC----------ATATTT---AAA----TT----TTTCTTTTCTTTT-A-AAA-GTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTCAATT-T----------NTT-AAT-ACAATAATGTTT-A-AA-ACGTCCAATTAACGTCAATTAAAAAC-G----T---A--A---AC---GTCAACCT----TA-ACGGTT---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--TAGT------GTAAANAT----TTG--TT-TTT---TAATA----TNAATAATTTGTG--CATA----AA------------GC---AT-------------GT-----N------------A----NAGT-AC-TGAATNTTTAAAATGACGTA-AAAACTGTGTTTATTGTATCCATTTAT----GTTTT--TA-----TGTT-GTTTTATCGACCATACCATACTTACTTACGATACTTGACCAAANGTTACATTTTGTTAT-TTG---AAAAAAAC--A--------C-GACTAAATTG--AAAAA---G----TATACG-TTTTACGTTACGCTCTAATAAATATGTTGTGGTTGATTAATTT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAA-A--AAA--T-CGATNATGAAA-GAATTCT-------A-------GA-------------GTCGGCAACG--GTTTT-TTT-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCGTTTTTAAATGTACTGA-GTGCCGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGTCATCT-TTTCTATT---TCAACAAA----GCCATTTCTATTCTTTGTCAAAA---TAA--T--TATTCTCGATTT---GG-TT---------ACATTGTAA-ATGTA--TG-----------AGA-T-----------T---------------T------------------ATTACCATCAAA-------GTCA-TA-AAAA-----------------------AAG----TT----TTTCTTTTA-----A-AAA-GTGATGTTAAATAA-ACTTTACA----AAGA-ATATGTCAATTGTGTTCAAAATATTT-AAT-GCAATGGTATTGAA-AA-ATGTCCAATTAACTTTAATTAAAAAT-G----T---T--ATTTGT---GTCAACCT----TA-AAGGTA---------------AAAT-TTA--TT--TT---AAA--AAGCAGT------GTAAAG--------G--AT-TTT---AAATAAAGCTGAATAATTAGTGAAAATA----AA------------GC---GT-------------GT-----T------------AGTCTCAAC-AG-TGTGTGCATAAA---GCGTGCAAAACTGTAT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaT-TTG---CCAAAAGCT-A--------T-CATTGAATTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGTTCTAATAGATAAGTTATGAGCGATTAAATT-TGAAAATTAAAAAAAAATGATTATTTAAA-T--CAA--T-CGATGATAAAA-TGATTTT-------AATGTAAAGAATATT--------GTCGGCAACA--CTGTT-TTTATTTTAGTT--TACAAAAATAAAATTGTGCGTTAATAAATGTACTGA-GTacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatactttgccaaaagctatcattgaattgaaaaagtaaacgttttacgttacgttctaatagataagttatgagcgattaaatttgaaaattaaaaaaaaatgattatttaaatcaatcgatgataaaatgattttaatgtaaagaatattgtcggcaacactgtttttattttagtttacaaaaataaaattgtgcgttaataaatgtactgagt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        cacttagtacattaacacgcgcacgttggtaaagctcaatttaaatgtaatatgttaacttttcaatagtaaaggattgaaagtcatcttttctatttcaacaaagccatttctattctttgtcaaaataattattctcgatttggttacattgtaaatgtatgagatttattaccatcaaagtcataaaaaaagtttttcttttaaaaagtgatgttaaataaactttacaaagaatatgtcaattgtgttcaaaatatttaatgcaatggtattgaaaaatgtccaattaactttaattaaaaatgttatttgtgtcaaccttaaaggtaaaatttattttaaaaagcagtgtaaaggattttaaataaagctgaataattagtgaaaataaagcgtgttagtctcaacagtgtgtgcataaagcgtgcaaaactgtatacagtcttacagtgtgaaaagtactcaagctttatgatacTGTGCGTTTTTAAATGTACTAA-GTG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaatgcattcaagctttcaAAACCAC-G-TTCCGGTTAGATCAAC-------GCAATGTCTTTTCTTTGGCAAAACATTTAGTT--CAGTCTCGATTT---AG-TTAAGATAATGA-------A-AAATAACTA-----------A-A-T-----------T---------------T---------AT-------ATGACCCTCAATTTcgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaaaaccacgttccggttagatcaacgcaatgtcttttctttggcaaaacatttagttcagtctcgatttagttaagataatgaaaaataactaaatttatatgaccctcaattttttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aaatgcattcaagctttcacacttagtacatttaaaaacgcacacgttggtaaaactgatgtaatgcgttaaattttcagtattatgaaacggaAATTGTGATTATTGTAACCATTTAT----GTTGT--TA-----T--T-GTTTTATCGACCATACCAT---TACTTATGCTACTTGACCAAAGGTTGGA----GCCA----------AAAAAC--A--------T-GACTTAATTG--AAAAA---AACTATATACG-TTTTGCGCTACGCTCTTATAAATATATTATGGTTGATTAATTT-TTAAATTTTAAACC---TGATTATTGACA-C--ACA--T-CCATTATGAAA-GAATTCT-------AAGTAC--GAAAAATACT-----GCCGATAAAT--GTGTTATTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAAAAGTGTGCGTGTATAAATGTATTGA-GTGCtttaaatcaatgtaacaaacgaacttaataaagttatgaaaataaaataaaatatttatgtttgtaaaacattgtcattattttgcaaatatattttgaaatg
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatcgaagtac------------A----AAGT-ACATGA-TCTTTAAAATGACGCT-AAAACTGTGTTAGTTGTATCCACT-AT----GGTTT--T-------GTC-GTTTTATCGATCATACCATTTGTACCTATGATACTTGGCATAAAGTTACATTTTACTAT-TTG---AAAGAGACAAA--------CAGATTAAACTGAAAAAAA---G-----ATACA-GTTTACGTTACACTGCAATAAATAgta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                catgaaatggacgtctcgatctcaataacgtttgcataaagcttttaaataaccatacagacgtctaacataaTGCGCGTTTTTAGATGTACTTA-GTGaaaatatcggttatgaa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       atgcgatttatttcctaGAAGTCAT-T-TTCTGGTT---ATATCAAA----GCCATTTCTG----TTGGTAAAAAAA-CA--T--TATTCTCGATTT---GG-TT---------C-------A-AAGTA--TA-----------AGAGTTTTCTTTTTAAT---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAGTTCACTA-AAACGGGC----------ATATTCAAAAAA----GT----ATTCTTTTcgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtggaagtcattttctggttatatcaaagccatttctgttggtaaaaaaacattattctcgatttggttcaaagtataagagttttctttttaatttgatatgaccctcaaattcaaagttcactaaaacgggcatattcaaaaaagtattcttttaaaacg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         atgcgatttatttcctacactaagtacatctaaaaacgcgcacgtcggtaaaactaatgttatgtggtacattttcactattattagagtgACCCAAAGTCAT-TGTTTTGGTT----CAACAAA----GTCATTTCTGGTCATTAG--------TTA--TGCTATTTTCGATTT---GGGTT---------A-------A-AAGTA--TA-----------AAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTT--TATTCACTA-AAAAGGGC----------ATATTT---AAAG---TTTTTGTTTCTTTTCTTTTAA-AAA-GTAATaaaacg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aagtacatataaaaccgcacaagtttgtaaaactaatcaaatgtgctccatgagCAATAGCGTTT-T-TATACGTTCTATGAACGTCAATTAAAAAC-G----TTATA--A---AC---ACCAACCT----GA-ATGTTT---------------AAAT-CTA--TC--TT---AAA--A--TAGT------GTAAAG-T----TTC--TT-T
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atatttaatttggttgaaaatgttataagGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTG-AA-T--AAA--T-TGATAATAAAA-GA---CG-------A-------GAAAAATT-------GTCGGCTACG--GTGTTATTA-TTTTATTT--TACAAAA-TAGAATTGTACATTTTTGTATGTACCGA-aaaaaagcttgatcattagtcaacattaaacggacgttttaatcgcaataacgtgtttataaag
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAAA---G----TATACA-TTTTACGTTACAATCCAATAAATATTTCGTGATTGTTTAGATT-TGAAATTTAAAAAC---TAGTT-TTGGAA-ATTAAA--TGCGA----GAAA-G-ATT--------------------------------GTCGGCAAC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAGTCAT-T-TTCCGGTT---T----AAAACTCGCCATTTATAT------GC---------------TATTTTCGATTT---GG-TT---------A-------T-AAATA--a
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             atgtgttaaattttcaatacgatcagacggaG-TT---------A-------ATGTGTA--TA-----------AGA-T-----------TGTTTTAAAGAA----TT-------GTT-------TTGACCCTCAGATTCAAAAGTCAC---AAAAGTGC----------AT-TTT----------TT----TTTc
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AAAGTCA--T--T--TTTCGGTTTCAAGA-TT---------------------GTT--TA-----------AGA-C-----------T---------------TT-------GAT-------ATGGACCTCAAATTCAAAAGTCACAA-ACAAGTGC----------ATATTT---A------------TTCTTTTTCTTTT-ATAAA-ATGATATTTAATCA-ATTTCACATTAGAAGACATGATTCAATT-T----------ATT-GGTAACATTTATA-TT-A-A--------AATCAGTGTTAAATAAAACT-G----G---A--T---ATTTAGTCAACATAAAATAGAC-GTT---------------AAAT-C----TC---------A--A--TAAT------GTG----------TG--TG-TGTGCATAAAG----TGGGTAAGTAG-G--CATA----CGCTC---------GCTCAAC-------------GTAAATGA------------A----CAGT-AT-TGCATATTTAAGATAACGTA-AACATTGTAATTATTGTATAAATTCAT----ATTTT--TAAAATTTGTT-GTTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggTTAAAATTTGTTGT-TTG---AAAAAAA---A--------T-GACTAAATTG--AAAAAAATG----TATACAATTTTAGTTTACGCTCTTATAAATATGTTCCGGTTGAATAATTT-TGAAATTAAAAAA-----AA--AATGAAATA--AAA--T--GATAATGAAA-TAATTCTTAATGCGA-------GAAAAACT-------GTCGGCAACA--GTTTT-ATT-ATTT-TTT--TATATAA-TAAgaaaaaaaatgactaaattgaaaaaaatgtatacaattttagtttacgctcttataaatatgttccggttgaataattttgaaattaaaaaaaaaatgaaataaaatgataatgaaataattcttaatgcgagaaaaactgtcggcaacagttttattatttttttatataataa
gi|20                         :                                                                                                                                                           cacaaatatcattaatatgcttgtttattattatcttcagctttttcgttttgtatctgtacatttgatacatcttaactcgcacacgttggtaaaactaatacaatttgttaaatttccaatattattagacggaaagtcatttttcggtttcaagattgtttaagactttgatatggacctcaaattcaaaagtcacaaacaagtgcatatttattctttttcttttataaaatgatatttaatcaatttcacattagaagacatgattcaatttattggtaacatttatattaaaatcagtgttaaataaaactggatatttagtcaacataaaatagacgttaaatctcaataatgtgtgtgtgtgcataaagtgggtaagtaggcatacgctcgctcaacgtaaatgaacagtattgcatatttaagataacgtaaacattgtaattattgtataaattcatatttTTTCTTTT-ACAAA-GTGATATTAAATAC-ATTTTAAA----AAGA-ATAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACCCGAAGTCAT-T-GTTTGGTT---TCAACAAA----GTCATTTCTGGTCATTGGCAAAAAAATTA--TGGTATTTTCGATTT---GGGTT---------A-------A-AAGTA--TA-----------AAA-T-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTTTA--TTCACTC-AAAAGGGC----------ATATTT---AAAGTTTTTG---TTTCTTTTCTTTT-A-AAAAGTGATATTAAATAA-ATTTTACA----AAGA-ATAATTTAATT-T----------TTTTAAT-GCAGTGATGTTT-A-AA-ATGTTCAATTGACGTCAATTAAAAAC-G----T-----------------CAACCG----TA-ACAGTA---------------AAAT-TTA--TC--TT---AAA--A--AAGT------AGAAAGAT----TTGACTT-TTT---TAATA----TAAA-AATTTCTG--CATA----AA------------GC---AT-------------GT-----C------------A----CAGT-AC-TGAACATTTAAAATAAAGTA-AAAACTGTATTTTTTGTATCAATTTA-----ATTTT--TA-----CGTT-GTTTTGTCAACTATACCATACCAAC--AAGTCATTTGACAAAAAGCTACATTTTGTTTTGTCG---AAAAAAAC--AACAACACAC-AACTAAACTG--AAAAA---G----TATACC-TTTTAGGTTACGCTATAATAAATATGTTATGGTAGATTAATTT-TGAAATTTAAAAGC---TGATTATTGAAA-A--AAAAGT-CAATTATAAAATGAATTCT-------A-------AA---------------CGGCAA----GTTTT-TTT-TTTCATTT--TACAAAA-TAAAATTGTGCATTTTCAAATATCCTGATGTGCCGAgtt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTCAAAT-T----------GTT-AAT-ACAATAGTGTTT-TTAA-ACGTCCAATTAACGTCAGTTAAAAAC-GCTATT---A--A---AC---GTCAACCT----TA-ACTGTT---------------GATT-TTA--TC--TTTAAAAA--A--TAATACTTA-GTCAACATGAAATAG--ATATTT---TAATC----TCAATGATGTGTG--CATA----AAGCCTGTAATTGAGC---ATAAATTAGCTTAGCGT-----G------------A----AAATTAT-TGAATCTTTCAAATGACGTA-AAAACTTTGTTTATTGTATCCATTTATTTATATTTTGTTA-----TTTTTGTTTTATCGACGATAACATACTTACTAATGATACTTGACCAAAAGTTACTTTTTGTTAT-TTGAAAAAAAAAAC--A--------C-AAATTAATTA--AAAAA---G----TATACG-CTC-------CGCTCTAA-AAATATATTGTGGTTGATTAATTT-TAAGATTTAAAAAC---TGATTATTG--A-A--AAA--TGCGA----GAAA--AATT--------------------------------GTCGACAACACTGTTAT-TAT-TTTTATTT--TACAAAA-CAAAATTGTGCGTTTTTATATGTATTGA-GTG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taatcttgT-AAT-AAAATAATGTTTCA-AA-ACCTCCGATTAACGTCAATTAAAA-C-T----T---A--ATTAAC---GTCAACCT----CA-ATGATTGCATTATTCTTTTATAAATGTTAAGTCGTTT---AAAT-A--CAGCTGGAGAGTCAACACAAA-TTGGATG-CCT---CAATA----TCAATAATTTGTG--CATATGATAA------------TC---AT-------------GT-----AGGCTTAACGTGAA----GACT-AT-TGAATATTTAAAATGGCGTA-AAAACTGTATATATTGTATCAATATAC----GTGTT--T-------GTT-GTTTTACTGACCATACAATACTTACTTATGATACACGTCCAAATGTTACATTTAATTTT-TTG---AACAAAA---A--------T-AACTAAATTG---AAAA---G----TATACG-TTTTACGTAACGCTCCAATAAAAATGTTATGGTTGATTAATTTGCGAAAC---AAAAT---TGta
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CAGCAACA--GTTTTATTG-TTTTATTT--TACCAAA-TAAAAccagcaacagttttattgttttattttaccaaataaaa
gi|6                          :                 taataaaataatgtttcaaaacctccgattaacgtcaattaaaacttaattaacgtcaacctcaatgattgcattattcttttataaatgttaagtcgtttaaatacagctggagagtcaacacaaattggatgcctcaatatcaataatttgtgcatatgataatcatgtaggcttaacgtgaagactattgaatatttaaaatggcgtaaaaactgtatatattgtatcaatatacgtgtttgttgttttactgaccatacaatacttacttatgatacacgtccaaatgttacatttaattttttgaacaaaaataactaaattgaaaagtatacgttttacgtaacgctccaataaaaatgttatggttgattaatttgcgaaacaaaattgcTTTCTGATTACAAGCAAAAA---C---T--TATTCTCGATTT---GG-TT---------A-------A-AGGTA--TA-----------AGA-C-----------T---------------TTTTTTCGAAATATTTCAAATGACACTCAAATTCAAAAGTCAC-A-AAATGTGC----------AAATTT---AAA----TC----TTT---------------------TGTTAAA-AA-A--TGACA----AAG--------CAATG-T----------TTT------------------A-AA-GCGTCAAATTAACGTAAATTATAAACGG----T---ACCA---AC---GTCAGCTC----TA-ACGTTT---------------ATAT-TTA--TCA-TT---AAA--A---AG-------GT-AACGT---------TT-TTT---TAAGC----TTAATAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacatGTTAC--TGTAATAAACAT--------TGATTAATTT-TCAAATTTAAAAAC---TGATTATTGAAT-A--AAgccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacagttactgtaataaacattgattaattttcaaatttaaaaactgattattgaataaat
gi|7                          : ttaaaacgcaaaacgttattgaaaactaatgttatgtgctaaattttcaaaattatcagacggaatgacattttctgattacaagcaaaaacttattctcgatttggttaaaggtataagactttttttcgaaatatttcaaatgacactcaaattcaaaagtcacaaaatgtgcaaatttaaatcttttgttaaaaaatgacaaagcaatgttttaaagcgtcaaattaacgtaaattataaacggtaccaacgtcagctctaacgtttatatttatcattaaaaaggtaacgtttttttaagcttaataagccaacattaaacggacgttttaatctcagtaatacttgcatatagtgtttaaatatgcacacaAAGTCAT-T-TTCCGGTT---ACAACAGA----GCCATTTCCGTTCTTTGGCCAAAAAATTA------GTT----GTTT---GG-TT---------A-------A-TCGTA--TA-----------AGA-T-----------TGTTTATAAAAAAAGGTT-------GAT-------ACGACTCTCAAAATCTAAAGTCAC-A-AAAAGTGC----------AAATCT---AAA----TC----TTT------------------TGATATTGAATAA-GTTTTACT----AAAA-ATAATTGACTT-T----------GTT-----------ATATTT----A-ACGTCCACTT----TCAATT-----------------------------------T----T--ACAGTT---------------ATAT-TTA--CC--TT---AAAAGA--TACT------GTAAATAT----TTG--TT---------ATA----TAAAt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtacatttaaatacgtacgcgttggtaaaactaaattaaaagcaatttgttaatttttcaatagtattagacggaAAGTCAT-T-TTCATGTT---TCAACAAA----ACCATTTCTGATCTTGGGCCAAAA---CA--T--TTTTCTCGACTT---GG-TT---------A-------A-A-GTA--TACTTTTTTTTTAAGA-A-----------T---------------TT-------GAT-------ATGACCCTCAAATTCAAAATTCA-TACAAAAATACATTCATTATTATATCT---AAA----TCA---TTTCATTTTT-------AA-GTAATATTAAACAGTGTTTTAAA----AAGG-ACA------------------------------AATAACGT-------------CAATTAA----------AAAC-GT---T---ATTA---AC---GTCAGCCT----TA-ACGTTA---------------AAAC-GTA--TC--TA---AAA--A--TAGT------TTA---AT----T----TT-TTT---TAATA----gctggatagttagtcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tggcaaaacttatgtattgtgttaaattgtcaatattattacaccgga------------GC---AT-------------G------A------------A----AAGT-AC-GGAATCTTTAAAATGACGTA-CAA-CTGTGTTTAATGTATCCATTTAT-----TTTT--T------TGCT-ATTTTGTCGACTATGCCAAACTGACTTATAATATGTGACTTAATGTTACATTTTGTTA-----------------------------------AGTG--AAAAA---G----TAAACG-TTTTACGTTACGATCTTATAAATATGTTGTGGTTTATTAACCT-TGAAATTTAAAAAC---TGATTACTGAAA-A--ACA--T-TGACTATGAAA-GAATTCT-------A-------AATGCGTGAAAAAATGTCGACAACG--GTATT-ATT-ATTTATTTTATACAAAA-TAAAATTGT-TGTTTTTAAATGTACAGA-a