lowQualScore : 1 55 1 1 1 11111111 111111 222 2222 1
lowQualScore : 5 55 5 6 5 1 55555555 5 3 555 6666 6666 44 3 000000 888 8 3 8888888888 44 4444 66 8 5
lowQualScore : . .. . . . . ........ . . ... .... .... .. . ...... ... . . .......... .. .... .. . .
lowQualScore : 0 00 0 0 0 9 55555555 2 1 444 5555 5555 22 6 555555 444 2 6 2222222222 22 6666 11 1 6
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTGAAAGCATGGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAGAACAGAACAGAACAGAACATA-----AATTNTATTTGA-CTTA---TA----CA----TA--GT-ACATCGTCAT------ATA-CATAAAC-ATG---T-TA---ACAA--ATAC---AT--TTAGATCACGTGAC
Reference ( gi|1 ) : GTTATGTCGCTTTAATCACTTGTATTGAGGCATAGCACCACCATTGGAAAAAGAAGTGTTTCCATAATGGCGATTATAAATAATCATTGTATCTATTTCTTTAAAAATACATTTTTCATATTTTAATGCTCATTTTTTTTTTGAATGGCATTATTGGTGTATTTTGAA--CATGTTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAAGAGAACAGAAGAGAACAGA-----AATTTTATTTGA-CTTA---TA----CA----TA--GT-ACATCGTCAT------ATC-TATACAC-ATG---T-TA---ACAA--ATAT---AT--TTAGATCATGTCAC
gi|15 : ATGTTGAAAGCATGGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAA
gi|7 : ttttgaacAATAGAACAAAGCAGAACAGAATATA-----CATTGTATTAGA-CTTA---TG----CA----TACCGT-ATCTCGCCGA------ATCATATACACTATA---T------ACAA--AT
gi|4 : gtaaatcaaactttttgtagacgcAGAACAGAACAGAACATA-----AATTGTATTTGA-CTTA---TA----CA----TA--GT-ATATTGTCATTTAACAATCATATA-AT-ATA-----TA-----AA--ATACA--AC--TTA-ATCACGTGACgcaatgcaatttgtcatagacaagttcattctatcgaaaataat
gi|9 : AGAACAGAACAGAACAGA------------CTTGAATTTA---TA----CG----TA--GTTAC-TAGTTTT------ATA-CATACAC-ATA---T-AA---ACAA--ATAC---ACAATTAGTTAATGTCACctagatataaaatccagattattaaagaaaatgaaataaatatcagttatgtgttagagaggttcttacatgaaacatttgtaataaaacatgctaaattaacaacacattttctatcatcagacttaagtatatgtgtcgagcgacataaaca
gi|14 : AGAACAGAACAGAACATA-----AATTT-ATTTGA-CTTA---TA----CA----TA--atg
gi|6 : atgctttatgttttaatatAGAATATAATAGAACATA-----ACTTATATTTGA-CTTA---TA----CG----TA--AT-ATATCGTCTT------ATA--ACAAAC-ATAAATT-TA---AATACTATATACGAT--TTA-ATCACGTGAC
gi|5 : cAGAACAGAAGAT--CA--------ATTTTATTTGA-CTTA---TA----CA----TA--aaagatattgcaaatctaaagtaaaaaatagcctattaaagaggatgaaattaacgtca
gi|10 : tGAGCAGAAAAGAACATA-----AATTGTTTTTTA-CTTA---TA----CAATCTCA--GT-CCATTGTCAA------ATA-CGTAAAC-ATG---T-AA---ACAA--ATtaacaaatatttttttacaaaagacaatttaataacgtggcatagagattgaaatcttaaagtgaaaaccagactattaaagaggatgaaataaacatcacttacgtgttagagaatttctgacagataaagca
gi|12 : AACAGAATAGAACATA-----TATTTTATTTGA-ATTT---CA----CA----TT--AT-ACATTGTCAT------ATA-CGTACAT-ATG---T-AA---ACAA--ATAC---Ata
gi|11 : ACAGAACAGAACGCA-----ATCTCTCTTTGA-GTTGACTTA----CA----CA--GT-ACATCATCAT------ATA-TATAAAC-ATG---T-TA---ACGA--ATA
gi|3 : CAGAATAGAACAGACTATTAATTTTATTTGA-CTTA---TA----CA----TA--GT-ATATTGTCAT------ATA--ACAAAC-ATG---A-TATATACAA--A-ATTCAAT--TTA-ATCACATGAC
gi|8 : CAAAACAGAACATA-----AATTGTATTTAA-CTTA---TA----CA----TT--GT-ATTTCATCAT------ATA--ACAAAC-ATA---TATA---CCAA--ATAC---A-------ATCATGTGACatagatattgcaatttttgcaaagtaaaaaccaagctagcaaagaagatgaaataaacattcatttatgtgtatttagttttatagatacagatttttaataaaatgtgctaaaataacaatatttttttctgttataaatcagactagtaattctcaaaactaaacatttgagcatgactagagtaagaacttgttttactgtgtacagtgttaaa
gi|2 : -----AATTGTATTTGA-CTTA---TAAATACA----TA--GT-ATATCGTTAT------ATA--ACAAAC-ATA---T-AT---ACAA--ATACA--AT--TTA-ATCATGTGACatagatattgca
gi|13 : acctgATTTTATTTGA-CTTA---TA----CA----TA--GT-ACATCGTCAT------TAC-TATACAT-TTG---T-TA---ACAA--ATAA---AT--atagatattgcaattttaagaagtccgttttctcgaactatctacaaacaaaacaaaaacaccaagtctaatcttatttttagttttcattacagatatagaagtagtaacgttgtgcaggctaactcatgtattggtttgtttaattagtaaagctagtaattactcatctacacttggtttgtgttcagcatcatagtatctgtttcacatgtgccatacaagtgtttcaaa
gi|19 : tTG---T-TA---ACAA--ATAT---AT--CTAGATCATGTCAC
gi|18 : TG---T-TA---ACAA--ATAC---AT--TTAGATCATGTCACatgga
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAGACCGAGCTGAACTTGGATCCATGACCTTTGCTTTTTGC
Unaligned ( gi|17 ): AACGTCATGACAAATAGATAGTCCTCACTATTAGAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 11111111111111 1 1
lowQualScore : 2 88 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6666 555 6666 33 3 88888 3 1 33 555 11111111111111 2 3 55 5 0 1
lowQualScore : . .. . ............................................................................................................................ . .... ... .... .. . ..... . . .. ... .............. . . .. . . .
lowQualScore : 5 00 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 1111 000 1111 99 3 33333 5 2 99 000 11111111111111 9 3 55 0 7 1
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATNTTGAAAGCATGNTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAACAGAACAGAACAGAACATAAATTNTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATACACAAACA--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCACGTGAC
Reference ( family-6712 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGTTGAAAGCATGGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATAGAACAGAACAGAACAGAACATAAATTNTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATACATAAACA--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCACGTGAC
gi|1 : ATTTTGAA--CATGTTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAAGAGAACAGAAGAGAACAGAAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATCTATACACA--TG---T----TA---A----C-AAATAT-AT--TTAGATCATGTCAC
gi|10 : gttatgtcgctttaatcacttgtattgaggcatagcaccaccattggaaaaagaagtgtttccataatggcgattataaataatcattgtatctatttctttaaaaatacatttttcatattttaatgctcattttttttttgaatggcattattggtgtGAGCAGAAAAGAACATAAATTGTTTTTTACTT----A---TACAATCTCA--GT-CCATTG-----TCAAATACGTAAACA--TG---T----AA---A----C-AAAT
gi|11 : ACAGAACAGAACGCAATCTCTCTTTGAGTT----GACTTACA----CA--GT-ACATCA-----TCATATATATAAACA--TG---T----TA---A----C-GAATAta
gi|12 : AACAGAATAGAACATATATTTTATTTGAATT----T---CACA----TT--AT-ACATTG-----TCATATACGTACATA--TG---T----AA---A----C-AAATAC-A
gi|13 : ATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCAT-TAC-TATACATTTG---T----TA---A----C-AAATAA-AT--
gi|14 : tATAGAACAGAACAGAACATAAATT-TATTTGACTT----A---TACA----TA--
gi|15 : atgctttatgttttaatATGTTGAAAGCATGGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAA
gi|18 : ttttgaac--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCATGTCAC
gi|19 : t--TG---T----TA---A----C-AAATAT-AT--CTAGATCATGTCACgtgga
gi|2 : ACCTGAATTGTATTTGACTTATAAA---TACA----TA--GT-ATATCG-----TTATATA-ACAAACA--TA---T----AT---A----C-AAATACAAT--TTA-ATCATGTGACatgga
gi|3 : CAGAATAGAACAGACTATTAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ATATTG-----TCATATA-ACAAACA--TG---A----TATATA----CAAAATTCAAT--TTA-ATCACATGACatagatattgcaattttaagaagtccgttttctcgaactatctacaaacaaaacaaaaacaccaagtctaatcttatttttagttttcattacagatatagaagtagtaacgttgtgcaggctaactcatgtattggtttgtttaattagtaaagctagtaattactcatctacacttggtttgtgttcagcatcatagtatctgtttcacatgtgccatacaagtgtttcaaa
gi|4 : AGAACAGAACAGAACATAAATTGTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ATATTG-----TCATTTA-ACAATCA--TA---TAATATA---T----A-AAATACAAC--TTA-ATCACGTGACatagatattgcaatttttgcaaagtaaaaaccaagctagcaaagaagatgaaataaacattcatttatgtgtatttagttttatagatacagatttttaataaaatgtgctaaaataacaatatttttttctgttataaatcagactagtaattctcaaaactaaacatttgagcatgactagagtaagaacttgttttactgtgtacagtgttaaa
gi|5 : AGAACAGAAGATCAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--ctagatataaaatccagattattaaagaaaatgaaataaatatcagttatgtgttagagaggttcttacatgaaacatttgtaataaaacatgctaaattaacaacacattttctatcatcagacttaagtatatgtgtcgagcgacataaaca
gi|6 : tCAGAATATAATAGAACATAACTTATATTTGACTT----A---TACG----TA--AT-ATATCG-----TCTTATA-ACAAACA--TAAATT----TA---AATACT-ATATACGAT--TTA-ATCACGTGACtaacaaatatttttttacaaaagacaatttaataacgtggcatagagattgaaatcttaaagtgaaaaccagactattaaagaggatgaaataaacatcacttacgtgttagagaatttctgacagataaagca
gi|7 : AATAGAACAAAGCAGAACAGAATATACATTGTATTAGACTT----A---TGCA----TACCGT-ATCTCGCCGAATCATATACAC---TA--TA---T---------A----C-AAATGC-Aaaagatattgcaaatctaaagtaaaaaatagcctattaaagaggatgaaattaacgtca
gi|8 : gtaaatcaaactttttgtagacgcCAAAACAGAACATAAATTGTATTTAACTT----A---TACA----TT--GT-ATTTCA-----TCATATA-ACAAACA--TA---TA---TA---C----C-AAATAC-A-------ATCATGTGACatgcaatttgtcatagacaagttcattctatcgaaaataat
gi|9 : AGAACAGAACAGAACAGA-CTTGAATT----------T----A---TACG----TA--GTTAC-TAG-----TTTTATACATACACA--TA---T----AA---A----C-AAATAC-ACAATTAGTTAATGTCACatagatattgca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAGACCGAGCTGAACTTGGATCCATGACCTTTGCTTTTTGC
Unaligned ( gi|17 ): AACGTCATGACAAATAGATAGTCCTCACTATTAGAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11111111111111 1 1
lowQualScore : 1 88 1 6 6666 555 6666 33 3 88888 3 1 33 555 11111111111111 2 3 55 5 0 1
lowQualScore : . .. . . .... ... .... .. . ..... . . .. ... .............. . . .. . . .
lowQualScore : 0 00 0 6 1111 000 1111 99 3 33333 5 2 99 000 11111111111111 9 3 55 0 7 1
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATNTTGAAAGCATGNTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAACAGAACAGAACAGAACATAAATTNTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATACACAAACA--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCACGTGAC
Reference ( family-6712 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATNTTGAAAGCATGNTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAACAGAACAGAACAGAACATAAATTNTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATACACAAACA--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCACGTGAC
gi|1 : ATTTTGAA--CATGTTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAAGAGAACAGAAGAGAACAGAAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATCTATACACA--TG---T----TA---A----C-AAATAT-AT--TTAGATCATGTCAC
gi|10 : gttatgtcgctttaatcacttgtattgaggcatagcaccaccattggaaaaagaagtgtttccataatggcgattataaataatcattgtatctatttctttaaaaatacatttttcatattttaatgctcattttttttttgaatggcattattggtgtGAGCAGAAAAGAACATAAATTGTTTTTTACTT----A---TACAATCTCA--GT-CCATTG-----TCAAATACGTAAACA--TG---T----AA---A----C-AAAT
gi|11 : ACAGAACAGAACGCAATCTCTCTTTGAGTT----GACTTACA----CA--GT-ACATCA-----TCATATATATAAACA--TG---T----TA---A----C-GAATAta
gi|12 : AACAGAATAGAACATATATTTTATTTGAATT----T---CACA----TT--AT-ACATTG-----TCATATACGTACATA--TG---T----AA---A----C-AAATAC-A
gi|13 : ATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCAT-TAC-TATACATTTG---T----TA---A----C-AAATAA-AT--
gi|14 : tATAGAACAGAACAGAACATAAATT-TATTTGACTT----A---TACA----TA--
gi|15 : atgctttatgttttaatATGTTGAAAGCATGGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAA
gi|18 : ttttgaac--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCATGTCAC
gi|19 : t--TG---T----TA---A----C-AAATAT-AT--CTAGATCATGTCACgtgga
gi|2 : ACCTGAATTGTATTTGACTTATAAA---TACA----TA--GT-ATATCG-----TTATATA-ACAAACA--TA---T----AT---A----C-AAATACAAT--TTA-ATCATGTGACatgga
gi|3 : CAGAATAGAACAGACTATTAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ATATTG-----TCATATA-ACAAACA--TG---A----TATATA----CAAAATTCAAT--TTA-ATCACATGACatagatattgcaattttaagaagtccgttttctcgaactatctacaaacaaaacaaaaacaccaagtctaatcttatttttagttttcattacagatatagaagtagtaacgttgtgcaggctaactcatgtattggtttgtttaattagtaaagctagtaattactcatctacacttggtttgtgttcagcatcatagtatctgtttcacatgtgccatacaagtgtttcaaa
gi|4 : AGAACAGAACAGAACATAAATTGTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ATATTG-----TCATTTA-ACAATCA--TA---TAATATA---T----A-AAATACAAC--TTA-ATCACGTGACatagatattgcaatttttgcaaagtaaaaaccaagctagcaaagaagatgaaataaacattcatttatgtgtatttagttttatagatacagatttttaataaaatgtgctaaaataacaatatttttttctgttataaatcagactagtaattctcaaaactaaacatttgagcatgactagagtaagaacttgttttactgtgtacagtgttaaa
gi|5 : AGAACAGAAGATCAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--ctagatataaaatccagattattaaagaaaatgaaataaatatcagttatgtgttagagaggttcttacatgaaacatttgtaataaaacatgctaaattaacaacacattttctatcatcagacttaagtatatgtgtcgagcgacataaaca
gi|6 : tCAGAATATAATAGAACATAACTTATATTTGACTT----A---TACG----TA--AT-ATATCG-----TCTTATA-ACAAACA--TAAATT----TA---AATACT-ATATACGAT--TTA-ATCACGTGACtaacaaatatttttttacaaaagacaatttaataacgtggcatagagattgaaatcttaaagtgaaaaccagactattaaagaggatgaaataaacatcacttacgtgttagagaatttctgacagataaagca
gi|7 : AATAGAACAAAGCAGAACAGAATATACATTGTATTAGACTT----A---TGCA----TACCGT-ATCTCGCCGAATCATATACAC---TA--TA---T---------A----C-AAATGC-Aaaagatattgcaaatctaaagtaaaaaatagcctattaaagaggatgaaattaacgtca
gi|8 : gtaaatcaaactttttgtagacgcCAAAACAGAACATAAATTGTATTTAACTT----A---TACA----TT--GT-ATTTCA-----TCATATA-ACAAACA--TA---TA---TA---C----C-AAATAC-A-------ATCATGTGACatgcaatttgtcatagacaagttcattctatcgaaaataat
gi|9 : AGAACAGAACAGAACAGA-CTTGAATT----------T----A---TACG----TA--GTTAC-TAG-----TTTTATACATACACA--TA---T----AA---A----C-AAATAC-ACAATTAGTTAATGTCACatagatattgca
blockSeqs : G AG G G ATAA ACT ATCT CC T CCGAA C A TT AAT AATATAT A A AA G C
blockSeqs : C . . . . . . T A . . TAAATAC . A . G C
blockSeqs : T . . . . . . C C . . TATATA . A . G G
blockSeqs : T . . . . . . C T . . ATAC . G . . G
blockSeqs : G . . . . . . C A . . AAA . . . . G
blockSeqs : T . . . . . . C A . . TAA . . . . G
blockSeqs : G . . . . . . . A . . AAA . . . . G
blockSeqs : T . . . . . . . A . . TAA . . . . C
blockSeqs : A . . . . . . . A . . TAA . . .
blockSeqs : G . . . . . . . C . . TAA . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . ATA . .
blockSeqs : . . . . . . . AAA .
blockSeqs : . . . . . . . A .
blockSeqCons :
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATNTTGAAAGCATGNTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAACAGAACAGAACAGAACATAAATTNTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATACACAAACA--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCACGTGAC
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATNTTGAAAGCATGNTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAACAGAACAGAACAGAACATAAATTNTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATACACAAACA--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCACGTGAC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAGACCGAGCTGAACTTGGATCCATGACCTTTGCTTTTTGC
Unaligned ( gi|17 ): AACGTCATGACAAATAGATAGTCCTCACTATTAGAA
Alignments
lowQualScore : 11 1 11111111111111 1 1
lowQualScore : 1 88 1 6 6666 555 6666 33 3 88888 3 1 33 555 11111111111111 2 3 55 5 0 1
lowQualScore : . .. . . .... ... .... .. . ..... . . .. ... .............. . . .. . . .
lowQualScore : 0 00 0 6 1111 000 1111 99 3 33333 5 2 99 000 11111111111111 9 3 55 0 7 1
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATNTTGAAAGCATGNTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAACAGAACAGAACAGAACATAAATTNTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATACACAAACA--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCACGTGAC
Reference ( family-6712 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATNTTGAAAGCATGNTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAACAGAACAGAACAGAACATAAATTNTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATACACAAACA--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCACGTGAC
gi|1 : ATTTTGAA--CATGTTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAAAAAAATGATGCATGGAAATTGGGGTATGAATATATGATTGCAGAAGACTACTTTCACTTTGTCAACAGTGAGCAGAAAGAAAAAAAAAACTTATGACACATTAACCCTACTTTTCTTATCATAGAACAGAAGAGAACAGAAGAGAACAGAAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCATATCTATACACA--TG---T----TA---A----C-AAATAT-AT--TTAGATCATGTCAC
gi|10 : gttatgtcgctttaatcacttgtattgaggcatagcaccaccattggaaaaagaagtgtttccataatggcgattataaataatcattgtatctatttctttaaaaatacatttttcatattttaatgctcattttttttttgaatggcattattggtgtGAGCAGAAAAGAACATAAATTGTTTTTTACTT----A---TACAATCTCA--GT-CCATTG-----TCAAATACGTAAACA--TG---T----AA---A----C-AAAT
gi|11 : ACAGAACAGAACGCAATCTCTCTTTGAGTT----GACTTACA----CA--GT-ACATCA-----TCATATATATAAACA--TG---T----TA---A----C-GAATAta
gi|12 : AACAGAATAGAACATATATTTTATTTGAATT----T---CACA----TT--AT-ACATTG-----TCATATACGTACATA--TG---T----AA---A----C-AAATAC-A
gi|13 : ATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ACATCG-----TCAT-TAC-TATACATTTG---T----TA---A----C-AAATAA-AT--
gi|14 : tATAGAACAGAACAGAACATAAATT-TATTTGACTT----A---TACA----TA--
gi|15 : atgctttatgttttaatATGTTGAAAGCATGGTCATGTTTGAATTGTGAATTTAGAAA
gi|18 : ttttgaac--TG---T----TA---A----C-AAATAC-AT--TTAGATCATGTCAC
gi|19 : t--TG---T----TA---A----C-AAATAT-AT--CTAGATCATGTCACgtgga
gi|2 : ACCTGAATTGTATTTGACTTATAAA---TACA----TA--GT-ATATCG-----TTATATA-ACAAACA--TA---T----AT---A----C-AAATACAAT--TTA-ATCATGTGACatgga
gi|3 : CAGAATAGAACAGACTATTAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ATATTG-----TCATATA-ACAAACA--TG---A----TATATA----CAAAATTCAAT--TTA-ATCACATGACatagatattgcaattttaagaagtccgttttctcgaactatctacaaacaaaacaaaaacaccaagtctaatcttatttttagttttcattacagatatagaagtagtaacgttgtgcaggctaactcatgtattggtttgtttaattagtaaagctagtaattactcatctacacttggtttgtgttcagcatcatagtatctgtttcacatgtgccatacaagtgtttcaaa
gi|4 : AGAACAGAACAGAACATAAATTGTATTTGACTT----A---TACA----TA--GT-ATATTG-----TCATTTA-ACAATCA--TA---TAATATA---T----A-AAATACAAC--TTA-ATCACGTGACatagatattgcaatttttgcaaagtaaaaaccaagctagcaaagaagatgaaataaacattcatttatgtgtatttagttttatagatacagatttttaataaaatgtgctaaaataacaatatttttttctgttataaatcagactagtaattctcaaaactaaacatttgagcatgactagagtaagaacttgttttactgtgtacagtgttaaa
gi|5 : AGAACAGAAGATCAATTTTATTTGACTT----A---TACA----TA--ctagatataaaatccagattattaaagaaaatgaaataaatatcagttatgtgttagagaggttcttacatgaaacatttgtaataaaacatgctaaattaacaacacattttctatcatcagacttaagtatatgtgtcgagcgacataaaca
gi|6 : tCAGAATATAATAGAACATAACTTATATTTGACTT----A---TACG----TA--AT-ATATCG-----TCTTATA-ACAAACA--TAAATT----TA---AATACT-ATATACGAT--TTA-ATCACGTGACtaacaaatatttttttacaaaagacaatttaataacgtggcatagagattgaaatcttaaagtgaaaaccagactattaaagaggatgaaataaacatcacttacgtgttagagaatttctgacagataaagca
gi|7 : AATAGAACAAAGCAGAACAGAATATACATTGTATTAGACTT----A---TGCA----TACCGT-ATCTCGCCGAATCATATACAC---TA--TA---T---------A----C-AAATGC-Aaaagatattgcaaatctaaagtaaaaaatagcctattaaagaggatgaaattaacgtca
gi|8 : gtaaatcaaactttttgtagacgcCAAAACAGAACATAAATTGTATTTAACTT----A---TACA----TT--GT-ATTTCA-----TCATATA-ACAAACA--TA---TA---TA---C----C-AAATAC-A-------ATCATGTGACatgcaatttgtcatagacaagttcattctatcgaaaataat
gi|9 : AGAACAGAACAGAACAGA-CTTGAATT----------T----A---TACG----TA--GTTAC-TAG-----TTTTATACATACACA--TA---T----AA---A----C-AAATAC-ACAATTAGTTAATGTCACatagatattgca
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAGACCGAGCTGAACTTGGATCCATGACCTTTGCTTTTTGC
Unaligned ( gi|17 ): AACGTCATGACAAATAGATAGTCCTCACTATTAGAA