lowQualScore : 1 1111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222222222222222222222222222222222 1111111111 1111 111111111111 1111 33333333333 1 1 2222222222222222222222222222 111111111111 1111111 111 11111 333333333333
lowQualScore : 2 2 333333 6 77777 0 222 3333 11 1 333333 0 1 5555555555555555 22 0 0 1111 111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 00 2222 444 33333 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 00 11 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 333333333 444444444 444444444444 33333333 11 11 44444444444444444444444444444444444 222 8888888 222 0 11 0 22 11 0 0 0 99999 1111 444 1111111111 1 222222 11 22 7777 333 77 1 222222222222 22 66 88888 1111 66 22222222222 1 7 0 5 2 5 5 5 3 0000000000000000000000000000 44 777777777777 6666666 3 3 111 44 0 3 66666 222222222222 666
lowQualScore : . . ...... . ..... . ... .... .. . ...... . . ................ .. . . .... ... ............................................................ . .. .... ... ..... ............................................................... . .. .. . ....................................................... .... ......... ......... ............ ........ .. .. ................................... ... ....... ... . .. . .. .. . . . ..... .... ... .......... . ...... .. .. .... ... .. . ............ .. .. ..... .... .. ........... . . . . . . . . . ............................ .. ............ ....... . . ... .. . . ..... ............ ...
lowQualScore : 0 0 444444 8 55555 9 000 6666 55 1 222222 7 1 2222222222222222 66 8 8 7777 444 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 99 2222 111 55555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 99 88 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6666 000000000 888888888 444444444444 22222222 22 22 77777777777777777777777777777777777 444 5555555 444 7 00 7 55 00 8 8 8 33333 8888 777 4444444444 0 999999 55 99 3333 333 77 2 000000000000 66 11 22222 3333 22 99999999999 9 5 2 8 9 3 6 7 3 8888888888888888888888888888 66 111111111111 6666666 3 3 777 66 5 6 66666 111111111111 444
consensus : GGACAAAA-GCCCC-TTGGA------CAAAAGCCCCTTG-----GTNAA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------GGAC--AAAAG-CCC-C----TT---G-----G--T--A-------------N-A---T--T-TNA--G---A-A-GG---------TGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------N-----------G-AT--TT--TAG-A--A-GN---------TGGACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-C-----G------AT---T-------T-------T------GG-----------A----A---------A---------AG------------CCCC--------TTG--G--T----G----AA---N---T--------------T-T---A-GAAG-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---GGA----TTTG--AAAAG---------G-T------GGAC--AAAA--G-C--CC-C-T--T-GA------T-T---ATTTTA--A--TA----GATA----TTG-TACA-----T-NN--TGAATTTTACTGT-A-TTGATGT-TACAT-TCA----------GA-------A--------T--AC------------AG---AC--T-ATTTTA-T---TATGTTT--TCA-A----TCAT-----AA-----ACACA---TTCA
Reference ( gi|7 ) : GGACAAAA-GCCCC-TTGGA------CAAAAGCCCCTCG-----GTTAA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---C------------GGAC--AAAAG-CCC-C----TT---G-----A--T--A-------------C-A---T--T-TAA--G---A-A-GT---------TGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------TG-T------C-----------G-AT--TT--TAG-A--A-GT---------TGGACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-C-----G------GT---T-------T-------T------GG-----------A----A---------A---------AG------------CCCC--------TTG--G--T----G----AA---A---T--------------T-T---A-GAAA-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---GAA----TTTG--AAAAA---------G-T------GGAC--AAAA--G-A--CC-T-T--T-GA------T-T---ATTTTA--A--TA----GATA----TTG-CACA-----T-AT--TGAATTTAATTTT-A-TTGAAGT-TACAT-TCA----------GA-------A--------T--AC------------AG---AC--T-ATTTTA-T---TATGTTT--TTA-A----ACAT-----AA-----ACACA---TTCA
gi|13 : GAACAAAA-GCCCA-TTGGA------CAGAATCCCCTTG-----TTCAA---A----AA--A-TA------TAC-ACA---T------------GAAC--AAAAT-CCC-G----TT---G-----G--T--T-------------A-A---T--T-TGA--C---A-A-GG---------TGG-AC--AAAA----GC---CCAT-----T-----------GC-T------G-----------G-AT--TT--TAG-A--A-GG---------TGGATA-AAAG--C--CGT-TTGGT-A-----T------AT---T-------T-------T------AGATGGAC-----A----A---------A---------AG------------TACC--------CTG--G--T----G-----G---A---T--------------T-T---G-AAAA-TTGG---A-C--AA-
gi|13 : GGACAAAA-CTCCC-TTAGA------CAAAAGCACCTTG-----ggtggacaaggtgcttttgtctaagggagttttgtccggtttcc
gi|21 : gaacaaaagcccattggacagaatccccttgttcaaaaaatatacacatgaacaaaatcccgttggttaatttgacaaggtggacaaaagcccattgctggattttagaaggtggataaaagccgtttggtatattttagatggacaaaagtaccctggtggatttgaaaattggacaaggtggaGGACAAAA-GCCCC-TTAGA------AAAAAGCCCCTTG-----GTAAA---A----AA--A-TG------CAC-ACA---T------------GGA---------CCC-C----TT---G-----G--T--A-------------G-A---T--T-TTA--G---A-A-AG---------TCG-AC--AAAA----GC---CCCA-----T-----------GG-T------G-----------G-AT--TT--TAG-A--A-GA---------TGGGCA-AAAG--C--CTC-Tggtttcc
gi|4 : cGGATAAAACGCTCC-TTGGA------CAAAAGCCCCTTA-----GTAAA---A----AA--A-TA------TGT-ACA---T------------GGAC--AAAAG-TCC-C----TT---G-----G--CTGA-------------T-A---T--T-TTT--G---A-A-GG---------TGG-GC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------AG-T------G-----------C-A---TT--TAG-CT-A-GG---------TGGACA-AGAG--C--CCC-TTTTT-G-----A------AT---T-------TAACAAGAT------GG-----------AT---N---------N---------NN------------NNNN--------NNN--N--N----N----NN---N---N--------------N-N---N-NNNN-NNNN---N-N--NN-NN--N--N-NN-NN-NNNN---NNN----NNNN--NNNNN---------GAT------GGAC--AAAA--G-T--CT-C-T--T-GA------T-T---ATTTTG--A--agattatt
gi|4 : ccGGACAAAA-GCCCC-TTGGaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|11 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaGGACAAAA-GCCCA-TTATC------CAAATGCCCCTAG-----GTC-----A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------GGACA-AAAAG-CCC-C----TCTGGG-----A--T----------------------T--T-TGA--A---ACA-G----------TGG-AC--AAAA----------CCC-----T-----------TG-A------T-----------G-AT--TT--Tttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|28 : gtaGGACAAAA-GCCCT-TTGGA------CAAAAACCCCTTG-----GTCAA---A----AT----TG------TAC-ACA---T------------GGAC--AAAAG-CCC-C----TT---G-----G--T--A-------------C-A---T--T-TTA--G---A-A-GG---------TGG-AT--AAgattttaattgatattgtatattattaattttactgtattgatgttacattcaggtatacatatacagcagtaggctatattttattttgtttttaagcttaaatacaatcattaaaaaatgtttgttttattaattatttatttttgaacaccattccattatatacataa
gi|1 : ctGGACAAAA-GCCCC-TTGG
gi|27 : cttggtcaaaaaatgtatacatGGAAAAAA-GCCTC-TTCCC------CAAAATCCCCTTT-----GTCAA---A----AA--G-TG------TAC-ACA---T------------GGAC--AAAAA-TCT-C----TT---G-----G--T--G-------------G-A---C--T-TGA--A---A-A-GA---------TGG-AT--AAAA----GT---TCCT-----T-----------TA-T------------------G-AT--Ttcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|30 : GGACAAAT-GCCCCCTTGGA------CATAAGCCCATGG-----TTTAA---A----AA--A-TA------TAT-ACA---CGT----------GGAC--AAAAG-CCT-C----TT---G-----G--T--
gi|24 : GGACAAAA-GTGAC-TTGCC------AAAAAGTCCTTTA-----GTCAA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------AAAC--AAAAG-CCT-C----TT---G-----G--T--gaatcaaggt
gi|12 : aGGACAAAA--CTCC-TTGGA------TAAAAAACCCTCG-----CTCAA---A----AA--A-TG------TGC-Aggtttgataggtnnnnnnnnnntgtattgtatttaagtaacacagataaa
gi|45 : gtatctGGACAAAA-GCCAC-TTTGA------AAAAGGACCCTTG-----ATAAA---A----AA--A-TG------aannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattttgaaacagtggacaaaagcatcaattgaatgt
gi|23 : aGACAACA-GCCCC-TTGGA------CAAAAGGCCCTTG-----G-TAA---A----AA--A-TG------TAT-ACA---T------------GGAC--AAAAG-CCCAT----TT---G-----G--T--T-------------A-A---T--T-TGA--C---A-A-GG---------TGG-AC--AAAA----GC---TCCT-----T-----------GG-T------A-----------G-AT--TT--TCG-A--A-GG---------TGGACA-AA
gi|35 : GACAAAA-ACCTC-TTGCC------CAAAAGCCCCTTG-----GTAAA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------GGAC--AAAAG-CCC-C----TT---C-----A--T--G---------------A---T--T-T
gi|15 : ACAAAA-GCCTC-TTGGA------CAAAAGCACCTTG-----GTAAA---AT---AA--A-TG------TAC-ACA---TAATTAAGAAGGTGGAC--AAAAG-TCC-C----AT---G-----A--T--A-------------G-A---T--T-TTA--G---G-A-GG---------TGA-AC--AAAA----TC---CCCT-----T-----------GG-T------T-----------G-AT--TT--TGG-A--A-GT---------TGGACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-C-----G------AT---T-------T-------T------AG-----------A----A---------
gi|22 : ACAAAG-GCCCC-TTGCC------CAAAAGCTCCTGT-----GTCAA---A----GA--T-TG------TAC-ACA---T------------TCAC--AAAAG--CT-C----TT---G--------T--G-------------G-A---T--T-TGA--A---A-A-GG---------TAG-AC--AAAA----GT---CCTA-----T-----------CA-T------------------G-AT--T----------------------------A-AAGG--C--CCC-TTGAT-T------------AT---T-------T-------T------Gggt
gi|6 : aAGA-GCTCC-TTGGAGTTAGACAGCAGCTCCTTG-----GT-AC---ATTTTAG--A-TG------T---------T------------GGAT--AAAAG-CCC-A----TT---G-----G--T--C-------------A-A---T--T-TTA--G---A-A-GA---------TTG-ACAAAAAA----AA---CCAT-----T-----------GG-T------C-----------G-GG--TT--TA--A--A-TC---------AGGACA-AAAG--C--CCC-ATAGT-G-----A------AT---T-------T-------T------AGAAGGTGGAC--A----A---------A---------AG------------ACTC--------TTT--G--T----G----GA---T---T--------------T-G---A-AAAA-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGAT---TAT----TTT
gi|32 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaatggtcagatgctggcAAA-GC------GGA------CAAAAGCTCCTTG-----GT--G---A----AT--A-TG-------ACAATG---T------------GGAC--AAAAG-CAC-T----TT---attataaaggtaa
gi|8 : AA-ACTCC-TTAGA------CAAAAGCCCTT-G-----GTAAA---A----AA--A-TG------TGC-ACA---T------------GGAC--AAAAG-CCC-C----TT---G-----A--T--G-------------A-A---T--T-TTA--G---A-A-GG---------TGG-AC--AAAA----GT---CCCA-----T-----------GA-T------G-----------A-AT--TT--TAG-A--A-GG---------TGGACA-AAAG--C--CCC-Tctcaaatctactatagggctttt
gi|3 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtagatttaatTGGA------CGAAAGCCCCTTG-----GTAAA---T----AA--A-TG------TAA-ACA---T------------GGAC--AAAAG-CCC-CTTTATT---A-----A--T--A-------------A-A---T--G-TAA--G---G--------------TGG-AT--AAAA----TC---CGCT-----T-----------GT-T------G-----------G-AT--TT--GAA-A--A-AT---------TAGACC-AAAG--C--TCC-TTGAT-
gi|18 : gtaggaaaaaagccccttgtttaataaatgtacacaTGGA------CAAAAGCTCCTTG-----GTCAA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------TGAC--GAAAG-CCC-C----AT---G-----G--T--A-------------C-A---T--T-TTA--G---G-A-GG---------TGG-AC--AAAA----GC---CC-------T-----------TG-A------T-----------G-GA--TT--TAA-A--A-GA---------TGGACA-AAAG--C--CCC-TT-GT-T-----G------AT---T-------T-------A------AG-----------A----A---------tatttaaatatatatattgtacaatgtttattatgaatattactgtattgattttacattcagaatacagacttttttataatgtttataatcatacaaaaaacacattcaagaaataacattttttgttgtttatttccattccattatgaaaacaacattcaattgacctgttttccataaaactaagggcaaaacacatgaactgaaataaactggggacacactgtcattaattgcaatgaattactgataaacttcaaacacaccatttaactgaactcttccatttgaaattaagggc
gi|28 : atcTGGA------CAAAAGCCCTTTG-----G---------------------------------------------------AC--AAAAA-CCC-C----TT---G-----G--TCAA-------------A-A---T--TGTAC--A---C-A------------TGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------A-----------C-AT--TT--TAG-A--A-GG---------TGGATA-Aggtgga
gi|1 : cTGGA------CAAAAGCCCCTTG-----GT
gi|1 : cttggtcaaaaaatgtatacaTGGA------CAAAAGCTCCTTGATTCTGTTGA---A----AG--A--G------T----------------------GGAC--AAAAG-Ccgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|2 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatTGGA------CAAAAGCTCCTTGATTCTGTTGA---A----AG--A--G------T----------------------GGAC--AAAAG-Cctataatatgttggtttt
gi|40 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatTAGA------CTAAATCCCCTTG-----ATAAA---A----AC--A-TT------AAC-ACA---C------------GGAC--AAAAG-TCC-T----TT---G-----A--T--A-------------G-A---T--T-ctataatatgttggtttt
gi|8 : GGA------CAAAAGCTCCTTG-----GTAAA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------GGAA--AAAAG-CCC-C----CT---A-----AAGT--G-------------A-A---T--T-TGA--C---A-A-GG---------TTG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-TAAAGGACCTTGGTA----G-AT--TT--TAG-A--A-GA---------TGGACA-AATG--G--ACC-TTGGT------------------------------------------------------------A---------A---------AG------------GACC--------TTG--G--T----A----GA---T---T--------------T-T---A-GAAG-ATGG---A-C--AA-AT--G--G-AC-CT-TGGT---AGA----TTTA--A
gi|14 : taGGA------CAAAAGCCCCTTG-----GTCAG---A----AA--A-TGGTGAATTTG-ACAAGGT------------GGAC--AAAAG-TCT-C----TT---G-----G--T--A-------------G-A---T--T-TTA--G---G--------------TGG-AC--AAAA----GA---CCCT-----T-----------AA-T------A-----------G-AT--TT--TAG-A--A-GG---------TGGACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-G-----A------AT---T-------T-------T------AG-----------A----A-----------------------------------------------G--G--T----G--------------------------------------------G---A-C--AA-AA--C--C-CC-CT-TTGT---GGA----TTTtaggggcttttgtccaccttctaaaattcatcatgggacttttgtccaccttctaaaattcatcaaggggcttttgtccatgtgcacatttttttaccaagggcttttgtctaaggagttt
gi|4 : ttactggccattcatgataaaaccattgaatggatgtaGGA------CAAAAGCCCCTTATAA--GTAAA---A----AA--AATG------TAC-ACA------------------------AAG-CCC-C----TT---G-----G--T--G-------------A-A---T--T-TGG--T---T-A-GG---------TGA-TC--AAAACTGAGC---TCCG-----T-----------GG-T------A-----------G-AG--TT--TAA-A--A-GA---------AGGACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-A-----G------AT---T-------T-------T------AG-----------A----A---------ta
gi|16 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaaGGA------CAAAAGTCCCTTG-----GTACA---A----GA--A-GG------T----------------------GGAC--AAAAG-CTC-C----TT---G-----G--T--A-------------C-T---T--T-TTA--T---G-A-GG---------TGG-AC--A--------C---CCCT-----T-----------GG-T------C-----------G-AT--TT--TAG-A--A-GT---------TGGACA-AAA
gi|41 : GGA------CAAAAGCCCCTTG-----GTGAATTTA----AG--A-AG------T----------------------GGAC--AAAAG-CCctgatccctctagctaatttattattttagactgaatataattttcatttatattt
gi|29 : atataggcaGGA------TACAAGCCCCTTG-----GTAAA---A----AA--A-TG------TAC-ATG---T------------GGACAAAAAAA-ACC-C----TT---G-----G--T--A-------------G-A---T--T-TTA--G---G-T-GA---------TTT-AT--AAAA----GC---TCCT-----
gi|5 : ccGA------CAAAAGCCCCTTG-----GTTAA---A----AAAAA-TG------AAC-ACA---T------------GGAC--GAAAG-CGC-C----TT---G-----G--T--C-------------G-A---T--T-TTA--G---A-A-GG---------TGGAAC--AAAA----GC---CTCT-----T-----------GG-T------G-----------A-AT--TT--TAG-A--A-GG---------TGGACA-AAAT--C--GCA-TTGGT-G-----G------AT---C-------TGTAAAGGT------GGAC---------A----A---------A---------AG------------CCCC--------TTG--A--T----
gi|9 : GA------TAAAAATCCTTCA-----GTAAA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------TGAC--AAAAG-CCC-C----TT---C-----G--C--G-------------G-A---T--T-TGG--A---A-G-GG---------TGG-CC--AAAA----GA---CCCT-----T-----------CG-T------------------G-AT--TT--TAATAC-A-GT---------T-GACA-AAAG--C--ACC-TTGAT-C-----T------TT---TTTTTTGCT-------T------GA-----------A----A---------A---------AG------------ATCCATTTAATATTGTTGTTT----G----AA---A---T--------------T-TATCA-GTAA-TTAATT-G-C--AA-AA-------CA-AT-TG-------A----TTTC--AA--------------T------TGAT--TTAA--A-A--CC-C-T--T-AA--------------TTTA--A--TAT---G--A----TTG----------T-GT--GAAATT---TTGT-A-TTGAATTGTACATATCAATGTATTTTTGA-------A--------TGAAT------------AGCCTAC--T-ATTTCATT---TATATTT--tattttaatagaatgatattgtatattatgaattttgctgtattgatgttacattcagaatacagactattttgttatgttttcaatcataaaaaatacacatacaagaaataattttttttttattcatttccattccattataacttaatcataatatatacataacaacaacattcaattgacctgttttccataaaattaaaggcaatgtacaataactgaaatcaatttg
gi|33 : aGG------CAAAAGCCTTATG-----GCAAA---A----AA--T-TG------TAC-ACA---T------------GGACA-AAAAG-GCC-C----TT---G-----G--T--G-------------A-A---T--T-TGA--C---A-A-GG---------TGG-Aatt
gi|36 : accaAGAAGCCCCATG-----GTCAA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------G-AC--AAAAG-CCC-C----TT---G-----G--T--A-------------G-A---T--A-TAA--G---A-A-CG---------TGG-AC--A
gi|1 : caCTTG-----GTCAA---A----AA--A-TG------TAT-ACA---T------------GGAC--AAAAG-CCC-C----TT---G-----G--T--C-------------G-A---T--T-TTA--G---A-A-GG---------TGG-At
gi|44 : AA---A----AA--A-TG------TAC-ACA---T------------GGGC--AAAAG-CCT-C----TT---G-----G--T--G-------------G-A---T--T-Tannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|41 : a--A-TA------TAG-GCA----------------GGAC--AAAAG-CCC-C----TT---G-----G--T--G-------------A-A---T--T-TAA--G---A-A-G----------TGG-AC--AAAA----GC---Cgtaaa
gi|21 : ---C------------GGAC--AAAAG-CCC-C----TT------------------------------------------A--G---A-A--------------------AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------A-----------A-A--------AA-A--A------------TGCACA-CATGGAC--CCC-TTGGT-A-----G------AT---T-------T-------T------AG-----------A----A---------AGTCGACAAAAG------------CCCC--------ATG--G--T----G----GA---T---T--------------T-T---A-GAAG-ATGG---G-C--AA-AA--G--C-CT-CT-
gi|29 : ---C------------GGAT--ACAAG-CCC-C----TT---G-----G--T--A-------------A-A---------AA--A---A-T-GTACATG----TGG-AC--AAAA----AAAA-CCCT-----T-----------GG-T------A-----------G-AT--TT--TAG-G--T-GA---------TTTATA-AAAG--C--TCC-Tagattatt
gi|15 : c------------GGAC--AAAAG-CAC-C----TT---G-----G--T--AAAATAAATGTACAC-A---TAAT-TAA--G---A-A-GG---------TGG-AC--AAAA----GT---CCCA-----T-----------GA-T------A-----------G-AT--TT--TAG-G--A-GG---------TGAACA-AAAT--C--CCC-TTGGT-T-----G------AT---T-------T-------T------GGAAGTTGGAC--A----A---------A---------AG------------CCCC--------TTG--G--T----C----GA---T---T--------------T-T---A-GAAG-GT
gi|13 : acaaaagcctctt------------GGAC--AGAAT-CCC-C----TT---G-------------------------------T--T-CAA--A---A-A-ATATACACA--TGA-AC--AAAA----TC---CCGT-----T-----------GG-T------T-----------A-AT--TT--GAC-A--A-GG---------TGGACA-AAAG--C--CCA-TTGCT-G-----G------AT---T-------T-------T------AG-----------A----AGGTGGATAAA---------AG------------CCGT--------TTG--G--T----A----TA---T---T--------------T-T---A-GA----TGG---A-C--AA-AA--G--T-AC-CC-TGGT---GGA----TTTG---AAAA---------T-T------GGAC--AA
gi|23 : gaacaaaagcccatt------------GGAC--AAAAG-GCC-C----TT---G-----G--T--A-------------------------AA--A---A-ATGTATACA----TGG-AC--AAAA----GC---CCAT-----T-----------TGGT------T-----------A-AT--TT--GAC-A--A-GG---------TGGACA-AAAG--C--TCC-TTGGT-A-----G------AT---T-------T-------T------CG-----------A----A---------ggtggacaaggtgcttttgtctaagggagttttgtccggtttcc
gi|11 : gacaacagcccctt------------GGAC--AAAAG-CCC-A----TT---ATCCAAA--T--G-------------C-C---C--C-TAG--GTCAA-A-ATGTACACA--TGG-AC--AAAAA---GC---CCCT-----C-----------TG--------G-----------G-AT--TT--TGA-AACA-G----------TGGACA-AAA------CCC-TTGAT-------G------AT---T-------T-------T------Gggtggacaaa
gi|28 : gta------------GGAC--AAAAG-CCC-T----TT---G--------------------------------------------------------------G-AC--AAAA----AC---CCCT-----T-----------GG-T------CAA---------A-AT--TG--TAC-AC-A------------TGGACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-A-----C------AT---T-------T-------T------AG-----------A----A---------attttaattgatattgtatattattaattttactgtattgatgttacattcaggtatacatatacagcagtaggctatattttattttgtttttaagcttaaatacaatcattaaaaaatgtttgttttattaattatttatttttgaacaccattccattatatacataa
gi|1 : ct------------GGAC--AAAAG-CTC-C----TT---G-----A--T--T-------------CTG---T--T-GAA--A---G-A-GT----------GG-AC--AAAA----GCATATTCTGAATAT-----------TG-T------T-----------G--T--TT----G-A--A-GT---------TAAATA-AAggtggataa
gi|2 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaac------------GGAC--AAAAG-CTC-C----TT---G-----A--T--T-------------CTG---T--T-GAA--A---G-A-GT----------GG-AC--AAAA----GCATATTCTGAATAT-----------TG-T------T-----------G--T--TT----G-A--A-GT---------TAAATA-AAactataatatgttggtttt
gi|30 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaac------------GGAC--AAATGCCCC-C----TT---GGAC--A--T--AAGCC---------C-ATGGT--T-TAA--A---A-A-ATATATACACGTGG-AC--AAAA----GC---CTCT-----T-----------GG-T------actataatatgttggtttt
gi|6 : GAC--AGCAG-CTC-C----TT---G-----G--T--A-------------C-A---T--T-TTA--G---A-T-GT---------TGG-AT--AAAA----GC---CCAT-----T-----------GG-T------C-----------A-AT--TT--TAG-A--A-GA---------TTGACA-AAAA--AAACCA-TTGGT-C-----G------GG---T-------T-------TAAATCAGG-----------ACA--A---------A---------AG------------CCCC--------ATA--G--T----G----AA---T---T--------------T-T---A-GAAG-GTGG---A-C--AA-AA--G--A-CT-CT-TTGT---GGA----TTTG--AAAAA---------G-T------GGAC--AAAA--G-C--CC-C-T--T-GA------T-T---ATTTTA--T--TA----gaatcaaggt
gi|8 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaatggtcagatgctggcagagctccttggagttaGAC--AAAAG-CCC------TT---G-----G--T--A-------------A-A---------AA--A---A-T-GTGCACA----TGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GA-T------G-----------A-AT--TT--TAG-A--A-GG---------TGGACA-AAAG--T--CCC-ATGAT-G-----A------AT---T-------T-------T------AGAAGGTGGAC--A----A---------A---------AG------------CCCC--------T----A--T----T----AA---A---T--------------C-T---A-taaaggtaa
gi|40 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggGAC--TAAAT-CCC-C----TT---G-----A--T--AAAAA---------C-A---T--T--AA--C---A-C-AC----------GG-AC--AAAA----GT---CCTT-----T-----------GA-T------A-----------G-AT--Ttaaggagttt
gi|17 : taGAA--AAAAA-CCC-----------------------A-------------C-A---T--G-TAG--G------------------TGG-AC--AAAA----GCA--CCCT-----A-----------TG-T------T--------------T--GT--TAC-A--AGGT---------TGG-CA-AAAA--C--
gi|27 : aaagaacagtatgccctatcaaatgtC--AAAAT-CCC-C----TT------------T--G----------------------T-CAA--A---A-A-GTGTACACA--TGG-AC--AAAA----AT---CTCT-----T-----------GG-T------G-----------G-AC--TT--GAA-A--A-GA---------TGGATA-AAAG--T--TCC-TTtcacctacaacacctacaacactttgagtggggtggtttttgcccaccttcc
gi|35 : ggaaaaaagcctcttcccC--AAAAG-CCC-C----TT---G-----G--T--A-------------A-A---------AA--A---A-T-GTACACA----TGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------CA-T------------------G-AT--TT--tatgatt
gi|32 : gacaaaaacctcttgcc--AAAAG-CCC-T----AT---A-----G--T--A-------------G-A---T--T-TGA--G---A-A-AG---------CGG-AC--AAAA----GC---TCCT-----T-----------GG-T------G-----------A-AT--AT--GAC-A--A-TG---------TGGACA-AAAG--C--ACT-TT
gi|10 : -C----TT---G-----A--T--G-------------A-A---T--T-TGA--A---ACA-GT---------TG--AC--AAAA----TC---CCAT-----T-----------AG-T------------------G-AT--TT--TA
gi|14 : ctttgtcaaaaatatacacatggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctaaggT---G-----A--T--AAAAC---------C-A---T--T-GAATGG---A-T-GT---------AGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------CAGAAAATGGTGA-AT--TT--GAC-A--A-GG---------TGGACA-AAAG--T--CTC-TTGGT-A-----G------AT---T-------T-------T------AGGTGGAC-----A----A---------A---------AG------------ACCC--------TTA--A--T----A----GA---T---T--------------T-T---A-GAAG-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---GAA----TTTT--AGAAG---------G-T------GGAC--AAAAC-C-C--CC-T-T--T-GT------G-G---ATTTTA--attttaattgatactgtgtactattaattttactgtatagttgttacacccaggtatacgtatatagcaataattttattatgttttcaatcataaataaacacattaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|3 : ttactggccattca-GT---------AGG-AA--AAAA----GC---CCCT-----T-----------------------------------GT--TTAATAA-A--T-GTACACA----TGGACG-AAAG--C--CCC-TTGGT-A-----A------ATAAATG------TAAACA--T------GG-----------ACA--A---------A---------AG------------CCCC--------TTT--A--T----T----AATAAA---T--------------G-T---A---AG-GTGG---A-T--AA-AA--T--C-CG-CT-TGTT---GGA----TTTG--AAAAA---------T-T------AGAC--CAAA--G-C--TC-C-T--T-GA------T-T---ATTTAAATA--TA----TATA----TTG-TACAATGTTT-ATTATGAATATTACTGT-A-TTGATTT-TACAT-TCA----------GA-------A--------T--AC------------AG---AC--T-TTTTTA-T---AATGTTT--ATA-A----TCATACAAAAA-----ACACA---TTCA
gi|15 : T---------TGG-AC--AAAA----GC---ACCT-----TGGTAAAATAAATG-TA-----C-----------ACATAATT--AAG-A--A-GG---------TGGACA-AAAG--T--CCC-ATGAT-A-----G------AT---T-------T-------T------AGGAGGTGAAC--A----A---------A---------AT------------CCCC--------TTG--G--T----T----GA---T---T--------------T-T---G-GAAG-TTGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---CGA----TTTT--AGAAG---------G-T------agaaataacattttttgttgtttatttccattccattatgaaaacaacattcaattgacctgttttccataaaactaagggcaaaacacatgaactgaaataaactggggacacactgtcattaattgcaatgaattactgataaacttcaaacacaccatttaactgaactcttccatttgaaattaagggc
gi|30 : acaaaagcctcT---------TGG-AC--ATAA----GC---CCAT---------------------------------------G-GT--TT--AAA-A--A-ATATATACACGTGGACA-AAAG--C--CTC-TTGGT-
gi|18 : ggacaaatgccccc---------TGG-AC--AAAA----GC---TCCT-----T-----------GG-T------CAAA--------A-AA--TG--TAC-A--C-AT---------T-GACG-AAAG--C--CCC-ATGGTAC-----A------TT---T-------TAGGAGG-T------GGAC---------A----A---------A---------AG-------------CCC--------TTG--A--T----G-----G---A---T--------------T-T---A-AAAG-ATGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGTT---G-A----TTTA--AGAAG---------G-T------GGAgaatcaaggt
gi|1 : atc---------TGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------C-----------G-AT--TT--TAG-A--A-GG---------TGGA
gi|44 : cttggtcaaaaaatgtataca---------TGG-GC--AAAA----GC---CTCT-----T-----------GG-T------G-----------G-AT--TT--annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|21 : aaaaaaatgtacacaGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T--------------------------------------------AG-A--A-----------------A-AAAG--C--CCC-TTGGT------------------------------------------AA-----------A----A---------A---------AATGCACACATGGACCCC--------TTG--G--T----A----GA---T---T--------------T-T---A-GAAA-GTCG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CA-TGGT---GGA----TTTT--AGAAG---------A-T------GGGC--AAAA--G----CC-T-C--TAGA------T-T---ATTgtaaa
gi|4 : cGG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T------------A-T------------------A-AG--TA--AAA-A--A-AA---------TGTACACAAAG--C--CCC-TTGGT-------G------AA---T-------T-------T------GGTTAGGTGATCAA----A---------ACTG------AG------------CTCC--------GTG--G--T----A----GA---G---T--------------T-T---A-AAAG-AAGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---AGA----TTTT--AGAA------------T------TGAT--AA-----------------T-GA------T-A---ATGTAC--A--CA----GATA----TGG-TACA-----T-
gi|16 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcGG-AC--AAAA----GT---CCCT-----T-----------GG-T------A-----------C-A--------AG-A--A-GG---------TGGACA-AAAG--C--TCC-TTGGTAC-----T------TT---T-------TATGAGG-T------GG-----------A----C---------A-----------------------CCCC--------TTG--G--T----C----GA---T---T--------------T-T---A-GAAG-TTGG---A-C--AA-AACTGATC-CC-TC-TAGC---TAA----TTT
gi|41 : GG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------G-----------A-AT--TT--AAG-A--A-G----------TGGACA-AAAG--C--Cattattttagactgaatataattttcatttatattt
gi|29 : atataggcaGG-AT--ACAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------A-----------A-A--------AA-A--ATGTACATG----TGGACA-AAAA--AAACCC-TTGGT-A-----G------AT---T-------T-------T------AGGTGATTTAT--A----A---------A---------AG------------CTCC--------T
gi|5 : ccG-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------T-----------A-A-------AAA-A--A-ATGAACACA--TGGACG-AAAG--C--GCC-TTGGT-C-----G------AT---T-------T-------T------AGAAGGTGGAAC-A----A---------A---------AG------------CCTC--------TTG--G--T----G----AA---T---T--------------T-T---A-GAAG-GTGG---A-C--AA-AA--T--C-GC-AT-TGGT---GGA----TCTG--TAAAG---------G-T------GGAC--AAAA--G-C--CC-C-T--T-GA------T-T---ATTTTA--A--TAGAATGATA----TTG-TATA-----T-TA--TGAATTTTGCTGT-A-TTGATGT-TACAT-TCA----------GA-------A--------T--AC------------AG---AC--T-ATTTTG-T---TATGTTT--TCA-A----TCAT-----AAAAAATACACA---TACA
gi|36 : G-AC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------A-----------G-AT--AT--AAG-A--A-CG---------TGGACA-agaaataattttttttttattcatttccattccattataacttaatcataatatatacataacaacaacattcaattgacctgttttccataaaattaaaggcaatgtacaataactgaaatcaatttg
gi|22 : caagaagccccatggtcaaaaaatgtacacat-AC--AAAA----GC---TC-------T-----------TG-T------G-----------G-AT--TT--GAA-A--A-GG---------TAGACA-AAAG--T--CCT-ATCAT-------G------AT---T-----------------------------------A----A---------A---------GG------------CCCC--------TTG--A--T----t
gi|27 : aacaaaggccccttgcccaaaagctcctgtgtcaaagattgtacacattcC--AAAA----TC---CCCT-----T-----------TG-T------C-----------A-A---------A-A--A-GTGTACACA--TGGACA-AAAA--T--CTC-TTGGT-G-----G------AC---T-------T---------------G-----------A----A---------A---------AG------------tattttg
gi|35 : ggaaaaaagcctcttcccC--AAAA----GC---CCCT-----T-----------GG-T------A-----------A-A--------AA-A--ATGTACACA----TGGACA-AAAG--C--CCC-TTatggataaaagttcctttatgatt
gi|22 : gacaaaaacctcttgccC--AAAA----GC---TCCT-----G-----------TG-T------CAAA--------G-AT--TG--TAC-A--C-AT---------T-CACA-AAAG--C--TCT-T--GT-G-----G------AT---T-------T---------------G-----------A----A---------A---------AG-------------------------------------------------------------------------------GTAG---A-C--AA-AA--G--T-CC-TA-TCAT---G-A----TT---------------------------------AAAG--G-C--CC-C-T--T-GA------T-T---ATTTTcatgattt
gi|24 : aacaaaggccccttgcc--AAAA----GT---CCTT-----T-----------AG-T------C-----------A-A--------AA-A--ATGTACACA----TAAACA-AAAG--C--CTC-TTGGT-------G------GT---T-------T-------g
gi|11 : aggacaaaagtgacttgcca-GT---------AGGACA-AAAG--C--CCA-TTATC-C-----------------------------------------------------A----A---------A---------TG------------CCCC--------TAG--G--TC---A----AA---A---T--------------G-T---A-CACA--TGG---A-C--AA-AAA-G--C-CC-CTCTGG----GAT----TTTG--AAACA---------G-T------GGAC--AAAA--C----CC-T-TGAT-GA------T-TTTGATTTTA--A--TT----GATA----TTG-TATA-----TTAT--T-AATTTTACTGT-A-TTGATGT-TACAT-TCA----------GGT------A--------T--ACATATACAGCAGTAG---GCTAT-ATTTTA-T---TTTGTTT--TTA-A----GCTT-----AA-----ATACA---ATCAgataggtnnnnnnnnnntgtattgtatttaagtaacacagataaa
gi|8 : T---------TAGACA-AAAG--C--CC--TTGGT-A-----AAAAAATGT---G-------CACA----T------GG-----------ACA--A---------A---------AG------------CCCC--------TTG--A--T----G----AA---T---T--------------T-T---A-GAAG-GTGG---A-C--AA-AA--G--T-CC-CA-TGAT---GAA----TTTT--AGAAG---------G-T------GGAC--AAAA--G-C--CC-C-T-----A------T-T---Attaaaaaatgtttgttttattaattatttatttttgaacaccattccattatatacataa
gi|18 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtagatt---------TGGACA-AAAG--C--TCC-TTGGT-C-----AAAAAATGT---ACACA---T-------T------GAC----------G----A---------A---------AG------------CCCC--------ATG--G--T----A----CA---T---T--------------T-T---A-GGAG-GTGG---A-C--AA-AA--G----CC-CT-TGAT---GGA----TTT---AAAAG---------A-T------GGAC--AAAA--G-C--CC-C-T--T-G-------T-T---GATTTA--A--ggagttt
gi|28 : atc---------TGGACA-AAAG--C--CCT-TTGGA-C-----------------------------------------------------A----A---------A---------AA------------CCCC--------TTG--G--TC---A----AA---A---T--------------TGT---A-CACA--TGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---ACA----TTTT--AGAAG---------G-T------GGAT--AAgaaggtgga
gi|1 : c---------TGGACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-C-----G------AT---T-------T-------T------AG-----------A----A-----------------------------------------------G--G--T----G------------------------------------GAAN-NNNN---N-N--NN-NN--N--N-NN-NN-NNNN---NNN----NNNN--NNNNN---------N-N------NNNN--NNNN--N-N--NN-N-N--N-NN------N-N---A----------TA----GATA----GTG-TATA-----T-TA--TGAATTTTACTGT-A-TTGATGT-TACAT-TCA----------GA-------A--------T--AC------------AG---ACT-T-ATTTTA-TTTATATGTTT--TCA-A----TCATGAA--AA-----ACACA---TCCA
gi|44 : cttggtcaaaaaatgtataca---------TGGGCA-AAAG--C--CTC-TTGGT-------G------GA---T-------T-------T------GT-----------A----A---------A---------aaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|16 : aaaaaaatgtacacaGGACA-AAAG--T--CCC-TTGGTACAAGAAG------GT--------------------------GG-----------ACA--A---------A---------AG------------CTCC--------TTG--G--T----A----CT---T---T--------------T-T---A-TGAG-GTGG---A-C--A---------C-CC-CT-TGGT---CGA----TTTT--AGAAG---------T-T------GGAC--AAAACTG-ATCCC-T-C--T-AG------C-T---AATTTA--T--T------ATT----TTA-GAC------------TGAATATAATTTTCA-TT
gi|27 : GGAAA-AAAG--C--CTC-TTCCC-C-----------------------------------------------------A----A---------A---------AT------------CCCC--------TTT--G--T----C----AA---AAAGT--------------G-T---A-CACA--TGG---A-C--AA-AA--A--T-CT-CT-TGGT---GGA----CTTG--AAAAG---------A-T------GGAT--AAAA--G-T--TC-C-T--T-TA------T-G---ATTtatattt
gi|30 : GGACA-AATG--C--CCCCTTGGA-C-----------------------------------------------------A----T---------A---------AG------------CCCA--------T-G--G--TTTAAA----AA---A---T--------------A-T---A-TACACGTGG---A-C--AA-AA--G--C-CT-CT-TGGT---GAA----T
gi|41 : GGACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-caaggt
gi|29 : atataggcaGGATA-CAAG--C--CCC-TTGGT-A-----AAAAAATGTACAT-------G-------T------GG-----------ACAAAA---------A---------AA------------ACCC--------TTG--G--T----A----GA---T---T--------------T-T---A-G----GTGATTTA-T--AA-AA--G--C-TC-CT-gaatttaagaagtggacaaaagcc
gi|24 : ccGGACA-AAAG--T--GAC-TTG-C-C-----A-----------------------------------------------A----A---------A---------AG------------TCCT--------TTA--G--TCAA-A----AA---A---T--------------G-T---A-CACA--TAA---A-C--AA-AA--G--C-CT-CT-TGGT---G-G----TTTG--A
gi|23 : aGACA-ACAG--C--CCC-TTGGA-C-----------------------------------------------------A----A---------A---------AG------------GCCC--------TTG--G--T----A----AA---AAA-T--------------G-T---A-TACA--TGG---A-C--AA-AA--G--C-CCATT-TGGT---TAA----TTTG--ACAAG---------G-T------GGAC--AAAA--G-C--TC-C-T--T-GG------TAG---ATTTTtaggtnnnnnnnnnntgtattgtatttaagtaacacagataaa
gi|35 : GACA-AAAA--C--CTC-TTGCC-C-----------------------------------------------------A----A---------A---------AG------------CCCC--------TTG--G--T----A----AA---AAAAT--------------G-T---A-CACA--TGG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TCAT---G-A----TTTcgaaggtggacaaa
gi|36 : GACA-AAAG--C--CCC-TTGGT-
gi|15 : caagaagccccatggtcaaaaaatgtacacatACA-AAAG--C--CTC-TTGGA-C-----------------------------------------------------A----A---------A---------AG------------CACC--------TTG--G--T----A----AA---A---TAAATGTACACATAAT-T---AAGAAG-GTGG---A-C--AA-AA--G--T-CC-CA-TGAT---AGA----TTTT--AGGAG---------G-T------GAAC--AAAA--T-C--CC-C-T--T-GG------T-TG--ATTTTagatataagaacgtggacat
gi|22 : ACA-AAGG--C--CCC-TTGCC-C-----------------------------------------------------A----A---------A---------AG------------CTCC--------T----G--T----GTCAAAG---A---T--------------TGT---A-CACA--TTC---A-C--AA-AA--G--C-TC-TT---GT---GGA----TTTG--AAAAG---------G-T------AGAC--AAAA--G-T--CC-TATCAT-GA------T-T---Aggaagttggacaaaagccccttggtcgattttagaaggt
gi|32 : aA-AAAG--C--CCT-ATAGT-A-----G------AT---T-------TGAGAAAGC------GGAC---------A----A---------A---------AG------------CTCC--------TTG--G--T----G----AA---T---A--------------T-G---A-CAAT-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-AC-TT-Taaggccccttgattattttg
gi|1 : -----------A----A---------A---------AG------------CTCC--------TTG--A--T----T----CT---G---T--------------T-G---A-AAGA-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-
gi|32 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatat-----------A----A---------A---------AG------------CCCT--------ATA--G--T---------AG---A---T--------------T-TG--A-GAAA-GCGG---A-C--AA-AA--G--C-TC-CT-TGGT---GAA----TATG--ACAAT---------G-T------GGAC--AAAA--G-C--AC-T-T--T-gtccactataatatgttggtttt
gi|2 : -----------A----A---------A---------AG------------CTCC--------TTG--A--T----T----CT---G---T--------------T-G---A-AAGA-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-
gi|36 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatat-----------A----G---------A---------AG------------CCCC--------ATG--G--TCAA-A----AA---A---T--------------G-T---A-CACA--TG----A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---AGA----TATA--AGAAC---------G-T------GGAC--Agtccactataatatgttggtttt
gi|41 : ca-----------A----A---------A---------AG------------CCCC--------TTG--G--T----G----AA-------T--------------T-T---A-AGAA-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-Ct
gi|33 : atataggcaggac-----------A----A---------A---------AG------------CCTT--------ATG--G--C----A----AA---AAA-T--------------TGT---A-CACA--TGG---A-C--AA-AAA-G--G-CC-CT-TGGT---GAA----TTTG--ACAAG---------G-T------GGA
gi|40 : accaggc----A---------A---------AT------------CCCC--------TTG--A--T----A----AA---A---ACA------------T-T---A-ACAC-ACGG---A-C--AA-AA--G--T-CC-TT-TGAT---AGA----TT
gi|29 : tagact---------A---------AG------------CCCC--------TTG--G--TAAA-A----AA---A---T--------------G-T---A--CAT-GTGG---A-CAAAA-AA--A--A-CC-CT-TGGT---AGA----TTT
gi|20 : ccggatac--G--T----G----GA---T---T--------------T-G---A-AAAA-GTTG---A-C--AAAAA--G--C-CC-CT-Ttaggtgatttataaaagctcct
gi|44 : ----AA---A---T--------------G-T---A-CACA--TGG---G-C--AA-AA--G--C-CT-CT-TGGT---GGA----TTTG--TAAAattttaataaatattgcacattatgaattttcctttattgatgttatattcagaatacagactattttattatgttttcaatcattaatatatatgtta
gi|2 : aaaa---T--------------T-T---A-GAAG-GTGG---AAN--NN-NN--N--N-NN-NN-NNNN---NNN----NNNN--NNNNN---------N-N------NNNN--NNNN--N-N--NN-N-N--N-NN------N-N---NNNNNN--A--TA----GATA----GTG-TATA-----T-TA--TGAATTTTACTGT-A-TTGATGT-TACAT-TCA----------GA-------A--------T--AC------------AG---ACT-T-ATTTTA-TTTATATGTTT--TCA-A----TCATGAA--AA-----ACACA---TCCA
gi|17 : tAG-GTGG---A-C--AA-AA--G--CACC-CT---AT---G------TTTGTTACAAG---------G-T------TGGC--AAAA--ACA--CA-T-T--T-GA------T-aaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|1 : aaagaacagtatgccctA-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-TC-CT-TGATTCTG-------TTG--AAAGA---------G-T------GGAC--AAAA--GCA--TA-T-TC-T-GAATATTGT-T---GTTTGA--AGTTA----AATAAAGTTTG-CTCA-----T-------AATTT-ATTTC-AGTTGA--T-TACacatgtgggtttttttctcacctacaacacctacaacactttgagtggggtggtttttgcccaccttcc
gi|2 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaaA-GTGG---A-C--AA-AA--G--C-TC-CT-TGATTCTG-------TTG--AAAGA---------G-T------GGAC--AAAA--GCA--TA-T-TC-T-GAATATTGT-T---GTTTGA--AGTTA----AATAAAGTTTG-CTCA-----T-------AATTT-ATTTC-AGTTGA--T-TACataatatgttggtttt
gi|28 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaaTGG---A-C--AA-AA--A--C-CC-CT-TGGTC--AAA----ATTG--TACAC---------A-T------GGAC--AAAA--G-C--CC-C-T--T-GG------TAC---ATTTTA--ataatatgttggtttt
gi|30 : ctggacaaaagcccttTGG---A-C--AT-AA--G--C-CC-AT--GGT-----------TTA--AAAAATATATACACG-T------GGAC--AAAA--G-C--CT-C-T--T-GG------T-gaaggtggataa
gi|40 : ggacaaatgccccctTAG---A-C--TA-AA--T--C-CC-CT-TGAT---AAAAACATT----AACAC---------A-C------GGAC--AAAA--G-T--CC-T-T--T-GA------T-gaatcaaggt
gi|16 : GG---A-C--AA-AA--G--T-CC-CT-TGGT---ACA----------AGAAG---------G-T------GGAC--AAAA--G-C--TC-C-T--T-GG------T-A---CTTTTT--A--T-----GAGG----TGGACACC-----C-CT--TGG--TCGATTTT-A---GAAGT-TGGA---CA----------AA-------ACTGATCCCT--CT------------AG----C--T-AATTTA-T---TA---TT--TTA-G----AC-T-----GA-----ATATAATTTTCAagatt
gi|41 : GG---A-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---GAA----TTT---AAGAA---------G-T------GGAC--AAAA--G-tttatattt
gi|29 : atataggcaGG---A-T--AC-AA--G--C-CC-CT-TGGT---AA-----------AAAAATGTACAT--G-T------GGACAAAAAA--A-A--CC-C-T--T-GG------TAG---ATTTTA--cc
gi|35 : cc-C--AA-AA--G--C-CC-CT-TGGT---AAA----------AAAAT---------G-TACACATGGAC--AAAA--G-C--CC-C-T--T-CA------T-G---ATTTggtgatttataaaagctcct
gi|10 : gacaaaaacctcttgcc-CT-TGAT---GAA----TTTG--AAACA---------G-T------TGAC--AAAA--T-C--CCAT-TAGT-GA------T-TTTAATTTTA--A--TT----GATA----CTG-TGTAC----T-AT--T-AATTTTACTGT-A-TAGTTGT-TACAC-CCA----------GGTATACGTA--------T--AT------------AGCA-AT--A-ATTTTA-T---TATGTTT--TCA-ATCATAAAT-----AA-----ACACA---TT
gi|20 : ctttgtcaaaaatatacacatggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctaaggGT---GGA----TTTG--AAAAA---------G-T------TGAC--AAAA--A-G--CC-C-C--T-----------T---ATTTTA--A--TA----AATA----TTG-CACA-----T-TA--TGAATTTTCCTTT-A-TTGATGT-TATAT-TCA----------GA-------A--------T--AC------------AG---AC--T-ATTTTA-T---TATGTTT--TCA-A----TCAT-----TA-----ATATA---aaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|38 : TA--AAAAG---------G-G------GGAC--AAAA--G----CC-C-C--G-GA------T-T---GTTTTA--A--TA----GATA----TTG-TGCAC----T-A---TGAATTTatgtta
gi|26 : ---ATTTTA--A--CA----GATA----TTG-CATA-----T-TA--TGAATTTTACCGT-A-TTGACGT-TACAT-TCC----------GA-------A--------T--AC------------AG---AT--T-ATTTTA-T---TAAGTTT--TCA-A----TCAT-----AAAAAT-ACACA---TTCAtac
gi|25 : T-A-TTCAGGTATACAT-----------------------A--------T--AC------------AGCT-AC--TTATCTTA-T---TATGTTTAATCATA----ACAT-----AA-----ACATA---TTagaaaa
gi|31 : ttatatacatatgtata-TTGATGT-TACAT-TCA----------GA-------A--------T--AC------------AG---AT--T-AATTTA-T---TGTGTTT--TTA-A----TCATAAAA-AA-----ACACT---TTCAaaacaaatgttttgttcattatttattttt
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAATTGATCTCTTTCATTTAAAATTAAGGGCAAGTAAATTCAACTGAAATAAATTGTCAGCACACTTTAATTACTTTTTAACTAAAAACAACAACATTCAATTGATGCTTTTGTCCACTGTTTCAAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTGTTATATTTGATAGTGCCAAAGACAGAACTGTTATGTACCATATCTGGGTACTTAATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTGCGATAAATTACTGATAAACTTCAAACAACATTTAATTGATCGCTTTCATTTAAAACAAAGG
Unaligned ( gi|39 ): CATATACGCACTTGATTCTTGGAGAATCTAACTGTTCAAGGAATCGTGTCAAAGACGA
Unaligned ( gi|42 ): TTTTCATATCCGCCAAGGAGCTTTCGTCCATCTTGTCAAAGCATACTAT
Unaligned ( gi|43 ): CAGAACTGTTGTGTACCATATCTGTGTACATTATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|46 ): AAAGAAACATTTCAGTGTTATAGAAATTAAAAAAAAAAGAAC
Unaligned ( gi|47 ): CTTTTGTCCGGCTACCGGCAAAGACAGTTGTGTGAG
Unaligned ( gi|48 ): CTACTGGCTTTTCTATAATGCTCTGTCAATAGCCA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 1111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555 111111111 1111111111 11111 1111111 1111111111 2222222 111111111111 111 11 111 333333333333
lowQualScore : 2 2 00000000000000000 222 2 2222 1 1 333333 11 222 666666666666 33 1 11 6666 2 1 1 4444444 3333 1 4444444444444 1 333 4 6666 22 5 888888888 1 22 666666 55555555555555555555555555555555555555555555 555 000000000 33 77777 2 0 33 888 33 999 0 1 1111111111 2 22 2 0 0 444444 00000 0 7777 33 0 0000000 33 44 3 3 4444444444 5555555 44 777777777777 555 11 3 3 111 44 3 7777 000000000000
lowQualScore : . . ................. ... . .... . . ...... .. ... ............ .. . .. .... . . . ....... .... . ............. . ... . .... .. . ......... . .. ...... ............................................ ... ......... .. ..... . . .. ... .. ... . . .......... . .. . . . ...... ..... . .... .. . ....... .. .. . . .......... ....... .. ............ ... .. . . ... .. . .... ............
lowQualScore : 4 4 88888888888888888 444 4 9999 4 3 888888 99 333 666666666666 11 3 88 2222 9 1 4 6666666 4444 6 6666666666666 7 333 7 0000 44 7 666666666 8 88 222222 00000000000000000000000000000000000000000000 000 999999999 99 99999 0 1 22 333 88 000 3 9 9999999999 1 99 2 4 8 444444 55555 6 8888 99 1 8888888 33 66 3 3 6666666666 0000000 66 111111111111 000 22 3 3 777 66 6 7777 777777777777
consensus : GGACAAAA-GCCCC-TTG-----------------GACAAAAGCCCCTTG---GTNAA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GGT--GGATTTNAGAA-G-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-AG--------NTGGACA-AAAGC--CCCTT-----GGTC-GATT-------T-------T------GG-----------A--AA---AGCCCC--------TTG--G--T-GAATTTTAGAAG--GTGGA---CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGA--CAAAA-GCCCCT--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGA--TGT-TACAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---AC--T-ATTTTA-T---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
Reference ( family-6815 ) : GGACAAAA-GCCCC-TTG-----------------GACAAAAGCCCCTTG---GTNAA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GGT--ANATTTNAGAA-G-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-AG--------NTGGACA-AAAGC--CCCTT-----GGTC-GATT-------T-------T------GG-----------A--AA---AGCCCC--------TTG--G--T-GAANTTTAGAAG--GTGGA---CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGA--CAAAA-GCCCCT--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TNNTGAATTTTACTGTATTGA--TGT-TACAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---AC--T-ATTTTA-T---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
gi|1 : CTTG---GTCAA----A-AAA-TG------TA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GGT--CGATTTTAGAA-G-------GTGGA
gi|1 : -----------A--AA---AGCCCC--------TTG--G--T-CGATTTTAGAAG--GTGGAA--NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNN--NNNNN-NNNNNN--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGA--TGT-TACAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---ACT-T-ATTTTA-TTTATATGTTT--TCA-ATC----ATGAA--AA-----ACACATCCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|1 : cttggtcaaaaaatgtatacatggac--GTGGA---CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGA--CAAAA-GC-----------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|10 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaCTTT---GTCAA----A-AA--TA------TA--CACA---T------------GGAC--NNNNNNNN-NNN--NNN--NNNNNNNNNNN-N-------NNNNNNNNNN----NT-CCCTAAGG-------CT-TG---ATGAAT---TTGAA-ACAG--------TT-GACA-AAATC--CCATT-----AGT--GATT-------T-------T------tataatatgttggtttt
gi|10 : CTTGA---TGAATTT-GAAAC--------AGT-TGA--CAAAA-TCCCAT--TAGTGATTTTAATTTTAATT----GATAC--TGTGTA-------CTATTAATTTTACTGTATAGT--TGT-TACAC-CCA----------GGTATACGTAT--AT------------AGCA-AT--A-ATTTTA-T---TATGTTT--TCA-ATCATAAAT-----AA-----ACACATTaattttaattgatactgtgtactattaattttactgtatagttgttacacccaggtatacgtatatagcaataattttattatgttttcaatcataaataaacacattaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|11 : ctttgtcaaaaatatacacatggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctaaggGGACA-AAAGC--CCATT-----------ATC-------C---------------------------A--AA---TGCCCC--------TAG--G--TCAAAATGTACACA---TGGA---CAAAAAGCCCCTCTG----GGATTTTGAAAC--------AGT-GGA--CAAAA--CCCTTGAT---GATTTTGATTTTAATT----GATAT--TGTATA-------TTATTAATTTTACTGTATTGA--TGT-TACAT-TCA----------GGT------AT--ACATATACAGCAGTAG---GCTAT-ATTTTA-T---TTTGTTT--TTA-AGC----TT-----AA-----ATACAATCAaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|12 : gtaGGACAAAA--CTCC-TTG-----------------GATAAAAAACCCTCG---CTCAA----A-AAA-TG------TG--CAttaaaaaatgtttgttttattaattatttatttttgaacaccattccattatatacataa
gi|13 : gtatctGAACAAAA-GCCCA-TTG-----------------GACAGAATCCCCTTG---TTCAA----A-AAA-TA------TA--CACA---T------------GAAC--AAAATCCC-GTT--GGT--TAATTTGACAA-G-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------AT-TG---CTGGAT---TTTAG-A-AG--------GTGGATA-AAAGC--CGTTT-----GGT---AT----------------------------------------------------------------------ATTTTAGA-----TGGA---CAAAA-GTACCCTGG---TGGATTT-GAAAATTGGACAAGGT-GGA--CAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattttgaaacagtggacaaaagcatcaattgaatgt
gi|13 : GGACAAAA-CTCCC-TTA-----------------GACAAAAGCACCTTG---ggtgcttttgtctaagggagttttgtccggtttcc
gi|14 : gaacaaaagcccattggacagaatccccttgttcaaaaaatatacacatgaacaaaatcccgttggttaatttgacaaggtggacaaaagcccattgctggattttagaaggtggataaaagccgtttggtatattttagatggacaaaagtaccctggtggatttgaaaattggacaaggtggaGA---TAAAA---CCATTGAA--TGGAT-----------------GTAGGA--CAAAA-GCCCCT--T---GGTC---Aggtttcc
gi|14 : ttactggccattcatG-----------------GACAAAAGCCCCTTG---GTCAG----A-AAA-TGGTGAATTT--GACAAGGT------------GGAC--AAAAGTCT-CTT--GGT--AGATTTTAG-----------GTGGACAAAA----GA-CC-------------CT-TA---ATAGAT---TTTAG-A-AG--------GTGGAC---------------------------------------------------------------A--AA---AGCCCC--------TTG--G--T-GAATTTTAGAAG--GTGGA---CAAAA-CCCCCTTTG---TGGATTT-gaaaatggtgaatttgacaaggtggacaaaagtctcttggtagattttaggtggacaaaagacccttaatagattttagaaggtggacaaaagccccttggtgaattttagaaggtggacaaaaccccctttgtggatttta
gi|15 : ttactggccattcatgataaaaccattgaatggatgtaACAAAA-GCCTC-TTG-----------------GACAAAAGCACCTTG---GTAAA----ATAAA-TG------TA--CACA---TAATTAAGAAGGTGGAC--AAAAGTCC-CAT--GAT--AGATTTTAGGA-G-------GTGAACAAAA----TC-CC-------------CT-TG---GTTGAT---TTTGG-A-AG--------TTGGACA-AAAGC--CCCTT-----GGTC-GATT-------T-------T------AG-----------A--Ata
gi|16 : G-----------------GACAAAAGTCCCTTG---GTACA----A-GAA-GG------T-----------------------GGAC--AAAAGCTC-CTT--GGT--ACTTTTTATGA-G-------GTGGACA--------C-CC-------------CT-TG---GTCGAT---TTTAG-A-AG--------TTGGACA-AAAggt
gi|17 : A-G-------GTGGACAAAA----GCACC-------------CTATG---TTTG------TTAC-A-AG--------GTTGGCA-AAAAC--ctgatccctctagctaatttattattttagactgaatataattttcatttatattt
gi|18 : aaagaacagtatgccctatcaaatgtTG-----------------GACAAAAGCTCCTTG---GTCAA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------TGAC--GAAAGCCC-CAT--GGT--ACATTTTAGGA-G-------GTGGACAAAA----G--CC-------------CT-TG---ATGGA----TTTAA-A-AG--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT------GTT-GATT-------T-------A------AG-----------A--Aacatgtgggtttttttctcacctacaacacctacaacactttgagtggggtggtttttgcccaccttcc
gi|2 : atcTTTAGAAG--GTGGAA--NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNN--NNNNN-NNNNNN--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGA--TGT-TACAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---ACT-T-ATTTTA-TTTATATGTTT--TCA-ATC----ATGAA--AA-----ACACATCCAggtgga
gi|2 : t--GTGGA---CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGA--CAAAA-GC-----------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|20 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-TGA--CAAAAAGCCCCT--T----------ATTTTAATA----AATAT--TGCACA-------TTATGAATTTTCCTTTATTGA--TGT-TATAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---AC--T-ATTTTA-T---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----TA-----ATATATtataatatgttggtttt
gi|21 : GGACAAAA-GCCCC-TTA-----------------GAAAAAAGCCCCTTG---GTAAA----A-AAA-TG------CA--CACA---T------------GGAC--------CC-CTT--GGT--AGATTTTAGAA-A-------GTCGACAAAA----GC-CC-------------CA-TG---GTGGAT---TTTAG-A-AG--------ATGGGCA-AAAGC--CTCTatgtta
gi|22 : cACAAAG-GCCCC-TTG-----------------CCCAAAAGCTCCTGT---GTCAA----A-GAT-TG------TA--CACA---T------------TCAC--AAAAGCTC-TT----GT--GGATTTGAAAA-G-------GTAGACAAAA----GT-CC-------------TA-TC---AT-GAT---T-----------------------A-AAGGC--CCCTT-----GATT--ATT-------T-------T------Gagattatt
gi|23 : aGACAACA-GCCCC-TTG-----------------GACAAAAGGCCCTTG---GT-AA----A-AAA-TG------TA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCCATTT--GGT--TAATTTGACAA-G-------GTGGACAAAA----GC-TC-------------CT-TG---GTAGAT---TTTCG-A-AG--------GTGGACA-AA
gi|24 : GGACAAAA-GTGAC-TTG-----------------CCAAAAAGTCCTTTA---GTCAA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------AAAC--AAAAGCCT-CTT--GGT---GGTTTGA
gi|25 : aA--TGTATATAT-TCA----------GGTATACATAT--AC------------AGCT-AC--TTATCTTA-T---TATGTTTAATCATAAC----AT-----AA-----ACATATTtaggtnnnnnnnnnntgtattgtatttaagtaacacagataaa
gi|26 : ttatatacat---ATTTTAACA----GATAT--TGCATA-------TTATGAATTTTACCGTATTGA--CGT-TACAT-TCC----------GA-------AT--AC------------AG---AT--T-ATTTTA-T---TAAGTTT--TCA-ATC----AT-----AAAAAT-ACACATTCAaaacaaatgttttgttcattatttattttt
gi|27 : GGAAAAAA-GCCTC-TTC-----------------CCCAAAATCCCCTTT---GTCAA----A-AAG-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAATCT-CTT--GGT--GGACTTGAAAA-G-------ATGGATAAAA----GT-TC-------------CT-Tagaaaa
gi|28 : GGACAAAA-GCCCT-TTG-----------------GACAAAAACCCCTTG---GTCAA----A-AT--TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GGT--ACATTTTAGAA-G-------GTGGATAAtatgatt
gi|29 : ctG-----------------GATACAAGCCCCTTG---GTAAA----A-AAA-TG------TA--CATG---T------------GGACAAAAAAAACC-CTT--GGT--AGATTTTAGGT-G-------ATTTATAAAA----GC-TC-------------CT-
gi|3 : cc------------GGAA--AAAAGCCC-CTT--G-------TTTAATAA-ATGTACACATGGACGAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTAAATAAATGTA--A-AC--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT-----TATT-AAT---------------------------------------------------------------------AAATGTA--AG--GTGGA---TAAAA-TCCGCTTGT---TGGATTT-GAAAA--------ATT-AGA--CCAAA-GCTCCT--T---GATT---ATTTAAATA----TATATATTGTACAATGTTTATTATGAATATTACTGTATTGA--TTT-TACAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---AC--T-TTTTTA-T---AATGTTT--ATA-ATC----ATACAAAAA-----ACACATTCA
gi|30 : gtaGGACAAAT-GCCCCCTTG-----------------GACATAAGCCCATGG---TTTAA----A-AAA-TA------TATACACG---T------------GGAC--AAAAGCCT-CTT--GGT--GAATC----AA-G-------GTagaaataacattttttgttgtttatttccattccattatgaaaacaacattcaattgacctgttttccataaaactaagggcaaaacacatgaactgaaataaactggggacacactgtcattaattgcaatgaattactgataaacttcaaacacaccatttaactgaactcttccatttgaaattaagggc
gi|31 : TTGA--TGT-TACAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---AT--T-AATTTA-T---TGTGTTT--TTA-ATC----ATAAAA-AA-----ACACTTTCA
gi|32 : -----------A--AA---AGCCCT--------ATA--G--T-AGATTTGAGAAA--GCGGA---CAAAA-GCTCCTTGG---TGAATAT-GACAA--------TGT-GGA--CAAAA-GCACTT--T---agaaataacgtta
gi|33 : -----------------GGCAAAAGCCTTATG---GCAAA----A-AAT-TG------TA--CACA---T------------GGACA-AAAAGGCC-CTT--GGT--GAATTTGACAA-G-------GTGGA
gi|35 : accaGACAAAA-ACCTC-TTG-----------------CCCAAAAGCCCCTTG---GTAAA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--
gi|36 : AGAAGCCCCATG---GTCAA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------G-AC--AAAAGCCC-CTT--GGT--AGATATAAGAA-C-------GTGGACAcatgattt
gi|38 : caT-AAAAA--------GGG-GGA--CAAAA-GCCCCG------GATT---GTTTTAATA----GATAT--TGTGCA-------CTATGAATTTTACt
gi|4 : GGATAAAACGCTCC-TTG-----------------GACAAAAGCCCCTTA---GTAAA----A-AAA-TA------TG--TACA---T------------GGAC--AAAAGTCC-CTT--GGCTGATATTTTTGAA-G-------GTGGGCAAAA----GC-CC-------------CT-TA---GTGCA----TTTAG-CTAG--------GTGGACA-AGAGC--CCCTT-----TTTG-AATT-------TAACAAGAT------GG-----------ATNNN---NNNNNN--------NNN--N--N-NNNNNNNNNNNN--NNNNN---NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------GAT-GGA--CAAAA-GTCTCT--T---GATT---ATTTTGA
gi|4 : ccA---T------------GGAC--AAAAGTCT-CTT--GAT---TATTTTGAAACA-------GTGGACAAAA----GC-aacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TATAAGTAAA--------A-A-AA--------ATGTACACAAAGC--CCCTT-----GGT--GAAT-------T-------T------GGTTAGGTGATCAA--AACTGAGCTCC--------GTG--G--T-AGAGTTTAAAAG--AAGGA---CAAAA-GCCCCTTGG---TAGATTT-TAGAA----------T-TGA--TAA-----------T---GATA---ATGTACACA----GATAT--GGTACA-------Tatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcG-----------------GACAAAAGCCCCTTATAAGTAAA----A-AAAATG------TA--CACA------------------------AAGCCC-CTT--GGT--GAATTTGGTTA-G-------GTGATCAAAACTGAGC-TC-------------CG-TG---GTAGAG---TTTAA-A-AG--------AAGGACA-AAAGC--CCCTT-----GGTA-GATT-------T-------T------AG-----------A--A
gi|40 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaaTA-----------------GACTAAATCCCCTTG---ATAAA----A-ACA-TT------AA--CACA---C------------GGAC--AAAAGTCC-TTT--GAT--AGATT
gi|41 : A-TA------TA--GGCA----------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GGT--GAATTTAAGAA---------GTGGACAAAA----GC-C
gi|44 : AA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGGC--AAAAGCCT-CTT--GGT--GGATTT
gi|45 : aGGACAAAA-GCCAC-TTT-----------------GAAAAAGGACCCTTG---ATAAA----A-AAA-TG------gtaaa
gi|5 : aGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTTAA-------AA-A-AAATGAACACATGGACG-AAAGC--GCCTT-----GGTC-GATT-------T-------T------AGAAGGTGGAAC-A--AA---AGCCTC--------TTG--G--T-GAATTTTAGAAG--GTGGA---CAAAA-TCGCATTGG---TGGATCT-GTAAA--------GGT-GGA--CAAAA-GCCCCT--T---GATT---ATTTTAATAGAATGATAT--TGTATA-------TTATGAATTTTGCTGTATTGA--TGT-TACAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---AC--T-ATTTTG-T---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AAAAAATACACATACA
gi|6 : T-----GGTCAGATG-------C-------T------GG-----------C--AG---AGCTCC--------TTG--G--------------AG--TTAGA---CAGCA-GCTCCTTGG---TACATTT-TAGAT--------GTT-GGA--TAAAA-GCCCAT--T---GGTCA--ATTTTAGAA----GATagaaataattttttttttattcatttccattccattataacttaatcataatatatacataacaacaacattcaattgacctgttttccataaaattaaaggcaatgtacaataactgaaatcaatttg
gi|6 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaa---T------------AGAC--AGCAGCTC-CTT--GGT--ACATTTTAGAT-G-------TTGGATAAAA----GC-CC-------------AT-TG---GTCAAT---TTTAG-A-AG--------ATTGACA-AAAAAAACCATT-----GGTC-GGGT-------T-------TAAATCAGG-----------ACAAA---AGCCCC--------ATA--G--T-GAATTTTAGAAG--GTGGA---CAAAA-GACTCTTTG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-GGA--CAAAA-GCCCCT--T---GATT---ATTTTATTA----tgacaaaaaaaaccattggtcgggtttaaatcaggacaaaagccccatagtgaattttagaaggtggacaaaagactctttgtggatttgaaaaagtggacaaaagccccttgattattttattataaaggtaa
gi|7 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaatggtcagatgctggcagagctccttggagtGGACAAAA-GCCCC-TTG-----------------GACAAAAGCCCCTCG---GTTAA----A-AAA-TG------TA--CACA---C------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GAT--ACATTTAAGAA-G-------TTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TT---GTCGAT---TTTAG-A-AG--------TTGGACA-AAAGC--CCCTT-----GGTC-GGTT-------T-------T------GG-----------A--AA---AGCCCC--------TTG--G--T-GAAATTTAGAAA--GTGGA---CAAAA-GCCCCTTGG---TGAATTT-GAAAA--------AGT-GGA--CAAAA-GACCTT--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGCACA-------TATTGAATTTAATTTTATTGA--AGT-TACAT-TCA----------GA-------AT--AC------------AG---AC--T-ATTTTA-T---TATGTTT--TTA-AAC----AT-----AA-----ACACATTCAtaaaggtaa
gi|8 : G-----------------GACAAAAGCTCCTTG---GTAAA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAA--AAAAGCCC-CCTAAAGT--GAATTTGACAA-G-------GTTGACAAAA----GC-CCCTTGGTAAAGGACCT-TG---GTAGAT---TTTAG-A-AG--------ATGGACA-AATGG--ACCTT-----GGT--------------------------------------------AA---AGGACC--------TTG--G--T-AGATTTTAGAAG--ATGGA---CAAAT-GGACCTTGG---TAGATTT-AATAG--------GG
gi|8 : taGGACAAAA-GCCCC-TTGATGAATTTTAGAAGGTGGACAAAAGTCCCATG---ATGAATTTTA-GAA-GG------T-----------------------GGAC--AAAAGCCC-C-T--ATT--AAATCT------------------ACCAAG----GT-CC-------------AT-TT---GTCCAT---CTTCT-A-AA--------ATCTACC-AAGGT--CCTTTACCAAGGTC-CATT-------T-------gcttttgtccaccttctaaaattcatcatgggacttttgtccaccttctaaaattcatcaaggggcttttgtccatgtgcacatttttttaccaagggcttttgtctaaggagttt
gi|8 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacAA-ACTCC-TTA-----------------GACAAAAGCCC-TTG---GTAAA----A-AAA-TG------TG--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GAT--GAATTTTAGAA-G-------GTGGACAAAA----GT-CC-------------CA-TG---ATGAAT---TTTAG-A-AG--------GTGGACA-AAAGC--CCCTatgtgcacatttttttaccaagggcttttgtctaaggagttt
gi|9 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtagatttaat-----------------GATAAAAATCCTTCA---GTAAA----A-AAA-TG------TA--CACA---T------------TGAC--AAAAGCCC-CTT--CGC--GGATTTGGAAG-G-------GTGGCCAAAA----GA-CC-------------CT-TC---GT-GAT---TTTAATACAG--------TT-GACA-AAAGC--ACCTT-----GATC-TTTTTTTTTGCT-------T------GA-----------A--AA---AGATCCATTTAATATTGTTGTTT-GAAATTTATCAGTAATTAATTGCAAAA---CAATT-------GATTT-CAA------------T-TGATTTAAAA---CCCT--T---AA-------TTTAATAT---G--AT--TGT------------GTGAAATTT--TGTATTGAATTG--TACATATCAATGTATTTTTGA-------ATGAAT------------AGCCTAC--T-ATTTCATT---TATATTT--
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAATTGATCTCTTTCATTTAAAATTAAGGGCAAGTAAATTCAACTGAAATAAATTGTCAGCACACTTTAATTACTTTTTAACTAAAAACAACAACATTCAATTGATGCTTTTGTCCACTGTTTCAAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTGTTATATTTGATAGTGCCAAAGACAGAACTGTTATGTACCATATCTGGGTACTTAATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTGCGATAAATTACTGATAAACTTCAAACAACATTTAATTGATCGCTTTCATTTAAAACAAAGG
Unaligned ( gi|39 ): CATATACGCACTTGATTCTTGGAGAATCTAACTGTTCAAGGAATCGTGTCAAAGACGA
Unaligned ( gi|42 ): TTTTCATATCCGCCAAGGAGCTTTCGTCCATCTTGTCAAAGCATACTAT
Unaligned ( gi|43 ): CAGAACTGTTGTGTACCATATCTGTGTACATTATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|46 ): AAAGAAACATTTCAGTGTTATAGAAATTAAAAAAAAAAGAAC
Unaligned ( gi|47 ): CTTTTGTCCGGCTACCGGCAAAGACAGTTGTGTGAG
Unaligned ( gi|48 ): CTACTGGCTTTTCTATAATGCTCTGTCAATAGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 5555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111111 1111111 2222222 111111111111 11 11 111 333333333333
lowQualScore : 2 2 222 2 1 1 444444 22 222 666666666666 33 1 11 1 444 1 0 4444444 3333 1 4444444444444 1 333 4 8888 1 5 888888888 1 22 2 7777777777777777777777777777777777777 555 0 2 777 4 22 999 0 1 999999999 2 666 0 111111111111111111111111 1 5555 44 1111111 3 7777777 888888888888 00 22 3 222 55 3 7777 000000000000
lowQualScore : . . ... . . . ...... .. ... ............ .. . .. . ... . . ....... .... . ............. . ... . .... . . ......... . .. . ..................................... ... . . ... . .. ... . . ......... . ... . ........................ . .... .. ....... . ....... ............ .. .. . ... .. . .... ............
lowQualScore : 5 5 555 4 4 4 000000 00 444 888888888888 22 3 88 3 111 5 6 8888888 4444 6 6666666666666 7 333 7 3333 9 7 666666666 8 88 0 9999999999999999999999999999999999999 000 2 3 666 4 44 000 3 9 888888888 1 111 4 888888888888888888888888 3 7777 22 8888888 6 3333333 666666666666 00 33 6 777 00 6 7777 777777777777
consensus : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-AG--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
Reference ( family-6815 ) : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-AG--------NTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
gi|1 : CTTG---GTCAAA-AAA-TG------TA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TCG-ATTTTAGAAG-------GTGGA
gi|1 : -----------A--AA---AGCCCCTTGGT-CGATTTTAGAAGGTGGAANNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNNNNNNN---NNNNN---------N--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--ACT-T-ATTTTATTTATATGTTT--TCA-ATC----ATGAA--AA-----ACACATCCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|1 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacGTGGA-CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGACAAAA---GC--------------------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|10 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaCTTT---GTCAAA-AA--TA------TA--CACA---T------------GGAC--NNNNNNNN-NNN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN----NT-CCCTAAGG-------CT-TG---ATGAAT---TTGAA-ACAG--------TT-GACA-AAATC--CCATTAGT--GATTT-------T------tataatatgttggtttt
gi|10 : CTTGA---TGAATTT-GAAAC--------AGT-TGACAAAA---TCCCA---------T--TAGTGATTTTAATTTTAATT----GATAC--TGTGTA-------CTATTAATTTTACTGTATAGTTGT-TACACCCAGGTATACGTATAT------------AGCAAT--A-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATCATAAAT-----AA-----ACACATTaattttaattgatactgtgtactattaattttactgtatagttgttacacccaggtatacgtatatagcaataattttattatgttttcaatcataaataaacacattaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|11 : ctttgtcaaaaatatacacatggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctaaggGGACA-AAAGC--CCATT------ATCC---------------------------A--AA---TGCCCCTAGGTCAAAATGTACACA-TGGA-CAAAAAGCCCCTCTG----GGATTTTGAAAC--------AGT-GGACAAAA----CCCT---------TGAT---GATTTTGATTTTAATT----GATAT--TGTATA-------TTATTAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGGT------ATACATATACAGCAGTAG--GCTAT-ATTTTAT---TTTGTTT--TTA-AGC----TT-----AA-----ATACAATCAaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|12 : gtaGGACAAAA--CTCC-TTGGATAAAAAACCCTCG---CTCAAA-AAA-TG------TG--CAttaaaaaatgtttgttttattaattatttatttttgaacaccattccattatatacataa
gi|13 : gtatctGAACAAAA-GCCCA-TTGGACAGAATCCCCTTG---TTCAAA-AAA-TA------TA--CACA---T------------GAAC--AAAATCCC-GTT--GG-TTA-ATTTGACAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------AT-TG---CTGGAT---TTTAG-A-AG--------GTGGATA-AAAGC--CGTTTGGT---AT---------------------------------------------------ATTTTAGA---TGGA-CAAAA-GTACCCTGG---TGGATTT-GAAAATTGGACAAGGT-GGACAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattttgaaacagtggacaaaagcatcaattgaatgt
gi|13 : GGACAAAA-CTCCC-TTAGACAAAAGCACCTTG---ggtgcttttgtctaagggagttttgtccggtttcc
gi|14 : gaacaaaagcccattggacagaatccccttgttcaaaaaatatacacatgaacaaaatcccgttggttaatttgacaaggtggacaaaagcccattgctggattttagaaggtggataaaagccgtttggtatattttagatggacaaaagtaccctggtggatttgaaaattggacaaggtggaGA-TAAAA---CCATTGAA--TGGAT-----------------GTAGGACAAAA---GCCCC---------T--T---GGTC---Aggtttcc
gi|14 : ttactggccattcatGGACAAAAGCCCCTTG---GTCAGA-AAA-TGGTGAATTT--GACAAGGT------------GGAC--AAAAGTCT-CTT--GG-TAG-ATTTTAG----------GTGGACAAAA----GA-CC-------------CT-TA---ATAGAT---TTTAG-A-AG--------GTGGAC---------------------------------------------------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-CCCCCTTTG---TGGATTT-gaaaatggtgaatttgacaaggtggacaaaagtctcttggtagattttaggtggacaaaagacccttaatagattttagaaggtggacaaaagccccttggtgaattttagaaggtggacaaaaccccctttgtggatttta
gi|15 : ttactggccattcatgataaaaccattgaatggatgtaACAAAA-GCCTC-TTGGACAAAAGCACCTTG---GTAAAATAAA-TG------TA--CACA---TAATTAAGAAGGTGGAC--AAAAGTCC-CAT--GA-TAG-ATTTTAGGAG-------GTGAACAAAA----TC-CC-------------CT-TG---GTTGAT---TTTGG-A-AG--------TTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------AG-----------A--Ata
gi|16 : GGACAAAAGTCCCTTG---GTACAA-GAA-GG------T-----------------------GGAC--AAAAGCTC-CTT--GG-TAC-TTTTTATGAG-------GTGGACA--------C-CC-------------CT-TG---GTCGAT---TTTAG-A-AG--------TTGGACA-AAAggt
gi|16 : GGACAAAA----GT-CC-------------CT-TG---GTACA-------AG-A-AG--------GTGGACA-AAAGC--TCCTTGGT---ACTT-------T--------------------------------------------TTATGAGGTGGA-CA-----CCCCTTGG---TCGATTT-TAGAA--------GTT-GGACAAAACTGATCCCTCTAGCTAAT--T---TATT---ATTTTActgatccctctagctaatttattattttagactgaatataattttcatttatattt
gi|17 : AG-------GTGGACAAAA----GCACC-------------CTATG---TTTG------TTAC-A-AG--------GTTGGCA-AAAAC--gactgaatataattttcatttatattt
gi|18 : aaagaacagtatgccctatcaaatgtTGGACAAAAGCTCCTTG---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------TGAC--GAAAGCCC-CAT--GG-TAC-ATTTTAGGAG-------GTGGACAAAA----G--CC-------------CT-TG---ATGGA----TTTAA-A-AG--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT-GTT-GATTT-------A------AG-----------A--Aacatgtgggtttttttctcacctacaacacctacaacactttgagtggggtggtttttgcccaccttcc
gi|2 : atcTTTTAGAAGGTGGAANNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNNNNNNN---NNNNN---------N--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--ACT-T-ATTTTATTTATATGTTT--TCA-ATC----ATGAA--AA-----ACACATCCAggtgga
gi|2 : GTGGA-CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGACAAAA---GC--------------------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|20 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-TGACAAAAA--GCCCC---------T--T----------ATTTTAATA----AATAT--TGCACA-------TTATGAATTTTCCTTTATTGATGT-TATATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----TA-----ATATATtataatatgttggtttt
gi|21 : GGACAAAA-GCCCC-TTAGAAAAAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------CA--CACA---T------------GGAC--------CC-CTT--GG-TAG-ATTTTAGAAA-------GTCGACAAAA----GC-CC-------------CA-TG---GTGGAT---TTTAG-A-AG--------ATGGGCA-AAAGC--CTCTatgtta
gi|22 : cACAAAG-GCCCC-TTGCCCAAAAGCTCCTGT---GTCAAA-GAT-TG------TA--CACA---T------------TCAC--AAAAGCTC-TT----G-TGG-ATTTGAAAAG-------GTAGACAAAA----GT-CC-------------TA-TC---AT-GAT---T-----------------------A-AAGGC--CCCTTGATT--ATTT-------T------Gagattatt
gi|23 : aGACAACA-GCCCC-TTGGACAAAAGGCCCTTG---GT-AAA-AAA-TG------TA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCCATTT--GG-TTA-ATTTGACAAG-------GTGGACAAAA----GC-TC-------------CT-TG---GTAGAT---TTTCG-A-AG--------GTGGACA-AA
gi|24 : GGACAAAA-GTGAC-TTGCCAAAAAGTCCTTTA---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------AAAC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGG--TTTGA
gi|25 : aATGTATATATTCAGGTATACATATAC------------AGCTAC--TTATCTTAT---TATGTTTAATCATAAC----AT-----AA-----ACATATTtaggtnnnnnnnnnntgtattgtatttaagtaacacagataaa
gi|26 : ttatatacat---ATTTTAACA----GATAT--TGCATA-------TTATGAATTTTACCGTATTGACGT-TACATTCCGA-------ATAC------------AG--AT--T-ATTTTAT---TAAGTTT--TCA-ATC----AT-----AAAAAT-ACACATTCAaaacaaatgttttgttcattatttattttt
gi|27 : GGAAAAAA-GCCTC-TTCCCCAAAATCCCCTTT---GTCAAA-AAG-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAATCT-CTT--GG-TGG-ACTTGAAAAG-------ATGGATAAAA----GT-TC-------------CT-Tagaaaa
gi|28 : GGACAAAA-GCCCT-TTGGACAAAAACCCCTTG---GTCAAA-AT--TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TAC-ATTTTAGAAG-------GTGGATAAtatgatt
gi|29 : ctGGATACAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CATG---T------------GGACAAAAAAAACC-CTT--GG-TAG-ATTTTAGGTG-------ATTTATAAAA----GC-TC-------------CT-
gi|3 : cc------------GGAA--AAAAGCCC-CTT--G-------TTTAATAAATGTACACATGGACGAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTAAATAAATGTA--A-AC--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT--T---ATT--------------------------------A---A---------T-AAATGT---AAGGTGGA-TAAAA-TCCGCTTGT---TGGATTT-GAAAA--------ATT-AGACCAAA---GCTCC---------T--T---GATT---ATTTAAATA----TATATATTGTACAATGTTTATTATGAATATTACTGTATTGATTT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-TTTTTAT---AATGTTT--ATA-ATC----ATACAAAAA-----ACACATTCA
gi|30 : gtaGGACAAAT-GCCCCCTTGGACATAAGCCCATGG---TTTAAA-AAA-TA------TATACACG---T------------GGAC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGA-ATC----AAG-------GTagaaataacattttttgttgtttatttccattccattatgaaaacaacattcaattgacctgttttccataaaactaagggcaaaacacatgaactgaaataaactggggacacactgtcattaattgcaatgaattactgataaacttcaaacacaccatttaactgaactcttccatttgaaattaagggc
gi|31 : TTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AT--T-AATTTAT---TGTGTTT--TTA-ATC----ATAAAA-AA-----ACACTTTCA
gi|32 : -----------A--AA---AGCCCTATAGT-AGATTTGAGAAAGCGGA-CAAAA-GCTCCTTGG---TGAATAT-GACAA--------TGT-GGACAAAA---GCACT---------T--T---agaaataacgtta
gi|33 : GGCAAAAGCCTTATG---GCAAAA-AAT-TG------TA--CACA---T------------GGACA-AAAAGGCC-CTT--GG-TGA-ATTTGACAAG-------GTGGA
gi|35 : accaGACAAAA-ACCTC-TTGCCCAAAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--CA-T-G-ATTT
gi|36 : AGAAGCCCCATG---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------G-AC--AAAAGCCC-CTT--GG-TAG-ATATAAGAAC-------GTGGACA
gi|38 : caT-AAAAA--------GGG-GGACAAAA---GCCCC---------G------GATT---GTTTTAATA----GATAT--TGTGCA-------CTATGAATTTTACt
gi|4 : GGATAAAACGCTCC-TTGGACAAAAGCCCCTTA---GTAAAA-AAA-TA------TG--TACA---T------------GGAC--AAAAGTCC-CTT--GGCTGATATTTTTGAAG-------GTGGGCAAAA----GC-CC-------------CT-TA---GTGCA----TTTAG-CTAG--------GTGGACA-AGAGC--CCCTTTTTG-AATTTAACAAGAT------GG-----------ATNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------GAT-GGACAAAA---GTCTC---------T--T---GATT---ATTTTGA
gi|4 : ccA---T------------GGAC--AAAAGTCT-CTT--GA-TTA-TTTTGAAACA-------GTGGACAAAA----GC-aacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TATAAGTAAA--------A-A-AA--------ATGTACACAAAGC--CCCTTGGT--GAATT-------T------GGTTAGGTGATCAA--AACTGAGCTCCGTGGT-AGAGTTTAAAAGAAGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TAGATTT-TAGAA----------T-TGATAA----------------------T---GATA---ATGTACACA----GATAT--GGTACA-------Tatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcGGACAAAAGCCCCTTATAAGTAAAA-AAAATG------TA--CACA------------------------AAGCCC-CTT--GG-TGA-ATTTGGTTAG-------GTGATCAAAACTGAGC-TC-------------CG-TG---GTAGAG---TTTAA-A-AG--------AAGGACA-AAAGC--CCCTTGGTA-GATTT-------T------AG-----------A--A
gi|40 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaaTAGACTAAATCCCCTTG---ATAAAA-ACA-TT------AA--CACA---C------------GGAC--AAAAGTCC-TTT--GA-TAG-ATT
gi|41 : A-TA------TA--GGCA----------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGA-ATTTAAGAA--------GTGGACAAAA----GC-C
gi|44 : AAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGGC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGG-ATTT
gi|45 : aGGACAAAA-GCCAC-TTTGAAAAAGGACCCTTG---ATAAAA-AAA-TG------gtaaa
gi|5 : aGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTTAA-------AA-A-AAATGAACACATGGACG-AAAGC--GCCTTGGTC-GATTT-------T------AGAAGGTGGAAC-A--AA---AGCCTCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-TCGCATTGG---TGGATCT-GTAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATAGAATGATAT--TGTATA-------TTATGAATTTTGCTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTGT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AAAAAATACACATACA
gi|6 : TGGTCAGATGC-------T------GG-----------C--AG---AGCTCCTTGG------------AGTTAGA-CAGCA-GCTCCTTGG---TACATTT-TAGAT--------GTT-GGATAAAA---GCCCA---------T--T---GGTCA--ATTTTAGAA----GATagaaataattttttttttattcatttccattccattataacttaatcataatatatacataacaacaacattcaattgacctgttttccataaaattaaaggcaatgtacaataactgaaatcaatttg
gi|6 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaa---T------------AGAC--AGCAGCTC-CTT--GG-TAC-ATTTTAGATG-------TTGGATAAAA----GC-CC-------------AT-TG---GTCAAT---TTTAG-A-AG--------ATTGACA-AAAAAAACCATTGGTC-GGGTT-------TAAATCAGG-----------ACAAA---AGCCCCATAGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GACTCTTTG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTATTA----tgacaaaaaaaaccattggtcgggtttaaatcaggacaaaagccccatagtgaattttagaaggtggacaaaagactctttgtggatttgaaaaagtggacaaaagccccttgattattttattataaaggtaa
gi|7 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaatggtcagatgctggcagagctccttggagtGGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTCG---GTTAAA-AAA-TG------TA--CACA---C------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GA-TAC-ATTTAAGAAG-------TTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TT---GTCGAT---TTTAG-A-AG--------TTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GGTTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAAATTTAGAAAGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGAATTT-GAAAA--------AGT-GGACAAAA---GACCT---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGCACA-------TATTGAATTTAATTTTATTGAAGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TTA-AAC----AT-----AA-----ACACATTCAtaaaggtaa
gi|8 : GGACAAAAGCTCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAA--AAAAGCCC-CCTAAAG-TGA-ATTTGACAAG-------GTTGACAAAA----GC-CCCTTGGTAAAGGACCT-TG---GTAGAT---TTTAG-A-AG--------ATGGACA-AATGG--ACCTTGGT-------------------------------------AA---AGGACCTTGGT-AGATTTTAGAAGATGGA-CAAAT-GGACCTTGG---TAGATTT-AATAG--------GG
gi|8 : taAA-ACTCC-TTAGACAAAAGCCC-TTG---GTAAAA-AAA-TG------TG--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GA-TGA-ATTTTAGAAG-------GTGGACAAAA----GT-CC-------------CA-TG---ATGAAT---TTTAG-A-AG--------GTGGACA-AAAGC--CCCTgcttttgtccaccttctaaaattcatcatgggacttttgtccaccttctaaaattcatcaaggggcttttgtccatgtgcacatttttttaccaagggcttttgtctaaggagttt
gi|9 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtagatttaatGATAAAAATCCTTCA---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------TGAC--AAAAGCCC-CTT--CG-CGG-ATTTGGAAGG-------GTGGCCAAAA----GA-CC-------------CT-TC---GT-GAT---TTTAATACAG--------TT-GACA-AAAGC--ACCTTGATC---TTT-------T------
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAATTGATCTCTTTCATTTAAAATTAAGGGCAAGTAAATTCAACTGAAATAAATTGTCAGCACACTTTAATTACTTTTTAACTAAAAACAACAACATTCAATTGATGCTTTTGTCCACTGTTTCAAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTGTTATATTTGATAGTGCCAAAGACAGAACTGTTATGTACCATATCTGGGTACTTAATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTGCGATAAATTACTGATAAACTTCAAACAACATTTAATTGATCGCTTTCATTTAAAACAAAGG
Unaligned ( gi|39 ): CATATACGCACTTGATTCTTGGAGAATCTAACTGTTCAAGGAATCGTGTCAAAGACGA
Unaligned ( gi|42 ): TTTTCATATCCGCCAAGGAGCTTTCGTCCATCTTGTCAAAGCATACTAT
Unaligned ( gi|43 ): CAGAACTGTTGTGTACCATATCTGTGTACATTATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|46 ): AAAGAAACATTTCAGTGTTATAGAAATTAAAAAAAAAAGAAC
Unaligned ( gi|47 ): CTTTTGTCCGGCTACCGGCAAAGACAGTTGTGTGAG
Unaligned ( gi|48 ): CTACTGGCTTTTCTATAATGCTCTGTCAATAGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 5555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111111 1111111 2222222 111111111111 11 11 111 333333333333
lowQualScore : 2 2 222 2 1 1 444444 22 222 777777777777 33 1 11 1 333 1 0 4444444 3333 1 4444444444444 1 333 4 7777 1 1 1 777777777 1 22 2 7777777777777777777777777777777777777 555 0 2 777 4 22 999 0 1 999999999 2 666 0 111111111111111111111111 1 5555 44 1111111 3 7777777 888888888888 00 22 3 222 55 3 7777 000000000000
lowQualScore : . . ... . . . ...... .. ... ............ .. . .. . ... . . ....... .... . ............. . ... . .... . . . ......... . .. . ..................................... ... . . ... . .. ... . . ......... . ... . ........................ . .... .. ....... . ....... ............ .. .. . ... .. . .... ............
lowQualScore : 5 5 555 4 4 4 000000 00 555 111111111111 33 4 99 4 555 5 4 8888888 4444 6 0000000000000 7 222 5 5555 8 8 8 000000000 7 66 0 9999999999999999999999999999999999999 000 2 3 666 4 44 000 3 9 888888888 1 111 4 888888888888888888888888 3 7777 22 8888888 6 3333333 666666666666 00 33 6 777 00 6 7777 777777777777
consensus : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
Reference ( family-6815 ) : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
gi|1 : CTTG---GTCAAA-AAA-TG------TA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TCG-ATTTTAGAAG-------GTGGA
gi|1 : -----------A--AA---AGCCCCTTGGT-CGATTTTAGAAGGTGGAANNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNNNNNNN---NNNNN---------N--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--ACT-T-ATTTTATTTATATGTTT--TCA-ATC----ATGAA--AA-----ACACATCCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|1 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacGTGGA-CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGACAAAA---GC--------------------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|10 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaCTTT---GTCAAA-AA--TA------TA--CACA---T------------GGAC--NNNNNNNN-NNN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN----NT-CCCTAAGG-------CT-TG---ATGAAT---TTGAA-A-C-A--------GTTGACA-AAATC--CCATTAGT--GATTT-------T------tataatatgttggtttt
gi|10 : CTTGA---TGAATTT-GAAAC--------AGT-TGACAAAA---TCCCA---------T--TAGTGATTTTAATTTTAATT----GATAC--TGTGTA-------CTATTAATTTTACTGTATAGTTGT-TACACCCAGGTATACGTATAT------------AGCAAT--A-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATCATAAAT-----AA-----ACACATTaattttaattgatactgtgtactattaattttactgtatagttgttacacccaggtatacgtatatagcaataattttattatgttttcaatcataaataaacacattaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|11 : ctttgtcaaaaatatacacatggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctaaggGGACA-AAAGC--CCATT------ATCC---------------------------A--AA---TGCCCCTAGGTCAAAATGTACACA-TGGA-CAAAAAGCCCCTCTG----GGATTTTGAAAC--------AGT-GGACAAAA----CCCT---------TGAT---GATTTTGATTTTAATT----GATAT--TGTATA-------TTATTAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGGT------ATACATATACAGCAGTAG--GCTAT-ATTTTAT---TTTGTTT--TTA-AGC----TT-----AA-----ATACAATCAaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|12 : gtaGGACAAAA--CTCC-TTGGATAAAAAACCCTCG---CTCAAA-AAA-TG------TG--CAttaaaaaatgtttgttttattaattatttatttttgaacaccattccattatatacataa
gi|13 : gtatctGAACAAAA-GCCCA-TTGGACAGAATCCCCTTG---TTCAAA-AAA-TA------TA--CACA---T------------GAAC--AAAATCCC-GTT--GG-TTA-ATTTGACAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------AT-TG---CTGGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGATA-AAAGC--CGTTTGGT---AT---------------------------------------------------ATTTTAGA---TGGA-CAAAA-GTACCCTGG---TGGATTT-GAAAATTGGACAAGGT-GGACAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattttgaaacagtggacaaaagcatcaattgaatgt
gi|13 : GGACAAAA-CTCCC-TTAGACAAAAGCACCTTG---ggtgcttttgtctaagggagttttgtccggtttcc
gi|14 : gaacaaaagcccattggacagaatccccttgttcaaaaaatatacacatgaacaaaatcccgttggttaatttgacaaggtggacaaaagcccattgctggattttagaaggtggataaaagccgtttggtatattttagatggacaaaagtaccctggtggatttgaaaattggacaaggtggaGA-TAAAA---CCATTGAA--TGGAT-----------------GTAGGACAAAA---GCCCC---------T--T---GGTC---Aggtttcc
gi|14 : ttactggccattcatGGACAAAAGCCCCTTG---GTCAGA-AAA-TGGTGAATTT--GACAAGGT------------GGAC--AAAAGTCT-CTT--GG-TAG-ATTTTAG----------GTGGACAAAA----GA-CC-------------CT-TA---ATAGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGAC---------------------------------------------------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-CCCCCTTTG---TGGATTT-gaaaatggtgaatttgacaaggtggacaaaagtctcttggtagattttaggtggacaaaagacccttaatagattttagaaggtggacaaaagccccttggtgaattttagaaggtggacaaaaccccctttgtggatttta
gi|15 : ttactggccattcatgataaaaccattgaatggatgtaACAAAA-GCCTC-TTGGACAAAAGCACCTTG---GTAAAATAAA-TG------TA--CACA---TAATTAAGAAGGTGGAC--AAAAGTCC-CAT--GA-TAG-ATTTTAGGAG-------GTGAACAAAA----TC-CC-------------CT-TG---GTTGAT---TTTGG-A-A-G--------TTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------AG-----------A--Ata
gi|16 : GGACAAAAGTCCCTTG---GTACAA-GAA-GG------T-----------------------GGAC--AAAAGCTC-CTT--GG-TAC-TTTTTATGAG-------GTGGACA--------C-CC-------------CT-TG---GTCGAT---TTTAG-A-A-G--------TTGGACA-AAAggt
gi|16 : GGACAAAA----GT-CC-------------CT-TG---GTACA-------AG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--TCCTTGGT---ACTT-------T--------------------------------------------TTATGAGGTGGA-CA-----CCCCTTGG---TCGATTT-TAGAA--------GTT-GGACAAAACTGATCCCTCTAGCTAAT--T---TATT---ATTTTActgatccctctagctaatttattattttagactgaatataattttcatttatattt
gi|17 : AG-------GTGGACAAAA----GCACC-------------CTATG---TTTG------TTAC-A-A-G--------GTTGGCA-AAAAC--gactgaatataattttcatttatattt
gi|18 : aaagaacagtatgccctatcaaatgtTGGACAAAAGCTCCTTG---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------TGAC--GAAAGCCC-CAT--GG-TAC-ATTTTAGGAG-------GTGGACAAAA----G--CC-------------CT-TG---ATGGA----TTTAA-A-A-G--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT-GTT-GATTT-------A------AG-----------A--Aacatgtgggtttttttctcacctacaacacctacaacactttgagtggggtggtttttgcccaccttcc
gi|2 : atcTTTTAGAAGGTGGAANNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNNNNNNN---NNNNN---------N--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--ACT-T-ATTTTATTTATATGTTT--TCA-ATC----ATGAA--AA-----ACACATCCAggtgga
gi|2 : GTGGA-CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGACAAAA---GC--------------------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|20 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-TGACAAAAA--GCCCC---------T--T----------ATTTTAATA----AATAT--TGCACA-------TTATGAATTTTCCTTTATTGATGT-TATATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----TA-----ATATATtataatatgttggtttt
gi|21 : GGACAAAA-GCCCC-TTAGAAAAAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------CA--CACA---T------------GGAC--------CC-CTT--GG-TAG-ATTTTAGAAA-------GTCGACAAAA----GC-CC-------------CA-TG---GTGGAT---TTTAG-A-A-G--------ATGGGCA-AAAGC--CTCTatgtta
gi|22 : cACAAAG-GCCCC-TTGCCCAAAAGCTCCTGT---GTCAAA-GAT-TG------TA--CACA---T------------TCAC--AAAAGCTC-TT----G-TGG-ATTTGAAAAG-------GTAGACAAAA----GT-CC-------------TA-TC---AT-GAT---T------------------------A-AAGGC--CCCTTGATT--ATTT-------T------Gagattatt
gi|23 : aGACAACA-GCCCC-TTGGACAAAAGGCCCTTG---GT-AAA-AAA-TG------TA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCCATTT--GG-TTA-ATTTGACAAG-------GTGGACAAAA----GC-TC-------------CT-TG---GTAGAT---TTTCG-A-A-G--------GTGGACA-AA
gi|24 : GGACAAAA-GTGAC-TTGCCAAAAAGTCCTTTA---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------AAAC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGG--TTTGA
gi|25 : aATGTATATATTCAGGTATACATATAC------------AGCTAC--TTATCTTAT---TATGTTTAATCATAAC----AT-----AA-----ACATATTtaggtnnnnnnnnnntgtattgtatttaagtaacacagataaa
gi|26 : ttatatacat---ATTTTAACA----GATAT--TGCATA-------TTATGAATTTTACCGTATTGACGT-TACATTCCGA-------ATAC------------AG--AT--T-ATTTTAT---TAAGTTT--TCA-ATC----AT-----AAAAAT-ACACATTCAaaacaaatgttttgttcattatttattttt
gi|27 : GGAAAAAA-GCCTC-TTCCCCAAAATCCCCTTT---GTCAAA-AAG-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAATCT-CTT--GG-TGG-ACTTGAAAAG-------ATGGATAAAA----GT-TC-------------CT-Tagaaaa
gi|28 : GGACAAAA-GCCCT-TTGGACAAAAACCCCTTG---GTCAAA-AT--TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TAC-ATTTTAGAAG-------GTGGATAAtatgatt
gi|29 : ctGGATACAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CATG---T------------GGACAAAAAAAACC-CTT--GG-TAG-ATTTTAGGTG-------ATTTATAAAA----GC-TC-------------CT-
gi|3 : cc------------GGAA--AAAAGCCC-CTT--G-------TTTAATAAATGTACACATGGACGAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTAAATAAATGTA--A-A-C--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT--T---ATT--------------------------------A---A---------T-AAATGT---AAGGTGGA-TAAAA-TCCGCTTGT---TGGATTT-GAAAA--------ATT-AGACCAAA---GCTCC---------T--T---GATT---ATTTAAATA----TATATATTGTACAATGTTTATTATGAATATTACTGTATTGATTT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-TTTTTAT---AATGTTT--ATA-ATC----ATACAAAAA-----ACACATTCA
gi|30 : gtaGGACAAAT-GCCCCCTTGGACATAAGCCCATGG---TTTAAA-AAA-TA------TATACACG---T------------GGAC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGA-ATC----AAG-------GTagaaataacattttttgttgtttatttccattccattatgaaaacaacattcaattgacctgttttccataaaactaagggcaaaacacatgaactgaaataaactggggacacactgtcattaattgcaatgaattactgataaacttcaaacacaccatttaactgaactcttccatttgaaattaagggc
gi|31 : TTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AT--T-AATTTAT---TGTGTTT--TTA-ATC----ATAAAA-AA-----ACACTTTCA
gi|32 : -----------A--AA---AGCCCTATAGT-AGATTTGAGAAAGCGGA-CAAAA-GCTCCTTGG---TGAATAT-GACAA--------TGT-GGACAAAA---GCACT---------T--T---agaaataacgtta
gi|33 : GGCAAAAGCCTTATG---GCAAAA-AAT-TG------TA--CACA---T------------GGACA-AAAAGGCC-CTT--GG-TGA-ATTTGACAAG-------GTGGA
gi|35 : accaGACAAAA-ACCTC-TTGCCCAAAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--CA-T-G-ATTT
gi|36 : AGAAGCCCCATG---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------G-AC--AAAAGCCC-CTT--GG-TAG-ATATAAGAAC-------GTGGACA
gi|38 : caT-AAAAA--------GGG-GGACAAAA---GCCCC---------G------GATT---GTTTTAATA----GATAT--TGTGCA-------CTATGAATTTTACt
gi|4 : GGATAAAACGCTCC-TTGGACAAAAGCCCCTTA---GTAAAA-AAA-TA------TG--TACA---T------------GGAC--AAAAGTCC-CTT--GGCTGATATTTTTGAAG-------GTGGGCAAAA----GC-CC-------------CT-TA---GTGCA----TTTAG-CTA-G--------GTGGACA-AGAGC--CCCTTTTTG-AATTTAACAAGAT------GG-----------ATNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------GAT-GGACAAAA---GTCTC---------T--T---GATT---ATTTTGA
gi|4 : ccG-------ATGGACAAAA----GT-CT-------------CT-TG---ATT-AT---TTTGA-A-ACA--------GTGGACA-AAAGC--aacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TATAAGTAAA--------A-A-A-A--------ATGTACACAAAGC--CCCTTGGT--GAATT-------T------GGTTAGGTGATCAA--AACTGAGCTCCGTGGT-AGAGTTTAAAAGAAGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TAGATTT-TAGAA----------T-TGATAA----------------------T---GATA---ATGTACACA----GATAT--GGTACA-------Tatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcGGACAAAAGCCCCTTATAAGTAAAA-AAAATG------TA--CACA------------------------AAGCCC-CTT--GG-TGA-ATTTGGTTAG-------GTGATCAAAACTGAGC-TC-------------CG-TG---GTAGAG---TTTAA-A-A-G--------AAGGACA-AAAGC--CCCTTGGTA-GATTT-------T------AG-----------A--A
gi|40 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaaTAGACTAAATCCCCTTG---ATAAAA-ACA-TT------AA--CACA---C------------GGAC--AAAAGTCC-TTT--GA-TAG-ATT
gi|41 : A-TA------TA--GGCA----------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGA-ATTTAAGAA--------GTGGACAAAA----GC-C
gi|44 : AAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGGC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGG-ATTT
gi|45 : aGGACAAAA-GCCAC-TTTGAAAAAGGACCCTTG---ATAAAA-AAA-TG------gtaaa
gi|5 : aGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTTAA-------AA-A-A-AATGAACACATGGACG-AAAGC--GCCTTGGTC-GATTT-------T------AGAAGGTGGAAC-A--AA---AGCCTCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-TCGCATTGG---TGGATCT-GTAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATAGAATGATAT--TGTATA-------TTATGAATTTTGCTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTGT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AAAAAATACACATACA
gi|6 : TGGTCAGATGC-------T------GG-----------C--AG---AGCTCCTTGG------------AGTTAGA-CAGCA-GCTCCTTGG---TACATTT-TAGAT--------GTT-GGATAAAA---GCCCA---------T--T---GGTCA--ATTTTAGAA----GATagaaataattttttttttattcatttccattccattataacttaatcataatatatacataacaacaacattcaattgacctgttttccataaaattaaaggcaatgtacaataactgaaatcaatttg
gi|6 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaa---T------------AGAC--AGCAGCTC-CTT--GG-TAC-ATTTTAGATG-------TTGGATAAAA----GC-CC-------------AT-TG---GTCAAT---TTTAG-A-A-G--------ATTGACA-AAAAAAACCATTGGTC-GGGTT-------TAAATCAGG-----------ACAAA---AGCCCCATAGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GACTCTTTG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTATTA----tgacaaaaaaaaccattggtcgggtttaaatcaggacaaaagccccatagtgaattttagaaggtggacaaaagactctttgtggatttgaaaaagtggacaaaagccccttgattattttattataaaggtaa
gi|7 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaatggtcagatgctggcagagctccttggagtGGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTCG---GTTAAA-AAA-TG------TA--CACA---C------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GA-TAC-ATTTAAGAAG-------TTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TT---GTCGAT---TTTAG-A-A-G--------TTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GGTTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAAATTTAGAAAGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGAATTT-GAAAA--------AGT-GGACAAAA---GACCT---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGCACA-------TATTGAATTTAATTTTATTGAAGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TTA-AAC----AT-----AA-----ACACATTCAtaaaggtaa
gi|8 : GGACAAAAGCTCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAA--AAAAGCCC-CCTAAAG-TGA-ATTTGACAAG-------GTTGACAAAA----GC-CCCTTGGTAAAGGACCT-TG---GTAGAT---TTTAG-A-A-G--------ATGGACA-AATGG--ACCTTGGT-------------------------------------AA---AGGACCTTGGT-AGATTTTAGAAGATGGA-CAAAT-GGACCTTGG---TAGATTT-AATAG--------GG
gi|8 : taAA-ACTCC-TTAGACAAAAGCCC-TTG---GTAAAA-AAA-TG------TG--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GA-TGA-ATTTTAGAAG-------GTGGACAAAA----GT-CC-------------CA-TG---ATGAAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTgcttttgtccaccttctaaaattcatcatgggacttttgtccaccttctaaaattcatcaaggggcttttgtccatgtgcacatttttttaccaagggcttttgtctaaggagttt
gi|9 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtagatttaatGATAAAAATCCTTCA---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------TGAC--AAAAGCCC-CTT--CG-CGG-ATTTGGAAGG-------GTGGCCAAAA----GA-CC-------------CT-TC---GT-GAT---TTTAATA-C-A--------GTTGACA-AAAGC--ACCTTGATC---TTT-------T------
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAATTGATCTCTTTCATTTAAAATTAAGGGCAAGTAAATTCAACTGAAATAAATTGTCAGCACACTTTAATTACTTTTTAACTAAAAACAACAACATTCAATTGATGCTTTTGTCCACTGTTTCAAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTGTTATATTTGATAGTGCCAAAGACAGAACTGTTATGTACCATATCTGGGTACTTAATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTGCGATAAATTACTGATAAACTTCAAACAACATTTAATTGATCGCTTTCATTTAAAACAAAGG
Unaligned ( gi|39 ): CATATACGCACTTGATTCTTGGAGAATCTAACTGTTCAAGGAATCGTGTCAAAGACGA
Unaligned ( gi|42 ): TTTTCATATCCGCCAAGGAGCTTTCGTCCATCTTGTCAAAGCATACTAT
Unaligned ( gi|43 ): CAGAACTGTTGTGTACCATATCTGTGTACATTATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|46 ): AAAGAAACATTTCAGTGTTATAGAAATTAAAAAAAAAAGAAC
Unaligned ( gi|47 ): CTTTTGTCCGGCTACCGGCAAAGACAGTTGTGTGAG
Unaligned ( gi|48 ): CTACTGGCTTTTCTATAATGCTCTGTCAATAGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 5555555555555555555555555555555555555 111111111111111111111111 1111111 2222222 111111111111 11 11 111 333333333333
lowQualScore : 2 2 222 2 1 1 444444 22 222 777777777777 33 1 11 1 333 1 0 4444444 3333 1 4444444444444 1 333 4 7777 1 1 1 777777777 1 22 2 7777777777777777777777777777777777777 555 0 2 777 4 22 999 0 1 999999999 2 666 0 111111111111111111111111 1 5555 44 1111111 3 7777777 888888888888 00 22 3 222 55 3 7777 000000000000
lowQualScore : . . ... . . . ...... .. ... ............ .. . .. . ... . . ....... .... . ............. . ... . .... . . . ......... . .. . ..................................... ... . . ... . .. ... . . ......... . ... . ........................ . .... .. ....... . ....... ............ .. .. . ... .. . .... ............
lowQualScore : 5 5 555 4 4 4 000000 00 555 111111111111 33 4 99 4 555 5 4 8888888 4444 6 0000000000000 7 222 5 5555 8 8 8 000000000 7 66 0 9999999999999999999999999999999999999 000 2 3 666 4 44 000 3 9 888888888 1 111 4 888888888888888888888888 3 7777 22 8888888 6 3333333 666666666666 00 33 6 777 00 6 7777 777777777777
consensus : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
Reference ( family-6815 ) : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
gi|1 : CTTG---GTCAAA-AAA-TG------TA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TCG-ATTTTAGAAG-------GTGGA
gi|1 : -----------A--AA---AGCCCCTTGGT-CGATTTTAGAAGGTGGAANNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNNNNNNN---NNNNN---------N--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--ACT-T-ATTTTATTTATATGTTT--TCA-ATC----ATGAA--AA-----ACACATCCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|1 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacGTGGA-CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGACAAAA---GC--------------------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|10 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaCTTT---GTCAAA-AA--TA------TA--CACA---T------------GGAC--NNNNNNNN-NNN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN----NT-CCCTAAGG-------CT-TG---ATGAAT---TTGAA-A-C-A--------GTTGACA-AAATC--CCATTAGT--GATTT-------T------tataatatgttggtttt
gi|10 : CTTGA---TGAATTT-GAAAC--------AGT-TGACAAAA---TCCCA---------T--TAGTGATTTTAATTTTAATT----GATAC--TGTGTA-------CTATTAATTTTACTGTATAGTTGT-TACACCCAGGTATACGTATAT------------AGCAAT--A-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATCATAAAT-----AA-----ACACATTaattttaattgatactgtgtactattaattttactgtatagttgttacacccaggtatacgtatatagcaataattttattatgttttcaatcataaataaacacattaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|11 : ctttgtcaaaaatatacacatggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctaaggGGACA-AAAGC--CCATT------ATCC---------------------------A--AA---TGCCCCTAGGTCAAAATGTACACA-TGGA-CAAAAAGCCCCTCTG----GGATTTTGAAAC--------AGT-GGACAAAA----CCCT---------TGAT---GATTTTGATTTTAATT----GATAT--TGTATA-------TTATTAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGGT------ATACATATACAGCAGTAG--GCTAT-ATTTTAT---TTTGTTT--TTA-AGC----TT-----AA-----ATACAATCAaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|12 : gtaGGACAAAA--CTCC-TTGGATAAAAAACCCTCG---CTCAAA-AAA-TG------TG--CAttaaaaaatgtttgttttattaattatttatttttgaacaccattccattatatacataa
gi|13 : gtatctGAACAAAA-GCCCA-TTGGACAGAATCCCCTTG---TTCAAA-AAA-TA------TA--CACA---T------------GAAC--AAAATCCC-GTT--GG-TTA-ATTTGACAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------AT-TG---CTGGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGATA-AAAGC--CGTTTGGT---AT---------------------------------------------------ATTTTAGA---TGGA-CAAAA-GTACCCTGG---TGGATTT-GAAAATTGGACAAGGT-GGACAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattttgaaacagtggacaaaagcatcaattgaatgt
gi|13 : GGACAAAA-CTCCC-TTAGACAAAAGCACCTTG---ggtgcttttgtctaagggagttttgtccggtttcc
gi|14 : gaacaaaagcccattggacagaatccccttgttcaaaaaatatacacatgaacaaaatcccgttggttaatttgacaaggtggacaaaagcccattgctggattttagaaggtggataaaagccgtttggtatattttagatggacaaaagtaccctggtggatttgaaaattggacaaggtggaGA-TAAAA---CCATTGAA--TGGAT-----------------GTAGGACAAAA---GCCCC---------T--T---GGTC---Aggtttcc
gi|14 : ttactggccattcatGGACAAAAGCCCCTTG---GTCAGA-AAA-TGGTGAATTT--GACAAGGT------------GGAC--AAAAGTCT-CTT--GG-TAG-ATTTTAG----------GTGGACAAAA----GA-CC-------------CT-TA---ATAGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGAC---------------------------------------------------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-CCCCCTTTG---TGGATTT-gaaaatggtgaatttgacaaggtggacaaaagtctcttggtagattttaggtggacaaaagacccttaatagattttagaaggtggacaaaagccccttggtgaattttagaaggtggacaaaaccccctttgtggatttta
gi|15 : ttactggccattcatgataaaaccattgaatggatgtaACAAAA-GCCTC-TTGGACAAAAGCACCTTG---GTAAAATAAA-TG------TA--CACA---TAATTAAGAAGGTGGAC--AAAAGTCC-CAT--GA-TAG-ATTTTAGGAG-------GTGAACAAAA----TC-CC-------------CT-TG---GTTGAT---TTTGG-A-A-G--------TTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------AG-----------A--Ata
gi|16 : GGACAAAAGTCCCTTG---GTACAA-GAA-GG------T-----------------------GGAC--AAAAGCTC-CTT--GG-TAC-TTTTTATGAG-------GTGGACA--------C-CC-------------CT-TG---GTCGAT---TTTAG-A-A-G--------TTGGACA-AAAggt
gi|16 : GGACAAAA----GT-CC-------------CT-TG---GTACA-------AG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--TCCTTGGT---ACTT-------T--------------------------------------------TTATGAGGTGGA-CA-----CCCCTTGG---TCGATTT-TAGAA--------GTT-GGACAAAACTGATCCCTCTAGCTAAT--T---TATT---ATTTTActgatccctctagctaatttattattttagactgaatataattttcatttatattt
gi|17 : AG-------GTGGACAAAA----GCACC-------------CTATG---TTTG------TTAC-A-A-G--------GTTGGCA-AAAAC--gactgaatataattttcatttatattt
gi|18 : aaagaacagtatgccctatcaaatgtTGGACAAAAGCTCCTTG---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------TGAC--GAAAGCCC-CAT--GG-TAC-ATTTTAGGAG-------GTGGACAAAA----G--CC-------------CT-TG---ATGGA----TTTAA-A-A-G--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT-GTT-GATTT-------A------AG-----------A--Aacatgtgggtttttttctcacctacaacacctacaacactttgagtggggtggtttttgcccaccttcc
gi|2 : atcTTTTAGAAGGTGGAANNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNNNNNNN---NNNNN---------N--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--ACT-T-ATTTTATTTATATGTTT--TCA-ATC----ATGAA--AA-----ACACATCCAggtgga
gi|2 : GTGGA-CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGACAAAA---GC--------------------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|20 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-TGACAAAAA--GCCCC---------T--T----------ATTTTAATA----AATAT--TGCACA-------TTATGAATTTTCCTTTATTGATGT-TATATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----TA-----ATATATtataatatgttggtttt
gi|21 : GGACAAAA-GCCCC-TTAGAAAAAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------CA--CACA---T------------GGAC--------CC-CTT--GG-TAG-ATTTTAGAAA-------GTCGACAAAA----GC-CC-------------CA-TG---GTGGAT---TTTAG-A-A-G--------ATGGGCA-AAAGC--CTCTatgtta
gi|22 : cACAAAG-GCCCC-TTGCCCAAAAGCTCCTGT---GTCAAA-GAT-TG------TA--CACA---T------------TCAC--AAAAGCTC-TT----G-TGG-ATTTGAAAAG-------GTAGACAAAA----GT-CC-------------TA-TC---AT-GAT---T------------------------A-AAGGC--CCCTTGATT--ATTT-------T------Gagattatt
gi|23 : aGACAACA-GCCCC-TTGGACAAAAGGCCCTTG---GT-AAA-AAA-TG------TA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCCATTT--GG-TTA-ATTTGACAAG-------GTGGACAAAA----GC-TC-------------CT-TG---GTAGAT---TTTCG-A-A-G--------GTGGACA-AA
gi|24 : GGACAAAA-GTGAC-TTGCCAAAAAGTCCTTTA---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------AAAC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGG--TTTGA
gi|25 : aATGTATATATTCAGGTATACATATAC------------AGCTAC--TTATCTTAT---TATGTTTAATCATAAC----AT-----AA-----ACATATTtaggtnnnnnnnnnntgtattgtatttaagtaacacagataaa
gi|26 : ttatatacat---ATTTTAACA----GATAT--TGCATA-------TTATGAATTTTACCGTATTGACGT-TACATTCCGA-------ATAC------------AG--AT--T-ATTTTAT---TAAGTTT--TCA-ATC----AT-----AAAAAT-ACACATTCAaaacaaatgttttgttcattatttattttt
gi|27 : GGAAAAAA-GCCTC-TTCCCCAAAATCCCCTTT---GTCAAA-AAG-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAATCT-CTT--GG-TGG-ACTTGAAAAG-------ATGGATAAAA----GT-TC-------------CT-Tagaaaa
gi|28 : GGACAAAA-GCCCT-TTGGACAAAAACCCCTTG---GTCAAA-AT--TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TAC-ATTTTAGAAG-------GTGGATAAtatgatt
gi|29 : ctGGATACAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CATG---T------------GGACAAAAAAAACC-CTT--GG-TAG-ATTTTAGGTG-------ATTTATAAAA----GC-TC-------------CT-
gi|3 : cc------------GGAA--AAAAGCCC-CTT--G-------TTTAATAAATGTACACATGGACGAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTAAATAAATGTA--A-A-C--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT--T---ATT--------------------------------A---A---------T-AAATGT---AAGGTGGA-TAAAA-TCCGCTTGT---TGGATTT-GAAAA--------ATT-AGACCAAA---GCTCC---------T--T---GATT---ATTTAAATA----TATATATTGTACAATGTTTATTATGAATATTACTGTATTGATTT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-TTTTTAT---AATGTTT--ATA-ATC----ATACAAAAA-----ACACATTCA
gi|30 : gtaGGACAAAT-GCCCCCTTGGACATAAGCCCATGG---TTTAAA-AAA-TA------TATACACG---T------------GGAC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGA-ATC----AAG-------GTagaaataacattttttgttgtttatttccattccattatgaaaacaacattcaattgacctgttttccataaaactaagggcaaaacacatgaactgaaataaactggggacacactgtcattaattgcaatgaattactgataaacttcaaacacaccatttaactgaactcttccatttgaaattaagggc
gi|31 : TTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AT--T-AATTTAT---TGTGTTT--TTA-ATC----ATAAAA-AA-----ACACTTTCA
gi|32 : -----------A--AA---AGCCCTATAGT-AGATTTGAGAAAGCGGA-CAAAA-GCTCCTTGG---TGAATAT-GACAA--------TGT-GGACAAAA---GCACT---------T--T---agaaataacgtta
gi|33 : GGCAAAAGCCTTATG---GCAAAA-AAT-TG------TA--CACA---T------------GGACA-AAAAGGCC-CTT--GG-TGA-ATTTGACAAG-------GTGGA
gi|35 : accaGACAAAA-ACCTC-TTGCCCAAAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--CA-T-G-ATTT
gi|36 : AGAAGCCCCATG---GTCAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------G-AC--AAAAGCCC-CTT--GG-TAG-ATATAAGAAC-------GTGGACA
gi|38 : caT-AAAAA--------GGG-GGACAAAA---GCCCC---------G------GATT---GTTTTAATA----GATAT--TGTGCA-------CTATGAATTTTACt
gi|4 : GGATAAAACGCTCC-TTGGACAAAAGCCCCTTA---GTAAAA-AAA-TA------TG--TACA---T------------GGAC--AAAAGTCC-CTT--GGCTGATATTTTTGAAG-------GTGGGCAAAA----GC-CC-------------CT-TA---GTGCA----TTTAG-CTA-G--------GTGGACA-AGAGC--CCCTTTTTG-AATTTAACAAGAT------GG-----------ATNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------GAT-GGACAAAA---GTCTC---------T--T---GATT---ATTTTGA
gi|4 : ccG-------ATGGACAAAA----GT-CT-------------CT-TG---ATT-AT---TTTGA-A-ACA--------GTGGACA-AAAGC--aacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TATAAGTAAA--------A-A-A-A--------ATGTACACAAAGC--CCCTTGGT--GAATT-------T------GGTTAGGTGATCAA--AACTGAGCTCCGTGGT-AGAGTTTAAAAGAAGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TAGATTT-TAGAA----------T-TGATAA----------------------T---GATA---ATGTACACA----GATAT--GGTACA-------Tatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcGGACAAAAGCCCCTTATAAGTAAAA-AAAATG------TA--CACA------------------------AAGCCC-CTT--GG-TGA-ATTTGGTTAG-------GTGATCAAAACTGAGC-TC-------------CG-TG---GTAGAG---TTTAA-A-A-G--------AAGGACA-AAAGC--CCCTTGGTA-GATTT-------T------AG-----------A--A
gi|40 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaaTAGACTAAATCCCCTTG---ATAAAA-ACA-TT------AA--CACA---C------------GGAC--AAAAGTCC-TTT--GA-TAG-ATT
gi|41 : A-TA------TA--GGCA----------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGA-ATTTAAGAA--------GTGGACAAAA----GC-C
gi|44 : AAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGGC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGG-ATTT
gi|45 : aGGACAAAA-GCCAC-TTTGAAAAAGGACCCTTG---ATAAAA-AAA-TG------gtaaa
gi|5 : aGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTTAA-------AA-A-A-AATGAACACATGGACG-AAAGC--GCCTTGGTC-GATTT-------T------AGAAGGTGGAAC-A--AA---AGCCTCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-TCGCATTGG---TGGATCT-GTAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATAGAATGATAT--TGTATA-------TTATGAATTTTGCTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTGT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AAAAAATACACATACA
gi|6 : TGGTCAGATGC-------T------GG-----------C--AG---AGCTCCTTGG------------AGTTAGA-CAGCA-GCTCCTTGG---TACATTT-TAGAT--------GTT-GGATAAAA---GCCCA---------T--T---GGTCA--ATTTTAGAA----GATagaaataattttttttttattcatttccattccattataacttaatcataatatatacataacaacaacattcaattgacctgttttccataaaattaaaggcaatgtacaataactgaaatcaatttg
gi|6 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaa---T------------AGAC--AGCAGCTC-CTT--GG-TAC-ATTTTAGATG-------TTGGATAAAA----GC-CC-------------AT-TG---GTCAAT---TTTAG-A-A-G--------ATTGACA-AAAAAAACCATTGGTC-GGGTT-------TAAATCAGG-----------ACAAA---AGCCCCATAGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GACTCTTTG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTATTA----tgacaaaaaaaaccattggtcgggtttaaatcaggacaaaagccccatagtgaattttagaaggtggacaaaagactctttgtggatttgaaaaagtggacaaaagccccttgattattttattataaaggtaa
gi|7 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaatggtcagatgctggcagagctccttggagtGGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTCG---GTTAAA-AAA-TG------TA--CACA---C------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GA-TAC-ATTTAAGAAG-------TTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TT---GTCGAT---TTTAG-A-A-G--------TTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GGTTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAAATTTAGAAAGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGAATTT-GAAAA--------AGT-GGACAAAA---GACCT---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGCACA-------TATTGAATTTAATTTTATTGAAGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TTA-AAC----AT-----AA-----ACACATTCAtaaaggtaa
gi|8 : GGACAAAAGCTCCTTG---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAA--AAAAGCCC-CCTAAAG-TGA-ATTTGACAAG-------GTTGACAAAA----GC-CCCTTGGTAAAGGACCT-TG---GTAGAT---TTTAG-A-A-G--------ATGGACA-AATGG--ACCTTGGT-------------------------------------AA---AGGACCTTGGT-AGATTTTAGAAGATGGA-CAAAT-GGACCTTGG---TAGATTT-AATAG--------GG
gi|8 : taAA-ACTCC-TTAGACAAAAGCCC-TTG---GTAAAA-AAA-TG------TG--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GA-TGA-ATTTTAGAAG-------GTGGACAAAA----GT-CC-------------CA-TG---ATGAAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTgcttttgtccaccttctaaaattcatcatgggacttttgtccaccttctaaaattcatcaaggggcttttgtccatgtgcacatttttttaccaagggcttttgtctaaggagttt
gi|9 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtagatttaatGATAAAAATCCTTCA---GTAAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------TGAC--AAAAGCCC-CTT--CG-CGG-ATTTGGAAGG-------GTGGCCAAAA----GA-CC-------------CT-TC---GT-GAT---TTTAATA-C-A--------GTTGACA-AAAGC--ACCTTGATC---TTT-------T------
blockSeqs : C C TAA C T A GTGAAT TA AGG AATTAAGAAGGT AA A AA C GAT N TGTACAC CTGA A CTTGGTAAAGGAC A TAA G TAAA T T C ATGAACACA C AA G GAATTTGGTTAGGTGATCAA CTG T CAA A AG TTC T TTGGACAAG A CTG CTCTAGCTAATTTATT T GAAT AT ATGTTTA A TATACGT ATATACAGCAGT CA TA T TTA AA T ATAA ACAAAAA
blockSeqs : . . . C . . . . . . A . . . NN G . . . . . . A T . . . G . . G CGATTTTAGAAGGTGGAACA . T GA . G TTC . A . A ATTAGTGATTTTA T . . . . TATACAT . CT T . . . . . AAAAAAT
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . TA T . . . . . . T T . . . G . . G GAATTTAACAAGATGGATN . A AA . G A . A . . TTGATGATTTTG T . . . . T . . . . . . . . AAAAAT
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . AG T . . . . . . C T . . . T . . G CGGGTTTAAATCAGGACA . N AG . C . . A . . ATTGGTCA T . . . . . . . . . . . . . AAAAAA
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . AG T . . . . . . A T . . . T . . T CAGATGCTGGC . G NN . N . . G . . CTTGGTC C . . . . . . . . . . . . . GAAAA
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . AC T . . . . . . T T . . . G . . G CGATTTTAGA . T AG . G . . N . . NNNNNNN T . . . . . . . . . . . . . AA
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . AC T . . . . . . G T . . . G . . G TGATTTAAGA . T GA . T . . A . . CTTGATT T . . . . . . . . . . . . . AA
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . AG G . . . . . . G T . . . A . . G AGATTTTAGA . A GA . G . . A . . CTTGATT C . . . . . . . . . . . . . TA
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . GG G . . . . . . A T . . . A . . G CGGTTTTGGA . T GA . N . . A . . CTTGATT T . . . . . . . . . . . . . AA
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . TA G . . . . . . A G . . . G . . G ACTTT . T AG . G . . T . . CTTGATT A . . . . . . . . . . . . . AA
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . GG G . . . . . . G T . . . A . . G ATT . . . . T . . G . . TTTGATT T . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . GG T . . . . . . T T . . . G . . G AT . . . . G . . G . . CGGATT T . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . AC T . . . . . . A T . . . G . . G A . . . . G . . G . . TGATA . .
blockSeqs : . . . T . . . . . . . . . . AG A . . . . . . A T . . . A . . . . . G . . G . . CTT . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . GA G . . . . . . T T . . . A . . . . G . . A . . AT
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . GA A . . . . . . C . . . . A . . . . . . . A . . AT
blockSeqs : . C . . . . . . . . . . AG T . . . . . . C . . . . T . . . . . . . G . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . GA G . . . . . . A . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . AG A . . . . . . G . . . . G . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . GA T . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . GG A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . AC G . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . AC T . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . GA G . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . GG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : ************* GATTTTAGA**************************** ** *** AAAAA*******
originalCons : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GATTT-------T------GG-----------A--AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----AT-----AA-----ACACATTCA
finalCons : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACAAAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TG------TA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT-TG---GTNGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTGATTTTAGA----------------------------AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA---GCCCC---------T--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTT--TCA-ATC----ATAAAAA-------ACACATTCA
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAATTGATCTCTTTCATTTAAAATTAAGGGCAAGTAAATTCAACTGAAATAAATTGTCAGCACACTTTAATTACTTTTTAACTAAAAACAACAACATTCAATTGATGCTTTTGTCCACTGTTTCAAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTGTTATATTTGATAGTGCCAAAGACAGAACTGTTATGTACCATATCTGGGTACTTAATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTGCGATAAATTACTGATAAACTTCAAACAACATTTAATTGATCGCTTTCATTTAAAACAAAGG
Unaligned ( gi|39 ): CATATACGCACTTGATTCTTGGAGAATCTAACTGTTCAAGGAATCGTGTCAAAGACGA
Unaligned ( gi|42 ): TTTTCATATCCGCCAAGGAGCTTTCGTCCATCTTGTCAAAGCATACTAT
Unaligned ( gi|43 ): CAGAACTGTTGTGTACCATATCTGTGTACATTATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|46 ): AAAGAAACATTTCAGTGTTATAGAAATTAAAAAAAAAAGAAC
Unaligned ( gi|47 ): CTTTTGTCCGGCTACCGGCAAAGACAGTTGTGTGAG
Unaligned ( gi|48 ): CTACTGGCTTTTCTATAATGCTCTGTCAATAGCCA
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555 1111111111 111 1111111 2222222 111111111111 11 11 111
lowQualScore : 2 2 1 222 2 1 1 22 222 777777777777 33 1 11 1 333 1 1 4444444 3333 1 9999999999999 666666 333 4 6666 22 1 1 777777777 1 22 11 333333333333333333333333333333333333333 555 555 4 2 0 999 0 2 0000000000 2 2 1 1 555555 000 1 5555 44 1111111 3 7777777 888888888888 00 22 3 222 999 3 7 4
lowQualScore : . . . ... . . . .. ... ............ .. . .. . ... . . ....... .... . ............. ...... ... . .... .. . . ......... . .. .. ....................................... ... ... . . . ... . . .......... . . . . ...... ... . .... .. ....... . ....... ............ .. .. . ... ... . . .
lowQualScore : 4 4 5 555 4 4 4 00 555 111111111111 33 4 99 4 555 5 4 8888888 5555 7 6666666666666 777777 333 7 0000 00 9 9 888888888 8 88 88 888888888888888888888888888888888888888 444 999 7 4 1 555 8 0 9999999999 2 4 1 5 222222 666 3 7777 22 8888888 6 3333333 666666666666 00 33 6 777 222 6 3 4
consensus : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACA-AAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TGTA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT------TG---GTNGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGT--GA--TT--T----T----AG----------A------AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA-GCCCCT--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTTTCAATCAT--AA-A-AA-ACACATTCA
Reference ( family-6815 ) : GGACAAAA-GCCCC-TTGGACA-AAAGCCCCTTG---GTNAAA-AAA-TGTA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGG-ATTTNAGAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------CT------TG---GTNGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTTGGT--GA--TT--T----T----AG----------A------AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGGATTT-GAAAA--------GGT-GGACAAAA-GCCCCT--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGTACA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTTTCAATCAT--AA-A-AA-ACACATTCA
gi|1 : CTTG---GTCAAA-AAA-TGTA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TCG-ATTTTAGAAG-------GTGGA
gi|1 : ----------A------AA---AGCCCCTTGGT-CGATTTTAGAAGGTGGAANNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNNNNNNN-NNNNNN--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--ACT-T-ATTTTATTTATATGTTTTCAATCAT--GA-A-AA-ACACATCCAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|1 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacGTGGA-CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGACAAAA-GC-----------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|10 : cttggtcaaaaaatgtatacatggacaaaagccccttggtcgattttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaCTTT---GTCAAA-AA--TATA--CACA---T------------GGAC--NNNNNNNN-NNN--NN-NNN-NNNNNNNNNN-------NNNNNNNNNN----NT-CC-------------CTAAGGCTTG---ATGAAT---TTGAA-A-C-A--------GTTGACA-AAATC--CCATTAGT--GA--TT--T----T----Atataatatgttggtttt
gi|10 : CTTGA---TGAATTT-GAAAC--------AGT-TGACAAAA-TCCCAT--TAGTGATTTTAATTTTAATT----GATAC--TGTGTA-------CTATTAATTTTACTGTATAGTTGT-TACACCCAGGTATACGTATAT------------AGCAAT--A-ATTTTAT---TATGTTTTCAATCAT--AA-ATAA-ACACATTattttaattgatactgtgtactattaattttactgtatagttgttacacccaggtatacgtatatagcaataattttattatgttttcaatcataaataaacacattaaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|11 : ctttgtcaaaaatatacacatggacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntccctaaggGGACA-AAAGC--CCATT------A--TC--C---------------------A------AA---TGCCCCTAGGTCAAAATGTACACA-TGGA-CAAAAAGCCCCTCTG----GGATTTTGAAAC--------AGT-GGACAAAA--CCCTTGAT---GATTTTGATTTTAATT----GATAT--TGTATA-------TTATTAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGGT------ATACATATACAGCAGTAG--GCTAT-ATTTTAT---TTTGTTTTTAAGCTT--AA-A-aaataaatactattattattattcattatttatatttatatacgtaaaatactaga
gi|12 : gtaGGACAAAA--CTCC-TTGGATA-AAAAACCCTCG---CTCAAA-AAA-TGTG--CAtacaatcattaaaaaatgtttgttttattaattatttatttttgaacaccattccattatatacataa
gi|13 : gtatctGAACAAAA-GCCCA-TTGGACA-GAATCCCCTTG---TTCAAA-AAA-TATA--CACA---T------------GAAC--AAAATCCC-GTT--GG-TTA-ATTTGACAAG-------GTGGACAAAA----GC-CC-------------AT------TG---CTGGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGATA-AAAGC--CGTTTGGT---A--T---------------------------------------------------ATTTTAGA---TGGA-CAAAA-GTACCCTGG---TGGATTT-GAAAATTGGACAAGGT-GGACAAaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattattttgaaacagtggacaaaagcatcaattgaatgt
gi|13 : GGACAAAA-CTCCC-TTAGACA-AAAGCACCTTG---ggtgcttttgtctaagggagttttgtccggtttcc
gi|14 : gaacaaaagcccattggacagaatccccttgttcaaaaaatatacacatgaacaaaatcccgttggttaatttgacaaggtggacaaaagcccattgctggattttagaaggtggataaaagccgtttggtatattttagatggacaaaagtaccctggtggatttgaaaattggacaaggtggaGA-TAAAA---CCATTGAA--TGGAT-----------------GTAGGACAAAA-GCCCCT--T---GGTC---Aggtttcc
gi|14 : ttactggccattcatGGACAAAA-GCCCC-TTGGTCAGAAAA-----TG---GTG-----AA-TTTG---ACAAGGT------------GGAC--AAAAGTCT-CTT--GG-TAG-ATTTT---AG-------GTGGACAAAA----GA-CC-------------CT------TA---ATAGAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGAC-------------------------------------------------A------AA---AGCCCCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-CCCCCTTTG---TGGATTT-gaaaatggtgaatttgacaaggtggacaaaagtctcttggtagattttaggtggacaaaagacccttaatagattttagaaggtggacaaaagccccttggtgaattttagaaggtggacaaaaccccctttgtggatttta
gi|15 : ttactggccattcatgataaaaccattgaatggatgtaACAAAA-GCCTC-TTGGACA-AAAGCACCTTG---GTAAAATAAA-TGTA--CACA---TAATTAAGAAGGTGGAC--AAAAGTCC-CAT--GA-TAG-ATTTTAGGAG-------GTGAACAAAA----TC-CC-------------CT------TG---GTTGAT---TTTGG-A-A-G--------TTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GA--TT--T----T----AG----------A------Ata
gi|16 : GGACA-AAAGTCCCTTG---GTACAA-GAA-GGT-----------------------GGAC--AAAAGCTC-CTT--GG-TAC-TTTTTATGAG-------GTGGACA--------C-CC-------------CT------TG---GTCGAT---TTTAG-A-A-G--------TTGGACA-AAAggt
gi|17 : AG-------GTGGACAAAA----GCACC-------------CTA-----TG---TTTG------TTAC-A-A-G--------GTTGGCA-AAAAC--ACATT--T--GA--Tctgatccctctagctaatttattattttagactgaatataattttcatttatattt
gi|18 : aaagaacagtatgccctTGGACA-AAAGCTCCTTG---GTCAAA-AAA-TGTA--CACA---T------------TGAC--GAAAGCCC-CAT--GG-TAC-ATTTTAGGAG-------GTGGACAAAA----G--CC-------------CT------TG---ATGGA----TTTAA-A-A-G--------ATGGACA-AAAGC--CCCTTGTT--GA--TT--T----A----AG----------A------Aacatgtgggtttttttctcacctacaacacctacaacactttgagtggggtggtttttgcccaccttcc
gi|2 : atcTTTTAGAAGGTGGAANNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------NNN-NNNNNNNN-NNNNNN--N---NNNN---NNNNNNATA----GATAG--TGTATA-------TTATGAATTTTACTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--ACT-T-ATTTTATTTATATGTTTTCAATCAT--GA-A-AA-ACACATCCAggtgga
gi|2 : GTGGA-CAAAA-GCTCCTTGATTCTG---TT-GAAAG--------AGT-GGACAAAA-GC-----------A-T---ATTCTGA-------ATAT--TGTaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaacaatattcagaatatgcttttgtccactctttcaacagaatcaaggagcttttgtccactataatatgttggtttt
gi|20 : ttttagaaggtggaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatagatagtgtatattatgaattttactgtattgatgttacattcagaatacagacttattttatttatatgttttcaatcatgaaaaacacatccaaaaaataacagtaattacatctaattacttaaatacttcaaataataaaattcaattgacctgttttctataaaataaagggcaatttacatgaattgaaatacattgggcaaactcttaatctttcattaattgtaattaattactgataaacttcaaattgatgtctttcatttaaaattaagggcaagtaatcaactgaaataaattatgagcaaactttatttaacttcaaacaG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-TGACAAAAAGCCCCT--T----------ATTTTAATA----AATAT--TGCACA-------TTATGAATTTTCCTTTATTGATGT-TATATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTTTCAATCAT--TA-A-tataatatgttggtttt
gi|21 : GGACAAAA-GCCCC-TTAGAAA-AAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TGCA--CACA---T------------GGAC--------CC-CTT--GG-TAG-ATTTTAGAAA-------GTCGACAAAA----GC-CC-------------CA------TG---GTGGAT---TTTAG-A-A-G--------ATGGGCA-AAAGC--CTCTAGAT--TA--TT--tatatatgtta
gi|22 : cACAAAG-GCCCC-TTGCCCA-AAAGCTCCTGT---GTCAAA-GAT-TGTA--CACA---T------------TCAC--AAAAGCTC-TT----G-TGG-ATTTGAAAAG-------GTAGACAAAA----GT-CC-------------TA------TC---AT-GAT---T------------------------A-AAGGC--CCCTTGAT--TA--TT--T----T----
gi|23 : aGACAACA-GCCCC-TTGGACA-AAAGGCCCTTG---GT-AAA-AAA-TGTA--TACA---T------------GGAC--AAAAGCCCATTT--GG-TTA-ATTTGACAAG-------GTGGACAAAA----GC-TC-------------CT------TG---GTAGAT---TTTCG-A-A-G--------GTGGACA-AAg
gi|24 : GGACAAAA-GTGAC-TTGCCAA-AAAGTCCTTTA---GTCAAA-AAA-TGTA--CACA---T------------AAAC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGG--TTTGA
gi|25 : aATGTATATATTCAGGTATACATATAC------------AGCTAC--TTATCTTAT---TATGTTT--AATCAT--AACATAA-ACATATTtaggtnnnnnnnnnntgtattgtatttaagtaacacagataaa
gi|26 : ttatatacat---ATTTTAACA----GATAT--TGCATA-------TTATGAATTTTACCGTATTGACGT-TACATTCCGA-------ATAC------------AG--AT--T-ATTTTAT---TAAGTTTTCAATCAT--AA-A-AATACACATTCAaaacaaatgttttgttcattatttattttt
gi|27 : GGAAAAAA-GCCTC-TTCCCCA-AAATCCCCTTT---GTCAAA-AAG-TGTA--CACA---T------------GGAC--AAAAATCT-CTT--GG-TGG-ACTTGAAAAG-------ATGGATAAAA----GT-TC-------------CT------Tagaaaa
gi|28 : GGACAAAA-GCCCT-TTGGACA-AAAACCCCTTG---GTCAAA-AT--TGTA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TAC-ATTTTAGAAG-------GTGGATAAtatgatt
gi|29 : ctGGATA-CAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TGTA--CATG---T------------GGACAAAAAAAACC-CTT--GG-TAG-ATTTTAGGTG-------ATTTATAAAA----GC-TC-------------CT------
gi|3 : cc------------GGAA--AAAAGCCC-CTT--G-------TTTAATAAATGTACACATGGACGAAA----GC-CC-------------CT------TG---GTAAATAAATGTA--A-A-C--------ATGGACA-AAAGC--CCCTT------------------T----A-----------------------------TTAAT-AAATGT---AAGGTGGA-TAAAA-TCCGCTTGT---TGGATTT-GAAAA--------ATT-AGACCAAA-GCTCCT--T---GATT---ATTTAAATA----TATATATTGTACAATGTTTATTATGAATATTACTGTATTGATTT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-TTTTTAT---AATGTTTATAATCATACAA-A-AA-ACACATTCA
gi|30 : gtaGGACAAAT-GCCCCCTTGGACA-TAAGCCCATGG---TTTAAA-AAA-TATATACACG---T------------GGAC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGA-ATC----AAG-------GTagaaataacattttttgttgtttatttccattccattatgaaaacaacattcaattgacctgttttccataaaactaagggcaaaacacatgaactgaaataaactggggacacactgtcattaattgcaatgaattactgataaacttcaaacacaccatttaactgaactcttccatttgaaattaagggc
gi|31 : TTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AT--T-AATTTAT---TGTGTTTTTAATCATA-AA-A-AA-ACACTTTCA
gi|32 : ----------A------AA---AGCCCTATAGT-AGATTTGAGAAAGCGGA-CAAAA-GCTCCTTGG---TGAATAT-GACAA--------TGT-GGACAAAA-GCACTT--T---agaaataacgtta
gi|33 : GGCA-AAAGCCTTATG---GCAAAA-AAT-TGTA--CACA---T------------GGACA-AAAAGGCC-CTT--GG-TGA-ATTTGACAAG-------GTGGA
gi|35 : accaGACAAAA-ACCTC-TTGCCCA-AAAGCCCCTTG---GTAAAA-AAA-TGTA--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--CA-T-G-ATTT
gi|36 : A-GAAGCCCCATG---GTCAAA-AAA-TGTA--CACA---T------------G-AC--AAAAGCCC-CTT--GG-TAG-ATATAAGAAC-------GTGGACA
gi|38 : caT-AAAAA--------GGG-GGACAAAA-GCCCCG------GATT---GTTTTAATA----GATAT--TGTGCA-------CTATGAATTTTACt
gi|4 : GGATAAAACGCTCC-TTGGACA-AAAGCCCCTTA---GTAAAA-AAA-TATG--TACA---T------------GGAC--AAAAGTCC-CTT--GGCTGATATTTTTGAAG-------GTGGGCAAAA----GC-CC-------------CT------TA---GTGCA----TTTAG-CTA-G--------GTGGACA-AGAGC--CCCTTTTT--GA--AT--T----TAACAAG----------ATGGATNNN---NNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNNNN---NNNNNNN-NNNNN--------GAT-GGACAAAA-GTCTCT--T---GATT---ATTTTGA
gi|4 : ccG-------ATGGACAAAA----GT-CT-------------CT------TG---ATT-AT---TTTGA-A-ACA--------GTGGACA-AAAGC--aacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGACAAAA----GC-CC-------------CT------TATAAGTAAA--------A-A-A-A--------ATGTACACAAAGC--CCCTTGGT--GAATTTGGT----T----AGGTGATCA---A------AACTGAGCTCCGTGGT-AGAGTTTAAAAGAAGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TAGATTT-TAGAA----------T-TGATAA-----------T---GATA---ATGTACACA----GATAT--GGTACA-------Tatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaattctaaaatctaccaaggggcttttgtccttcttttaaactctaccacggagctcagttttgatcacctaaccaaattcaccaaggggctttgtgtacattttttttacttataaggggcttttgtcc
gi|4 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcGGACA-AAAGCCCCTTATAAGTAAAA-AAAATGTA--CACA------------------------AAGCCC-CTT--GG-TGA-ATTTGGTTAG-------GTGATCAAAACTGAGC-TC-------------CG------TG---GTAGAG---TTTAA-A-A-G--------AAGGACA-AAAGC--CCCTTGGTA-GA--TT--T----T----AG----------A------A
gi|40 : ccggataaaacgctccttggacaaaagccccttagtaaaaaaatatgtacatggacaaaagtcccttggctgatatttttgaaggtgggcaaaagccccttagtgcatttagctaggtggacaagagcccctttttgaatttaacaagatggatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngatggacaaaagtctcttgattattttgaaacagtggacaaaagcatcagcggaactgtcatgtaccatatctgtgtacattatcattatcaaTAGACT-AAATCCCCTTG---ATAAAA-ACA-TTAA--CACA---C------------GGAC--AAAAGTCC-TTT--GA-TAG-ATT
gi|41 : A-TATA--GGCA----------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GG-TGA-ATTTAAGAA--------GTGGACAAAA----GC-C
gi|44 : AAA-AAA-TGTA--CACA---T------------GGGC--AAAAGCCT-CTT--GG-TGG-ATTT
gi|45 : aGGACAAAA-GCCAC-TTTGAAA-AAGGACCCTTG---ATAAAA-AAA-TGgtaaa
gi|5 : aGACAAAA----GC-CC-------------CT------TG---GTTAA-------AA-A-A-AATGAACACATGGACG-AAAGC--GCCTTGGTC-GA--TT--T----T----AGAAGGTGGAACA------AA---AGCCTCTTGGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-TCGCATTGG---TGGATCT-GTAAA--------GGT-GGACAAAA-GCCCCT--T---GATT---ATTTTAATAGAATGATAT--TGTATA-------TTATGAATTTTGCTGTATTGATGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTGT---TATGTTTTCAATCAT--AA-A-AA-ATACA
gi|6 : TGGTCAGA--TG--C----T----GG----------C------AG---AGCTCCTTGG------------AGTTAGA-CAGCA-GCTCCTTGG---TACATTT-TAGAT--------GTT-GGATAAAA-GCCCAT--T---GGTCA--ATTTTAGAA----GATcatacaagaaataattttttttttattcatttccattccattataacttaatcataatatatacataacaacaacattcaattgacctgttttccataaaattaaaggcaatgtacaataactgaaatcaatttg
gi|6 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaa---T------------AGAC--AGCAGCTC-CTT--GG-TAC-ATTTTAGATG-------TTGGATAAAA----GC-CC-------------AT------TG---GTCAAT---TTTAG-A-A-G--------ATTGACA-AAAAAAACCATTGGTCGGG--TT--TAAATC----AGGAC-------A------AA---AGCCCCATAGT-GAATTTTAGAAGGTGGA-CAAAA-GACTCTTTG---TGGATTT-GAAAA--------AGT-GGACAAAA-GCCCCT--T---GATT---ATTTTATTA----tgacaaaaaaaaccattggtcgggtttaaatcaggacaaaagccccatagtgaattttagaaggtggacaaaagactctttgtggatttgaaaaagtggacaaaagccccttgattattttattataaaggtaa
gi|7 : aacatgtatacagattttatctttcttttaatccatttagtttgcccctcacttcatatgcacctgtattattcttgtgttaacctgactattcacttctgaaataataccaaataaaacgtgtacagtaattgaatggtcagatgctggcagagctccttggagtGGACAAAA-GCCCC-TTGGACA-AAAGCCCCTCG---GTTAAA-AAA-TGTA--CACA---C------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GA-TAC-ATTTAAGAAG-------TTGGACAAAA----GC-CC-------------CT------TT---GTCGAT---TTTAG-A-A-G--------TTGGACA-AAAGC--CCCTTGGTC-GG--TT--T----T----GG----------A------AA---AGCCCCTTGGT-GAAATTTAGAAAGTGGA-CAAAA-GCCCCTTGG---TGAATTT-GAAAA--------AGT-GGACAAAA-GACCTT--T---GATT---ATTTTAATA----GATAT--TGCACA-------TATTGAATTTAATTTTATTGAAGT-TACATTCAGA-------ATAC------------AG--AC--T-ATTTTAT---TATGTTTTTAAACAT-------AA-ACACATTCAtaaaggtaa
gi|8 : GGACA-AAAGCTCCTTG---GTAAAA-AAA-TGTA--CACA---T------------GGAA--AAAAGCCC-CCTAAAG-TGA-ATTTGACAAG-------GTTGACAAAA----GC-CCCTTGGTAAAGGACCT------TG---GTAGAT---TTTAG-A-A-G--------ATGGACA-AATGG--ACCTTGGT---------------------------------------AA---AGGACCTTGGT-AGATTTTAGAAGATGGA-CAAAT-GGACCTTGG---TAGATTT-AATAG--------GG
gi|8 : taAA-ACTCC-TTAGACA-AAAGCCC-TTG---GTAAAA-AAA-TGTG--CACA---T------------GGAC--AAAAGCCC-CTT--GA-TGA-ATTTTAGAAG-------GTGGACAAAA----GT-CC-------------CA------TG---ATGAAT---TTTAG-A-A-G--------GTGGACA-AAAGC--CCCTgcttttgtccaccttctaaaattcatcatgggacttttgtccaccttctaaaattcatcaaggggcttttgtccatgtgcacatttttttaccaagggcttttgtctaaggagttt
gi|9 : taggacaaaagctccttggtaaaaaaatgtacacatggaaaaaagccccctaaagtgaatttgacaaggttgacaaaagccccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtaaaggaccttggtagattttagaagatggacaaatggaccttggtagatttaatGATA-AAAATCCTTCA---GTAAAA-AAA-TGTA--CACA---T------------TGAC--AAAAGCCC-CTT--CG-CGG-ATTTGGAAGG-------GTGGCCAAAA----GA-CC-------------CT------TC---GT-GAT---TTTAATA-C-A--------GTTGACA-AAAGC--ACCTTGAT--CT--TT--T----T----
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TTAATTGATCTCTTTCATTTAAAATTAAGGGCAAGTAAATTCAACTGAAATAAATTGTCAGCACACTTTAATTACTTTTTAACTAAAAACAACAACATTCAATTGATGCTTTTGTCCACTGTTTCAAAATAA
Unaligned ( gi|34 ): TTGTTATATTTGATAGTGCCAAAGACAGAACTGTTATGTACCATATCTGGGTACTTAATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|37 ): AATTGCGATAAATTACTGATAAACTTCAAACAACATTTAATTGATCGCTTTCATTTAAAACAAAGG
Unaligned ( gi|39 ): CATATACGCACTTGATTCTTGGAGAATCTAACTGTTCAAGGAATCGTGTCAAAGACGA
Unaligned ( gi|42 ): TTTTCATATCCGCCAAGGAGCTTTCGTCCATCTTGTCAAAGCATACTAT
Unaligned ( gi|43 ): CAGAACTGTTGTGTACCATATCTGTGTACATTATCATTATCAATTTAA
Unaligned ( gi|46 ): AAAGAAACATTTCAGTGTTATAGAAATTAAAAAAAAAAGAAC
Unaligned ( gi|47 ): CTTTTGTCCGGCTACCGGCAAAGACAGTTGTGTGAG
Unaligned ( gi|48 ): CTACTGGCTTTTCTATAATGCTCTGTCAATAGCCA