lowQualScore : 111
lowQualScore : 33 2 55555 666666 333 666666 888 22 22 3 777 4
lowQualScore : .. . ..... ...... ... ...... ... .. .. . ... .
lowQualScore : 22 4 99999 888888 888 111111 111 88 88 7 000 0
consensus : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTAT--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTACG------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATA---GATAATA
Reference ( gi|5 ) : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTAG--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTACA------A--TATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGCATA---GACAATA
gi|8 : GATGTTTAATGCTCAGTTTCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CACGGTACGGAAACG-----CATATAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTAG--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTACA------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGCATA---GA
gi|7 : GGTGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTAAT------AGAGTAG--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTACA------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGAATA---GAT
gi|4 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATAATATGGGAAAG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGATTAT--TTCTTTTTCCAAGTAAAGGGAAGTAACTACA------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATA---GATAATA
gi|1 : GATTTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTAT--TTCTTATTCTAAGTAAAGGTATGTAACTACG------A--CATAGAATATGCTA--AA--TAGTAATCATGAGTTATGAACACGTGTATAGATGACAATAc
gi|13 : aGATCTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGTATGGCAATG-----CATGTAATTATGGAGGCAAATTATA------AGAGTAT--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTACG------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACcaa
gi|14 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGTAAGTGA--TT-CATGGTATGGGAACG-----CATGCAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTAT--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAATAACTACT------A--CATAGAATATGCTA--AA--GTGTAATCGTGAGTTATGAACA
gi|18 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGACAAATTATA------AGAGTAT--TTCTTATTTTAAGTAAAGGGAAGTAACTACA------A--CATAGAATATGCTA--AA--GA
gi|16 : GATGCTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCCAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CAT-------------------------------GTA---TTCTTATTCTAAGTAAATGGAAGTAACTATG------A--CATAGAATATATTA--AA--GAGTAGTCATGAGTTATGAACACA-GTATA---GATGATAa
gi|6 : ATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTAT--TTCGTATTTTAAATAAAACGAAGTAACTACA------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATA---GATAATAatacaa
gi|12 : ATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGTATGGAAATG-----CATGTAATTATGGAGGCAAATTATT------AGAGCAT--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTACG------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATc
gi|3 : ATGTTTAATGCTTAGTATCAGAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGA-AAATTATA------AGAGT-GTTTTTTTATTATAAGTAAAGGGAAGTAACTACG------A--CATGGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTAATGAACACATGTATA---GATGATA
gi|15 : ATGTTTAATTCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGCATGGAAACG-----TATGTAATTATTGAAGCAAATTATA------AGAGTAT--TTATTTTTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTATA------A--CAGAAAATATGCTG--GA--GAGTAATCATGAGTTATGatac
gi|10 : ATGGTTAACTATCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CGTGGTATAGCAATG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTTT--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAA-TATG------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTACTCATG
gi|2 : cTGTTTATTTCTTGCTATCAAAGAAGCAAGTGA--AT-CATTACATGGAAACG-----TATGAAATTATAGCGGCAAATTACAAGTCTTAGAGTAT--TTCTTATTCTGCGCAAAGGACGTTAAATCTG------G--CATAGAACATGCTATTAAACGCGTAATCATGAGTTATGAACACATGtacagatgataatacaac
gi|11 : TGTTTAATTATTGGCATCACATCAACAAGCGA--TTTCGTGGTATGGAAACG-----CGGCCCATTAC----GC----TATA------AGAGTAT--GTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTATG------ATTTATAAAGTATGCTA--AG--GAGTAATCCAGAGTTATCAACACATGttaata
gi|17 : GCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTAG--TTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTACA------A--CATATAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAttgatg
gi|9 : AGCACGTAAGTTT-AATTGTATGGAAAGGAAGAGCATGTAATTATAGAGTCAAATTATA------AGAATAT--TTCTTACTCTAAATAAAAGGAAGTAACTACATGTATGA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAGCACATGTATA---GATGATA
gi|19 : TCTAAGTAAAGGGAAGTAACTACA------A--CATAGAATATACTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATACATA---GATAATAttacaa
gi|21 : AGTAACTATG------A--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTcaaca
gi|20 : AGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATA---GA
Alignments
lowQualScore : 1 33 2 55555 666666 2 555555 22 22 22
lowQualScore : . .. . ..... ...... . ...... .. .. ..
lowQualScore : 3 11 2 66666 444444 2 888888 88 66 66
consensus : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATGATA
Reference ( family-6580 ) : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATAATA
gi|1 : GATTTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGTATGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--TAGTAATCATGAGTTATGAACACGTGTATAGATGACA
gi|10 : aATGGTTAACTATCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CGTGGTATAGCAATG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTT-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAA-TAT------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTACTCATGatacaa
gi|11 : cTGTTTAATTATTGGCATCACATCAACAAGCGA--TTTCGTGGTATGGAAACG-----CGGCCCATTAC----GC----TATA------AGAGTA-TGTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAT------GATTTATAAAGTATGCTA--AG--GAGTAATCCAGAGTTATCAACACATGTtacagatgataatacaac
gi|12 : ATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGTATGGAAATG-----CATGTAATTATGGAGGCAAATTATT------AGAGCA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATtgatg
gi|13 : GATCTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGTATGGCAATG-----CATGTAATTATGGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACAC
gi|14 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGTAAGTGA--TT-CATGGTATGGGAACG-----CATGCAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAATAACTAC------TA--CATAGAATATGCTA--AA--GTGTAATCGTGAGTTATGAACA
gi|15 : ATGTTTAATTCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGCATGGAAACG-----TATGTAATTATTGAAGCAAATTATA------AGAGTA-TTTATTTTTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAT------AA--CAGAAAATATGCTG--GA--GAGTAATCATGAGTTATG
gi|16 : GATGCTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCCAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTA---------------------------------TTCTTATTCTAAGTAAATGGAAGTAACTAT------GA--CATAGAATATATTA--AA--GAGTAGTCATGAGTTATGAACACA-GTATAGATGATA
gi|17 : GCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATATAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAatacaa
gi|18 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGACAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTTTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GA
gi|19 : TCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATACTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATACATAGATAATAa
gi|2 : TGTTTATTTCTTGCTATCAAAGAAGCAAGTGA--AT-CATTACATGGAAACG-----TATGAAATTATAGCGGCAAATTACAAGTCTTAGAGTA-TTTCTTATTCTGCGCAAAGGACGTTAAATCT------GG--CATAGAACATGCTATTAAACGCGTAATCATGAGTTATGAACACATGTcaaca
gi|20 : AGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGAtaata
gi|21 : cAGTAACTAT------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGT
gi|3 : ATGTTTAATGCTTAGTATCAGAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGA-AAATTATA------AGAGTGTTTTTTTATTATAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATGGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTAATGAACACATGTATAGATGATA
gi|4 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATAATATGGGAAAG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGATTA-TTTCTTTTTCCAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATAATAatac
gi|5 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--TATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGCATAGACAATAc
gi|6 : ATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCGTATTTTAAATAAAACGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATAATA
gi|7 : GGTGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTAAT------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGAATAGATAc
gi|8 : GATGTTTAATGCTCAGTTTCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CACGGTACGGAAACG-----CATATAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGCATAGA
gi|9 : AGCACGTAAGTTT-AATTGTATGGAAAGGAAGAGCATGTAATTATAGAGTCAAATTATA------AGAATA-TTTCTTACTCTAAATAAAAGGAAGTAACTACATGTATGA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAGCACATGTATAGATGATA
Alignments
lowQualScore : 1 33 2 55555 666666 2 555555 22 22 22
lowQualScore : . .. . ..... ...... . ...... .. .. ..
lowQualScore : 3 11 2 66666 444444 2 888888 88 66 66
consensus : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATGATA
Reference ( family-6580 ) : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATGATA
gi|1 : GATTTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGTATGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--TAGTAATCATGAGTTATGAACACGTGTATAGATGACA
gi|10 : aATGGTTAACTATCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CGTGGTATAGCAATG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTT-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAA-TAT------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTACTCATGatacaa
gi|11 : cTGTTTAATTATTGGCATCACATCAACAAGCGA--TTTCGTGGTATGGAAACG-----CGGCCCATTAC----GC----TATA------AGAGTA-TGTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAT------GATTTATAAAGTATGCTA--AG--GAGTAATCCAGAGTTATCAACACATGTtacagatgataatacaac
gi|12 : ATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGTATGGAAATG-----CATGTAATTATGGAGGCAAATTATT------AGAGCA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATtgatg
gi|13 : GATCTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGTATGGCAATG-----CATGTAATTATGGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACAC
gi|14 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGTAAGTGA--TT-CATGGTATGGGAACG-----CATGCAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAATAACTAC------TA--CATAGAATATGCTA--AA--GTGTAATCGTGAGTTATGAACA
gi|15 : ATGTTTAATTCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGCATGGAAACG-----TATGTAATTATTGAAGCAAATTATA------AGAGTA-TTTATTTTTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAT------AA--CAGAAAATATGCTG--GA--GAGTAATCATGAGTTATG
gi|16 : GATGCTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCCAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTA---------------------------------TTCTTATTCTAAGTAAATGGAAGTAACTAT------GA--CATAGAATATATTA--AA--GAGTAGTCATGAGTTATGAACACA-GTATAGATGATA
gi|17 : GCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATATAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAatacaa
gi|18 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGACAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTTTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GA
gi|19 : TCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATACTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATACATAGATAATAa
gi|2 : TGTTTATTTCTTGCTATCAAAGAAGCAAGTGA--AT-CATTACATGGAAACG-----TATGAAATTATAGCGGCAAATTACAAGTCTTAGAGTA-TTTCTTATTCTGCGCAAAGGACGTTAAATCT------GG--CATAGAACATGCTATTAAACGCGTAATCATGAGTTATGAACACATGTcaaca
gi|20 : AGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGAtaata
gi|21 : cAGTAACTAT------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGT
gi|3 : ATGTTTAATGCTTAGTATCAGAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGA-AAATTATA------AGAGTGTTTTTTTATTATAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATGGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTAATGAACACATGTATAGATGATA
gi|4 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATAATATGGGAAAG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGATTA-TTTCTTTTTCCAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATAATAatac
gi|5 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--TATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGCATAGACAATAc
gi|6 : ATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCGTATTTTAAATAAAACGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATAATA
gi|7 : GGTGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTAAT------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGAATAGATc
gi|8 : GATGTTTAATGCTCAGTTTCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CACGGTACGGAAACG-----CATATAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGCATAGAa
gi|9 : AGCACGTAAGTTT-AATTGTATGGAAAGGAAGAGCATGTAATTATAGAGTCAAATTATA------AGAATA-TTTCTTACTCTAAATAAAAGGAAGTAACTACATGTATGA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAGCACATGTATAGATGATA
blockSeqs : G GT T AAGAG AGTCTT T ATGTAT TT TT AC
blockSeqs : G . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons :
originalCons : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATGATA
finalCons : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATGATA
Alignments
lowQualScore : 1 33 2 55555 666666 2 555555 22 22 22
lowQualScore : . .. . ..... ...... . ...... .. .. ..
lowQualScore : 3 11 2 66666 444444 2 888888 88 66 66
consensus : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATGATA
Reference ( family-6580 ) : GATGTTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATGATA
gi|1 : GATTTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGTATGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--TAGTAATCATGAGTTATGAACACGTGTATAGATGACA
gi|10 : aATGGTTAACTATCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CGTGGTATAGCAATG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTT-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAA-TAT------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTACTCATGatacaa
gi|11 : cTGTTTAATTATTGGCATCACATCAACAAGCGA--TTTCGTGGTATGGAAACG-----CGGCCCATTAC----GC----TATA------AGAGTA-TGTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAT------GATTTATAAAGTATGCTA--AG--GAGTAATCCAGAGTTATCAACACATGTtacagatgataatacaac
gi|12 : ATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGTATGGAAATG-----CATGTAATTATGGAGGCAAATTATT------AGAGCA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATtgatg
gi|13 : GATCTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGTATGGCAATG-----CATGTAATTATGGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACAC
gi|14 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGTAAGTGA--TT-CATGGTATGGGAACG-----CATGCAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAATAACTAC------TA--CATAGAATATGCTA--AA--GTGTAATCGTGAGTTATGAACA
gi|15 : ATGTTTAATTCTCGGTATCAAAGTAGCAAGTGA--AT-CATGGCATGGAAACG-----TATGTAATTATTGAAGCAAATTATA------AGAGTA-TTTATTTTTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAT------AA--CAGAAAATATGCTG--GA--GAGTAATCATGAGTTATG
gi|16 : GATGCTTAATGCTCGGTATCAAAGTAGCCAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTA---------------------------------TTCTTATTCTAAGTAAATGGAAGTAACTAT------GA--CATAGAATATATTA--AA--GAGTAGTCATGAGTTATGAACACA-GTATAGATGATA
gi|17 : GCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATATAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAatacaa
gi|18 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGACAAATTATA------AGAGTA-TTTCTTATTTTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GA
gi|19 : TCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATACTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATACATAGATAATAa
gi|2 : TGTTTATTTCTTGCTATCAAAGAAGCAAGTGA--AT-CATTACATGGAAACG-----TATGAAATTATAGCGGCAAATTACAAGTCTTAGAGTA-TTTCTTATTCTGCGCAAAGGACGTTAAATCT------GG--CATAGAACATGCTATTAAACGCGTAATCATGAGTTATGAACACATGTcaaca
gi|20 : AGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGAtaata
gi|21 : cAGTAACTAT------GA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGT
gi|3 : ATGTTTAATGCTTAGTATCAGAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGA-AAATTATA------AGAGTGTTTTTTTATTATAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------GA--CATGGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTAATGAACACATGTATAGATGATA
gi|4 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATAATATGGGAAAG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGATTA-TTTCTTTTTCCAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATAATAatac
gi|5 : GATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--TATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGCATAGACAATAc
gi|6 : ATGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-TTTCGTATTTTAAATAAAACGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGTATAGATAATA
gi|7 : GGTGTTTAATGCTCAGTATCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CATGGTATGGAAACG-----CATGTAATTATAGAGGCAAATTAAT------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGAATAGATc
gi|8 : GATGTTTAATGCTCAGTTTCAAAGTAGCAAGTGA--TT-CACGGTACGGAAACG-----CATATAATTATAGAGGCAAATTATA------AGAGTA-GTTCTTATTCTAAGTAAAGGGAAGTAACTAC------AA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAACACATGCATAGAa
gi|9 : AGCACGTAAGTTT-AATTGTATGGAAAGGAAGAGCATGTAATTATAGAGTCAAATTATA------AGAATA-TTTCTTACTCTAAATAAAAGGAAGTAACTACATGTATGA--CATAGAATATGCTA--AA--GAGTAATCATGAGTTATGAGCACATGTATAGATGATA