lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222222222222 1 222 4444 1 1 11 111111 4444444444444444444444 1111111 333333333333333333333333333333333333333333 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111111 111111111 11111 55555555555555555555555555555555555 111 1111111111111111 1111 11 11 111111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 2222222
lowQualScore : 8 11 0 1 4444444444444444 1 1 4 333 6666 1 6 6 1 11 666666 2 6666666666666666666666 4444444 000000000000000000000000000000000000000000 0 0000 5 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7777777777777777 3 7 3 1 888888 555555555 44444 555 888 33333333333333333333333333333333333 333 88 4 4444444444444444 1111 2 2 5 2 99 444 2 33 0 11 111111111111 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 2 2 999999 6 444 1 9 33 2 7777777 1 33 1
lowQualScore : . .. . . ................ . . . ... .... . . . . .. ...... . ...................... ....... .......................................... . .... . ...................................................... ................ . . . . ...... ......... ..... ... ... ................................... ... .. . ................ .... . . . . .. ... . .. . .. ............ .. ..................................................... ... . . ...... . ... . . .. . ....... . .. .
lowQualScore : 3 77 9 9 6666666666666666 7 4 3 666 7777 4 3 0 3 33 444444 6 8888888888888888888888 4444444 444444444444444444444444444444444444444444 1 6666 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666666666666666 1 4 1 1 888888 888888888 11111 888 666 44444444444444444444444444444444444 999 88 7 7777777777777777 5555 7 7 9 5 11 444 5 44 4 66 333333333333 99 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 5 5 888888 1 444 4 4 44 5 0000000 7 44 6
consensus : GACATCTAAATCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACNATTCTT----AT--ATATT-CAGCA-ATTTAA-CTAAACAGA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CATNTAA------------------AC--TGCATTG-------AGAG------------ANCATAA-----------CATA-AC--TN-ATTACCA----TAA-AAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------ACAGCGCCACGTAT-TAAAAC-TAC------TGTTATTT--C--GTC-TGTTTTCC-----AAATTC---T--ATT--T----------------T-----ACG--TT--CATTTG-CTTACATGTAC---AT------G---TACCTNTCNTT-CA-TTNCA-GG-TGG---T-A--AAGTGGCCTNTAC-----GAC---CA--G------A---------AA---------C-----------T-------------T---T-GA-CAGA-----TGCCGC---TGTATCCAGAACGAATA--TTACCAT-GG-T---NNCGCGGTATT--TGGATGAATACAGG
Reference ( gi|8 ) : GACAACTAAACTAAAACCAACCAATCATTCATCAAATACAAAATATTTCT----AT--ATATT-CACCA-ATTTAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACCACGCAGTGTTT------CATATAA------------------AA--TGCATTG-------AGAG------------AGCATAA-----------CATA-AC--TA-ATTACCA----TAA-AAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------ACAGCGCCACGTAT-TAAGAC-TGC------TGTTATTT--T--GTC-TGTTTTCC-----AAATTC---T--GTT--T----------------T-----ATA--TT--CATTTGGCTTACATGTAC---AT------G---TACCTGTCATT-CA-TTCCA-GG-TGG---T-A--AAGTGGCCCATAC-----GAC---CA--G------A---------AA---------C-----------T-------------T---T-GA-CAGA-----AGTTGC---TGTATCCAGAACGAACA--TTACCAT-GG-T---ACCGCAGTATT--TGGATGAACACAGG
gi|7 : GACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATATT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT------AATATAA------------------AC--TGCAGTG-------AGAG------------AGTATAA-----------CATA-AC--TT-ATTACCN----NNN-NNN-N--------------NN---------NNNNN---------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNACAGCGCCACGTAT-AAAAAC-TGC------TGT-ATTT--TTCGTC-TGTTTTCC-----AAATTC---T--GTC--T----------------T-----ACG--TT--CATTTGGCTCACATGTAA---AT------G---TACCTGTCATT-CA-TTCCA-GG-TGG---T-A--AAGTTGCCCATAC-----GAC---CA--G------A---------AA---------C-----------T-------------T---T-GA-CTGA-----AGTTGC---TGTATACAGAACAAATA--TTACCAT-GG-T---AACGCAGTATT--TGGATGAACACAGG
gi|1 : actgacgttcaatGGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATATTTCAGCA--TTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT------CATTTAAACTGCATAGAGAGATCATAACTTGCATTGTATTGCCATAA------------AACA-AA-----------TACA-AC--AA-ATTATAT----TAATAAA-A--------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTATATTATAAACAA------------ACAGCGTAGTGTAT-TTAAAC-TGC------TGTTATTT--C--CAT-TATTTTCC-----AAGTTC---TA-GTT--TCGATTACAATTTCGATT-----ACA--TT--TATGTGTCTTACATGTAC---AC------G---TACCTATCCGT-CT-TTCCA-GGATGG---T-A--AAGTGGCTTGTACAGTCTGATAGACA--GATGC--A---------GA---------T-----------TCGTCAGA------T---T-GG-TAGA-----TGCCGC---TGTATACAGAACGAATA--TTACCAT-GGCT---ACT-CAGTACT--TGGATGAAtatcttga
gi|2 : gactgacataacatGACATCTAAATCAAAACCAACCAACTATTC-T----TAC----TA---------AT--AT-TT-TAGCG--TTT----TAAACAGA-TCATTATGCTTCAGT-ATCACTGCATTAACCACATCGTATTT------CATATAA------------------AC--TGCATTG-------AGAGATTATAACTTATACCATAAAACAAAAACAACAAA-AA--TATATTA--A----TAA-AA--A--------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTAAGTTATAAACAA------------ACAGCGTAACGTAT-TAAAAC-TAC------TGTTATTT--C----CATTTTTTTT-----ATGTTC---T--ATT--T----------------TCGATTACA--TG--TATGTGTCTTGCATGTAC---AA------A---TACCTACCTGT-CA-TTTCA-GGATGA---T-A--AAGCGGCTTGTAC-----AAT---CA--GATAGAAA---------GA---------CGCAGA------T-------------T---T-GT-AAGATTGGCAGATGCCTATATATACAGAACGAATA--TTACCAT-GGCT---A-CGCAGTACT--TGGATGAATACAtgc
gi|9 : agtttacaatcgtgttgatagactgacatgacatGACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATATT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT------AATATAA------------------AC--TGCAGTG-------AGAG------------AGTATAA-----------CATA-AC--T
gi|6 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctagtttataaaacatttttagggactgacgttcaatGGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATATTTCAGCA--TTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT------CATTTAA------------------AC--TGCATAG-------AGAG------------ATCATAA-----------CTTGCAT--TGTATTGCCA----TAA-AAC-A--------------A------------ATA---------------------CAACAA------------Ata
gi|4 : accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactgacataacatGACATCTAAATCTAAACCAATCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTTACTAAT--ATTTT-TAGC--ATTT----TAAACAAA-TCATTATGCTTCAA-TATCACTGCAATAACCACACAATATTTAATATACATGTAA------------------AC--TGCATAA-------AGAG------------ATCATAA-----------CTTACATTGTA-A-TACCG----TAA-AATGA--------------AA---------ACAGA---------------------AAAttatattaataaaaaaatatacaataaatgatgtta
gi|10 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctggattatccgttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataacgccaccactgccatagtttacaatcatgttgattaactgacattacatCATTCGTCAAATACAAACAATTCCT----AT--ATATT-CACCA-ATTCAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACTACAGAGTATTT------CATTTAA------------------AC--TGCATTG-------AGAG------------AGCATAC-----------CATA-TC--TT-ATTACCA----TAA-AAC-AAAAAACAAAAACAAAA---------ACATG---------------------AAACAC------------ACAGCGCCACGTAT-TAAAAC-TGC------TGTTATTT--C--GTC-TGTTTTCC-----TAATTC---T--GTA--T----------------T-----ATG--TT--CATCTGGCTTACATGTAC---AT------G---TACCTGTCATT-CA-TTCAA-GG-TGG---T-A--AAGTGGCCCATAC-----GGC---CA--G------A---------AA---------C-----------G-------------T---T-GA-CAGA-----AGTTGC---TGTATCCAGAACAAATA--TTACCAT-CG-T---AACGCAGTATT--TGGATGAACACAGGatatgttaataaaaataatatacaataaattatgtta
gi|21 : ATATAA------------------AC--TGCATTG-------AGAG---------------AT-------------CATA-AT--TT-ATTGCCAAAGGTGA-AAT-A--------------CA---------ACA-A---------------------AAACAA------------CCAAT-CAAATTACATAATACATGC------TGTTAtatcttt
gi|12 : ATTG-------TGAA------------AATAGAA-----------CAAA-A---------ACAA----CAA-AAC-A--------------AATTATACATTACATA---------------------ATATAA------------A----GTTACGTGT-TAATAC-TAC------TATTATTT--T--GTT-TGTTTTCC-----AAATTC---T--ATT--C----------------------ACGGTTT--CATTTA-TTTA---GTA------------A---TACCTTTC-TA-CA-TTACA-GGGTGG---T-T--AAGTTGCCTTTAA-----GAC---CA--G------A---------AAGCCGTCAAAC-----------TGT-----------T---T-AA-CAGA--------------TGTATCCCAAACGAATA--TTACCAT-GACT---A-CACGGTATG--TGGATGAA
gi|24 : gatcataacgtattatcaATA---------------------AAG---------------ATACCGCCACGTAT-TAAAAC-TAC------TGTTATTT--
gi|15 : ctgttgagctTA---------------------AAAAAA------------ATACCGCCACGTAT-TAAAAC-TAC------TGTTATTT--C--GTC-TGTTTTCC-----CAATTC---T--ATT--T----------------T------CG--TTGGTATTTG-TTTA----------AT------A----ACCTTTCTTT-TA-TTACA-GG--GC---T-ATTAAGTTGCCTTTAA-----AAC---CA--G------AGAAACATCAAA---------C-----------TAT-----------T---T-GA-CAGA-----TGCTAC---TGTATA-AAAACGAAAA--TTGCCAT-GG-T---TACACTGTATT--TTGATGGActt
gi|13 : taaagttaagttgTA---------------------AAATAAT-----------AC--CAGCACGTAT-TAAAAC-TAC------TGTTATTT--C--GTC-TTTTTTTATA---AAATTC---T--ATT--T----------------T------CG--TTGGCATTTG--TT-CA--------AT------A---TACCTTTCTTT-TA-TAACA-GG---GCTTT-T--AAGTTGCCTTTAA-----AAC---CA--G------A---------GA---------TACATCAGACTGT-------------T---T-AA-CAGA-----TGCTTC---TGTATCAAAAACGAAAA--TTGGCAA-GA-TTACACTGTA-TATTGATGGATCAATAAAGGtcaatagaggggcgcttt
gi|16 : tatacaatgttaatttgA---------------------AAACAA-------------C--CGCCACGTAT-TAAAGC-TAC------CGTTATTTAAT---TC-TATTTTCGGTTTGAAATTCATTT--ATT--T----------------G-----ATA--TA--CATTT--CTTACAT-TAC---AG------G--------GTGATT--------A-GG-TTG---T-C--C--TGGACCATAG-----AGA---CA--T------C---------AA---------A-----------T-------------TGTGT-GA-CAGA-----TGCTGC---TGTATCCCGAACGAATAATTTA--AT-GG-C---TTCACGGTATG--TGtgtgctt
gi|14 : ttaAACAA------------ACAGCGTTATGTCT-TAAAAC-TAC------TGTTATTT--C--CAT-TGTTTTTC-----AAATTT---TAAATTGAT----------------T-----ACA--TT--TATGTGTCTTACATGTAC---ATGTACAAG---TACCTATCCGT-CA-TTTCA-GGATGG---T-A--AAGTAGCTTCCAC-----AAT---CA--GATAGACA---------GA---------C-----------TCAGATTTGTCAGAT---T-GG-TAGA-----TGTCGC---TGTATACAGAACGAATA--TTAGTAT-GG-C---TTCTCAGTACT--TGGATGAACACAGGa
gi|11 : AA------------ATACTGTCACGTAT-TAAAAC-TACAGTTACTATTATTT--T--GAT-TGTTTTCC-----AAGTTC---T--ATT--T----------------A-----AGG--TT-----TTAA--TA-ATTTA----AT------A---TACCTTTT-TT-CA-AAACA-GGACAA---T-A--ACATTGCCTTTAA-----GAC---CA--G------AGAGACACCAAA---------C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGG-----TGCTGC---TGTATCCAGTACGAATA--TT-CTAT-GGCT---A-CGCGGTATG--CGGATGAATACAGGtatt
gi|17 : cgtattaaacaacaaaacaaaatatacaatacataatgtcaagttatagaAA------------ATACCGCCACGTAT--AAAAG-TAC------TGTTATTT--C--GTA-TGTTTTCC-----AAATTC---T--ATT------------------------------------TTCGGCCT-CATCTATTTAAT------A---TACCTTTTTTT-CA-TTACAGGG-CAA---T-A--CAGTTGCCTTTAA-----GAT---TA--G------A---------AA---------t
gi|3 : aaTTC---T--GTTAGT----------------T-----GT---TT--CATTT-------ATATA----AT------T---TATAT-TTATT-AA-ATTCA-GG-ACG---TGA--AAGTGGACTTTAC-----GGC---CATTG------A---------GA---------CATCACACT---T-------------T---T-GAACAGA-----TACTAC---TGTATTCAGAGGTAAGA--TTACCAT-GG-T---TATAAGACATT--TGGATGAATAAAGgacgtcaaactgtaattatggacttcactgaaaatgataa
gi|5 : tttaaaaagaacatatggtattaaataaaatgtcgtataaaactATGTGGTTT-CATTTAC---AT------AATTTACAT-TTATT-AAATTTTG-GA-CGT---A-A--AAGTGGACTTCAC-----GGC---CATTG------A---------GA---------CATCACTTTT--T-------------T---TAGA-CAGA-----TGCTGC---TGTATTCAGGGGGAAGA--TTACAAT-CG-T---TATAAGACATT--TGGATGAATAAAGtatgttagacaaatcgtgttgatgtaatgaattccatataaaataaatcaacaaatcttccgccagtacagacgctttcatcaataatagtatgtactaacaaacattatcaaacatttttactcaaattacaatgatcatattgcattgtgtgagcatatcgaccgatatacagatgaatatcctcaatgaatatttcatatatttgaaaagtagaattgaatattgatcgatagtgttaatatacataagt
gi|18 : agatgtcgtataaaactttctgt---AT------G---TAGCTGTATTT-CA-TTCCA-GGGTGG---T-A--TAGTGACCTGTAT-----GA-----A--G------C---------T----------C-----------T-------------T---T-GA-CAGA-----TGGCAC---TCTATCCAGAACGACAA--TTACTAT-GG-C---TGCACAGTATT--TGGATGAATACAGGtatgtttgacaaatcttgctgatgtaatgaaattccacataaattaaatcacccaatctttcgccagtacaaacgctttcatcaataatattatgtacaaacaagaattatccaacatttttactcaaattacaatgaccaactgttatacagttatttcattgtgtgaggaaatcgaccgacatacagatgaatatcctaaataaatagttcataaatttgaaaagaataattgaatattcatcgatatcgttaatatacattaag
gi|19 : T------G---TAGCTGT-GTTACG-TTACA-GGGTGG---T-A--AAATGATCTGTAC-----AA-------------------------AG---------C-----------TGT-----------T---T-GA-CAGA-----TGGCGC---TCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGG-T---AC-GCAGTATT--TGGATGAATACAGGtatgc
gi|20 : -GG-TGG---T-T--AAGCGATCTGTA-------------A--G------A---------AG---------C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGA-----TGGCGC---TCTATCCAGAACGAATA--TTACTAT-AG-C---TGCGCAGTATT--TGGATGAATACAGGtatgc
gi|23 : ttacag-----------T-------------T---T-GA-CAGA-----TGCTAC---TGTATA-AAAACGAAAA--TTGCCAT-GG-T---TACACTGTATT--TTGATGGAtatgcttta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTACAGGGTGGTTAAGGCGCCTTAAGACCAAAGCGACACCAAACTGTTTGGGTAAACCCTGCTGTGTGGAGAATGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 111 3333 1 1 111111 33333333333333333333 1111111 222222222222 11111111111 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 3333333333333333 111111 111 1111111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 2 0 1 3 3 0000 33 55 5 2 888 1111 0 9 1 444444 1 66666666666666666666 3333333 000000000000 1 0 99999999999 8 2 444 9999 4 77 333333333333333333333333333333333333333333333333333 666666666666 2 1 888888 3 4444 44 44 3 2222222222222222 6 77 555555 222 3333333 7777777 1 55 66666 4 99 444 2 33 1 2 1 888888 5555 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 2 2 0 2 0 33 22 0 2 2 444
lowQualScore : . . . . . .... .. .. . . ... .... . . . ...... . .................... ....... ............ . . ........... . . ... .... . .. ................................................... ............ . . ...... . .... .. .. . ................ . .. ...... ... ....... ....... . .. ..... . .. ... . .. . . . ...... .... .. .......................................................... ... . . . . . .. .. . . . ...
lowQualScore : 1 5 0 6 8 6666 88 44 0 5 444 0000 0 0 0 444444 0 11111111111111111111 0000000 555555555555 0 7 00000000000 0 3 444 4444 4 66 777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333 9 5 888888 1 8888 66 22 1 3333333333333333 0 99 777777 999 3333333 3333333 9 44 00000 7 88 111 4 22 2 4 0 666666 2222 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 4 4 9 2 8 22 00 5 9 4 111
consensus : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CATATAAAC--------------------TGCATTG-------AGAG------------ANCATAA-----------CATA-ACT-T-ATTACCA----TAA-AAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TTACG--TT--C---ATTT-G-CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTN----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTACGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
Reference ( family-676 ) : GACATCTAAATCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACNATTCTT----AT--ATA-TT-CAGCA-ATTTAA-CTAAACAGA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CATNTAAAC--------------------TGCATTG-------AGAG------------ANCATAA-----------CATA-ACT-N-ATTACCA----TAA-AAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TTACG--TT--C---ATTT-G-CTTACATGTACAT------GTACCTNTCNTTCATTN----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGTNNCGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
gi|1 : GGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATA-TTTCAGCA--TTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT------CATTTAAACTGCATAGAGAGATCATAACTTGCATTGTATTGCCATAA------------AACA-AA-----------TACA-ACA-A-ATTATAT----TAATAAA-A--------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTATATTATAAACAA------------AC-AGCGTAGTGTATTTAAACTGC------TGT-TATTTCCAT-TATTTTCC--AAGTTCT--AGTTTCGATTACAATTTCGATTACA--TT--T---ATGT-GTCTTACATGTACAC------GTACCTATCCGTCTTTC----CA-GGATGG---T-A--AAGTGG-CTTGTACAGTCTGATAGAC--A--GATGC--A-------------------GA-T-----------TCGTCAGA------T---T-GG-TAGATGCCGCTGTATACAGAACGAATA--TTACCATGGCTACTCAGTAC-T---TGGATGAATGC
gi|10 : gactgacataacatCATTCGTCAAATACAAACAATTCCT----AT--ATA-TT-CACCA-ATTCAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACTACAGAGTATTT------CATTTAAAC--------------------TGCATTG-------AGAG------------AGCATAC-----------CATA-TCT-T-ATTACCA----TAA-AAC-AAAAAACAAAAACAAAA---------ACATG---------------------AAACAC------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTGC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--TAATTCT--G-TA----------------TTATG--TT--C---ATCTGG-CTTACATGTACAT------GTACCTGTCATTCATTC----AA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCCATAC-----GGC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------G-------------T---T-GA-CAGAAGTTGCTGTATCCAGAACAAATA--TTACCATCGTAACGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGG
gi|11 : AA------------AT-ACTGTCACGTATTAAAACTACAGTTACTAT-TATTTTGAT-TGTTTTCC--AAGTTCT--A-TT----------------TAAGG--TT--------TT-A-AT-A-ATTTA-AT------ATACCTTT-TTTCAAAA----CA-GGACAA---T-A--ACATTG-CCTTTAA-----GAC---C--A--G------AGAGACACCA----------AA-C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGGTGCTGCTGTATCCAGTACGAATA--TT-CTATGGCTACGCGGTAT-G---CGGATGAATACAGGtatcttt
gi|12 : cgtattaaacaacaaaacaaaatatacaatacataatgtcaagttatagaATTG-------TGAA------------AATAGAA-----------CAAA-A--------ACAA----CAA-AAC-A--------------AATTATACATTACATA---------------------ATATAA------------A-----GTTACGTGTTAATACTAC------TAT-TATTTTGTT-TGTTTTCC--AAATTCT--A--T----------------TCACGGTTT--C---ATTT-A-TTTA---GTA---------ATACCTTTC-TACATTA----CAGGG-TGG---T-T--AAGTTG-CCTTTAA-----GAC---C--A--G------A-------------------AAGCCGTCAAACTG-T-------------T---T-AA-CAGA------TGTATCCCAAACGAATA--TTACCATGACTACACGGTAT-G---TGGATGAAt
gi|13 : gatcataacgtattatcaTA---------------------AAATAAT-----------ACCAGC---ACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TTTTTTTATAAAATTCT--A-TT----------------TT-CG--TTGGC---ATTT-G-TTCA-------AT------ATACCTTTCTTTTATAA----CA-GG---GCTTT-T--AAGTTG-CCTTTAA-----AAC---C--A--G------A-------------------GA-TACATCAGACTGT-------------T---T-AA-CAGATGCTTCTGTATCAAAAACGAAAA--TTGGCAAGATTACACTGTATATTGATGGATCAATAAAGG
gi|14 : tatacaatgttaatttgAACAA------------AC-AGCGTTATGTCTTAAAACTAC------TGT-TATTTCCAT-TGTTTTTC--AAATTTTAAA-TTGA--------------TTACA--TT--T---ATGT-GTCTTACATGTACATGTACAAGTACCTATCCGTCATTT----CA-GGATGG---T-A--AAGTAG-CTTCCAC-----AAT---C--A--GATAGACA-------------------GA-C-----------TCAGATTTGTCAGAT---T-GG-TAGATGTCGCTGTATACAGAACGAATA--TTAGTATGGCTTCTCAGTAC-T---TGGATGAACACAGGtgtgctt
gi|15 : TA---------------------AAAAAA------------AT-ACCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--CAATTCT--A-TT----------------TT-CG--TTGGT---ATTT-G-TTTA-ATA-------------ACCTTTCTTTTATTA----CA-GG--GC---T-ATTAAGTTG-CCTTTAA-----AAC---CAGA--G------A-------------------AA-CATCAAACTA--T-------------T---T-GA-CAGATGCTACTGTAT-AAAAACGAAAA--TTGCCATGGTTACACTGTAT-T---TTGATGGATtatt
gi|16 : taaagttaagttgA---------------------AAACAA-------------C---CGCCACGTATTAAAGCTAC------CGT-TATTT----------------AATTCT--A-TT----------------TTCGG--TT--TGAAATTC-A-TTTATTTG---AT------ATACATTTCTTACATTA----CA-GGGTGA---T-T--AGGTTGTCCTG--------GAC---C--ATAG------A-------------------GA-CATCAAA-----T-------------TGTGT-GA-CAGATGCTGCTGTATCCCGAACGAATAATTTA--ATGGCTTCACGGTAT-G---TGcaatagaggggcgcttt
gi|17 : ttaAA------------AT-ACCGCCACGTAT-AAAAGTAC------TGT-TATTTCGTA-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TT-CGGCCT--C---ATCT-A-TTTA-------AT------ATACCTTTTTTTCATTA----CAGGG-CAA---T-A--CAGTTG-CCTTTAA-----GAT---T--A--G------A-------------------AA-a
gi|18 : aaAT------GTAGCTGTATTTCATTC----CA-GGGTGG---T-A--TAGTGA-CCTGTAT-----GA-------A--G------C-------------------T--C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGGCACTCTATCCAGAACGACAA--TTACTATGGCTGCACAGTAT-T---TGGATGAATACAGGgacgtcaaactgtaattatggacttcactgaaaatgataa
gi|19 : T------GTAGCTGTGTTACGTTA----CA-GGGTGG---T-A--AAATGA-TCTGTAC-----AA-------------------------------------AG-C-----------TGT-----------T---T-GA-CAGATGGCGCTCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGGTACGCAGTAT-T---TGGATGAATACAGGtatgc
gi|2 : GACATCTAAATCAAAACCAACCAACTATTCTT---------ACTA---------AT--AT--TT-TAGCG--TTT----TAAACAGA-TCATTATGCTTCAGT-ATCACTGCATTAACCACATCGTATTT------CATATAAAC--------------------TGCATTG-------AGAGATTATAACTTATACCATAAAACAAAAACAACAAA-AAT-ATATTA--A----TAA-AA--A--------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTAAGTTATAAACAA------------AC-AGCGTAACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTC--CATTTTTTTT--ATGTTCT--A-TTTTCGA-----------TTACA--TG--T---ATGT-GTCTTGCATGTACAA------ATACCTACCTGTCATTT----CA-GGATGA---T-A--AAGCGG-CTTGTAC-----AAT---C--A--G------ATAGAAAGACGCAGATTTGTAA-G-----------A-------------T---T-GG-CAGATGCCTATATATACAGAACGAATA--TTACCATGGCTACGCAGTAC-T---TGGATGAATACAtatgc
gi|20 : agtttacaatcgtgttgatagactgacatgacatTTA----CA-GGGTGG---T-T--AAGCGA-TCTGTA---------------A--G------A-------------------AG-C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGATGGCGCTCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGCTGCGCAGTAT-T---TGGATGAATACAGG
gi|21 : ATATAAAC--------------------TGCATTG-------AGAG------------AT----------------CATA-ATT-T-ATTGCCAAAGGTGA-AAT-A--------------CA---------ACA-A---------------------AAACAA------------CC-Atatgcttta
gi|23 : -----------T-------------T---T-GA-CAGATGCTACTGTATA-AAAACGAAAA--TTGCCATGGTTACACTGTAT-T---TTGATGGAatcaaattacataatacatgctgtta
gi|24 : aactaATA---------------------AAG---------------AT-ACCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTC
gi|3 : ctgttgagct--A-CT----------------TTCTG--TT------AGTT-G-TTT-CATTTATAT------A-ATTTAT-ATTTATTAAATTCA-GG-ACG---TGA--AAGTGG-ACTTTAC-----GGC---C--ATTG------A-------------------GA-CATCACACT---T-------------T---T-GAACAGATACTACTGTATTCAGAGGTAAGA--TTACCATGGTTATAAGACAT-T---TGGATGAATAAAGtt
gi|4 : tttaaaaagaacatatggtattaaataaaatgtcgtataaaGACATCTAAATCTAAACCAATCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTTACTAAT--ATT-TT-TAGC--ATTT----TAAACAAA-TCATTATGCTTCAAT-ATCACTGCAATAACCACACAATATTTAATATACATGTAAAC--------------------TGCATAA-------AGAG------------ATCATAA-----------CTTACATTGT-AATACCG----TAA-AATGA--------------AA---------ACAGA---------------------AAAtatgttagacaaatcgtgttgatgtaatgaattccatataaaataaatcaacaaatcttccgccagtacagacgctttcatcaataatagtatgtactaacaaacattatcaaacatttttactcaaattacaatgatcatattgcattgtgtgagcatatcgaccgatatacagatgaatatcctcaatgaatatttcatatatttgaaaagtagaattgaatattgatcgatagtgttaatatacataagt
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctggattatccgttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataacgccaccactgccatagtttacaatcatgttgattaactgacattacat--TT--C---ATTT-A-CATA-ATTTACAT------TTA------TTAAATTT----TG-GA-CGT---A-A--AAGTGG-ACTTCAC-----GGC---C--ATTG------A-------------------GA-CATCACTTTT--T-------------T---TAGA-CAGATGCTGCTGTATTCAGGGGGAAGA--TTACAATCGTTATAAGACAT-T---TGGATGAATAAAGatatgttaataaaaataatatacaataaattatgtta
gi|6 : agatgtcgtataaaactttctgtatgtggtGGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATATTT-CAGC--ATTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT------CATTTAAAC--------------------TGCATAG-------AGAG------------ATCATAA-----------CTTGCATTGT-ATTGCCA----TAA-AAC-A--------------A------------ATA---------------------CAACAA------------Atatgtttgacaaatcttgctgatgtaatgaaattccacataaattaaatcacccaatctttcgccagtacaaacgctttcatcaataatattatgtacaaacaagaattatccaacatttttactcaaattacaatgaccaactgttatacagttatttcattgtgtgaggaaatcgaccgacatacagatgaatatcctaaataaatagttcataaatttgaaaagaataattgaatattcatcgatatcgttaatatacattaag
gi|7 : accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactgacataacatGACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATA-TT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT------AATATAAAC--------------------TGCAGTG-------AGAG------------AGTATAA-----------CATA-ACT-T-ATTACCN----NNN-NNN-N--------------NN---------NNNNN---------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNAC-AGCGCCACGTATAAAAACTGC------TGTATTTTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--G-TC----------------TTACG--TT--C---ATTT-GGCTCACATGTAAAT------GTACCTGTCATTCATTC----CA-GG-TGG---T-A--AAGTTG-CCCATAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CTGAAGTTGCTGTATACAGAACAAATA--TTACCATGGTAACGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGGttatattaataaaaaaatatacaataaatgatgtta
gi|8 : actgacgttcaatGACAACTAAACTAAAACCAACCAATCATTCATCAAATACAAAATATTTCT----AT--ATA-TT-CACCA-ATTTAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACCACGCAGTGTTT------CATATAAAA--------------------TGCATTG-------AGAG------------AGCATAA-----------CATA-ACT-A-ATTACCA----TAA-AAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAGACTGC------TGT-TATTTTGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--G-TT----------------TTATA--TT--C---ATTTGG-CTTACATGTACAT------GTACCTGTCATTCATTC----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCCATAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGAAGTTGCTGTATCCAGAACGAACA--TTACCATGGTACCGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGGtatcttga
gi|9 : GACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATA-TT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT------AATATAAAC--------------------TGCAGTG-------AGAG------------AGTATAA-----------CATA-ACT-T-A
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTACAGGGTGGTTAAGGCGCCTTAAGACCAAAGCGACACCAAACTGTTTGGGTAAACCCTGCTGTGTGGAGAATGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 111 3333 1 1 111111 33333333333333333333 1111111 222222222222222222222222222222222 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 3333333333333333 111111 111 1111111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 1 0 0 3 2 0000 33 55 5 1 888 1111 0 9 1 444444 66666666666666666666 3333333 888888888888888888888888888888888 1 8 3 6 1 9999 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666 2 1 888888 3 4444 44 44 3 2222222222222222 6 77 555555 222 3333333 7777777 1 11 66666 4 99 444 2 33 1 2 1 888888 5555 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 2 2 0 3 0 33 1 2 0 2 2 444
lowQualScore : . . . . . .... .. .. . . ... .... . . . ...... .................... ....... ................................. . . . . . .... ...................................................... ............ . . ...... . .... .. .. . ................ . .. ...... ... ....... ....... . .. ..... . .. ... . .. . . . ...... .... .. .......................................................... ... . . . . . .. . . . . . ...
lowQualScore : 0 5 8 6 8 6666 88 44 0 0 444 0000 0 0 0 444444 11111111111111111111 0000000 777777777777777777777777777777777 1 0 9 0 1 4444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333 9 5 888888 1 8888 66 22 1 3333333333333333 0 99 777777 999 3333333 3333333 9 22 00000 7 88 111 4 22 2 4 0 666666 2222 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 4 4 9 6 8 22 0 4 5 9 4 111
consensus : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CAT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGAN------------CA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TTACG--TT--C---ATTT-G-CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTN----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
Reference ( family-676 ) : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CAT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGAN------------CA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TTACG--TT--C---ATTT-G-CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTN----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
gi|1 : GGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATA-TTTCAGCA--TTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT------CATTTAAACTGCATAGAGAGATCATAACTTGCATTGTATTGCCATAAAA------------CAAATACAA-----------CA-A-ATTATATTA--A----TAAAA-----------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTATATTATAAACAA------------AC-AGCGTAGTGTATTTAAACTGC------TGT-TATTTCCAT-TATTTTCC--AAGTTCT--AGTTTCGATTACAATTTCGATTACA--TT--T---ATGT-GTCTTACATGTACAC------GTACCTATCCGTCTTTC----CA-GGATGG---T-A--AAGTGG-CTTGTACAGTCTGATAGAC--A--GATGC--A-------------------GA-T-----------TCGTCAGA------T---T-GG-TAGATGCCGCTGTATACAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CTCAGTAC-T---TGGATGAATGC
gi|10 : gactgacataacatCATTCGTCAAATACAAACAATTCCT----AT--ATA-TT-CACCA-ATTCAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACTACAGAGTATTT------CAT--------------------TTAAACTGCATTG-------AGAGAG------------CA----TAC-----------CATA-TCT-TATTACCA----TAAAAC-AAAAAACAAAAACAAAA---------ACATG---------------------AAACAC------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTGC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--TAATTCT--G-TA----------------TTATG--TT--C---ATCTGG-CTTACATGTACAT------GTACCTGTCATTCATTC----AA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCCATAC-----GGC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------G-------------T---T-GA-CAGAAGTTGCTGTATCCAGAACAAATA--TTACCATCGTAA-CGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGG
gi|11 : AA------------AT-ACTGTCACGTATTAAAACTACAGTTACTAT-TATTTTGAT-TGTTTTCC--AAGTTCT--A-TT----------------TAAGG--TT--------TT-A-AT-A-ATTTA-AT------ATACCTTT-TTTCAAAA----CA-GGACAA---T-A--ACATTG-CCTTTAA-----GAC---C--A--G------AGAGACACCA----------AA-C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGGTGCTGCTGTATCCAGTACGAATA--TT-CTATGGCTA-CGCGGTAT-G---CGGATGAATACAGGtatcttt
gi|12 : cgtattaaacaacaaaacaaaatatacaatacataatgtcaagttatagaATTG-------TGAAAA------------TA----GAA-----------CAAA-A-------ACAA----CAAAAC-A--------------AATTATACATTACATA---------------------ATATAA------------A-----GTTACGTGTTAATACTAC------TAT-TATTTTGTT-TGTTTTCC--AAATTCT--A--T----------------TCACGGTTT--C---ATTT-A-TTTA---GTA---------ATACCTTTC-TACATTA----CAGGG-TGG---T-T--AAGTTG-CCTTTAA-----GAC---C--A--G------A-------------------AAGCCGTCAAACTG-T-------------T---T-AA-CAGA------TGTATCCCAAACGAATA--TTACCATGACTA-CACGGTAT-G---TGGATGAAt
gi|13 : gatcataacgtattatcaTA---------------------AAATAAT-----------ACCAGC---ACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TTTTTTTATAAAATTCT--A-TT----------------TT-CG--TTGGC---ATTT-G-TTCA-------AT------ATACCTTTCTTTTATAA----CA-GG---GCTTT-T--AAGTTG-CCTTTAA-----AAC---C--A--G------A-------------------GA-TACATCAGACTGT-------------T---T-AA-CAGATGCTTCTGTATCAAAAACGAAAA--TTGGCAAGATTA-CACTGTATATTGATGGATCAATAAAGG
gi|14 : tatacaatgttaatttgAACAA------------AC-AGCGTTATGTCTTAAAACTAC------TGT-TATTTCCAT-TGTTTTTC--AAATTTTAAA-TTGA--------------TTACA--TT--T---ATGT-GTCTTACATGTACATGTACAAGTACCTATCCGTCATTT----CA-GGATGG---T-A--AAGTAG-CTTCCAC-----AAT---C--A--GATAGACA-------------------GA-C-----------TCAGATTTGTCAGAT---T-GG-TAGATGTCGCTGTATACAGAACGAATA--TTAGTATGGCTT-CTCAGTAC-T---TGGATGAACACAGGtgtgctt
gi|15 : TA---------------------AAAAAA------------AT-ACCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--CAATTCT--A-TT----------------TT-CG--TTGGT---ATTT-G-TTTA-ATA-------------ACCTTTCTTTTATTA----CA-GG--GC---T-ATTAAGTTG-CCTTTAA-----AAC---CAGA--G------A-------------------AA-CATCAAACTA--T-------------T---T-GA-CAGATGCTACTGTAT-AAAAACGAAAA--TTGCCATGGTTA-CACTGTAT-T---TTGATGGATtatt
gi|16 : taaagttaagttgA---------------------AAACAA-------------C---CGCCACGTATTAAAGCTAC------CGT-TATTT----------------AATTCT--A-TT----------------TTCGG--TT--TGAAATTC-A-TTTATTTG---AT------ATACATTTCTTACATTA----CA-GGGTGA---T-T--AGGTTGTCCTG--------GAC---C--ATAG------A-------------------GA-CATCAAA-----T-------------TGTGT-GA-CAGATGCTGCTGTATCCCGAACGAATAATTTA--ATGGCTT-CACGGTAT-G---TGcaatagaggggcgcttt
gi|17 : ttaAA------------AT-ACCGCCACGTAT-AAAAGTAC------TGT-TATTTCGTA-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TT-CGGCCT--C---ATCT-A-TTTA-------AT------ATACCTTTTTTTCATTA----CAGGG-CAA---T-A--CAGTTG-CCTTTAA-----GAT---T--A--G------A-------------------AA-a
gi|18 : aaAT------GTAGCTGTATTTCATTC----CA-GGGTGG---T-A--TAGTGA-CCTGTAT-----GA-------A--G------C-------------------T--C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGGCACTCTATCCAGAACGACAA--TTACTATGGCTG-CACAGTAT-T---TGGATGAATACAGGgacgtcaaactgtaattatggacttcactgaaaatgataa
gi|19 : T------GTAGCTGTGTTACGTTA----CA-GGGTGG---T-A--AAATGA-TCTGTAC-----AA-------------------------------------AG-C-----------TGT-----------T---T-GA-CAGATGGCGCTCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGGTA-CGCAGTAT-T---TGGATGAATACAGGtatgc
gi|2 : GACATCTAAATCAAAACCAACCAACTATTCTT---------ACTA---------AT--AT--TT-TAGCG--TTT----TAAACAGA-TCATTATGCTTCAGT-ATCACTGCATTAACCACATCGTATTT------CAT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGATTATAACTTATACCA----TAAAACAAAAACAACAAA-AATATATTA--A----TAAAA--A--------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTAAGTTATAAACAA------------AC-AGCGTAACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTC--CATTTTTTTT--ATGTTCT--A-TTTTCGA-----------TTACA--TG--T---ATGT-GTCTTGCATGTACAA------ATACCTACCTGTCATTT----CA-GGATGA---T-A--AAGCGG-CTTGTAC-----AAT---C--A--G------ATAGAAAGACGCAGATTTGTAA-G-----------A-------------T---T-GG-CAGATGCCTATATATACAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCAGTAC-T---TGGATGAATACAtatgc
gi|20 : agtttacaatcgtgttgatagactgacatgacatTTA----CA-GGGTGG---T-T--AAGCGA-TCTGTA---------------A--G------A-------------------AG-C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGATGGCGCTCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGCTG-CGCAGTAT-T---TGGATGAATACAGG
gi|21 : AT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGAT--------------------------------CATA-ATT-TATTGCCAAAGGTGAAAT-A--------------CA---------ACA-A---------------------AAACAA------------CC-Atatgcttta
gi|23 : -----------T-------------T---T-GA-CAGATGCTACTGTAT-AAAAACGAAAA--TTGCCATGGTTA-CACTGTAT-T---TTGATGGAatcaaattacataatacatgctgtta
gi|24 : aactaATA---------------------AAG---------------AT-ACCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTC
gi|3 : ctgttgagct--A-CT----------------TTCTG--TT------AGTT-G-TTT-CATTTATAT------A-ATTTATATTT-ATTAAATTCA-GG-ACG---TGA--AAGTGG-ACTTTAC-----GGC---C--ATTG------A-------------------GA-CATCACACT---T-------------T---T-GAACAGATACTACTGTATTCAGAGGTAAGA--TTACCATGGTTA-TAAGACAT-T---TGGATGAATAAAGtt
gi|4 : tttaaaaagaacatatggtattaaataaaatgtcgtataaaGACATCTAAATCTAAACCAATCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTTACTAAT--ATT-TT-TAGC--ATTT----TAAACAAA-TCATTATGCTTCAAT-ATCACTGCAATAACCACACAATATTTAATATACAT--------------------GTAAACTGCATAA-------AGAGAT------------CA----TAA-----------CTTACATTGTAATACCG----TAAAATGA--------------AA---------ACAGA---------------------AAAtatgttagacaaatcgtgttgatgtaatgaattccatataaaataaatcaacaaatcttccgccagtacagacgctttcatcaataatagtatgtactaacaaacattatcaaacatttttactcaaattacaatgatcatattgcattgtgtgagcatatcgaccgatatacagatgaatatcctcaatgaatatttcatatatttgaaaagtagaattgaatattgatcgatagtgttaatatacataagt
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctggattatccgttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataacgccaccactgccatagtttacaatcatgttgattaactgacattacat--TT--C---ATTT-A-CATA-ATTTACAT------TTA------TTAAATTT----TG-GA-CGT---A-A--AAGTGG-ACTTCAC-----GGC---C--ATTG------A-------------------GA-CATCACTTTT--T-------------T---TAGA-CAGATGCTGCTGTATTCAGGGGGAAGA--TTACAATCGTTA-TAAGACAT-T---TGGATGAATAAAGatatgttaataaaaataatatacaataaattatgtta
gi|6 : agatgtcgtataaaactttctgtatgtggtGGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATATTT-CAGC--ATTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT------CAT--------------------TTAAACTGCATAG-------AGAGAT------------CA----TAA-----------CTTGCATTGTATTGCCA----TAAAAC-A--------------A------------ATA---------------------CAACAA------------Atatgtttgacaaatcttgctgatgtaatgaaattccacataaattaaatcacccaatctttcgccagtacaaacgctttcatcaataatattatgtacaaacaagaattatccaacatttttactcaaattacaatgaccaactgttatacagttatttcattgtgtgaggaaatcgaccgacatacagatgaatatcctaaataaatagttcataaatttgaaaagaataattgaatattcatcgatatcgttaatatacattaag
gi|7 : accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactgacataacatGACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATA-TT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT------AAT--------------------ATAAACTGCAGTG-------AGAGAG------------TA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCN----NNNNNN-N--------------NN---------NNNNN---------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNAC-AGCGCCACGTATAAAAACTGC------TGTATTTTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--G-TC----------------TTACG--TT--C---ATTT-GGCTCACATGTAAAT------GTACCTGTCATTCATTC----CA-GG-TGG---T-A--AAGTTG-CCCATAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CTGAAGTTGCTGTATACAGAACAAATA--TTACCATGGTAA-CGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGGttatattaataaaaaaatatacaataaatgatgtta
gi|8 : actgacgttcaatGACAACTAAACTAAAACCAACCAATCATTCATCAAATACAAAATATTTCT----AT--ATA-TT-CACCA-ATTTAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACCACGCAGTGTTT------CAT--------------------ATAAAATGCATTG-------AGAGAG------------CA----TAA-----------CATA-ACT-AATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAGACTGC------TGT-TATTTTGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--G-TT----------------TTATA--TT--C---ATTTGG-CTTACATGTACAT------GTACCTGTCATTCATTC----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCCATAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGAAGTTGCTGTATCCAGAACGAACA--TTACCATGG-TACCGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGGtatcttga
gi|9 : GACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATA-TT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT------AAT--------------------ATAAACTGCAGTG-------AGAGAG------------TA----TAA-----------CATA-ACT-TA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTACAGGGTGGTTAAGGCGCCTTAAGACCAAAGCGACACCAAACTGTTTGGGTAAACCCTGCTGTGTGGAGAATGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 111 3333 1 1 111111 33333333333333333333 1111111 222222222222222222222222222222222 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 3333333333333333 111111 111 1111111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 1 0 0 3 2 0000 33 55 5 1 888 1111 0 9 1 444444 66666666666666666666 3333333 888888888888888888888888888888888 1 8 3 6 1 9999 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666 2 1 888888 3 4444 44 44 3 2222222222222222 6 77 555555 222 3333333 7777777 1 11 66666 4 99 444 2 33 1 2 1 888888 5555 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 2 2 0 3 0 33 1 2 0 2 2 444
lowQualScore : . . . . . .... .. .. . . ... .... . . . ...... .................... ....... ................................. . . . . . .... ...................................................... ............ . . ...... . .... .. .. . ................ . .. ...... ... ....... ....... . .. ..... . .. ... . .. . . . ...... .... .. .......................................................... ... . . . . . .. . . . . . ...
lowQualScore : 0 5 8 6 8 6666 88 44 0 0 444 0000 0 0 0 444444 11111111111111111111 0000000 777777777777777777777777777777777 1 0 9 0 1 4444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333 9 5 888888 1 8888 66 22 1 3333333333333333 0 99 777777 999 3333333 3333333 9 22 00000 7 88 111 4 22 2 4 0 666666 2222 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 4 4 9 6 8 22 0 4 5 9 4 111
consensus : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CAT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGAN------------CA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TTACG--TT--C---ATTT-G-CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTN----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
Reference ( family-676 ) : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CAT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGAN------------CA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TTACG--TT--C---ATTT-G-CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTN----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
gi|1 : GGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATA-TTTCAGCA--TTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT------CATTTAAACTGCATAGAGAGATCATAACTTGCATTGTATTGCCATAAAA------------CAAATACAA-----------CA-A-ATTATATTA--A----TAAAA-----------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTATATTATAAACAA------------AC-AGCGTAGTGTATTTAAACTGC------TGT-TATTTCCAT-TATTTTCC--AAGTTCT--AGTTTCGATTACAATTTCGATTACA--TT--T---ATGT-GTCTTACATGTACAC------GTACCTATCCGTCTTTC----CA-GGATGG---T-A--AAGTGG-CTTGTACAGTCTGATAGAC--A--GATGC--A-------------------GA-T-----------TCGTCAGA------T---T-GG-TAGATGCCGCTGTATACAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CTCAGTAC-T---TGGATGAATGC
gi|10 : gactgacataacatCATTCGTCAAATACAAACAATTCCT----AT--ATA-TT-CACCA-ATTCAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACTACAGAGTATTT------CAT--------------------TTAAACTGCATTG-------AGAGAG------------CA----TAC-----------CATA-TCT-TATTACCA----TAAAAC-AAAAAACAAAAACAAAA---------ACATG---------------------AAACAC------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTGC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--TAATTCT--G-TA----------------TTATG--TT--C---ATCTGG-CTTACATGTACAT------GTACCTGTCATTCATTC----AA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCCATAC-----GGC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------G-------------T---T-GA-CAGAAGTTGCTGTATCCAGAACAAATA--TTACCATCGTAA-CGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGG
gi|11 : AA------------AT-ACTGTCACGTATTAAAACTACAGTTACTAT-TATTTTGAT-TGTTTTCC--AAGTTCT--A-TT----------------TAAGG--TT--------TT-A-AT-A-ATTTA-AT------ATACCTTT-TTTCAAAA----CA-GGACAA---T-A--ACATTG-CCTTTAA-----GAC---C--A--G------AGAGACACCA----------AA-C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGGTGCTGCTGTATCCAGTACGAATA--TT-CTATGGCTA-CGCGGTAT-G---CGGATGAATACAGGtatcttt
gi|12 : cgtattaaacaacaaaacaaaatatacaatacataatgtcaagttatagaATTG-------TGAAAA------------TA----GAA-----------CAAA-A-------ACAA----CAAAAC-A--------------AATTATACATTACATA---------------------ATATAA------------A-----GTTACGTGTTAATACTAC------TAT-TATTTTGTT-TGTTTTCC--AAATTCT--A--T----------------TCACGGTTT--C---ATTT-A-TTTA---GTA---------ATACCTTTC-TACATTA----CAGGG-TGG---T-T--AAGTTG-CCTTTAA-----GAC---C--A--G------A-------------------AAGCCGTCAAACTG-T-------------T---T-AA-CAGA------TGTATCCCAAACGAATA--TTACCATGACTA-CACGGTAT-G---TGGATGAAt
gi|13 : gatcataacgtattatcaTA---------------------AAATAAT-----------ACCAGC---ACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TTTTTTTATAAAATTCT--A-TT----------------TT-CG--TTGGC---ATTT-G-TTCA-------AT------ATACCTTTCTTTTATAA----CA-GG---GCTTT-T--AAGTTG-CCTTTAA-----AAC---C--A--G------A-------------------GA-TACATCAGACTGT-------------T---T-AA-CAGATGCTTCTGTATCAAAAACGAAAA--TTGGCAAGATTA-CACTGTATATTGATGGATCAATAAAGG
gi|14 : tatacaatgttaatttgAACAA------------AC-AGCGTTATGTCTTAAAACTAC------TGT-TATTTCCAT-TGTTTTTC--AAATTTTAAA-TTGA--------------TTACA--TT--T---ATGT-GTCTTACATGTACATGTACAAGTACCTATCCGTCATTT----CA-GGATGG---T-A--AAGTAG-CTTCCAC-----AAT---C--A--GATAGACA-------------------GA-C-----------TCAGATTTGTCAGAT---T-GG-TAGATGTCGCTGTATACAGAACGAATA--TTAGTATGGCTT-CTCAGTAC-T---TGGATGAACACAGGtgtgctt
gi|15 : TA---------------------AAAAAA------------AT-ACCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--CAATTCT--A-TT----------------TT-CG--TTGGT---ATTT-G-TTTA-ATA-------------ACCTTTCTTTTATTA----CA-GG--GC---T-ATTAAGTTG-CCTTTAA-----AAC---CAGA--G------A-------------------AA-CATCAAACTA--T-------------T---T-GA-CAGATGCTACTGTAT-AAAAACGAAAA--TTGCCATGGTTA-CACTGTAT-T---TTGATGGATtatt
gi|16 : taaagttaagttgA---------------------AAACAA-------------C---CGCCACGTATTAAAGCTAC------CGT-TATTT----------------AATTCT--A-TT----------------TTCGG--TT--TGAAATTC-A-TTTATTTG---AT------ATACATTTCTTACATTA----CA-GGGTGA---T-T--AGGTTGTCCTG--------GAC---C--ATAG------A-------------------GA-CATCAAA-----T-------------TGTGT-GA-CAGATGCTGCTGTATCCCGAACGAATAATTTA--ATGGCTT-CACGGTAT-G---TGcaatagaggggcgcttt
gi|17 : ttaAA------------AT-ACCGCCACGTAT-AAAAGTAC------TGT-TATTTCGTA-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TT-CGGCCT--C---ATCT-A-TTTA-------AT------ATACCTTTTTTTCATTA----CAGGG-CAA---T-A--CAGTTG-CCTTTAA-----GAT---T--A--G------A-------------------AA-a
gi|18 : aaAT------GTAGCTGTATTTCATTC----CA-GGGTGG---T-A--TAGTGA-CCTGTAT-----GA-------A--G------C-------------------T--C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGGCACTCTATCCAGAACGACAA--TTACTATGGCTG-CACAGTAT-T---TGGATGAATACAGGgacgtcaaactgtaattatggacttcactgaaaatgataa
gi|19 : T------GTAGCTGTGTTACGTTA----CA-GGGTGG---T-A--AAATGA-TCTGTAC-----AA-------------------------------------AG-C-----------TGT-----------T---T-GA-CAGATGGCGCTCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGGTA-CGCAGTAT-T---TGGATGAATACAGGtatgc
gi|2 : GACATCTAAATCAAAACCAACCAACTATTCTT---------ACTA---------AT--AT--TT-TAGCG--TTT----TAAACAGA-TCATTATGCTTCAGT-ATCACTGCATTAACCACATCGTATTT------CAT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGATTATAACTTATACCA----TAAAACAAAAACAACAAA-AATATATTA--A----TAAAA--A--------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTAAGTTATAAACAA------------AC-AGCGTAACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTC--CATTTTTTTT--ATGTTCT--A-TTTTCGA-----------TTACA--TG--T---ATGT-GTCTTGCATGTACAA------ATACCTACCTGTCATTT----CA-GGATGA---T-A--AAGCGG-CTTGTAC-----AAT---C--A--G------ATAGAAAGACGCAGATTTGTAA-G-----------A-------------T---T-GG-CAGATGCCTATATATACAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCAGTAC-T---TGGATGAATACAtatgc
gi|20 : agtttacaatcgtgttgatagactgacatgacatTTA----CA-GGGTGG---T-T--AAGCGA-TCTGTA---------------A--G------A-------------------AG-C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGATGGCGCTCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGCTG-CGCAGTAT-T---TGGATGAATACAGG
gi|21 : AT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGAT--------------------------------CATA-ATT-TATTGCCAAAGGTGAAAT-A--------------CA---------ACA-A---------------------AAACAA------------CC-Atatgcttta
gi|23 : -----------T-------------T---T-GA-CAGATGCTACTGTAT-AAAAACGAAAA--TTGCCATGGTTA-CACTGTAT-T---TTGATGGAatcaaattacataatacatgctgtta
gi|24 : aactaATA---------------------AAG---------------AT-ACCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTC
gi|3 : ctgttgagct--A-CT----------------TTCTG--TT------AGTT-G-TTT-CATTTATAT------A-ATTTATATTT-ATTAAATTCA-GG-ACG---TGA--AAGTGG-ACTTTAC-----GGC---C--ATTG------A-------------------GA-CATCACACT---T-------------T---T-GAACAGATACTACTGTATTCAGAGGTAAGA--TTACCATGGTTA-TAAGACAT-T---TGGATGAATAAAGtt
gi|4 : tttaaaaagaacatatggtattaaataaaatgtcgtataaaGACATCTAAATCTAAACCAATCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTTACTAAT--ATT-TT-TAGC--ATTT----TAAACAAA-TCATTATGCTTCAAT-ATCACTGCAATAACCACACAATATTTAATATACAT--------------------GTAAACTGCATAA-------AGAGAT------------CA----TAA-----------CTTACATTGTAATACCG----TAAAATGA--------------AA---------ACAGA---------------------AAAtatgttagacaaatcgtgttgatgtaatgaattccatataaaataaatcaacaaatcttccgccagtacagacgctttcatcaataatagtatgtactaacaaacattatcaaacatttttactcaaattacaatgatcatattgcattgtgtgagcatatcgaccgatatacagatgaatatcctcaatgaatatttcatatatttgaaaagtagaattgaatattgatcgatagtgttaatatacataagt
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctggattatccgttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataacgccaccactgccatagtttacaatcatgttgattaactgacattacat--TT--C---ATTT-A-CATA-ATTTACAT------TTA------TTAAATTT----TG-GA-CGT---A-A--AAGTGG-ACTTCAC-----GGC---C--ATTG------A-------------------GA-CATCACTTTT--T-------------T---TAGA-CAGATGCTGCTGTATTCAGGGGGAAGA--TTACAATCGTTA-TAAGACAT-T---TGGATGAATAAAGatatgttaataaaaataatatacaataaattatgtta
gi|6 : agatgtcgtataaaactttctgtatgtggtGGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATATTT-CAGC--ATTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT------CAT--------------------TTAAACTGCATAG-------AGAGAT------------CA----TAA-----------CTTGCATTGTATTGCCA----TAAAAC-A--------------A------------ATA---------------------CAACAA------------Atatgtttgacaaatcttgctgatgtaatgaaattccacataaattaaatcacccaatctttcgccagtacaaacgctttcatcaataatattatgtacaaacaagaattatccaacatttttactcaaattacaatgaccaactgttatacagttatttcattgtgtgaggaaatcgaccgacatacagatgaatatcctaaataaatagttcataaatttgaaaagaataattgaatattcatcgatatcgttaatatacattaag
gi|7 : accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactgacataacatGACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATA-TT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT------AAT--------------------ATAAACTGCAGTG-------AGAGAG------------TA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCN----NNNNNN-N--------------NN---------NNNNN---------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNAC-AGCGCCACGTATAAAAACTGC------TGTATTTTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--G-TC----------------TTACG--TT--C---ATTT-GGCTCACATGTAAAT------GTACCTGTCATTCATTC----CA-GG-TGG---T-A--AAGTTG-CCCATAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CTGAAGTTGCTGTATACAGAACAAATA--TTACCATGGTAA-CGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGGttatattaataaaaaaatatacaataaatgatgtta
gi|8 : actgacgttcaatGACAACTAAACTAAAACCAACCAATCATTCATCAAATACAAAATATTTCT----AT--ATA-TT-CACCA-ATTTAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACCACGCAGTGTTT------CAT--------------------ATAAAATGCATTG-------AGAGAG------------CA----TAA-----------CATA-ACT-AATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAGACTGC------TGT-TATTTTGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--G-TT----------------TTATA--TT--C---ATTTGG-CTTACATGTACAT------GTACCTGTCATTCATTC----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCCATAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGAAGTTGCTGTATCCAGAACGAACA--TTACCATGG-TACCGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGGtatcttga
gi|9 : GACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATA-TT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT------AAT--------------------ATAAACTGCAGTG-------AGAGAG------------TA----TAA-----------CATA-ACT-TA
blockSeqs : T T C ACTA TA AT . C ATA AAAC A T T AATATA . . TTATAACTTATACCATAAAACAAAAACAA T C C A C AAGG AAAATATACAATAAATGATGTTAAGTTAT NNNNNNNNNNNN C G AGTTAC A GTC TA AA . TTCGA A GT TGAA GG CATGTAC GTACAAG G CA AAATT G AC CTT G TT G T A C C AG GATAGACAGACTCAGATTTGTCAGA GTG A A C AT T C A A TGA
blockSeqs : T T T . . A . G ATA AAAC A C T . . . GCATAC A C A G C . CAAAAAACAAAAACAAAAACATG T . C . . GAT . . . GA A GC GGC GT CATGTAC G T CT C G AT . . . T . T A C . GATAGAAAGACGCAGATTTGTAAGA . . . C . C . G . .
blockSeqs : T T T . . T . G AA AAC . T T . . . ATAGAA A . T G C . CAAATTATACATTACATA . . G . . GTT . . . . A . GGT GT CATGTAC A T CC A . GT . . . T . T A C . GAGAGACACCAAACTGT . . . C . C . G . .
blockSeqs : A A G . . A . G AA AAC . C A . . . TCATAA T . T . C . TGAAAACAGA . . G . . GTC . . . . A . C GG CATTTAT A T CT A . GT . . . T . T A C . GAAAGCCGTCAAACTGT . . . C . T . T . .
blockSeqs : A T C . . A . C G . . . G . . . TCATAA T . T . C . NNNNNNNNN . . C . . CAT . . . . C . C GG CATGTAA A A CT A . GT . . . A . C C T . GAGATACATCAGACTGT . . . A . C . A . .
blockSeqs : A A G . . A . C A . . . T . . . GTATAA T . C . C . CAAAACATA . . C . . GTC . . . . A . T A CATGTAC A T TT T . AT . . . T . T A C . TTGAGACATCACTTTTT . . . C . T . T . .
blockSeqs : . . . . . . C A . . . G . . . GCATAA T . C . C . TACAACAA . . G . . GTA . . . . C . C A ATTTAC A T AT A . GT . . . T . G A C . TTGAGACATCACACTT . . . C . C . G . .
blockSeqs : . . GTATAA T . C . . . CAAATA . . C . . GTC . . . . A . T G ATTTA G T GT A . T . . . T . T T T . GAAACATCAAACTAT . . . C . C . A . .
blockSeqs : . T T . . . . . G . . GTC . . . . A . C G TTTG G G CT A . T . . . G . G C T . TAGAGACATCAAAT . . . A . G . A . .
blockSeqs : . . G . . CA . . . . . . C A GTA A G AT C . C . . . G . G C C . GAAGCTGT . . . C . C . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C A ATA A A CA A . A . . . G . G C C . GAAACG . . . T . C . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . T A CA T . C . . . G . G C C . AGCTGT . . . T . T . T . .
blockSeqs : . . . . A . G G T A . T . . . G . T C C . GAAACT . . . A . T . G . .
blockSeqs : . G G C T . T . . . G . T C . . GAAACT . . . C . T . G . .
blockSeqs : . . T C . . . . . T . A . . . GCTCT . . . . . T . A . .
blockSeqs : C . . . . . G . A . . . . . . . . . . A . .
blockSeqCons : ** ******************** ******* GCATAA*************************** **************** A** C***** C***
originalCons : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CAT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGAN------------CA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TTACG--TT--C---ATTT-G-CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTN----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
finalCons : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT------CAT--------------------ATAAACTGCATTG-------AGAGAGCATAA---------------------------CATA-ACT-TATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----------------TTACG--TT--C---ATTTA--CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTN----CA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTACAGGGTGGTTAAGGCGCCTTAAGACCAAAGCGACACCAAACTGTTTGGGTAAACCCTGCTGTGTGGAGAATGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11 111 3333 1 1 33333333333 111111111 1111111 2222222222222222222222222222222222 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 1111 111111 22222222222 2222222 1111111 11 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 1 0 0 3 2 0000 33 55 5 1 888 1111 0 9 1 88888888888 777777777 3333333 2222222222222222222222222222222222 1 8 3 6 1 9999 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666 2 1 888888 3 4444 44 44 3 1111 444444 22222222222 3333333 6666666 7777777 2 22 1 4 99 444 2 33 1 2 1 888888 5555 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 2 2 0 3 0 33 1 2 0 2 2 444
lowQualScore : . . . . . .... .. .. . . ... .... . . . ........... ......... ....... .................................. . . . . . .... ...................................................... ............ . . ...... . .... .. .. . .... ...... ........... ....... ....... ....... . .. . . .. ... . .. . . . ...... .... .. .......................................................... ... . . . . . .. . . . . . ...
lowQualScore : 0 5 8 6 8 6666 88 44 0 0 444 0000 0 0 0 11111111111 888888888 0000000 0000000000000000000000000000000000 1 0 9 0 1 4444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333333 9 5 888888 1 8888 66 66 3 7777 222222 00000000000 1111111 9999999 9999999 8 77 0 7 88 111 4 22 2 4 0 666666 2222 22 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 4 4 9 6 8 22 0 4 5 9 4 111
consensus : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT-----------CATA---------TAAACTGCATTG-------AGAG------------AGCA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----TTAC-G--TT-------C---ATTT-G-----CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTNCA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
Reference ( family-676 ) : GACANCTAAACCAAAACCAACCAATCATTCGTCAAATACAAACTATTCNT----AT--ATA-TT-CANCA-ATTTAA-CTAAACAAA-TCACTATGCTTCAATCATCACTGCATTAACCACACAGTANTT-----------CATA---------TAAACTGCATTG-------AGAG------------AGCA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----TTAC-G--TT-------C---ATTT-A-----CTTACATGTACAT------GTACCTNTCTTTCATTNCA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCTNTAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGCCGCTGTATCCAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCGGTAT-T---TGGATGAATACAGG
gi|1 : GGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATA-TTTCAGCA--TTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATTCATTTAAACTGCATAGAGAGATCATAACTTGCATTGTATTGCCATAA------------AACAAATACAA-----------CA-A-ATTATATTA--A----TAAAA-----------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTATATTATAAACAA------------AC-AGCGTAGTGTATTTAAACTGC------TGT-TATTTCCAT-TATTTTCC--AAGTTCT--AGTTTCGATTACAA--TTTCGATTAC---ATTT-ATGTGTCTTACATGTACAC------GTACCTATCCGTCTTTCCA-GGATGG---T-A--AAGTGG-CTTGTACAGTCTGATAGAC--A--GATGC--A-------------------GA-T-----------TCGTCAGA------T---T-GG-TAGATGCCGCTGTATACAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CTCAGTAC-T---TGGATGAATGC
gi|10 : gactgacataacatCATTCGTCAAATACAAACAATTCCT----AT--ATA-TT-CACCA-ATTCAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACTACAGAGTATTT-----------CATT---------TAAACTGCATTG-------AGAG------------AGCA----TAC-----------CATA-TCT-TATTACCA----TAAAAC-AAAAAACAAAAACAAAA---------ACATG---------------------AAACAC------------AC-AGCGCCACGTATTAAAACTGC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--TAATTCT--G-TA----TTAT-G--TT-------C---ATCTGG-----CTTACATGTACAT------GTACCTGTCATTCATTCAA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCCATAC-----GGC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------G-------------T---T-GA-CAGAAGTTGCTGTATCCAGAACAAATA--TTACCATCGTAA-CGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGG
gi|11 : AA------------AT-ACTGTCACGTATTAAAACTACAGTTACTAT-TATTTTGAT-TGTTTTCC--AAGTTCT--A-TT----TAAG-G--TT-------------TT-A-----AT-A-ATTTA-AT------ATACCTTT-TTTCAAAACA-GGACAA---T-A--ACATTG-CCTTTAA-----GAC---C--A--G------AGAGACACCA----------AA-C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGGTGCTGCTGTATCCAGTACGAATA--TT-CTATGGCTA-CGCGGTAT-G---CGGATGAATACAGGtatcttt
gi|12 : cgtattaaacaacaaaacaaaatatacaatacataatgtcaagttatagaATTG-------TGAA------------AATA----GAA-----------CAAA-A-------ACAA----CAAAAC-A--------------AATTATACATTACATA---------------------ATATAA------------A-----GTTACGTGTTAATACTAC------TAT-TATTTTGTT-TGTTTTCC--AAATTCT--A--T----TCAC-GGTTT-------C---ATTT-A-----TTTA---GTA---------ATACCTTTC-TACATTACAGGG-TGG---T-T--AAGTTG-CCTTTAA-----GAC---C--A--G------A-------------------AAGCCGTCAAACTG-T-------------T---T-AA-CAGA------TGTATCCCAAACGAATA--TTACCATGACTA-CACGGTAT-G---TGGATGAAt
gi|13 : gatcataacgtattatcaTA---------------------AAATAAT-----------ACCAGC---ACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TTTTTTTATAAAATTCT--A-TT----TT-C-G--TTGG-----C---ATTT-G-----TTCA-------AT------ATACCTTTCTTTTATAACA-GG---GCTTT-T--AAGTTG-CCTTTAA-----AAC---C--A--G------A-------------------GA-TACATCAGACTGT-------------T---T-AA-CAGATGCTTCTGTATCAAAAACGAAAA--TTGGCAAGATTA-CACTGTATATTGATGGATCAATAAAGG
gi|14 : tatacaatgttaatttgAACAA------------AC-AGCGTTATGTCTTAAAACTAC------TGT-TATTTCCAT-TGTTTTTC--AAATTTTAAA-TTGA--TTAC-A--TT-------T---ATGT-GT----CTTACATGTACATGTACAAGTACCTATCCGTCATTTCA-GGATGG---T-A--AAGTAG-CTTCCAC-----AAT---C--A--GATAGACA-------------------GA-C-----------TCAGATTTGTCAGAT---T-GG-TAGATGTCGCTGTATACAGAACGAATA--TTAGTATGGCTT-CTCAGTAC-T---TGGATGAACACAGGtgtgctt
gi|15 : TA---------------------AAAAAA------------AT-ACCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTCGTC-TGTTTTCC--CAATTCT--A-TT----TT-C-G--TTGG-----T---ATTT-G-----TTTA-ATA-------------ACCTTTCTTTTATTACA-GG--GC---T-ATTAAGTTG-CCTTTAA-----AAC---CAGA--G------A-------------------AA-CATCAAACTA--T-------------T---T-GA-CAGATGCTACTGTAT-AAAAACGAAAA--TTGCCATGGTTA-CACTGTAT-T---TTGATGGATtatt
gi|16 : taaagttaagttgA---------------------AAACAA-------------C---CGCCACGTATTAAAGCTAC------CGT-TATTT----------------AATTCT--A-TT----TTCG-G--TT-------TGAAATTC-A-----TTTATTTG---AT------ATACATTTCTTACATTACA-GGGTGA---T-T--AGGTTGTCCTG--------GAC---C--ATAG------A-------------------GA-CATCAAA-----T-------------TGTGT-GA-CAGATGCTGCTGTATCCCGAACGAATAATTTA--ATGGCTT-CACGGTAT-G---TGcaatagaggggcgcttt
gi|17 : ttaAA------------AT-ACCGCCACGTAT-AAAAGTAC------TGT-TATTTCGTA-TGTTTTCC--AAATTCT--A-TT----TT-C-GGCCT-------C---ATCT-A-----TTTA-------AT------ATACCTTTTTTTCATTACAGGG-CAA---T-A--CAGTTG-CCTTTAA-----GAT---T--A--G------A-------------------AA-a
gi|18 : aaAT------GTAGCTGTATTTCATTCCA-GGGTGG---T-A--TAGTGA-CCTGTAT-----GA-------A--G------C-------------------T--C-----------T-------------T---T-GA-CAGATGGCACTCTATCCAGAACGACAA--TTACTATGGCTG-CACAGTAT-T---TGGATGAATACAGGgacgtcaaactgtaattatggacttcactgaaaatgataa
gi|19 : T------GTAGCTGTGTTACGTTACA-GGGTGG---T-A--AAATGA-TCTGTAC-----AA-------------------------------------AG-C-----------TGT-----------T---T-GA-CAGATGGCGCTCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGGTA-CGCAGTAT-T---TGGATGAATACAGGtatgc
gi|2 : GACATCTAAATCAAAACCAACCAACTATTCTT---------ACTA---------AT--AT--TT-TAGCG--TTT----TAAACAGA-TCATTATGCTTCAGT-ATCACTGCATTAACCACATCGTATTT-----------CATA---------TAAACTGCATTG-------AGAGATTATAACTTATACCA----TAAAACAAAAACAACAAA-AATATATTA--A----TAAAA--A--------------AA---------ATATACAATAAATGATGTTAAGTTATAAACAA------------AC-AGCGTAACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTC--CATTTTTTTT--ATGTTCT--A-TT----TT-C-GA-TTA------C---ATGT-ATGTGTCTTGCATGTACAA------ATACCTACCTGTCATTTCA-GGATGA---T-A--AAGCGG-CTTGTAC-----AAT---C--A--G------ATAGAAAGACGCAGATTTGTAA-G-----------A-------------T---T-GG-CAGATGCCTATATATACAGAACGAATA--TTACCATGGCTA-CGCAGTAC-T---TGGATGAATACAtatgc
gi|20 : agtttacaatcgtgttgatagactgacatgacatTTACA-GGGTGG---T-T--AAGCGA-TCTGTA---------------A--G------A-------------------AG-C-----------TGT-----------T---T-GG-CAGATGGCGCTCTATCCAGAACGAATA--TTACTATAGCTG-CGCAGTAT-T---TGGATGAATACAGG
gi|21 : ATA---------TAAACTGCATTG-------AGAG---------------A----T-------------CATA-ATT-TATTGCCAAAGGTGAAAT-A--------------CA---------ACA-A---------------------AAACAA------------CC-Atatgcttta
gi|23 : -----------T-------------T---T-GA-CAGATGCTACTGTAT-AAAAACGAAAA--TTGCCATGGTTA-CACTGTAT-T---TTGATGGAatcaaattacataatacatgctgtta
gi|24 : aactaATA---------------------AAG---------------AT-ACCGCCACGTATTAAAACTAC------TGT-TATTTC
gi|3 : ctgttgagct--TT-------C---ATTT-A-----TATA-ATTTATAT------TTA-------TTAAATTCA-GG-ACG---TGA--AAGTGG-ACTTTAC-----GGC---C--ATTG------A-------------------GA-CATCACACT---T-------------T---T-GAACAGATACTACTGTATTCAGAGGTAAGA--TTACCATGGTTA-TAAGACAT-T---TGGATGAATAAAGtt
gi|4 : tttaaaaagaacatatggtattaaataaaatgtcgtataaaactttctgttagttgtGACATCTAAATCTAAACCAATCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTTACTAAT--ATT-TT-TAGC--ATTT----TAAACAAA-TCATTATGCTTCAAT-ATCACTGCAATAACCACACAATATTTAATATA-----CATG---------TAAACTGCATAA-------AGAG------------ATCA----TAA-----------CTTACATTGTAATACCG----TAAAATGA--------------AA---------ACAGA---------------------AAAtatgttagacaaatcgtgttgatgtaatgaattccatataaaataaatcaacaaatcttccgccagtacagacgctttcatcaataatagtatgtactaacaaacattatcaaacatttttactcaaattacaatgatcatattgcattgtgtgagcatatcgaccgatatacagatgaatatcctcaatgaatatttcatatatttgaaaagtagaattgaatattgatcgatagtgttaatatacataagt
gi|5 : nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctggattatccgttatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgataacgccaccactgccatagtttacaatcatgttgattaactgacattacat--TT-------C---ATTT-A-----CATA-ATTTACAT------TTA------TTAAATTTTG-GA-CGT---A-A--AAGTGG-ACTTCAC-----GGC---C--ATTG------A-------------------GA-CATCACTTTT--T-------------T---TAGA-CAGATGCTGCTGTATTCAGGGGGAAGA--TTACAATCGTTA-TAAGACAT-T---TGGATGAATAAAGatatgttaataaaaataatatacaataaattatgtta
gi|6 : agatgtcgtataaaactttctgtatgtggtGGCATCTAAATCAAACCCAACCAATTATTCGTCAAATACAAACTATTCTT----ACTAATATTT-CAGC--ATTT----TAAACAGA-CCATTATGCTTCAAT-ATTACTACATTAACCACACCGTAATT-----------CATT---------TAAACTGCATAG-------AGAG------------ATCA----TAA-----------CTTGCATTGTATTGCCA----TAAAAC-A--------------A------------ATA---------------------CAACAA------------Atatgtttgacaaatcttgctgatgtaatgaaattccacataaattaaatcacccaatctttcgccagtacaaacgctttcatcaataatattatgtacaaacaagaattatccaacatttttactcaaattacaatgaccaactgttatacagttatttcattgtgtgaggaaatcgaccgacatacagatgaatatcctaaataaatagttcataaatttgaaaagaataattgaatattcatcgatatcgttaatatacattaag
gi|7 : accnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagactgacataacatGACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATA-TT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT-----------AATA---------TAAACTGCAGTG-------AGAG------------AGTA----TAA-----------CATA-ACT-TATTACCN----NNNNNN-N--------------NN---------NNNNN---------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNAC-AGCGCCACGTATAAAAACTGC------TGTATTTTTCGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--G-TC----TTAC-G--TT-------C---ATTT-GG----CTCACATGTAAAT------GTACCTGTCATTCATTCCA-GG-TGG---T-A--AAGTTG-CCCATAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CTGAAGTTGCTGTATACAGAACAAATA--TTACCATGGTAA-CGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGGttatattaataaaaaaatatacaataaatgatgtta
gi|8 : actgacgttcaatGACAACTAAACTAAAACCAACCAATCATTCATCAAATACAAAATATTTCT----AT--ATA-TT-CACCA-ATTTAAACTAAACAAA-TCACTATACTTCAATTATCACTGCATTAACCACGCAGTGTTT-----------CATA---------TAAAATGCATTG-------AGAG------------AGCA----TAA-----------CATA-ACT-AATTACCA----TAAAAC-A--------------AA---------ACATA---------------------AAACAA------------AC-AGCGCCACGTATTAAGACTGC------TGT-TATTTTGTC-TGTTTTCC--AAATTCT--G-TT----TTAT-A--TT-------C---ATTTGG-----CTTACATGTACAT------GTACCTGTCATTCATTCCA-GG-TGG---T-A--AAGTGG-CCCATAC-----GAC---C--A--G------A-------------------AA-C-----------T-------------T---T-GA-CAGAAGTTGCTGTATCCAGAACGAACA--TTACCATGG-TACCGCAGTAT-T---TGGATGAACACAGGtatcttga
gi|9 : GACAACTAAACTAAAACCAACCTATCATTCGTCAATTACAAAAAAATCGT----AT--ATA-TT-CACCATATTTAA-CTAAACAAAATCACTATACTTTAATCATCACTGCATTAACCACACAGTAGTT-----------AATA---------TAAACTGCAGTG-------AGAG------------AGTA----TAA-----------CATA-ACT-TA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATTACAGGGTGGTTAAGGCGCCTTAAGACCAAAGCGACACCAAACTGTTTGGGTAAACCCTGCTGTGTGGAGAATGA